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基于生物信息学分析KIF23在肺腺癌中的功能及验证
编辑人员丨1周前
目的:探究驱动蛋白超家族23(kinesin superfamily 23,KIF23)在肺腺癌中的表达水平与预后的相关,以及其对肺腺癌细胞侵袭、迁移和增殖的影响。方法:分析基因表达谱数据动态分析(GEPIA)数据库中KIF23在肺腺癌中的表达水平,利用Kaplan-Meier Plotter数据库分析肺腺癌患者生存周期,对KIF23进行基因集富集分析(GSEA)。采用实时荧光定量聚合酶链反应(qPCR)和蛋白质印迹法(Western blot)检测肺癌细胞系中KIF23的表达水平,使用shRNA-KIF23病毒感染细胞,沉默KIF23的表达。Transwell法检测细胞侵袭、迁移能力。通过细胞计数试剂盒8(CCK-8)法检测细胞增殖能力。通过免疫组织化学染色分析KIF23在肺腺癌和癌旁组织的表达水平。结果:GEPIA数据库分析表明KIF23在肺腺癌(515例)中表达高于正常肺组织(59例),差异有统计学意义( P<0.001);Kaplan-Meier Plotter进行患者生存周期分析表明高表达KIF23患者358例总生存期(overall survival,OS)短于低表达KIF23患者361例OS,差异有统计学意义( HR=1.35,95% CI:1.06~1.70, P=0.013);GSEA结果提示KIF23高表达组的肺腺癌患者255例中心体相关通路和G2/M检查点通路富集程度高于KIF23低表达组患者255例。Transwell结果显示,转染shRNA-KIF23的H1299和A549细胞迁移率明显低于对照组( F分别为55.45和64.93,均 P<0.001)。转染shRNA-KIF23的H1299和A549细胞的侵袭率也低于对照组( F=68.16和175.00,均 P<0.001)。CCK-8实验结果显示除第1天外,在第2、3、4、5天H1299和A549肺癌细胞系的2个KIF23敲低组的增殖能力均低于对照组,差异有统计学意义(H1299细胞 F值分别为72.74、113.60、46.93、93.48;A549细胞 F值分别为31.07、103.80、92.83、130.20,均 P<0.001)。肺腺癌标本免疫组织化学染色表明KIF23在肺腺癌(53.06±10.78)中表达水平高于癌旁组织(33.03±11.98),差异有统计学意义( t=9.63, P<0.001)。 结论:KIF23在肺腺癌中表达水平高于正常肺组织,参与了肺腺癌的细胞侵袭、迁移和增殖,促进了肺腺癌的发生发展,可能成为新的靶向治疗靶点并作为预测肺腺癌预后的分子标志物。
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编辑人员丨1周前
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基于内质网应激基因膀胱癌预后风险模型的构建
编辑人员丨1周前
目的:构建与膀胱癌预后相关基于内质网应激基因的临床基因模型。方法:在分子特征数据库(MSigDB)中筛选到9 165个与内质网应激相关的基因集,运用生物信息学技术对癌症基因图谱(TCGA)数据库中405个膀胱癌样本和25个正常膀胱组织样本的基因表达序列进行差异基因表达分析得到5 689个膀胱癌差异表达基因,两者取交集得到1 556个基因,然后进行WGCNA分析、STRING数据库及Cytoscape软件cytoHubba插件进行蛋白互作网络分析、LASSO回归分析、多因素Cox回归分析获取5个关键基因并构建风险模型预测膀胱癌患者的总生存期。后进行Kaplan-Meier生存分析及ROC分析以研究该模型的预测准确性。结果:两者取交集后共得到1 556个与内质网应激相关膀胱癌差异表达基因,WGCNA分析得到158个与膀胱癌预后相关的差异表达基因。Cytoscape软件CytoHubba插件计算每个基因的Degree评分,提取Top50的差异表达基因并进行LASSO回归分析、多因素Cox回归分析得到5个关键基因:KIF2C、TEAD4、DARS2、VEGFA、CTHRC1,并构建预后风险模型,根据模型表达式计算各样本的风险评分。以风险评分中位数将膀胱癌患者分为高、低两组。进一步Kaplan-Meier生存分析显示不同亚组间的总生存期差异有统计学意义( P<0.05)。且ROC分析显示该模型对膀胱癌患者总生存期预测准确性较高。 结论:KIF2C、TEAD4、DARS2、VEGFA、CTHRC1是与膀胱癌预后相关的内质网应激基因,且构建的预后风险模型在对膀胱癌患者总生存期的预测方面表现出较为优异的准确性。
