目的:探讨焦亡通路关键基因的遗传变异与直肠癌患者术后同步放化疗不良反应的关系。方法:抽取2005年1月至2015年6月中国医学科学院肿瘤医院347例Ⅱ~Ⅲ期直肠癌患者术后同步放化疗治疗前的外周血，提取DNA，采用Sequenom MassARRAY方法检测焦亡通路中的黑色素瘤缺乏因子2(AIM2)、半胱天冬酶1(CASP1)、CASP4、CASP5、CASP11、消皮素D (GSDMD)、消皮素E(GSDME)和含Nod样受体家族pyrin域蛋白3(NLRP3)共8个关键基因的43个标签单核苷酸多态(htSNP)的基因分型，采用非条件logistic回归模型分析htSNP基因型与直肠癌患者术后同步放化疗不良反应发生的关系。结果:347例患者术后接受持续5周的术后同步放化疗，发生中重度骨髓抑制101例(29.1%)，发生中重度腹泻156例(45.0%)，发生中重度放射性皮炎66例(19.0%)。手术方式、病灶距齿状线距离与直肠癌患者术后同步放化疗发生中重度腹泻和放射性皮炎有关(均 P<0.01)。CASP4基因的rs11226565( OR＝0.41，95% CI：0.21~0.79)、rs579408( OR＝1.54，95% CI：1.03~2.29)和rs543923( OR＝0.63，95% CI：0.41~0.98)3个遗传变异位点与中重度骨髓抑制发生有关；CASP11 rs10880868( OR＝0.55，95% CI：0.33~0.91)和GSDME rs2954558( OR＝1.52，95% CI：1.01~2.31)与中重度腹泻发生有关；GSDME rs2237314( OR＝0.36，95% CI：0.16~0.83)、GSDME rs12540919( OR＝0.52，95% CI：0.27~0.99)和NLRP3 rs3806268( OR＝1.51，95% CI：1.03~2.22)与中重度放射性皮炎的发生有关。其余35个htSNP位点与直肠癌患者术后同步放化疗不良反应发生无关(均 P>0.05)。 结论:焦亡通路相关基因CASP4、CASP11、GSDME和NLRP3的遗传变异与Ⅱ~Ⅲ期直肠癌患者术后同步放化疗的不良反应发生有关，可能是直肠癌个体化治疗的潜在遗传标志物。

目的:探讨NOD样受体家族3（NOD-like receptors3，NLRP3）炎症小体介导的炎症反应与抑郁症发病的相关性，并研究氟西汀对该过程的影响。方法:选取雄性 C57BL/6J（野生型）小鼠120只，采用随机数字表法将其随机分为对照1组、对照2组、慢性不可预知性温和刺激（chronic unpredictable mild stress，CUMS组）及CUMS+氟西汀组。另取雄性 C57BL/6J（NLRP3基因敲除，NLRP3-/-）小鼠30只，作为NLRP3-/-组。对照1组及对照2组：不做处理；CUMS组、CUMS+氟西汀组及NLRP3-/-组给予慢性不可预知性温和刺激，连续6周。造模后，对照2组、CUMS+氟西汀组小鼠经腹腔注射氟西汀［10 mg/（kg·d）］，其他3组小鼠每天注射等量生理盐水，连续4周。各组小鼠在应激前即刻及应激后每周进行1次行为学测试。应激前即刻、应激后3周、应激后6周抽取尾静脉血，3 000 r/min离心10 min，留取上清液冻存备用，采用酶联免疫吸附法检测血清白细胞介素-1β（interleukin-1β，IL-1β）、白细胞介素-18（interleukin-18，IL-18）水平。各组小鼠在给予药物干预［10 mg/（kg·d）氟西汀或等量生理盐水］后每周进行1次行为学测试，包括糖水偏好实验、强迫游泳实验（forced swimming test，FST）及悬尾实验（tail suspension test，TST），每组小鼠在给药后1、3、4周抽取尾静脉血，离心留取上清液冻存备用，采用酶联免疫吸附法检测血清IL-1β及IL-18水平，并分别于上述时间点每次每组处死5只小鼠，收集新鲜海马组织低温冻存备用，采用Western-Blot检测海马脑区NLRP3、胱冬肽酶-1（caspase-1）、诱导转录因子-κB（nuclear factor-κB，NF-κB）、IL-1β及IL-18的表达。结果:（1）造模情况：CUMS 6周后，与对照1组和对照2组相比，CUMS组及CUMS+氟西汀组小鼠糖水消耗量明显降低，FST及TST不动时间明显延长，造模成功。NLRP3-/-组小鼠经CUMS后，在FST、糖水偏好实验及TST中均未表现出抑郁样改变，造模失败。（2）经腹腔注射氟西汀后，对照2组小鼠与对照1组小鼠相比，糖水消耗量、FST及TST不动时间的差异均无统计学意义（ P>0.05），CUMS+氟西汀组小鼠相较CUMS组小鼠糖水消耗量明显增加（ P<0.05），FST及TST不动时间明显缩短（ P<0.05）。（3）酶联免疫吸附实验检测结果显示，给予CUMS后，与对照1组及对照2组相比，CUMS组及CUMS+氟西汀组小鼠血清 IL-1β、IL-18水平显著升高（ P<0.05），NLRP3-/-组小鼠则变化不明显（ P>0.05）。给药后，CUMS+氟西汀组小鼠血清中IL-1β、IL-18较CUMS组下降（ P<0.05）。（4）蛋白免疫印迹检测结果显示，给予CUMS后，与对照1组及对照2组相比，CUMS组及CUMS+氟西汀组小鼠海马脑区NLRP3的表达、胱冬肽酶-1的活化及诱导转录因子-κB（nuclear factor-κB，NF-κB）、IL-1β、IL-18的表达增加（ P<0.05），氟西汀治疗后，CUMS+氟西汀组小鼠海马脑区NLRP3的表达、胱冬肽酶-1的活化及NF-κB、IL-1β、IL-18的表达显著下降（分别恢复至对照1组的99%、91%、97%、95%及97%）。 结论:（1）CUMS可引起小鼠海马区NLRP3、胱冬肽酶、NF-κB、IL-1β、IL-18蛋白表达增加以及血清上述炎症指标水平升高，而NLRP3基因敲除小鼠未发现此现象；（2）氟西汀治疗可显著降低抑郁症模型小鼠NLRP3、胱冬肽酶-1、NF-κB、IL-1β、IL-18蛋白表达及血清水平，改善小鼠抑郁样表现。

