红盲高原鳅(Triplophysa erythraea Liu&Huang,2019)是2019年发表的一种真洞穴鱼类,具有重要的洞穴生物学和进化生物学研究意义以及物种保护价值.2021年7月,在湖南省湘西土家族苗族自治州花垣县大龙洞采集到2尾样本.通过高通量测序技术对其中1尾的线粒体DNA序列进行分析,该线粒体DNA呈双链闭合环状结构,全长为16 585 bp,共含有37个基因,其中包括13个蛋白编码基因、22个tRNA基因和2个rRNA基因,以及两段非编码区,即L链复制起始区OL和H链复制起始区OH,碱基组成为 A(31.2％)、G(15.8％)、C(26.0％)、T(27.0％),A+T 的含量为 58.2％.基于蛋白编码基因使用最大似然法和贝叶斯法构建高原鳅属系统进化树,确定了红盲高原鳅在进化树上的位置.本研究为高原鳅属鱼类的进化研究以及物种保护工作提供了基础数据.

为明确红胸黑翅萤(Luciola kagiana Matsumura,1928)(Coleoptera:Lampyridae)的线粒体基因组结构及熠萤亚科的分子系统发育关系,本研究对红胸黑翅萤的线粒体基因进行了测序、组装、注释和特征分析.结果表明,红胸黑翅萤的线粒体基因组全长为16 317 bp,包含了13个蛋白编码基因(proteincoding genes,PCGs)、22个tRNA基因、2个rRNA基因和一个非编码控制区.对21种萤火虫(其中19种为熠萤亚科,2种为萤亚科)的线粒体基因组的组成和结构进行分析,分析结果表明,萤科(Lampyridae)昆虫线粒体基因组组成和结构的基本特征一致,但在线粒体全长、控制区长度、A+T含量偏向性以及基因间隔特征上在亚科间存在一定的差异性.利用最大似然法构建基于这21种萤火虫的13个PCGs的系统发育树,结果显示,红胸黑翅萤与熠萤属(Luciola)萤火虫聚类在一个分支上;熠萤亚科与萤亚科萤火虫各自聚成一个分支;熠萤亚科间同属的萤火虫种类都分别单独形成一个分支.本研究表明分子分类技术能极大地促进萤火虫分类学系统的完善,提升萤火虫分类的便利性和准确性.

南洋鼠(Chiromyscus langbianis)是亚洲特有的一种树栖鼠类,其属级分类一直存在争议,不同的分类系统将其归入白腹鼠属(Niviventer)或费氏树鼠属(Chiromyscus),影响了对其生物学特性的认识.本研究旨在通过测定和分析南洋鼠的线粒体基因组,探讨其线粒体基因组结构特征,并利用近邻相接法(neighbor-joining method,NJ)和最大似然法(maximum likeli-hood method,ML)构建22个近缘物种线粒体基因组的系统发育树,厘清南洋鼠的属级分类关系.结果表明,南洋鼠线粒体基因组总长度为16 288 bp,包含22个tRNA基因、13个蛋白编码基因、2个rRNA基因和一段非编码区(non-coding region,NCR),线粒体基因组碱基组成为 A 36.6％、T 28.9％、G 15.0％和 C 19.5％,AT 偏斜(AT-skew)为 0.092,GC 偏斜(GC-skew)为-0.337.在22个tRNA基因中,除tRNASer(AGY)缺少D环外,其余的21个tRNA基因均能够折叠成典型的三叶草结构.同时,部分tRNA基因,如tRNAPhe出现了A-A,tRNAVa1、tRNALeu、tRNAI1e出现了C-U等非经典配对,以维持tRNA二级结构的稳定性.基于近邻相接法和最大似然法构建的系统发育树表明,南洋鼠与费氏树鼠属的亲缘关系更近.进一步基于线粒体Cytb和Cox1构建的系统发育树及遗传距离分析结果,均支持南洋鼠划入费氏树鼠属.本研究为南洋鼠的分类地位和系统发育关系提供了分子证据,也为其种群遗传学的研究提供了数据参考.

