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中国汉族人群 D13S317基因座的多态性及新的三带型等位基因序列的遗传学研究
编辑人员丨6天前
目的:分析中国汉族人群短串联重复序列(STR) D13S317基因座等位基因多态性,发现及鉴定中国人群中 D13S317基因座新的STR三带型等位基因,排除非特异性扩增及侧翼序列基因变异产生的三带型等位基因,研究新的三带型等位基因序列特征及遗传方式。 方法:选取2017年10月17日至2018年12月28日于广东深光法医物证司法鉴定所进行鉴定的378例样本为研究对象。常规采用GlobalFiler? Express试剂盒作STR基因分型初检,对疑似三带型等位基因的家系采用PowerPlex ? 21试剂盒作STR基因分型复检,复检后采用分子克隆测序技术排除引物结合区及侧翼序列基因变异产生的三带型等位基因的可能。 结果:初检共计检出6个 D13S317等位基因,基因频率分布特征分别是8(29.1%)、9(13.1%)、10(15.21%)、11(24.21%)、12(13.89%)和13(3.44%);其中有1个家系中先证者的 D13S317基因座疑似为三带型等位基因(8、9、10)。复检与初检结果一致。先证者及其女儿 D13S317基因座分子克隆测序分析未发现引物结合区及侧翼序列有基因变异,确认先证者 D13S317基因座为三带型等位基因。 结论:在中国人群中确认了1例 D13S317基因座2型三带型等位基因(8、9、10),该三带型等位基因未遗传给女性子一代,并首次被国际STRBase数据库收录。
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编辑人员丨6天前
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AGTR1(A1166C)基因多态性与中国汉族人群糖尿病肾病微血管病变易感性的相关性
编辑人员丨6天前
目的:探讨血管紧张素Ⅱ1型受体[AGTR1(A1166C)]基因多态性与中国汉族人群糖尿病肾病(DN)患者微血管病变易感性的相关性。方法:选取2020年1月至2021年3月沧州市人民医院收治的100例2型糖尿病患者,根据尿白蛋白/肌酐比值(UACR)将其分为糖尿病非肾病组(40例)和DN组(60例)。同期另选取于本院体检的健康人群50例作为对照组。将DN组分为C等位基因携带[AGTR1(A1166C)基因的等位基因为C,10例]和非C等位基因携带组[AGTR1(A1166C)基因的等位基因为A,50例]以及微量白蛋白尿组(30 mg/g≤UACR<300 mg/g,40例)和大量白蛋白尿组(UACR≥300 mg/g,20例)。采用实时荧光定量PCR法检测两组受检者的AGTR1(A1166C)基因多态性;非条件logistic回归模型分析AGTR1(A1166C)基因多态性与DN发生风险的相关性。结果:DN组和糖尿病非肾病组的收缩压(SBP)、舒张压(DBP)、血清肌酐(Scr)、尿素氮(BUN)、空腹血糖(FPG)、低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)、高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C),糖化血红蛋白(HbA1c)水平及UACR高于对照组,三酰甘油(TG)低于对照组,且DN组高于糖尿病非肾病组(均 P<0.05)。Hardy-Weinberg平衡分析发现,对照组、DN组和糖尿病非肾病组人群的AA、AC、CC三种基因型分布均符合基因遗传平衡法则(均 P>0.05)。DN组的C等位基因分布频率高于糖尿病非肾病组、对照组(均 P<0.05),DN组、糖尿病非肾病组的AC、CC基因频率高于对照组,且DN组高于糖尿病非肾病组(均 P<0.05)。非条件logistic回归模型分析结果显示,C等位基因型携带者发生DN的风险高于A等位基因携带者( OR=1.583,95% CI:1.094~2.072, P<0.05);AC+CC基因型携带者发生DN的风险高于AA基因型携带者( OR=1.924, 95% CI:1.437~2.411, P<0.05)。C等位基因携带组的SBP、DBP、BUN、Scr、FPG、LDL-C、HDL-C、HbA1c水平及UACR高于非C等位基因携带组,差异均有统计学意义(均 P<0.05)。 结论:AGTR1(A1166C)基因多态性与中国汉族人群DN发生风险密切相关。