目的:利用加权基因共表达网络分析（WGCNA）及实验验证寻找RA相关的关键基因。方法:从GEO数据库下载了RA患者基因芯片数据，构建基因网络，利用WGCNA将基因划分为不同的模块，将与RA临床症状相关的模块中的关键基因进行了基因本体论分析。随后使用GEO不同的数据集用受试者工作特征曲线（ROC）评价关键基因对RA诊断的准确性。此外，还通过实时荧光定量反转录PCR（RT-PCR）及蛋白质印迹法验证关键基因在RA中的表达，分析其与DAS28的关系。采用配对样本 t检验和Pearson相关性分析对结果进行分析。 结果:共筛选出5 413个基因构建了加权基因共表达网络，将基因分为23个模块。其中，黑色模块与RA临床症状密切，包含346个基因。富集分析及京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路分析显示其要富集于对IL-6的正调控、IL-1β分泌、破骨细胞分化、NOD样受体信号通路、辅助性T细胞（Th）17细胞分化等多个与RA密切相关的通路。其中运动性精子结构域包含蛋白2（MOSPD2）与临床症状具有明显相关性，在血液单核细胞、骨髓单核细胞中高表达（ t=2.238， P=0.032； t=3.153， P=0.006），在RA关节滑膜液中与血液中表达呈正相关（ r=0.683， P=0.03）。ROC曲线分析表明，MOSPD2能区分RA和对照组（曲线下面积分别为0.855和0.726）。RT-PCR及蛋白质印迹法结果显示，MOSPD2在RA患者中表达上调（ t=-3.96， P=0.02）。MOSPD2在血液中的表达水平与RA患者的DAS28呈正相关（ r=0.8846， P=0.0462）。 结论:MOSDP2与RA患者临床症状密切相关，可能是诊断及治疗RA的靶点之一。

目的:应用转录组测序方法，分析北京地区人呼吸道合胞病毒(respiratory syncytial virus, RSV)A亚型优势流行基因型ON1地方株感染A549细胞后差异表达基因，为RSV防治提供潜在靶点。方法:选用已经过全基因组测序确定为RSV A亚型ON1基因型的地方株(61397-ON1)感染A549细胞，提取总mRNA，通过转录组测序筛选出与未感染的A549细胞为对照的差异表达基因，对其进行GO分析、KEGG通路分析，同时随机选择6个差异表达倍数大于2倍的基因进行qRT-PCR验证。结果:以未感染的A549细胞为对照，筛选出1 632个差异表达基因，其中807个基因表达上调，825个基因表达下调。差异基因主要参与细胞因子反应以及MAPK级联反应正向调控等免疫应答相关生物过程，并在MAPK信号通路、NOD样受体信号通路、p53信号通路、TNF信号通路、IL-17信号通路及NF-κB信号通路发生了富集。选择的6个差异表达基因qRT-PCR验证结果与转录组数据趋势一致。结论:RSV A亚型ON1基因型毒株感染A549细胞后的差异表达基因主要参与细胞因子应答及免疫相关信号通路，为RSV致病的分子机制及防治策略研究提供基础资料。

