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USP24及其共表达肿瘤代谢基因在肝细胞癌中的诊断和预后预测作用
编辑人员丨3天前
目的:探讨去泛素化酶USP24及其共表达肿瘤代谢基因在肝细胞癌临床诊断和预后预测中的作用。方法:使用TCGA-LIHC队列研究USP24在肝细胞癌中的表达情况。采用生存分析评估USP24在肝细胞癌预后中的作用。采用GSEA软件预测USP24可能调控的肿瘤代谢途径,并通过共表达分析对肿瘤代谢通路主要贡献基因进行筛选。使用差异表达分析和单因素COX分析寻找与USP24相关的肿瘤代谢预后基因,并使用LASSO-COX算法构建预后模型。采用BP神经网络、支持向量机、随机森林和XGBoost算法构建肝细胞癌诊断模型。使用R4.2.2软件进行统计学分析,两组之间的比较使用Wilcoxon检验;生存分析采用Kaplan-Meier法。P<0.05为差异有统计学意义。结果:USP24在肝细胞癌中显著高表达,且USP24高表达组的患者生存率较低。GSEA分析显示USP24与11种肿瘤代谢途径相关。共表达分析、差异表达分析和单因素COX分析筛选出19个USP24相关肿瘤代谢预后基因,LASSO-COX算法选择8个基因用于构建预后模型。生存分析结果提示高风险组的预后较低风险组更差。训练组1年、2年、3年ROC曲线的AUC分别为0.793、0.706、0.696;验证组1年、2年、3年ROC曲线的AUC分别为0.701、0.684、0.728。肝细胞癌诊断模型中XGBoost模型具有较好的诊断能力,验证组ROC曲线的AUC为0.809。结论:USP24与肝细胞癌预后相关,可能是通过肿瘤细胞代谢调控肝细胞癌的进展。基于8个肿瘤代谢基因构建的诊断模型和预后模型可能分别有效诊断肝细胞癌以及预测患者的预后。
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编辑人员丨3天前
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紫草素调控乳酸化修饰和线粒体功能改善脓毒症心肌病小鼠的预后
编辑人员丨3天前
目的:本研究旨在探讨乳酸化修饰在脓毒症心肌病中的作用,并深入研究调控乳酸化修饰对脓毒症心肌病心功能及预后的影响。方法:将80只C57BL/6小鼠分为等渗NaCl溶液对照组(Ctrl组)、紫草素对照组(Shik组)、模型组[脂多糖(LPS)组]、LPS +紫草素组(LPS + Shik组)和LPS +紫草素+乳酸组(LPS + Shik + Lac组),每组各16只。LPS组、LPS + Shik组、LPS + Shik + Lac组通过腹腔内注射LPS(5 mg/kg)制备脓毒症心肌病小鼠模型;Ctrl组和Shik组小鼠根据体质量分别注射等渗NaCl溶液(5 mg/kg)和紫草素(8 mg/kg)。LPS + Shik组于LPS处理前1 h腹腔注射紫草素(8 mg/kg);LPS + Shik + Lac组于LPS处理前1 h腹腔注射紫草素(8 mg/kg),并在LPS腹腔给药后6 h给予乳酸(pH 6.8,0.5 g/kg)。LPS注射后16 h,每组5只小鼠用于检测心功能,收取心脏组织进行乳酸化修饰蛋白的免疫印迹分析,检测各组小鼠烟酰胺腺嘌呤二核苷酸氧化态(NAD+)及其还原态(NADH)和三磷酸腺苷(ATP)水平。每组另外11只在LPS给药后7 d内密切观察并记录小鼠死亡情况。此外,将6只C57BL/6小鼠分为Ctrl组和LPS组,每组各3只。在LPS注射后16 h,采集两组小鼠心脏样本分析心肌乳酸化修饰蛋白及位点。结果:5组小鼠赖氨酸乳酸化(Kla)、左心室射血分数(LVEF)、短轴缩短率(FS)、NAD+、NAD+/NADH及ATP比较,差异均有统计学意义(F = 58.745、10.560、12.372、21.347、16.407、32.163,P均< 0.001)。