目的 探讨微小RNA(miR)-223对代谢相关性脂肪性肝炎(MASH)细胞模型中胆固醇(TC)代谢的作用,并进一步探讨miR-223对MASH的影响.方法 采用棕榈酸(PA)刺激LO2细胞构建MASH细胞模型,检测细胞内TC水平;转染miR-223后,检测细胞内TC水平.采用Western Blot检测TC代谢相关基因(HMGCS1、SR-BI和ABCA1)蛋白的相对表达水平;采用HE染色和油红O染色观察肝组织病理变化和脂质沉积情况;采用免疫组化检测F4/80观察巨噬细胞浸润情况.结果 200 μM及400 μM PA刺激LO2细胞36 h的TC表达水平均高于同一浓度下刺激12 h和24 h,400 μM PA刺激LO2细胞36 h的TC表达水平明显高于200 μM PA刺激36h;400 μM PA刺激LO2细胞36 h的miR-223表达水平明显高于miR-NC和200 μM PA刺激36 h(P＜0.05).Western Blot检测结果显示,400 μM PA作用LO2细胞后,SR-BI和HMGCS1基因蛋白的相对表达水平均升高,ABCA1基因蛋白的相对表达水平均降低;转染miR-223后,SR-BI和HMGCS1基因蛋白的相对表达水平均降低,ABCA1基因蛋白的相对表达水平升高(P＜0.05).免疫组化结果显示,miR-223减轻高脂饮食诱导的MASH小鼠模型中的肝脏炎症及脂肪沉积.结论 miR-223通过直接或间接调控TC生物合成、摄取及排出的关键基因HMGCS1、SR-BI和ABCA1调节MASH细胞模型中TC的平衡,并进一步减轻高脂饮食诱导的MASH.

目的:运用生物信息学方法探究幽门螺杆菌(Hp)感染与玫瑰痤疮的共同信号通路以及筛选Hub基因。方法:通过GEO数据库获取Hp感染(GSE70394)和玫瑰痤疮(GSE65914)相关的基因表达数据集，使用R语言limma包以及Venn图筛选出两者共表达差异基因，运用Metascape数据库对差异基因进行基因本体论(GO)富集分析，并使用R语言clusterProfiler包分别对上调和下调基因进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。随后使用STRING以及Cytoscape软件构建蛋白互作(PPI)网络，应用其内部插件MCODE和Cytohubba筛选关键功能模块和Hub基因，将Hub基因导入GeneMANIA在线分析工具，构建Hub基因共表达网络，并再次对Hub基因进行GO以及KEGG富集分析。结果:GSE70394数据集包含3个未感染Hp的人胃腺癌细胞(AGS)组织和3个感染Hp 24 h后的AGS细胞组织的基因芯片数据；GSE65914数据集包含了19例玫瑰痤疮患者皮肤组织和10名健康志愿者皮肤组织的基因芯片数据。经过比较分析最终获得139个共表达差异基因，包含93个上调基因和46个下调基因。GO富集分析显示共表达差异基因主要集中于平滑肌细胞调节、血管发育以及脂质代谢过程。KEGG富集分析显示共表达差异基因主要涉及脂质和动脉粥样硬化、炎症反应和免疫相关通路，如PPAR信号通路、细胞因子-细胞因子受体相互作用、Th17细胞分化、IL-17信号通路和NF-κB信号通路。使用Cytohubba插件共识别出16个Hub基因，包括SPRR1B、GCLM、KRT16、GPX2、S100A2、SOD2、MMP1、MSMO1、HMOX1、GLRX、IL-1β、CXCL1、PPARγ、HMGCS1、SRXN1、SPRR3。结论:Hp感染与玫瑰痤疮存在一定的相关性，Hp可能通过介导炎症免疫反应以及调节脂质代谢过程来参与玫瑰痤疮疾病的发生发展，筛选出的Hub基因与相关信号通路可为后续的关联性分析提供一定的理论参考。

