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miR-449a通过靶向KLF4蛋白导致血管平滑肌细胞表型转化
编辑人员丨4天前
目的:探讨miR-449a对于血管平滑肌细胞表型转化、增殖和迁移的作用。方法:首先构建携带miR-449a抑制剂、miR-449a mimic的质粒和携带KLF4 siRNA的病毒,并将其转染到血管平滑肌细胞当中,用即时荧光定量PCR检测miR-449a的量,用Western blot检测KLF4的表达量,并检测表型转化相关代表蛋白SM-MHC、α平滑肌肌动蛋白、骨桥蛋白。同时,用CCK-8和细胞划痕试验来评估细胞的增殖和迁移状况。用免疫荧光检测蛋白表达量及细胞结构变化。用荧光素酶报告基因实验来证实miR-449a与KLF4之间的关系。结果:实验发现,miR-449a的下调可以增加KLF4的表达以此达到促进血管平滑肌细胞表型转化的作用,并增加其增殖和迁移能力。结论:可以通过上调miR-449a降低KLF4的表达,从而抑制血管平滑肌细胞的表型转化及降低其增殖和迁移能力。
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编辑人员丨4天前
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lncRNA HOTAIR对肝癌细胞HCCLM3放射敏感性的影响
编辑人员丨4天前
目的:探讨下调长链非编码RNA(lncRNA)HOX转录反义RNA(HOTAIR)靶向微小RNA761(miR-761)对肝癌细胞HCCLM3放射敏感性的影响。方法:实时荧光定量PCR测定HOTAIR在肝癌细胞HuH-7、SNU-449、HCCLM3和正常肝细胞L-02中的表达差异。HCCLM3细胞分成空白对照、Sh-NC(转染shRNA阴性对照)、Sh-HOTAIR(转染HOTAIR shRNA)、RAD+Sh-NC(转染shRNA阴性对照并经8Gy剂量照射)、RAD+Sh-HOTAIR(转染HOTAIR shRNA并经8Gy剂量照射),流式细胞术检测细胞凋亡,Western印迹检测Bcl-2相关X蛋白(Bax)、C-Caspase-3蛋白表达。Sh-NC、Sh-HOTAIR细胞经过0、2、4、6、8 Gy照射处理,平板克隆实验测定放射敏感性。生物信息学软件预测miR-761可能为HOTAIR的靶基因,荧光素酶报告系统鉴定靶向关系。将miR-761抑制物、HOTAIR shRNA以及抑制物阴性对照、HOTAIR shRNA分别共转染到HCCLM3细胞中,同样使用上述方法测定细胞凋亡和Bax、C-含半胱氨酸的天冬氨酸蛋白水解酶-3蛋白表达和细胞存活分数。结果:肝癌细胞HuH-7、SNU-449、HCCLM3中HOTAIR表达水平均高于正常肝细胞L-02(1.85±0.12、2.27±0.23、2.68±0.15比1.00±0.09,均 P<0.05)。与Sh-NC比较,Sh-HOTAIR、RAD+Sh-NC细胞凋亡率和Bax、C-Caspase-3蛋白水平较高[凋亡率:(13.47±1.32)%、(12.84±1.19)%比(2.98±0.27)%;Bax蛋白:0.74±0.08、0.72±0.06比0.42±0.06;C-Caspase-3蛋白:0.56±0.06、0.54±0.08比0.25±0.04;均 P<0.05]。与Sh-HOTAIR、RAD+Sh-NC比较,RAD+Sh-HOTAIR细胞凋亡率和Bax、C-Caspase-3蛋白水平较高[凋亡率:(22.57±2.36)%比(13.47±1.32)%、(12.84±1.19)%;Bax蛋白:0.99±0.11比0.74±0.08、0.72±0.06;C-Caspase-3蛋白:1.03±0.12比0.56±0.06、0.54±0.08;均 P<0.05]。与Sh-NC比较,Sh-HOTAIR细胞存活分数较低,细胞放射敏感性较高( P<0.05)。HOTAIR靶向负调控miR-761表达。与共转染抑制物阴性对照、HOTAIR shRNA的细胞比较,共转染miR-761抑制物、HOTAIR shRNA的细胞经过放射处理后,细胞凋亡率较低[(10.24±1.32)%比(21.84±2.01)%],细胞中Bax(0.50±0.06比1.01±0.10)、C-Caspase-3蛋白(0.56±0.07比1.05±0.14)表达较低,细胞存活分数较高(均 P<0.05)。 结论:下调lncRNA HOTAIR靶向miR-761增加肝癌细胞HCCLM3放射敏感性。
