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慢性鼻窦炎伴鼻息肉鼻黏膜上皮细胞基因转录组分析
编辑人员丨4天前
目的:通过研究基因表达数据库(gene expression omnibus,GEO)中慢性鼻窦炎伴鼻息肉(CRSwNP)患者与对照组鼻黏膜上皮细胞差异表达基因并分析其功能,寻找参与调控CRSwNP鼻黏膜上皮屏障功能损伤的关键基因。方法:2018年6月至2020年5月,从可公开获得的GEO数据库下载编号为GSE107624(7例CRSwNP和7例对照)和GSE69093(13例CRSwNP和11例对照)的mRNA表达芯片数据,对两个数据集进行联合分析,筛选CRSwNP患者鼻黏膜上皮细胞差异表达基因,并对差异基因进行相互作用网络、功能注释和参与调控通路分析,根据基因注释结果筛选参与CRSwNP调控的重要基因。同期,收集首都医科大学附属北京同仁医院耳鼻咽喉头颈外科CRSwNP患者鼻息肉组织(14例,46.8±17.9岁)和鼻中隔偏曲患者的钩突黏膜组织(7例,23.4±2.3岁)作为对照组,对组织进行原代上皮细胞培养,并提取RNA进行实时荧光定量聚合酶链反应(Q-PCR)检测,对筛选出关键基因的mRNA表达水平进行验证。采用SPSS 22.0软件对数据进行统计学分析。结果:GSE107624数据库中CRSwNP患者与对照组上皮细胞中差异基因为3 856个,GSE69093数据库中为771个。在2个数据库中,CRSwNP患者鼻黏膜上皮细胞同时表达上调的基因共55个,表达下调的基因共3个。对这58个基因进行GO基因功能注释分析发现 SPTBN1、 FNBP1L、 VAPB、 SNX1参与细胞黏附功能, MAP1B参与微管相关复合体构成;京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析发现 BAMBI、 SIAH1参与调节果蝇无翅/整合素(Wingless/Integrated,Wnt)通路, COL6A1、 EIF4E参与调节磷脂酰肌醇3-激酶-丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(PI3K-AKT)通路;String蛋白相互作用网络分析发现微管相关蛋白1B(microtubule associated protein 1B,MAP1B)、VAMP相关蛋白B和C(VAMP associated protein B and C,VAPB)为核心功能蛋白。对筛选出差异倍数前3位基因( COL6A1、 MAP1B和 BAMBI)进行Q-PCR验证, MAP1B在CRSwNP患者鼻黏膜上皮细胞表达水平升高。 结论:CRSwNP鼻黏膜上皮细胞中表达水平升高的 MAP1B基因,以及相关的Wnt、PI3K-AKT信号通路调控异常可能介导了CRSwNP鼻黏膜上皮细胞屏障功能障碍。
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编辑人员丨4天前
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SPTBN2基因新发变异致早发型脊髓小脑共济失调5型的临床特征与遗传学分析
编辑人员丨4天前
目的:总结 SPTBN2基因变异致早发型脊髓小脑共济失调5型(SCA5)的临床和遗传学特征。 方法:回顾性分析2022年2月于青岛大学附属妇女儿童医院儿童康复科确诊的1例早发型SCA5患儿的临床及遗传学资料,检索国内外文献数据库中早发型SCA5的相关文献并进行文献资料总结。结果:患儿女性,4岁1个月,因“2岁3个月不能独站”入院,主要表现为婴儿期出现的发育迟缓、共济失调、肌张力低下、腱反射亢进,头颅磁共振成像示小脑萎缩呈进行性进展。基因检测发现患儿存在 SPTBN2基因c.793G>C(p.Asp265His)新发杂合变异。患儿住院后予物理、作业、语言、教育、功率自行车及经颅磁刺激等综合康复治疗。随访1年余至患儿4岁1月龄,其运动、认知、语言功能均有一定程度进步。文献复习共检索到英文文献13篇,中文文献1篇,累计报道20例早发型SCA5患者,发病年龄均在12个月内。婴儿期表现为肌张力减低和运动里程碑延迟,主要临床表现为共济失调、全面性发育迟缓和小脑萎缩。既往报道的病例涉及 SPTBN2基因变异位点11 个,变异类型主要为新发错义突变。本例患儿的变异位点在既往文献中未见报道。 结论:早发型SCA5是一种由 SPTBN2基因杂合变异导致的罕见常染色体显性遗传疾病,临床主要表现为婴儿期起病的共济失调、发育迟缓和小脑萎缩,早期康复干预有助于改善功能障碍的程度。
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编辑人员丨4天前
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早发型脊髓小脑共济失调5型1例
编辑人员丨4天前
