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基于网络药理学与分子对接探讨犀角地黄汤治疗脓毒症的分子作用机制
编辑人员丨4天前
目的 基于网络药理学和分子对接探究犀角地黄汤治疗脓毒症的主要功效.方法 通过文献检索并利用TCSMP和BATMAN-TCM数据库,筛选并预测犀角地黄汤的活性成分及潜在靶点.利用GeneCard和DisGeNET数据库筛选脓毒症的相关基因.通过STRING数据库绘制潜在靶点的蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,利用MCODE分析得到关键基因簇后用CytoHubba分析基因簇,得到核心的基因靶点,采用MOE软件进行分子对接验证,采用clusterProfiler包进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书数据库(KEGG)富集分析.采用Cytoscape 3.8软件构建犀角地黄汤-活性成分-疾病-靶基因网络.结果 最终筛选出犀角地黄汤的活性成分38个,主要靶点138个,主要参与调节白细胞介素17(IL-17)信号通路和肿瘤坏死因子(TNF)信号通路等多种人体信号通路.JUN、RELA和JL-6为核心靶点,其中己醛、芍药苷、槲皮素、鞣花酸、黄芩素、山萘酚和石竹烯等是犀角地黄汤发挥功效的主要活性成分,且分子对接结果显示其与JUN、RELA和IL-6可以通过氢键、碳氢键和疏水性相互作用的共同作用达到稳定结合的效果.结论 通过系统地探讨犀角地黄汤的主要活性成分和其作用靶点与脓毒症的联系,为犀角地黄汤的用药提供理论依据,也为深入研究其活性成分提供参考价值.
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编辑人员丨4天前
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植物吸附大气颗粒物的影响因素及响应机制的研究进展
编辑人员丨4天前
植物有效吸附和移除空气中的颗粒物的同时也遭受着由颗粒物带来的不利影响,探明植物与大气颗粒物的互作效应是深入理解生态平衡、微环境气候及改善环境质量的关键.目前系统阐述植物对大气颗粒物的吸附作用及响应机制的综述性文献较少.基于此,本文梳理和归纳了大气颗粒物的成因和组成,以及植物对大气颗粒物的吸附方式和影响因素,并阐述了植物响应大气颗粒物胁迫的表型特征、生理特性和分子机制.最后,针对现存问题展望了未来研究方向:1)选择适应能力强、滞尘量大的植物物种,综合考虑植物群落结构、街道形态、栽种空间等因素,提出普适性强的绿化滞尘方案;2)未来应该将研究范围从城市延伸到农牧区的多种复层植物群落结构,系统分析不同植物配置群落的综合滞尘能力;3)应将植物滞尘量与其自身抗性有效结合,探索植物响应大气颗粒物胁迫的生理、分子机制,建立完善的评价体系和评判标准;4)利用原位标记检测技术从细胞水平上灵敏地示踪、量化大气颗粒物在植物有机体内的动态过程.
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编辑人员丨4天前
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高强度聚焦超声重塑肿瘤免疫微环境及抗肿瘤治疗的研究进展
编辑人员丨4天前
肿瘤微环境不仅包括肿瘤细胞,还包括各种来源的细胞,如干细胞、间质细胞、内皮细胞和免疫细胞等,各种细胞可分泌不同的信号分子,形成有利于肿瘤细胞生长的微环境.高强度聚焦超声(HIFU)作为无创技术,根据其对组织的作用特点,可分为热消融和机械分解两种模式,可使肿瘤微环境产生原位肿瘤碎片,增加肿瘤的免疫原性,但它并不能完全触发抗肿瘤免疫反应,因此,HIFU与其他疗法结合可能是一种增强抗肿瘤免疫反应的有效方法.基于此,本文对HIFU重塑肿瘤免疫微环境的机制及与化疗、放疗、免疫治疗联合治疗肿瘤的研究进展进行综述.
