目的 探讨奥沙利铂(oxaliplatin,OXA)对人结肠癌(SW620)细胞转录表达谱的影响.方法 采用CCK-8试验观察终浓度为0(对照)、4、8、16、32、64、100、128 mg/LOXA暴露24 h对SW620细胞的增殖抑制作用,计算半抑制浓度(IC50)值(64 mg/L)作为转录组测序的剂量浓度.采用RNA-seq方法进行转录组测序,筛选差异表达基因,进行GO富集分析、KEEG富集分析、PPI网络构建,探讨OXA的肿瘤增殖抑制作用可能涉及的差异基因、信号通路和生物学过程.结果 与对照组比较,16、32、64、100、128 mg/LOXA暴露组SW620细胞的存活率均下降,差异有统计学意义(P＜0.05);且随着OXA暴露浓度的升高,SW620细胞存活率呈现下降趋势.与对照组比较,OXA组差异表达基因8 187个,其中上调基因2114个,下调基因6073个.GO富集分析结果显示,差异表达基因主要富集在Wnt信号通路、蛋白质丝氨酸-苏氨酸激酶活力、蛋白激酶活力、蛋白质磷酸化等过程.KEEG富集分析结果显示,差异表达基因主要富集在黏着连接、胞吞作用、癌症中的蛋白聚糖、癌症途径、Wnt信号通路等途径.通过PPI网络构建,MCODE和CytoHubba算法筛选出10个hub基因,分别为 UQCRQ、NDUFA1、ATP5IF1、UQCR11、COX6A1、COX7A2、COX7B、NDUFA6、NDUFA4、COX8A.结论 OXA 对入结肠癌细胞SW620的增殖抑制作用可能与其调节细胞线粒体呼吸链及氧化磷酸化相关.

目的 探讨靶向治疗的婴儿型纤维肉瘤(infantile fibrosarcoma,IFS)的临床病理学、免疫表型和分子遗传学特征.方法 收集5例靶向治疗的IFS临床资料,采用免疫组化EnVision两步法检测pan-TRK、NGF、NT3和BDNF等的表达,应用FISH法和NGS技术检测NTRK基因,分析其临床病理特征与TRK抑制剂治疗的预后情况,并复习相关文献.结果 镜下3例IFS可见梭形肿瘤细胞呈交织束状或鱼骨样排列,1例IFS可见较原始的小圆形肿瘤细胞,1例IFS可见血管外皮瘤样结构.免疫表型:3例肿瘤细胞pan-TRK阳性,2例灶阳性;1例NGF强阳性,NT3和BDNF均阴性.分子病理:5例IFS使用NTRK1/2/3分离探针行FISH检测均显示NTRK基因断裂,通过ETV6分离探针和RNA-seq二代测序进一步验证,证实4例ETV6-NTRK3融合和1例LMNA1-NTRK1融合.患者活检/完整切除术后均使用TRK抑制剂治疗,其中1例肿瘤缩小后进行切除,未见肿瘤细胞,NTRK基因融合消失.患者随访时间27～62个月,预后均良好.结论 NTRK基因融合是IFS的分子特征,TRK是NTRK基因融合的IFS治疗重要靶点,TRK抑制剂具有较高的有效性和安全性.

通过对中华大蟾蜍(Bufo bufo gargarizans)5个不同发育时期的耳后腺和腹皮进行转录组测序分析,挖掘参与毒素合成的关键因子,为深入研究毒素合成调控机理提供理论依据.分别取3月龄、6月龄、12月龄、24月龄、36月龄等5个发育时期的中华大蟾蜍耳后腺和腹皮进行转录组测序,利用GO和KEGG对差异表达基因功能进行分析,利用加权共表达网络分析筛选关键基因.将处于相同发育时期腹皮与耳后腺的转录组数据进行比较,分别筛选出3 053、3 026、1 516、1 028和2 061个差异表达基因.由GO分类统计结果可知,差异表达基因在生物过程类别主要集中于细胞过程、单一生物体过程、代谢过程和生物调节;在分子功能类别主要富集于结合、催化活性等方面;在细胞组分类别主要聚集于细胞、细胞组分和细胞器.KEGG通路分析结果表明,差异表达基因在蟾蜍发育过程中参与多条通路,如酪氨酸代谢、过氧化物酶体和初级胆汁酸代谢等.将5个发育时期的共同差异表达基因进行比较,筛选出与类固醇代谢、初级胆汁酸代谢和过氧化物酶体相关的21个基因,利用加权共表达网络分析筛选出4个模块的6个关键基因.在不同发育时期中华大蟾蜍的腹皮与耳后腺差异表达基因中,大量代谢途径基因发生了富集,这些基因可能在调控耳后腺毒素合成中具有重要作用,为解析蟾蜍产毒分子机制奠定了基础.

