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circ_0003926对食管鳞状细胞癌的调控作用及临床意义
编辑人员丨5天前
目的 探讨circ_0003926在食管鳞状细胞癌(ESCC)中的作用机制及临床意义.方法 收集2022-05-01-2023-01-30在华北理工大学附属医院就诊的60例ESCC患者及同时期体检的年龄相仿、性别相同的60名健康者血浆标本.荧光原位杂交实验检测circ_0003926和miR-139-3p在ESCC组织芯片表达水平,并分析其临床相关性.采用San-ger测序和背靠背实验以及核糖核酸外切酶(Rnase R)实验验证circ_0003926环状结构和稳定性.采用实时荧光定量聚合酶链式反应(qRT-PCR)检测circ_0003926和miR-139-3p在ESCC细胞系和血浆中表达水平.应用细胞计数试剂盒8(CCK8)法、克隆形成实验、Trans well侵袭迁移实验和划痕实验及流式细胞术分别检测circ_0003926和miR-139-3p对ESCC细胞增殖、克隆、侵袭、迁移和凋亡的影响,双荧光素酶报告基因实验和qRT-PCR验证circ_0003926与下游miR-NAs结合.裸鼠皮下移植瘤实验检测circ_0003926对移植瘤生长的影响.结果 Sanger测序、背靠背和Rnase R实验验证了 circ_0003926的环状结构.荧光原位杂交结果显示,circ_0003926在癌及癌旁组织中表达水平分别为18.00±5.10 和 11.80±4.22(t=8.792,P<0.001);miR-139-3p 的表达水平分别为 18.26±2.81 和 26.23±2.97(t=17.713,P<0.001).circ_0003926高表达与临床分期(x2=5.312,P=0.021)有关联,与生存率也有关联(x2=9.501,P=0.002);miR-139-3p表达水平与淋巴结转移(x2=4.114,P=0.043)和病理分级(x2=4.267,P=0.039)有关联.qRT-PCR结果显示,在ESCC患者血浆和健康者血浆中,circ_0003926的表达水平分别为3.54±2.15和1.03±0.05(t=6.993,P<0.001);miR-139-3p 的表达水平分别为 0.36±0.17 和 1.03±0.03(t=27.001,P<0.001).与正常细胞系HEEC相比,circ_0003926在ESCC细胞系中的表达水平升高(F=281.577,P<0.001),而miR-139-3p表达水平下降(F=87.034,P<0.001).敲低circ_0003926后,KYSE-150和KYSE-410细胞的增殖、迁移和侵袭能力下降,凋亡水平升高(均P<0.05).抑制miR-139-3p的表达可以逆转抑制circ_0003926表达后对细胞增殖、凋亡、迁移和侵袭能力的作用(均P<0.05).裸鼠皮下移植瘤实验结果显示,si-circ_0003926组的肿瘤体积和体质量小于si-NC组,10 d~28 d差异均有统计学意义,均P<0.001,及si-circ_0003926+antagomiR-NC组的肿瘤体积和体质量小于si-circ_0003926+an-tagomiR-139-3p组,10 d~28 d差异均有统计学意义,P<0.001.结论 circ_0003926在ESCC组织、血浆和细胞中均高表达,通过miR-139-3p调控ESCC的进展,有可能成为ESCC诊断、治疗和预后的一种新的生物标志物.
