目的:探讨腺苷酸活化蛋白激酶亚基α2(protein kinase AMP-activated catalytic subunit alpha 2，Prkaa2）与核糖体蛋白S6激酶A1 （ribosomal protein S6 kinase A1，Rps6ka1）的关系及Prkaa2对转化生长因子β1 （transforming growth factor-β，TGF-β1）诱导的肾小管上皮细胞纤维化的影响。方法:用重组蛋白TGF-β1诱导NRK-52e细胞制备纤维化的细胞模型。采用实时定量聚合酶链反应（real-time quantitative polymerase chain reaction，qRT-PCR）、蛋白质印迹法检测大鼠肾小管上皮细胞系NRK-52e细胞（对照组）和10 ng/ml TGF-β1诱导12、24、36 h的NRK-52e细胞中Prkaa2的表达水平。于NRK-52e贴壁生长达30%时加入Prkaa2低表达慢病毒，转染72 h后收集细胞，并于Prkka2低表达慢病毒组及Prkaa2空病毒组中用qRT-PCR检测Prkaa2敲减效率。设立TGF-β1诱导、Prkaa2RNAi+ TGF-β1诱导和Prkaa2空病毒+TGF-β1诱导3个实验组，同时以正常未作任何处理的NRK-52e细胞系为对照组。通过蛋白质印迹法检测Prkaa1、Prkaa2、α-平滑肌肌动蛋白（Alpha-smooth muscle actin，α-SMA）、E钙粘蛋白（E-cadherin）、波形蛋白（Vimentin）、Bcl-2相关X蛋白（Bax）、含半胱氨酸的天冬氨酸蛋白水解酶9 （cysteinyl aspartate specific proteinase9，Caspase9）和p53基因（p53）的表达。从Prkaa2RNAi+TGF-β1诱导组和Prkaa2空病毒+TGF-β1诱导组中分别选取3个生物学重复样本，通过Affymetrix基因表达谱芯片测序结果筛选差异表达的基因。然后，在Prkaa2RNAi+TGF-β1、Prkaa2空病毒+TGF-β1诱导2个实验组中验证Prkaa2、Rps6ka1的表达。结果:qRT-PCR及蛋白印迹检测结果显示，TGF-β1诱导12 h时NRK-52e细胞中Prkaa2的mRNA和蛋白的相对表达量分别为1. 368±0. 083和1. 311±0. 007，与对照组1. 000±0. 123和1. 159±0. 009相比，差异有统计学意义（ P<0. 05）。qRT-PCR实验结果显示Prkaa2空病毒组相对表达量为1. 042± 0. 302，较Prkaa2低表达慢病毒组为0. 171±0. 165 ，Prkaa2 mRNA表达下调，差异具有统计学意义（ P= 0. 023）。蛋白质印迹法检测结果显示，TGF-β1诱导组E-cadherin相对表达量为2. 89±0. 04，较对照组3. 82±0. 03下调，差异有统计学意义（ P<0. 05）；TGF-β1诱导组Prkaa1相对表达量为1. 04±0. 04，较对照组1. 06±0. 05未见明显变化，差异无统计学意义（ P>0. 05）；TGF-β1诱导组α-SMA、Vimentin和Bax、Caspase9、p53相对表达量分别为3. 60±0. 03、1. 07±0. 07、1. 81±0. 02、1. 17±0. 04、0. 62± 0. 01，均较对照组2. 95±0. 04、0. 74±0. 03、1. 00±0. 04、0. 77±0. 05、0. 37±0. 01上调，差异均有统计学意义（ P<0. 05）。Prkaa2RNAi+TGF-β1诱导组E-cadherin相对表达量为3. 57±0. 03，较空病毒+ TGF-β1诱导组3. 04±0. 15上调，差异有统计学意义（ P<0. 05）；Prkaa2RNAi+ TGF-β1诱导组Prkaa1相对表达量为1. 03±0. 05，较空病毒+TGF-β1诱导组1. 05±0. 06未见明显变化，差异无统计学意义（ P>0. 05）；Prkaa2RNAi+ TGF-β1诱导组Prkaa2、α-SMA、Vimentin和Bax、Caspase9、p53相对表达量分别为0. 54±0. 02、3. 21±0. 07、0. 44±0. 03、1. 16±0. 08、0. 94±0. 03、0. 44±0. 03，均较空病毒+TGF-β1诱导组0. 89±0. 01、3. 49±0. 06、0. 98±0. 07、1. 87±0. 02、1. 21±0. 04、0. 65± 0. 03下调，差异均有统计学意义（ P<0. 05）。Affymetrix基因表达谱芯片测序结果显示核糖体蛋白S6激酶A1(ribosomal protein S6 kinase A1，Rps6ka1）下调。蛋白质印迹法和qRT-PCR验证结果提示，Prkaa2RNAi+TGF-β1诱导组Rps6ka1表达相对表达量为0. 60±0. 02、0. 590±0. 026，较Prkaa2空病毒+TGF-β1诱导组1. 15±0. 04、1. 003±0. 080下调，差异有统计学意义（ P<0. 05）。 结论:Prkaa2与Rps6ka1存在正向调控关系，抑制Prkaa2可以改善TGF-β1诱导的肾小管上皮细胞纤维化。

