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CD4+T淋巴细胞穿孔素基因启动子低甲基化水平在戒烟大鼠肺气肿进展中的作用及S-腺苷甲硫氨酸的干预效果
编辑人员丨5天前
目的 探讨CD4+T淋巴细胞穿孔素基因启动子甲基化水平与戒烟后大鼠肺气肿持续进展的关系及S-腺苷甲硫氨酸(SAM)的干预效果.方法 将20只SD大鼠随机分为4组:正常对照组、模型组、戒烟4周组、戒烟后SAM干预4周组,各5只,后3组香烟烟雾暴露法建立大鼠肺气肿模型并采取相应措施.各组取右下肺组织行苏木精-伊红(HE)染色观察病理学改变,测量平均内衬间隔(MLI)和平均肺泡数(MAN).用免疫磁珠法从各组大鼠的脾脏中分选出CD4+T淋巴细胞,提取其DNA,检测CD4+T淋巴细胞穿孔素基因启动子区域的甲基化水平.结果 模型组、戒烟4周组、戒烟后SAM干预4周组MLI均较正常对照组增加(均P<0.05),其中戒烟4周组较模型组、戒烟后SAM干预4周组增加(均P<0.05).模型组、戒烟4周组、戒烟后SAM干预4周组MAN均较正常对照组减小(均P<0.05),其中戒烟4周组较模型组减小(P<0.05).模型组和戒烟4周组CD4+T淋巴细胞穿孔素基因启动子甲基化水平均低于正常对照组和戒烟后 SAM 干预4 周组[(93.9±3.1)%、(93.1±1.8)%比(97.1±1.1)%、(96.4±1.5)%](均P<0.05).结论 CD4+T淋巴细胞穿孔素基因启动子低甲基化水平在大鼠戒烟后仍持续存在,可能是戒烟后大鼠肺气肿不断恶化的原因之一;而给予SAM干预后,戒烟大鼠的肺气肿恶化可好转.
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编辑人员丨5天前
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胎膜早破孕妇阴道微生物组特征及预测模型的建立
编辑人员丨5天前
目的:研究胎膜早破孕妇阴道菌群特征,找出相关细菌种类,通过功能预测探索细菌与胎膜早破交联的相关功能通路,并建立以阴道菌群特征为基础的预测模型。方法:基于孕妇队列,纳入35例未足月胎膜早破、180例足月胎膜早破和255例胎膜未早破足月分娩(对照组)孕妇。使用16S rRNA基因二代测序技术检测孕妇在妊娠16~28周时的阴道样本V3~V4高变区序列。分析并比较3组孕妇之间Alpha多样性、Beta多样性,识别物种属性和代谢功能预测的差异。随后采用随机森林模型纳入阴道菌群物种以及危险因素,建立胎膜早破发生的预测模型。结果:未足月胎膜早破组与对照组相比,Alpha多样性更高(Observed features, P=0.022;Faith_pd指数, P=0.024),Beta多样性也有显著差异(Unweighted-UniFrac, P=0.010;Jaccard指数, P=0.008)。未足月胎膜早破孕妇中,巨型球菌Ⅰ型转化菌种显著增多( P=0.017),穆氏乳杆菌显著减少( P=0.003)。而足月胎膜早破孕妇中,巨型球菌属显著增多( P=0.009),穆氏乳杆菌显著减少( P=0.002)。功能预测方面,嗜酸菌的硫氧化途径( P=0.021)、乙酸产甲烷途径( P=0.036)、L-组氨酸合成途径( P=0.009)、腺苷钴胺素合成途径( P=0.041)和海藻糖代谢途径( P=0.001)这5种功能在未足月胎膜早破孕妇中显著增加,而L-组氨酸合成途径( P<0.001)和海藻糖代谢途径( P=0.030)在足月胎膜早破孕妇中显著增加。通过随机森林模型纳入阴道菌群物种以及危险因素建立预测模型,未足月胎膜早破预测模型的表现较好[AUC值为0.739(95%CI:0.609~0.869),灵敏度0.928,特异度0.659,阳性预测值0.750,阴性预测值0.906],具有一定的参考价值。 结论:阴道菌群特征可能与胎膜早破的发生发展有关,阴道细菌差异的研究可能成为防治胎膜早破的新思路,功能预测为胎膜早破发生发展机制的研究方向提供了参考借鉴,预测模型可以预防未足月胎膜早破的发生,促进母婴健康。