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编辑人员丨1周前
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基于数据库分析KIF4A基因在肾透明细胞癌中临床意义
编辑人员丨1周前
目的:分析驱动蛋白超家族4A(KIF4A)在肾透明细胞癌中的表达和预后的关系,并探索其潜在机制。方法:从UALCAN数据库中检索KIF4A基因在肾透明细胞癌中信息,包括表达水平、生存分析和正负相关基因数据,可以得到KIF4A在肾透明细胞癌中的表达水平、预后信息以及潜在机制。结果:在肾透明细胞癌中KIF4A高表达,其中男性患者高于女性患者,肿瘤级别越高、N分期越晚,其表达也越高( P<0.05);生存分析表明KIF4A的表达水平和预后呈负相关( P<0.05);细胞周期蛋白B2(CCNB2)、驱动蛋白超家族23(KIF23)、细胞分裂周期相关蛋白5(CDCA5)与KIF4A存在着明显正相关,而短链脱氢酶家族12(DHRS12)、细胞极性蛋白3(CRB3)、β-羟丁酸脱氢酶2(BDH2)与KIF4A存在着负相关,它们之间的相互关系可能是其潜在机制。 结论:KIF4A在肾透明细胞癌发生发展中扮演重要的角色,可作为潜在的肾透明细胞癌诊断、预后的标志物和治疗靶点,包括儿童。
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编辑人员丨1周前
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miR-379和人类驱动蛋白家族成员4A在三阴性乳腺癌中的表达及其关系
编辑人员丨1周前
目的:分析miR-379和人类驱动蛋白家族成员4A(KIF4A)在三阴性乳腺癌(TNBC)中的表达及其关系。方法:回顾性选取2016年1月至2019年11月在东莞市人民医院普济分院乳腺科确诊的52例TNBC患者作为研究组,另选取同期确诊的70例非三阴性乳腺癌(NTNBC)患者作为对照组,检测两组患者组织中miR-379、KIF4A的mRNA表达水平,绘制受试者工作特征(ROC)曲线,并计算miR-379、KIF4A预测TNBC的曲线下面积(AUC),分析miR-379、KIF4A表达水平与临床病理参数的关系,并分析miR-379表达水平与KIF4A表达水平的相关性。结果:研究组中KIF4A mRNA的表达水平高于对照组[(6.93±0.43) vs (3.75±0.25), P<0.05],miR-379的表达水平低于对照组[(0.54±0.17) vs (0.87±0.32), P<0.05];miR-379联合KIF4A检测对TNBC的诊断价值最大:AUC为0.823(95% CI:0.730~0.917),特异度为0.785,灵敏度为0.950;单因素分析结果显示,不同临床分期、不同肿瘤长径、淋巴结转移与否的TNBC患者miR-379表达比较,差异有统计学意义(均 P<0.05);不同临床分期、肿瘤长径的TNBC患者KIF4A mRNA表达比较,差异有统计学意义(均 P<0.05);Pearson相关性分析结果显示,TNBC组织中miR-379和KIF4A的表达呈负相关( r=-0.349, P<0.05)。 结论:TNBC患者组织中miR-379表达下调,KIF4A表达上调,且与不良临床病理特征有关,对患者病情的评估有一定的指导意义。
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编辑人员丨1周前
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驱动蛋白家族20A和程序性细胞死亡因子4在食管癌组织的表达及临床意义
编辑人员丨1周前