目的:探讨核转录因子-κB(NF-κB)/核苷酸结合寡聚化结构域样受体蛋白3(NLRP3)通路对动脉粥样硬化(AS)模型小鼠脂质沉积及自噬相关蛋白表达的影响。方法:以10只6周龄雄性C57BL/6小鼠为对照组，并将20只同龄雄性载脂蛋白E基因敲除( ApoE-/-)小鼠按随机数字表法分为AS组与硼替佐米(BTZ)组，每组10只。予AS组和BTZ组小鼠高脂饮食喂养8周后，BTZ组小鼠给予50 μg/kg BTZ腹腔注射(2次/周，持续4周)，AS组小鼠注射等量生理盐水。实验过程中持续观察各组小鼠的一般情况，于干预12周后测量其体质量及检测血清中总胆固醇(TC)、甘油三酯(TG)、低密度脂蛋白(LDL)和高密度脂蛋白(HDL)含量，并予HE染色和油红O染色观察小鼠主动脉根部组织病理形态及脂质沉积状况，予免疫组化染色检测小鼠主动脉根部组织中NF-κB、NLRP3的阳性表达，予Western blotting实验检测小鼠主动脉根部组织中自噬相关蛋白Beclin-1、P62和Atg12蛋白的表达量。 结果:干预12周后，AS组和BTZ组小鼠的体质量，TC、LDL含量，病变程度及脂质沉积占比，NF-κB、NLRP3阳性表达及P62蛋白表达量均明显高于对照组，而BTZ组小鼠这些指标均明显低于AS组，差异均有统计学意义( P<0.05)；AS组和BTZ组小鼠的HDL含量、Beclin-1和Atg12蛋白表达量均明显低于对照组，而BTZ组小鼠这些指标均明显高于AS组，差异均有统计学意义( P<0.05)。 结论:抑制NF-κB/NLRP3通路可通过调节血脂含量以减少脂质沉积，并介导自噬相关蛋白表达以促进自噬发生，从而起到抑制AS进程的作用。

先证者男，1岁9个月，周身丘疹1年半，面部、躯干及四肢密集分布米粒大小红色扁平光滑丘疹。无发热或关节肿痛。先证者姐姐，7岁，2岁时出现双手指关节肿痛，间断发热时周身出现丘疹，热退后丘疹可逐步消退。先证者母亲，27岁，幼时出现双手指关节肿痛，逐渐出现双手指关节畸形，12岁后间断出现膝关节肿痛，周身未出现明显皮疹。3例患者眼科及系统查体无异常。全外显子基因检测显示，先证者、其姐姐与母亲在NOD2基因第4号外显子存在一杂合错义变异c.1001G>A（p.R334Q）。诊断：Blau综合征。治疗：先证者全身外用润肤乳，随访52周，未出现关节肿痛及眼部症状，面部、躯干及四肢可见红斑及凹陷性瘢痕。先证者姐姐及母亲分别给予阿达木单抗40 mg、80 mg皮下注射，1周后分别注射20 mg、40 mg，之后每2周分别注射20 mg、40 mg。治疗12周随访，先证者姐姐及母亲关节肿痛较前明显减轻，先证者姐姐皮疹基本消退。随访至52周，先证者姐姐无关节肿痛及皮疹，先证者母亲膝关节无肿痛，双手指关节畸形无改变。先证者姐姐及母亲在治疗中未出现眼部症状且未见不良反应发生。