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编辑人员丨5天前
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一例常染色体隐性多囊肾病患儿的临床特征及基因变异分析
编辑人员丨5天前
目的:探讨常染色体隐性多囊肾病(autosomal dominant polycystic kidney disease,ARPKD)的临床特点和分子发病机制。方法:对1例常染色体隐性多囊肾病患儿的产前超声、临床特点及家族史进行分析。采用全外显子组测序对患儿进行基因变异分析,筛选候选基因变异位点,PCR结合Sanger测序对变异位点进行验证。结果:患儿系早产儿,新生儿呼吸窘迫,极低出生体重儿,代谢性酸中毒,先天性肾病综合征。全外显子组测序检测到该患儿 PKHD1基因(NM_138694)exon 32:c.3885T>A(p.Tyr1295*)和exon 49:c.7812_7816dupTGATA(p.Thr2606Metfs*63)复合杂合变异,经PCR结合Sanger测序验证发现其母亲携带c.3885T>A变异,其父亲携带c.7812_7816dupTGATA变异。 结论:PKHD1基因c.3885T>A(p.Tyr1295*)和c.7812_7816dupTGATA(p.Thr2606Metfs*63)复合杂合变异可能是该ARPKD患儿的致病原因。
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编辑人员丨5天前
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基于转录组测序的急性B淋巴细胞白血病IKZF1转录本分型和定量分析
编辑人员丨5天前
目的:通过转录组测序(RNA-seq)和生物信息分析对急性B淋巴细胞白血病(B-ALL)患者IKZF1基因突变型转录本进行分型和定量分析。方法:选择2018年9月至2020年9月河北燕达陆道培医院263例B-ALL患者为研究对象。设计一套用RNA-seq数据进行IKZF1转录本分型和定量分析的生物信息分析流程,并应用于这些患者的测序数据分析。将用RNA-seq分析得到的IKZF1突变型转录本与反转录聚合酶链反应(RT-PCR)法的结果进行比较。结果:在263例B-ALL患者中,RT-PCR结合Sanger测序鉴定出53例患者存在IKZF1突变转录本,其中IK6和IK10转录本分别占67.9%(36/53)和28.3%(15/53),有2例患者IK6和IK10转录本双阳性。RNA-seq分析共鉴定出51例患者存在IKZF1突变转录本。以RT-PCR结果为参考,RNA-seq分析IKZF1突变转录本的敏感度为94.3%(50/53),特异度为99.5%(209/210)。在50例RNA-seq和RT-PCR分析IKZF1突变均阳性的患者中,有6例患者的突变型转录本占IKZF1总表达量的比值(psi值)[ M( Q1, Q3)]为0.14(0.11,0.35),低于其他44例患者的0.88(0.35,0.97),差异有统计学意义( Z=-3.945, P<0.001)。IKZF1突变多发生于以JAK-STAT通路异常为特征的Ph +和Ph样B-ALL,以及伴PAX5易位的B-ALL。 结论:通过优化的生物信息分析流程设计,可以用RNA-seq数据对B-ALL的IKZF1转录本进行分型和定量分析,并且发现了IKZF1突变型转录本的表达量分群现象和IKZF1突变与PAX5易位的伴随现象。
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编辑人员丨5天前
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一株Ⅲ型WU多瘤病毒的分离培养和全基因组进化分析
编辑人员丨5天前
目的:分离培养WU多瘤病毒(WU polyomavirus,WUPyV)并分析全基因组系统进化、同源性及种群动态特征。方法:采用实时荧光定量PCR检测2020—2022年间北京友谊医院呼吸道感染住院患儿鼻咽抽吸物样本,利用气液两相的原代人呼吸道上皮细胞模型对WUPyV阳性样本进行病毒分离培养,Sanger测序获得全基因组,结合GenBank数据库中已公布的全基因组信息进行系统发育和进化动力学研究。结果:WUPyV在2020—2022年的检出率为4.7%(31/659),并成功分离1株Ⅲc型WUPyV临床病毒株BJ0593。WUPyV全基因组及各基因片段同源性较高,VP2基因的平均进化速率约为每年1.256×10 -4个氨基酸替换/位点,种群动态在近十年内趋于平缓。 结论:本研究首次成功分离Ⅲ型WUPyV临床病毒株,为WUPyV的分子进化及致病性研究提供基础。
