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低温缺血再灌注心律失常大鼠心肌miRNA表达的变化及靶基因预测
编辑人员丨1周前
目的:明确低温缺血再灌注心律失常大鼠心肌miRNA表达的变化及其靶基因。方法:清洁级健康雄性SD大鼠,2~3月龄,体重300~400 g,麻醉后开胸取心脏,建立离体心脏灌注模型。成功建立离体心脏灌注模型6个,采用随机数字表法分为2组( n=3):对照组(C组)和心脏缺血再灌注组(IR组)。采用全心停灌60 min再灌注30 min的方法制备低温心脏缺血再灌注损伤模型。记录再灌注期间心律失常评分。通过高通量测序筛选出2组心肌表达有显著性差异的miRNA(DEmiRNAs)。利用RNAhybrid和miRanda数据库对DEmiRNAs调节的mRNA行靶基因预测,通过Gene Ontology和KEGG数据库对靶基因进行富集分析,选取与心律失常密切相关且表达水平较高的miRNA进行RT-PCR检测。 结果:高通量测序结果:与C组比较,IR组有7个miRNA表达有显著性差异(novel-miR-17、novel-miR-19、novel-miR-30、novel-miR-43、rno-miR-122-5p、novel-miR-16和rno-miR-429)。与心律失常关系密切且表达水平较高的miRNA有4个:与C组比较,IR组心肌novel-miR-17、novel-miR-30和rno-miR-122-5p表达上调,rno-miR-429表达下调( P<0.05)。通过miRNA-mRNA相关性分析结果:GJA1基因是novel-miR-17的靶点。 结论:心肌novel-miR-17可能作用于GJA1基因参与大鼠低温缺血再灌注心律失常的发生。
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编辑人员丨1周前
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基于芯片和公共数据库数据分析微RNA在乙型肝炎病毒感染中的可能机制
编辑人员丨1周前
目的:探讨微RNA(microRNA, miRNA)表达在乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)感染中的可能机制。方法:采集2017年于福建医科大学孟超肝胆医院就诊的4例慢性乙型肝炎(chronic hepatitis B,CHB)患者和4名健康对照者的外周血标本。通过Affymetrix GeneChip microRNA 4.0芯片检测CHB患者和健康对照者的miRNA表达谱,获得CHB相关差异表达miRNA,并结合生物信息学工具和公共数据库分析其功能。结果:共有7个miRNA在CHB患者外周血中差异表达,其中miRNA-122-5p[差异表达倍数(log 2 fold change, log 2 FC)=7.78, P=0.007 3]、let-7c-5p(log 2FC=3.52, P=0.019 6)、miRNA-6794-5p(log 2FC=1.15, P=0.033 2)和miRNA-1226-5p(log 2FC=0.68, P=0.034 3)为高表达,miRNA-619-5p(log 2FC=-1.83, P=0.002 6)、miRNA-1273g-3p(log 2FC=-2.69, P=0.025 1)和miRNA-4440(log 2FC=-3.99, P=0.047 8)为低表达。进一步的分析提示这些差异表达miRNA可能直接作用于HBV基因序列,影响病毒复制。其中miRNA-122-5p、miRNA-6794-5p和miRNA-1226-5p可能通过负向调控其靶基因表达,影响富含纤胶凝蛋白-1颗粒体、富含纤胶凝蛋白-1管腔、伪足体和细胞膜褶皱的构成,共同参与细胞膜的运动及细胞基质附着。 结论:miRNA可能通过影响细胞膜的分子运动使病毒得以侵入肝细胞内,在HBV感染肝细胞过程中起到重要辅助作用。
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编辑人员丨1周前
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miRNA-29c在1型糖尿病早期肾病患者中的表达及其诊断价值
编辑人员丨1周前