目的:骨肉瘤是一种极具侵袭性的原发性恶性骨肿瘤,多见于儿童和青少年,预后差.矢巢凋亡(anchorage-dependent cell death,anoikis)已被证明在肿瘤转移中具有重要作用,可调节肿瘤细胞在原发部位的迁移和黏附.作为一种程序性细胞死亡的形式,anoikis在骨肉瘤中的研究较少,尤其是在肿瘤免疫微环境中的研究.本研究旨在阐明anoikis和肿瘤免疫微环境相关基因在骨肉瘤治疗中的预后价值.方法:从GeneCards中获得anoikis相关基因(anoikis-related genes,ANRGs);从产生有效疗法的治疗应用研究和基因表达综合(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库中获取骨肉瘤患者的临床信息和ANRGs表达状况.利用估计包和加权基因共表达网络分析(weighted gene coexpression network analysis,WGCNA)算法识别出与肿瘤免疫微环境高度相关的ANRGs;采用机器学习算法构建长期生存预测模型,将样本分为高危组和低危组,并在GEO队列中进行进一步验证.最后,基于来自GEO数据库的单细胞RNA测序,分析骨肉瘤肿瘤微环境中特征基因的功能.结果:51个与肿瘤微环境高度相关的枢纽ANRGs被证实,从中选择3个基因(MERTK、BNIP3、S100A8)构建预后模型.根据肿瘤微环境分析,在免疫细胞激活和免疫相关信号通路方面,高危组和低危组之间的差异均具有统计学意义(均P<0.05).骨肉瘤微环境中的特征基因被证实通过参与GAS6-MERTK信号通路调控细胞间的串扰.结论:基于ANRGs和肿瘤微环境的预后模型具有良好的预测能力,可为骨肉瘤患者提供更多个性化治疗方案.

目的:研究电离辐射对小鼠骨髓细胞中环状RNA(circular RNA，circRNA)的N 6-甲基腺嘌呤(N 6-methyladenine，m 6A)修饰谱的影响，为揭示RNA表观遗传修饰与放射性造血系统损伤之间的关系提供科学依据。 方法:将24只C57BL/6 J小鼠按随机数表法分为健康对照组和照射组，每组12只。照射组用4 Gy 137Cs γ射线对小鼠进行全身照射。照后将两组小鼠脱颈处死，收集股骨中的骨髓细胞。提取总RNA，通过m 6A RNA免疫沉淀-高通量测序(MeRIP-Seq)技术和生物信息学分析方法，探究小鼠受照后骨髓细胞中circRNA m 6A修饰谱的变化。运用MeRIP-qPCR实验对变化显著的m 6A修饰位点进行验证。 结果:健康对照组和照射组中各鉴定出325和455个(其中两组共有178个，健康对照组特有147个，照射组特有277个)circRNA的m 6A修饰位点。健康对照组和照射组中各鉴定出1 275和1 017个(其中两组共有767个，健康对照组特有508个，照射组特有250个)发生m 6A修饰circRNA的来源基因。与健康对照组相比，照射组中有414个m 6A位点的富集倍数显著上调，178个m 6A位点的富集倍数显著下调，差异具有统计学意义( P < 10 -10；倍数筛选阈值> 5)。基因本体论(GO)分析显示，电离辐射后小鼠骨髓细胞中m 6A修饰水平显著改变的circRNA来源基因涉及染色质相关调控、纤毛转换纤维和多聚(A)特异性核糖核酸酶活性等多种功能。京都基因与基因组百科数据库(KEGG)分析显示，电离辐射后小鼠骨髓细胞中m 6A修饰水平显著改变的circRNA来源基因涉及血小板激活、Fc γ R-介导的吞噬作用和B细胞受体信号通路等多种通路。 结论:电离辐射可引起小鼠骨髓细胞中circRNA的m 6A修饰谱的迅速改变，差异甲基化的circRNA的来源基因涉及多种造血系统放射生物学相关的功能通路。该研究为从表观遗传水平揭示造血系统辐射损伤的分子机制奠定基础。