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编辑人员丨5天前
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3-甲基戊烯二酸尿症Ⅰ型患儿1例 AUH基因新变异分析
编辑人员丨5天前
目的:探讨3-甲基戊烯二酸尿症(MGA)Ⅰ型患儿的致病变异。方法:回顾性分析。采用高通量测序结合Sanger测序验证对2017年6月盐城市妇幼保健院收治1例Ⅰ型MGA患儿家系进行基因检测,运用生物信息学方法对新变异的致病性进行预测,并对新剪切变异的可能影响进行实验验证。结果:血串联质谱、尿气相色谱质谱结果提示患儿为Ⅰ型MGA。患儿 AUH基因检出复合杂合变异c.373C>T(p.R125W)和c.942+3A>G,分别来自母亲和父亲;3种软件预测错义变异c.373C>T (p.R125W)具有致病性,R125在各物种中高度保守;4种在线分析工具预测新变异c.942+3A>G不影响剪切,但反转录-PCR联合Sanger测序分析表明,该变异引起 AUH基因转录产物第9外显子缺失。患儿出生45 d起予左卡尼汀及无亮氨酸奶粉治疗,体格智力发育正常。 结论:若患儿临床诊断明确,针对临床意义不明变异需进行RNA分析,验证其对剪切的影响;本研究丰富了 AUH基因的突变谱。
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编辑人员丨5天前
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Chanarin-Dorfman综合征一例国内首报
编辑人员丨5天前
目的:检测1例以鱼鳞病伴肝功能异常为主要临床表现的家系基因突变情况,并明确其诊断。方法:收集先证者临床资料,采集先证者及其父母外周血,提取基因组DNA,对先证者进行遗传性皮肤病目标基因外显子测序,确定突变位点,在家系中对突变位点进行Sanger测序验证,并对先证者及其父母外周血涂片等辅助检查结果进行分析。结果:先证者全身皮肤干燥,下肢可见白色细小鳞屑,伴有转氨酶升高、双耳轻度感音神经性耳聋和脂肪肝。先证者外周血基因组DNA中编码CGI-58蛋白的 ABHD5基因第6外显子存在纯合突变(c.933dupA),导致氨基酸序列发生移码突变(p.R312Tfs*45),其父亲、母亲该位点均为杂合突变,突变与疾病符合共分离。先证者外周血涂片发现中性粒细胞内含脂质空泡,即Jordan小体阳性。 结论:先证者表现为鱼鳞病样皮损和肝功能异常,结合其 ABHD5基因纯合突变和外周血涂片Jordan小体阳性,诊断为Chanarin-Dorfman综合征。
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编辑人员丨5天前
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两个Alport综合征家系的 COL4A5基因变异分析
编辑人员丨5天前
目的:分析两例X连锁显性遗传Alport综合征家系的 COL4A5基因变异谱,为该病的基因诊断和遗传咨询提供依据。 方法:应用二代测序技术并结合PCR-Sanger测序法进行基因检测,确定基因疑似致病变异后,对家系中的其他人员进行相应位点的验证,并以100名健康人样本作为对照。采用ClustalX-2.1-win软件分析氨基酸变异位点的保守性,应用SWISS-MODEL评估位点变异对蛋白质结构的影响。结果:二代测序和Sanger测序显示家系1先证者及其母亲均存在 COL4A5第28外显子c.2210G>A(p.Gly737Asp)杂合变异。家系2先证者及其母亲均存在 COL4A5基因第44外显子c.3799G>A(p.Gly1267Ser)纯合变异。检索文献发现,两种变异均为未见报道的新变异,且100名健康对照中未发生相应变异。 COL4A5基因编码的第737位和第1267位氨基酸在同源物种间高度保守。Swiss-Model预测两种变异均明显影响COL4A5蛋白的三级结构。 结论:COL4A5基因c.2210G>A (p.Gly737Asp)和c.3799G>A(p.Gly1267Ser)变异可能为Alport家系的遗传学病因。该结果丰富了 COL4A5基因变异谱,对于Alport综合征基因型与临床表型之间的相关性和产前筛查的进一步研究具有较大意义。
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编辑人员丨5天前
