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miRNA-628-3p对非小细胞肺癌H1299细胞增殖、凋亡及侵袭的影响及其与胰岛素样生长因子1受体的靶向关系
编辑人员丨4天前
目的:探讨miRNA-628-3p(miR-628-3p)对非小细胞肺癌H1299细胞增殖、凋亡及侵袭的影响及其与胰岛素样生长因子1受体(IGF-1R)的靶向关系。方法:设立空白对照组(未经处理的H1299细胞)、miR-NC组(转染空载质粒的H1299细胞)、miR-628-3p-M组(转染含miR-628-3p模拟物序列质粒的H1299细胞)、miR-628-3p-I组(转染含miR-628-3p抑制序列质粒的H1299细胞)。各组细胞培养72 h后,采用四甲基偶氮唑盐(MTT)法检测细胞增殖能力,结晶紫染色测定细胞单克隆形成数,流式细胞术测定细胞凋亡水平,Transwell法测定细胞侵袭能力,反转录、实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)法测定细胞中miR-628-3p、IGF-1R mRNA水平,蛋白质印迹法测定细胞中IGF-1R蛋白水平。结果:与空白对照组和miR-NC组比较,miR-628-3p-M组细胞存活率[(42±7)%比(78±6)%、(76±7)%]、单克隆形成数[(235±35)个比(614±89)个、(618±75)个]、侵袭细胞数[(265±85)个比(693±185)个、(703±119)个]、IGF-1R mRNA相对表达量(2.17±0.14比3.38±0.15、3.37±0.13)和IGF-1R蛋白相对表达量(0.34±0.13比0.89±0.19、0.88±0.18)均低(均 P<0.05),细胞凋亡率[(9.30±3.51)%比(3.30±1.54)%、(3.10±1.94)%]、miR-628-3p相对表达量(6.93±0.17比3.29±0.15、3.30±0.16)均高(均 P<0.05);而miR-628-3p-I组细胞存活率[(90±6)%]、单克隆形成数[(1 063±102)个]、侵袭细胞数[(1 985±426)个]、IGF-1R mRNA相对表达量(4.30±0.18)和IGF-1R蛋白相对表达量(1.47±0.17)均高(均 P<0.05),细胞凋亡率[(0.90±0.20)%]、miR-628-3p相对表达量(1.93±0.18)均低(均 P<0.05)。与miR-628-3p-M组比较,miR-628-3p-I组细胞存活率、单克隆形成数、侵袭细胞数、IGF-1R mRNA及蛋白相对表达量均高(均 P<0.05),细胞凋亡率、miR-628-3p相对表达量均低(均 P<0.05)。 结论:调节miR-628-3p水平对H1299细胞增殖、迁移、侵袭和凋亡有影响;miR-628-3p与IGF-1R可能有靶向关系。
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编辑人员丨4天前
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基于生物信息学筛选结直肠癌关键长链非编码RNA及LINC00174的作用机制
编辑人员丨4天前
目的:应用生物信息学技术筛选结直肠癌(CRC)关键长链非编码RNA(lncRNA),并对筛选出的LINC00174在CRC中的作用机制进行初步分析。方法:对癌症基因组图谱(TCGA)数据库中638例CRC和51例癌旁组织的RNA数据分析,应用Wilcoxon检验识别筛选差异表达明显的RNA;Pearson相关性检验确定lncRNA-mRNA关系对;在Starbase v3.0数据库中确定与lncRNA-mRNA关系对中RNA分子存在互作关系的微小RNA(miRNA,miR)。对TCGA数据库中CRC临床数据使用R软件包的"survival"和"survminer"方法进行生存分析,探讨lncRNA-mRNA关系对预测预后的价值。用STRING数据库及metascape平台对mRNA编码蛋白(ZNF692)的功能进行分析。