目的 探讨序列相似性家族107成员A(FAM107A)调控缺氧诱导因子3A(H1F3A)对前列腺癌(PCa)迁移、侵袭、凋亡的影响.方法 通过生物信息学技术筛选目的基因并进行分析.体外培养人PCa细胞PC-3,采用反转录病毒稳定转染,采用蛋白质印迹法(Western blot)技术验证HIF3A及DNA甲基转移酶1(DNMT1)的表达量;流式细胞仪检测细胞周期及凋亡;焦磷酸测序检测启动子甲基化程度;细胞功能试验验证对PCa迁移和侵袭的影响.两组间差异表达采用独立样本t检验方法比较.结果 生信分析提示FAM107A基因在PCa组织中表达低于正常前列腺组织(P＜0.01),Gleason评分(GS)越高,FAM107A表达量越低(P＜0.01).划痕实验、Transwell侵袭实验提示过表达 FAM107A会抑制 PCa 细胞的迁移(C4-2:0.337±8.930 比 29.334±2.651,t=-7.260,P＜0.05;PC-3:18.672±10.494 比 52.043±3.512,t=-6.024,P＜0.05)、侵袭(DU145:117.703±12.845 比 242.303±21.401,t=10.273,P＜0.05;PC-3:51.674±9.502 比 139.303±13.394,t=16.025,P＜0.05),促进凋亡(17.180±0.700 比 0.527±0.121,t=40.600,P＜0.05).细胞周期实验表明oe-FAM107A-ENZ组细胞G1期比例高于对照组(80.410±0.786比35.583±0.714,t=73.130,P＜0.05),S 期比例低于对照组(11.233±0.374 比 38.747±1.809,t=25.790,P＜0.05),细胞分裂被阻滞在S期.蛋白免疫印迹实验证明过表达FAM107A组的DNMT1表达量低于对照组(0.277±0.032 比 0.900±0.026,t=25.93,P＜0.05),HIF3A 表达量高于对照组(0.657±0.040 比0.523±0.043,t=4.041,P＜0.05).sh-FAM107A-5-aza 组的 HIF3A 的表达量明显恢复(0.550±0.020比0.427±0.067,t=3.073,P＜0.05).蛋白免疫印迹实验证明过表达FAM107A时E-钙黏蛋白(E-cadherin)表达量高于对照组(0.773±0.095 比 0.307±0.046,t=7.683,P＜0.05),N-钙黏蛋白(N-cadherin)表达量低于对照组(0.380±0.060 比 0.733±0.045,t=8.154,P＜0.05),波形蛋白(Vimentin)表达量低于对照组(0.347±0.107 比 0.700±0.040,t=5.361,P＜0.05).结论 FAM107A高表达可抑制HIF3A启动子甲基化促进其表达,进而抑制PCa的迁移、侵袭,是PCa进展的生物标志物.

目的 探讨促性腺激素释放激素激动剂(GnRH-a)长方案促排卵并鲜胚移植后临床妊娠结局的影响因素,构建临床妊娠的列线图预测模型,并验证模型.方法 纳入2019年1月—2023年4月于兰州大学第一医院生殖医学中心行GnRH-a长方案促排卵并鲜胚移植共4 627个周期的临床资料,统计分析纳入患者的一般临床资料、临床妊娠结局.采用最小绝对收缩和选择算子(LASSO)回归技术和多因素Logistic回归筛选数据维度和预测因子,按照7∶3的比例将最终纳入的3 470个周期随机分配为训练集(2 429个)和测试集(1 041个).采用多因素Logistic回归分析建立临床妊娠结局的预测模型并用列线图将其可视化.采用曲线下面积(AUC)、Hosmer-Lemeshow拟合优度检验和决策曲线分析(DCA)评估模型.结果 根据LASSO回归分析计算选择18个非零系数变量,多因素Logistic回归分析结果显示年龄、多囊卵巢综合征、反复妊娠丢失、高血压家族史、促性腺激素启动日剂量、扳机用药、扳机日孕酮水平、扳机日子宫内膜厚度、移植胚胎数量、移植优质胚胎数量、移植胚胎类型(囊胚与否)和男方弱精子症患病与否共12个因素作为预测因子建立Logistic模型并用列线图可视化;训练集AUC为0.657,验证集AUC为0.617,Hosmer-Lemeshow检验显示该模型拟合好(P=0.208,平均绝对误差=0.008),DCA提示当患者临床妊娠的阈值概率在11%～67%时,应用该列线图可增加净获益.结论 该模型可为GnRH-a长方案促排卵并鲜胚移植周期临床妊娠结局预测提供参考,但该模型的预测精度有限,有待于进一步开发.