目的:探讨驱动蛋白20A(KIF20A)和程序性细胞死亡因子4(PDCD4)与食管癌临床病理特征的关系。方法:收集2021年5月至2023年11月于广东医科大学附属医院诊治的81例食管癌患者的癌组织和癌旁组织标本,通过免疫组织化学法检测KIF20A和PDCD4在食管癌组织和癌旁组织中表达,应用 χ2检验评价其表达与食管癌临床病理特征的关系。 结果:KIF20A在食管癌组织中表达率76.54%(62/81),明显高于癌旁组织中表达率23.46%(19/81),差异有统计学意义( χ2=45.654, P<0.01)。PDCD4在食管癌组织中表达率43.21%(35/81),明显低于癌旁组织中表达率86.42%(70/81),差异有统计学意义( χ2=33.158, P<0.01)。KIF20A表达水平与食管癌患者性别、年龄无明显相关( χ2=0.002、0.055, P>0.05),KIF20A表达水平与食管癌患者组织学分化程度、TNM分期、淋巴结转移明显相关( χ2=7.481、6.067、5.284, P<0.05)。PDCD4表达水平与食管癌患者性别、组织学分化程度、年龄无明显相关( χ2=0.036、0.040、0.210, P>0.05),PDCD4表达水平与食管癌患者TNM分期、淋巴结转移明显相关( χ2=5.044、5.620, P<0.05)。 结论:食管癌组织中KIF20A呈高表达、PDCD呈低表达,KIF20A和PDCD4在食管癌发生、发展过程中起重要作用。
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编辑人员丨1周前
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多聚ADP核糖聚合酶14在甲状腺癌中的表达及临床意义
编辑人员丨1周前
目的:研究多聚ADP核糖聚合酶14(PARP14)在甲状腺癌中的表达情况及与甲状腺癌患者临床病理特征的关系,并评估PARP14在甲状腺癌进展中的作用。方法:使用基因表达交互分析(GEPIA)数据库分析PARP14在正常甲状腺组织和甲状腺癌人群中的表达情况以及与患者无病生存期的关系,通过免疫组化实验评估甲状腺癌患者的肿瘤组织及癌旁组织中PARP14的表达。根据染色强度,将患者分为高表达组和低表达组,分析PARP14的表达情况与临床病理特征的相关性。通过克隆形成实验和MTT实验探究PARP14对甲状腺癌细胞增殖的影响。结果:生物信息学分析和免疫组织化学结果均表明PARP14在甲状腺癌组织中高表达,且高表达患者的无病生存率明显偏低。PARP14表达水平与肿瘤分期和甲状腺内扩散具有相关性,且有统计学意义(均 P<0.05)。克隆形成实验和MTT实验结果表明,KIF4A的表达能促进甲状腺癌细胞的增殖( P<0.05)。 结论:PARP14在甲状腺癌中高表达,并与患者的临床病理特征相关,提示其可能是甲状腺癌的治疗靶点。
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编辑人员丨1周前
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叉头框蛋白M1促进三阴性乳腺癌进展的分子机制
编辑人员丨1周前
目的:探讨叉头框蛋白M1(FOXM1)在乳腺组织表达水平及其对乳腺癌细胞进展的影响。方法:选取2022年1月至2023年1月郑州大学第一附属医院择期手术的68例乳腺癌组织和癌旁组织作为研究对象,采用蛋白质印迹法(Western blot)和荧光定量聚合酶链反应(PCR)分析FOXM1蛋白和mRNA表达水平;采用对照短发卡RNA(shRNA)和FOXM1 shRNA慢病毒感染乳腺癌细胞MDA-MB-231,建立对照组和FOXM1 KD组细胞,采用噻唑蓝(MTT)法测定两组细胞的活力;流式细胞术分析两组细胞的周期和凋亡水平;Transwell分析两组细胞迁移和侵袭能力,Western blot分析两组细胞上皮细胞和间质细胞标志物表达水平;采用荧光定量PCR分析肿瘤和细胞中FOXM1靶基因KIF4A、MYBL2和Integrin β1 mRNA表达水平。组间比较采用 t检验。 结果:癌旁组织FOXM1蛋白表达水平(1.29±0.28)明显低于三阴性乳腺癌组织(1.90±0.26),差异有统计学意义( t=12.890, P<0.05)。荧光定量PCR结果显示,癌旁组织FOXM1 mRNA(0.80±0.23)明显低于三阴性乳腺癌组织(1.66±0.24),差异有统计学意义( t=21.630, P<0.05)。对照组细胞活力[(88.41±3.04)%]明显高于FOXM1 KD组细胞[(66.54±5.81)%],差异有统计学意义( t=8.173, P<0.05)。对照组细胞G 0/G 1期比例[(33.17±3.61)%]明显低于FOXM1 KD组细胞[(42.17±3.82)%],差异有统计学意义( t=4.201, P<0.05)。