目的:研究miRNA-29c在1型糖尿病(type 1 diabetes mellitus, T1DM)早期肾病患者中的表达情况,及对早期肾病的诊断价值。方法:回顾性选取2019年1月至2022年3月期间于杭州市临安区第一人民医院接受治疗的168例T1DM患者作为研究对象,根据肾病发生情况分为单纯性糖尿病组(122例)及糖尿病肾病组(46例)。采用RT-PCR法检测血清miRNA-29c水平,比较两组的性别、年龄、病程、血清miRNA-29c水平等一般资料,采用Logistic回归分析T1DM患者发生早期肾病的影响因素。采用 ROC曲线分析miRNA-29c对于T1DM发生早期肾病的诊断价值。 结果:早期肾病组的病程、血压(收缩压、舒张压)、糖化血红蛋白(HbA1c)、总胆固醇(TC)、血尿酸高于单纯性糖尿病组,而白蛋白、总胆红素、miRNA-29c(0.82±0.22 vs 1.24±0.33)低于单纯性糖尿病组,差异有统计学意义( P<0.05)。多因素 Logistic分析显示:长病程( OR=2.061,95% CI=1.090~3.896)、收缩压( OR=1.143,95% CI=1.023~1.279)、舒张压( OR=1.151,95% CI=1.022~1.298)、高HbA1c( OR=1.317,95% CI=1.049~1.653)、高血尿酸( OR=1.306,95% CI=1.028~1.659)、低miRNA-29c( OR=0.845,95% CI=0.730~0.979)是影响T1DM患者发生早期肾病的危险因素( P<0.05)。ROC曲线分析显示miRNA-29c诊断早期肾病的截断值为0.952,曲线下面积(AUC)为0.863(95% CI: 0.801~0.925),敏感度、特异度分别为84.78%、80.33%。 结论:T1DM早期肾病患者血清miRNA-29c处于低表达状态,是T1DM患者发生早期肾病的影响因素,对于早期肾病具有良好的诊断价值。
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编辑人员丨1周前
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全反式维甲酸调控miRNA-34a-E2F1-Eag1信号通路抑制骨肉瘤细胞增殖和侵袭的体外研究
编辑人员丨1周前
目的:探讨全反式维甲酸(ATRA)对骨肉瘤143B细胞增殖和侵袭的影响及其可能的调控机制。方法:采用不同浓度ATRA处理人骨肉瘤143B细胞,选取影响细胞增殖的最佳浓度和处理时间。分别采用MTS法、Transwell迁移和侵袭实验检测ATRA处理后143B细胞增殖、迁移和侵袭能力变化。采用实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)和蛋白质印迹法检测ATRA处理后骨肉瘤143B细胞中miRNA-34a(miR-34a)、E2F1和Eag1的表达变化。干扰miR-34a和过表达E2F1,检测143B细胞增殖、侵袭和迁移能力以及miR-34a、E2F1和Eag1表达的变化。结果:ATRA浓度为10 μmol/L、处理72 h对143B细胞增殖的抑制作用最明显。10 μmol/L ATRA作用72 h的迁移细胞数、侵袭细胞数均低于阴性对照组[(73±3)个比(182±5)个, t=21.46, P<0.01;(94±3)个比(203±7)个, t=13.70, P<0.01]。10 μmol/L ATRA可促进143B细胞中miR-34a的表达,抑制Eag1和E2F1的表达(均 P<0.01)。与ATRA组比较,处理72 h后ATRA+miR-34a干扰组可恢复细胞的增殖能力[细胞存活率(41.0±2.2)%比(25.0±3.6)%, t=108.68, P<0.01]。与ATRA组比较,ATRA+miR-34a干扰组可恢复细胞的迁移和侵袭能力[(122±14)个比(64±10)个, t=21.06, P<0.01;(103±10)个比(59±8)个, t=24.27, P<0.01],并可促进细胞中Eag1和E2F1的mRNA和蛋白表达(均 P<0.01)。与ATRA组相比,ATRA+E2F1过表达组可恢复细胞的增殖能力[细胞存活率(40.0±3.4)%比(24.0±3.1)%, t=108.74, P<0.01],可恢复细胞迁移和侵袭能力[(78±12)个比(29±8)个, t=13.52, P<0.01;(75±12)个比(49±10)个, t=6.28, P<0.01)],并促进细胞中Eag1和E2F1的mRNA和蛋白表达(均 P<0.01)。 结论:ATRA通过调控miRNA-34a-E2F1-Eag1信号通路抑制骨肉瘤细胞增殖和侵袭,其可能成为骨肉瘤有效的治疗药物之一。
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编辑人员丨1周前