目的:运用基因芯片技术筛查与黑素瘤相关的DNA异常甲基化位点，初步构建黑素瘤特异性甲基化谱。方法:采用Illumina Human Methylation 450K全基因组甲基化芯片对6例黑素瘤组织及其瘤旁组织标本进行全基因组DNA检测，得出差异DNA甲基化位点。采用Gene Ontology（GO）富集分析及KEGG_Pathway分析了解基因功能。结果:基因芯片检测结果显示，黑素瘤组织与瘤旁组织存在差异甲基化位点，共27 779个，其中16 673个为高甲基化位点，11 106个低甲基化位点。提高筛选条件为 P < 0.01、︳Δβ︳> 0.2，过滤掉所有单核苷酸多态性相关探针、位于XY染色体上的探针以及交叉反应的探针，共筛选得到4 883个差异甲基化位点，其中1 459（30%）个位于启动子区（包括TSS1500、TSS200、5′UTR、1st Exon）。GO富集分析显示，差异甲基化基因参与的生物学过程主要包括细胞生长、分化、黏附、运动迁移、信号转导及转录调控等。KEGG_Pathway分析显示，差异甲基化基因主要参与黏着斑、癌症通路、转化生长因子β信号通路、磷脂酰肌醇信号通路、黑素生成、趋化因子信号通路、黏合连接、钙信号通路、细胞黏附分子、MAPK信号通路、Wnt信号通路、JAK-STAT信号通路。基于"启动子区高甲基化位点对应的前16个基因、出现甲基化频率最高（CpG位点≥ 7）的基因、具有一定的功能或参与某条信号通路"条件，选出8个基因（ KAAG1、 DGKE、 SOCS2、 TFAP2A、 GNMT、 GALNT3、 ANK2、 HOXA9）作为黑素瘤候选生物标志物。 结论:黑素瘤组织存在较多高甲基化基因，8个差异甲基化基因有可能作为黑素瘤的生物标志物。

目的:筛选原发胶质母细胞瘤放化疗敏感性相关基因，基于相关基因构建原发胶质母细胞瘤患者的预后预测模型并验证。方法:回顾性分析中国脑胶质瘤基因组图谱计划(CGGA)2019数据库(102例，试验组)和CGGA数据库(54例，验证组)中术后接受规范放化疗的原发胶质母细胞瘤患者的临床资料及转录组测序数据。在试验组中筛选长生存期亚组(≥18个月，49例)与短生存期亚组(≤9个月，22例)患者的差异基因，进一步将患者的年龄、肿瘤异柠檬酸脱氢酶( IDH)突变状态、染色体1p/19q共缺失状态、O 6-甲基鸟嘌呤DNA甲基转移酶( MGMT)启动子区甲基化状态以及差异基因均纳入多因素Cox回归分析，筛选其中为独立预后因素的目标差异基因，取其风险比的自然对数作为各基因相应的系数，计算预后风险评分。采用单因素和多因素Cox回归分析法评估预后风险评分是否为独立预后因素；采用Kaplan-Meier法绘制生存曲线，log-rank检验比较高风险组(预后风险评分>0分)与低风险组(预后风险评分≤0分)患者生存期的差异。通过Pearson相关性分析筛选与风险评分呈正相关的基因，并对其进行功能富集分析。 结果:试验组中，长生存期亚组与短生存期亚组患者的性别、年龄、肿瘤切除程度、 IDH突变状态、染色体1p/19q缺失状态以及 MGMT启动子甲基化状态的差异均无统计学意义(均 P>0.05)。长生存期亚组与短生存期亚组比较，9个基因表达量显著升高(均 P<0.05)，28个基因表达量显著降低(均 P<0.05)。采用多因素Cox回归分析法筛选出4个目标差异基因，分别为 AKR1 C1( HR＝0.910，95% CI：0.850～0.974， P＝0.006)、 CPZ( HR＝0.947，95% CI：0.898～0.999， P＝0.044)、 HIST1 H3 H( HR＝1.299，95% CI：1.025～1.647， P＝0.031)以及 TBX5( HR＝1.104，95% CI：1.034～1.179， P＝0.003)，其对应的预测模型中的系数分别为-0.0947、-0.0547、0.2624、0.0994。试验组和验证组中，预后风险评分(高风险)均为预后的独立危险因素(试验组中， HR＝2.407，95% CI：1.470～3.939， P<0.001；验证组中， HR＝2.054，95% CI：1.101～3.830， P＝0.024)。试验组和验证组中，高风险亚组(分别为51、22例)患者的总生存期均比低风险亚组(分别为51例、32例)短，差异均有统计学意义(均 P<0.05)。功能富集分析结果显示，在试验组与验证组中，与预后风险评分正相关的基因更多地富集在细胞增殖、基因表观遗传学调控、DNA修复及核因子κB信号通路的激活等生物学功能上。 结论:基于放化疗敏感性相关基因 AKR1 C1、 CPZ、 HIST1 H3 H以及 TBX5构建的预后预测模型或可用于预测原发胶质母细胞瘤患者的预后。

