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α粒子辐射诱发人支气管上皮BEP2D细胞癌变的snoRNA鉴定及靶标预测
编辑人员丨1周前
目的:识别鉴定α粒子辐射致人支气管上皮BEP2D细胞癌变中的差异表达核仁小分子RNA(snoRNA),预测其靶标基因及RNA共表达网络。方法:通过全基因组转录组微阵列芯片对人支气管上皮细胞BEP2D及由其衍生的α粒子诱发癌变的BERP35T-4细胞的RNA差异表达谱分析,从中筛选出差异表达的snoRNA,qRT-PCR验证包括其衍生sdRNA在内的表达变化,通过生物信息学分析snoRNA的功能区,预测靶标和共表达网络。结果:qRT-PCR验证结果与芯片结果一致,sno116家族在BERP35T-4中表达下降,是BEP2D的0.105%,差异有统计学意义( t=26.60, P<0.01);筛选的sno116-14等在癌变细胞BERP35T-4及人肺癌细胞A549和H1299等中表达量普遍下调,并且还发现sno116-14衍生的sdRNA的表达量在同一细胞中差异显著,建立了sno116家族的mRNA-lncRNA共表达网络,预测靶标有ZNF280D、TFDP1、CCDC28B、RPS6KA3、CANX、RUNX1、KALRN等,功能上与细胞增殖、细胞骨架结构等相关。 结论:识别鉴定了α粒子辐射致细胞癌变相关差异表达snoRNA,预测sno116-14的靶标基因参与细胞增殖、细胞骨架结构等生物学过程和功能调控信号通路,为C/D box snoRNA发挥功能的作用方式及电离辐射致癌机制提供了新的信息。
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编辑人员丨1周前
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促癌基因SNORA72对结直肠癌细胞放射敏感性的作用研究
编辑人员丨1周前
目的:探索核仁小RNA(snoRNA)SNORA72基因在不同癌症特别是结直肠癌(CRC)中的表达模式及其对CRC细胞的生长及放射敏感性的影响。方法:应用开放的癌症数据库分析SNORA72在不同癌症组织和CRC组织中的表达水平。构建过表达或敲低SNORA72的CRC细胞株HT29,将HT29细胞株分为过表达SNORA72组(LV-SNORA72)及其阴性对照组(LV-NC)、敲低SNORA72表达组(ASO-SNORA72)及其阴性对照组(ASO-NC)。采用实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)检测HT29细胞中SNORA72表达情况。分别检测在体外过表达或敲低SNORA72后,对细胞增殖、细胞克隆形成、细胞凋亡、细胞周期的影响。对LV-SNORA72组及LV-NC组的HT29细胞进行不同剂量 60Co γ射线照射,检测各组细胞的存活分数(SF)和凋亡率。采用转录组学分析法探讨SNORA72影响HT29细胞生长可能的作用机制。两组间的比较采用独立样本 t检验。 结果:癌症数据库分析发现SNORA72在包括CRC在内的多种癌症组织中高表达,且差异均有统计学意义(均 P<0.05)。qRT-PCR检测结果显示,与LV-NC组相比,LV-SNORA72组SNORA72的相对表达水平明显升高[(2.68±0.06)对(1.00± 0.17)],且差异有统计学意义( t=16.570, P<0.001)。另外,与ASO-NC组相比,ASO-SNORA72组SNORA72的相对表达水平明显降低[(0.61±0.08)对(1.00±0.13)],且差异有统计学意义( t=4.355, P<0.05)。细胞增殖检测结果显示,在实验的第3、4、5天,LV-SNORA72组的吸光度值明显高于LV-NC组[(0.79±0.05)对(0.51±0.09)、(1.78±0.04)对(1.22±0.05)、(3.30±0.05)对(2.19± 0.06)],且差异均有统计学意义( t=8.582、16.400、31.200,均 P<0.001)。