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编辑人员丨6天前
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HLA-G 3′UTR基因多态性与不明原因复发性流产发生风险的相关性研究
编辑人员丨6天前
目的:探讨人类白细胞抗原G 3′非翻译区(human leucocyte antigen-g 3′ untranslated region,HLA-G 3′ UTR)基因单核苷酸多态性以及单倍型在不明原因复发性流产患者中的分布情况及可能的预测作用。方法:采用病例对照研究。选择2017年6月至2018年7月温州市中医院70例不明原因复发性流产(unexplained recurrent spontaneous abortion,URSA)妊娠患者(病例组)以及54例产前检查健康妇女(对照组),采集外周全血和血清。离心柱法提取外周全血基因DNA,PCR扩增HLA-G 3′UTR DNA。Sanger测序法测得基因序列并进行基因分型。SHEsis在线软件分析单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点等位基因和基因型的频率,比较分析对照组和病例组的分布差异。Phase软件构建单倍型。ELISA检测血清可溶性HLA-G(soluble human leucocyte antigen-G,sHLA-G)浓度。两组间SNP位点基因型及单倍型比较采用χ 2检验,两组sHLA-G浓度比较采用 t检验。 结果:URSA组和对照组均检测出8个多态性位点,包括14bp ins/del、+3003C/T、+3010G/C、+3027A/C、+3035C/T、+3142C/G、+3187A/G及+3196C/G,均符合哈迪-温伯格平衡(Hardy-Weinberg,H-W)检验平衡检验,比较分析显示+3010G/C、+3142C/G、+3187A/G三个位点在两组间的分布差异有统计学意义(χ 2=8.514, P=0.004;χ 2=0.552, P=0.021;χ 2=8.183, P=0.005)。携带+3010C等位基因、+3142G等位基因患病风险相对较高( OR=2.131,95 %CI=1.278~3.552,χ 2=8.514, P=0.004; OR=1.813,95 %CI=1.091~3.013,χ 2=0.552, P=0.021);携带+3187G等位基因患病风险相对较低( OR=0.476,95 %CI=0.285~0.794,χ 2=8.183, P=0.005)。8个位点紧密连锁,单倍型分析显示UTR-1(DTGCCCGC)可能是URSA的保护因素( OR=0.497,95 %CI=0.295~0.837,χ 2=6.987, P=0.008),UTR-3(DTCCCGAC)可能是URSA的危险因素( OR=1.732,95 %CI=1.009~2.974,χ 2=3.998, P=0.045)。UTR-1/UTR-1纯合子频率在URSA患者中显著低于健康妊娠人群( OR=0.381,95 %CI=0.165~0.879,χ 2=5.292, P=0.024),可能是URSA的一个保护因素。未发现血清sHLA-G与HLA-G 3′UTR基因单倍型的关联性( t=1.578, P=0.119)。 结论:HLA-G 3′UTR基因多态性及单倍型与URSA具有一定相关性,可能为临床诊疗和预测提供依据。
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编辑人员丨6天前
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NLRP3、TLR4基因多态性与TyG指数交互作用对痛风的影响
编辑人员丨6天前
