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基于加权基因共表达网络分析筛选儿童神经母细胞瘤中MYCN扩增相关基因
编辑人员丨1周前
目的:通过生物信息学分析探究儿童神经母细胞瘤中与MYCN(N-myc)基因相关的共表达基因。方法:下载TARGET数据库神经母细胞瘤表达数据共179例,WGCNA分析筛选MYCN扩增共表达基因模块;针对目标基因模块个基因行GO、KEGG富集分析筛选MYCN扩增相关基因可能参与生物过程及信号通路;以MYCN扩增状态将神经母细胞瘤表达数据分为扩增组65例、非扩增组114例,行差异表达基因分析;筛选的差异表达基因同MYCN扩增相关基因取交集后运用K-M法行生存分析(log-rank检验),筛选预后相关基因,Logistics回归探究MYCN扩增状态同预后基因的关系。结果:WGCNA分析提示MEgreenyellow模块同MYCN基因扩增状态相关性最强( R=0.46, P<0.05),为共表达基因,包含基因1 216个,富集分析提示MYCN扩增共表达基因多参与RNA相关通路(RNA的转运、剪切、修饰,RNA相关酶的活性等过程);差异表达基因分析显示,MYCN扩增组相较于非扩增组,基因表达上调47个,表达下调123个;WGCNA分析同差异表达基因取交集筛选出22个关键基因,行生存分析显示同预后相关的基因( P<0.05)有12个,其中DDX1与其他关键基因相关性相对较弱,或为神经母细胞瘤独立预后因素。 结论:LINC00839、ATP结合盒亚家族C4(ABCC4)、亚甲基四氢叶酸脱氢酶(NADP +依赖)2(MTHFD2)、磷酸甘油酸脱氢酶(PHGDH)、序列相似性家族13 A(FAM11A)、磷酸丝氨酸转氨酶1 (PSAT1)、假尿苷酸合酶7(PUS7)、DEAD-box解旋酶1(DDX1)、溶质载体有机阴离子转运蛋白家族5A1(SLCO5A1)、Junctophilin 1(JPH1)、溶质载体家族16 1(SLC16A1)、MYCN Opposite Strand(MYCNOS)为神经母细胞瘤中MYCN扩增的共表达基因,与较差的预后相关,是神经母细胞瘤潜在的治疗靶点及预后指标。
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编辑人员丨1周前
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Rotor综合征患儿4例的临床特征及遗传学分析
编辑人员丨1周前
目的:探讨4例Rotor综合征患儿 SLCO1B1/ SLCO1B3基因的变异特点,为临床诊疗和遗传咨询提供依据。 方法:以2019年1月至2022年1月湖南省儿童医院肝病科收治的4例患儿作为研究对象,对其进行家系全外显子组测序分析,并用凝胶电泳法对长散布元件-1(LINE-1)插入变异进行验证。结果:4例患儿均表现为皮肤及巩膜黄染。基因检测提示其 SLCO1B1基因存在3处变异,分别为c.1738C>T(p.R580*)、c.757C>T(p.R253*)以及c.1622A>C(p.Q541P); SLCO1B3基因存在2处变异,分别为c.481+22insLINE-1及c.1747+1G>A。3例患儿携带 SLCO1B1/ SLCO1B3基因纯合变异,1例携带复合杂合变异。Sanger测序证实了上述变异的存在,凝胶电泳实验证实4例患儿均携带 SLCO1B3基因第6内含子约6 kb的LINE-1插入变异。 结论:4例Rotor综合征患儿均由 SLCO1B1/ SLCO1B3基因的变异所致。 SLCO1B3基因LINE-1插入变异可能是中国Rotor患者中常见的变异类型。
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编辑人员丨1周前
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儿童SLCO2A1基因相关慢性肠病3例
编辑人员丨1周前