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肝动脉阻力指数联和血清miRNA-122a对脓毒症休克合并肝损伤的诊断及预后价值
编辑人员丨1周前
目的:探讨肝动脉阻力指数(Hepatic artery resistance index,HARI)、miRNA-122a对脓毒症休克合并肝损伤的早期诊断及预后评估的临床价值。方法:选择2016年12月至2019年02月沧州市中心医院EICU收治的176例脓毒症休克患者作为研究对象,根据有无肝损伤分为无肝损伤组(90例)、肝损伤组(86例)。肝损伤组患者再按肝损伤程度分为轻度肝损伤组(20例)、中度肝损伤组(25例)、重度肝损伤组(41例)。脓毒症休克合并肝损伤患者根据28 d转归分为存活组(26例)和死亡组(60例)。选择健康体检者40例作为对照组。分析两组患者的临床资料,采用彩色多普勒超声测定肝动脉阻力指数(HARI),采用反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)测定血清miRNA- 122a表达量。采用受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线分析HARI、血清miRNA-122a对脓毒症休克合并肝损伤的早期诊断价值。采用二元Logistic回归分析影响脓毒症休克合并肝损伤患者预后的危险因素。结果:①与对照组比较,脓毒症休克无肝损伤组、脓毒症休克合并肝损伤组患者的HARI、血清miRNA-122a呈递增趋势,差异有显著统计学意义( P <0.01)。ROC曲线分析显示,HARI、血清miRNA-122a诊断脓毒症休克合并肝损伤的AUC分别为:0.872[95% CI=(0.813, 0.919)]、0.796 [95% CI=(0.728, 0.854)]。当HARI最佳临界值为0.738时,其诊断脓毒症休克合并肝损伤的敏感度为77.65%,特异度为83.53%。当miRNA-122a表达量最佳临界值为2.80时,其诊断脓毒症相关肝损伤的敏感度为71.76%,特异度为75.29%。当HARI联合miRNA-122a诊断脓毒症休克合并肝损伤的AUC为0.927[95% CI=(0.876, 0.961)],最佳临界值为0.276时,其诊断脓毒症休克合并肝损伤的敏感度为91.76%,特异度为85.29%。②脓毒症休克无肝损伤组与轻度肝损伤组比较,HARI差异无统计学意义( P>0.05),而血清miRNA-122a差异有统计学意义( P <0.01)。随肝损伤严重程度加重,HARI、血清miRNA-122a呈递增趋势,重度肝损伤组显著高于轻度和中度肝损伤组,差异有显著统计学意义( P <0.01)。③与存活组比较,单因素分析显示,脓毒症休克合并肝损伤28 d死亡组患者的肝损伤严重程度、APACHE Ⅱ评分、SOFA评分、PCT、Lac、miRNA-122a、HARI显著升高,差异有统计学意义( P<0.01)。④二元Logistic回归分析发现,肝损伤严重程度、APACHE Ⅱ评分、SOFA评分、HARI、miRNA-122a是影响脓毒症休克合并肝损伤患者预后的独立危险因素。 结论:HARI联合血清miRNA-122a检测对评估脓毒症休克合并肝损伤具有较高的敏感度和特异度,且对预后评估有一定的临床价值。
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编辑人员丨1周前
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miR-122-5p调节创伤性脑外伤后小胶质细胞极化减弱炎症反应
编辑人员丨1周前
目的:探讨miR-122-5p对创伤性脑外伤后小胶质细胞凋亡、极化和炎症反应的影响。方法:建立创伤性脑外伤(traumatic brain injury,TBI)小鼠模型和细胞模型。使用TBI小鼠脑匀浆刺激星型胶质细胞产生外泌体,microRNA微阵列分析外泌体中显著改变的microRNA。实时荧光定量PCR检测TBI小鼠模型和TBI细胞模型中miR-122-5p表达。使用TUNEL凋亡染色、免疫荧光共聚焦、蛋白质印迹研究miR-122-5p抑制剂在TBI神经炎症中对小胶质细胞凋亡、小胶质细胞M1/M2表型转化、NLRP3通路及NFκB磷酸化的作用。结果:通过microRNA微阵列分析发现有83个下调miRNA(改变2倍以上, P <0.05),其中miR-122-5p显著下调( P<0.01),miR-122-5p在TBI小鼠及细胞模型中表达显著下降[(1.0±0.00) vs.(0.41±0.15), P <0.001;[(1.0±0.00) vs.(0.34±0.07), P<0.001]。