为探讨粗叶悬钩子(Rubus alceifolius)叶绿体基因组特征及其与同科属植物叶绿体基因组的系统发育关系,本研究采用Illumina HiSeq 4000平台对粗叶悬钩子叶绿体基因组进行了测序、组装和注释,并对其序列特征、密码子偏好性、重复序列、简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)和系统发育进行分析.结果表明,粗叶悬钩子叶绿体基因组总长度为156 266 bp,呈典型的四分体结构,包括大单拷贝区85 874 bp、小单拷贝区18 850 bp和反向互补重复区25 771 bp;共含有基因128个,其中蛋白质编码基因86个,tRNA基因34个,rRNA基因8个.密码子偏好性分析表明,亮氨酸(Leu)的密码子数量最多(5 189个),而半胱氨酸(Cys)的密码子数量最少(590个).从粗叶悬钩子叶绿体基因组中共检测出39个长重复序列及52个SSR位点.系统发育分析表明,粗叶悬钩子与七裂叶悬钩子(Rubus reflexus var.lanceolobus)、越南悬钩子(Rubus co-chinchinensis)、棕红悬钩子(Rubus rufus)聚为一支,亲缘关系最密切.本研究为蔷薇科(Rosaceae)悬钩子属(Rubus)植物的分子标记、物种鉴定、亲属关系解析和遗传多样性分析等研究提供科学依据.

tRFs（tRNA-derived RNA fragments）是由前体转运RNA（tRNA）或成熟tRNA通过特定机制分解、加工、修饰而产生的一种小分子非编码RNA，在生物界中广泛存在。根据其切割位点的不同，可分为i-tRF、tRF-1、tRF-2、tRF-3、tRF-5和tRNA halves（tiRNAs）。目前研究表明，tRFs参与调控基因转录和翻译，细胞增殖以及细胞应激反应等，在肿瘤、神经退行性变、代谢及免疫相关性疾病发生发展过程中具有重要调控作用，本文就tRFs结构、作用机制及其在风湿性疾病中的研究进展进行系统的综述。

目的:总结抗合成酶综合征（ASS）合并间质性肺病（ILD）患者的临床特征。方法:回顾性分析2015年1月至2018年5月中日友好医院呼吸中心诊断为ASS-ILD患者92例，对其初诊时的临床表现、高分辨率CT（HRCT）影像学特点、肺功能指标以及治疗与转归进行总结分析。结果:ASS-ILD患者年龄（58.6±12.2）岁（范围：17~83岁），男女比为1∶1.79，抗合成酶抗体分型以抗Jo-1抗体阳性（37例，40.2%）和抗EJ抗体阳性（26例，28.3%）为主。ASS-ILD最常见的症状是咳嗽（79例，85.9%）、气短（60例，65.2%）、咳痰（54例，58.7%）、发热（34例，36.9%），体征常见技工手（30例，32.6%）及关节疼痛（23例，25.0%）。CT影像学上以磨玻璃影（68例，73.9%）、网格影（45例，48.9%）、牵拉性支气管扩张（40例，43.5%）以及实变（39例，42.4%）常见，ILD类型以非特异性间质性肺炎（NSIP）（63例，68.5%）最多见，其次是NSIP-机化性肺炎（OP）（12例，13.0%）。肺功能改变主要为轻度限制性通气功能障碍。不同抗合成酶抗体亚型的ASS-ILD患者之间临床、影像学及肺功能比较差异均无统计学意义（ P值均>0.05）。78例（84.8%）患者应用激素治疗，34例（37.0%）使用环磷酰胺。91例（98.9%）患者好转出院，1例抗EJ阳性患者因呼吸衰竭死亡。 结论:ASS-ILD以中老年女性多发，临床表现以呼吸道症状、技工手、关节炎常见，影像学最常见的类型为NSIP和NSIP-OP，临床治疗常应用激素。