目的:探讨海马CA1区γ-氨基丁酸（GABA）能神经元NOD样受体热蛋白结构域相关蛋白3（ NLRP3）基因敲除对小鼠创伤性颅脑损伤（TBI）后认知障碍的改善作用。 方法:将48只清洁级健康雄性NLRP3 flox/flox小鼠按随机数字表法分为假手术+对照病毒组（SV组）、假手术+GABA能神经元 NLRP3基因特异性敲除组（SG组）、TBI+对照病毒组（TV组）及TBI+GABA能神经元 NLRP3基因特异性敲除组（TG组），每组12只。其中，TV组、TG组小鼠采用自由落体法构建TBI模型，SV组、SG组小鼠仅行头皮剪开及开骨窗等外科操作、不予打击，SG组、TG组小鼠于TBI造模前21 d于海马CA1区注射腺病毒制备GABA能神经元 NLRP3基因特异性敲除模型，SV组、TV组小鼠仅于海马CA1区注射空载病毒作为对照。TBI造模后第30、31天应用新物体识别实验评价各组小鼠的认知功能，第32~36天应用Morris水迷宫实验评估各组小鼠的学习及记忆功能，第31天应用在体电生理记录小鼠在新物体识别实验中探索新物体时海马CA1区场电位。上述实验结束后，处死小鼠并取材，采用免疫荧光染色检测各组小鼠海马CA1区微管相关蛋白2（MAP2）、谷氨酸脱羧酶67（GAD67）、突触后密度蛋白95（PSD95）的荧光强度，以及焦亡相关炎性因子白细胞介素-18（IL-18）/GAD67双阳性神经元占总GAD67阳性神经元的百分比。 结果:与SV组、SG组比较，TV组、TG组小鼠的新物体识别指数明显下降，水迷宫实验中实验阶段的穿越平台次数明显下降、训练阶段第3、4天的逃避潜伏期明显上升，海马CA1区θ、γ振荡功率在探索新物体时明显下降，海马CA1区MAP2、GAD67、PSD95的荧光强度明显减弱，IL-18/GAD67双阳性神经元百分比明显上升，差异均有统计学意义（ P<0.05）。与TV组比较，TG组小鼠的新物体识别指数明显上升，水迷宫实验中实验阶段的穿越平台次数明显上升、训练阶段第3、4天的逃避潜伏期明显下降，海马CA1区θ、γ振荡功率在探索新物体时明显上升，海马CA1区MAP2、GAD67、PSD95的荧光强度明显增强，IL-18/GAD67双阳性神经元百分比明显下降，差异均有统计学意义（ P<0.05）。 结论:海马CA1区GABA能神经元 NLRP3基因敲除能够改善小鼠TBI后的认知障碍，其机制可能与抑制GABA能神经元焦亡相关。

目的:筛选叉头框转录因子F2(FOXF2)作用于结肠癌细胞中Wnt/β-连环蛋白(β-catenin)信号通路的候选靶基因并分析其生物学功能。方法:设置干扰FOXF2基因的最佳慢病毒转染获得的HT29细胞为沉默组，空载慢病毒转染获得的HT29细胞为对照组。对照组和沉默组各取三个样本行转录组测序分析；富集到Wnt/β-catenin信号通路，实时荧光定量聚合酶链式反应(RT-qPCR)、蛋白质印迹法(Western blot)验证该通路的候选靶基因。多组间比较采用单因素方差分析，两组间比较采用 t检验。 结果:3组干扰慢病毒沉默HT29细胞中FOXF2的表达效果显著高于空载慢病毒[FOXF2基因信使RNA(mRNA)表达分别为0.29±0.02、0.28±0.05、0.26±0.01比1.00±0.13，FOXF2基因蛋白表达分别为0.20±0.02、0.16±0.01、0.12±0.01比1.00±0.01]，差异有统计学意义( F＝75.948、3 549.333，均 P<0.01)，第3组慢病毒沉默FOXF2效果最佳。HT29细胞沉默FOXF2后有389个差异表达基因(DEGs)；基因本体论(GO)功能富集分析显示，DEGs显著富集在免疫效应过程、细胞外区域、腺苷酸转移酶活性等功能集团；京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析显示，DEGs主要涉及EB病毒感染、NOD样受体信号通路及Wnt信号通路等；Wnt/β-catenin信号通路的候选靶基因骨形成蛋白和激活素的跨膜抑制剂(BAMBI)、富含亮氨酸重复序列的G蛋白耦联受体5(LGR5)、富含亮氨酸重复序列的G蛋白耦联受体6(LGR6)和MSTRG.14182(新基因)主要涉及正向调控Wnt信号通路、细胞增殖和迁移等生物学过程。沉默组中BAMBI、LGR5、LGR6 mRNA和蛋白表达显著高于对照组[mRNA表达分别为1.86±0.21比1.00±0.20、1.95±0.11比1.00±0.09、2.06±0.10比1.00±0.03，蛋白表达分别为1.88±0.02比1.00±0.06、2.08±0.12比1.00±0.04、1.80±0.03比1.00±0.08]，差异有统计学意义( t＝－5.066、－11.646、－17.584、－24.100、－14.820、－16.710，均 P<0.01)。 结论:沉默FOXF2基因的HT29细胞存在较多的差异表达基因，Wnt/β-catenin信号通路的候选靶基因可能参与正向调控Wnt信号通路、细胞增殖及迁移等生物学过程。

