为探讨粗叶悬钩子(Rubus alceifolius)叶绿体基因组特征及其与同科属植物叶绿体基因组的系统发育关系,本研究采用Illumina HiSeq 4000平台对粗叶悬钩子叶绿体基因组进行了测序、组装和注释,并对其序列特征、密码子偏好性、重复序列、简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)和系统发育进行分析.结果表明,粗叶悬钩子叶绿体基因组总长度为156 266 bp,呈典型的四分体结构,包括大单拷贝区85 874 bp、小单拷贝区18 850 bp和反向互补重复区25 771 bp;共含有基因128个,其中蛋白质编码基因86个,tRNA基因34个,rRNA基因8个.密码子偏好性分析表明,亮氨酸(Leu)的密码子数量最多(5 189个),而半胱氨酸(Cys)的密码子数量最少(590个).从粗叶悬钩子叶绿体基因组中共检测出39个长重复序列及52个SSR位点.系统发育分析表明,粗叶悬钩子与七裂叶悬钩子(Rubus reflexus var.lanceolobus)、越南悬钩子(Rubus co-chinchinensis)、棕红悬钩子(Rubus rufus)聚为一支,亲缘关系最密切.本研究为蔷薇科(Rosaceae)悬钩子属(Rubus)植物的分子标记、物种鉴定、亲属关系解析和遗传多样性分析等研究提供科学依据.

目的:食品与环境中49株豚鼠气单胞菌菌种鉴定、毒力与耐药性检测。方法:VITEK、API 20NE生化鉴定， gyrB、 rpoD系统发育分析；PCR检测 act、 alt、 ast、 lip、 ahp、 aerA、 hlyA、 ompA1、 fla基因；AST-GN16药敏试验。 结果:生化鉴定为豚鼠/嗜水气单胞菌株54株，经系统发育分析豚鼠气单胞菌49株，嗜水气单胞菌4株，中国台湾省气单胞菌1株。毒力基因 alt、 lip、 ompA1、 fla、 act、 aerA、 hlyA检出率依次为100.00%、100.00%、79.59%、14.29%、2.04%、2.04%、2.04%，未检出 ast、 ahp；存在4种毒力基因组合，优势组合为 alt/ lip/ ompA1(32/49)。豚鼠气单胞菌氨苄西林、头孢唑林、头孢西丁、阿莫西林/克拉维酸、头孢曲松、复方新诺明、安曲南耐药率依次为79.59%、14.29%、10.20%、6.12%、4.08%、4.08%、2.04%，哌拉西林/他唑巴坦、亚胺培南、阿米卡星、庆大霉素、左氧氟沙星、替加环素、呋喃妥英均敏感；2株多重耐药菌株。 结论:gyrB、 rpoD可有效鉴定豚鼠/嗜水气单胞菌， rpoD可区分近亲缘关系豚鼠与中国台湾省气单胞菌；所有豚鼠气单胞菌均携带2种以上毒力基因，1株环境源菌携带7种毒力基因；青霉素类普遍耐药，产生β-内酰胺酶是最主要耐药机制；未发现碳青霉烯类、氨基糖苷类、氟喹诺酮类、四环素类、呋喃类耐药菌株；食品和生活饮用水存在多重耐药菌。

目的:观察青海省青藏高原喜马拉雅旱獭分离的布鲁氏菌的多位点可变数目串联重复序列分析（multiple locus variable-number tandem repeat analysis，MLVA）分型，探讨其与既往青海省布鲁氏菌分离菌株间的亲缘关系。方法:2019年3月至2020年10月，采集青海省青藏高原喜马拉雅旱獭全血样本，对虎红平板凝集试验（rose bengal test，RBT）布鲁氏菌抗体阳性样本进行病原体分离培养，采用传统生物学方法和分子生物学方法（BCSP31-PCR和AMOS-PCR方法）进行菌株鉴定。同时，应用MLVA方法对分离菌株进行基因分型，并结合既往青海省不同宿主分离的70株布鲁氏菌的基因型，应用聚类分析方法探讨菌株间的亲缘关系。结果:共采集青藏高原喜马拉雅旱獭全血样本1 466份，从其中64份RBT阳性样本中分离培养出2株布鲁氏菌，分别命名为QH2013054、QH2013062，经传统生物学和分子生物学方法鉴定为羊种布鲁氏菌生物Ⅲ型。MLVA分型结果显示，QH2013054与QH2013062菌株在Bru16位点有差异，为不同的MLVA基因型。聚类分析结果显示，QH2013054菌株与7株菌株具有相同的MLVA基因型，其中6株来自共和县同一个家庭的3名农民和3只羊，1株来自门源回族自治县农民；QH2013062菌株与4株菌株具有相同的MLVA基因型，其中3株来自门源回族自治县的3名农民，1株来自互助土族自治县农民。结论:从青海省青藏高原喜马拉雅旱獭中分离的布鲁氏菌与在本省人、羊中分离的部分布鲁氏菌具有相同的MLVA基因型，推测宿主人、羊、青藏高原喜马拉雅旱獭可能具有共同的传染源。