相反,ASO-SNORA72组的吸光度值明显低于ASO-NC组[(0.42±0.07)对(0.55±0.05)、(1.04±0.08)对(1.25±0.05)、(1.46± 0.09)对(1.74±0.08)],且差异均有统计学意义( t=3.957、6.147、8.471,均 P<0.01)。细胞克隆形成实验结果显示,LV-SNORA72组的克隆形成率明显高于LV-NC组[(40.87±1.70)%对(26.60± 0.40)%],且差异有统计学意义( t=14.140, P<0.001)。相反,ASO-SNORA72组的克隆形成率明显低于ASO-NC组[(9.60±0.40)%对(12.43±0.38)%],且差异有统计学意义( t=8.910, P<0.001)。细胞凋亡检测结果显示,LV-SNORA72组的细胞凋亡率明显低于LV-NC组[(1.89±0.16)%对(2.64±0.15)%],且差异有统计学意义( t=6.115, P<0.01)。相反,ASO-SNORA72组的细胞凋亡率明显高于ASO-NC组[(6.44±0.54)%对(3.92±0.37)%],且差异有统计学意义( t=6.644, P< 0.01)。Western blot结果显示,与ASO-NC组相比,ASO-SNORA72组可以促进凋亡蛋白PARP和Caspase3发生剪切活化,Bax蛋白表达水平升高,同时抑制抗凋亡蛋白Survivin和Bcl-2的表达。放射敏感性分析的细胞克隆形成实验结果显示,在经1、2、4、6 Gy γ射线照射后,LV-SNORA72组细胞的SF均较LV-NC组增加[(0.89±0.05)对(0.81±0.03)、(0.64±0.10)对(0.47± 0.01)、(0.16±0.04)对(0.09±0.01)、(0.04±0.01)对(0.02±0.01)],且差异均有统计学意义( t=4.063、8.802、4.045、2.937,均 P<0.05)。放射诱导的细胞凋亡结果显示,在4 Gy照射后48 h和72 h,与LV-NC组相比,LV-SNORA72组细胞凋亡率明显降低[(8.14±0.12)%对(9.86±0.22)%、(11.26±0.52)%对(15.83±1.54)%],且差异均有统计学意义( t=3.470、9.208,均 P<0.05);在8 Gy照射后48 h和72 h,与LV-NC组相比,LV-SNORA72组细胞凋亡率明显降低[(13.29±0.17)%对(14.88±0.58)%、(19.82±0.56)%对(23.7±0.6)%],且差异均有统计学意义( t=3.201、7.819,均 P<0.05);在12 Gy照射后48 h和72 h,与LV-NC组相比,LV-SNORA72组细胞凋亡率明显降低[(14.06±0.32)%对(18.56±1.08)%、(22.19±0.02)%对(26.84±0.66)%],且差异均有统计学意义( t=9.054、9.369,均 P<0.001)。转录组学分析结果显示,SNORA72过表达影响细胞活化、细胞黏附、免疫和炎症反应,以及细胞迁移和增殖等生物学过程。 结论:SNORA72在CRC组织中特异性高表达且与患者不良预后相关,过表达SNORA72促进CRC细胞的生长和增殖,增加细胞放射抵抗性。
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编辑人员丨1周前
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核仁小RNA在恶性肿瘤中的研究进展
编辑人员丨1周前
核仁小RNA(snoRNA)是一类长度约为60~300个核苷酸的非编码RNA,主要指导核糖体RNA的甲基化和假尿苷化,参与核糖体的成熟和转录后修饰。典型的snoRNA分为C/D 盒(C/D box)和H/ACA 盒(H/ACA box)两种主要类型。越来越多的证据证明,snoRNA可影响细胞多种生物学行为,与肿瘤形成密切相关。异常的snoRNA通过激活或抑制癌症相关信号通路、靶向作用于p53蛋白,以及调控细胞的自我更新潜能,从而导致肿瘤发生。本文就snoRNA的基本结构及其在恶性肿瘤中的作用机制进行阐述,以期为寻找有效肿瘤治疗靶点和评估患者预后提供新思路。
