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免疫细胞与脓毒症的因果关联:
编辑人员丨1周前
目的:利用孟德尔随机化(MR)方法,探讨免疫细胞与不同脓毒症亚型之间的因果关联,得出对脓毒症具有单向因果关联的免疫细胞表型。方法:从GWAS catalog数据库中获得各种循环免疫细胞表型的汇总数据(GCST90001391~GCST90002121);从英国生物样本库中获取脓毒症数据。以单核苷酸多态性位点(SNP)作为工具变量,采用 P<5×10 -6的相关阈值来识别强相关工具变量,并利用代码去除连锁不平衡及 F值<10的工具变量。采用逆方差加权法(IVW),用Cochran's Q检验、MR-Egger回归、留一法等评价研究结果的稳定性和可靠性。根据去除水平多效性的免疫表型结果行逆向MR分析,得到具有单向因果关联的免疫细胞表型,利用优势比( OR)和95%可信区间(95% CI)表示结果的效应值。 结果:CD16 on CD14 -CD16 + monocyte对脓毒症具有水平多效性( OR=0.965?4,95% CI为0.933?5~0.998?3, P=0.039?6),有5种免疫表型与脓毒症相关亚型有反向因果关联。排除具有水平多效性及反向因果关联的免疫细胞表型后,共42种免疫细胞表型与脓毒症、36种免疫细胞表型与重症监护病房(ICU)28 d死亡脓毒症、32种免疫细胞表型与ICU脓毒症、44种免疫细胞表型与28 d死亡脓毒症、30种免疫细胞表型与75岁以下脓毒症具有潜在因果关联。经错误发现率(FDR)校正后,仅BAFF-R on IgD - CD38br与脓毒症28 d病死率呈负相关,且为强相关( OR=0.737?8,95% CI为0.635?9~0.856?0, P=6.05×10 -5, PFDR=0.044?2)。 结论:多种免疫细胞表型可能对脓毒症具有保护作用,尤其是BAFF-R on IgD - CD38br的表达与脓毒症28 d病死率呈负相关,这为脓毒症免疫调理治疗提供了新思路。
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编辑人员丨1周前
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江苏省25株新型冠状病毒全基因组分析
编辑人员丨1周前
目的:分析江苏省25株新型冠状病毒(2019-nCoV)全基因组序列,研究其进化特征。方法:使用高通量测序技术对确诊病例咽拭子样本进行测序,使用CLC Genomics Workbench 12.0分析单核苷酸多态性(SNP),MEGA5.1分析病毒进化特征。结果:25株病毒共检测到52处碱基突变,进化分析显示25株病毒分成2个进化分支,分支1含有8 782和28 144位置CT连锁SNPs,而分支2此2位置突变为TC,即8 782 (ORF1ab: C8517T,同义突变)和28 144(ORF8: T251C, L84S)。分支2中5株病毒还含有24 034(S:C2 472T,同义突变)、26 729(M:T207C,同义突变)和28 077(ORF8:G184C,V62 L)连锁SNPs,聚成亚组A,不同分支/亚组在人群分布及与疾病关系无显著差异。结论:2019-nCoV出现了SNPs,其对病毒传播力、致病性等影响有待进一步研究。
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编辑人员丨1周前
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HLA-G 3′UTR基因多态性与不明原因复发性流产发生风险的相关性研究
编辑人员丨1周前
目的:探讨人类白细胞抗原G 3′非翻译区(human leucocyte antigen-g 3′ untranslated region,HLA-G 3′ UTR)基因单核苷酸多态性以及单倍型在不明原因复发性流产患者中的分布情况及可能的预测作用。方法:采用病例对照研究。选择2017年6月至2018年7月温州市中医院70例不明原因复发性流产(unexplained recurrent spontaneous abortion,URSA)妊娠患者(病例组)以及54例产前检查健康妇女(对照组),采集外周全血和血清。离心柱法提取外周全血基因DNA,PCR扩增HLA-G 3′UTR DNA。Sanger测序法测得基因序列并进行基因分型。SHEsis在线软件分析单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点等位基因和基因型的频率,比较分析对照组和病例组的分布差异。Phase软件构建单倍型。ELISA检测血清可溶性HLA-G(soluble human leucocyte antigen-G,sHLA-G)浓度。两组间SNP位点基因型及单倍型比较采用χ 2检验,两组sHLA-G浓度比较采用 t检验。 