TUNEL凋亡检测、免疫荧光染色结果表明抑制miR-122-5p表达,可以显著减轻LPS诱导的小胶质细胞凋亡[(8.03±1.30) vs. (3.17±0.34), P<0.001],促进小胶质细胞M1向M2表型转化,即M1表型极化减少[(56.96±13.70) vs. (34.70±3.47), P =0.002],M2表型极化增加[(30.46±3.67) vs. (40.74±2.49), P =0.005]。蛋白质印迹结果表明miR-122-5p抑制剂降低NLRP3炎症小体活化[(0.77±0.10) vs. (0.51±0.11), P =0.02],降低NFκB的磷酸化[(0.73±0.08) vs. (0.50±0.07), P =0.003]。 结论:miR-122-5p在TBI星形胶质细胞分泌的外泌体及小胶质细胞中表达下调,miR-122-5p抑制剂可以通过抑制TBI后NLRP3炎症小体通路的活化及NFκB的磷酸化,促进小胶质细胞M1向M2表型转化,减少小胶质细胞凋亡,从而减轻TBI后小胶质细胞炎症损伤。
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编辑人员丨1周前
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广州管圆线虫感染大鼠脑组织转录组分析
编辑人员丨2024/6/22
目的 了解广州管圆线虫感染后大鼠脑组织转录组的表达水平.方法 将32只SD大鼠随机分为对照组(12只)和感染组(20只),感染组每只大鼠经灌胃感染40条广州管圆线虫Ⅲ期幼虫,对照组灌胃等体积生理盐水.感染后1、7、14、21 d,对照组、感染组分别随机解剖3、5只,取脑组织制备石蜡切片,苏木精-伊红(HE)染色后观察脑组织病理变化.TRIzol法提取感染后14d大鼠脑组织RNA,逆转录为cDNA后测序.选取差异表达mRNA进行基因本体论(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)代谢通路分析,采用STRING数据库预测差异表达mRNA靶蛋白之间的蛋白质互作(PPI)关系.利用生物信息学方法构建差异表达基因的竞争性内源性RNA(ceRNA)调控网络.采用qPCR验证表达差异的lncRNA.结果 HE染色结果显示,感染广州管圆线虫后14d,感染组大鼠脑组织出现病理变化,脑海马区神经元胞浆固缩;感染后21 d,脑膜处可见寄生虫样组织.RNA测序结果显示,感染广州管圆线虫后14d,大鼠脑组织中差异表达mRNA的数量为955个(890个上调、65个下调);差异表达lncRNA的数量为193个(122个上调、71个下调).GO富集分析结果显示,差异表达mRNA主要富集在炎症反应、免疫应答等生物过程,细胞成分主要为质膜外侧的胞外空间、细胞表面等,分子功能主要为趋化因子活性、趋化因子受体结合等;KEGG代谢通路分析结果显示,差异表达mRNA主要参与细胞因子-细胞因子受体相互作用、趋化因子等信号通路.PPI分析结果显示,差异表达基因主要的靶点为趋化因子配体11、RT1-Da、丝氨酸家族E成员1等,均与免疫应答相关.ceRNA结果显示,显著富集的miRNA如mir-466b-3p、mir-1956、mir-207和mir-328a-5p等与免疫应答、细胞凋亡、血管生成等过程有关.qPCR结果显示,感染广州管圆线虫后,感染组大鼠H19的相对转录水平逐渐升高,在感染后21 d达到峰值,为15.074±3.366,高于对照组的 1.000±0.113(t=13.190,P<0.05);RT1-CE6、LOC100910973 和 lncR-ncf1 的相对转录水平在感染后 14 d 达到峰值,分别为9.702±1.408、6.683±1.299和7.733±0.717,均高于对照组的 1.003±0.039、1.001±0.156和0.999±0.076(t=20.760、13.830、28.810,均 P<0.01);AABR07030796.1 的相对转录水平在感染后 14 d 开始上升,至感染后21 d达到峰值,分别为4.485±0.236和5.068±1.608,均高于对照组的1.000±0.159和1.001±0.256(t=7.049、8.229,均 P<0.01).感染广州管圆线虫后 14 d,大鼠脑组织中 H19、RT1-CE6、LOC100910973、lncR-ncf1和AABR07030796.1的qPCR结果和RNA测序结果均显示上调,表达趋势一致.结论 广州管圆线虫感染后大鼠脑组织转录组中获得955个差异表达mRNA和193个差异表达lncRNA,主要富集在炎症反应、免疫应答等生物过程.
