近年来，肠道菌群逐渐成为恶性肿瘤治疗相关研究的热点。肠道机会致病菌（如具核梭杆菌、脆弱拟杆菌）、肠道益生菌（如丁酸梭菌、乳酸菌）以及肠道致病菌（如沙门氏菌、志贺菌）可通过影响信号通路、调节自噬、调节免疫反应、产生代谢产物及毒素以及通过粪菌移植等途径影响结直肠癌放化疗和免疫治疗疗效及相关不良反应，同时为结直肠癌靶向治疗提供大量潜在靶点。进一步研究肠道菌群与结直肠癌非手术治疗的关系，可为结直肠癌非手术治疗相关基础与临床研究提供参考。

目的:探讨西北地区绝经后骨质疏松症(postmenopausal osteoporosis，PMOP)患者肠道微生物(gut microbiota，GM)组分和基因功能变化，及其与骨密度(bone mineral density，BMD)的相关性。方法:以2018年11月—2019年10月到我院就诊的绝经后女性作为初筛对象，选取首次诊断为骨质疏松症(OP)患者24例、低骨量者30例及骨量正常者9例，收集粪便样本并提取微生物DNA，借助Illumina平台进行16S rRNA基因和宏基因组高通量测序分析。结果:GM结构在不同组中存在差异，消化链球菌科、罗姆布茨菌属、梭菌目未确认属、巨单胞菌属、 Erysipelatoclostridium、克雷伯氏菌属和 Erysipelatoclostridium ramosum为OP组差异菌群。GM基因注释结果显示基因数目与BMD值呈正相关，基因KEGG功能注释结果显示新陈代谢、碳水化合物代谢、淀粉和蔗糖代谢、氧化磷酸化基因功能条目均与BMD值呈负相关。受试者工作特征曲线(receiver operating characteristic curve, ROC)分析提示，碳水化合物代谢、淀粉和蔗糖代谢、氨基糖和核苷酸糖代谢、氧化磷酸化对鉴别OP分别具有较好的灵敏度和特异度，ROC曲线下面积(area under curve, AUC)分别为0.70、0.72、0.73和0.75。 结论:高通量测序技术有助于分析PMOP患者GM组成、分布和基因功能改变，为研究GM调控BMD变化进而影响OP的发生发展提供依据。