对照组细胞S期比例[(31.33±4.46)%]明显高于FOXM1 KD组细胞[(25.67±3.08)%],差异有统计学意义( t=2.563, P<0.05)。对照组细胞凋亡比例[(3.67±0.78)%]明显低于FOXM1 KD组细胞[13.70±3.39)%],差异统计学意义( t=7.701, P<0.05)。对照组细胞迁移和侵袭数量[(135.33±9.50)个和(94.67±12.32)个]明显高于FOXM1 KD组细胞[(102.83±13.64)个和(67.67±10.42)个],差异有统计学意义( t=4.788、4.097, P<0.05)。对照组细胞E-cadherin蛋白表达水平(0.99±0.08)明显低于FOXM1 KD组细胞(1.34±0.09),差异有统计学意义( t=7.194, P<0.05)。对照组细胞β-catenin、vimentin和Twist蛋白表达水平(1.10±0.11、1.03±0.13、1.21±0.13)明显高于FOXM1 KD组细胞(0.77±0.12、0.73±0.09、0.83±0.09),差异有统计学意义( t=4.898、4.738、5.851, P<0.05)。对照组细胞KIF4A、MYBL2和Integrin β1 mRNA表达水平(1.01±0.11、1.02±0.12、1.25±0.14)明显高于FOXM1 KD组细胞(0.70±0.08、0.73±0.11、0.66±0.09),差异有统计学意义( t=5.684、8.518、6.110, P<0.05)。 结论:FOXM1在三阴性乳腺癌组织中呈高表达,通过调节KIF4A、MYBL2和Integrin β1等基因表达,促进三阴性乳腺癌细胞增殖和转移等过程。
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编辑人员丨1周前
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家族性渗出性玻璃体视网膜病变34个家系的基因型与临床表型队列研究
编辑人员丨1周前
目的:观察分析父母均存在家族性渗出性玻璃体视网膜病变(FEVR)相关基因变异的34个家系的临床和遗传学特点。方法:队列研究。2010年1月至2018年12月在上海交通大学附属新华医院眼科及天津医科大学眼科医院眼科就诊并行基因检测的722例FEVR患者中父母均存在FEVR相关基因变异的34个FEVR家系(先证者34例67只眼,其父母68例136只眼)纳入研究。先证者及其父母均行适合各自年龄的全面眼科检查,包括BCVA、眼压、眼轴、裂隙灯显微镜、间接检眼镜、FFA或眼底彩色照相、广域眼底照相检查。根据疾病严重程度将临床表现分为严重表型和轻微表型。纳入34例40岁以上正常健康者作为对照组。采集家系成员及对照组受检者外周血样,对已知参与FEVR的基因FZD4、LRP5、NDP、TSPAN12、ZNF408和KIF11进行高通量测序分子遗传学分析。采用Kruskal-Wallis检验分析基因变异类型与临床表型之间的关系。采用 χ2检验比较FEVR患者群和正常人群FEVR基因变异的差异。 结果:34例先证者67只眼中,严重表型48只眼(71.64% ),轻微表型19只眼(28.36% )。先证者患者父母68例136只眼中,正常表型76只眼(55.88% ),轻微表型60只眼(44.12% ),未见严重表型。在34例先证者中共检测到FEVR相关基因65种变异,以LRP5突变最为常见(64.61% ),其次是FZD4 (12.31% )、NDP (10.77% )、TSPAN12 (6.15% )、ZNF408(4.62%)和KIF11 (1.54%)基因突变。FEVR相关基因变异以错义突变最常见;但相关性分析结果显示,变异类型与临床表型的严重性无显著相关性( H=1.775, P=0.620)。65种变异中,21种为已报道突变,44种为本研究新发现的变异。携带单个致病基因多个突变位点20例39只眼,携带2个致病基因突变13例26只眼,携带3个致病基因突变1例2只眼。先证者在LRP5、NDP、ZNF408、FZD4、TSPAN12、KIF11基因上的突变率明显高于对照组,差异有统计学意义( χ2=64.702, P<0.001 )。 结论:父母均存在FEVR相关基因突变的家系,其突变基因主要以LRP5最为多见,其次分别为FZD4、NDP、TSPAN12、ZNF408、KIF11。FEVR相关基因突变类型以错义突变最为常见,但临床表型与基因变异类型无明显相关。大多先证者临床表型严重,而携带FEVR致病基因变异的父母大多表现为正常或轻微表型。