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编辑人员丨4天前
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基于网络药理学和分子对接技术整合策略探讨芬氟拉明治疗癫痫的潜在作用机制
编辑人员丨4天前
目的 基于网络药理学和分子对接技术探讨芬氟拉明治疗癫痫的潜在作用机制.方法 从GeneCards、DisGeNET和OMIM数据库中对癫痫的相应疾病靶点进行筛查,利用drug-bank、pharmmapper、swisstarget等数据库筛选芬氟拉明的药物靶点.取癫痫和芬氟拉明的交集靶点,利用STRING数据库构建蛋白相互作用网络,将其导入Cytoscape 3.9.1软件作网络拓扑分析筛选核心靶点并处理可视化.通过DAVID数据库对交集靶点进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析.利用分子对接技术验证芬氟拉明与关键靶点的相互作用.结果 获得139个癫痫与芬氟拉明的交集靶点基因,并根据网络拓扑分析筛选出33个核心靶点.GO分析结果显示,核心靶点主要涉及化学突触传递及信号转导等生物过程(BP);离子体膜、细胞质及质膜等细胞成分(CC);蛋白结合、神经递质受体活性等分子功能(MF).KEGG富集分析结果显示,芬氟拉明可能通过调控多巴胺能神经突触、神经活性配体-受体相互作用及PI3K-Akt等多个信号通路治疗癫痫.分子对接结果显示,芬氟拉明与DRD2、EGFR、HSP90AA1、SLC6A4、GSK3β及GRIN2B等关键靶点稳定结合.结论 本文利用网络药理学和分子对接技术分析得到芬氟拉明可能通过作用于DRD2,从而调控多巴胺能突触信号通路抑制癫痫发作,为进一步研究其治疗癫痫的具体机制提供了新的线索,亦为后续临床和实验研究提供理论基础,从而有助于开发治疗癫痫的有效新药.
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编辑人员丨4天前
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肿瘤微环境免疫细胞浸润在肺腺癌进展中的作用机制研究
编辑人员丨4天前
目的 通过生物信息学技术,筛选出与肺腺癌(LUAD)复发相关的关键基因和信号通路,为探讨LUAD复发的分子机制提供理论支持.方法 从TCGA和GEO数据库中下载LUAD相关数据集,利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)算法挑选关键基因模块,采用LASSO-Cox回归分析构建预后模型;Limma算法筛选差异表达基因;Estimate和MCP算法评估免疫细胞浸润.结果 共筛选出29个相关基因模块.单因素Cox分析结果显示,仅有4个基因与患者预后显著相关.基于该基因集进行的LASSO-Cox预后模型显示,风险评分高的患者其预后差,提示该模型具有良好的预测能力.该模型筛选出4个关键基因,分别为丝氨酸-苏氨酸激酶受体相关蛋白(STRAP)、G蛋白亚基γ12(GNG12)、线粒体甘油-3-磷酸酰基转移酶(GPAM)、锚蛋白重复和泛素结构域蛋白1(ANKUB1).本研究对STRAP进行了深入分析,结果显示,STRAP在泛癌中呈现广泛高表达,且与多种肿瘤的不良预后及临床病理特征显著相关.STRAP与免疫抑制分子的表达呈显著正相关.高表达STRAP的患者其微环境CD8+T细胞、NK细胞等多种免疫细胞浸润降低,抑癌基因的单核苷酸多态性(SNP)显著升高,呈现"冷肿瘤"表型.此外,免疫组织化学表明,STRAP在肿瘤组织中显著高表达.结论 基因模型能够较好地预测患者复发风险,其中STRAP在LUAD发展中可能发挥重要作用.