目的:基于16S核糖体RNA（16S rRNA）高通量测序，探讨加味四君子汤对严重烫伤兔肠道菌群多样性的影响。方法:采用实验研究方法。选取90只6~8个月龄雌雄不限日本大耳兔，按照随机数字表法分为正常对照组、单纯烫伤组、烫伤+低剂量组、烫伤+中剂量组、烫伤+高剂量组，每组18只。正常对照组兔自由饮食、饮水，单纯烫伤组、烫伤+低剂量组、烫伤+中剂量组、烫伤+高剂量组兔制作30%体表总面积Ⅲ度烫伤模型后分别给予生理盐水、0.2 g/mL加味四君子汤、1.0 g/mL加味四君子汤、5.0 g/mL加味四君子汤灌胃，持续给药7 d。于分组处理第1、3、7天，采用酶联免疫吸附测定法检测各组兔回肠黏膜组织中的肿瘤坏死因子α（TNF-α）、白细胞介素1β（IL-1β）、IL-10水平，各组每个时间点的样本数为6。根据前述实验结果，另外选取9只兔分为正常对照组、单纯烫伤组、烫伤+中剂量组，每组3只，各组兔分组及处理方法同前。于分组处理第7天，采用高通量测序技术对3组兔回肠黏膜菌群的16S rRNA V3、V4区进行测序；采用QIIME软件统计菌群优质序列数目；使用RDP Classifier软件分析菌群的门、纲、目、科、属水平；采用Illumina MiSeq测序技术对菌群行α多样性（Ace、Chao1、Simpson、Shannon指数）和β多样性分析。对数据行析因设计方差分析、SNK检验及Bonferroni校正。结果:与正常对照组相比，单纯烫伤组、烫伤+低剂量组、烫伤+高剂量组分组处理第1、3、7天和烫伤+中剂量组分组处理第1、3天兔回肠黏膜组织中的TNF-α水平均明显升高（ P<0.01），单纯烫伤组、烫伤+低剂量组、烫伤+中剂量组、烫伤+高剂量组分组处理第1、3、7天兔回肠黏膜组织中的IL-1β水平均明显升高（ P<0.05或 P<0.01），单纯烫伤组、烫伤+低剂量组、烫伤+中剂量组、烫伤+高剂量组分组处理第1、3、7天兔回肠黏膜组织中的IL-10水平均显著降低（ P<0.01）。与单纯烫伤组相比，烫伤+低剂量组、烫伤+中剂量组、烫伤+高剂量组分组处理第3、7天及烫伤+中剂量组分组处理第1天兔回肠黏膜组织中的TNF-α水平均明显降低（ P<0.01），烫伤+低剂量组、烫伤+中剂量组、烫伤+高剂量组分组处理第3、7天及烫伤+中剂量组分组处理第1天兔回肠黏膜组织中的IL-1β水平均明显降低（ P<0.01），烫伤+低剂量组分组处理第7天和烫伤+中剂量组分组处理第1、3、7天以及烫伤+高剂量组分组处理第3、7天兔回肠黏膜组织中的IL-10水平均显著升高（ P<0.05或 P<0.01）。与烫伤+低剂量组相比，烫伤+中剂量组分组处理第1、3、7天和烫伤+高剂量组分组处理第3、7天兔回肠黏膜组织中的TNF-α水平均明显降低（ P<0.01），烫伤+中剂量组分组处理第1、3、7天和烫伤+高剂量组分组处理第3、7天兔回肠黏膜组织中的IL-1β水平均显著降低（ P<0.05或 P<0.01），烫伤+中剂量组分组处理第1、3、7天和烫伤+高剂量组分组处理第7天兔回肠黏膜组织中的IL-10水平均显著升高（ P<0.05或 P<0.01）。与烫伤+中剂量组相比，烫伤+高剂量组分组处理第1、3、7天兔回肠黏膜组织中的TNF-α水平均明显升高（ P<0.01），烫伤+高剂量组分组处理第1、3、7天兔回肠黏膜组织中的IL-10水平均明显降低（ P<0.01），烫伤+高剂量组分组处理第7天兔回肠黏膜组织中的IL-1β水平均显著降低（ P<0.01）。与第1天比较，单纯烫伤组分组处理第3、7天以及正常对照组分组处理第3天兔回肠黏膜组织中的TNF-α水平均明显升高（ P<0.05或 P<0.01），单纯烫伤组分组处理第3、7天兔回肠黏膜组织中的IL-1β水平均明显升高（ P<0.01），烫伤+低剂量组、烫伤+高剂量组分组处理第7天和烫伤中剂量组分组处理第3、7天兔回肠黏膜组织中的IL-10水平均明显升高（ P<0.05或 P<0.01）；烫伤+高剂量组分组处理第3、7天及烫伤+中剂量组分组处理第7天的兔回肠黏膜组织中的TNF-α水平均明显降低（ P<0.05或 P<0.01），烫伤+中剂量组分组处理第7天兔回肠黏膜组织中的IL-1β水平明显降低（ P<0.01），单纯烫伤组分组处理第7天兔回肠黏膜组织中的IL-10水平明显降低（ P<0.01）。与第3天比较，单纯烫伤组分组处理第7天兔回肠黏膜组织中的TNF-α、IL-1β水平及正常对照组、烫伤+低剂量组、烫伤+中剂量组和烫伤+高剂量组分组处理第7天兔回肠黏膜组织中的IL-10水平均明显升高（ P<0.05或 P<0.01），烫伤+低剂量组、烫伤+中剂量组、烫伤+高剂量组分组处理第7天兔回肠黏膜组织中的TNF-α水平均明显降低（ P<0.05），烫伤+中剂量组、烫伤+高剂量组分组处理第7天兔回肠黏膜组织中的IL-1β水平均明显降低（ P<0.05或 P<0.01），单纯烫伤组分组处理第7天兔回肠黏膜组织中的IL-10水平明显降低（ P<0.01）。分组处理第7天，正常对照组、单纯烫伤组、烫伤+中剂量组兔回肠黏膜中的菌群分别获96 023、107 365、95 921条优质序列。3组兔回肠黏膜中的菌群在门、纲、目、科、属的分类水平上均分别以拟杆菌门和厚壁菌门、梭菌纲和拟杆菌纲、梭菌目和拟杆菌目、瘤胃菌科和梭菌科及拟杆菌科、梭菌属和拟杆菌属及瘤胃菌属菌群为主，但各组菌群组成不同。3组兔回肠黏膜中菌群的Ace、Chao1、Simpson、Shannon指数均没有显著差异（ P>0.05），β多样性无明显差异。 结论:严重烫伤后兔回肠黏膜炎症反应明显，并呈时间依赖性增加。加味四君子汤可减轻炎症反应，其治疗效果最佳质量浓度为1.0 g/mL。高通量测序法能够精准地反映肠道菌群的结构组成，加味四君子汤对严重烫伤后肠道菌群具有一定的调节作用。