目的:筛选微小病变肾病（minimal change disease，MCD）的差异表达基因及其作用通路，探讨MCD发病的分子机制。方法:芯片数据来源于美国国立生物技术信息中心（NCBI）平台下的基因表达综合数据库（GEO）。选取含MCD信息的数据芯片GSE104948和GSE104954，数据集包含19例MCD肾活检组织和36例正常对照肾组织的基因表达阵列数据。利用生物信息学方法分析基因芯片数据，使用在线工具GEO2R分析数据及筛选差异表达基因，通过DAVID 6.8数据库对差异表达基因进行GO和KEGG功能富集分析，以及参与代谢通路基因之间的网络分析。用String 11.0数据库和Cytoscape 3.7.2软件分析MCD差异表达基因之间的关系，以及对基因之间进行可视化分析。采用Cyto Hubba插件分析蛋白质相互作用网络的关联度，筛选关键表达基因。结果:用在线工具GEO2R共筛选出MCD患者302个高表达的差异基因。GO分析结果显示，差异表达基因的产物多定位在细胞外基质、细胞外泌体、细胞核周等区域，发挥细胞黏附分子结合、脱氧胞苷脱氨酶活性、蛋白质二聚化活性、2'-5'-寡腺苷酸合成酶活性等功能，以及参与细胞外基质形成、细胞溶解、细胞凋亡、炎性反应和免疫反应等生物过程。KEGG分析结果显示，差异表达基因在局部黏附、NOD样受体等信号通路中富集。结合GO分析和Cyto Hubba分析结果，筛选出 PYCARD基因为诱导MCD肾脏炎性反应发生的关键基因。 结论:炎性反应可能参与了MCD的发生发展， PYCARD基因可能为诱发MCD炎性反应的关键基因。

目的:筛选并分析唾液酸结合Ig样凝集素15(Siglec-15)在胃癌细胞中的候选靶基因及其下游信号通路并进行患者预后相关性分析。方法:构建干扰Siglec-15基因的最佳慢病毒转染至人胃腺癌AGS细胞株获得沉默组(AGS-shSiglec-15)，以及空载体慢病毒转染获得的AGS细胞对照组(AGS-NC)，各取三个样本进行转录组测序。根据测序数据筛选差异表达基因，通过GO分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析和GESA分析进行基因的功能注释和信号通路的鉴定。构建蛋白与蛋白相互作用网络图(PPI)，进行可视化分析并获取关键互作蛋白，并对靶蛋白进行生存期分析。结果:共鉴定出符合筛选标准的255个差异表达蛋白编码基因，包括119个上调基因和136个下调基因。经GO、KEGG和GSEA分析表明，差异表达基因(DEGs)主要参与甲型流感、Toll样受体信号传导途径、钙信号传导途径、NOD样受体信号传导途径、病毒蛋白与细胞因子和细胞因子受体的相互作用等进程。同时筛选出10个Siglec-15相关基因的靶蛋白，其中钙黏蛋白23(CDH23)[ HR＝1.31(1.05~1.63)， P<0.05]、蛋白网络成分协调蛋白(USH1C)[ HR＝1.25(1.05~1.48)， P<0.05]、干扰素调节因子7(IRF7)[ HR＝1.7(1.41~2.05)， P<0.001]、MX2[ HR＝1.63(1.33~2.00)， P<0.01]、干扰素调节因子9(IRF9)[ HR＝1.30(1.09~1.54)， P<0.01]高表达的胃癌患者总生存率(OS)较差。而RSAD2(RSAD2)[ HR＝0.78(0.61~1.00)， P<0.05]、CC基序趋化因子配体5(CCL5)[ HR＝0.66(0.55~0.78)， P<0.01]、CXC趋化因子配体(CXCL8)[ HR＝0.65(0.53~0.79)， P<0.01]、XIAP相关因子1(XAF1)[ HR＝0.77(0.65~0.92)， P<0.01]、干扰素调节因子6(IRF6)[ HR＝0.51(0.41~0.63)， P<0.01]高表达的患者具有较好的OS。 结论:沉默Siglec-15基因在胃癌细胞中有明显差异表达基因并参与多种生物学进程和信号通路调节，可能作为胃癌的潜在新免疫检查点标志物及治疗靶点。