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编辑人员丨4天前
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DNMT3a在肺腺癌中的表达及癌细胞迁移的影响分析
编辑人员丨4天前
目的 探讨DNA甲基转移酶3a(DNMT3a)在肺腺癌中的表达水平及影响肺腺癌细胞迁移的分子机制.方法 回顾性分析2023年1~12月在安徽医科大学第一附属医院胸外科接受手术治疗的41例肺腺癌患者临床资料,使用IHC和蛋白质印迹实验(WB)检测并分析DNMT3a在41例患者肺腺癌组织及癌旁组织中的表达水平;通过分析TCGA数据库揭示DNMT3a与肺腺癌患者预后关系.慢病毒介导SK-LU-1和A549细胞系过表达或敲低DNMT3a,通过IHC、WB、实时荧光定量聚合链反应(qRT-PCR)、DNMT3a抑制剂实验观察DNMT3a对蜗牛家族转录因子(Snail)表达的影响;细胞划痕实验和Transwell细胞迁移实验检测过表达或敲低DNMT3a对肺腺癌细胞迁移的影响.结果 DNMT3a高表达对比DNMT3a低表达的肺腺癌患者生存期较短,差异有统计学意义(P<0.01);DNMT3a和Snail在肺腺癌组织中较癌旁组织相比均高表达(P<0.01),且DNMT3a和Snail在肺腺癌组织中的表达呈正相关(r=0.612,P<0.01).与对照组相比,过表达DNMT3a的SK-LU-1细胞中Snail表达上调并增加了肺腺癌细胞的迁移数量(P<0.01),敲低DNMT3a的A549细胞中Snail表达下调并减少了肺腺癌细胞的迁移数量(P<0.01).结论 DNMT3a在肺腺癌组织中高表达且与不良预后显著相关,DNMT3a通过上调Snail的表达促进肺腺癌细胞的迁移.
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编辑人员丨4天前
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JIB-04通过抑制组蛋白赖氨酸去甲基化酶4表达来调控MDM2/P53/SLC7A11/GPX4轴诱导肝癌细胞发生铁死亡
编辑人员丨1周前
JIB-04(Jumonji histone demethylase inihibitor,JIB-04)是一种泛组蛋白赖氨酸去甲基化酶抑制剂,可抑制多种肿瘤发生发展,但其具体机制仍不清楚.本文以肝癌细胞HepG2和Huh7为研究对象,探讨了 JIB-04对肝癌细胞的增殖影响,并揭示其可能的分子机制.CCK-8和EDU检测细胞增殖实验显示,JIB-04明显抑制肝癌细胞HepG2和Huh7活力,且具有浓度依赖性,其半数抑制浓度分别为0.7689 μmol/L及0.7392 μmol/L.流式细胞术检测细胞内ROS水平变化,结果显示,JIB-04可显著激活细胞内ROS的累积.通过谷胱甘肽(glutathione,GSH)检测试剂盒和脂质过氧化物检测试剂盒分别检测细胞内GSH和脂质过氧化物丙二醛(malondialdehyde,MDA)水平发现,在2 μmol/L JIB-04处理下,HepG2和Huh7细胞内GSH分别下降88.4%和80.7%,而脂质过氧化物分别升高4.75倍和9.25倍.通过qRT-PCR和Western印迹分析发现,JIB-04显著降低铁死亡相关因子GPX4和SLC7A11的mRNA水平和蛋白质水平,同时铁死亡相关通路蛋白质MDM2明显下调,P53蛋白水平明显上调.机制研究显示,JIB-04可以使赖氨酸特异性去甲基化酶KDM4C的蛋白质水平下调约58%和51%.通过ChIP检测发现,在JIB-04处理肝癌细胞后MDM2基因启动子区域H3K9me3分别提高了 2.19倍和2.14倍,同时qRT-PCR证明,JIB-04处理肝癌细胞后MDM2 mRNA水平显著下调.综上所述,本研究初步揭示了 JIB-04可下调特异性去甲基化酶KDM4C的表达,进而影响MDM2基因启动子区域H3K9me3甲基化水平抑制MDM2基因表达,减少MDM2蛋白与P53蛋白结合,P53蛋白水平表达上调,同时,铁死亡相关蛋白质SLC7A11和GPX4的表达下调,导致细胞内GSH耗竭、ROS与脂质过氧化物积累,最终导致细胞发生铁死亡.
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编辑人员丨1周前
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甲基化检测用于卵巢癌筛查和诊断的研究进展
编辑人员丨1周前
卵巢癌是妇科恶性肿瘤中死亡率最高、预后最差的癌症,目前缺少有效的早诊早筛工具.甲基化在卵巢癌发生发展中有关键作用,目前已经开展了多项研究,分析基于液体活检方案的细胞游离DNA甲基化检测诊断卵巢癌的效能,总体准确度达到85%的中位水平,优于糖类抗原125(CA125)等传统蛋白分子标志物.卵巢癌组织甲基化检测结果与患者生存结局及药物敏感性也密切相关.卵巢癌甲基化检测方式方法的改进发展有望为卵巢癌诊疗分子方案研究提供新的路径和机遇.