例1及例2均因“面色苍白伴腹痛”就诊,例3因“腹痛伴粪隐血阳性”就诊。3例患儿均有腹痛、贫血、低蛋白血症,C反应蛋白及红细胞沉降率正常,内镜检查提示小肠多发环形溃疡并狭窄,其中2例手术病理示溃疡仅累及黏膜层及黏膜下层,3例均行全外显子测序示SLCO2A1纯合突变或复合杂合突变,均诊断SLCO2A1基因相关慢性肠病。3例患儿均予补铁治疗。除例1对糖皮质激素治疗依赖、对阿达木单抗治疗部分有效外,其他治疗炎症性肠病的常规药物对3例患儿均无效。例2对洗涤菌群移植治疗有效。
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编辑人员丨1周前
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家族性原发性肥厚性骨关节病合并肾性失钾一例
编辑人员丨1周前
原发性肥厚性骨关节病(primary hypertrophic osteoarthropathy,PHO)是一种以杵状指(趾)、皮肤增厚及骨膜增生为主要特征的常染色体隐性遗传性疾病。报告1例SLCO2A1基因的纯合突变c.1771C>T导致的PHO合并肾性失钾患者,其父母为近亲结婚,均存在SLCO2A1基因杂合突变,其弟弟有类似临床表现,也检测出SLCO2A1基因的纯合突变。
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编辑人员丨1周前
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更正
编辑人员丨1周前
中华检验医学杂志2023年第46卷第7期发表的“SLCO1B1和ApoE基因多态性检测与他汀类药物临床应用专家共识”一文内容有误,第676页表7第4行第4列(即瑞舒伐他汀的CPIC)“未提及”改为“A级”;表注中加入“A级指有处方推荐意见,换药或改变剂量高度有效安全”。第678页表9中,第3和第5行的第2列“E2/E2,E3/E3,E2/E4”均改为“E2/E2,E3/E3,E2/E4,E2/E3”。特此更正。
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编辑人员丨1周前
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SLCO2A1基因相关慢性肠病临床特点及遗传学特征分析
编辑人员丨1周前
目的:总结分析SLCO2A1基因相关慢性肠病(CEAS)的临床特点及遗传学特征。方法:回顾性分析2012年1月至2019年12月北京协和医院收治的5例CEAS的病例,分析其临床表现、实验室检查、影像学及内镜检查、治疗转归以及家系特点和基因检测结果。结果:5例患者均为男性,胃肠道症状在青春期后出现。主要表现为腹痛、腹泻、间歇性黑便或便血、不全肠梗阻,以及贫血、低白蛋白血症、低钾血症。除食管外的全胃肠道均可受累,以胃及回肠为最常见。小肠病变特征为多发浅溃疡并肠腔狭窄,累及黏膜层及黏膜下层。5例患者均伴发原发性肥厚性骨关节病,1例伴发骨髓纤维化及胸导管发育异常。基因检测提示5例患者均为SLCO2A1基因纯合突变或复合杂合突变。炎症性肠病的常规治疗方法及COX-2抑制剂对该病无效。结论:CEAS是一种可广泛累及胃肠道的常染色体隐性遗传病,可伴发皮肤及骨骼受累,目前尚无特效治疗药物,临床上需注意与其他炎症性胃肠道疾病相鉴别。
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编辑人员丨1周前
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SLCO2A1基因相关慢性肠病研究进展
编辑人员丨1周前