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编辑人员丨5天前
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冠状病毒所致心力衰竭的组学机制分析及药物预测
编辑人员丨5天前
目的:探讨冠状病毒感染所致心力衰竭(心衰)的机制,并预测对其可能有效的药物。方法:在基因表达数据库(GEO)检索冠状病毒和心衰,并筛选符合实验要求的组学数据。采用R语言Limma程序包进行差异表达基因分析,筛选差异表达基因。将两组差异基因导入R语言clusterProfiler包进行基因本体学(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,取两组结果的交集。采用STRING数据库对所有差异表达基因构建蛋白质互作网络并筛选核心基因。最后采用团队自主研发的表观精准治疗预测平台EpiMed预测冠状病毒所致心衰的治疗药物。结果:在GEO数据库检索并筛选得到GSE59185冠状病毒数据集,根据不同的亚型分为wt组、?E组、?3组、?5组、对照组5组样本,差异分析发现各亚组交集上调基因191?个,下调基因18?个。在GEO数据库检索并筛选得到GSE126062心衰数据集,共筛选差异表达基因495?个,其中上调165?个,下调330?个。冠状病毒与心衰差异表达基因富集分析,取交集处理共有GO条目20条,主要富集在病毒反应、病毒防御反应、Ⅰ型干扰素反应、γ干扰素调节、先天免疫反应调节、病毒生命周期负调控、病毒基因组复制调控等;共有5条KEGG通路,主要与肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、白细胞介素(IL)-17信号通路、细胞因子与受体相互作用、Toll样受体信号通路、人类巨细胞病毒感染有关。蛋白互作网络分析筛选出信号传导及转录激活蛋白3、IL-10、IL-17、TNF、干扰素调节因子9、2′, 5′-寡腺苷酸合成酶1、丝裂原活化蛋白激酶3、S-腺苷甲硫氨酸基区域蛋白2、CXC趋化因子配体10、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3共10?个核心基因。EpiMed平台预测可能对冠状病毒所致心衰有效的药物为TNF-α抑制剂、白藜醇、利托那韦、白芍、维甲酸、连翘、鱼腥草等。结论:多个炎症通路的异常活化可能是冠状病毒感染所致心衰的原因,白藜芦醇、利托那韦、维甲酸、白芍、连翘、鱼腥草可能对其具有治疗作用。
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编辑人员丨5天前
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联合氧化磷酸化缺乏症28型基因突变的识别及功能分析
编辑人员丨5天前
目的:明确1例联合氧化磷酸化缺乏症28型(COXPD28)患者的致病基因突变,初步探索其致病机制。方法:回顾性分析2019年8月就诊于山东省立医院集团东营市人民医院1例COXPD28患者的临床特征。通过线粒体基因测序与全外显子组测序明确其致病基因突变,构建致病基因野生型及突变型质粒,通过实时荧光定量PCR与免疫印迹实验评估突变基因对蛋白表达的影响。统计学方法主要采用单因素方差分析及LSD检验。结果:患者女性,21岁,因自幼反复胸闷、憋喘就诊,主要表现为乳酸酸中毒。全外显子组基因测序发现溶质载体家族25成员26(SLC25A26)基因存在复合杂合突变(c.34G>C,p.A12P;c.197C>A,p.A66E),查询HGMD数据库,为国内首次报道。