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红盲高原鳅线粒体基因组测定及其系统发育关系分析
编辑人员丨5天前
红盲高原鳅(Triplophysa erythraea Liu&Huang,2019)是2019年发表的一种真洞穴鱼类,具有重要的洞穴生物学和进化生物学研究意义以及物种保护价值.2021年7月,在湖南省湘西土家族苗族自治州花垣县大龙洞采集到2尾样本.通过高通量测序技术对其中1尾的线粒体DNA序列进行分析,该线粒体DNA呈双链闭合环状结构,全长为16 585 bp,共含有37个基因,其中包括13个蛋白编码基因、22个tRNA基因和2个rRNA基因,以及两段非编码区,即L链复制起始区OL和H链复制起始区OH,碱基组成为 A(31.2%)、G(15.8%)、C(26.0%)、T(27.0%),A+T 的含量为 58.2%.基于蛋白编码基因使用最大似然法和贝叶斯法构建高原鳅属系统进化树,确定了红盲高原鳅在进化树上的位置.本研究为高原鳅属鱼类的进化研究以及物种保护工作提供了基础数据.
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编辑人员丨5天前
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用于生物分离的石墨烯表面可控释适配体支架的设计及实验验证
编辑人员丨5天前
磁分离是从生物样本中富集特定目标物的常用方法.传统特异性磁分离方法一般通过将抗体与磁珠偶联获得免疫磁珠的方式用于特定目标物的捕获,但由于抗体有成本高、捕获目标物后不易释放等缺点,免疫磁珠难以满足众多研究领域对同时满足目标物大批量、高特异性富集的需求.核酸适配体同抗体一样具备目标物高特异性捕获的能力,相较抗体具有制备成本低、结构简单和化学稳定性高等优点,更适合用来大批量、高特异性富集特定目标物,因此在本研究中,本文利用石墨烯对单链和双链核酸的吸附能力不同的特性,以CD63适配体为例设计了一套可以将适配体展示于石墨烯表面并用于捕获、富集和释放目标物的方法.该设计主要包括2个单元,一是可以贴附于石墨烯表面并将CD63适配体展示于石墨烯外的双链寡核苷酸支架,二是采用与支架足部序列互补的单链寡核苷酸,将所捕获的目标物从石墨烯表面解吸附.本研究首先以氧化石墨烯(GO)纸为石墨烯界面,通过对支架或CD63蛋白等进行荧光标记,并对比支架释放前后及CD63蛋白捕获前后GO纸表面荧光强度变化表示其支架释放效果与CD63蛋白捕释情况,随后应用氨基修饰的石墨烯壳铁氮磁珠搭载CD63适配体双链支架,用于捕获细胞裂解液中CD63蛋白.结果表明,该支架可以将适配体展示于石墨烯表面捕获CD63蛋白并可以可控释放,使用挑选的改性石墨烯磁珠搭载该适配体双链支架,可以用于细胞裂解液中CD63蛋白的捕获.该方法有望实现多种蛋白质的特异性富集或通过捕获外泌体膜蛋白而富集外泌体等多种用途.
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编辑人员丨5天前
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基于双链特异性核酸酶触发滚环扩增的microRNA-21太赫兹超材料传感方法的构建
编辑人员丨5天前
目的:构建一种太赫兹(THz)超材料传感方法用于microRNA-21(miRNA-21)的信号放大检测。方法:首先构建THz超材料传感方法,并用聚丙烯酰胺凝胶电泳及zeta电位验证方法的可行性;对传感器检测条件进行优化之后,对不同浓度的miRNA-21以及其他不同的miRNAs进行检测,并与其他microRNA检测方法进行比较;最后,对该传感器的回收率进行了评价。结果:在最优实验条件下,通过双链特异性核酸酶(DSN)循环识别与滚环扩增(RCA)的双重信号放大策略,该THz超材料传感器对靶标miRNA-21的响应范围为10 fmol/L至10 nmol/L,检测限为8.49 fmol/L。并且该传感器具有较好的特异性,具备了从多种miRNAs中识别靶标miRNA-21的能力,并且在商业化人血清样本中的回收率可达94.33%到115.33%。结论:该THz传感器可以实现靶标miRNA-21的高灵敏、高特异性检测,具备了在miRNA相关疾病无标记诊断与早期预警的潜力。
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编辑人员丨5天前
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基于多数据库分析转移性黑色素瘤和乳腺癌脑转移的关键调控基因及其生物学特征
编辑人员丨5天前