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编辑人员丨2024/6/22
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特应性皮炎患儿外周血miR-122a和miR-146a水平与Th1/Th2/Th17免疫平衡的相关性分析
编辑人员丨2024/6/15
目的:探讨特应性皮炎(AD)患儿外周血微小核糖核酸(miRNA)-122a和miR-146a水平与辅助性T细胞(Th)1/Th2/Th17免疫平衡的相关性.方法:选取2020年5月~2023年5月石家庄市妇幼保健院皮肤科收治的AD患儿100例为AD组,根据特应性皮炎评分(SCORAD)分为轻度组31例、中度组41例、重度组28例,另选取同期100名体检健康儿童为对照组.采用实时荧光定量聚合酶链式反应检测外周血miR-122a、miR-146a水平,流式细胞术检测外周血Th1、Th2、Th17细胞比例,酶联免疫吸附法检测外周血Th1、Th2、Th17相关细胞因子[白细胞介素(IL)-2、干扰素-γ(IFN-γ)、IL-4、IL-13、IL-17、IL-22]水平,并计算Th1/Th2/Th17比值.采用Pearson/Spearman相关性分析AD患儿外周血miR-122a、miR-146a与Th1、Th2、Th17和相关细胞因子及 Th1/Th2/Th17 的相关性.结果:AD 组外周血 miR-122a、miR-146a、Th1、Th1/Th2/Th17、IL-2、IFN-γ 水平低于对照组,Th2、Th17、IL-4、IL-13、IL-17、IL-22 水平高于对照组(P均<0.05).轻度组、中度组、重度组外周血 miR-122a、miR-146a、Th1、Th1/Th2/Th17、IL-2、IFN-γ 水平依次降低,Th2、Th17、IL-4、IL-13、IL-17、IL-22 水平依次升高(P均<0.05).Pearson/Spearman 相关性分析显示,AD患儿外周血 miR-122a、miR-146a 与 Th1、Th1/Th2/Th17、IL-2、IFN-γ 水平呈正相关(r/rs 分别为 0.679、0.677、0.684、0.706、0.693、0.689、0.671、0.694,P均<0.001),与 Th2、Th17、IL-4、IL-13、IL-17、IL-22 呈负相关(r/rs 分别为-0.690、-0.680、-0.681、-0.669、-0.675、-0.676、-0.676、-0.686、-0.682、-0.674、-0.680、-0.689,P 均<0.001).结论:AD 患儿外周血 miR-122a、miR-146a 水平降低,与病情严重程度密切相关,可能通过调节Th1/Th2/Th17免疫平衡参与AD发生发展.