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编辑人员丨4天前
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卵巢子宫内膜异位症miRNA及mRNA的表达检测及调控网络分析
编辑人员丨4天前
目的:采用高通量测序检测卵巢子宫内膜异位症微小RNA(microRNA,miRNA)及mRNA的表达,分析miRNA-mRNA调控网络关系,探索卵巢子宫内膜异位症的发生机制。方法:回顾性分析2017年3月至2018年3月在中南大学湘雅医院因卵巢子宫内膜异位症行手术的患者20例,取异位内膜及配对在位内膜组织,提取总RNA,分别进行miRNA测序及mRNA测序,获得差异miRNA及mRNA表达谱。运用Targetscan、miRDB数据库预测差异miRNA可能结合的mRNA,并与差异mRNA取交集,获得候选mRNA,采用Cytoscape软件进行miRNA-mRNA调控网络分析,采用DAVID数据库进行基因功能富集(GO)分析和信号通路(pathway)分析。结果:与在位内膜比较,异位内膜差异表达的miRNA有369个(197个上调,172个下调),差异表达的mRNA 3 765个(1 975个上调,1 790个下调)。实时荧光定量PCR(qRT-PCR)证实miR-202-5p、miR-514a-5p在异位内膜表达高于在位内膜( P<0.05),而miR-375-3p、miR-449b-5p在异位内膜表达低于在位内膜( P<0.05),与测序结果相符合。生物信息学发现与这4个miRNA相关的候选mRNA主要富集于核内甾体激素受体结合、跨膜受体及蛋白激酶激活等生物学过程。KEGG通路富集显示其参与了多种信号通路,如TGFβ信号通路、细胞黏附分子信号通路、Wnt信号通路、Rap1信号通路。 结论:miRNA及mRNA在子宫内膜异位症差异表达,二者相互作用通过多种通路参与子宫内膜异位症的发生发展。
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编辑人员丨4天前
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CASC19调控miR-449b-5p表达对子宫颈癌细胞增殖、凋亡和辐射敏感性的影响
编辑人员丨4天前
目的:探讨癌易感性候选基因19(CASC19)调控微小RNA-449b-5p(miR-449b-5p)的表达后对子宫颈癌细胞增殖、凋亡和辐射敏感性的影响。方法:(1)培养子宫颈癌细胞系HeLa细胞,予不同剂量(分别为0、2、4、6、8 Gy)的X线照射,实时荧光定量PCR技术检测HeLa细胞中CASC19 mRNA和miR-449b-5p的表达水平。(2)不同条件处理后HeLa细胞增殖、凋亡、辐射敏感性及其相关蛋白表达的检测,其中,不同处理条件包括沉默CASC19表达、过度表达miR-449b-5p、下调miR-449b-5p并沉默CASC19表达,相关蛋白包括细胞周期蛋白D1(cyclin D1)、活化的半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3(cleaved-caspase-3)和组蛋白变异体H2AX(γ-H2AX);采用四甲基偶氮唑蓝(MTT)比色法检测细胞增殖情况,流式细胞仪检测细胞凋亡情况,细胞克隆形成实验检测细胞的辐射敏感性(以存活分数表示)。(3)采用双荧光素酶报告基因实验(结果以荧光素酶活性表示)和实时荧光定量PCR技术验证CASC19和miR-449b-5p之间的靶向调控关系。结果:(1)随着X线照射剂量(0、2、4、6、8 Gy)的增加,HeLa细胞中CASC19 mRNA的表达水平逐渐升高( F=502.681, P=0.000),miR-449b-5p的表达水平逐渐降低( F=202.936, P=0.000)。