收集40例新鲜的CRC及癌旁组织,应用荧光实时定量PCR(qRT-PCR)对筛选出的RNA检测,验证生物信息学结果。符合正态分布的计量资料采用均数±标准差( ± s)表示,各指标间关系采用 t检验及Person相关分析。 结果:与癌旁组织比较,CRC组织中上调的LncRNA为820,下调的为951;上调的mRNA为1 628,下调为3127。分析后确定2775对候选lncRNA-mRNA,其中501对与患者生存有关。进一步通过功能分析发现LINC00174-ZNF692对可能在CRC进展中有重要作用。结果显示,LINC00174、ZNF692在CRC组织中表达水平(14.52±0.97、17.12±0.72)高于癌旁组织(13.50±0.60、15.53±0.44, W=26 747、31 438, P<0.01);LINC00174与ZNF692呈正相关( r=0.58, P<0.01)。生存分析结果显示,LINC00174-ZNF692对高表达是CRC患者预后差的标志( χ2=5.52, P<0.05),其风险比( HR)为1.51(1.05~2.20)( P<0.05)。对Starbase v3.0数据库分析显示,ZNF692通过海绵吸附miR-200b-3p与LINC00174形成内源性竞争RNA(ceRNA)机制发挥作用。富集分析显示,ZNF692蛋白在泛素介导的蛋白降解、mRNA监控、核苷酸切除修复等过程。组织验证结果显示,LINC00174、ZNF692在CRC水平(2.65±1.23、1.19±0.33)明显高于癌旁组织(0.83±0.39、0.42±0.17, t=8.92、13.12, P<0.01);miR-200b-3p在CRC水平(0.35±0.13)明显低于癌旁组织(0.82±0.22, t=-11.63, P<0.01)。Pearson分析显示,CRC组织中LINC00174与ZNF692呈正相关( r=0.81, P<0.01);LINC00174与miR-200b-3p、ZNF692与miR-200b-3p均呈负相关( r=-0.75、-0.53, P<0.01)。 结论:LINC00174可能通过海绵吸附机制调控miR-200b-3p/ZNF692轴在CRC进展中发挥重要作用。
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编辑人员丨4天前
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微小RNA-628-3p调控的DNA解螺旋酶抑制骨肉瘤细胞的增殖
编辑人员丨5天前
目的:探讨微小RNA(miRNA,miR)-628-3p调控的DNA解螺旋酶对骨肉瘤细胞增殖的影响。方法:首先收集2013年1月至2017年12月郑州大学第二附属医院骨科收治的股骨骨肉瘤患者60例,同期收集股骨创伤性骨折患者60例作为对照组,采用定量聚合酶链反应(qPCR)检测和比较外周血循环miR-628-3p的表达水平差异,并根据随访结果进行生存分析。以人骨肉瘤细胞U2OS和HOS为研究对象,过表达miR-628-3p,采用细胞计数试剂盒(CCK-8)和集落形成实验检测其增殖活性,采用流式细胞术检测其凋亡率。根据Starbase预测miR-628-3p可与Bloom综合征解螺旋酶(BLM)结合,故进一步采用蛋白质印迹法(Western blot)、qPCR和荧光素酶报告基因实验进行检测。两组间计量资料比较采用独立样本 t检验,计数资料比较采用 χ2检验。 结果:骨肉瘤患者外周血和肿瘤组织中miR-628-3p的表达水平(相对表达量分别为0.203±0.047、0.217±0.054)均明显低于正常对照组(相对表达量分别为0.951±0.106、1.013±0.072, P<0.01),差异有统计学意义,受试者工作特征(ROC)曲线分析miR-628-3p在骨肉瘤患者中的表达,曲线下面积(AUC)=0.707( P<0.01),K-M生存分析显示miR-628-3p低表达患者生存时间明显短于高表达患者。CCK-8和集落形成实验检测显示miR-628-3p过表达后可抑制骨肉瘤细胞U2OS和NOS的增殖;流式细胞术检测显示miR-628-3p过表达后可促进骨肉瘤细胞的凋亡;qPCR和Western blot检测显示miR-628-3p过表达后,BLM的表达水平明显低于miR-628-3p nc组( P<0.01),差异有统计学意义。