目的:探讨三酰甘油葡萄糖(TyG)指数和Toll样受体4(Toll-like receptor 4, TLR4)、NOD样受体热蛋白结构域相关蛋白3(NOD-like receptor thermal protein domain associated protein 3, NLRP3)基因单核苷酸多态性对痛风的危险性以及基因与TyG指数交互作用对痛风易感性的影响。方法:选取男性痛风患者315例和同期健康男性体检者499名,通过问卷调查收集研究对象的一般信息,并采集其外周静脉血检测血液生化指标;采用多重连接酶检测反应对NLRP3、TLR4的3个单核苷酸多态性(SNP)位点进行检测,应用 logistic回归分析比较NLRP3、TLR4等位基因与痛风风险之间的相关性;采用广义多因素降维法(GMDR)模型和 logistic回归分型分析SNP与TyG指数与痛风的交互作用。 结果:对吸烟、饮酒等因素进行校正后TyG指数每增加1个标准差痛风的风险增加61.1%。rs10754558、rs10759932和rs7525979的CC基因型为汉族痛风高危险基因型。GMDR结果显示,rs10754558-TyG指数、rs7525979-TyG指数和rs10759932-TyG指数的交互作用模型在对照组和痛风组间的差异均存在统计学意义( P<0.05),提示所选取的3个SNP基因型与TyG指数之间可能存在交互作用。对所选取的3个SNP基因型与TyG指数进行分层分析,发现在校正年龄、吸烟等因素后,rs10754558位点携带C/C或C/G基因型的高TyG指数者相对携带GG基因型和低TyG指数者痛风风险增加( OR=2.127, P<0.05)。 结论:rs10754558、rs10759932和rs7525979的CC基因型为汉族痛风高危险基因型,rs10754558与TyG指数之间的相互作用可能增加痛风的发病风险。
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编辑人员丨6天前
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IL-10RA外显子区域rs2228055位点基因多态性与儿童食物过敏易感性的关系
编辑人员丨6天前
目的:探讨白细胞介素10受体A(IL-10RA)外显子区域rs2228055位点基因多态性与儿童食物过敏易感性的关系。方法:病例对照研究。选择2017年8月1日至2018年11月30日在北京大学第三医院儿科食物过敏门诊被诊断为食物过敏的150例患儿作为食物过敏组,选择同期在北京大学第三医院儿童健康发展中心健康体检的150名儿童作为对照组。用PCR重测序的方法检测两组儿童rs2228055位点基因型,比较两组儿童该位点基因型及等位基因频率,同时比较该位点基因型及等位基因频率在过敏原特异性IgE阳性与IgE阴性的食物过敏患儿、在食物过敏患儿不同器官系统表现中的分布。采用计算机虚拟突变rs2228055位点等位基因改变后引起的氨基酸改变,分析氨基酸改变后对IL-10RA结构的影响。组间比较采用χ 2检验。 结果:(1)食物过敏组男92例、女58例,对照组男86名、女64名,组间比较差异无统计学意义(χ 2=0.497, P=0.481),食物过敏组和对照组年龄分别为4.2(0.1~15.0)岁、8.0(0.1~14.0)岁,组间比较差异有统计学意义( Z=-6.109, P<0.01)。(2) rs2228055位点基因型在食物过敏组与对照组分别为AA 73例(48.7%)、98例(65.3%);AG 62例(41.3%)、42例(28.0%);GG 15例(10.0%)、10例(6.7%);等位基因频率在两组分别为A 208(69.3%)、238(79.3%);G 92(30.7%)、62(20.7%),食物过敏组患儿AG及GG基因型及等位基因G频率高于对照组儿童(χ 2=8.501、7.862, P=0.014、0.005)。(3)rs2228055位点基因型及等位基因频率在过敏原特异性IgE阳性和阴性组食物过敏患儿中分布差异无统计学意义( P均>0.05)。(4)rs2228055位点基因型及等位基因频率在有皮肤表现和无皮肤表现、有消化系统表现和无消化系统表现、有呼吸系统表现和无呼吸系统表现的食物过敏患儿中分布差异无统计学意义( P均>0.05)。(5)计算机虚拟突变发现,当rs2228055位点所编码的氨基酸由异亮氨酸转变为缬氨酸后,其突变能为-0.08,IL-10RA的稳定性没有增加。 结论:食物过敏患儿IL-10RA外显子区域rs2228055位点基因型AG、GG及等位基因G频率高于对照组儿童,携带等位基因G的儿童更容易发生食物过敏。
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编辑人员丨6天前