为探讨海南岛的小泡巨鼠肠道微生物群落组成及其菌群多样性。2019年12月于海南医学院-香港大学热带传染病联合实验室提取25只海南岛的成年小泡巨鼠（14只雄和11只雌性）粪便样本DNA，基于IonS5TMXL测序平台，利用单端测序（Single-End）的方法，构建小片段文库进行单端测序。通过对测序片段剪切过滤，操作分类单元（Operational Taxonomic Units，OTUs）聚类，利用mothur方法与SSUrRNA数据库对OTUs进行物种注释及丰度分析，并进一步开展α多样性分析（Alpha Diversity）和β多样性分析（Beta Diversity）。结果显示，从25只小泡巨鼠肠道粪便样本中共得到高质量序列1481842条，归属为14个门、85个科、186个属。从门分类水平上，小泡巨鼠的主要核心生物群有厚壁菌门（Firmicutes，46.04%），拟杆菌门（Bacteroidetes，25.34%）；随后依次为变形菌门（Proteobacteria，17.09%），柔壁菌门（Tenericutes，7.38%），放线菌门（Actinobacteria，1.67%）；这5个门占所有菌门的97.52%。属水平上螺杆菌属（ Helicobacter）所占比例最大，为12.44%；其次为乳杆菌属（ Lactobacillus，11.39%），梭菌属（ Clostridium，6.19%），支原体属（ Mycoplasma，4.23%），黄杆菌属（ Flavonifractor，3.52%）。综上，高通量测序分析表明海南岛小泡巨鼠肠道菌群结构复杂，菌种多样，具有进一步研究的意义。