溶质载体有机阴离子转运蛋白家族成员2A1(solute carrier organic anion transporter family member 2A1,SLCO2A1)基因相关慢性肠病(chronic enteropathy associated with SLCO2A1 gene,CEAS)是一种因SLCO2A1基因突变所致的常染色体隐性遗传病,特征在于持续性、顽固性、非特异性小肠溃疡导致血液和蛋白质慢性丢失。目前CEAS发病机制尚不明确,内镜检查可见特异性小肠溃疡及肠腔狭窄,病变部位以回肠为主。因发病罕见,且临床表现与克罗恩病、非甾体抗炎药相关性肠病等疾病相似,临床容易混淆。治疗上尚未建立有效的方法,可予补铁、输血及肠内或肠外营养对症治疗,病情严重时可行外科治疗,但均疗效短暂,通常在治疗结束后病情反复,生命预后尚不明确。
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编辑人员丨1周前
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阿司匹林致老年人早期胃黏膜损伤相关因素研究
编辑人员丨1周前
目的:观察合并服用血管紧张素受体阻滞剂(ARB)、血管紧张素转化酶抑制剂(ACEI)或他汀类药物的老年人因长期应用阿司匹林致早期胃黏膜损伤的临床和相关因素。方法:回顾性分析,选取2013—2018年解放军总医院长期应用100 mg阿司匹林且合并服用ACEI/ARB或他汀类药物的老年人467例,按照胃镜结果分为胃黏膜正常组125例,慢性胃炎组199例和胃黏膜糜烂组143例。对患者的临床特征和影响ACEI/ARB和他汀类药物吸收的SLCO1B1基因多态性进行分析。结果:与胃黏膜正常组比较,肾小球滤过率下降[(66.5±24.4)ml·min·1.73 m -2比(70.9±18.5)ml·min·1.73 m -2, OR=5.06,95% CI:2.14~11.51, P<0.01]是慢性胃炎组和胃黏膜糜烂组患者慢性胃炎危险因素;年龄[(78.5±10.1)岁比(71.5±9.6)岁, OR=1.33,95% CI:1.04~2.87, P<0.05]、胃/十二指肠溃疡史[14.0%(20/143)比5.6%(7/125), OR=2.41,95% CI:1.08~5.01, P<0.05]、未应用质子泵抑制剂[18.2%(26/143)比50.4%(63/125), OR=0.18,95% CI:0.11~0.31, P<0.01]、肾小球滤过率下降[(55.8±23.1)ml·min·1.73 m -2比(70.9±18.5)ml·min·1.73m -2, OR=8.04,95% CI:3.02~22.6, P<0.01]和SLCO1B1*1b二倍体[42.0%(60/143)比24.0%(30/125), OR=2.64,95% CI:1.59~4.17, P<0.05]是胃黏膜糜烂危险因素。 结论:SLCO1B1*1b二倍体可能通过减弱ACEI/ARB类和他汀类药物的胃黏膜保护作用增加阿司匹林致胃黏膜糜烂的风险。年龄、胃/十二指肠溃疡史、未应用质子泵抑制剂和肾功能下降也是胃黏膜损伤的危险因素。
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编辑人员丨1周前
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草酸钙结晶肾损伤小鼠肾脏转录组学和蛋白组学联合分析
编辑人员丨1周前
目的:了解草酸钙结晶肾损伤过程中肾组织基因及蛋白的动态变化,探讨草酸钙结晶肾损伤的可能机制。方法:采用10只8周龄雄性C57BL/6J小鼠,适应性饲养1周,按随机数字表法将其分为对照组和草酸钙结晶肾损伤组(模型组),应用乙醛酸(50%,9 mmol/L)腹腔注射(100 mg·kg -1·d -1,持续5 d)建立草酸钙结晶肾损伤小鼠模型,对照组小鼠予等体积0.9%氯化钠溶液腹腔注射。使用HE染色、PAS染色、Masson染色及Von Kossa染色观察模型组小鼠是否造模成功。对小鼠肾组织进行转录组学和蛋白组学测序,根据差异基因和差异蛋白结果筛选与草酸钙结晶肾损伤有关的基因和蛋白并进行基因本体(gene ontology,GO)及京都基因和基因组数据库(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)分析。