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编辑人员丨1周前
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snoRNA在电离辐射诱导的DNA损伤中的作用及研究进展
编辑人员丨1周前
核仁小RNA(small nucleolus RNA, snoRNA)是一类在真核生物中普遍存在的非编码RNA,根据其结构特征,可分为两大类:box C/D snoRNA和box H/ACA snoRNA,分别介导RNA 2′-O-甲基化和假尿嘧啶化修饰。近期研究发现,snoRNA还影响mRNA前体(pre-mRNA)的可变剪接,能够通过生成miRNA来介导基因沉默,并通过与蛋白质相互作用调节其功能活性。在电离辐射的生物效应中,DNA损伤与修复过程是至关重要的生物学基础。然而,目前关于snoRNA在电离辐射引起的DNA损伤中的作用的研究还相当有限。本综述旨在概述snoRNA的生物学功能及其在电离辐射诱导的DNA损伤修复中可能的调控角色,以期为探究snoRNA的功能及机制提供新思路。
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编辑人员丨1周前
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力学敏感性Box C/D核仁小RNA90促进骨骼肌卫星细胞成肌分化
编辑人员丨1周前
目的:检测力学刺激通过核仁小RNA(snoRNA)调控骨骼肌卫星细胞成肌分化的机制。方法:8周龄雄性C57BL/6小鼠购自上海斯莱克实验动物有限责任公司,利用随机数表将小鼠随机分为两组,每组有6只小鼠:重力负荷组和后肢去负荷组,构建后肢悬吊小鼠模型检测力学刺激缺失对骨骼肌分化的影响,C2C12细胞购自中国科学院典型培养物保藏委员会细胞库,将细胞分为两组:对照组和循环牵张力学组,利用Flexcell FX-5000细胞加力系统构建骨骼肌卫星细胞C2C12循环机械牵张力学刺激模型,利用定量聚合酶链反应(qPCR)检测骨骼肌组织以及C2C12细胞中基因的表达变化,利用蛋白质印迹法(Western blot)检测C2C12细胞中肌细胞增强因子2C(MEF2C)蛋白的表达,利用双荧光素酶报告基因检测SNORD90和miR-18a-3p的结合,两组间的统计差异通过Student’s t检验确定。 结果:HU组小鼠腓肠肌的重量(0.165±0.015)和比目鱼肌的重量(0.141±0.021)低于WB组(0.221±0.013、0.253±0.019, t=9.574、6.499, P<0.01),HU组小鼠腓肠肌MEF2C mRNA表达(0.462±0.274)低于WB组(1.000±0.137, t=9.606, P<0.01)。CMS组C2C12细胞中MEF2C mRNA的表达(18.633±1.532)高于NC组(1.000±0.128, t=10.687, P<0.01)。pLVX-SNORD90组C2C12细胞中MEF2C mRNA的表达(1.748±0.122)高于pLVX-Vector组(1.000±0.128, t=9.684, P<0.01)。SNORD90可以通过碱基互补配对的方式结合miR-18a-3p。miR-18a-3p过表达抑制MEF2C蛋白的表达,抑制miR-18a-3p的表达促进MEF2C蛋白的表达,miR-18a-3p影响SNORD90对MEF2C蛋白的表达调控。 结论:力学刺激促进C2C12细胞中SNORD90的表达,SNORD90通过碱基互补配对结合miR-18a-3p并抑制其功能促进MEF2C的表达。
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编辑人员丨1周前