体外功能试验证实:与转染野生型质粒相比,细胞转染SLC25A26基因突变质粒后SLC25A26 mRNA及S-腺苷甲硫氨酸载体(SAMC)蛋白表达水平均显著降低,其中p.A66E突变质粒可使SLC25A26 mRNA及SAMC蛋白表达水平分别降为野生型质粒的6%与26%( P值均<0.001),而p.A12P突变质粒则分别降为野生型质粒的62%与82%( P<0.001, P=0.044);双突变(p.A66E+p.A12P)质粒共转染时,SLC25A26 mRNA与SAMC蛋白表达水平分别降低为野生型质粒的47%与57%( P<0.001, P=0.001)。 结论:本例COXPD28患者的致病突变基因为SLC25A26基因突变(p.A66E、p.A12P),该突变导致SLC25A26表达水平降低,造成线粒体氧化磷酸化功能障碍,诱发COXPD28。
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编辑人员丨5天前
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儿童干扰素刺激基因表达检测方法的建立与应用
编辑人员丨5天前
目的:建立儿童干扰素刺激基因(ISG)表达检测方法,确立参考值范围,初步探讨其临床应用价值。方法:纳入2017年11月至2021年9月就诊于北京协和医院儿科的Ⅰ型干扰素病患者作为疾病组,同时纳入健康儿童作为对照组。疾病组共纳入18例患儿,其中男性8例,女性10例,共采集血液样本25份,首次检测的中位年龄为8.5岁。对照组共纳入28名健康儿童,年龄1~18岁,中位年龄10.5岁,其中男性15名,女性13名。分别提取疾病组和对照组外周血总RNA并逆转录为互补DNA(cDNA)。以β肌动蛋白基因(β-Actin)和鸟氨酸脱羧酶抗酶基因(OAZ)为内参,采用实时荧光定量聚合酶链反应(qPCR)检测干扰素诱导的四肽重复蛋白1基因(IFIT1)、干扰素α诱导蛋白27基因(IFI27)、干扰素诱导蛋白44样基因(IFI44L)、干扰素刺激基因15(ISG15)、唾液酸结合的免疫球蛋白样凝集素1基因(SIGLEC1)、含有S-腺苷甲硫氨酸结构域2基因(RSAD2)的相对表达量,以6个ISG的中值为干扰素评分(IS)。去除正常对照中表达明显异常的样本,将其他样本的cDNA混合作为参照,重新检测各样本并计算IS,将大于对照 xˉ+2 s的IS结果判断为异常。用独立样本 t检验或Mann-Whitney U检验比较组内和组间IS的差异。 结果:对照组IS均值为1.046,标准差0.755,IS截断值为2.556。18例Ⅰ型干扰素病患者组IS异常的有15例(15/18),IS均值为27.010。与对照组相比,干扰素疾病患者组IS明显升高( t=4.247, P=0.000 1)。该检测方法的准确度为91.30%(42/46),精密度为7.47%(0.084/1.124),敏感度为15/18,特异度为96.43%(27/28)。 结论:本研究通过ISG表达的检测并计算IS,为临床筛查以及动态监测Ⅰ型干扰素疾病变化提供了新的可靠的手段。
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编辑人员丨5天前
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DNA甲基化调节糖尿病肾脏病肾脏纤维化的研究进展
编辑人员丨5天前
DNA甲基化是指通过DNA甲基转移酶(DNA methyltransferase,DNMT)催化S-腺苷甲硫氨酸(S-adenosyl methionine,SAM)作为甲基供体,再将胞嘧啶转变为5-甲基胞嘧啶的过程,目前已有研究表明DNA甲基化等表观遗传因素在糖尿病肾脏病(diabetic kidney disease,DKD)的发生发展中起着重要作用。DKD是糖尿病严重的微血管病变之一,其特征是肾小球和肾小管间质中细胞外基质蛋白的过度合成和沉积,最终导致肾小球硬化和间质纤维化。而肾脏纤维化是组织学水平上最终导致终末期肾衰竭的共同途径。DNA甲基化通过调控肾脏纤维化影响DKD的发展进程,本文旨在对DNA甲基化促进DKD中肾脏纤维化的研究进展进行综述。