目的:通过生物信息数据库的挖掘,探究转移性黑色素瘤和乳腺癌脑转移的关键调控基因、生物学特征和通路。方法:使用基因表达综合(GEO)数据库中转移性黑色素瘤和乳腺癌脑转移的样本数据集GSE8401、GSE46517和GSE12237进行差异基因筛选,设定 P<0.05及logFC>2具有统计学意义,找出差异基因(DEGs)。进一步对DEGs进行基因本体论(Gene Ontology)分析和DAVID数据库通路分析,使用String数据库制作DEGs的蛋白质相互作用(PPI)网络并利用Cytoscape可视化,使用分子复合物检测(MCODE)插件用于筛选Cytoscape中PPI网络的显著交互模块,使用cytoHubba插件对网络进一步分析,采用六种算法来选择枢纽基因,最后使用GeneMARIA数据库构建了枢纽基因和具有共同生物学功能的基因的共表达网络。 结果:最终得到158个DEGs( P<0.05,logFC>2),其中45个基因显著下调,113个显著上调。筛选所得的DEGs主要GO富集为:(1)生物过程(BP):DEGs主要富集在RNA剪接的调控,通过剪接体调控mRNA的剪接,DNA重组的正调控,双链断裂修复的正调控。(2)细胞成分(CC):DEGs主要集中在核小体,焦点黏附,细胞-基质结合点,核染色体,原始溶酶体,嗜酸性颗粒体。(3)分子功能(MF):DEGs主要集中在DNA转录因子结合和RNA聚合酶Ⅱ特异性DNA结合转录因子结合上。通过string数据库,获得初步的DEGs的PPI网络(度截止=2,节点分数截止=0.2,k核心=2,最大深度=100),得到158个蛋白质节点和196条连线。通过Cytoscape筛选获得显著的交互模块,模块1的MCODE得分为4.8,而其seed基因为UBE2V1。筛选出核心DEGs 5个,分别为UBE2N、UBE2V2、RBX1、UBE2B和RXRA。 结论:泛素化途径和核调控的细胞死亡和代谢在转移性黑色素瘤和乳腺癌脑转移中发挥重要作用。
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编辑人员丨5天前
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大鼠RNAi-A2aR慢病毒载体的构建及鉴定
编辑人员丨5天前
目的:构建大鼠RNAi-腺苷A2a受体(A2aR)慢病毒载体并进行鉴定。方法:首先构建3对短发夹RNA(shRNA)-A2aR序列(shRNA-A2aR 1、shRNA-A2aR 2、shRNA-A2aR 3),在shRNA慢病毒载体中分别插入3对双链shRNA oligo,shRNA慢病毒重组质粒构建成功后,将重组质粒、包装载体、穿梭载体共转染293T细胞,从而获得病毒液。实验Ⅰ 采用随机数字表法将大鼠原代心肌细胞分为3组( n=6):空载组(V组)、shRNA-A2aR 1组和shRNA-A2aR 3组,各组分别转染MOI为10的相应病毒液,转染48 h时,Western blot法检测A2aR表达水平,确定干扰效率,以筛选最佳慢病毒载体。实验Ⅱ 采用随机数字表法将大鼠原代心肌细胞分为5组( n=36):空载组(V组)、MOI5组、MOI10组、MOI15组和MOI20组,各组分别转染相应MOI的病毒液(最佳慢病毒载体),于转染24、48和72 h时,采用CCK-8法测定细胞存活率,荧光显微镜下观察细胞活力和细胞死亡情况,Western blot法检测A2aR表达水平,确定干扰效率。 结果:实验Ⅰ 成功构建了2种shRNA-A2aR慢病毒载体(shRNA-A2aR 1、3)。shRNA-A2aR 3病毒液滴度为3.5×10 8 TU/ml。与V组和shRNA-A2aR 1组比较,shRNA-A2aR 3组心肌细胞A2aR表达下调( P<0.01),shRNA-A2aR 3慢病毒载体干扰效率73%。实验Ⅱ 选择shRNA-A2aR 3慢病毒载体转染24 h时,各组细胞存活率均>85%;转染48 h时,MOI5组和MOI10组细胞存活率>80%;转染72 h各组细胞存活率<70%。倒置荧光显微镜下可见,MOI5组荧光密度稍低,MOI10组转染48 h及MOI20组转染24 h时,荧光密度较高且细胞状态较好;转染72 h时各组心肌细胞活力明显下降、死亡细胞增加。Western blot显示:MOI10组转染48 h、MOI15组转染48 h、MOI20组转染24和48 h时干扰效率均>70%。 结论:成功构建了大鼠shRNA-A2aR慢病毒载体,且MOI为10、转染48 h或MOI为20、转染24 h为最佳转染方案。
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编辑人员丨5天前
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采用干扰素治疗的慢性乙型肝炎患者干扰素受体、干扰素刺激基因因子3、双链RNA依赖蛋白激酶和核糖核酸酶L的表达
编辑人员丨5天前