结果:URSA组和对照组均检测出8个多态性位点,包括14bp ins/del、+3003C/T、+3010G/C、+3027A/C、+3035C/T、+3142C/G、+3187A/G及+3196C/G,均符合哈迪-温伯格平衡(Hardy-Weinberg,H-W)检验平衡检验,比较分析显示+3010G/C、+3142C/G、+3187A/G三个位点在两组间的分布差异有统计学意义(χ 2=8.514, P=0.004;χ 2=0.552, P=0.021;χ 2=8.183, P=0.005)。携带+3010C等位基因、+3142G等位基因患病风险相对较高( OR=2.131,95 %CI=1.278~3.552,χ 2=8.514, P=0.004; OR=1.813,95 %CI=1.091~3.013,χ 2=0.552, P=0.021);携带+3187G等位基因患病风险相对较低( OR=0.476,95 %CI=0.285~0.794,χ 2=8.183, P=0.005)。8个位点紧密连锁,单倍型分析显示UTR-1(DTGCCCGC)可能是URSA的保护因素( OR=0.497,95 %CI=0.295~0.837,χ 2=6.987, P=0.008),UTR-3(DTCCCGAC)可能是URSA的危险因素( OR=1.732,95 %CI=1.009~2.974,χ 2=3.998, P=0.045)。UTR-1/UTR-1纯合子频率在URSA患者中显著低于健康妊娠人群( OR=0.381,95 %CI=0.165~0.879,χ 2=5.292, P=0.024),可能是URSA的一个保护因素。未发现血清sHLA-G与HLA-G 3′UTR基因单倍型的关联性( t=1.578, P=0.119)。 结论:HLA-G 3′UTR基因多态性及单倍型与URSA具有一定相关性,可能为临床诊疗和预测提供依据。
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编辑人员丨1周前
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HDAC2基因多态性与汉族男性酒精使用障碍的关联性
编辑人员丨1周前
目的:探究组蛋白去乙酰化酶2(histone deacetylase 2,HDAC2)基因多态性与汉族男性酒精使用障碍(alcohol use disorder,AUD)之间的关联性,为早期识别和干预酒精使用障碍提供参考。方法:选择194例汉族AUD患者(病例组)和310例正常人(对照组),提取两组外周血基因组DNA,从HapMap数据库获得HDAC2基因的13个SNP位点,采用Agena MassARRAY SNP基因分型法对两组进行基因分型。SPSS 25.0分析两组基因型频率和等位基因频率的差异,并使用Haploview 4.2软件进行连锁不平衡以及单倍体分析,利用置换次数为50 000次的置换检验进行多重检验矫正。结果:HDAC2基因3个SNP位点(rs9481408,rs6568819,rs9488289)的基因型在病例组和对照组之间均差异有统计学意义(均 P<0.05)。进一步在5种不同遗传模型中分析这3个位点,结果显示病例组与对照组相比,三个位点在隐性遗传模式下与AUD存在显著相关( P=0.033,T/T与C/C-C/T基因型比较, OR=1.78,95% CI: 1.05~3.03; P=0.032,T/T与C/C-C/T基因型比较, OR=1.79,95% CI: 1.05~3.03; P=0.022,G/G与C/C-C/G基因型比较, OR=1.85,95% CI: 1.09~3.13)。构建7个SNP单倍型,其中GATCTGCCAATAA在病例组和对照组之间关联比值比为2.44,差异有统计学意义( P<0.05)。 结论:HDAC2基因多态性位点rs9481408、rs6568819、rs9488289以及GATCTGCCAATAA单倍型与汉族男性人群酒精使用障碍的发病具有相关性,HDAC2基因是AUD易感基因之一。
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编辑人员丨1周前
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ADAM10突变导致家族性进行性色素沉着症
编辑人员丨1周前
目的:检测家族性进行性色素沉着症(FPH)患者的致病基因。方法:分别于2005年3月和2015年3月收集2个FPH家系,观察和记录FPH的临床表型,利用全基因组单核苷酸多态性(SNP)连锁分析和二代靶向基因测序结合Sanger测序技术确定致病基因,并用免疫组化技术检测该基因在FPH皮损及正常组织的表达情况。结果:通过全基因组连锁分析将FPH家系(家系1)致病基因定位于15q21.1 ~ q22.2的rs1026369 ~ rs11857925区间;运用外显子组测序技术筛查出候选致病基因解聚素与金属蛋白酶10(ADAM10);Sanger测序法显示该基因的剪接位点突变c.1511+1G>A在家系中与疾病表型共分离。免疫组化染色证实在FPH患者皮损处与正常皮肤中均存在ADAM10表达。通过对另外一个3代FPH家系(家系2)进行ADAM10基因突变分析,发现存在ADAM10错义突变c.1172C>T(p.Ser391Phe)。300例同地区健康对照均未检测到上述突变。结论:ADAM10基因突变和FPH发病相关。
