目的:应用下一代测序（next-generation sequencing，NGS）技术检测乳腺癌患者及高风险个体胚系基因突变，分析同源重组修复（homologous recombination repair，HR）通路基因突变状态与乳腺癌临床病理特征的相关性，以补充中国乳腺癌相关基因突变数据库。方法:本研究为横断面研究，收集2020年10月至2021年9月就诊于北京大学人民医院并自愿接受基因检测的350例乳腺癌患者和49例乳腺癌高风险个体的全血样本。应用NGS检测32个乳腺癌相关基因的胚系突变情况，统计乳腺癌患者发病年龄、肿瘤家族史、单/双侧肿瘤、Luminal分型（Luminal A型、Luminal B型、HER2过表达型和三阴性乳腺癌）、肿瘤大小、肿瘤转移情况等临床病理特征，采用χ2检验和Fisher精确概率检验分析HR通路基因突变与临床病理特征的相关性。结果:在350例乳腺癌患者中，64例（18.3%）携带基因致病突变（包括致病和疑似致病两类突变），包括47例（13.4%）BRCA1/2突变，16例（4.6%）非BRCA1/2基因突变，1例（0.3%）BRCA2和FANCL突变。在49例乳腺癌高风险个体中，7例（14.3%）携带基因致病突变，包括6例（12.3%）BRCA1/2突变，1例（2%）ATM突变。BRCA1/2致病突变与乳腺癌发病年龄相关（18%，8.7%，χ2=6.346， P=0.012），发病年龄≤45岁的乳腺癌患者突变频率较高。HR通路基因突变（包括致病、疑似致病和临床意义不明确的三类突变）与单/双侧肿瘤（49.5%，68.4%，χ2=4.841， P=0.028）和Luminal分型（45.7%，62.2%，32%，60%，χ2=12.004， P=0.007）具有相关性，双侧乳腺癌、Luminal B型和三阴性乳腺癌患者突变频率较高。 结论:乳腺癌高风险个体BRCA1/2致病突变频率与乳腺癌患者相近，对高风险个体进行BRCA1/2检测有利于指导乳腺癌的筛查和预防。早发性乳腺癌、双侧乳腺癌、Luminal B型和三阴性乳腺癌患者HR通路基因突变频率较高，应及早进行HR通路基因检测，为乳腺癌的诊疗预后和风险评估提供实验室依据。

目的:分析中国汉族人群短串联重复序列(STR) D13S317基因座等位基因多态性，发现及鉴定中国人群中 D13S317基因座新的STR三带型等位基因，排除非特异性扩增及侧翼序列基因变异产生的三带型等位基因，研究新的三带型等位基因序列特征及遗传方式。 方法:选取2017年10月17日至2018年12月28日于广东深光法医物证司法鉴定所进行鉴定的378例样本为研究对象。常规采用GlobalFiler? Express试剂盒作STR基因分型初检，对疑似三带型等位基因的家系采用PowerPlex ? 21试剂盒作STR基因分型复检，复检后采用分子克隆测序技术排除引物结合区及侧翼序列基因变异产生的三带型等位基因的可能。 结果:初检共计检出6个 D13S317等位基因，基因频率分布特征分别是8(29.1%)、9(13.1%)、10(15.21%)、11(24.21%)、12(13.89%)和13(3.44%)；其中有1个家系中先证者的 D13S317基因座疑似为三带型等位基因(8、9、10)。复检与初检结果一致。先证者及其女儿 D13S317基因座分子克隆测序分析未发现引物结合区及侧翼序列有基因变异，确认先证者 D13S317基因座为三带型等位基因。 结论:在中国人群中确认了1例 D13S317基因座2型三带型等位基因(8、9、10)，该三带型等位基因未遗传给女性子一代，并首次被国际STRBase数据库收录。