目的:识别鉴定α粒子辐射致人支气管上皮BEP2D细胞癌变中的差异表达核仁小分子RNA(snoRNA)，预测其靶标基因及RNA共表达网络。方法:通过全基因组转录组微阵列芯片对人支气管上皮细胞BEP2D及由其衍生的α粒子诱发癌变的BERP35T-4细胞的RNA差异表达谱分析，从中筛选出差异表达的snoRNA，qRT-PCR验证包括其衍生sdRNA在内的表达变化，通过生物信息学分析snoRNA的功能区，预测靶标和共表达网络。结果:qRT-PCR验证结果与芯片结果一致，sno116家族在BERP35T-4中表达下降，是BEP2D的0.105%，差异有统计学意义( t＝26.60， P<0.01)；筛选的sno116-14等在癌变细胞BERP35T-4及人肺癌细胞A549和H1299等中表达量普遍下调，并且还发现sno116-14衍生的sdRNA的表达量在同一细胞中差异显著，建立了sno116家族的mRNA-lncRNA共表达网络，预测靶标有ZNF280D、TFDP1、CCDC28B、RPS6KA3、CANX、RUNX1、KALRN等，功能上与细胞增殖、细胞骨架结构等相关。 结论:识别鉴定了α粒子辐射致细胞癌变相关差异表达snoRNA，预测sno116-14的靶标基因参与细胞增殖、细胞骨架结构等生物学过程和功能调控信号通路，为C/D box snoRNA发挥功能的作用方式及电离辐射致癌机制提供了新的信息。

目的:应用单核苷酸多态性微阵列(single nucleotide polymorphism array，SNP-array)技术为1例携带染色体平衡易位的孕妇提供产前诊断。方法:采用常规G显带染色体分析和SNP-array对胎儿及其父母进行分析。结果:SNP-array检测结果显示胎儿染色体Xp22.12区存在496.3 kb的片段重复，临床意义不明；表型正常的母亲染色体Xp22.12区相同位置存在505.8 kb的重复，父亲检测结果未见异常。胎儿足月经剖宫产出生，随访未见异常。结论:Xp22.12微重复区包含 RPS6KA3基因的部分区段，因而表现为不同程度的Coffin-Lowry综合征症状，少部分Xp22.12微重复女性可因X染色体失活而成为无症状的携带者，本研究为Xp22.12微重复表型与基因型的关联提供了一定的依据。

目的 通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)方法构建并分析COVID-19和心房颤动(房颤,AF)的共表达网络,探寻COVID-19相关AF可能发病机制.方法 从GEO数据库(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)中获得COVID-19和AF相关数据集,通过WGCNA识别疾病相关模块,将COVID-19和AF疾病相关模块中的基因进行交叉,得到COVID-19相关AF的共享基因,进行GO、KEGG、Reactome、WIKI Pathway分析探寻可能的生物学功能,并构建PPI蛋白网络互作图,运用Cytoscape软件确定关键基因和关键通路.结果 共得到45个COVID-19和AF的共享基因,富集分析显示目标基因涉及多个生物学进程及通路,其中MAPK信号通路最值得关注.结论 探讨了COVID-19和AF之间联系的分子机制,得到了3个关键基因MAP3K1、CREB1、RPS6KA3,认为AngII-MAPK信号通路的过度激活所导致的炎症风暴在COVID-19相关AF中发挥了关键作用.