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编辑人员丨1周前
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水通道蛋白8在人脑胶质瘤组织的表达及临床意义
编辑人员丨1周前
目的:探讨水通道蛋白8(AQP8)在人脑胶质瘤中的表达及其与预后的关系。方法:选取河南省人民医院2017年7月至2019年7月35例人脑胶质瘤组织,通过实时荧光定量聚合酶链反应(PCR)技术检测AQP8的表达,再通过短发卡RNA(shRNA)技术下调AQP8基因,通过细胞增殖测定和Transwell侵袭/转移实验研究其对人脑胶质瘤U373和T98G细胞增殖和侵袭/迁移的影响。采用 t检验或方差分析进行组间差异比较。 结果:AQP8的表达水平在胶质瘤中高于正常脑组织(1.52±0.36, t=7.969, P<0.01),差异有统计学意义;下调AQP8后,在U373和T98G细胞的72 h相对增殖率显著低于对照组(0.68±0.27,0.64±0.30, t=11.043、1.110, P<0.01),差异有统计学意义,同时在这两种细胞中细胞周期蛋白CCNB1(0.88±0.17,0.64±0.15, t=6.263, P<0.01),CCNB2(0.18±0.05,0.11±0.06, t=5.302, P<0.01),CDK1(0.68±0.14,0.41±0.12, t=8.663, P<0.01),KIF4A(0.47±0.19,0.19±0.06, t=8.314, P<0.01)和FEN1(0.31±0.06,0.26±0.05, t=3.787, P<0.01)的表达也明显降低,差异有统计学意义。此外,干预组U373和T98G细胞的侵袭/迁移能力显著下降。 结论:下调AQP8可抑制胶质瘤细胞的增殖并降低其侵袭和迁移能力。
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编辑人员丨1周前
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KIF4A和RAD51AP1及CDKN3对食道癌的辅助诊断及预后评估价值
编辑人员丨1周前
利用高通量测序数据探讨食道癌(ESCA)组织中的mRNA的表达及其潜在辅助诊断及预后评估价值。通过整合的生物信息学分析方法,收集美国癌症基因组图谱(TCGA)数据库中173例ESCA患者的基因表达谱及临床数据,利用DESeq2、edgeR和limma分析ESCA组织与癌旁组织样本中的mRNA表达水平的差异,筛选差异表达基因(DEGs);绘制DEGs相关蛋白网络图,对其进行GO和KEGG功能富集分析并筛选枢纽基因,随后对枢纽基因行生存分析,选出与ESCA预后相关的基因并分析其在ESCA中的预后价值;最后绘制受试者工作特征曲线以评价其对ESCA的诊断价值。结果显示,共筛选出在ESCA与癌旁组织之间有显著差异表达的上调DEGs 620个,下调DEGs 668个。DEGs主要参与受体、泛素连接酶等复合物的形成,发挥GTP酶活性、磷脂结合等分子功能,参与调节细胞内物质转运、小分子代谢等生物过程。蛋白功能富集分析显示,这些蛋白主要富集在IL-17信号通路、TNF信号通路、Toll样受体信号通路、EB病毒感染、以及中性粒细胞胞外陷阱形成等通路上,参与ESCA的形成和发展过程。生存分析显示,KIF4A、RAD51AP1和CDKN3高表达的ESCA患者总生存率明显缩短( P均<0.05);同时,KIF4A、RAD51AP1和CDKN3诊断ESCA的曲线下面积分别为 0.956、0.951和 0.979,灵敏度和特异度均在80%以上;这三者的联合诊断模型ROC结果显示AUC达到0.979,灵敏度和特异度分别为0.914和1;表明KIF4A、RAD51AP1及CDKN3对ESCA具有单独或联合的辅助诊断价值。综上,KIF4A、RAD51AP1及CDKN3对ESCA具有较高的诊断效能,它们的表达升高与ESCA患者的预后可能密切相关,提示这3个基因有可能作为ESCA的辅助诊断和预后评估因子。
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编辑人员丨1周前