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编辑人员丨1周前
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淀粉样前体蛋白基因多态性与汉族儿童青少年双相情感障碍的关联研究
编辑人员丨1周前
目的:探究淀粉样前体蛋白(amyloid precursor protein,APP)基因多态性与汉族儿童青少年双相情感障碍(bipolar disorder,BD)之间关联,寻找合适的单核酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)位点,为提前诊断和干预儿童青少年BD提供参考。方法:选择178例汉族儿童青少年BD患者(病例组)和178例正常儿童青少年(对照组),提取两组外周血基因组DNA,从APP基因上取4个SNP(single nucleotide polymorphisms)位点,采用LDR-PCR SNP基因分型方法对儿童青少年BD患者和正常儿童青少年进行SNP分析。SPSS 22.0分析两组基因型频率和等位基因频率的差异,并使用软件SHEsis进行连锁不平衡分析和单倍型分析。结果:APP基因4个SNP位点的基因型频率及等位基因频率在病例组和对照组差异有统计学意义( P<0.05)。APP基因4个SNP位点rs2040273、rs466433、rs463946、rs364048与BD相关联,差异有统计学意义( P<0.05)。构建4个SNP单倍型表明AACT、AGGC、GACT占总数的80%以上,单倍型中AGGC在病例组中所占百分比(11.9%)高于对照组(4.7%),差异有统计学意义( P<0.05),而且AGGC单倍体的关联比值比为2.727。 结论:APP基因4个SNP位点rs2040273、rs466433、rs463946、rs364048以及AGGC单倍型与汉族儿童青少年BD关联,APP基因是BD易感基因之一。
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编辑人员丨1周前
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体重指数与甲状腺功能减退症的因果关系研究
编辑人员丨1周前
目的:分析体重指数(BMI)与甲状腺功能减退症(甲减)的因果关系。方法:采用GIANT数据库中公开发布的大规模的人体测量特征全基因组关联分析研究,筛选出与BMI关联有统计学意义的单核苷酸多态性(SNP)作为工具变量( P<5×10 -8,连锁不平衡 r 2<0.1),通过逆方差加权分析法(IVW)、加权中位数法和MR-Egger法考察BMI与甲减之间的因果关系,并进行异质性检验、基因多效性检验和敏感性分析来评估结果的稳定性和可靠性。 结果:经过筛选,89个与BMI显著相关的SNP可作为工具变量。采用IVW模型研究显示,BMI每增加一个标准差,则甲减发生风险增加0.9%, OR=1.009,95% CI:1.006~1.012, P=0.006。采用加权中位数法( OR=1.007,95% CI:1.002~1.011, P=0.003)和MR-Egger法( OR=1.008,95% CI:1.001~1.015, P=0.006)均得到类似的研究结论。MR-Egger回归分析结果表明遗传多效性不会对结果造成偏倚(截距=0.0001, P=0.776),逐一排除法未显示单个工具变量SNP对结果产生很大影响,差异无统计学意义( P>0.05)。 结论:BMI与甲减存在正向因果关系。
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编辑人员丨1周前
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拷贝数变异检测技术在167例精神发育迟滞/发育迟缓患儿的遗传学诊断中的应用研究
编辑人员丨1周前
目的:探讨拷贝数变异(CNV)检测技术在精神发育迟滞/发育迟缓患儿(MR/DD)遗传分子诊断中的应用。方法:收集2018年3月至2020年2月来我院就诊的MR/DD患儿167例为研究对象,知情同意抽取患儿血DNA,运用SNP-array全基因组染色体芯片技术检测,按照标准的微阵列操作手册进行杂交、洗涤及全基因组扫描,扫描数据通过相应的计算机软件进行分析,针对发现的异常CNV,通过查询国际病理性CNVs数据库(ClinGen、ClinVar、DECIPHER、OMIM)、正常人基因组变异数据库(DGV)以及PubMed文献数据库等,结合临床表型关联分析,找到致病区域及致病候选基因。结果:167例精神发育迟滞患儿中携带致病性拷贝数异常者25例,检出阳性率14.97%。其中,不同缺失/重复区域长度范围为0.66~70.7 Mb;缺失型19例,重复型5例,缺失伴重复型1例。其中Prader-Willi综合征/Angelman综合征比例最高7例,22q11.2微缺失综合征5例,及Wolf-Hirschhorn综合征2例,Jacobsen Syndrome综合征2例。结论:拷贝数变异是MR/DD患儿的重要病因之一,SNP-array技术分辨率高、准确性好等优点,是精神发育迟滞/发育迟缓患儿遗传学诊断的有力工具,同时为研究表型与基因型的关联分析、发病机制等提供一个良好的技术。