目的:研究甲基转移酶抑制剂阿扎胞苷（5-azaC）对黑素瘤A375细胞中同源框A9（HOXA9）基因表达及细胞增殖、侵袭和迁移能力的影响。方法:1、5、10、20 μmol/L 5-azaC分别作用于体外培养的A375细胞，以未经药物干预的常规培养A375细胞作为对照组，甲基化特异性PCR检测不同浓度5-azaC处理后HOXA9基因启动子区甲基化状态，筛选5-azaC最佳浓度进行后续实验。细胞计数试剂盒（CCK8）检测5-azaC对A375细胞增殖能力的影响，Transwell及细胞划痕实验分析5-azaC对A375细胞侵袭及迁移能力的影响，实时荧光定量PCR及Western印迹检测5-azaC作用后A375细胞中HOXA9 mRNA及蛋白表达水平。两组间比较采用独立样本 t检验。 结果:对照组A375细胞中HOXA9基因启动子区表现为甲基化状态，经5-azaC处理后，A375细胞中HOXA9基因启动子区甲基化与非甲基化状态并存，且随5-azaC处理浓度的增加，HOXA9基因去甲基化程度越高，因此选择20 μmol/L 5-azaC浓度处理A375细胞72 h作为5-azaC处理组，用于后续实验。与对照组相比，5-azaC处理组A375细胞增殖能力显著降低（72.46% ± 2.19%比100%， t = 28.09， P < 0.001），侵袭细胞数量显著减少[（242.70 ± 29.19）个比（466.00 ± 22.65）个， t = 10.47， P < 0.001]，迁移能力减弱（27.56% ± 2.74%比35.69% ± 2.50%， t = 3.79， P = 0.019），HOXA9 mRNA表达量升高（1.73 ± 0.28比1.01 ± 0.15， t = 3.93， P = 0.017），HOXA9蛋白表达量增多（0.62 ± 0.03比0.50 ± 0.01， t = 3.82， P = 0.019）。 结论:5-azaC能够降低黑素瘤细胞株A375的增殖、侵袭、迁移能力，且该过程可能机制之一是5-azaC反转HOXA9基因启动子区甲基化状态，激活基因表达，从而参与调控黑素瘤细胞生物学行为。

目的:运用网络药理学筛选蒲公英治疗乳腺癌的有效成分及对应靶点，构建"药物-有效成分-疾病-靶点"网络，探讨蒲公英治疗乳腺癌的作用机制。方法:通过Batman TCM、PubChem及SwissTargePrediction数据库和GeneCards、OMIM数据库筛选蒲公英有效成分、疾病靶点，运用Cytoscape软件构建药物与疾病间相互作用网络，筛选蒲公英治疗乳腺癌的有效成分及靶点；基于R软件进行GO功能注释和KEGG通路富集分析，探究作用机制。结果:预测得到8个蒲公英治疗乳腺癌的有效成分和42个差异基因，并推断其作用机制可能与癌症中的MicroRNA信号通路、mTOR信号通路、催乳素信号通路及RNA聚合酶Ⅱ近端启动子序列特异性DNA结合等有关，其中Akt1、PTGS2、ESR1、NFKB1、AR等基因可能为核心靶点。结论:蒲公英治疗乳腺癌具有多成分、多靶点、多通路的作用特点，为阐述蒲公英治疗乳腺癌的作用机制和开展进一步研究提供依据。