目的:探讨结直肠癌中错配修复蛋白缺陷（dMMR）与NTRK基因融合的相关性。方法:收集南京大学医学院附属鼓楼医院病理科2015—2019年诊断为结直肠癌的组织蜡块830例，分别运用免疫组织化学和荧光原位杂交（FISH）检测830例甲醛固定石蜡包埋（FFPE）肿瘤组织中错配修复蛋白表达情况以及NTRK1/2/3基因断裂情况。比较dMMR型和错配修复蛋白无缺陷（pMMR）结直肠癌中NTRK1/2/3基因融合的发生率，进一步运用FFPE样本进行RNA Seq二代测序检测，分析融合伴侣和融合方式。结果:830例原发性结直肠癌FFPE样本均成功进行免疫组织化学和FISH检测。dMMR病例82例（9.88%），pMMR病例748例（90.12%）。其中MLH1蛋白缺失比例为9.04%（75/830），PMS2蛋白缺失比例为9.04%（75/830），MSH2蛋白缺失比例为2.53%（21/830），MSH6蛋白缺失比例为4.10%（34/830），MLH1和PMS2共缺失比例为8.67%（72/830），MSH2和MSH6共缺失比例为2.17%（18/830）。伴有dMMR肿瘤与pMMR肿瘤相比较，在发生部位、组织学分型、分化程度、美国癌症联合会（AJCC）分期、N分期及NTRK基因融合的发生频率上差异有统计学意义（ P<0.05）。在82例dMMR的病例中共检测到6例（7.32%）携带NTRK基因融合；而在748例pMMR的病例中共检测到7例（0.94%）携带NTRK基因融合。二代测序进一步证实13例FISH检测阳性的病例均为携带了NTRK基因融合，NTRK基因融合阳性组仅在分化程度上与融合阴性组差异有统计学意义（ P<0.05）。 结论:在原发性结直肠癌中，携带dMMR的肿瘤其NTRK基因融合的比例远高于pMMR的肿瘤。

目的:通过分析特发性肺纤维化(IPF)患者肺组织的单细胞转录组测序(scRNA-seq)数据，联合芪白平肺胶囊的网络药理学，探索IPF患者中与芪白平肺胶囊调控相关的免疫细胞、靶基因及其潜在机制。方法:从基因表达综合数据库(GEO)下载IPF患者(IPF组)和正常者(对照组)的scRNA-seq数据，采用随机数字表法在2组中各选取20个样本用于分析IPF的免疫细胞群及其比例变化。对各免疫细胞群进行差异基因分析，将 P<0.05和|logFC|>0.6的基因鉴定为差异基因。对差异基因进行基因本体论(GO)-生物过程富集分析，探索参与IPF疾病进程的潜在分子功能及机制。基于中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获取芪白平肺胶囊主要活性成分和靶基因，并对靶基因进行GO和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。通过将芪白平肺胶囊靶基因映射到IPF免疫细胞差异基因，构建"活性成分-靶基因-免疫细胞"网络。通过GO和KEGG富集分析探索芪白平肺胶囊用于治疗IPF患者的潜在作用机制。通过STRING数据库和Cytoscape软件对"活性成分-靶基因-免疫细胞"网络中靶基因进行蛋白质互作分析并寻找关键靶基因。 结果:在IPF组和对照组的肺组织中共发现B细胞、T细胞和先天淋巴细胞等18个免疫细胞群。与对照组比较，IPF组中经典2型树突状细胞、肥大细胞、浆细胞样树突细胞和调节性T细胞比例均增加，差异均有统计学意义(均 P<0.05)。18个免疫细胞群共包含534个差异基因，参与了淋巴细胞的活化、抗原的加工和呈递、白细胞的迁移和趋化作用等免疫相关生物过程。芪白平肺胶囊包含18个有效活性成分和239个靶基因，其中联苯双酯、槲皮素、毛异黄酮等9个活性成分靶向IPF中除浆细胞样树突细胞外的17个免疫细胞群与IL-1B、VEGFA、FOS等42个差异基因。这些靶向差异基因主要富集于活性氧或氧化应激相关通路与多个免疫信号通路，包括IL-17、MAPK、TNF通路等。 结论:芪白平肺胶囊可能靶向多种免疫细胞，并通过活性氧或氧化应激相关通路与IL-17、MAPK、TNF等免疫信号通路，调控IPF患者的免疫炎症反应。

单细胞转录组测序(scRNA-seq)是一种在细胞水平观测单个细胞之间转录组差异的新兴技术，其基本策略是捕获单细胞，经裂解得到微量mRNA，逆转录后扩增，cDNA用于制备测序文库。目前该技术已被广泛应用于多个学科领域。视觉神经系统在结构上包括视网膜、外侧膝状体及视皮层等，负责视觉信息的获取和处理，进而形成视觉。视觉信息占全部感觉信息的70%以上，故对视觉神经系统的研究显得尤为重要。随着科学技术的快速发展，单细胞转录组测序技术的研究成果也越来越多，该技术正逐渐成为指导临床实践的重要工具，为基础研究向临床转化搭建了桥梁。本文介绍单细胞转录组测序技术的主要技术路线和方法，并详述其在视觉系统研究中的应用。