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编辑人员丨5天前
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不同类型氟骨症大鼠骨组织5-甲基胞嘧啶与5-羟甲基胞嘧啶的表达
编辑人员丨5天前
目的:了解不同类型氟骨症大鼠骨组织5-甲基胞嘧啶(5-mC)、5-羟甲基胞嘧啶(5-hmC)水平,并分析其相关性。方法:选取4周龄SPF级健康SD大鼠30只,适应性喂养1周后,采用随机数字表法将大鼠按体重(100 ~ 120 g)分为对照组(4 ml·kg -1·bw去离子水灌胃+标准维持饲料)、骨硬化组[20 mg·kg -1·bw氟化钠(NaF)灌胃+标准维持饲料]、骨质疏松/骨软化组(20 mg·kg -1·bw NaF灌胃+低钙低蛋白偏食饲料),每组10只,雌雄各半;每周灌胃6 d,实验周期为5个月。实验结束后采集大鼠心脏血、下肢股骨样本。采用酶联免疫吸附试验(ELISA)法检测血清甲基供体S-腺苷甲硫氨酸(SAM)及其代谢产物S-腺苷同型半胱氨酸(SAH)含量,骨组织5-mC、5-hmC水平;蛋白免疫印迹(Western blot)法检测大鼠骨组织DNA甲基转移酶(DNMTs),DNA羟甲基化酶(TETs)蛋白表达情况;并分析各组大鼠血清SAM含量、SAM/SAH比值与骨组织5-mC水平以及骨组织5-mC与5-hmC水平的相关性。 结果:对照组、骨硬化组、骨质疏松/骨软化组大鼠血清SAM[11.03(7.06,18.63)、3.96(2.32,9.09)、3.91(2.35,4.46)nmol/L]、SAH含量[(4.69 ± 0.55)、(5.41 ± 1.13)、(13.90 ± 1.09)ng/L],SAM/SAH比值[2.58(1.54,4.12)、0.62(0.52,1.69)、0.14(0.13,0.15)]及骨组织5-mC[103.39(97.37,109.35)、52.50(50.19,68.13)、55.03(49.97,59.57)ng/L]、5-hmC水平[(32.61 ± 8.84)、(56.96 ± 8.48)、(20.34 ± 6.22)ng/L]比较,差异均有统计学意义( H/ F = 12.81、284.24、21.85、19.37、55.23,均 P < 0.01)。与对照组比较,骨硬化组、骨质疏松/骨软化组血清SAM含量、SAM/SAH比值、骨组织5-mC水平及骨质疏松/骨软化组骨组织5-hmC水平均较低,而骨质疏松/骨软化组血清SAH含量和骨硬化组骨组织5-hmC水平均较高(均 P < 0.05);与骨硬化组比较,骨质疏松/骨软化组血清SAH含量较高,而SAM/SAH比值、骨组织5-hmC水平均较低(均 P < 0.05)。Western blot检测结果显示,对照组、骨硬化组、骨质疏松/骨软化组大鼠骨组织DNMT1、DNMT3A、DNMT3B、TET1、TET2蛋白表达比较,差异均有统计学意义( F = 285.45、345.58、239.83、311.52、318.24,均 P < 0.001);其中,骨硬化组、骨质疏松/骨软化组骨组织DNMT1、DNMT3A、DNMT3B蛋白表达均低于对照组,且骨质疏松/骨软化组均低于骨硬化组(均 P < 0.05);骨硬化组骨组织TET1、TET2蛋白表达均高于对照组和骨质疏松/骨软化组,且骨质疏松/骨软化组均低于对照组(均 P < 0.05)。Spearman秩相关分析结果显示,对照组、骨硬化组、骨质疏松/骨软化组大鼠血清SAM含量、SAM/SAH比值与骨组织5-mC水平均呈正相关( rs = 0.89、0.92、0.81,0.73、0.87、0.73,均 P < 0.05);而各组大鼠骨组织5-mC水平与5-hmC水平均呈负相关( rs = - 0.69、- 0.68、- 0.72,均 P < 0.05)。 结论:骨硬化型氟骨症大鼠骨组织5-mC水平较低、5-hmC水平较高,骨质疏松/骨软化型氟骨症大鼠骨组织5-mC、5-hmC水平均较低;不同类型氟骨症大鼠骨组织5-mC水平差异不显著,这可能与骨组织5-hmC水平存在差异有关。