目的:了解采用干扰素治疗的慢性乙型肝炎(chronic hepatitis B,CHB)患者干扰素受体(interferon-α receptor,IFNAR)、干扰素刺激基因因子3( interferon-stimulated gene factor 3,ISGF3)、双链RNA依赖蛋白激酶(double-stranded RNA-activated protein kinase,PKR)、核糖核酸酶L(ribonuclease L,RNase L)的表达水平。方法:纳入2014年7月至2017年6月南昌大学第一附属医院感染科收治的41例CHB初治患者,18例给予聚乙二醇干扰素α-2b治疗,23例患者给予普通干扰素治疗。采用反转录荧光聚合酶链反应和蛋白质印迹法检测治疗前,治疗4、8、12、24周时患者外周血单个核细胞(peripheral blood mononuclear cell,PBMC)中IFNAR1、IFNAR2、ISGF3、PKR、RNase L的mRNA和蛋白质表达水平。比较治疗有效组和无效组患者上述指标的表达水平。统计学分析采用 t检验。 结果:治疗24周时,25例患者治疗有效,16例治疗无效。治疗4周时,有效组患者PBMC中IFNAR1、IFNAR2和PKR的mRNA表达水平分别为0.748±0.129、1.169±0.125和1.047±0.091,分别高于无效组患者的0.591±0.021、0.689±0.059和0.791±0.033,差异均有统计学意义( t=-4.304、16.482、-5.346,均 P<0.01);有效组患者PBMC中ISGF3和RNase L的mRNA表达水平分别为0.739±0.159和0.780±0.140,无效组患者分别为0.690±0.035和0.733±0.122,差异均无统计学意义( t=-0.160、-1.443,均 P>0.05)。基线,治疗8、12和24周时,有效组患者PBMC中IFNAR1、IFNAR2、ISGF3、PKR和RNase L的mRNA表达水平均高于无效组,差异均有统计学意义(均 P<0.01)。基线,治疗4、8、12和24周时,有效组患者PBMC中IFNAR1、IFNAR2、ISGF3、PKR和RNase L的蛋白质表达水平均高于无效组,差异均有统计学意义(均 P<0.01)。 结论:采用干扰素治疗后,CHB患者PBMC中IFNAR1、IFNAR2、ISGF3、PKR和RNase L的mRNA和蛋白质表达水平均可升高,其中IFNAR2和PKR在治疗早期(4周)即明显升高。
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编辑人员丨5天前
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GNG4对卵巢癌顺铂耐药A2780/DDP细胞DNA损伤修复及化疗敏感性的影响
编辑人员丨5天前
目的:探讨GNG4与卵巢癌顺铂耐药A2780/DDP细胞DNA损伤修复及化疗敏感性的关系。方法:将A2780/DDP细胞分为500 ng/ml顺铂作用组(cDDP组)、短发夹RNA(shRNA)-GNG4沉默GNG4表达组(shRNA组)、500 ng/ml顺铂和shRNA-GNG4干预组(shRNA+cDDP组)、未经顺铂和shRNA-GNG4干预组(空白对照组)。采用蛋白质印迹法检测各组细胞GNG4和γH2AX蛋白的表达,单细胞凝胶电泳法检测各组细胞DNA损伤情况,免疫荧光法检测γH2AX基因在损伤位点的焦点形成情况,平板克隆形成实验检测细胞克隆形成能力。结果:与其他3组相比,shRNA+cDDP组GNG4蛋白表达水平最低,γH2AX蛋白表达水平最高,差异均有统计学意义(均 P<0.01)。单细胞凝胶电泳法检测显示,空白对照组、cDDP组、shRNA组、shRNA+cDDP组细胞彗星尾DNA百分含量分别为(7.7±2.5)%、(12.3±3.6)%、(20.1±2.1)%、(38.6±2.8)%,Olive尾距分别为5.12±1.89、8.23±2.97、14.99±3.65、22.43±3.17,shRNA+cDDP组细胞彗星尾DNA含量和Olive尾距均高于其他3组,差异均有统计学意义(均 P<0.05)。免疫荧光法检测显示,空白对照组、cDDP组、shRNA组、shRNA+cDDP组每个细胞中γH2AX的焦点数分别为(4.2±0.7)个、(5.1±0.5)个、(26.8±3.3)个、(71.3±6.2)个,shRNA+cDDP组均高于其他3组,差异均有统计学意义(均 P<0.05)。空白对照组、cDDP组、shRNA组、shRNA+cDDP组克隆形成率分别为(78.27±5.01)%、(45.67±3.29)%、(26.20±5.76)%、(1.56±0.21)%,shRNA+cDDP组均低于其他3组,差异均有统计学意义(均 P<0.001)。 结论:下调GNG4的表达可增加卵巢癌A2780/DDP细胞对顺铂的敏感性,其可能是通过抑制顺铂诱导的DNA损伤修复功能实现的。