(2)沉默CASC19表达、过度表达miR-449b-5p后,HeLa细胞的存活率显著降低( P<0.05),凋亡率显著升高( P<0.05),存活分数显著降低( P<0.05),cyclin D1蛋白的表达水平显著降低( P<0.05),cleaved-caspase-3和γ-H2AX蛋白的表达水平显著升高( P<0.05);下调miR-449b-5p并沉默CASC19表达后,HeLa细胞的存活率显著升高( P<0.05),凋亡率显著降低( P<0.05),存活分数显著升高( P<0.05),cyclin D1、γ-H2AX蛋白的表达水平显著升高( P<0.05),cleaved-caspase-3的表达水平显著降低( P<0.05)。(3)与对照比较,过度表达miR-449b-5p可显著降低CASC19基因野生型HeLa细胞的荧光素酶活性(分别为1.00±0.09、0.37±0.05, P<0.01),而对CASC19基因突变型HeLa细胞的荧光素酶活性无显著影响(分别为0.92±0.07、0.94±0.05, P>0.05)。与对照比较,沉默CASC19表达后HeLa细胞中miR-449b-5p的表达水平显著升高(分别为1.00±0.12、4.84±0.49, P<0.05),过度表达CASC19后HeLa细胞中miR-449b-5p的表达水平显著降低(分别为1.00±0.09、0.38±0.04, P<0.05)。 结论:HeLa细胞中CASC19可负调控miR-449b-5p的表达,下调miR-449b-5p表达可部分逆转沉默CASC19对HeLa细胞增殖、凋亡及辐射敏感性的影响。
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编辑人员丨4天前
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胰腺癌组织c-MET表达与循环miR-34a、miR-449水平的相关性
编辑人员丨4天前
目的:探讨胰腺癌组织织间质表皮转化因子(c-MET)的表达与循环miR-34a、miR-449水平的相关性及其临床意义。方法:收集2015年3月至2017年3月间嘉兴医学院附属第二医院行手术治疗并经病理证实的41例胰腺癌患者的临床资料。通过免疫组织化学染色检测胰腺癌组织及其匹配的癌旁正常胰腺组c-MET表达,根据测定结果将患者分为c-MET阳性组与c-MET阴性组。采集患者手术前和手术后3个月外周血,应用荧光定量PCR法检测循环miR-34a和miR-449水平。分析癌组织c-MET表达与患者临床病理参数、预后及循环miR-34a、miR-449水平的关系。分析循环miR-34a和miR-449水平对胰腺癌TNM分期、淋巴结转移和预后的评估价值。结果:胰腺癌组织c-MET阳性率明显高于癌旁正常组织(63.4%比24.4%),差异有统计学意义( P<0.05)。与c-MET阴性患者比较,c-MET阳性患者TNMⅢ/Ⅳ期者居多(73.1%比33.4%),淋巴结转移率高(76.9%比46.7%),生存时间短(29.5个月比35.0个月),生存率低(38.5%比53.3%),差异均有统计学意义( P值均<0.05)。术前c-MET阳性患者循环miR-34a、miR-449水平明显低于c-MET阴性患者(0.228±0.068比0.524±0.106、0.252±0.063比0.432±0.094, P<0.05),术后c-MET阳性患者循环miR-449水平仍明显低于c-MET阴性患者(0.414±0.088比0.512±0.114, P<0.05),但两组间miR-34a水平的差异无统计学意义。术前循环miR-34a、miR-449水平对胰腺癌TNM分期、淋巴结转移及预后有预测价值( P<0.05)。 结论:miR-34a、miR-449靶向结合胰腺癌组织c-MET,有可能成为潜在的胰腺癌标志物。
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编辑人员丨4天前
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胶质瘤相关巨噬细胞恶性转化后脂代谢重塑特征及调控机制