一例28岁女性，孕期常规体检发现凝血因子Ⅷ活性（FⅧ∶C）<1%、血管性血友病因子抗原（VWF∶Ag）<1%。二代测序未发现其VWF基因外显子区域存在致病变异。由于该患者临床表现与Ⅲ型血管性血友病（VWD）临床特征不符，因此采用三代测序技术对该患者及其家系成员进行全基因组测序，发现该患者父系家族中有多位成员中携带VPS33B基因杂合变异c.869G>C，携带该变异的家系成员均有不同程度的VWF水平降低（39%～56%）。同时，先证者还检出GP1BA基因杂合变异c.1474dupA，ACMG及Clinvar数据库判断该变异与"血小板型假性VWD"相关。VPS33B基因杂合变异导致的VWF水平降低家系为国际首次报道，VPS33B基因与GP1BA基因双重杂合变异引起血浆VWF水平严重降低病例之前也未见报道。

目的:评价宏基因组二代测序(mNGS)在骨关节感染诊断中的潜在应用价值。方法:回顾性分析青岛市胸科医院脊柱外科2019年1月至12月临床确诊为骨关节感染的37例住院患者临床资料。所有患者均经过穿刺或手术途径获取感染病灶核心部位组织样本，分别对样本进行分枝杆菌、需氧菌和厌氧菌常规培养，结核分枝杆菌(MTB)-DNA扩增检测及mNGS检测。采用卡方检验或Fisher确切概率法比较mNGS和常规培养病原体及单纯细菌感染检出率。以临床确诊为金标准，比较常规培养、mNGS和MTB-DNA扩增检测对骨关节结核分枝杆菌感染的诊断效能，同时采用受试者工作特征曲线(ROC)评估三种方法在骨关节结核诊断中的价值。采用配对 t检验比较患者抗感染治疗前后白细胞(WBC)计数、红细胞沉降率和C-反应蛋白。 P<0.05为差异有统计学意义。 结果:37例患者年龄32～90岁。感染部位：31例为脊柱，6例为其他骨关节。入院前症状：12例患者表现为感染部位疼痛和发热，11例表现为疼痛，5例表现为疼痛和活动受限，5例表现为疼痛、发热、乏力及食欲减退，2例表现为疼痛、发热及活动受限，1例表现为疼痛伴体质量减轻，1例表现为疼痛、发热伴腹泻。mNGS共发现3类病原微生物，累计检出频次为42例次，其中细菌39例次(包括10个菌属)，占92.8%(39/42)；真菌2例次，占4.8%(2/42)；柯克斯体1例次，占2.4%(1/42)。37例患者中单纯细菌感染29例，占78.4%(29/37)；单纯真菌感染2例，占5.4%(2/37)；单纯柯克斯体感染1例，占2.7%(1/37)；5例患者同时检测出两种及以上病原体，占13.5%(5/37)。37例患者mNGS和常规培养病原体检出率分别为100.0%(37/37)和67.6%(25/37)，差异有统计学意义( χ2＝13.987， P<0.05)；29例单纯细菌感染患者mNGS和常规培养检出率分别为100.0%(29/29)和69.0%(20/29)，差异有统计学意义( χ2＝16.913， P<0.05)。常规培养、mNGS和MTB-DNA扩增检测诊断骨关节结核分枝杆菌感染的ROC曲线下面积分别为0.958(95% CI：0.866～1.000， P<0.05)、1.000(95% CI：1.000～1.000， P<0.05)和0.958(95% CI：0.866～1.000， P<0.05)，诊断效能均较好。37例患者均根据mNGS及常规培养结果进行针对性抗感染药物治疗，其中28例接受手术干预。随访至2020年4月30日，1例患者死亡。随访3个月后患者WBC计数、红细胞沉降率和C-反应蛋白分别为(5.5±1.5)×10 9/L、(41±38)mm/h和(5.0±4.6)mg/L，均低于抗感染治疗前水平[(8.0±2.9)×10 9/L、(79±42)mm/h和(63±52)mg/L]，差异均有统计学意义( t＝6.536、8.302和6.373， P均<0.05)。 结论:mNGS对于骨关节感染的鉴别诊断可能具有重要临床价值。