荧光素酶报告基因实验显示miR-628-3p mimc与BLM-mt共转染骨肉瘤细胞U2OS和NOS后,其荧光值明显低于其他转染组(U2OS:0.208±0.017比1.082±0.046, t=4.698, P<0.01;HOS:0.224±0.047比0.966±0.053, t=5.548, P<0.01),差异有统计学意义。裸鼠成瘤证实miR-628-3p过表达后肿瘤大小和重量明显低于miR-628-3p nc组[(1.419±0.274) g比(2.825±0.148) g, t=3.717, P<0.01],差异有统计学意义。 结论:miR-628-3p在骨肉瘤患者中存在低表达现象,与患者的不良预后和生存时间相关,miR-628-3p过表达可下调DNA解螺旋酶BLM,抑制骨肉瘤细胞的增殖。
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编辑人员丨5天前
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鳜不同孵化时期miRNA转录组分析及生长相关miRNA鉴定
编辑人员丨2023/8/6
MicroRNA是一类20-24 nt核苷酸长度的参与基因转录后水平调控的非编码小分子RNA.利用高通量测序技术获得鳜(Siniperca chuatsi)孵化后第3天、第17天和第28天全鱼miRNA转录组,共鉴定出1 084个miRNAs,其中432个已知、624个保守、28个新发现.第17天时鉴定出的miRNA个数最多,为926个.在3个发育时期都表达的有628个miRNAs,只在各时期中特异表达的分别有71、104和70个miRNAs.一些与鳜发育相关的miRNAs在上述3个时期呈现持续上调或下调的表达特点.进一步的实验表明,miR-199-5p和miR-203可能与鳜生长发育相关,相应的靶基因分别是WnT和MyoD.
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编辑人员丨2023/8/6
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祛痰逐瘀方经miR-628/Pten/Runx2调控酒精性股骨头坏死骨稳态代谢机制研究
编辑人员丨2023/8/6
目的 探究祛痰逐瘀方(QZD)经特异性miRNA调控酒精性股骨头坏死(AIONFH)内骨稳态代谢机制的作用及对坏死骨修复的影响.方法 采集34例AIONFH患者(AIONFH组)和34例相对健康组的血清样本,应用miRCURY LNATM Universal RT microRNA PCR Panels提取获得高差异表达miRNA,并进行生物信息学分析;采集服用QZD的AIONFH患者(中药治疗组,n=8)、未服用药物患者及相对健康人群血清样本进行RT-qPCR验证,获得特异性miRNA表达.SPF级雄性大鼠随机均分为正常对照组(正常组)、酒精组(模型组)、酒精+QZD组(实验组);分别对股骨近端松质骨进行Micro-CT检查;组织进行HE染色、甲苯蓝染色和Trap染色检测;RT-qPCR测定特异性miRNA、Runx2、Pten表达.结果(1)microRNA PCR Panels结果提示miR-628在AIONFH组中低表达,并经预测与骨稳态靶基因Pten和Runx2相关;(2)经QZD干预后中药治疗组血清内miR-628较未干预的AIONFH组升高;(3)经HE染色中,实验组可见骨小梁密度较模型组高、骨小梁形态改善;甲苯胺蓝染色提示,实验组形成的成骨细胞密度均显著高于模型组;Trap染色提示与模型组相比,QZD对破骨细胞分化有抑制作用;(4)在Micro-CT中实验组与模型组相比,前者BV/TV、Tb.Th、Tb/N等值升高(P<0.05);(5)RT-qPCR检测提示实验组miR-628、Pten和Runx2表达量均较模型组升高.结论 QZD经特异性miR-628/Pten/Runx2调控AIONFH内骨稳态代谢机制的作用,从而促进坏死修复.