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内质网氨基肽酶1与子痫前期遗传易感性研究
编辑人员丨6天前
目的:探究内质网氨基肽酶1(endoplasmic reticulum aminopeptidase 1, ERAP1)是否为子痫前期发病的遗传易感基因,以及 ERAP1参与子痫前期发病的分子机制。 方法:回顾性选择2018年9月至2021年4月在青岛大学附属医院、枣庄市妇幼保健院等6家山东省地级市三甲医院的990例子痫前期患者(病例组)和1 240例健康孕妇(对照组)。收集所有孕妇的外周血样本,提取DNA,通过Taqman探针聚合酶链反应技术进行rs30187、rs27044及rs469783位点的基因分型;并在构建 ERAP1野生型质粒的基础上使用点突变法构建2种错义变异质粒:rs30187(c.1583A>G)、rs27044(c.2188C>G),将不同的转染分子转染至Htr8细胞中,检测ERAP1的表达水平,并通过Transwell迁移实验、Transwell侵袭实验、细胞划痕实验和细胞增殖实验检测不同转染对细胞功能的影响,根据转染分子的不同,分为以下6组:敲低对照组、敲低组、过表达对照组、过表达组、变异1组及变异2组。采用两独立样本 t检验、秩和检验和 χ 2检验进行统计学分析。 结果:(1)rs30187位点的遗传学分布(基因型: χ 2=29.25;等位基因: χ 2=4.68)、rs27044位点的基因型分布( χ 2=28.95)、rs469783位点的遗传学分布(基因型: χ 2=7.01,等位基因: χ 2=6.45)在病例组和对照组间差异有统计学意义( P值均<0.05)。病例组中rs30187和rs27044位点均是隐性基因CC的频率更高( χ 2值分别为20.82和19.97, P值均<0.05),而rs469783位点的显性基因中CC基因型的频率更低( χ 2=5.82, P=0.016)。(2)细胞转染后,与敲低对照组相比,敲低组ERAP1的表达水平明显下降(mRNA:0.5±0.1与1.0±0.0, t=7.49;蛋白:0.4±0.1与0.7±0.1, t=2.81; P值均<0.05);划痕48 h后,敲低组细胞迁移率明显下降[(16.5%±1.8%)与(23.8%±2.4%), t=3.33, P=0.031];细胞培养24 h后,敲低组Transwell细胞数量明显下降(423.7±21.3与499.0±24.6, t=3.29, P=0.031)。转染变异1组和变异2组后,与过表达组相比,ERAP1的mRNA和蛋白表达也均明显下降,Transwell小室细胞穿过的数量明显下降,划痕48 h后细胞迁移率均表现出下降趋势[变异1组: P=0.004,变异2组:(21.1±4.6)%与(28.3±1.1)%, t=2.10, P=0.099]。转染过表达组至细胞后,与过表达对照组相比,ERAP1的mRNA和蛋白表达明显上升,细胞的增殖能力增强,细胞划痕48 h后迁移率升高,24 h穿过Transwell小室的细胞数量增多,细胞侵袭能力增强( P值均<0.05)。 结论:ERAP1基因rs30187、rs27044和rs46978与子痫前期易感性相关,rs30187和rs27044位点上子痫前期患者CC基因型携带者更多,而rs469783位点上健康孕妇CC基因型的携带者更多。ERAP1可能通过影响滋养层细胞的迁移侵袭能力参与子痫前期的发病。
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编辑人员丨6天前
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少年精神分裂症患儿精神分裂症断裂基因1多态性与脑结构的关系
编辑人员丨6天前