与LPS组比较,LPS + Shik组Kla水平显著降低,LVEF、FS、NAD+、NAD+/NADH及ATP显著升高;与LPS + Shik组比较,LPS + Shik + Lac组Kla水平显著升高,LVEF、FS、NAD+、NAD+/NADH及ATP则显著降低(P均< 0.05)。LPS给药后7 d,5组小鼠分别死亡0、0、9、3、10只。LPS组、LPS + Shik组和LPS + Shik + Lac组小鼠死亡情况比较,差异具有统计学意义(χ2 = 11.717,P = 0.003)。且LPS + Shik组小鼠的7 d死亡情况显著低于LPS组,LPS + Shik + Lac组小鼠的7 d死亡情况则显著高于LPS + Shik组(P均< 0.017)。与对照组相比,模型组小鼠心脏组织中分别有105个差异乳酸化蛋白(DLPs)和191个修饰位点上调,10个DLPs和10个修饰位点下调,其中68.70%的DLPs定位在线粒体中且主要涉及代谢。结论:乳酸化修饰在脓毒症心肌病中发挥重要作用,机制可能与线粒体能量代谢功能紊乱有关,乳酸化修饰可能是脓毒症心肌病治疗的潜在靶点。
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编辑人员丨3天前
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构建靶向HLA-A2且表达PD-L1的CAR-Treg细胞及验证其对CD4+T细胞抑制作用
编辑人员丨3天前
目的:构建靶向HLA-A2且表达PDL1的嵌合抗原受体修饰的调节性T细胞(CAR-Treg),探讨CAR-Treg对CD4+ T细胞的抑制作用。方法:设计并合成CAR基因,通过慢病毒载体质粒构建靶向HLA-A2且表达PDL1的CAR-Treg核心质粒,通过BamHI/EcoRI双酶切鉴定,应用流式细胞仪检测转染CAR质粒后T细胞的CAR表达情况;通过抑制HLA-A2+/-乳腺癌细胞的增殖实验,证实CAR能够成功靶向HLA-A2靶点;后续通过流式细胞仪检测Foxp3、PDL1、CD25、ICOS、CTLA4等与Treg细胞功能相关的标志,并联合细胞代谢分析及体外抑制CD4+ T细胞增殖实验,验证CAR-Treg抑制CD4+ T细胞的能力。结果:双酶切鉴定结果显示,靶向HLA-A2的CAR质粒构建成功,流式细胞仪检测CAR-T/CAR-Treg细胞均证实细胞表面有HLA-A2 CAR稳定表达。HLA-A2 CAR-T细胞与MCF-7(HLA-A2+)乳腺癌细胞共同培养,证实表达HLA-A2的CAR-T细胞能够成功识别HLA-A2靶点。流式细胞检测显示CAR-Treg明显表达Foxp3和PDL1,细胞增殖数量及传代数明显增加。细胞代谢分析显示,CAR-Treg表现出比普通Treg细胞更高的基础细胞耗氧率,CAR-Treg更依赖于脂肪酸氧化代谢。细胞增殖抑制实验显示,CAR-Treg能在体外高效地抑制CD4+ T细胞增殖。结论:成功构建靶向HLA-A2且表达PDL1的CAR-Treg,能在体外高效抑制CD4+ T细胞增殖,为后续的动物体内实验提供了实验基础。
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编辑人员丨3天前
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袖状胃切除术对肥胖伴2型糖尿病大鼠的作用及机制研究
编辑人员丨3天前