目的:评价核酸分型定量法HPV检测（BMRT-HPV）用于子宫颈癌筛查的临床价值。方法:采用巢式抽样法，在2016年9月—2018年1月中国子宫颈癌筛查多中心研究（CHIMUST）项目5个筛查点的8 856例妇女中，选取其中医生取样或自取样标本中任一检测方法HPV阳性或HPV阴性但细胞学结果≥低级别鳞状上皮内病变（LSIL）者共1 495例行BMRT-HPV检测，同时按照1∶2比例抽取年龄和参加筛查时间相匹配的HPV与细胞学结果均为阴性的2 990例为对照。CHIMUST项目中对任一HPV阳性妇女回叫行阴道镜下子宫颈病灶四象限定点活检+随机活检+子宫颈管搔刮术方案子宫颈活检，以医生取样标本的基于实时PCR技术的Cobas 4800 HPV检测（Cobas-HPV）、基于第2代基因测序技术的HPV分型检测（SEQ-HPV）为对照，以子宫颈活检病理诊断为“金标准”，分析BMRT-HPV检测的高危型HPV（HR-HPV）亚型与Cobas-HPV、SEQ-HPV检测的一致性，并比较3种HPV检测方法对子宫颈上皮内瘤变（CIN）Ⅱ及以上级别病变（CIN Ⅱ +）、CIN Ⅲ及以上级别病变（CIN Ⅲ +）的筛查效率。 结果:（1）BMRT-HPV检测方法分别与Cobas-HPV、SEQ-HPV检测方法比较，检测HR-HPV亚型整体的一致性分别为94.8%、94.4%，Kappa值分别为0.827、0.814。（2）BMRT-HPV、Cobas-HPV、SEQ-HPV 3种方法对CINⅡ +筛查的敏感度分别为92.62%、94.26%、93.44%，两两比较，差异均无统计学意义（ P>0.05）；特异度分别为84.67%、83.25%、82.76%，BMRT-HPV检测对CINⅡ +筛查的特异度显著高于Cobas-HPV、SEQ-HPV检测（ P<0.01）。3种HPV检测方法对CIN Ⅲ +筛查的敏感度均达到100.00%，BMRT-HPV检测对CIN Ⅲ +筛查的特异度也显著高于Cobas-HPV、SEQ-HPV检测（分别为83.40%、81.95%、81.50%， P<0.01）。检出1例CINⅡ +或CIN Ⅲ +所需要行阴道镜下子宫颈活检病理检查的患者数，BMRT-HPV检测显著少于Cobas-HPV和SEQ-HPV检测（ P<0.01）。Cobas-HPV、SEQ-HPV、BMRT-HPV检测初筛阳性者分别以HPV 16和（或）18型（HPV 16/18型）阳性联合细胞学结果≥未明确诊断意义的不典型鳞状上皮细胞（ASCUS；即为方案一、二、三）进行二次分流，3种筛查方案对CIN Ⅱ +、CIN Ⅲ +筛查的敏感度分别比较均无显著差异（ P>0.05），但方案三（即BMRT-HPV初筛阳性者）筛查CIN Ⅱ +、CIN Ⅲ +的特异度显著高于方案一（即Cobas-HPV初筛阳性者）和方案二（即SEQ-HPV初筛阳性者； P<0.05），而且阴道镜转诊率方案三也显著低于方案一、二（ P<0.05）。 结论:BMRT-HPV检测筛查子宫颈癌具有与Cobas-HPV、SEQ-HPV检测相似的敏感度，但特异度更高，可作为子宫颈癌的初筛方法，值得临床推广使用。