脊髓小脑性共济失调是一类具有高度临床和遗传异质性的神经系统退行性疾病,通常属于常染色体显性遗传性小脑性共济失调。脊髓小脑性共济失调5型是其中极其罕见的亚型,由致病基因SPTBN2杂合突变导致。现报道1例婴儿期起病的脊髓小脑性共济失调5型患儿,主要表现为整体发育迟缓、共济失调及构音障碍,其SPTBN2基因携带杂合错义突变c.1438C>T(p.Arg480Trp),该突变可能对β-Ⅲ血影蛋白的功能区域产生重要影响,从而导致疾病的发生。
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编辑人员丨4天前
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非红细胞血影蛋白-β2在肺腺癌组织中的表达及其对肺腺癌细胞迁移、增殖、侵袭的影响
编辑人员丨4天前
目的:探讨非红细胞血影蛋白-β2(SPTBN2)在肺腺癌(LUAD)组织中的表达水平及其对肺腺癌细胞体外迁移、增殖、侵袭的影响。方法:通过基因表达数据库(GEO)下载的3个肺腺癌数据集验证SPTBN2在肺腺癌与正常肺组织中的差异表达。通过癌症基因组图谱(TCGA)分析SPTBN2在肺腺癌(LUAD)患者的预后中所起到的作用。收集2019年7月至2020年9月在郑州大学第一附属医院胸外科经手术证实为肺腺癌患者40例,收取癌组织标本及相应的癌旁组织标本,采用实时定量反转录聚合酶链反应(RT-qPCR)检测肺腺癌组织和癌旁组织中SPTBN2的mRNA表达水平。选择人肺腺癌细胞系A549按实验转染方案随机分组,分为空白(Blank)组、沉默SPTBN2 (si-SPTBN2)阴性对照(NC)组、si-SPTBN2组。采用细胞计数试剂盒(CCK-8)法检测细胞增殖能力;采用划痕实验及Transwell小室法检测细胞迁移和侵袭能力。计量资料组间比较采用 t检验。 结果:分析GSE10072( t=7.552, P<0.01),GSE19188( t=8.059, P<0.01)和GSE32863( t=9.196, P<0.01)数据集,SPTBN2在肺腺癌组织中的表达水平明显高于正常肺组织。TCGA数据库KM-PLOTTER生存分析网站进行生物信息学分析,显示SPTBN2高表达是肺腺癌患者预后的危险因素( P<0.01)。实时荧光定量RT-qPCR检测肺腺癌组织中SPTBN2的表达(7.922±0.956)高于正常肺组织(5.726±1.343, t=3.766, P<0.01),差异有统计学意义。CCK-8结果显示敲低si-SPTBN2实验组的细胞增殖能力明显低于si-SPTBN2 NC对照组(24 h:0.439±0.011比0.495±0.007, t=7.974, P<0.01;48 h:0.509±0.022比0.659±0.023, t=9.577, P<0.01;72 h:0.917±0.033比1.687±0.027, t=34.320, P<0.01;96 h:1.294±0.749比2.930±0.059, t=3.660, P<0.01)。划痕实验结果显示,si-SPTBN2的实验组在划痕48 h后相较于对照组迁移距离更短[划痕愈合比:(36.56±3.02)%比(51.94±5.72)%, P<0.01]。Transwell迁移、侵袭实验结果表明,敲低SPTBN2可使肺腺癌细胞的迁移能力显著低于对照组[(362±18)个比(977±25)个, t=35.750, P<0.01],侵袭能力显著低于对照组[(152±9)个比(770±34)个, t=43.920, P<0.01],差异均有统计学意义。 结论:SPTBN2在肺腺癌中高表达,与不良预后相关,具有促进肺腺癌细胞增殖、迁移和侵袭的作用。
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编辑人员丨4天前
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整合药理学视角下的骨碎补治疗骨质疏松症作用机制研究
编辑人员丨2023/8/6
骨碎补在补充替代治疗骨质疏松症(osteoporosis,OP)的临床实践中具有重要意义.该研究基于整合药理学视角,探索骨碎补治疗OP的作用机制.测得6个骨碎补所含活性化合物成分,主要包括苷类和甾醇类;通过网络药理学分析模块,以“节点连接度”的2倍中位数为卡值,选取中药靶标-疾病基因互作网络的核心节点;在此基础上,计算“节点连接度”“节点紧密度”和“节点介度”等3个拓扑结构特征值,从而筛选出骨碎补治疗OP的4个核心靶标,包括甲状旁腺素1受体(PTH1R)、甲状旁腺素2受体(PTH2R)、降钙素受体基因(CALCR)和SPTBN1基因(SPTBN1);基于基因本体数据库GO和KEGG通路数据库,确定药物靶标基因所编码蛋白质的分子功能、细胞内定位及其所参与的生物学反应和通路.结合富集计算,预测骨碎补治疗OP可能通过循环系统、神经系统、能量代谢、催乳素信号通路、GnRH信号通路、神经营养因子信号通路等生物合成过程及作用通路发挥作用.该研究结论与现有研究结果有一定呼应,探索出的新靶点、新通路也可为骨碎补治疗OP进一步验证性研究提供理论依据.