目的:网络药理学结合GEO数据集探讨翻白草治疗 2 型糖尿病的分子机制.方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)下载翻白草化学成分信息,经SwissADME对各成分进行筛选和SwissTargetPrediction预测靶点后,得到药物作用靶点.采用R软件下载GEO数据中GSE系列,提取表达矩阵,对原始数据进行归一化处理后提取临床信息,采用limma程序包进行 2 型糖尿病差异基因分析.通过微生信在线平台获取药物作用靶点和疾病差异基因交集,即为翻白草治疗 2 型糖尿病的潜在作用靶点,对潜在作用靶点进行生物信息学分析,采用分子对接方法对分析结果进行验证.结果:筛选得到翻白草中 20 个化学成分,经SwissTargetPrediction预测后,得到374 个药物作用靶点,R软件分析获得 2 型糖尿病差异基因 658 个,取交集后得到 17 个潜在作用靶点.经过基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析可知,翻白草有效成分有原儿茶酸、咖啡酸、山柰酚、3,4,5-三羟基苯甲酸、罗索酸,通过作用蛋白激酶C-θ(PKC-θ)、核转录因子-κB p65 亚单位(RELA)、核糖体蛋白S6 激酶α3(RPS6KA3)、信号传导和转录激活因子 3(STAT3)、乳酸脱氢酶B(LDHB)和 6-磷酸果糖激酶-2/果糖-2,6-二磷酸酶同工酶 3(PFKFB3)靶点,参与胰岛素抵抗通路(P<0.01)、低氧诱导因子-1(HIF-1)信号通路(P<0.01)和脂肪细胞因子信号通路(P<0.01)来发挥治疗 2 型糖尿病作用.分子对接结果显示,PKC-θ、RELA、STAT3 与咖啡酸,RPS6KA3 与罗索酸,LDHB与 3,4,5-三羟基苯甲酸,PFKFB3 与山柰酚之间均具有较好的对接活性.结论:通过网络药理学结合GEO数据集,初步预测了翻白草治疗 2 型糖尿病的潜在靶点和可能的作用机制,为翻白草治疗 2 型糖尿病的进一步研究提供理论依据.

创新点:本研究比较详细地阐明了与神经轴突再生相关的微小RNA(miRNA)、转录因子和靶基因的相互作用关系,为神经系统疾病的恢复奠定基础.方法:本研究从基因表达综合数据库中获得与轴突再生相关的转录因子和基因数据,利用文献报道及生物信息学数据库预测的方法筛选与轴突再生相关的基因靶向miRNA.利用生物信息学方法分析了三者之间的网络作用关系,预测了在相互作用网络中发挥重要作用的节点.最后对目标基因的基因本体(GO)功能进行了富集.结论:通过分析,初步筛选了与神经轴突再生相关的51个miRNA、27个转录因子和59个靶标基因.进一步分析得到359对前馈环路,在此基础上推测了神经轴突再生过程中发挥重要作用的7个核心基因(Nap1l1、Arhgef12、Sema6d、Akt3、Trim2、Rab11fip2和Rps6ka3),6个miRNA(hsa-miR-204-5p、hsa-miR-124-3p、hsa-miR-26a-5p、hsa-miR-16-5p、hsa-miR-17-5p和hsa-miR-15b-5p)和8个转录因子(Smada2、Fli1、Wt1、Sp6、Sp3、Smad4、Smad5和Creb1).

目的 探讨Coffin-Lowry综合征的临床特点.方法 回顾分析1例Coffin-Lowry综合征患儿的临床资料及基因学检测结果,并复习相关文献.结果 患儿,男,4岁3个月,因智力运动迟缓就诊;患儿有特殊面容,头小、前额突出、眼距宽、眼裂外下斜、鼻梁低平、口大、唇厚、牙釉质发育不良、耳大,手指呈椎体样.基因组测序及生物信息学分析显示患儿RPS6KA3基因5号外显子存在一处半合子突变c.340C＞T(胞嘧啶＞胸腺嘧啶),致氨基酸变化p.Arg 114Trp(精氨酸＞色氨酸),确诊为Coffin-Lowry综合征.结论 Coffin-Lowry综合征患儿有智力运动迟缓,特殊面容;基因检测有助于早期诊断.