编辑人员丨4天前
目的:观察胶质瘤微环境中发生恶性转化的肿瘤相关巨噬细胞(TAM)脂代谢特征,分析抑制其脂代谢重塑后生物学表型变化及调控机制。方法:实验采用12只6~8周雄性Balb/c小鼠。巨噬细胞(Mφ)来源于小鼠骨髓,恶性转化巨噬细胞(tMφ 1和tMφ 2)为胶质瘤干细胞与巨噬细胞体内外互相作用模型所克隆。检测Mφ、tMφ 1和tMφ 2内脂滴形成和胆固醇含量,qRT-PCR检测脂代谢关键酶固醇调节元件结合蛋白(SREBP)、脂肪酸合成酶(FASN)和3-羟基-3-甲基戊二酸单酰辅酶A还原酶(HMG-CoA)的表达水平,并与正常Mφ比较。分析脂代谢抑制药物辛伐他汀(SIM)对相关细胞增殖、迁移和侵袭能力的影响及胞内胆固醇含量的变化。构建SIM处理前后恶性转化TAM中miRNA的差异表达谱,生物信息学分析筛选并验证与脂代谢重塑相关的miR449a及其靶基因分拣微管连接蛋白17(SNX17)。qRT-PCR和Western 印迹分析上调miR-449a对SNX17表达水平影响,检测上调miR449a对恶性转化TAM生物学表型及胆固醇含量的影响,并检测敲减SNX17后低密度脂蛋白受体(LDLR)表达变化及其对恶性转化TAM胆固醇含量的影响。 结果:tMφ 1和tMφ 2内脂滴数量明显多于Mφ,胆固醇相对含量分别为3.89±0.68、3.56±0.53,显著高于Mφ(1.01±0.21)( P<0.001),脂代谢酶SREBP(4.78±0.60、2.84±0.41)、FASN(4.65±0.70、3.01±0.45)和HMG-CoA(5.74±0.55、2.97±0.34)相对表达量高于Mφ(1.01±0.19、1.02±0.21和0.99±0.18)(均 P<0.001)。SIM作用后tMφ 1和tMφ 2细胞增殖率分别由(47.06±5.88)%、(45.29±5.64)%下降至(23.53±4.70)%、(18.74±5.76)%(均 P<0.05);迁移细胞数分别由(1 025±138)个、(350±47)个下降至(205±63)个、(99±25)个(均 P<0.001),侵袭细胞数分别由(919±45)个、(527±34)个下降至(220±23)个、(114±21)个(均 P<0.001),胞内胆固醇相对含量分别由1.01±0.14、1.02±0.09下降至0.52±0.08、0.58±0.07(均 P<0.05)。SIM作用tMφ 1后筛选出miR-449a,生信分析并验证其靶基因为SNX17。过表达miR-449a后SNX17表达下调,细胞增殖率、迁移和侵袭数明显减少,胞内胆固醇含量降低;敲减SNX17后LDLR表达下调,胞内胆固醇水平亦相应下降(均 P<0.05)。 结论:胶质瘤干细胞重构的高度免疫抑制性微环境中恶性转化TAM脂代谢水平显著增高。miR-449a通过靶向SNX17调控LDLR从而重塑恶性转化TAM的脂代谢,进而抑制其增殖、迁移和侵袭能力,精准干预miR-449a/SNX17/LDLR轴可为通过代谢干预逆转胶质瘤干细胞重构的以TAM为主的高度利瘤性免疫微环境治疗提供实验依据。
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编辑人员丨4天前
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某矿井下作业人员外周血血浆miRNAs表达研究
编辑人员丨4天前
目的:探讨氡对矿井下作业人员外周血血浆miR-16、miR-106b、miR-449a、let-7g、miR-21、miR-221、miR-34a表达的影响。方法:采用简单随机抽样法分别选取矿井下作业人员(井下组)46名和矿井上作业人员(对照组)38名。采用实时荧光定量PCR(qPCR)方法,检测研究对象外周血血浆中miRNAs的相对表达水平。比较miRNAs在井下组和对照组外周血血浆中的差异表达,分析miRNAs的差异性表达与累积剂量等因素的关系。结果:井下组外周血血浆miR-106b、miR-21、miR-221明显高于对照组( Z=-2.32、-2.47、-2.79, P<0.05),其倍数变化(Fc)分别为1.61、1.75、1.30;miR-16、miR-449a、let-7g、miR-34a高于对照组,但差异无统计学意义( P>0.05)。控制年龄、体质量指数(BMI)、吸烟等因素后,miR-16、miR-106b、let-7g、miR-21、miR-221的差异性表达和氡暴露累积剂量呈正相关( t=2.50、3.31、2.60、2.95、3.25, P<0.05),而miR-449a、miR-34a的表达改变与氡暴露累积剂量无显著相关( P>0.05)。 结论:miR-106b、miR-21、miR-221可能具有作为氡致辐射损伤的早期标志物的潜在价值。