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编辑人员丨5天前
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DEK基因RNA干扰慢病毒表达载体的构建及其对肝癌细胞生物学行为的影响
编辑人员丨5天前
目的:构建DEK基因的RNA干扰(RNAi)慢病毒表达载体,并探讨其对肝癌细胞生物学行为的影响。方法:采用RNAi技术,根据DEK基因的干扰序列,合成Oligo DNA,退火形成双链DNA,将其克隆到酶切后的小干扰RNA表达载体pLKO.1上,构建重组慢病毒载体pLKO.1-sh hDEK,经293T细胞包装,收集病毒上清液,感染细胞。采用实时逆转录PCR(RT-PCR)和免疫蛋白印迹法(Western blot)检测人肝癌细胞Bel-7402、Huh-7、SMMC-7721和HepG2中DEK的表达及感染慢病毒的各组细胞中DEK的敲低效率。分别通过细胞计数试剂盒-8(CCK8)增殖实验、流式细胞术、划痕实验检测细胞增殖能力、克隆形成能力、凋亡及迁移能力。两组间均数比较采用 t检验,多组间比较采用单因素方差分析(one-way ANOVA)。 结果:酶切鉴定和DNA测序结果证实,重组慢病毒载体pLKO.1-sh hDEK1及pLKO.1-sh hDEK3构建成功。RT-PCR和Western blot结果显示,肝癌细胞Bel-7402和Huh7中DEK的表达较高,pLKO.1-sh hDEK3能更有效地抑制DEK基因的表达( P < 0.05),因此选择pLKO.1-sh hDEK3重组慢病毒感染肝癌细胞Bel-7402和Huh7进行后续的功能实验。CCK8细胞增殖实验结果显示肝癌细胞Bel-7402和Huh7感染重组慢病毒后,细胞增殖能力与空白对照及阴性对照相比减弱( P < 0.05);细胞凋亡结果显示敲低组细胞凋亡率高于空白对照及阴性对照组( P < 0.05);细胞划痕实验结果显示敲低组划痕愈合率低于空白对照及阴性对照组( P < 0.05),差异均有统计学意义;而空白对照及阴性对照组比较,差异无统计学意义。 结论:靶向沉默肝癌细胞中DEK的表达,能够抑制细胞增殖及迁移能力,并诱导凋亡,为进一步研究DEK基因在肝癌中的作用奠定基础。
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编辑人员丨5天前
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一例ABO亚型CisAB个体的分子遗传学分析
编辑人员丨5天前
目的:研究1例ABO亚型的分子机制。方法:先证者红细胞ABO表型鉴定采用常规血清学技术, ABO基因第6~7外显子序列采用PCR技术扩增并应用Sanger法双向进行测序分析。先证者 ABO基因第6~7外显子单体型检测采用单链扩增测序技术。 结果:先证者红细胞与抗-A凝集强度4+、抗-A1不凝集,抗-B凝集强度3+,抗-H凝集强度4+;其血清与标准A细胞、O细胞和自身细胞不凝集,与标准B细胞在4℃呈现弱凝集,先证者血清学特性符合ABO亚型。 ABO基因第6~7外显子双链测序分析显示先证者261 G/del、297AG、526CG、657CT、703GA、803GC、930GA杂合,796CC纯合。单体型测序显示先证者一个等位基因为 ABO* O.01.01,另一个等位基因与 ABO* B.01相比仅c.796A>C变异,导致266位蛋氨酸变成亮氨酸;比较国际输血协会 ABO等位基因已命名的数据,发现该变异属于新等位基因。 结论:ABO* B.01等位基因c.796 A>C变异,导致266位蛋氨酸变成亮氨酸,可引起CisAB亚型。准确鉴定ABO亚型应结合血清学技术和分子生物学技术。
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编辑人员丨5天前
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巨细胞病毒感染的眼部病变研究进展
编辑人员丨5天前
巨细胞病毒是一种疱疹病毒科的双链DNA病毒,初次感染在各年龄阶段均可发生,其感染眼部后表现多样,以巨细胞病毒性角膜内皮炎、巨细胞病毒性前葡萄膜炎及巨细胞病毒性视网膜炎最为常见,可对视力造成严重损害。掌握这些疾病的临床特征、尽早明确诊断有助于及早干预、改善患者视力预后。本文就巨细胞病毒性角膜内皮炎、巨细胞病毒性前葡萄膜炎及巨细胞病毒性视网膜炎的发病人群及好发因素、眼部特征性临床表现、眼科常用辅助检查特征、分子生物学方法辅助诊断及多种治疗手段的研究进展进行综述,以期为临床工作提供参考。
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编辑人员丨5天前