目的:探讨3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A合成酶2缺乏症(HMGCS2D)患儿的临床特征和基因变异。方法:总结中山大学附属第六医院儿科确诊的1例HMGCS2D患儿临床表现、实验室检查及基因检测等临床资料，并以"3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A合成酶2缺乏症"、"低酮性低血糖"、"HMGCS2D"、" HMGCS2基因"为关键词，对中国知网、万方数据知识服务平台及PubMed 1970年1月至2020年1月收录的论文进行检索。总结HMGCS2D患儿的临床表现和基因特点。 结果:患儿，女，7个月，因"反复呕吐10h，反应差6h"入院。患儿表现为呕吐、昏睡、肝肿大、低血糖、重度代谢性酸中毒，尿有机酸分析发现多种二元羧酸、4-羟基-6-甲基-2-吡喃酮(4-hydroxy-6-methyl-2-pyrone，4HMP)升高。基因检测发现该受检者 HMGCS2基因存在两个杂合突变，c.758T>T(p.V253A)和c.1175C>T(p.S392L)，分别遗传自患儿的父亲和母亲，其均为杂合状态。检索到相关文献14篇(26例)，加上本文1例共27例患儿。主要表现为长期饥饿或感染诱发的低血糖、昏迷，实验室检查提示低酮、尿中二元羧酸升高，均检测到 HMGCS2基因突变，从而确诊。 结论:HMGCS2D是一种遗传性代谢紊乱，由 HMGCS2基因突变导致，临床表现特异性不高，患儿尿液中升高的4HMP可能为该病的特异性标志物，目前诊断依赖于基因检测，饮食控制(避免饥饿、碳水化合物的补充)可减少代谢危象的发生。

目的:探讨维A酸衍生物ECPIRM对人皮肤T细胞淋巴瘤HH细胞的增殖抑制作用及潜在机制。方法:以0（对照组）、5、10、20 μmol/L ECPIRM处理HH细胞72 h，采用CCK8法检测ECPIRM对HH细胞增殖活力的影响，采用流式细胞仪检测ECPIRM对HH细胞凋亡的影响。以10 μmol/L ECPIRM处理HH细胞72 h，采用转录组学测序分析ECPIRM对HH细胞基因表达的调控作用，结合KEGG通路分析和GO功能富集分析比较ECPIRM诱导的差异表达的相关基因。采用反转录qPCR验证相关通路中关键基因的表达变化。组间差异采用单因素方差分析，采用LSD- t检验进行两两比较。 结果:CCK8结果显示，ECPIRM对HH细胞IC50为（4.91 ± 2.48）μmol/L，对照组与5、10、20 μmol/L ECPIRM组HH细胞活力分别为100.00% ± 2.87%、49.58% ± 4.53%、48.36% ± 2.88%、31.44% ± 2.46%，4组细胞活力差异有统计学意义（ F=162.86， P < 0.001），5、10、20 μmol/L组细胞活力均低于对照组（ t值分别为15.36、15.73和20.89，均 P < 0.001）。流式细胞仪检测结果显示，4组细胞凋亡率差异有统计学意义（11.51% ± 1.84%、23.83% ± 5.72%、36.19% ± 8.33%、49.75% ± 4.10%， F=17.62， P < 0.001），10、20 μmol/L组细胞凋亡率均高于对照组（ t值分别为4.46、6.92，均 P < 0.01）。转录组学分析发现，ECPIRM诱导的增殖抑制作用可能与类固醇的代谢调控有关。反转录qPCR验证发现，10 μmol/L ECPIRM组L-氨基酸氧化酶（IL4I1）、乙酰辅酶A乙酰转移酶2（ACAT2）、3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A合酶1（HMGCS1）、甲羟戊酸二磷酸脱羧酶（MVD）、3-β-羟基类固醇-8，7-异构酶（EBP）、极低密度脂蛋白受体（VLDLR）、3-羟基3-甲基戊二酰辅酶A还原酶（HMGCR）mRNA相对表达与对照组比较明显受到抑制（均 P < 0.05）。 结论:维A酸衍生物ECPIRM对HH细胞可发挥显著的抗增殖及凋亡诱导作用，其机制可能与类固醇代谢关键基因的表达抑制有关。