目的:研究袖状胃切除术(SG)对肥胖伴2型糖尿病(T2DM)大鼠的作用及可能机制。方法:选取60只大鼠随机均分为正常对照组(A组,n=15只)、单纯肥胖组(B组, n=15只)、肥胖伴2型糖尿病组(C组, n=15只)及袖状胃切除术组(D组, n=15只),分别进行相应造模及干预8周。采用SPSS 22.0统计学软件进行数据分析。大鼠空腹血糖(FBG)、胰岛素抵抗指数(HOMA-IR)、葡萄糖耐量试验(OGTT)曲线下面积(AUC)、脂代谢指标[总胆固醇(TC)、三酰甘油(TG)]、炎症指标[C反应蛋白(CRP)、白细胞介素6(IL-6)]、血清淀粉酶(AMY)水平及胰腺组织中葡萄糖调节蛋白78(GRP78)和半胱氨酸蛋白水解酶-12(Caspase-12)蛋白表达等实验数据均采用()表示,多组间比较采用One-Way ANOVA分析,LSD检验行组间两两比较。P<0.05为差异有统计学意义。结果:仅D组术后3只大鼠死亡,其余均建模成功。术前,B、C、D组大鼠体重较A组明显升高(P<0.05),C、D组FBG水平及OGTTAUC值明显高于A、B组(P<0.05);术后2~8周,B组大鼠体重高于A组(P<0.05),D组体重及FBG水平低于C组(P<0.05);术后8周时,D组大鼠OGTT AUC值及HOME-IR指数明显低于C组(P<0.05)。D组TG水平及CRP、IL -6、AMY水平明显低于C组(均P<0.05)。相比A组,B、C组大鼠胰岛细胞形态不规则且排列紊乱,细胞边界模糊不清,胰岛间质中有空泡出现,可见炎症浸润就脂质沉积出现,C组病理改变较B组加重;D组大鼠上述病理改变较C组减轻。D组大鼠GRP78、Caspase-12蛋白表达明显低于C组(P<0.05)。结论:SG手术能够降低肥胖伴T2DM模型大鼠的体重及血糖水平,改善糖脂代谢,降低胰岛素抵抗,减轻胰腺损伤,可能与抑制GRP78/Caspase-12通路活化相关。
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编辑人员丨3天前
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循环外泌体相关生物标志物在结直肠癌诊断中的研究进展
编辑人员丨3天前
结直肠癌是全球第三大常见的恶性肿瘤,早期诊断能够显著改善患者的预后和生存质量,但现有筛查诊断方法仍存在局限性,急需寻找新的替代方法。外泌体作为细胞间通讯的关键介质和信息载体,在肿瘤发生和发展中具有重要作用,可作为诊断生物标志物的潜在来源。近年来,循环外泌体相关生物标志物被广泛研究,这种非侵入性检测方法通过分析外周循环中肿瘤细胞来源的外泌体相关内容物,如核酸、蛋白质、脂质和代谢物等,来反映原发肿瘤的全面信息,简便、精准、实时检测肿瘤进展,有望应用于临床,为结直肠癌的早期筛查和精确诊断提供新的思路。
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编辑人员丨3天前
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基于高通量测序分析miRNA在左心室心肌肥厚中的表达及意义
编辑人员丨3天前
目的 探讨基于高通量测序的表达差异microRNA(miRNA)在左心室心肌肥厚(left ventricular hypertrophy,LVH)患者中的表达水平及临床意义,并揭示可能的调控作用机制.方法 分别在 4 例 LVH患者和 4 例健康志愿者血浆样本中进行miRNA测序,并在 25 例健康志愿者和 35 例LVH患者血浆样本中进行实时荧光定量PCR(qRT-PCR)验证.通过预测差异性miRNA的靶基因、基因本体富集分析、京都基因与基因组百科全书信号通路分析、构建蛋白质-蛋白质相互作用网络等生物信息学分别进行分析,并通过ROC曲线下面积(AUCROC)评估miRNA对LVH的诊断价值.结果 共鉴定出 945 个差异表达的miRNA,其中 1 个显著上调,9 个显著下调.经 qRT-PCR 验证,hsa-miR-942-5p 和 hsa-miR-184 的表达水平显著下调;hsa-miR-942-5p的AUCROC为0.694 6,hsa-miR-184 的AUCROC为0.880 4.生物信息学分析显示,靶基因主要富集在细胞衰老、鞘脂代谢、TGF-β信号通路、p53、糖尿病代谢相关通路.结论 LVH患者血浆样本中hsa-miR-942-5p和hsa-miR-184 的表达水平显著降低,提示其具有良好的诊断潜力.