　病例1 　女，29岁，G 1P 0，孕19周因血清学筛查提示21三体高风险(1∶17)接受羊膜腔穿刺检查。羊水细胞染色体核型分析结果为46，X，der(Y)(图1A)。因无法明确异常染色体片段的来源与致病性，进一步对胎儿进行染色体微阵列(chromosome microarray，CMA)检，并对男方进行外周血染色体核型分析，结果均未见异常，但男方Y染色体形态与胎儿不一致(图1B)。利用短串联重复序列(short tandem repeat，STR)对父亲和胎儿进行亲缘关系鉴定，确认其为父子关系。上述结果提示胎儿的衍生Y染色体为新发，可能是染色体倒位或平衡易位所致。胎儿超声结构筛查未见异常，孕妇选择继续妊娠，足月顺产一健康男婴。

目的:研究海盐弗朗西斯菌( Francisella salimarina)的系统发育和毒力基因分布情况。 方法:纳入GenBank数据库中的相关基因组数据，对海盐弗朗西斯菌及邻近菌种进行系统发育分析，分析16S rRNA基因、 rpoB基因、 mdh基因等单个基因与核心基因组系统发育的一致性，基于毒力因子数据库和抗生素耐药基因数据库注释并分析毒力基因及耐药基因。以蜃楼弗朗西斯菌( Francisella philomiragia) ATCC 25015 T为参考，采用大蜡螟幼虫感染试验评估海盐弗朗西斯菌的毒力。 结果:海盐弗朗西斯菌在系统发育上与蜃楼弗朗西斯菌亲缘关系最为相近。系统发育树比较发现， mdh基因系统发育树与核心基因组系统发育树高度相似。而单基因系统发育分析显示，基于16S rRNA基因和 mdh基因序列分析均能鉴别海盐弗朗西斯菌及邻近菌种，但 mdh基因具有更强的区分能力。8株海盐弗朗西斯菌共检出多种毒力基因，主要与分泌系统、黏附、免疫调节、运动和应激生存相关。此外，8株菌均检测到β-内酰胺类耐药基因 blaFPH。该菌在大蜡螟幼虫感染试验中表现出较高的致死能力，与蜃楼弗朗西斯菌ATCC 25015 T相近。 结论:海盐弗朗西斯菌是一种致病能力与蜃楼弗朗西斯菌相近的罕见病原体， mdh基因可作为快速鉴定海盐弗朗西斯菌的分子靶标。

目的:对临床分离的致关节感染的两株皮疽诺卡菌（ Nocardia farcinica）进行全基因组测序并分析其耐药性。 方法:2020年1月收集两株导致老年患者膝关节感染的皮疽诺卡菌菌株，采用全基因组测序对细菌进行鉴定，根据CLSI M24推荐的微量肉汤稀释法和E-test法进行药物敏感性分析，通过ABRicate工具比对获得性耐药和毒力基因，Snippy等生物信息学工具进行同源性等基因特征分析。结果:本研究的临床分离株均为皮疽诺卡菌，对头孢曲松、头孢吡肟、头孢噻肟、甲氧苄氨嘧啶/磺胺甲噁唑（TMP/SMX）耐药，对亚胺培南、利奈唑胺和含有酶抑制剂类抗生素阿莫西林/克拉维酸敏感。携带A类β内酰胺酶基因 far-1、RNA聚合酶结合蛋白基因 RbpA、多耐药外排泵转录激活因子基因 MtrA和调节转录因子基因 vanR-O，分别介导对β内酰胺抗生素、利福平、大环内酯类药物和万古霉素的耐药性。不含有获得性TMP/SMX耐药基因，二氢叶酸还原酶家族基因存在多个错义突变，均携带与结核分枝杆菌同源的 icl、 mbtH、 phoP、 relA毒力基因，SNP同源分析表明两株皮疽诺卡菌具有很近的亲缘关系，两株菌仅存在10个SNP位点、6个复合基因和1段基因缺失变异。 结论:全基因测序技术有助于研究诺卡菌的分子特征和耐药机制；皮疽诺卡菌对TMP/SMX耐药现象需要重视，参与二氢叶酸代谢途径的酶基因突变有可能是TMP/SMX耐药的原因之一。

