目的:本研究对2019年陕西省三带喙库蚊标本中分离的病毒(SX1943)进行病毒学和分子生物学鉴定。方法:蚊虫研磨液接种组织培养细胞，对分离物进行病毒学和病毒分子遗传学分析。结果:在2019年于陕西省采集的三带喙库蚊标本中获得1株病毒分离物(SX1943)，将该病毒接种至C6/36细胞后第3天发生明显细胞病变，表现为细胞圆缩、聚集和脱落等，分离物可稳定传代。然而，该批标本在BHK-21细胞连续传代3次均未发现显著细胞病变。SX1943病毒接种至C6/36细胞后经电子显微镜(负染)观察，可见大量圆形病毒颗粒，直径约25 nm。SX1943病毒基因组扩增与测序结果显示，该病毒基因组序列全长为3 594 nt，共编码3种蛋白，分别为非结构蛋白(NS1和NS2)和衣壳蛋白(VP)，3种蛋白的基因长度分别为2 376 nt、1 098 nt和1 136 nt。经病毒分子遗传进化分析发现，SX1943病毒与浓核病毒亚科 Brevidensovirus病毒属中的淡色库蚊浓核病毒(Culex pipiens pallens Densovirus, CppDNV)处于同一进化分支，上述结果提示SX1943病毒为CppDNV。 结论:陕西省三带喙库蚊中分离到CppDNV。

目的:持续监测2019年生活污水中的脊髓灰质炎病毒（poliovirus，PV），了解脊灰病毒在外环境中的流行变化趋势，为维持无脊灰状态提供实验室环境监测数据支持。方法:选择南昌市某区污水处理厂作为长期固定监测点，每月在污水处理厂入水口采集1 L污水作为样本。膜浓缩后在L20B、RD、Hep-2三种细胞上进行病毒分离培养，对阳性分离物进行VP1全长基因的测序分析。结果:共分离出脊灰病毒25株，分离率为91.67%（11/12），包括PV Ⅰ型3株，PV Ⅲ型22株，PVⅡ型0株。3株PVⅠ型毒株均为疫苗相似株，在全基因组的2749位点处均由腺嘌呤A突变为鸟嘌呤G，导致异亮氨酸突变成甲硫氨酸；2株PVⅢ（JX2019JHH037L、JX2019JHH042R）在2636位点处发生了由鸟嘌呤G突变为腺嘌呤A变异，导致了亲水氨基酸丙氨酸替代了疏水氨基酸苏氨酸。结论:在生活污水监测中分离到的脊灰病毒株均为疫苗株和疫苗相似株，未发现脊灰野毒株、脊灰疫苗衍生株及PVⅡ毒株。因此为维持无脊灰状态，需要持续对污水等外环境标本加强监测。

目的:应用新一代长读长测序技术精准确定复制缺陷型痘苗病毒天坛株(non-replicating Tiantan strain of vaccinia virus，NTV)全基因组序列及其开放阅读框(ORFs)组成。方法:基于本实验室储备的NTV，在鸡胚成纤维细胞上进行扩增并纯化，提取NTV全长基因组核酸。PacBio HiFi测序从头组装获取NTV全长基因组序列。以同源注释的策略确定其ORF组成，并分析其与已知复制缺陷型痘苗病毒毒株ORF异同。结果:NTV全长共171 729 bp，GC含量为33%，其独特的倒置末端重复(ITR)区域包含发夹结构、两个串联重复区域及3个非重复区域。NTV共有166个ORFs，与第三代天花病毒疫苗改良安卡拉株(MVA-BN)和复制缺陷型哥本哈根株(NYVAC)株相比，主要差异位于ITR及其周围区域，3个毒株共同享有138个ORFs，NTV特有6个编码与病毒逃避宿主抗病毒反应相关的ORFs。结论:通过三代测序技术精准确定NTV全基因组序列及ORFs组成，并揭示其与其他复制缺陷型痘苗病毒毒株的异同，为新一代猴痘疫苗和痘苗病毒载体研发应用提供重要参考。