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编辑人员丨1周前
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单精子测序技术在软骨发育不良患者植入前遗传学检测中的应用
编辑人员丨1周前
目的:探讨单精子测序技术在植入前遗传学检测中的应用价值。方法:针对1例 FGFR3基因新发变异导致的软骨发育不良患者,应用单精子分离结合单精子测序技术完成单倍型的构建。用机械制动法分离20份单精子样本并进行全基因组扩增。设计变异位点及其上下游25个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点的扩增引物,对扩增产物进行检测,确定未携带以及携带致病变异的染色体单倍型。将12份胚胎滋养层细胞活检样本作为对象,在完成全基因组扩增后,通过高通量测序进行检测,判断胚胎携带致病变异的情况。选取可用囊胚进行移植。于孕19周抽取羊水样本,确认胎儿是否携带致病变异。 结果:通过单精子测序共筛选出8个SNP位点,成功构建单倍型。植入前单倍型分析提示5枚胚胎携带致病变异,7枚未携带。妊娠中期羊水基因检测证实胎儿未携带 FGFR3基因c.1138G>A变异。 结论:对于携带新发致病变异的男性患者,可通过单精子测序筛选SNP位点,通过连锁分析构建单倍型,进行胚胎植入前遗传学检测。
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编辑人员丨1周前
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PLCE1基因多态性与广西壮族儿童原发性肾病综合征的遗传易感性
编辑人员丨1周前
目的:探讨 PLCE1基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点与广西壮族儿童原发性肾病综合征(primary nephrotic syndrome,PNS)及其对糖皮质激素治疗反应的相关性。 方法:该研究采用回顾性队列研究方法,纳入2020年10月至2022年5月在右江民族医学院附属医院就诊的广西壮族155例PNS患儿,同期100例壮族健康儿童为对照。选取 PLCE1基因rs17109674、rs10786156、rs3740360及rs2274224 4个SNP位点,运用高通量测序技术对其进行基因分型。采用Logistic回归分析法分析各SNP位点与PNS和激素耐药型肾病综合征的相关性。采用SHEsis在线软件对各SNP位点进行连锁不平衡分析,并构建单倍体型。 结果:(1)Logistic回归分析结果显示,rs3740360位点AC+CC基因型(AA为参照, OR=0.449,95% CI 0.256~0.786, P=0.005)、AC基因型(AA为参照, OR=0.354,95% CI 0.188~0.667, P=0.001)及C等位基因(A为参照, OR=0.615,95% CI 0.390~0.971, P=0.037)与儿童PNS发病风险均相关。rs17109674、rs10786156、rs3740360及rs2274224 SNP位点基因型、等位基因与儿童激素耐药型肾病综合征发病风险均无关(均 P>0.05)。(2)rs10786156与rs2274224( D’=0.702, r2=0.484)存在强连锁不平衡;rs17109674与rs10786156( D’=0.128, r2=0.007)、rs17109674与rs3740360( D’=0.142, r2=0.007)、rs17109674与rs2274224( D’=0.045, r2=0.001)、rs10786156与rs3740360( D’=0.255, r2=0.023)及rs3740360与rs2274224( D’=0.281, r2=0.028)均存在弱连锁不平衡。(3)单倍体型AGCG( OR=0.282,95% CI 0.079~1.008, P=0.038)、GGCC( OR=0.327,95% CI 0.111~0.967, P=0.034)及GGAG( OR=4.616,95% CI 1.179~18.069, P=0.016)与儿童PNS发病风险均相关。 结论:rs3740360 SNP位点AC基因型、AC+CC基因型及C等位基因可能降低广西壮族儿童PNS发病的风险;单倍体型AGCG和GGCC可能与儿童PNS发病风险下降相关,单倍体型GGAG可能与其PNS发病风险增加相关;4个SNP位点基因型及等位基因与激素耐药型肾病综合征发病风险无相关性。
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编辑人员丨1周前