目的:利用纳米孔测序技术对新型重组H3N2禽流感病毒进行测序鉴定并分析病毒的基因特征。方法:对2021年广州市某农贸市场外环境H3N2禽流感阳性样本进行鸡胚培养，联合病毒全基因组序列靶向扩增和纳米孔测序技术进行病毒高通量测序。通过生物信息学软件，分析病毒基因特点。结果:系统发育进化树显示，该毒株各基因片段均属于欧亚进化分支，宿主来源均为禽源。其HA基因与我国H3N6禽流感病毒亲缘关系较近。NA基因与2017-2020年我国H3N2禽流感病毒亲缘关系较近。PB1基因与2016-2022年我国广西壮族自治区、福建省H5N6禽流感病毒亲缘关系较近，与广州市H5N6禽流感流行株PB1基因亲缘关系较远。其余内部基因片段来源复杂，具有明显的遗传多样性。分子特征显示，该毒株具有典型的低致病性禽流感病毒分子特征，倾向结合禽源受体。生物特性相关重要蛋白位点上，该毒株发生PB2-L89V、PB1-L473V、NP-A184K、M1-N30D/T215A、NS1-P42S/N205S等致病性增强突变。结论:本研究通过纳米孔测序鉴定一株新型重组H3N2禽流感病毒，分析发现该病毒与H5N6禽流感病毒发生了基因重组。目前该病毒跨种传播能力较低，但有必要密切关注H3亚型禽流感病毒的流行和变异。

目的:分析泉州2018—2019年人呼吸道合胞病毒（HRSV）流行情况和基因特征。方法:样本来自2018年11月至2019年5月福建省泉州市儿童医院送检的下呼吸道感染患儿咽拭子样本，共141份。采用RT-PCR法进行HRSVG基因3′末端靶基因扩增，使用sequencher 5.0以及MEGA5.05软件进行序列编辑、进化树构建和基因特征分析。结果:HRSV阳性样本25份，17份样本成功获得靶基因序列，其中HRSVA 13份，HRSVB 4份；共鉴定出两个基因型：ON1基因型（13份，HRSVA）和BA9基因型（4份，HRSVB）。5条ON1基因型靶基因序列与2012—2015年北京、长春和浙江流行的ON1基因型序列汇聚为一簇（Cluster1）；1条（FJ19-02）与2012—2015年我国多个地区流行的ON1基因型序列汇聚为一簇（Cluster2）；其余7条为独立的一簇（Cluster-FJ）。HRSVB亚型中FJ18-02、FJ19-14、FJ19-15与2015年在吉林长春流行的BA9基因型序列汇聚在一起；FJ19-13则与2013年在广州和浙江两地流行的BA9基因型序列具有较近的亲缘性。ON1基因型和BA9基因型均在重复插入的72和60个碱基片段区出现了核苷酸和氨基酸变异。Cluster-FJ分支靶基因序列出现了特征性氨基酸突变（H266L）；FJ19-13出现了H261Q和Q265L的独立突变。结论:2018—2019年福建泉州流行的HRSV基因型为BA9和ON1，Cluster-FJ为新发现的独立传播链，有可能在泉州建立了本土循环流行。

目的:调查海南黎族21个非DNA联合索引系统(combined DNA index system, CODIS)基因座的遗传多态性，探讨其在法医亲子鉴定、个体识别及群体遗传学研究中的意义。方法:采用荧光标记复合扩增和毛细管电泳技术，对339名海南黎族无关个体的21个非CODIS基因座进行基因分型，并计算遗传学参数。结果:21个非CODIS基因座在339例海南黎族无关个体中共检出173个等位基因，489种基因型，基因频率在0.0010～0.5434之间，基因型频率在0.0020～0.3274之间，杂合度分布在0.639～0.833之间，个人识别能力为0.803～0.948，三联体非父排除率为0.416～0.584，二联体非父排除率为0.140～0.238，多态信息含量为0.57～0.81，累积个人识别能力大于0.999 999 999 999 99，三联体累积非父排除率为0.999 999 883 211 752，二联体累积非父排除率为0.987 266。结论:D6S474的21个短串联重复序列基因座在海南黎族群体中具有良好的遗传多态性，在个体识别及亲子鉴定中是一个高效的检测系统，可作为补充基因座用于单亲、疑难、亲缘鉴定和突变亲子鉴定案件中。

目的:探讨1例超声提示双侧侧脑室增宽胎儿的遗传学病因。方法:采集胎儿的脐带血样及其父母的外周血样，对胎儿进行染色体核型分析，对胎儿及其父母应用微阵列比较基因组杂交(aCGH)技术进行拷贝数变异(CNV)分析，用qPCR技术验证候选致病CNV，用Goldeneye DNA身份鉴定系统确认生物学关系。结果:胎儿的染色体核型未见异常。aCGH分析结果提示其17p13.3区存在1.16 Mb的杂合缺失(1615572_2777617)×1，部分覆盖Miller-Dieker综合征(MDS)核心区域，同时17p12区域还存在1.33 Mb的杂合缺失(14111772_15442066)×1，该缺失可导致遗传性压力易感性周围神经病(HNPP)。孕妇外周血17p12区存在1.33 Mb杂合缺失(14111772_15442066)×1。胎儿父亲外周血检测未见异常。qPCR分析结果提示胎儿脐带血17p13.3和17p12区域以及孕妇外周血17p12区域基因表达量约为正常对照的1/2。亲缘关系鉴定结果显示胎儿父母确为其生物学父母，胎儿父母选择继续妊娠。结论:胎儿确诊为新发变异MDS，脑室增宽可能是MDS胎儿产前超声的一个重要指标。