目的:探讨转运RNA来源的小分子片段770（tRF-770）调控细胞骨架相关蛋白2（CKAP2）对乳腺癌细胞增殖的影响。方法:使用MINTbase数据库v2.0序列与基因组中成熟的tRNA进行比对，确认tRF-770的染色体定位；TA克隆实验鉴定tRF-770；利用TargetScan和miRBase数据库分析预测tRF-770的靶基因；利用癌症基因组图谱（TCGA）数据库数据分析CKAP2在乳腺癌中的表达情况。选择乳腺癌细胞株MDB-MA-231和MCF7，分别分为空白对照组（不予任何处理）、tRF-770过表达组（转染tRF-770过表达序列）及阴性对照组（转染阴性对照序列）；另外设立tRF-770过表达+CKAP2-HA组（共转染tRF-770过表达序列与CKAP2过表达序列）。采用实时荧光定量聚合酶链反应（qRT-PCR）检测乳腺癌细胞中tRF-770的相对表达量；CCK-8法检测乳腺癌细胞增殖能力并进行挽救实验；双荧光素酶报告基因实验验证tRF-770的靶基因；蛋白印迹法检测CKAP2-ERK2信号通路相关蛋白的表达情况。结果:tRF-770与9类tRNA剪切修饰的5'端完全匹配，TA克隆测序验证结果表明产物大小以及碱基与预期tRF-770序列一致。基于TCGA数据库数据分析发现CKAP2在乳腺癌组织中高表达（ t=7.21， P<0.05）。qRT-PCR检测结果显示，在MDA-MB-231细胞中，空白对照组、阴性对照组、tRF-770过表达组tRF-770相对表达量分别为1.00±0.00、2.42±0.11、3.75±0.01，差异有统计学意义（ F=1 395.00， P<0.001）；在MCF7细胞中，3组tRF-770相对表达量分别为1.00±0.00、2.45±0.21、3.26±0.16，差异有统计学意义（ F=169.30， P<0.001）；两种细胞中，与空白对照组及阴性对照组比较，tRF-770过表达组中tRF-770相对表达量均升高（均 P<0.05）。双荧光素酶报告基因实验结果表明，tRF-770与CKAP2 mRNA 3'UTR结合。CCK-8法检测结果显示，在MDA-MB-231、MCF7细胞中，第3天和第4天tRF-770过表达组细胞增殖能力均低于空白对照组和阴性对照组（均 P<0.05）；第3天和第4天阴性对照组与tRF-770过表达组细胞增殖能力比较，差异均有统计学意义（均 P<0.05）。CCK-8法挽救实验结果显示，在两株乳腺癌细胞中，tRF-770过表达+CKAP2-HA组自转染第2天起，细胞增殖能力均高于tRF-770过表达组（均 P<0.05）。蛋白质印迹法检测结果显示，两种乳腺癌细胞中，tRF-770过表达组与阴性对照组比较，CKAP2、p-ERK2、PCNA蛋白表达均下降（均 P<0.05）；ERK2蛋白在MDA-MB-231细胞中表达量变化较小，而在MCF7细胞中tRF-770过表达组蛋白表达下降。 结论:tRF-770可能通过CKAP2-ERK2信号通路抑制乳腺癌细胞增殖。

目的:探讨线粒体DNA变异和冠心病的相关性，研究1个母系遗传冠状动脉粥样硬化性心脏病(CHD)的可能机制。方法:选取2022年5月10日在杭州市第一人民医院就诊的1例女性CHD先证者及其母系遗传CHD家系成员作为研究对象，收集该家系的先证者和母系CHD成员的临床资料。通过对先证者及家系成员进行线粒体DNA测序，对照正常线粒体基因，经过数据比对筛选变异位点。针对变异位点，进行物种间的保守性分析并使用生物信息学软件预测变异位点对tRNA二级结构的影响。Real-time PCR检测线粒体拷贝数，并建立转线粒体细胞系进行线粒体功能分析，包括膜电位和ATP水平测定。结果:该家系共4代32人，母系成员10人，患CHD有4人，外显率为40%。测序结果发现先证者和母系成员携带m.4420A>T及m.10463T>C变异，2个变异位点在物种间均具有高度保守性。m.4420A>T位于tRNA Met D环第22位碱基上，m.4420A>T变异破坏了原有13T-22A碱基配对，可能会引起tRNA代谢障碍。m.10463T>C位于tRNA Arg接收臂的第67位碱基，该位点碱基与tRNA结构稳定性相关。实验发现携带m.4420A>T和m.10463T>C变异的家系成员的线粒体拷贝数、膜电位和ATP水平均低于正常对照( P<0.05)，分别平均下降约50.47%、39.6%及47.4%。 结论:线粒体tRNA Met 4420A>T和tRNA Arg 10463T>C变异可能是这个母系CHD家系的重要分子基础。该家系表现出mtDNA同质性变异、发病年龄以及临床表型等差异，提示核基因、环境因素和线粒体遗传背景对家系成员的冠心病发病进程有一定的影响。