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编辑人员丨2024/6/15
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UCA1/miR-122-5p/CPEB1轴促进肺腺癌的顺铂耐药发生机制研究
编辑人员丨2024/6/1
目的 探讨尿路上皮癌胚抗原1(UCA1)/miR-122-5p/pcDNA-胞质多聚腺苷酸元件结合蛋白1(CPEB1)轴促进肺腺癌的顺铂耐药发生机制研究.方法 通过实时荧光反转录定量PCR(RT-qPCR)检测UCA1相关miRNA分子,并通过细胞转染获得miR-122-5p和CPEB1相关细胞株.通过双荧光素酶报告实验分别验证UCA1与miR-122-5p、CPEB1与miR-122-5p的结合.药物敏感性实验获得顺铂药物半抑制浓度(IC50);通过肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库分析CPEB1在肺腺癌中的表达情况以及与免疫细胞功能的关系.结果 miR-122-5p在肺腺癌细胞中的表达水平明显升高,并通过双荧光素酶报告实验以验证UCA1与miR-122-5p结合,构建miR-122-5p抑制物和模拟物转染肺腺癌细胞株,发现miR-122-5p抑制后,顺铂IC50浓度下降,而miR-122-5p过表达后,顺铂IC50浓度升高.CPEB1在肺腺癌细胞中的表达水平明显降低,双荧光素酶报告实验证实CPEB1是与miR-122-5p结合,CPEB1过表达后,顺铂IC50浓度减低;对TCGA数据库分析显示肺腺癌组织CPEB1 mRNA明显低于癌旁组织,ROC曲线分析显示CPEB1表达水平能较好地用于诊断肺腺癌(AUC=0.849),进一步分析显示CPEB1表达水平与肺腺癌患者的细胞功能如T细胞、B细胞、CD8+T细胞、自然杀伤细胞、巨噬细胞、中性粒细胞、树突状细胞、肥大细胞存在密切关联.结论 UCA1与miR-122-5p存在结合位点,后者可影响肺腺癌的顺铂耐药,并与靶基因CPEB1结合;肺腺癌中CPEB1呈低表达,降低肺腺癌顺铂药物的敏感性.UCA1/miR-122-5p/CPEB1轴有望为干预肺腺癌顺铂耐药的靶点.
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编辑人员丨2024/6/1
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miR-30a-5p miR-206 miR-122-5p miR-483-5p在新生儿呼吸窘迫综合征中的表达及临床意义
编辑人员丨2024/5/11
目的 分析新生儿呼吸窘迫综合征(NRDS)中血清微小RNA(miRNAs)的表达变化,评估其对NRDS的诊断价值.方法 选取福建医科大学附属第二医院新生儿重症监护室(NICU)住院80例NRDS新生儿(NRDS组)为对象,采用随机数字表法选取同期住院104例普通早产儿为对照组.2组选取质检合格总样本各12例,采用illuminaHiseq测序平台完成高通量测序,检测出NRDS组相对于正常组的表达差异miRNAs,筛选出组间差异表达超过9倍的miRNAs为候选miRNAs.选取NRDS组68例,对照组92例,采用实时荧光定量聚合酶链式反应(RT-qPCR)检测2组样本中候选miRNAs表达水平差异与芯片结果是否一致.绘制受试者工作特征(ROC)曲线分析其诊断效能.使用线性相关分析评估表达差异miRNAs与NRDS患儿呼吸机使用天数及住院天数相关关系.结果 illuminaHiseq测序平台结果显示总计有119种差异表达的miRNA,共筛选出 6 种 miRNAs 作为候选标志物,分别是 miR-30a-5p、miR-206、miR-370-3p、miR-122-5p、miR-483-5p 和 miR-193a-5p,miR-30a-5p、miR-206、miR-122-5p 和 miR-483-5p 相对于对照组表达下降(P<0.01).ROC曲线结果表明,血清miR-122-5p对诊断NRDS患儿的曲线下面积(AUC)为0.853,敏感度为88.2%,特异度为91.3%;血清miR-206对诊断NRDS患儿的AUC为0.798,敏感度为70.6%,特异度为89.6%;血清miR-30a-5p对诊断NRDS患儿的AUC为0.922,敏感度为87.6%,特异度为85.2%;血清miR-483-5p对诊断NRDS患儿的AUC为0.885,敏感度为76.5%,特异度为82.6%.相关关系结果表明,发现上述表达差异miRNAs对患儿呼吸机使用时间以及住院天数无相关.结论 NRDS患儿血清中miR-30a-5p、miR-206、miR-122-5p和miR-483-5p表达相对普通早产儿具有差异性,可能是NRDS的潜在诊断标志物.
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编辑人员丨2024/5/11