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编辑人员丨1周前
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细胞焦亡在结直肠癌中的作用及中医药治疗进展
编辑人员丨1周前
结直肠癌(CRC)作为一种具有高发病率和高死亡率的恶性肿瘤,其发病机制复杂,现代治疗手段效果不甚理想,寻找低毒、高效的防治方案仍是CRC研究的重点和难点.临床防治CRC中,中医药发挥着重要作用,其具有多方面的手势,包括毒副作用小、多靶点、多途径等.近年来,随着分子机制及药理作用的深入研究,多数学者发现,CRC发病涉及多个信号通路的异常.其中,细胞焦亡是一种机体调节细胞程序性死亡的模式,能调节多种细胞信号级联反应,可参与CRC的调控过程.此外,在中医药领域中,随着分子生物学技术的不断发展,中医药与细胞焦亡影响CRC的研究也逐渐兴起.通过文献筛选和相关报道发现,一些中药复方和中药单体能通过靶向干预细胞焦亡在CRC中发挥抗肿瘤作用,现对其进行简要归纳总结,以期在中医药防治CRC领域提供理论和诊疗思路参考.
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编辑人员丨1周前
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心康冲剂含药血清调控GAS5-miR21对心肌成纤维细胞增殖的影响
编辑人员丨1周前
目的 观察心康冲剂含药血清对血管紧张素Ⅱ诱导的心肌成纤维细胞(CFs)增殖的影响,基于GAS5-miR-21探讨其抑制CFs增殖的作用机制.方法 取SD乳鼠心肌,差速贴壁法分离CFs,采用血管紧张素Ⅱ诱导CFs增殖,在转染微小RNA-21(miR-21)过表达慢病毒、生长阻滞特异性转录本5(GAS5)沉默慢病毒后,分别用心康冲剂含药血清干预24 h.CCK-8法检测细胞活力,流式细胞术检测细胞周期,免疫荧光染色检测α-平滑肌肌动蛋白(α-SMA)表达,RT-qPCR检测GAS5、miR-2l、磷酸酶及张力蛋白同源物(PTEN)mRNA表达,Western blot检测PTEN、Akt、周期蛋白D1(Cyclin D1)和周期蛋白依赖性激酶4(CDK4)蛋白表达.结果 与空白组比较,模型组CFs细胞活力增强,G0/G1期细胞比例减少,S期细胞比例增加,α-SMA阳性表达升高,GAS5、PTEN mRNA及PTEN蛋白表达降低,miR-21 mRNA及Akt、Cyclin D1、CDK4蛋白表达升高,差异有统计学意义(P<0.05).与模型组比较,心康冲剂组CFs细胞活力减弱,G0/G1期细胞比例增加,S期细胞比例减少,α-SMA阳性表达降低,GAS5、PTEN mRNA及PTEN蛋白表达升高,miR-21 mRNA及Akt、Cyclin D1、CDK4蛋白表达降低;miR-21过表达组和GAS5沉默组CFs细胞活力增强,G0/G1期细胞比例减少,S期细胞比例增加,α-SMA阳性表达升高,GAS5、PTEN mRNA及PTEN蛋白表达降低,miR-21 mRNA及Akt、Cyclin D1、CDK4蛋白表达升高,差异有统计学意义(P<0.05).与miR-21过表达组、GAS5沉默组比较,miR-21过表达+心康冲剂组、GAS5沉默+心康冲剂组CFs细胞活力减弱,G0/G1期细胞比例增加,S期细胞比例减少,α-SMA阳性表达降低,GAS5、PTEN mRNA及PTEN蛋白表达升高,miR-21 mRNA及Akt、Cyclin D1、CDK4蛋白表达降低,差异有统计学意义(P<0.05).结论 心康冲剂含药血清可抑制沉默GAS5所致miR-21、Akt表达升高,对抗过表达miR-21所致GAS5和PTEN表达降低,抑制CFs增殖周期,促进GAS5发挥"分子海绵"作用,改善血管紧张素Ⅱ诱导的CFs过度增殖.
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编辑人员丨1周前