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小核仁RNA SNORA63在急性白血病患者中的异常表达及其临床意义
编辑人员丨1个月前
目的:探析小核仁RNA SNORA63在急性白血病(AL)患者骨髓血中的表达情况及其在AL患者临床诊疗及预后转归中的意义.方法:收集广东医科大学附属医院2018年3月-2021年12月共53例初诊AL患者和29例健康人骨髓血标本,采用实时荧光定量聚合酶链式反应(qRT-PCR)检测两组人群SNORA63的相对表达量.以AL患者SNORA63中位表达水平为界值,将患者分为SNORA63高表达组和低表达组,分析和探讨SNORA63表达水平与AL患者临床特征、临床指标以及预后之间的关系.结果:SNORA63在初治AL中的相对表达量显著低于健康对照组[0.3018(0.0244-1.2792)vs 1.0882(0.2797-1.9889)](P<0.01),初始治疗后未获缓解的 AL 患者 SNORA63 表达水平显著低于健康对照者及CR患者(P<0.01),但SNORA63表达水平在AML与ALL组间无统计学差异(P>0.05).SNORA63异常低表达与AL患者发热、出血倾向、不良预后、疗效、血小板(PLT)、乳酸脱氢酶(LDH)、白蛋白(ALB)和分子生物学异常等密切相关(P<0.05),与性别、年龄、AL分型、皮肤黏膜苍白、疲倦、髓外浸润、白细胞计数(WBC)、血红蛋白(HGB)、C-反应蛋白(CRP)、降钙素原(PCT)、纤维蛋白原(FIB)以及染色体核型无显著相关性(P>0.05).SNORA63高表达组的OS和EFS显著优于低表达组(P<0.05).单因素Cox回归分析结果显示,SNORA63、分子生物学异常、发热、PLT和LDH是AL患者OS和EFS的影响因素(P<0.05);而多因素Cox回归分析结果显示,发热、分子生物学异常和LDH是OS和EFS的独立影响因素(P<0.05).结论:SNORA63在AL患者中显著低表达,是在AL患者病情监测及预后评估中极具临床价值的分子标志物.
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编辑人员丨1个月前
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外周血snoRNA单一及组合panel对原发性肝癌的诊断价值
编辑人员丨2024/6/22
目的 探讨外周血中小核仁RNA(snoRNAs)单一及组合panel在肝细胞癌(HCC)患者中的水平差异以及联合甲胎蛋白(AFP)在临床诊断中的应用价值.方法 选取2022年12月至2023年8月该院就诊的35例HCC患者(其中AFP阳性30例,AFP阴性5例)作为研究对象(住院期间接受了"腹腔镜下肝段切除术"),另选择同期于该院体检的35例体检健康者作为对照组.采用实时荧光定量聚合酶链式反应(qPCR)检测HCC组患者术前后以及对照组外周血中5条snoRNAs(SNORD17、SNORA42、SNORD52、SNORD105和SNORD126)的表达水平以及检测HCC组患者术前后外周血中AFP的水平,并建立受试者工作特征(ROC)曲线对表达差异具有统计学意义的snoRNAs的诊断价值进行评估.结果 所研究的5条snoRNA中发现有3条snoRNA在AFP阳性和阴性的原发性HCC患者与健康人群外周血的表达水平比较,差异均具有统计学意义(P<0.05),其中SNORD52、SNORA42表达显著升高;SNORD17表达显著下降.ROC曲线显示SN-ORD17、SNORA42、SNORD52以及联合指标均具有较高的诊断效能,snoRNAs联合AFP能进一步有效地提高诊断效能.并且在术后7 d,HCC患者的SNORD52、SNORA42表达下降(P<0.05),而SNORD17表达水平较术前比较,差异无统计学意义(P>0.05).结论 外周血中小核仁RNA SNORD52,SNORD17和SNO-RA42是一组与HCC诊断相关的潜在分子标志物,进一步联合现有的肿瘤标志物AFP能够极大地提高诊断效能,这对HCC的诊断与鉴别具有较高的临床价值.