目的 采用孟德尔随机化分析方法来研究特定肠道菌群与骨质疏松症发病风险的因果关系.方法 获取肠道菌群与骨质疏松症的全基因组关联研究数据,将单核苷酸多态性(SNP)作为工具变量并选择敏感的SNPs进行分析.通过逆方差加权法(IVW)、加权中位数法(WM)、MR-Egger回归法进行两样本孟德尔随机化分析,以OR值检验肠道菌群与骨质疏松症之间的因果关系,并完成敏感性和多效性检验.结果 筛选到1531个SNPs作为工具变量,狭义梭菌属1、粪球菌属3、粪杆菌属、纺锤链杆菌属、考拉杆菌属、瘤胃球菌科NK4A214群、塞利单胞菌属与骨质疏松症的孟德尔随机化分析结果显示,IVW法的OR值分别为 1.291(95%CI 1.037～1.607,P=0.022)、0.627(95%CI 0.440～0.894,P=0.010)、1.520(95%CI 1.125～2.054,P=0.006)、1.271(95%CI 1.037～1.558,P=0.021)、0.801(95%CI 0.674～0.951,P=0.012)、1.220(95%CI 1.010～1.473,P=0.039)、0.854(95%CI 0.744～0.979,P=0.024),表明肠道菌群与骨质疏松症之间存在因果关系.IVW(P>0.05)和MR-Egger回归(P>0.05)的Cochran Q检验表明SNPs并不存在异质性.MR-Egger法的egger_intercept和0差异无统计学意义(P>0.05),SNPs不存在水平多效性.结论 狭义梭菌属1、粪球菌属3、粪杆菌属、纺锤链杆菌属、考拉杆菌属、瘤胃球菌科NK4A214群、塞利单胞菌属与骨质疏松症之间存在因果关系,为探讨肠道菌群介导的骨质疏松症的发病机制提供了新的认知.

目的 构建艰难梭菌高毒力株2型毒素B(TcdB2)的枯草芽胞杆菌工程株,获得高效表达的生物活性TcdB2蛋白.方法 以ST1/RT027型菌株基因组DNA为模板,通过PCR扩增获得TcdB2全长基因片段,构建到PHT01载体中,转化枯草芽胞杆菌WB800N菌株,进行原核表达获得TcdB2全长蛋白,进一步通过细胞毒性试验验证重组TcdB2的生物活性.结果 成功构建了高效表达TcdB2的枯草芽胞杆菌工程株,并获得具有细胞毒性的重组蛋白TcdB2.结论 具有生物活性的重组TcdB2蛋白,为进一步研究艰难梭菌高毒力株的致病机制和作为疫苗候选靶标等奠定了基础.

目的:宏基因测序分析结直肠癌小鼠肠道菌群变化与巨噬细胞极化的相关性.方法:将3周龄APCmin/+小鼠和野生型C57/6J小鼠分成结直肠癌组(CRC组,n=8)和正常对照组(NC组,n=7),高脂饮食喂养8周收集粪便宏基因测序分析肠道菌群变化,免疫组化(IHC)检测肿瘤组织M2巨噬细胞极化.结果:HE病理显示CRC组小鼠造模成功,肿瘤数量显著多于NC组(P＜0.05).α多样性显示CRC组菌群多样性高于NC组,菌群丰富度无显著差异;β多样性显示两组间菌群明显分离.Venn图显示两组间共有物种1620种,NC组和CRC组特有物种分别为109、191种,门水平上两组间以厚壁菌门(74.04％vs 87.56％)和拟杆菌门(20.33％vs 6.42％)为主;种水平 Metastats 分析显示艰难梭菌(Clostridioides difficile_A)、弗雷特肯氏菌(Duncaniella freteri)、粪副拟杆菌(Parabacteroides merdae)、内脏拟杆菌(Odoribacter splanchnicus)在两组间具有显著差异(P＜0.05);KEGG功能分析显示CRC组核糖体、糖酵解及糖原生成、氧化磷酸化等通路显著富集;NC组神经活性配体受体相互作用、人类T细胞白血病病毒感染、胆固醇代谢通路显著富集;IHC分析显示CRC组M2巨噬细胞CD206含量高于NC组,Pearson相关性分析显示CRC组内脏拟杆菌丰度与CD206呈正相关(r=0.7799).结论:CRC小鼠肠道菌群发生显著变化并存在功能差异,不同差异菌群与巨噬细胞极化可能存在一定的相关性.