目的:利用16S rDNA全长高通量测序技术，探索妊娠期糖尿病（gestational diabetes mellitus，GDM）孕妇饮食干预前后肠道菌群的变化及与口服葡萄糖耐量试验（oral glucose tolerance test，OGTT）结果的相关性。方法:选取2022年7月至2023年3月在新疆医科大学第一附属医院定期产检的孕妇30例，根据24～28周OGTT结果，分为研究组（15例）和正常组（15例）。收集其一般资料和实验室相关检查指标，同时对研究组孕妇进行个体化饮食干预，对正常组孕妇给予常规饮食指导干预，干预时间均为2周，分别收集两组干预前、后的粪便，共收集到60份粪便样本。通过PacBio测序平台，利用单分子实时测序对受试者粪便DNA进行第三代微生物16S rDNA全长多样性测序，比较两组干预前、后肠道菌群的结构、丰度及多样性。结果:两组孕妇的菌群丰度有显著差异的物种共有74种，其中54种在研究组中富集。纳入OGTT结果作为环境因子进行相关性分析显示，毛螺菌（ P=0.002）和未分类的细菌（ P=0.035）与OGTT 0 h血糖呈正相关，差异有统计学意义（ P<0.05）；厚壁菌（ P=0.018）、颤螺菌（ P=0.045）与OGTT 0 h血糖呈负相关，差异有统计学意义（ P<0.05）；毛螺菌（ P=0.027）、未分类的细菌（ P=0.028）与OGTT 1 h血糖呈正相关，差异有统计学意义（ P<0.05），颤螺菌与OGTT 1 h血糖呈负相关（ P=0.025），差异有统计学意义（ P<0.05）；毛螺菌（ P=0.027）与OGTT 2 h血糖呈正相关，差异有统计学意义（ P<0.05）。 结论:GDM孕妇经过个体化饮食干预后，肠道菌群中的优势菌发生了改变，GDM孕妇空腹血糖较干预前降低，由此可推断GDM孕妇可通过个体化饮食干预调节紊乱的肠道菌群，这一发现为饮食干预治疗妊娠期糖尿病提供有力的支持。

目的:对昆明市一起聚集性发热疫情样本进行腺病毒检测和遗传进化分析。方法:采集典型发热患者咽拭子标本，使用微流体芯片技术进行30种常见呼吸道传染病病原体核酸检测。对腺病毒核酸阳性标本使用Nanopore三代高通量测序技术进行Penton base、Hexon和Fiber三个重要基因全长序列扩增、测定和分型鉴定，构建系统进化树，开展分子变异、遗传进化等分析。结果:共采集5份标本，均检出呼吸道腺病毒及流感嗜血杆菌。对腺病毒进行Nanopore三代基因测序最终均获得Penton base、Hexon和Fiber基因全长编码区核苷酸序列，5份标本之间3个基因核苷酸相似性依次为100.0%、99.9%～100.0%和100.0%，氨基酸同源性均为100.0%；与HAdV3原型株(AY599834)核苷酸相似性最高，分别为98.6%、98.7%和98.9%。系统发育分析表明，3个基因系统进化树分析结果基本一致，人腺病毒3型(HAdV3)原型株单独一支，本研究中HAdV3序列均划分在同一进化分支上，与较早年份国外及中国台湾毒株亲缘关系较远，与近年国内外毒株亲缘关系较近，与2019年日本株(LC703523)和中国广州株(MZ540961)高度同源。与原型株比较分析昆明HAdV3氨基酸突变位点，Penton base有5处变异；Hexon有10处变异；Fiber有11处变异。结论:本起疫情中的腺病毒在Penton base、Hexon和Fiber基因全长序列中型别分型结果一致，为P3H3F3型，与包括原型株在内的国内外HAdV3毒株显示出非常小的遗传变异。与原型株相比发生了多处氨基酸位点突变，并且多数氨基酸位点变异发生在蛋白质的高变区或功能区，其中Hexon蛋白中M7L为昆明序列独有氨基酸突变位点。