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编辑人员丨4天前
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基于生物信息学构建胰腺癌患者预后相关miRNA预测模型及其应用价值
编辑人员丨4天前
目的:探讨基于生物信息学构建胰腺癌患者预后相关微小RNA(miRNA)预测模型及其应用价值。方法:采用回顾性队列研究方法。收集肿瘤基因图谱计划(TCGA)数据库(https://cancergenome.nih.gov/)自建库起至2017年9月171例胰腺癌患者的临床病理资料;男93例,女78例;中位年龄为65岁,年龄范围为35~88岁。171例患者中,64例临床病理资料完整。171例患者采用随机抽样法按7∶3比例分为训练集123例和测试集48例。训练集用于构建预测模型,测试集用于验证预测模型效能。从GEO基因公共表达数据库中下载包含9对胰腺癌及对应癌旁组织的miRNA测序数据的数据集GSE41372,从癌组织及癌旁组织差异表达的miRNA中筛选出候选差异表达miRNA,基于训练集患者信息,进行LASSO-COX回归分析,从候选差异表达miRNA中筛选出与生存相关miRNA,将其拟合成一个相对精简的预后相关miRNA模型。分别在训练集和测试集中对构建的预后相关miRNA模型的预测效能进行验证,以受试者工作曲线下面积(AUC)评价模型准确性,以一致性指数(C-index值)评价模型效能。观察指标:(1)患者生存情况。(2)差异表达miRNA筛选结果。(3)预后相关miRNA模型的构建。(4)预后相关miRNA模型的验证。(5)胰腺癌患者临床病理因素比较。(6)影响胰腺癌患者预后的相关因素分析。(7)预后相关miRNA模型与第8版TNM分期预测效能的比较。正态分布的计量资料以 ± s表示,两组间比较采用Student- t检验,多组间比较采用方差分析。偏态分布的计量资料以 M(范围)表示,组间比较采用Mann-Whitney U检验。计数资料以绝对数或百分比表示,组间比较采用 χ2检验。等级资料分析采用秩和检验。采用计数资料相关性分析,挖掘预后相关miRNA模型与患者临床病理参数之间的相关性。采用COX进行单因素及多因素分析,并判断相关性,结果以风险比及95%可信区间表示,风险比<1时,证明该因素为保护因素;风险比>1时,证明该因素为危险因素;风险比=1时,说明对生存无明显影响。采用Kaplan-Meier法绘制生存曲线并计算生存率,采用Log-rank检验进行生存分析。 结果:(1)患者生存情况:123例训练集患者随访时间为31~2 141 d,中位随访时间为449 d,3、5年总体生存率分别为16.67%、8.06%。48例测试集患者随访时间为41~2 182 d,中位随访时间为457 d,3、5年总体生存率分别为15.63%、9.68%。两组患者3、5年总体生存率比较,差异均无统计学意义( χ2=0.017,0.068, P>0.05)。(2)差异表达miRNA筛选结果:生物信息学分析结果显示,共筛选102个候选差异表达miRNA,其中63个miRNA在癌组织中上调,39个miRNA在癌组织中下调。(3)预后相关miRNA模型的构建:在102个候选差异表达基因中,筛选出5个与生存相关的miRNA。名称分别为miR-21、miR-125a-5p、miR-744、miR-374b、miR-664,差异表达模式(癌组织对比癌旁组织)分别为升高、升高、降低、升高、降低,差异表达倍数分别为4.00、3.43、3.85、2.62、2.35倍。