目的:分析幼年皮肌炎（JDM）中肌炎抗体情况，并探讨其与临床特征的关系。方法:回顾性分析2017年1月至2020年5月重庆医科大学附属儿童医院收治的76例JDM患儿临床资料，均行肌炎抗体检测，包括肌炎特异性抗体（MSAs）及肌炎相关性抗体（MAAs）。应用Kruskal-Wallis检验和Logistics回归模型分析MSAs各抗体亚型与临床特征的关系。结果:76例JDM患儿中男39例，女37例。MSAs 阳性43例（53%），其中抗核基质蛋白2（NXP2）（15/76，20%）、抗黑色素瘤分化相关基因5（MDA5）（13/76，17%）、抗转录中间因子1γ（9/76，11%）抗体为常见的3种阳性亚型。MAAs阳性20例（26%），其中抗Ro-52抗体（17/76，22%）最常见。16例（21%）患儿同时出现MAAs和MSAs抗体阳性。抗MDA5抗体阳性患儿中关节炎（9例）、发热（8例）、皮肤溃疡（5例）和巨噬细胞活化综合征（MAS）（1例）发生率在MSAs抗体各亚型中最高。吞咽困难（6例）及水肿（8例）主要发生于抗NXP2抗体阳性患儿。抗MDA5抗体阳性患儿更易发生关节炎（ OR=10.636，95% CI 2.770~40.844， P=0.001）、皮肤溃疡（ OR=12.500，95% CI 2.498~62.522， P=0.002）、发热（ OR=5.600，95% CI 1.580~19.849， P=0.008）和肺间质病变（ILD）（ OR=23.333，95% CI 4.750~114.616， P<0.01）。MSAs各亚型抗体组间肌酸激酶值不同（ P<0.01），抗MDA5组肌酸激酶值明显低于抗氨酰-tRNA合成酶（ P=0.03）、抗NXP2（ P<0.01）、MSAs全阴性组（ P=0.013）。 结论:大多数JDM患儿存在肌炎自身抗体阳性，不同肌炎自身抗体与JDM的临床表现相关，开展肌炎自身抗体检测对疾病诊治有重要提示意义。抗MDA5抗体阳性患儿应警惕ILD和MAS发生。

目的:总结不同抗体亚型抗合成酶综合征（ASS）并发间质性肺疾病（ILD）患者的临床特征差异。方法:回顾性分析2019年12月至2023年6月就诊于南京医科大学第一附属医院（江苏省人民医院）的132例ASS-ILD患者的基本信息、临床特征、实验室检查、胸部CT及肺功能等资料，并根据抗氨酰tRNA合成酶（ARS）抗体分为不同亚型。对于正态分布且方差齐的采用两独立样本 t检验比较，非正态分布计量资料采用Mann-Whitney U检验比较，对二分类变量资料使用 χ2检验或Fisher确切概率法进行比较。 结果:132例ASS-ILD患者中抗合成酶抗体亚型以抗组氨酸抗体（Jo-1）最常见（60/132，45.5%），其次为抗甘氨酸基tRNA合成酶抗体（EJ）（33/132，25.0%）、抗苏氨酸基tRNA合成酶抗体（PL-7）（26/132，19.7%）、抗丙氨酸基tRNA合成酶抗体（PL-12）阳性（10/132，7.6%）、抗异亮氨酸基tRNA合成酶（OJ）抗体阳性（3/132，2.2%）。抗合成酶抗体合并抗Ro-52双阳性的ASS患者合并快速进展型ILD的比例显著增加。不同亚型ASS-ILD患者中抗Jo-1抗体阳性组合并感染28例（46.7%），合并关节炎/痛27例（45.0%），较其他组更常见（ P<0.05）；抗EJ抗体阳性组有显著肺功能下降，且咳嗽31例（93.9%）较其他组更常见（ χ2=0.15， P=0.047）；抗PL-12抗体阳性组肺功能下降较其他组明显（ P<0.05），且发热（7例，70.0%）较其他组更常见（ χ2=0.02， P=0.022）。 结论:不同抗合成酶抗体亚型中抗Jo-1、抗PL-7、抗PL-12等抗体亚型在ILD更常见，抗PL-12和抗EJ抗体阳性患者肺功能下降明显。