目的 对重庆地区 22 例RhD变异型无偿献血者标本进行Rh血型血清学检测和三代基因测序,了解重庆地区RhD变异型的表型分布及其基因分型.方法 选择 2023 年 1-8 月本中心参与无偿献血的人群作为研究对象.使用传统血清学方法对其进行RhD表型鉴定,确定为RhD变异型后使用D-screen试剂盒对其进行RhD不同抗原表位的检测.此外,提取其基因组DNA,使用叠瓦式引物设计进行多段扩增、拼接获得RHD基因全长序列进行三代测序检测,并用SnapGene软件对序列结果进行分析.结果 在 22 例RhD变异型中,8 例为DVI 3 型(36.36%),其存在RHD-CE(3-6)-D杂交等位基因;6 例部分弱D15 型(27.27%),主要发生的突变为c.845G>A;6 例亚洲型Del(27.27%),主要发生的突变为c.1227G>A,还有1 例弱D17 型发生的突变为c.340C>T和1 例推测为部分D(c.491A>T,p.Asp164Val,错义突变).结论 重庆地区无偿献血人群中最常见的RhD变异型为DVI 3 型,使用SMRT三代测序技术可以获得RhD变异型单倍体全长.

目的 研究分析1例Rh血型弱D、弱cE患者的血清学与分子生物学特征,为该类患者的临床安全输血提供实验依据.方法 采用微柱凝胶卡法对患者红细胞进行ABO、RhDCcEe抗原的鉴定,同时采用试管法进行血型复核,抗人球蛋白卡法筛查不规则抗体;采用PCR-SSP法对RhDCcEe(RhD、RhC、Rhc、RhE、Rhe)基因型进行检测;三代全长测序技术对RHD/RHCE基因序列进行测序分析.结果 微柱凝胶卡法鉴定ABO、RhD、RhCcEe血型抗原的结果为:A抗原(-)、B抗原(-)、RhD(1+)、RhC(4+)、Rhc(1+)、RhE(1+)、Rhe(4+)、对照孔(-);试管法ABO、RhD、RhCcEe抗原鉴定该患者表型为:A抗原(-)、B抗原(-)、RhD(w+)、RhC(4+)、Rhc(w+)、RhE(w+)、Rhe(4+),对照管(-);抗人球蛋白卡法筛查患者不规则抗体阴性;PCR-SSP法血型基因分型RhDCcEe结果:RhD(+)、RhC(+)、Rhc(+)、RhE(+)、Rhe(+);RHD/RHCE基因结果:RHD单倍体1为外显子 1-10全缺失,而单倍体2为外显子RHD-CE基因重组融合,且确认其重组类型为RHD-CE(3-7)-D,起点在外显子2(g.20238-20312之间),终点在外显子 8(g49184-50480之间),同时RHCE基因第 6外显子存在新碱基点突变RHCE*cE(827C>A).结论 RHD-CE(3-7)-D基因重组融合与RHCE*cE(827C>A)新等位基因突变可能引起D、cE血型抗原弱表达,为临床安全输血提供了重要的实验数据支持.

[目的]将已获得的中华蜜蜂Apis cerana cerana转录组纳米孔长读段数据比对到东方蜜蜂A.cerana参考基因组,进行注释基因的结构优化,鉴定未注释的新基因和新转录本并进行功能注释以及预测其SSR位点、完整ORF和转录因子(transcription factor,TF)家族及成员的分析验证,完善现有的东方蜜蜂参考基因组序列和功能注释.[方法]基于已获得的高质量的接种蜜蜂球囊菌Ascosphaera apis的中华蜜蜂工蜂4,5和6日龄幼虫肠道转录组纳米孔测序数据,使用gffcompare软件将已鉴定到的全长转录本比对到东方蜜蜂参考基因组以优化已注释基因的结构;采用gffcompare软件鉴定参考基因组上未注释的新基因和新转录本,再通过比对Nr,KOG,eggNOG,GO和KEGG数据库进行功能注释;使用MISA,TransDecoder v3.0.0和animalTFDB 2.0软件分别预测SSR位点、完整ORF和TF家族及成员.[结果]共对东方蜜蜂参考基因组上已注释的4 648个基因结构进行了优化,对1 336个基因同时延长了 5'UTR和3'UTR,分别延长了 1 688个基因的5'UTR和1 624个基因的3'UTR;共鉴定到2 148个新基因,其中分别有818,298,587,359和333个新基因可注释到Nr,KOG,eggNOG,GO和KEGG数据库;共鉴定到35 432条新转录本,其中分别有30 974,21 222,29 025,19 852和9 214条新转录本可注释到上述5个数据库;共发掘出22 541个SSR位点,其中单、双、三和六碱基重复的SSR数量分别为12 078,7 140,2 825和43个,混合SSR的数量为2 964个,分布频率最高的类型是单碱基重复(153.37个/Mb);共预测到58个TF家族及1 611个成员;共预测出28 775个完整ORF,其中编码长度分布在100～200个氨基酸的ORF(38.99％)最多.[结论]研究结果优化了东方蜜蜂参考基因组上已注释基因的结构,并补充了参考基因组上未注释的新基因、新转录本、SSR、完整ORF及TF.