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编辑人员丨3天前
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基于网络药理学和分子对接技术探讨车前子治疗高尿酸血症的作用机制
编辑人员丨3天前
目的:基于网络药理学和分子对接技术探讨车前子治疗高尿酸血症(hyperuricemia,HU A)的作用机制,以期为车前子治疗高尿酸血症的研究提供思路.方法:根据前期对车前子入血成分研究结果确定车前子的潜在药效成分,结合药物靶点数据库(TTD)、人类在线孟德尔遗传(OMIM)数据库、GeneCards数据库筛选高尿酸血症的作用靶点,进而确定成分与疾病的交集核心靶点,利用Cytoscape 3.8.0软件构建"成分-靶点-疾病网络",并对靶点进行GO富集分析与KEGG通路富集分析,再采用分子对接技术与实时荧光定量PCR(RT-qPCR)技术对结果进行验证.结果:共得到85个成分与疾病的交集靶点,包括胱天蛋白酶3(CASP3)、过氧化物酶体增殖物激活受体γ(PPARG)、白细胞介素-6(IL-6)、雌激素受体1(ESR1)等,GO富集分析在生物过程、细胞组分和分子功能三个层面上分别得到56、15和18个GO功能条目,KEGG通路富集分析得到肿瘤坏死因子、代谢信号转导、胰岛素抵抗、缺氧诱导因子-1等信号通路.分子对接结果显示主要活性成分与核心靶蛋白间的结合性能较好;RT-qPCR结果表明,与模型组比较,车前子给药组大鼠肾脏组织中Ras与p38mRNA的表达水平显著升高,差异有统计学意义(P<0.01).结论:本研究建立了车前子干预高尿酸血症的"成分-靶点-通路"网络,为系统阐释车前子治疗高尿酸血症的分子机制提供了参考.
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编辑人员丨3天前
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基于GEO芯片数据挖掘和网络药理学探讨芪归抵挡汤调控糖尿病肾病"代谢记忆"的作用机制
编辑人员丨3天前
目的:基于基因芯片数据挖掘和网络药理学研究芪归抵挡汤治疗糖尿病肾病(DKD)分子机制.方法:利用相关数据平台,挖掘芪归抵挡汤治疗DKD的活性成分和作用靶点,并进行GO功能和KEGG通路富集分析.最终,通过体内实验验证芪归抵挡汤调控糖尿病肾病的作用机制.结果:芪归抵挡汤共获得349个潜在靶点,GEO数据库分析获得具有显著性差异基因有841个,将二者取交集共获得45个交集靶点,经复合网络筛选出槲皮素、山柰酚、芦荟大黄素、常春藤皂苷元和β-谷甾醇等重要成分;CASP3、EGF、CXCL8、CCL2及ICAM1等治疗DKD的重要核心靶点.GO功能富集显示,药物反应、炎症反应和对缺氧的反应等在生物过程中富集度较高,质膜、细胞溶质和细胞外空间等在细胞组分中富集度高,蛋白质结合、受体结合和整合素结合等在分子功能中富集度较高;KEGG分析表明该方药效基础主要与AGE-RAGE、甲型流感、卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染、EB病毒感染和NF-κB等信号通路有关.体内研究发现,与正常对照组比较,模型对照组小鼠FBG含量明显升高,血清Scr、BUN含量明显增加,肾组织中AGE、RAGE、Caspase-3蛋白表达上调(P<0.01);与模型对照组比较,芪归抵挡汤3.34 g/kg组可有效改善db/db小鼠血糖和肾功能(P<0.01),显著减轻肾脏病理损伤,下调AGEs-RAGE信号通路相关的AGE、RAGE、Caspase-3蛋白的表达(P<0.01);与白藜芦醇组比较,芪归抵挡汤3.34 g/kg组小鼠治疗6 w、12 w FBG含量,Scr含量明显降低,肾组织AGE、RAGE、Caspase-3蛋白表达明显下调(P<0.05或P<0.01).结论:芪归抵挡汤可有效降低糖尿病肾病小鼠的血糖水平、改善肾脏功能及病理损伤,并可调控AGEs-RAGE信号通路,具有清除糖尿病肾病"代谢记忆"潜能.