采用主成分分析图、热图及火山图进行肾组织转录组学和蛋白组学分析。采用韦恩图分析差异基因和差异蛋白的重叠内容。 结果:模型组小鼠肾脏HE染色、PAS染色结果显示肾组织形态结构异常,Masson染色结果显示肾组织存在纤维化,Von Kossa染色结果显示皮髓交界处大量钙盐沉积,血肌酐、血尿素氮等肾损伤标志物显著升高,提示草酸钙结晶肾损伤小鼠模型构建成功。转录组学分析结果显示,相比对照组,模型组共存在2 815个显著差异基因,其中2 004个基因上调,811个基因下调;蛋白组学分析结果显示,模型组共存在1 197个差异蛋白,其中353个蛋白上调,844个蛋白下调。共有338个差异基因与差异蛋白相对应,其中324个差异基因与差异蛋白趋势一致。在表达上调及下调对应的差异基因和差异蛋白中均选取表达差异较大的5个差异分子,分别为血清淀粉样蛋白A1(SAA1)、微小染色体维持蛋白4(MCM4)、精氨酸酶2(ARG2)、S100钙结合蛋白A6(S100A6)、白细胞分化抗原14(CD14)、葡萄糖-6-磷酸酶催化亚基(G6PC)、溶质转运家族22成员6(SLC22A6)、溶质载体有机阴离子转运蛋白家族成员1A1(SLCO1A1)、磷酸烯醇丙酮酸羧激酶1(PEPCK1)和吲哚胺N-甲基转移酶(INMT)。GO分析表明2个组学相关的差异分子富集的共同通路主要涉及线粒体功能、多种能量代谢通路及免疫失调;而KEGG富集分析显示2个组学相关的差异分子主要的富集通路包括转运体异常、线粒体功能障碍、神经退行性病变、氨基酸代谢通路异常、氧化磷酸化等能量代谢通路异常等。结论:草酸钙结晶肾损伤小鼠肾脏基因和蛋白层面均发生明显变化。线粒体功能障碍、多种能量代谢通路异常及免疫失调可能作为重要机制参与草酸钙结晶肾损伤的发病。
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编辑人员丨1周前
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滇南地区人群溶质载体有机阴离子转运蛋白家族1b1和载脂蛋白E基因分析
编辑人员丨1周前
目的:分析滇南地区人群溶质载体有机阴离子转运蛋白家族1b1(SLCO1B1)和载脂蛋白E(ApoE)基因分布情况。方法:回顾性分析云南省滇南中心医院(红河哈尼族彝族自治州第一人民医院)2019年5月至2020年6月诊治的患者104例的资料,分析SLCO1B1和ApoE基因分布情况,分析其与民族、性别及年龄的关系,并与其他地区进行比较。结果:滇南地区人群SLCO1B1基因的5种表型*1a/*1a、*1a/*1b、*1b/*1b、*1a/*15、*1b/*15所占比例分别为4.81%、32.69%、42.31%、12.50%、7.69%,未检测到*1a/*5、*5/*5、*5/*15和*15/*15,携带SLCO1B1正常代谢型占79.81%,中间代谢型占20.19%,未检测到弱代谢型。滇南地区人群ApoE基因的5种表型E2/E2、E2/E3、E3/E3、E3/E4、E4/E4所占比例分别为0.96%、16.35%、70.19%、11.54%、0.96%,未检测到E2/E4基因,ApoE保护型基因、正常型基因及风险型基因的人群占比分别为17.31%、70.19%及12.50%。SLCO1B1和ApoE基因的多态性位点突变频率观察值符合Hardy-Weinberg遗传平衡( P > 0.05),具有恒定性及群体代表性。使用Fisher检验发现,滇南地区人群少数民族与汉族SLCO1B1基因分布差异有统计学意义( P=0.013),不同性别及不同年龄的SLCO1B1基因分布差异无统计学意义( P > 0.05),少数民族与汉族、不同性别及不同年龄的ApoE基因分布差异均无统计学意义(均 P > 0.05)。 结论:滇南地区人群SLCO1B1基因与民族有关,与性别及年龄无关;ApoE基因与民族、性别及年龄无关。
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编辑人员丨1周前