由5个与生存相关miRNA构建的预后表达方程=0.454×miR-21表达量-0.492×miR-125a-5p表达量-0.49×miR-744表达量-0.419×miR-374b表达量-0.036×miR-664表达量。(4)预后相关miRNA模型的验证:在训练集和测试集中,预后相关miRNA模型C-index值分别为0.643和0.642。(5)胰腺癌患者临床病理因素比较:COX分析结果显示,预后相关miRNA模型与肿瘤病理学T分期和肿瘤位置具有相关性( Z=45.481, χ2=10.176, P<0.05)。(6)影响胰腺癌患者预后的相关因素分析:单因素分析结果显示为肿瘤病理学N分期、接受放射治疗、接受分子靶向治疗、预后相关miRNA模型评分是胰腺癌患者预后的相关因素(风险比=2.471,0.290,0.172,2.001,95%可信区间为1.012~6.032,0.101~0.833,0.082~0.364,1.371~2.922, P<0.05)。多因素分析结果显示:接受分子靶向治疗是胰腺癌患者预后的独立保护因素(风险比=0.261,95%可信区间为0.116~0.588, P<0.05);预后相关miRNA模型评分≥1.16分是胰腺癌患者预后的独立危险因素(风险比=1.608,95%可信区间为1.091~2.369, P<0.05)。(7)预后相关miRNA模型与第8版TNM分期预测效能的比较:在训练集中,预后相关miRNA模型对胰腺癌患者3、5年生存时间预测概率与第8版TNM分期比较,差异有统计学意义( Z=-1.671,-1.867, P<0.05)。预后相关miRNA模型与第8版TNM分期AUC分别为0.797、0.935与0.737、0.703,95%可信区间分别为0.622~0.972、0.828~1.042与0.571~0.904、0.456~0.951;C-index值分别为0.643与0.534。在测试集中,预后相关miRNA模型对胰腺癌患者3、5年生存时间预测概率与第8版TNM分期比较,差异有统计学意义( Z=-1.729,-1.923, P<0.05)。预后相关miRNA模型与第8版TNM分期AUC分别为0.750、0.873与0.721、0.703,95%可信区间分别为0.553~0.948、0.720~1.025与0.553~0.889、0.456~0.950;C-index值分别为0.642与0.544。 结论:基于5个与胰腺癌生存相关miRNA构建可用于胰腺癌患者生存预测的预后相关miRNA模型。该模型可与现有TNM分期系统及其他临床病理参数形成互补,为患者提供个体化、准确的生存时间预测,为临床治疗提供参考。
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编辑人员丨4天前
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艾司氯胺酮对肝癌细胞恶性生物学行为的影响及作用机制实验研究
编辑人员丨2024/8/31
目的:探讨艾司氯胺酮对肝癌细胞恶性生物学行为的影响及可能的作用机制.方法:收集26例肝癌患者的癌组织和癌旁组织.实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)检测肝癌组织和细胞微小RNA(miR)-449b-5p和转化生长因子-β诱导因子同源盒2(TGIF2)mRNA表达.选取上述基因变化最显著的细胞进行后续实验.将肝癌SK-Hep-1细胞分为对照组(正常培养)、艾司氯胺酮-L组(1 mmol/L艾司氯胺酮处理)、艾司氯胺酮-H组(2 mmol/L艾司氯胺酮处理)、艾司氯胺酮-H+inhibitor NC组(转染inhibitor NC+2 mmol/L艾司氯胺酮处理)、艾司氯胺酮-H+miR-449b-5p inhibitor组(转染miR-449b-5p inhibitor+2 mmol/L艾司氯胺酮处理).细胞计数试剂盒(CCK-8)法检测细胞增殖.划痕实验检测细胞迁移能力.Transwell实验检测细胞侵袭能力.流式细胞术检测细胞凋亡情况.Western blot检测细胞中肿瘤增殖细胞核抗原(Ki-67)、半胱氨酸蛋白酶-3(Cleaved caspase-3)、基质金属蛋白酶-9(MMP-9)、血管内皮生长因子A(VEGF-A)、TGIF2蛋白表达量.