目的 利用PacBio三代测序技术鉴定c.586T＞C突变导致的Bel亚型,并分析Bel亚型家系的血型血清学特点.方法 ABO血型表型检测使用血清学方法,对ABO正反定型不符的家系标本进行ABO基因第6、7号外显子Sanger测序.利用PacBio三代技术对先证者及其子女的3例样本进行ABO基因全长单体型分析.结果 先证者血清学表型为Bel亚型,测序技术鉴定ABO基因序列第7外显子存在c.586T＞C位点突变,三代测序单体型鉴定先证者ABO基因型为ABO*BEL(c.586T＞C)/O01.02,其长子和长女基因型为:ABO*A1.02/BEL(c.586T＞C)、ABO*B.01/BEL(c.586T＞C).结论 c.586T＞C位点突变是导致本例Bel的分子基础,PacBio三代测序技术能够精准鉴定ABO亚型单体型.

[目的]通过纳米孔(nanopore)测序技术组装和注释中华蜜蜂Apis cerana cerana工蜂幼虫肠道高质量全长转录组.[方法]采用Nanopore PromethION系统对蜜蜂球囊菌Ascosphaera apis接种的中华蜜蜂工蜂3日龄幼虫后的4,5和6日龄幼虫肠道(分别为AcT4,AcT5和AcT6)进行转录组测序,鉴定全长转录本序列;将前期未接种蜜蜂球囊菌中华蜜蜂工蜂4,5和6日龄幼虫肠道转录组纳米孔测序数据中鉴定到的全长转录本与上述鉴定到的全长转录本混合后滤除冗余全长转录本;将鉴定到的非冗余全长转录本比对Nr,KOG,eggNOG和GO数据库进行注释.采用CPC,CNCI,CPAT和Pfam 4种方法预测长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA).[结果]AcT4,AcT5 和 AcT6 分别测得 14 474 634,10 461 827 和 11 890 978 条原始读段(raw reads),分别包含11 898 582,8 630 186和9 091 035条全长转录本,去冗余后分别鉴定到27 815,21 781和20 004条非冗余全长转录本,N50长度分别为1 900,1 961和2 294 bp,平均长度分别为1 534,1 584和1 792 bp,最长读段长度分别为10 855,10 837和10 887 bp.鉴定到40 562条去非冗余全长转录本,分别有35 415,24 646,34 054和23 053条转录本可分别注释到Nr,KOG,eggNOG和GO数据库.在Nr数据库中注释全长转录本数目和占比最高的物种是东方蜜蜂A.cerana(20 310条,57.35％),其次为西方蜜蜂4.mellifera(4 686条转录本,占13.23％)、大蜜蜂A.dorsata(2 536条转录本,占7.16％)和小蜜蜂A.florea(2 079条转录本,占5.87％).非冗余全长转录本可注释到eggNOG数据库中的未知功能及翻译后修饰、蛋白质更新和分子伴侣等25个功能分类、KOG数据库中的仅一般功能预测和信号转导机制等25个功能分类、GO数据库中生物学进程、细胞组分和分子功能三大类中的50个功能条目以及KEGG数据库中核糖体和RNA转运等196条通路.共鉴定到2 301条高可信度lncRNA,涉及正义链lncRNA、反义链lncRNA、内含子lncRNA和基因间区lncRNA 4种类型.[结论]成功构建和注释了中华蜜蜂工蜂幼虫肠道的首个全长转录组,为中华蜜蜂和东方蜜蜂A.cerana其他亚种的分子生物学及组学研究提供了高质量参考背景和关键基础.