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一例Gitelman综合征家系的 SLC12A3基因变异分析
编辑人员丨5天前
目的:检测1个中国汉族Gitelman综合征(Gitelman syndrome,GS) SLC12A3基因的变异位点。 方法:收集家系成员的临床资料和血样,应用PCR扩增结合Sanger测序法家系,分别对家系中先证者 SLC12A3基因的外显子进行变异分析,确定疑似致病变异后,对其他家系成员进行相应位点的验证。 结果:Sanger测序结果显示先证者 SLC12A3基因存在第3外显子c.486_489del TACG(p.Ile162Met fs*8)和第25外显子c.2890C>T(p.Arg964Trp)复合杂合变异。检索文献发现,两种变异均为未报道过的新变异,100名健康对照均未发现上述变异。 结论:SLC12A3基因c.486_489del TACG(p.Ile162Met fs*8)和c.2890C>T(p.Arg964Trp)变异可能分别是为GS家系的疑似致病变异。
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编辑人员丨5天前
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DMD基因变异特征分析
编辑人员丨5天前
目的:了解杜氏肌营养不良症(DMD)和贝氏肌营养不良症(BMD)患者群体的DMD基因变异特点。方法:横断面研究,选取2005年1月至2022年2月于郑州大学第一附属医院遗传与产前诊断中心就诊的2 690例无亲缘关系的DMD和BMD 0~18岁患儿为研究对象,收集其性别、年龄、临床表现以及地区来源等基本信息并应用多重连接依赖探针扩增、二代测序Panel、Sanger测序及PCR扩增相结合的方法检测其DMD基因的变异情况,对其临床资料及基因检测结果进行描述性分析。结果:2 690例患儿中男2 648例、女42例,年龄6.0(4.0,9.0)岁。所有患儿的血清肌酸激酶值均有异常增高。检测到致病性DMD基因变异的2 618例患儿中DMD基因大片段缺失、重复、微小变异分别为1 875例(71.6%)、231例(8.8%)和512例(19.6%)。缺失变异中,以3个外显子的缺失最为常见[15.4%(288/1 875)],第45~50外显子是最常见的缺失区域[6.3%(119/1 875)],第2外显子是最常见的重复区域[13.0%(30/231)]。微小变异在DMD基因的79个外显子上均有分布,无变异热点。此外还检测到46种新发现的微小变异。结论:外显子缺失是最常见的DMD基因变异类型,然后依次是微小变异和外显子重复。
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编辑人员丨5天前
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20个X连锁肾上腺脑白质营养不良家系的产前诊断
编辑人员丨5天前
目的:总结X连锁肾上腺脑白质营养不良(X-linked adrenoleukodystrophy, X-ALD)家系的基因变异及产前诊断特点,探讨产前诊断在预防X-ALD患儿出生中的应用价值。方法:回顾性纳入2012年11月至2019年3月在北京大学第一医院就诊的20个X-ALD家系。取先证者、家系成员的外周血标本及母亲再孕胎儿的羊水或绒毛标本,提取基因组DNA,应用聚合酶链反应-Sanger测序检测致病基因 ABCD1(ATP-binding cassette subfamily D member 1)的变异情况。同时选取 ABCD1基因附近的5个短串联重复序列位点进行连锁分析,以排除母源DNA污染。采用描述性统计分析总结X-ALD家系的基因变异及产前诊断特点。 结果:在20个X-ALD家系中,发现了20种 ABCD1基因变异。3例二代测序未检出 ABCD1基因变异的先证者均通过聚合酶链反应-Sanger测序检出变异。20例先证者的母亲中3例未发现携带变异,17例携带变异。20例母亲的24例次产前诊断(胎儿24例)中8例胎儿检出 ABCD1基因变异(引产终止妊娠),16例胎儿未检测到变异,均活产分娩。引产或者生后子代验证结果与产前诊断一致。 结论:致病基因 ABCD1无热点变异,变异大部分遗传自母亲,聚合酶链反应-Sanger测序是检测该基因变异的有效手段;对生育过X-ALD患者的母亲再孕时进行产前诊断,可以有效地预防患儿出生。
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编辑人员丨5天前