目的 建立针对水样中产气荚膜梭菌检测的TaqMan实时荧光定量聚合酶链式反应(PCR)方法,并测试该方法在自来水样中的检测效果.方法 选择位于该菌拟核中高度保守的plc基因,设计特异性引物和TaqMan 探针,经优化后建立了针对该菌的TaqMan实时荧光定量PCR检测方法,结合滤膜法处理含有plc基因的标准菌株的模拟污染水样,并对所建立的方法进行测试.结果 所建立的产气荚膜梭菌TaqMan实时荧光定量PCR检测方法具有高度的特异性,13株食源性致病菌、3株艰难梭菌及1株腐败梭菌的Ct值大于40;该方法的最低检出限为1× 10copies/μL,具有较高的灵敏性;对模拟污染水样的最低检测限为1.0×102 CFU/mL.应用该方法对4份人工模拟污染阳性水样与90份自来水样进行检测发现,2份1.0×102CFU/mL的模拟污染水样可检出产气荚膜梭菌,2份1.0×10CFU/mL的模拟污染水样与90份自来水样均未检出产气荚膜梭菌.结论 所建立的产气荚膜梭菌TaqMan实时荧光定量PCR检测方法具有特异性好、灵敏性高的优点,对水体中产气荚膜梭菌的检测具有较高的应用价值.

目的 采用16S核糖体DNA(16S ribo-somal DNA,16S rDNA)基因测序技术,研究白果温胆汤对支气管哮喘大鼠肠道菌群结构的影响.方法 将72只SPF级雄性SD大鼠随机分为空白组、模型组、地塞米松组及白果温胆汤高、中、低剂量组,每组12只.以卵清蛋白致敏并激发制备哮喘大鼠模型.实验过程中观察记录各组大鼠的精神状态、食量、饮水量、呼吸及毛发光泽等情况的变化;观察各组大鼠肺组织HE染色病理改变结果;采用16S rDNA Miseq高通量测序观察肠道菌群情况,通过OTU聚类分析方法、Alpha多样性分析方法、Beta多样性分析方法分析肠道菌群多样性,通过SPSS 25.0分析比较不同干预方法下大鼠肠道菌群结构的差异.结果 (1)行为学观察结果:白果温胆汤高、中、低剂量组及地塞米松组大鼠精神状态、饮食饮水量、毛发、呼吸均有不同程度的改善.(2)模型组大鼠肺气管上皮破损,肺间隔增厚,炎性细胞增多.各治疗组与模型组比较,均有一定改善.(3)造模后,与空白组比较,模型组大鼠肠道菌群丰度Chao1指数及Observed_species指数、Faith's PD指数、Pielou_e指数、Shannon指数均有下降趋势;地塞米松组大鼠肠道菌群各指数均有明显下降,差异均具有统计学意义(P＜0.05).与地塞米松组比较,白果温胆汤低、中剂量组Pielou_e指数、Shannon指数均有明显上升,差异均具有统计学意义(P＜0.05),白果温胆高剂量组Chao1指数、Observed_species指数、Faith's PD指数、Shannon指数均有明显上升,差异均具有统计学意义(P＜0.05);与白果温胆低剂量比较,白果温胆汤高剂量组Faith's PD指数有明显上升,差异具有统计学意义(P＜0.05).(4)经过Beta多样性分析,造模后大鼠肠道菌群空白组与模型组、空白组与地塞米松组、模型组与各治疗组、地塞米松组与白果温胆汤各剂量组、白果温胆汤低剂量组与白果温胆汤中、高剂量组之间具有差异性(P＜0.05).(5)在科水平上,模型组大鼠乳杆菌科和梭菌科相对比例升高,脱硫弧菌科、消化链球菌科、瘤胃球菌科和拟杆菌门S24-7菌科相对比例降低.结论 白果温胆汤可改善哮喘大鼠肺组织炎症浸润,其作用机制可能与其恢复肠道菌群的多样性、丰富度及调节菌群结构有关.

具核梭菌( Fusobacterium nucleatum,F. nucleatum)作为不形成孢子的革兰阴性严格厌氧杆菌,是人类口腔、胃肠道等的共生菌.有证据表明,具核梭菌参与了多种类型肿瘤的进展,包括直肠癌、胰腺癌、食道癌和乳腺癌等[1].