目的:探讨宏基因组学二代测序技术(mNGS)在新生儿疑难感染性疾病中的临床应用。方法:回顾性分析2019年9月至2020年12月于郑州大学第三附属医院新生儿科住院治疗且经脑脊液、肺泡灌洗液或血液病原菌mNGS技术确诊的不明原因发热、抗感染治疗效果欠佳、危重感染患儿的临床资料和病原学mNGS结果。结果:4例新生儿，其中男2例，女2例，起病年龄为生后5 h至26 d。2例患儿为脑炎/脑膜炎，其中例1患儿表现为发热、抽搐、昏迷，例2患儿长期抗生素治疗临床症状不能缓解且脑脊液细胞数不能恢复正常；例3患儿长期发热伴C-反应蛋白增高，例4患儿发热、咳嗽、呼吸窘迫。传统培养均未检出致病微生物，mNGS分别检测出人单纯疱疹病毒2型、微小脲原体、人类疱疹病毒5型、结核分支杆菌复合群。结论:mNGS有助于不明原因发热、治疗效果欠佳、危重感染等新生儿疑难病原体感染的诊断。

目的:探究短期极低热量限制(very low-calorie restriction，VLCR)对超重/肥胖2型糖尿病患者的代谢改善疗效，结合微生物多样性检测技术明确肠道菌群的变化，探讨VLCR临床疗效的机制。方法:纳入14例超重/肥胖2型糖尿病患者，住院进行9天VLCR(热量摄入300~600 kcal/d)。在VLCR前后，测量受试者体重、腰围、血压和心率等指标，计算体重指数。检测空腹血糖、餐后2 h血糖、空腹胰岛素、血脂等糖脂代谢指标，并计算稳态模型评估的胰岛素抵抗指数。检测肝肾功能、电解质等指标，计算估计的肾小球滤过率。使用SPSS软件分析上述指标在治疗前后的差异。收集受试者VLCR前后的粪便，运用16S rDNA高通量测序技术对粪便样本进行肠道微生物多样性检测，专业软件分析VLCR前后肠道菌群的差异。结果:9天VLCR后，超重/肥胖2型糖尿病患者的体重、体重指数、腰围、血压、空腹及餐后2 h血糖、胰岛素、胰岛素抵抗指数、碱性磷酸酶、三酰甘油和尿素氮显著降低( P<0.05)。血清丙氨酸转氨酶、天冬氨酸氨基转移酶、γ-谷氨酰转肽酶、高密度脂蛋白胆固醇、低密度脂蛋白胆固醇、肌酐、估计的肾小球滤过率、尿酸、白蛋白、钙和磷无明显变化( P>0.05)。粪便中肠道菌群的α多样性无显著改变，拟杆菌门的丰度显著升高，厚壁菌门/拟杆菌门的比值从11.79显著下降至4.20。组间差异分析得出狄氏副拟杆菌是关键的差异菌种。 结论:VLCR可显著改善超重/肥胖2型糖尿病患者的体重和糖脂代谢，且无严重不良事件的发生。狄氏副拟杆菌可能是VLCR的标志肠道菌群。

目的:探讨第三代测序技术在染色体微重复相关ATR-X综合征家系胚胎植入前遗传学检测中的临床应用价值。方法:2022年10月就诊于江西省妇幼保健院辅助生殖中心的1例生育过疑似ATR-X综合征患儿的家系为研究对象。染色体拷贝数变异测序（copy number variation sequencing，CNV-Seq）检测女方携带Xq21.1区域550 kb临床意义不明确的杂合微重复，该重复累及 ATRX基因部分序列。采用第三代长读长测序技术对女方基因组序列进行检测，确定上述重复插入基因组的物理位置，明确该重复的致病性，并获得与上述微重复连锁遗传的单核苷酸多态性位点（single nucleotide polymorphism，SNP）单倍型。夫妻双方签署知情同意书后行胚胎植入前遗传学检测（preimplantation genetic testing，PGT）助孕。挑选1枚不携带致病性微重复的整倍体胚胎移植，于孕中期羊水穿刺后进行产前诊断，验证是否与PGT结果一致，跟踪随访胎儿出生后情况。 结果:第三代长读长测序及Sanger测序验证结果显示，女方携带的Xq21.1微重复插入至基因组chrX：76804463-76804464（GRCh37/hg19），为 ATRX基因内串联重复，预测可能导致ATRX蛋白正常功能受损。该家系经PGT治疗，获得27枚卵子，卵胞质内单精子注射（intracytoplasmic sperm injection，ICSI）受精后成功养成13枚囊胚。囊胚活检细胞经遗传学检测显示，2枚胚胎为不携带上述致病微重复的整倍体胚胎。冻融胚胎移植1枚正常胚胎，成功妊娠，孕17周羊水穿刺检测结果未见异常，2023年11月孕39 +5周顺产娩一女活婴，体健。 结论:第三代测序技术凭借其长读长的特点，对临床意义不明确微重复进行PGT检测时有显著优势，不仅能够明确微重复插入基因组的位置，判断其致病性，还能够获得与目标变异连锁遗传的SNP单倍型，为后续胚胎检测做准备。