目的:总结HMGCS2基因突变导致3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A合成酶2缺乏症（mHS缺乏症）患儿的临床表型及遗传学特点。方法:2020年4月10日重庆大学附属三峡医院收治mHS缺乏症患儿1例，患儿因咳嗽、气促及深昏迷入院，入院后完善血尿气相色谱分析，对患儿行全外显子组高通量测序，并对突变基因的家系分布进行验证，诊断为mHS缺乏症。以“3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A合成酶2缺乏症”“HMGCS2”“mHS缺乏症”为检索词，分别在万方数据知识服务平台、中国期刊全文数据库、PubMed以及HGMD数据库检索截至2020年6月的相关文献，共检索到43例mHS缺乏症。总结HMGCS2基因突变患儿的临床表型和基因型。结果:截至2020年6月，加上该例患儿，共有44例mHS缺乏症患儿，其中男性15例，女性11例，未知性别18例；年龄范围：0～24个月龄29例，> 24个月龄4例，未发病6例，未知发病年龄5例；大多数患儿以发热、咳嗽、急性胃肠炎、昏迷等为首发症状，其中低血糖27例、代谢性酸中毒21例、肝肿大15例、FFA/D-3-HB升高16例、尿液4-羟基-6-甲基-2-吡喃酮（4HMP）（+）10例。该例患儿有肝大、丙氨酸氨基转移酶升高、代谢性酸中毒；尿气相色谱检测到多种代谢产物升高，血串联质谱检测C40升高，多种长链肉碱升高。全外显子组高通量测序显示HMGCS2基因有2个杂合突变，（NM_0055）c．559+1G > A；c．758 T > C杂合突变。使用Sanger测序进行验证及父母来源分析，发现突变分别来源于父母亲。该例患儿2个基因突变均属新发突变，在国内外均未见报道。根据ACMG序列变异解读标准与指南判定该变异为致病变异。结论:当患儿有低酮症性低血糖和（或）代谢性酸中毒，FFA/D-3-HB和乙酰肉碱水平升高时，应考虑mHS缺乏症。HMGCS2基因检查可协助诊断。

报道1例基因诊断明确的线粒体3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A合成酶缺乏症(HMGCSD)，并对国内外已报道病例进行文献复习。先证者，女，7个月16 d，因"发热4 d，喘息3 h，呼吸困难、呻吟2 h"急诊入院，主要表现为脑病、肝大、肝损害、低酮性低血糖、高脂血症，于住院第3天死于呼吸循环衰竭。全外显子组测序示HMGCS2复合杂合变异：c.1061＋1G>C与c.476G>T，结合患儿临床特点，可基因诊断HMGCSD。文献检索共收集HMGCSD相关文献13篇，共26例患儿，发病年龄3个月～6岁，发病诱因主要为能量摄入不足，主要表现为低酮性低血糖、肝大、肝损害等，尿4-羟基-6-甲基-2-吡喃酮增高可能有强烈提示意义，3例死亡。26例患儿共报道HMGCS2突变32种，主要突变类型为错义突变。本研究为国内确诊第2例 HMGCSD，发现2个HMGCS2新变异，扩展了HMGCS2临床表型及突变谱。

目的 采用生物信息学方法探究心脏衰老的关键基因.方法 从基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中选择基因表达谱 GSE8146.通过 R软件进行相关分析,筛选出年轻小鼠与老年小鼠心脏中差异表达基因,利用 DAVID 6.8 在线分析工具对差异表达基因进行基因本体(Gene Ontology,GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Ency-clopedia of Genes and Genomes,KEGG)信号通路富集分析.基于 STRING 在线数据库进行蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)网络分析获得关键基因.结果 共筛选出 55 个差异表达基因,其中上调基因 22 个,下调基因 33 个.差异表达基因显著富集于脂质代谢、脂肪酸代谢等过程,参与了过氧化物酶体增殖物激活受体(peroxisome proliferators-activated receptor,PPAR)、腺苷酸活化蛋白激酶(adenosine5'-monophosphate-activated protein kinase,AMPK)信号通路等通路功能.筛选出 Fasn、Pck1、Adipoq、Cpt1a、Pdk4、Pnpla2、Slc27a1、Hmgcs2、Cidec、Ucp3 等关键基因.结论 心脏衰老可能与细胞能量代谢障碍相关,Fasn、Pck1、Adipoq、Cpt1a、Pdk4、Pnpla2、Slc27a1、Hmgcs2、Ucp3 等关键基因及PPAR、AMPK信号通路等可能在心脏衰老的发生、发展中发挥重要作用.