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编辑人员丨2023/8/6
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miR⁃135b⁃5p在口腔鳞状细胞癌中的表达及相关生物信息学分析
编辑人员丨2023/8/5
目的 探索miR?135b?5p在口腔鳞状细胞癌(oral squamous cell carcinoma,OSCC)及癌旁组织中的表达及其临床意义,预测miR?135b?5p靶基因并进行相关生物信息学分析.方法 通过肿瘤与癌症基因图谱(the Cancer Genome Atlas,TCGA)、基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库分析miR?135b?5p在OSCC组织和癌旁组织中的表达并分析其临床意义;临床收集新鲜组织标本,采用实时荧光定量PCR验证不同组织中miR?135b?5p的表达情况.采用生物信息学方法预测miR?135b?5p的靶基因并进行通路富集分析.构建蛋白互作网络筛选关键靶基因.结果 OSCC组织中miR?135b?5p表达量较癌旁组织上调,差异有统计学意义(P<0.001);miR?135b?5p表达量对OSCC组织具有良好的诊断效能(AUC=0.960,P<0.001);OSCC组织中miR?135b?5p表达水平与组织病理分级相关(P=0.011);生信分析结果显示,miR?135b?5p的靶基因富集在与肿瘤相关的钙离子、cGMP?PKG、cAMP信号通路中;筛选得到10个关键靶基因:DLG2、ANK3、ERBB4、SCN2B、NBEA、GABRB2、ATP2B2、SNTA1、CACNA1D、SPTBN4.结论 miR?135b?5p可作为一种促癌基因参与OSCC的发生发展,并具有成为OSCC诊断标志物及治疗靶点的潜在应用价值.
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编辑人员丨2023/8/5
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三阴性乳腺癌5基因预后风险评估体系
编辑人员丨2023/8/5
目的:构建适用于三阴性乳腺癌患者的预后评估体系.方法:从TCGA数据库下载三阴性乳腺癌患者的转录组及临床数据.通过R语言包对肿瘤组和正常组中的差异基因进行分析.采用单因素和多因素COX比例风险回归模型对差异基因进行分析,构建预后风险评分体系.ROC曲线用于评估预后风险评分体系的效果.运用GSEA对高风险组和低分险组的差异通路进行分析.结果:共得到三阴性乳腺癌组与癌旁组织中差异表达的mRNA2249个.通过单因素COX比例风险回归模型得到9个与三阴性乳腺癌患者预后密切相关的基因.结合多因素COX比例风险回归模型得到风险评分,形成一个5基因的风险评估体系(风险评分=0.7305×SLC6A9+0.4763×TSTA3+0.6993×SDS+0.4001×SPTBN2+0.4820×SRPK3).风险评分是三阴性乳腺癌患者独立的预后指标(HR=10.620,95%CI(2.922~38.595),P<0.001).ROC结果显示5基因预后风险评估体系具有良好的评估效果(5年AUC=0.807).GSEA发现多条糖代谢通路在高风险组中被激活.结论:我们构建的5基因预后风险评估体系是三阴性乳腺癌预后判断的独立指标,可良好的评估患者预后.高风险组异常激活的糖代谢通路可为三阴性乳腺癌靶向治疗提供潜在的靶点.
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编辑人员丨2023/8/5