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编辑人员丨5天前
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乙硫氨酸引起小鼠神经管畸形的机制探讨
编辑人员丨2024/7/20
目的 利用甲硫氨酸结构类似物——乙硫氨酸制备小鼠神经管畸形(neural tube defects,NTDs)模型,并探讨NTDs发生对神经细胞增殖、凋亡及迁移的影响.方法 建立小鼠NTDs胚胎模型,C57BL/6J小鼠有孕至7.5d(E7.5)时,经腹腔注射500 mg/kg乙硫氨酸,对照组注射等剂量生理盐水,E11.5时取小鼠胚胎,体式显微镜下观察胚胎形态;ELISA检测孕鼠血浆中S-腺苷同型半胱氨酸(S-adenosylhomocysteine,SAH)、S-腺苷甲硫氨酸(S-adenosylmethio-nine,SAM)水平;Western blot及RT-PCR法检测胚胎脑组织迁移蛋白E-cadherin和N-cadherin的表达及基因mRNA的转录,Western blot法检测细胞增殖蛋白PCNA、凋亡蛋白cleaved-Caspase3及Wnt/β-catenin信号通路标志蛋白β-catenin、TCF4、C-myc的表达.结果 乙硫氨酸干预后,孕鼠体内SAM含量减少,SAH含量增加,SAM/SAH降低.与对照组比较,NTDs组小鼠E-cadherin、cleaved-Caspase3高表达,细胞凋亡增多;N-cadherin、PCNA低表达,细胞增殖、迁移减少;且Wnt/β-catenin信号通路标志蛋白β-catenin、TCF4、C-myc均低表达,表明通路被抑制.结论 乙硫氨酸可能通过抑制Wnt/β-catenin信号通路及神经细胞的增殖与迁移,促进细胞凋亡,进而引起NTDs.
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编辑人员丨2024/7/20
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水稻中乙烯生物合成关键酶OsACS和OsACO调控机制研究进展
编辑人员丨2024/6/1
乙烯在调控水稻(Oryza sativa)生长发育及胁迫响应中具有重要作用.乙烯生物合成的第1步是甲硫氨酸转化为S-腺苷甲硫氨酸(SAM),然后在ACC合酶(ACS)的催化下合成乙烯前体物质ACC,最后通过ACC氧化酶(ACO)生成乙烯.该文综述了水稻乙烯生物合成途径中2个关键酶OsACS和OsACO在转录及翻译后的调控机制,提出了一些未解决的问题,并展望了未来的研究方向,以期加深人们对乙烯生物合成复杂机制的理解.
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编辑人员丨2024/6/1
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微生物发酵法生产S-腺苷甲硫氨酸的研究进展
编辑人员丨2024/3/30
S-腺苷甲硫氨酸(S-adenosyl-L-methionine,SAM)广泛存在于生物体内,主要参与生物体内的转甲基过程、转硫过程及转氨丙基过程,具有重要的生理功能,其生产备受重视.目前SAM生产的研究主要集中于微生物发酵法,该方法与化学合成法和酶催化法相比,成本较低且更容易实现工业化生产.随着需求量的迅速增加,通过菌种改良提高SAM产量备受关注.当前SAM生产菌种改良的主要策略包括常规育种和代谢工程.本文综述了提高微生物生产SAM能力的近期研究进展并探讨了SAM生产中的瓶颈问题及解决方法,以期为进一步提高SAM产量提供思路.
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编辑人员丨2024/3/30