目的:分析脓毒症外源性急性呼吸窘迫综合征（ARDS）大鼠的差异表达基因（DEG），从转录组水平探讨脓毒症ARDS的早期诊断及防护机制。方法:将12只6~8周龄雄性SD大鼠按随机数字表法分为脂多糖（LPS）致脓毒症ARDS模型组（模型组，腹腔注射LPS 15 mg/kg）与对照组（腹腔注射等量生理盐水），每组6只。分别提取两组大鼠左肺组织RNA，采用illumina Hiseq测序平台的双端测序模式进行高通量测序。采用DESeq2软件以| log 2差异倍数（FC）|≥3且 P<0.001筛选DEG。对DEG进行基因本体（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书数据库（KEGG）通路富集分析。使用STRING在线数据库和CytoScape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络并筛选关键基因。分离并提取2021年3月至11月连云港市第一人民医院急危重症医学部收治的20例脓毒症患者及20例年龄匹配的同期健康体检者的外周血单个核细胞（PBMC），采用实时荧光定量聚合酶链反应（RT-qPCR）对关键基因进行验证。 结果:共筛选出DEG 286个，其中上调基因202个，下调基因84个。GO富集分析表明，DEG主要参与了中性粒细胞趋化迁移、抗菌体液反应、宿主免疫应答及体液免疫反应等生物学过程；KEGG富集分析显示，DEG主要通过参与白细胞介素-17（IL-17）信号通路、肿瘤坏死因子（TNF）信号通路及趋化因子信号通路发挥生物学作用。PPI分析共筛选出节点蛋白262个，相互作用关系852条边；筛选出前15位关键基因，分别为IL-6、TNF、IL-10、IL-1β、CXC趋化因子配体1（CXCL1）、CXCL10、CXC趋化因子受体3（CXCR3）、CXCR2、CXCL9、CC趋化因子配体7（CCL7）、CXCL11、CCL1、CXCL13、CCL12、CCL22。采用RT-qPCR对脓毒症ARDS患者与健康对照者PBMC进行差异基因测序验证，结果显示，脓毒症患者5个代表性关键基因表达明显高于健康对照者〔IL-6 mRNA（2 -ΔΔCt）：2.803±1.081比0.951±0.359，TNF mRNA（2 -ΔΔCt）：2.376±0.799比1.150±0.504，CXCL10 mRNA（2 -ΔΔCt）：2.500±0.815比1.107±0.515，CXCR3 mRNA（2 -ΔΔCt）：1.655±0.628比0.720±0.388，CCL22 mRNA（2 -ΔΔCt）：1.804±0.878比1.010±0.850，均 P<0.05〕，与RNA测序结果一致。 结论:炎症细胞趋化迁移脱颗粒、细胞因子免疫应答反应等生物学过程和CXCL10/CXCR3、IL-17等信号通路在脓毒症外源性ARDS发生发展过程中起着重要的作用，可作为进一步研究肺损伤机制和临床防治的新思路及新靶点。

目的:探索胶质母细胞瘤(GBM)发生发展过程中发生差异表达的基因并初步探讨其功能及作用，以明确影响GBM生物学行为的靶基因。方法:应用GEO2R在线分析从基因表达综合数据库(GEO)中获取的GSE70231数据集的原始基因表达谱，从而得到差异表达基因；应用DAVID数据库对差异表达基因进行基因本体(GO)功能及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析；应用STRING数据库构建差异表达基因的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络，然后应用Cytoscape中的插件cytoHubba和MCODE分析PPI网络，从而获取靶基因；应用基于癌症基因组图谱(TCGA)数据库中样本数据的GEPIA在线分析靶基因在GBM组织中的表达情况及其对患者总生存期的影响，最后应用人体组织的RNA-seq数据集GSE50021验证筛选出来的靶基因。结果:共筛选出520个GBM组织与正常脑组织间的差异表达基因，包含305个上调基因和215个下调基因。GO功能富集分析显示，差异表达基因的生物学过程主要富集在信号转导、细胞粘附、细胞增殖的正调控等方面，细胞学组分主要为细胞外外泌体、细胞质、细胞质膜等，分子功能显著富集在蛋白质结合率方面。KEGG通路富集分析显示，差异表达基因主要富集于丝裂原活化蛋白激酶信号通路、癌症中的蛋白多糖信号通路、催产素信号通路、钙信号通路。应用插件cytoHubba和MCODE从差异表达基因的PPI网络中共获取到17个靶基因，靶基因功能分析及临床样本验证显示8个基因( VCAM1、 SPP1、 ITGB1、 CTGF、 VIM、 ITGAV、 COL1A1、 BCL2A1)为影响GBM生物学行为的靶基因，其中 BCL2A1、 COL1A1、 ITGAV这3个靶基因与GBM的关系报道尚少，GSE50021数据集验证显示这3个靶基因在GBM组织中的表达明显高于正常脑组织，差异均有统计学意义( P<0.05)。 结论:本研究分析得出的8个靶基因尤其是 BCL2A1、 COL1A1、 ITGAV可能是未来探寻GBM发病机制及其诊断治疗的重要研究靶点。