背景:增生性瘢痕是以成纤维细胞过度增殖、表皮增厚和角质层功能不良为特征的皮肤纤维化疾病,目前其具体发病机制仍不清楚.目的:基于生物信息学筛选增生性瘢痕相关数据集的核心(Hub)基因及重要信号通路,再用细胞实验加以验证,预测对其可能有治疗作用的小分子药物.方法:从基因表达综合数据库搜索增生性瘢痕相关的数据集,通过R软件筛选差异表达基因,对差异表达基因进行基因本体论和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Gnomes,KEGG)富集分析,使用String在线平台构建差异表达基因的蛋白质相互作用网络,然后分别利用Cytoscape软件中的Cytohubba和MCODE插件筛选出蛋白质相互作用网络中的关键基因和核心模块,进一步将上述关键基因和构成核心模块的基因求交集得到Hub基因,通过荧光定量PCR验证Hub基因mRNA在人增生性瘢痕与正常皮肤表皮干细胞中的表达差异,并利用人类蛋白图谱中组织学数据验证Hub基因编码蛋白在2种组织中表达量和分布的差异,最后用connectivity map数据库预测针对增生性瘢痕的潜在作用药物.结果与结论:①筛选出的差异表达基因中上调基因102个、下调基因702个,基因本体论和KEGG分析结果显示,富集的信号通路及生物学过程主要涉及紧密连接、花生四烯酸代谢、细胞外基质受体交互、表皮发育和角质化等;②取交集得到8个Hub基因与调控胆固醇代谢的甲羟戊酸途径密切相关,分别是HMGCS1、DHCR7、MSMO1、FDPS、MVK、HMGCR、MVD和ACAT2;③荧光定量PCR结果显示,相比正常皮肤组,增生性瘢痕组HMGCS1、DHCR7、MSMO1、FDPS、HMGCR、MVD和ACAT2 mRNA的表达均显著下降(P＜0.05),而MVK mRNA的表达无明显变化(P＞0.05);④除MVK外,其余Hub基因编码蛋白在正常皮肤组织中表达水平均高于增生性瘢痕组织(P＜0.05);⑤评分排列前10的候选药物包括蛋白激酶A抑制剂(H-89)、丝氨酸蛋白酶抑制剂(Dabigatran-Etexilate)、FLT3抑制剂(舒尼替尼)等,其中白藜芦醇和β-谷甾醇均为植物来源;⑥提示与甲羟戊酸代谢途径密切相关的Hub基因可能通过调控脂质代谢影响表皮结构与功能,这可能是增生性瘢痕的重要发病机制之一,此次研究筛选的小分子化合物可作为治疗增生性瘢痕的候选药物.

目的 以球药隔重楼Paris fargesii根茎、茎和叶为材料,探究螺甾烷型重楼皂苷的生物合成基因.方法 采用HPLC分析6个螺甾烷型重楼皂苷含量,进一步利用Illumina HiSeq X Ten平台进行转录组测序,结合定量和转录组数据进行生信分析.结果 6个螺甾烷型重楼皂苷在球药隔重楼根茎、茎和叶中的含量具有显著差异.Illumina转录组测序共获得61 755条非冗余unigenes,其中30 263条(49.0％)被成功注释.催化生成薯蓣皂苷元的31个关键基因均被成功鉴定,且基因表达模式与皂苷的积累水平总体一致,其中IDI、8,7SI-4、CYP90G4、SMO2-2、C5-SD1、CYP51G、C14-R-2、HMGCR、CPI-5、CYP94D108、CAS、HMGCS、SMO1-3、SSR1-3、SQS、ispH和DXR等基因与重楼皂苷的积累呈显著正相关.共获得了 61条尿苷二磷酸糖基转移酶(UGT)基因,其中30条潜在参与重楼皂苷的糖基化修饰.结论 球药隔重楼根茎、茎和叶中皂苷合成基因表达模式与皂苷积累规律存在一致性,鉴定的基因可指导该类活性产物的生物合成途径解析.

目的:通过生物信息学数据分析探讨肝细胞癌(HCC)组织中miR-1180的表达及其临床意义.方法:下载GEO(Gene Expression Omnibus)和TCGA(The Cancer Genome Atlas)相关数据集,比较HCC组织和癌旁组织中miR-1180表达量,并分析miR-1180表达量与肝癌患者临床病理特征及预后之间的相关性.利用生物信息学方法对miR-1180的靶基因进行预测及功能富集分析,并结合预后分析结果筛选miR-1180关键靶基因.结果:miR-1180在HCC组织中较癌旁组织高表达,且对于HCC具有良好的诊断效能(AUC>0.8,均P<0.05);miR-1180的表达量与患者年龄、肿瘤家族史、肿瘤分化程度以及AFP等指标明显有关(均P<0.05).生存分析表明HCC组织中miR-1180高表达是影响HCC患者预后的独立危险因素(P<0.05).富集分析提示miR-1180的靶基因主要富集于脂质代谢、细胞迁移、转录调控等功能和脂肪酸降解等通路.PPARGC1A、ALDH2、SARDH、HMGCS2、ESR1、ETS2等为miR-1180关键靶基因,在HCC组织中均表达下调(均P<0.05),且相对低表达者预后较差(均P<0.05).结论:miR-1180在HCC组织中表达升高,其可能作为一种促癌miRNA参与HCC的发生、发展,并具有成为HCC诊断标志物、预后指标及治疗靶点的潜在应用价值.