目的:调查精神分裂症断裂基因1( DISC1)rs4658971位点多态性与儿童少年精神分裂症的关系,及首发少年精神分裂症患儿 DISC1基因rs4658971位点多态性与脑结构的关系。 方法:1.选择2010年10月至2018年12月在新乡医学院第二附属医院住院的577例儿童少年精神分裂症患者及516例健康儿童少年,采用限制性片段长度多态性方法(PCR-RFLP)检测其 DISC1基因rs4658971多态性,采用 χ2检验比较精神分裂症患者与健康儿童少年 DISC1基因型及等位基因频率的差异。2.选择118例首发、病程≤12个月的儿童少年精神分裂症患者和101例健康儿童少年进行3.0T磁共振成像(MRI)检测,采用协方差(年龄作协变量)分析不同 DISC1基因型患者的颅脑结构。 结果:1.儿童少年精神分裂症患者与健康儿童少年比较, DISC1基因的rs4658971位点基因型频率(TT 6.6%比5.2%,TC 37.4%比38.4%,CC 56.0%比56.4%)比较,差异均无统计学意义( χ2=0.91, P=0.63);等位基因频率比较(C 74.70%比75.58%,T 25.30%比24.42%),差异均无统计学意义( χ2=0.23, P=0.63)。2.与健康儿童少年比较,首发儿童少年精神分裂症患者的第三脑室横径扩大[(4.68±1.41) mm比(4.06±1.36) mm],差异有统计学意义( F=8.534, P=0.004);侧脑室前脚间距、尾状核头部宽度、海马厚度均缩小[(30.69±2.51) mm比(32.02±2.41) mm]、[(8.17±1.01) mm比(9.22±1.14) mm]、[(8.93±0.97) mm比(9.93±1.14) mm],差异均有统计学意义( F=15.435、40.201、44.650,均 P<0.001)。用协方差分析(用年龄作协变量)显示, DISC1 CC基因型患者与CT+TT基因型患者之间尾状核头部宽度的差异有统计学意义[(8.73±0.85) mm比(7.39±0.61) mm, F=41.376, P<0.001]。 结论:首发少年精神分裂症患儿存在多个脑结构改变,患者 DISC1基因rs4658971位点等位基因T携带者可能与尾状核头部缩小有关。
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编辑人员丨6天前
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比较SNP-array和高通量测序在胚胎植入前遗传学检测中的效能
编辑人员丨6天前
目的:评估单核苷酸多态性微阵列(single nucleotide polymorphisms array,SNP-array)技术和第二代高通量测序(next generation sequencing,NGS)技术在胚胎植入前遗传学检测(preimplantation genetic testing,PGT)中的检测能力和效率。方法:回顾性描述分析2020年1月至2022年8月期间于广西壮族自治区妇幼保健院生殖中心就诊、夫妇双方均携带有明确致病性基因突变并要求进行第三代试管婴儿助孕的188例患者资料。经卵胞质内单精子注射授精和体外培养后,共收获995枚囊胚并进行活检。患者胚胎细胞遗传物质经全基因组扩增之后,分别采用SNP-array或NGS分析其携带致病基因突变和染色体拷贝数变异(copy number variation,CNV)的情况,同时采用Sanger测序或间隙聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)对突变进行直接检测。分析女方年龄和获囊胚数的关系、胚胎携带突变和致病性CNVs的比例,比较不同分子诊断技术在PGT中的检测成功率和准确性。经遗传学检测后,选择合适的胚胎进行子宫腔内移植,并于中孕期进行羊水穿刺产前诊断。结果:①成功对924个胚胎进行遗传学检测,总的检测成功率为92.9%。根据遗传学检测结果,共有389个(42.1%)胚胎可用于移植。②对胚胎进行缺失型α-地中海贫血突变检测,间隙PCR的成功率[84.9%(465/548)]低于SNP-array[98.7%(81/82)]和NGS[92.5%(431/466)]。对点突变进行检测,Sanger测序的成功率[98.5%(440/447)]与SNP-array[95.6%(110/115)]和NGS[96.1%(319/332)]的差异无统计学意义。有38个胚胎因等位基因脱扣导致直接位点检测法的结果与SNP单体型分析的结果不一致。另外,有4个胚胎因染色体重组导致SNP单体型分析失败。③与NGS相比,SNP-array检测CNV的成功率[83.7%(165/197)]较低,但是可检出更多种类的染色体拷贝数异常。④共进行了152例胚胎移植,其中有107例成功临床妊娠,有69例完成了羊水穿刺产前诊断,有42个健康儿顺利分娩。结论:从检测效率考虑,SNP-array适用于分析胚胎携带多个基因突变、罕见单基因突变或者缺失型突变,而NGS适用于检测常见的单基因突变类型。同时辅以Sanger测序和间隙PCR等技术对突变位点直接进行检测,可进一步提高PGT的检测成功率和准确性。本研究成果可为PGT从业者根据突变类型和患者的需求选择合适的检测平台提供依据。