目的 观察IVF-ET技术对早期胎盘滋养层细胞MAPK信号通路基因表达的影响,探讨IVF-ET技术对早期胎盘发育和功能的影响. 方法 IVF-ET周期中双胚胎移植后妊娠7～8周,经超声引导下减胎获得的胎盘绒毛组织作为研究组(IVF-ET组,28例),自然妊娠双胎7～8周人工流产中获得的胎盘绒毛组织作为对照组(8例).利用AffymetrixHG-U133 Plus 2.0基因芯片对两组胎盘绒毛组织进行芯片杂交分析.用定量反转录聚合酶链反应(qRT PCR)在两组胎盘绒毛组织中验证其中的8个差异表达基因,从基因芯片数据中选取差异表达基因进行无监督聚类分析和基因本体(GO)功能生物信息学分析. 结果 与对照组相比,IVF-ET早期胎盘MAPK信号通路有32个差异表达基因(差异倍数≥2倍),13个基因上调,19个基因下调.上调基因是PLA2G12B、JUN、RPS6KA3、ACVR1B、FGF 18、PRKACB、RASGRP3、PLA2G4A、FGFR4、PDGFRA、CACNB2、RPS6KA2和SOS1,下调基因是STK4、GNG12、MAPK9、DUSP16、IL1R2、MAP3K8、BRAF、STK3、HSPA2、HSPB1、DUSP4、EGFR、IL1R1、TGFB1、RASA1、RPS6KA5、GADD45G、PLA2G2A和DUSP5.经qRT-PCR检测,与对照组相比,IVF-ET组8个MAPK信号通路基因成员中JUN、PLA2G4A、PDGFRA和SOS1上调,MAPK9、EGFR、TGFB1和GADD45G下调,与基因芯片检测结果一致.MAPK信号通路基因定位显示,IVF-ET组胎盘绒毛组织中受到影响的基因主要位于MAPK信号通路的上游. 结论 IVF-ET来源的早期胎盘MAPK信号通路基因表达与自然妊娠早期胎盘中存在差异,差异的基因涉及MAPK信号通路的多种关键功能,进而可能影响IVF-ET胎盘早期发育和功能.

核糖体蛋白S6激酶A3(ribosomal protein S6 kinase A3,RPS6KA3)具有丝氨酸/苏氨酸激酶活性,在机体的生理过程中发挥重要作用.为了研究RPS6KA3基因的性质和功能,利用一系列生物信息学分析软件对该基因序列及其编码蛋白的结构和特性进行生物信息学分析.结果表明,人RPS6KA3基因共编码740个氨基酸组成的多肽,其在进化过程中高度保守,隶属于PKc like超家族,是一种等电点为6.41的不稳定的水溶性蛋白,无信号肽序列和跨膜结构.该蛋白定位于细胞质的可能性最大,主要的二级结构为α-螺旋结构,具有多个磷酸化功能位点.与RPS6KA3相互作用的蛋白主要是MAPK信号途径相关蛋白、mTOR信号途径相关蛋白及蛋白合成相关蛋白等.分析结果为进一步研究RPS6KA3在生命过程中的作用提供重要信息.

目的:采用非标记定量(Label-free)蛋白质组学技术研究色胺酮抗小鼠体内乳腺癌的作用机制.方法:采用超高效液相色谱-质谱联用技术检测色胺酮抗小鼠乳腺癌的表达蛋白,选择Ionoptics nano UPLC C18色谱柱(0.075 mm×250 mm,1.6μm),流动相0.1％甲酸水溶液-0.1％甲酸乙腈溶液梯度洗脱,正离子模式,扫描范围m/z 100～1 700,使用MaxQuant l.6.5.0进行数据库检索.采用Label-free高分辨质谱的蛋白质组学技术筛选4T1乳腺癌小鼠模型组与色胺酮(100 mg·kg-1)口服给药组之间的差异表达蛋白,进行色胺酮抗乳腺癌的蛋白质组学研究.结果:共鉴定出3 997个蛋白质,其中有2 911个蛋白可定量.模型组与色胺酮组共750个差异表达蛋白,其中286个蛋白上调,464个蛋白下调.基因本体分析表明,这些差异表达蛋白主要参与增殖、细胞迁移、凋亡、免疫、血管生成和炎症调节等生物学过程.京都基因与基因组百科全书通路分析进一步表明,这些蛋白主要集中于T细胞受体,B细胞受体,Toll样受体,核转录因子-κB(NF-κB),Ras蛋白,白细胞介素-17,肿瘤坏死因子,磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K-Akt)和丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)等信号通路.结论:与色胺酮抗4T1乳腺癌作用密切相关的差异表达蛋白包括上调蛋白白细胞分化抗原14(CD14),前列腺素G/H合酶2(PTGS2),泛素蛋白连接酶E3和下调蛋白CD44,70 kDa热休克蛋白1A(HSPA1A),巨噬细胞移动抑制因子(MIF),NF-κB,核糖体蛋白S6激酶α-4(RPS6KA4)和高迁移率族蛋白B1(HMGB1),提示色胺酮主要通过调节肿瘤炎症微环境来达到抑制小鼠乳腺癌的作用.