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编辑人员丨2024/6/22
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细胞外囊泡携带非编码RNA调控破骨细胞的活化
编辑人员丨2024/1/6
背景:目前已证明破骨细胞活化在骨骼系统相关疾病中发挥着重要的作用,胞外囊泡携带非编码RNA调控破骨细胞活化的机制仍未完全阐明.目的:阅读并总结国内外相关文献,按细胞外囊泡中不同的非编码RNA在不同疾病中调控破骨细胞活化进行综述,为后续研究提供一定的方向.方法:以"非编码RNA,miRNA,lncRNA,circRNA,snoRNA,破骨细胞,细胞外囊泡,外泌体,膜微粒,凋亡小体"为检索词检索中国知网、万方、维普等数据库,以"extracellular vesicles,exosome,microparticle,apoptotic bodies,non-coding RNA,miRNA,lncRNA,circRNA,snoRNA,osteoclast"为检索词检索PubMed等数据库,最终纳入71篇文献进行综述.结果与结论:①破骨细胞的活化受多种因素影响,其中非编码RNA调控破骨细胞活化的具体机制尚未明确.②细胞外囊泡可以由成骨细胞、骨髓间充质干细胞、肿瘤细胞等多种细胞分泌,作为细胞间通讯的一种载体,能够携带非编码RNA对破骨细胞活化进行调控.③目前关于细胞外囊泡携带非编码RNA调控破骨细胞活化的疾病研究中,多数为骨质疏松,其次为肿瘤骨转移,而非编码RNA的种类又以miRNA最多.④细胞外囊泡携带长链非编码RNA、环状RNA及核仁小RNA调控破骨细胞活化的相关研究相对较少,其调控机制主要为竞争性内源RNA机制.⑤综上,深入研究细胞外囊泡携带非编码RNA对破骨细胞活化的调控机制,有助于找到治疗骨骼系统相关疾病的关键靶点.
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编辑人员丨2024/1/6
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长链非编码RNA的免疫调控作用及在类风湿关节炎的研究进展
编辑人员丨2023/8/6
从1958年Circk提出中心法则,到后来反转录酶的发现,表明非编码序列的存在.这些可以产生稳定转录本的序列称之为非编码RNA (non-coding RNA,ncRNA),细胞中含量最多的ncRNA是tRNA和rRNA,还有snRNA,snoRNA,piRNA,microRNA和长链非编码RNA (long non-codingRNA,1ncRNA)等.lncRNA是转录本长度超过200nt的非编码RNA,是RNA聚合酶Ⅱ转录的副产物.其生物学功能类似于mRNA,但对于特殊的细胞类型,lncRNA能够实现更精密的调控.根据lncRNA与编码基因位置的关系,分为五大类:基因间、基因内、双向、正义及反义lncRNA[1].通过分析功能性lncRNA的序列,发现具有如下特征:内含子及起始密码子的缺乏、GC含量的低下以及阅读框的开放[2].此外,一些lncRNA还具有高级结构,对于发挥特异性功能至关重要四.2010年,lncRNA引起研究人员的广泛关注,虽已证实lncRNA几乎在基因生命周期的各个阶段,对基因的表达起调控作用,但具体机制尚需探讨.作为生命科学的重要组成部分,医学领域也日益关注lncRNA在疾病进程中发挥的作用.不少证据显示lncRNA涉及免疫功能的调控[4],现将与toll样受体(toll-like receptor,TLR)、免疫细胞相关的lncRNA及lncRNA在RA的研究进展作以下综述.
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编辑人员丨2023/8/6
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自闭症谱系障碍与ncRNA基因研究进展
编辑人员丨2023/8/6
自闭症谱系障碍(autism spectrum disorder,ASD)是一类常见的神经发育疾病,主要表现为社交互动和交流障碍、兴趣狭隘以及重复刻板行为三大核心症状.目前病因学研究认为,ASD是一种复杂的精神疾病,具有高度遗传和病因异质性等特点.越来越多的证据显示,非编码RNA也参与其中.本文综述近十年来非编码RNA基因与ASD关系的研究进展,重点比较ASD研究中microRNA作用,并讨论ncRNA作为潜在生物标志物分子的潜力.
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编辑人员丨2023/8/6