目的:评估宏基因组二代测序技术（mNGS）在肺结核诊断中的应用价值，并为相应临床标本的选择提供参考。方法:通过回顾性研究的方法，查阅电子病历系统中2019年2月至2021年5月期间因疑似肺结核就诊于南京市胸科医院，并行mNGS检测、涂片抗酸染色及结核分枝杆菌（MTB）培养的患者。以临床诊断结果为参考标准，分别计算三种方法诊断肺结核的敏感性及特异性等，并计算mNGS在痰液、肺泡灌洗液、肺组织标本中检测MTB的敏感性及约登指数。结果:共入组127例患者，最终临床确诊肺结核103例，mNGS诊断肺结核的敏感性为55.34%（57/103），明显高于涂片抗酸染色（18.45%，19/103）及培养（27.18%，28/103），三者差异有统计学意义（ P<0.05）。mNGS诊断肺结核的特异性为95.83%（23/24），余两种方法特异性均为100%，差异无统计学意义（ P=0.36）。应用mNGS检测MTB时，肺组织、肺泡灌洗液及痰液的敏感性分别为77.78%(28/36)、58.54%（24/41）、15.79%（3/19），约登指数分别为0.78、0.59及0.16，三者间差异有统计学意义（ P<0.05），肺组织优于肺泡灌洗液，痰液价值较低。 结论:mNGS能显著提高肺结核患者的病原学诊断率，其中肺组织标本的mNGS诊断价值尤高。

目的:探讨46，XY性发育异常(DSD)患者的分子诊断方法和临床特点，加深对疾病的认识。方法:采用基于多重PCR的AA芯片法和探针捕获法两种靶向二代测序技术，对2009年7月至2021年6月于上海交通大学医学院附属第九人民医院诊治的206例46，XY DSD患者进行基因检测，并对分子诊断明确患者的临床特点进行分析。结果:206例患者中，同时有小阴茎、尿道下裂、隐睾三种表型的患者诊断率最高，可达75.28%。患者均有不同程度外生殖器男性化不全表现，其中小阴茎伴有尿道下裂最为常见(87.25%)。81例(39.32%)患者检测为单一基因突变，104例(50.49%)患者存在多个基因突变，21例(10.19%)患者未检测到基因突变。根据美国医学遗传学和基因组学(ACMG)指南统计致病和可疑致病比例，发现明确分子诊断的有107例，诊断率为51.94%，包括类固醇5α-还原酶2(SRD5A2)突变40例(37.38%)，雄激素受体(AR)突变36例(33.64%)，类固醇生成因子1(NR5A1)突变18例(16.82%)，17β-羟类固醇脱氢酶3(HSD17B3)突变6例(5.61%)，17α-羟化酶/17，20-裂解酶(CYP17A1)、Wilms肿瘤相关基因1(WT1)、GATA结合蛋白4(GATA4)突变各2例(1.87%)，黄体生成素受体(LHCGR)突变1例(0.93%)。在81例青春期后患者中，29例有乳房发育，其中25例(86.21%)为AR突变。结论:46，XY DSD患者的临床表型和分子病因复杂。靶向二代测序具有高通量、高效率、低成本的优势，尤其对遗传异质性较强的46，XY DSD病因诊断具有重要价值。