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编辑人员丨3天前
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西方蜜蜂AKHR基因的生物信息学及表达模式分析
编辑人员丨3天前
本研究对西方蜜蜂Apis mellifera脂动激素受体(Adipokinetic hormone receptor,AKHR)基因AmAKHR CDS区进行RT-PCR扩增和生物信息学分析,并测定了AmAKHR在工蜂不同组织和不同发育阶段的表达模式,旨在为进一步的功能研究提供参考和基础.通过PCR扩增AmAKHR的CDS,使用相关软件预测AmAKHR蛋白的理化性质、分子特征及蛋白互作网络.采用RT-qPCR技术检测AmAKHR在工蜂不同组织和不同发育阶段的相对表达量.结果表明,AmAKHR基因CDS长度为1 050 bp,编码349个氨基酸;AmAKHR的相对分子量约为40.63 kDa,分子式为C1873H2939N471O484S26,含39个磷酸化位点,7个α-跨膜螺旋结构及8个保守基序,不含信号肽,主要分布于质膜;AmAKHR与小蜜蜂Apis florea的AKHR在进化树上聚为一支;AmAKHR的二级结构包含127个无规则卷曲,124 个α-螺旋,87 条延伸链和11 个β-转角;AmAKHR与卵黄原蛋白和神经肽Corazonin等10个蛋白构成1个互作网络;AmAKHR在西方蜜蜂工蜂的毒腺、中肠、咽下腺、脂肪体、脑和触角等6个组织中差异表达,在脂肪体中的表达量最高,而在中肠中的表达量最低;AmAKHR在西方蜜蜂工蜂 1 日龄幼虫、3 日龄幼虫、5 日龄幼虫、2日龄预蛹、1日龄蛹中均有表达,且表达量随着日龄的增长而持续上调.研究结果揭示AmAKHR为疏水性蛋白和膜蛋白,并与卵黄原蛋白和神经肽等10个蛋白潜在互作,AmAKHR可能在西方蜜蜂工蜂的能量代谢、脂类分解和变态发育中发挥作用.
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编辑人员丨3天前
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荔枝核总黄酮对肝纤维化大鼠lncRNAs、mRNAs表达的影响和生物学功能分析
编辑人员丨3天前
目的 基于高通量测序技术探讨荔枝核总黄酮(TFL)对肝纤维化大鼠差异lncRNAs、mRNAs表达的影响及其生物学功能分析.方法 2021年4-7月于广西中医药大学实验动物中心进行实验,建立肝纤维化大鼠模型,将大鼠随机分为对照组(Control,n=6)、模型组(Model,n=7)和荔枝核总黄酮组(TFL,n=7),TFL组大鼠给予TFL 50 mg·kg-1·d-1干预6周.采用HE和Masson染色观察肝脏组织纤维化改变,ELISA法测定血清透明质酸酶(HA)、Ⅳ型胶原(Ⅳ-C)、层黏连蛋白(LN)、Ⅲ型前胶原(PC-Ⅲ),RNA-seq高通量测序技术筛选Model和TFL组差异表达lncRNAs和mRNAs.cis方式预测差异表达lncRNAs靶基因,GO和KEGG对各差异表达lncRNAs靶基因和mRNAs进行生物学功能富集分析.结果 纤维化评分比较,Model组>TFL组>Control组(F=14.420,P<0.001),大鼠血清 HA、LN、Ⅳ-C 和 PC Ⅲ 水平比较,Model 组>TFL 组>Control 组(F=47.055、74.655、177.328、54.445,P 均<0.001).共筛选出Model组与TFL组差异表达lncRNAs 73个(上调43个,下调30个),Model组与TFL组差异表达mRNAs 261个(上调150个,下调111个),采用cis方式共预测到Model与TFL组24个靶基因;差异表达lncRNAs靶基因和mRNAs的生物学富集功能分析显示TFL通过参与昼夜节律、谷胱甘肽代谢泛醌、戊糖磷酸途径等信号通路发挥抗肝纤维化的作用.结论 TFL能够明显改善大鼠纤维化组织病理学形态,降低血清HA、Ⅳ-C、LN、PC-Ⅲ含量,其作用机制可能与调控特定差异lncRNAs和mRNAs表达,参与昼夜节律、谷胱甘肽代谢泛醌、戊糖磷酸途径等信号通路有关.
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编辑人员丨3天前