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编辑人员丨2023/8/6
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miRNA-628-3p调控乳腺癌细胞增殖的作用及机制研究
编辑人员丨2023/8/6
目的 探讨miRNA-628-3p对乳腺癌细胞增殖的影响及其可能的机制.方法 以反转录PCR(RT-PCR)方法检测人正常乳腺上皮细胞(MCF-10A)与乳腺癌细胞(MCF-7、MDA-MB-231)中miR-628-3p的表达水平,检测miRNA-628-3p在MCF-7细胞中的转染效率;噻唑蓝(MTT)法检测miRNA-628-3p对MCF-7细胞增殖的影响;生物信息学对miRNA-628-3p进行靶基因预测,并通过荧光素酶报告基因实验验证,Western blot检测过表达miRNA-628-3p对靶基因多聚腺苷酸结合蛋白互作蛋白1(PAIP1)蛋白表达水平的影响;M T T法检测抑制靶基因PAIP1表达后对MCF-7细胞增殖的影响.结果 乳腺癌细胞中miRNA-628-3p的表达水平明显低于人正常乳腺上皮细胞;与空载体阴性对照组(NC)比较,miRNA-628-3p过表达组细胞增殖能力明显降低;生物信息学分析表明PAIP1是miRNA-628-3p直接作用的靶基因,荧光素酶报告基因验证了该结果,并且过表达miRNA-628-3p可以明显下调PAIP1的蛋白表达水平;抑制靶基因PAIP1的表达能抑制MCF-7细胞的增殖.结论 miRNA-628-3p在乳腺癌细胞中低表达,可以通过靶向调控PAIP1的表达进而抑制乳腺癌细胞的增殖.
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编辑人员丨2023/8/6
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新疆哈萨克族原发性高血压患者外周血淋巴细胞微小RNA表达谱的生物信息学分析
编辑人员丨2023/8/5
本研究旨在探讨新疆哈萨克族原发性高血压患者和健康者外周血淋巴细胞中微小RNA(microRNA,miRNA)差异表达谱,为高血压的发生机制研究提供理论基础.将2016年4月至2019年5月新疆石河子大学医学院第一附属医院心内科住院部及门诊就诊的30例哈萨克族原发性高血压患者作为高血压组,将30例哈萨克族健康者作为对照组.比较6个哈萨克族高血压患者与6个配对的正常血压者外周血淋巴细胞中miRNA表达谱,对差异表达的miRNA进行聚类、GSEA富集、靶基因预测和靶基因注释等生物信息学分析,并进行qRT-PCR验证.结果显示,与对照组相比,高血压组筛选出73个差异表达miRNA,其中39个miRNA表达上调,34个miRNA表达下调;通过GSEA富集分析共筛选出11个与高血压相关的miRNA,分别是hsa-miR-100-5p、hsa-miR-150-5p、hsa-miR-299-5p、hsa-miR-299-3p、hsa-miR-296-5p、hsa-miR-196b-5p、hsa-miR-503-5p、hsa-miR-628-5p、hsa-miR-874-3p、hsa-miR-543、hsa-miR-940.通过qRT-PCR检验发现,与对照组相比,高血压组hsa-miR-100-5p、hsa-miR-299-5p、hsa-miR-299-3p、hsa-miR-196b-5p,hsa-miR-503-5p、hsa-miR-628-5p、hsa-miR-543表达上调,hsa-miR-150-5p,hsa-miR-296-5p,hsa-miR-874-3p、hsa-miR-940表达下调.基因芯片中的表达趋势和qRT-PCR验证结果一致.利用在线数据库对11个与高血压相关的miRNA进行预测,共预测出1 647个靶基因;GO功能富集分析显示,在生物过程方面,高血压相关靶基因主要与神经系统发育、细胞定位、细胞代谢过程的调节、神经元的产生以及生物过程的正调控等方面相关;在细胞组成方面,主要与膜界细胞器、细胞质、细胞内膜结合的细胞器、突触部分、神经元部分、核质等相关;在分子功能方面,主要与蛋白质结合、转录调控区DNA结合、RNA聚合酶Ⅱ调节区DNA结合、转录调节活性、离子结合等方面相关;KEGG富集分析显示p53信号通路、心肌细胞中的肾上腺素能信号、cAMP信号通路、内分泌和其他因子调节的钙重吸收、mTOR信号通路、醛固酮调节的钠重吸收、TGF-β信号通路可能与高血压的发生和发展相关.以上结果提示,哈萨克族原发性高血压患者与健康者外周血淋巴细胞中miRNA表达存在差异,筛选出的miRNA可能与哈萨克族原发性高血压的发生和发展相关,其在高血压中的作用机制有待进一步探索验证.
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编辑人员丨2023/8/5