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编辑人员丨6天前
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ALDH2基因多态性与老年2型糖尿病发生及冠状动脉狭窄病变的相关性分析
编辑人员丨6天前
目的:观察老年2型糖尿病(T2DM)患者的乙醛脱氢酶2(ALDH2)基因多态性并分析其与冠状动脉(简称冠脉)狭窄病变的相关性。方法:选取2020年3月至2022年3月在济宁医学院附属医院收治的94例老年T2DM患者作为观察组,并选取与之匹配的健康体检人群50例作为对照组,观察组根据其冠脉是否存在狭窄分为狭窄组和无狭窄组。收集入组者临床资料,留取入组者血清标本,采用多聚酶链反应-限制性内切酶片段长度多态性技术(PCR-RFLP)检测ALDH2基因多态性(rs671位点),观察老年T2DM患者ALDH2基因多态性分布,利用多因素logistic回归分析影响老年T2DM患者发生冠脉狭窄的独立因素;比较不同基因型狭窄组患者冠脉病变程度。结果:观察组ALDH2基因(rs671位点)等位基因A频率高于对照组( P<0.05);狭窄组糖尿病病程≥5年,有吸烟史的占比均高于无狭窄组(均 P<0.05);狭窄组血清GLU、TC、LDL-C水平高于无狭窄组,HDL-C低于无狭窄组(均 P<0.05)。狭窄组ALDH2基因(rs671位点)基因型AA占比、等位基因A频率高于无狭窄组(均 P<0.05)。糖尿病病程长、低水平HDL-C、ALDH2基因(rs671位点)基因型AA是影响老年T2DM患者并发冠脉狭窄的独立危险因素(均 P<0.05);基因型AA的狭窄组患者三支及以上的冠脉病变占比均较基因型GG和GA高(均 P<0.05)。 结论:ALDH2基因多态性与老年患者T2DM的发生有关;等位基因A携带者发生冠脉狭窄的风险更高,病情更重。
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编辑人员丨6天前
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高迁移率蛋白A2基因多态性与青春期前特发性矮小患儿及重组人生长激素疗效的相关性研究
编辑人员丨6天前
目的:探讨河南省汉族人群中高迁移率蛋白A2( HMGA2)基因的单核苷酸多态性(SNP)与青春期前特发性矮小(ISS)患儿及重组人生长激素(rhGH)疗效之间的关系,为个体化治疗提供理论依据。 方法:选取2017年7月至2019年9月在郑州大学第三附属医院儿童内分泌诊疗中心诊断并经rhGH规范干预治疗至少1年的青春期前ISS患儿120例(ISS组),另选取同期体检的120例身高在正常范围的同年龄、同性别健康儿童作为对照。收集其外周血,利用分子生物学技术测定SNP位点rs1042725和rs7968682的多态性分布,分析不同基因型ISS组患儿治疗前后及对照组儿童年生长速率、身高标准差积分(HtSDS)、胰岛素样生长因子-1(IGF-1)的变化。结果:1.ISS组及对照组儿童 HMGA2基因rs1042725位点携带CC和CT等位基因的儿童治疗前生长速率均高于TT等位基因组[(4.33±0.64) cm/年,(3.95±0.45) cm/年;(6.35±0.41) cm/年,(6.12±0.32) cm/年比(3.76±0.52) cm/年,(5.96±0.42) cm/年],差异均具有统计学意义(均 P<0.05)。2.ISS患儿 HMGA2基因rs7968682位点GT基因型治疗后年龄及骨龄HtSDS增长值均高于TT基因型[(0.74±0.30) cm/年比(0.63±0.24) cm/年,(0.16±0.05) cm/年比(0.14±0.05) cm/年],差异均具有统计学意义(均 P<0.05)。 结论:河南省汉族人群 HMGA2基因SNP位点(rs1042725)的多态性与ISS的程度可能具有相关性,而SNP位点(rs7968682)的多态性与rhGH的疗效可能有关。
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编辑人员丨6天前