双荧光素酶报告基因实验验证miR-449b-5p和TGIF2的靶向关系.结果:肝癌组织和细胞TGIF2 mRNA表达水平升高,miR-449b-5p表达水平降低(均P<0.05).与对照组比较,艾司氯胺酮-L组、艾司氯胺酮-H组以及艾司氯胺酮-H+inhibitor NC组SK-Hep-1细胞中miR-449b-5p表达水平、细胞凋亡率及Cleaved caspase-3蛋白表达水平升高,TGIF2 mRNA表达水平、OD450值(24、48 h)、细胞划痕愈合率、细胞侵袭数及Ki-67、MMP-9、VEGF-A、TGIF2蛋白表达水平降低(均P<0.05).与艾司氯胺酮-H+inhibitor NC 组比较,艾司氯胺酮-H+miR-449b-5p inhibitor 组 SK-Hep-1 细胞miR-449b-5p表达水平、细胞凋亡率及Cleaved caspase-3蛋白表达水平降低,TGIF2 mRNA表达水平、OD450值(24、48 h)、细胞划痕愈合率、细胞侵袭数及Ki-67、MMP-9、VEGF-A、TGIF2蛋白表达水平升高(均P<0.05).miR-449b-5p mimic+TGIF2-WT组荧光素酶活性低于miR-NC+TGIF2-WT组(P<0.05).结论:艾司氯胺酮通过上调miR-449b-5p/TGIF2轴抑制肝癌细胞的恶性生物学行为.
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编辑人员丨2024/8/31
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基于转录组测序筛选多囊卵巢综合征外周血中差异表达基因及miRNA
编辑人员丨2024/7/6
目的:基于转录组测序并结合生物信息学技术分析多囊卵巢综合征(P-COS)患者与健康人群全血样本来源的微阵列数据,筛选差异表达基因及miRNA,为PCOS的临床诊疗提供新见解.方法:从GEO数据库筛选并下载GSE54248 数据集,利用R软件limma包筛选PCOS组与对照组的差异表达基因,并对其进行GO和KEGG富集分析.使用在线分析工具STRING数据库用于分析蛋白质-蛋白质相互作用,并通过Cytoscape构建PPI互作网络,使用CytoHubba插件中的MCC、Degree、Closeness、Bottleneck四种算法计算后取交集识别Hub基因.通过NetworkAnalyst构建Hub基因的靶向miRNA网络图.qRT-PCR法检测PCOS 组及对照组外周血中 IL-1β、FCGR3A、CD79B、CD27 和 CD52 表达.结果:从GSE54248 数据集中共筛选鉴定出 98 个差异表达基因,其中 55 个上调基因,43 个下调基因.GO富集分析表明,差异基因生物学过程主要集中于蛋白质自身磷酸化、白细胞介导的免疫、淋巴细胞介导的免疫、免疫反应调节信号通路等.KEGG显著富集了3 个信号通路,分别为原发性免疫缺陷、造血细胞系及Th17 细胞分化.结合PPI网络与CytoHubba的四种算法的结果,得到了IL-1β、FCGR3A、CD79B、CD27 和CD52 这 5个Hub基因.结合miRNA-靶基因的共表达网络,有5 种miRNAs,包括hsa-miR-375、hsa-miR-34a-p、hsa-miR-126-3p、hsa-miR-146a-5p及hsa-miR-449a等被预测可能是PCOS患者外周血中关键的miRNA分子.qRT-PCR结果证实,与对照组相比,PCOS组患者外周血中IL-1β表达升高(P<0.05),FCGR3A、CD79B、CD27 表达均显著升高(P<0.01).结论:本研究通过公共数据库挖掘鉴定出IL-1β、FCGR3A、CD79B、CD27 可能作为关键基因参与PCOS的病理生理过程,并通过生物信息学分析鉴定了5 个可能调控PCOS的miRNA.该结果将为进一步阐明PCOS的发生发展机制提供新思路,也将为PCOS提供新的药物靶点和诊疗思路.
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编辑人员丨2024/7/6