目的:探讨唐氏综合征(Down syndrome, DS)DNA甲基化模式以及基因不同元件甲基化水平与DS基因表达的相关性。方法:应用全基因组亚硫酸氢盐测序技术筛选来源于DS患儿和正常对照的诱导多功能干细胞(induced pluripotent stem cells，iPSCs)中差异甲基化区域(differentially methylated region，DMR)，对其在染色体和基因位置上的分布进行统计分析。通过聚类分析，研究差异基因涉及的功能。并结合全基因组表达谱数据和实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR，qRT-PCR)研究不同基因元件甲基化的调控作用。结果:DS iPSCs中共检测出1569个DMR，启动子区高甲基化所占比例明显高于基因体(genebody)，且DMR不富集在21号染色体上。启动子和genebody高甲基化均对基因表达起到抑制作用。聚类结果显示，具有DMR的基因显著富集在神经发育、干细胞多能性以及组织器官大小调控的相关通路上。结论:DS iPSCs中DNA甲基化异常在全基因组广泛分布，DS中DNA甲基化的分布模式和调控模式均不同于正常样本，DNA甲基化可能在早期胚胎发育过程中参与了唐氏综合征DS患者神经发育异常及其他异常的发生。

目的:探讨可变剪接事件结合剪接因子对乳头状肾细胞癌患者预后的预测作用。方法:从TCGA数据库下载乳头状肾细胞癌患者的临床相关资料(性别、年龄、分期等)及转录组数据，并从TCGASpliceSeq数据库获得可变剪接事件信息。通过R语言软件及程序包，使用LASSO、Cox回归模型筛选相关可变剪接事件及相关特异剪接因子，建立乳头状肾细胞癌预后模型，进行独立预后分析，并绘制剪接事件相关的调控网络。结果:通过单因素Cox比例风险回归模型确定1 405个可变剪接事件与乳头状肾细胞癌相关，包括可变受体位点(AA)事件98个、可变供体位点(AD)事件101个、可变启动子(AP)事件333个、可变终止子(AT)事件346个、外显子跳跃(ES)事件448个、外显子互斥(ME)事件3个和内含子保留(RI)事件76个。经过LASSO、多因素Cox比例风险回归分析，并结合临床数据，显示可变剪接事件(C16orf13|32924|ES、TSFM|22759|ES、MACF1|1881|ES、ATP5C1|10726|ES、UNG|24277|AP、UNKL|33077|AP)可能是乳头状肾细胞癌的独立预后风险因素( HR＝1.028，95% CI：1.018~1.039， P<0.01)。通过相关性分析寻找乳头状肾细胞癌中可变剪接事件与剪接因子之间的潜在调控关系，构建调控网络，共116个剪接因子及1 059个可变剪接事件纳入分析，其中正、负相关调控事件分别为553、506个。 结论:可变剪接事件结合相关临床数据对预测乳头状肾细胞癌患者预后具有一定意义，对探索乳头状肾细胞癌的研究具有重要作用。

目的:分析亚砷酸钠（NaAsO 2）致人肝星状细胞（LX-2细胞）纤维化及自噬相关的DNA甲基化位点，筛选与纤维化及自噬相关的特异性甲基化基因。 方法:采用DNA甲基化芯片Illumina Infinium Methylation EPIC BeadChips（850K甲基化芯片）对LX-2细胞（对照组）及NaAsO 2干预（低、中、高剂量组：终浓度分别为5、10、15 μmol/L NaAsO 2，干预48 h）致LX-2细胞纤维化及自噬模型进行全基因组DNA检测，寻找差异甲基化位点。对筛选出的差异甲基化基因进行GO功能富集分析和KEGG信号通路富集分析，了解基因功能。 结果:高剂量组细胞纤维化及自噬模型构建成功。850K甲基化芯片检测结果显示，高剂量组与对照组间存在25 817个显著差异甲基化位点，其中高甲基化位点12 083个、低甲基化位点13 734个。GO功能富集分析显示，差异甲基化基因参与的分子功能主要包括蛋白结合、离子结合、催化活性、酶结合。KEGG信号通路富集分析显示，差异甲基化基因参与的通路主要包括代谢通路、癌症通路、磷脂酰肌醇-3-激酶-蛋白激酶B（PI3K-Akt）信号通路、内吞作用、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）信号通路。进一步在启动子区，筛选出11个与纤维化相关的差异甲基化基因和29个与自噬相关的差异甲基化基因。结论:NaAsO 2诱导LX-2细胞纤维化及自噬过程中存在大量差异甲基化位点，筛选出与纤维化及自噬相关的特异性甲基化基因。

目的:应用网络药理学及分子对接技术探讨苦参碱注射液治疗结直肠癌的作用机制。方法:从Swiss Target Prediction数据库、SuperPred数据库和中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库获得苦参碱的潜在靶点。从基因表达综合（GEO）数据库得到的差异基因结合GeneCards、OMIM、DrugBank和CTD数据库收集结直肠癌相关靶点。建立蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络来筛选核心靶点。利用R语言的Bioconductor进行基因本体（GO）富集分析及京都基因和基因组百科全书（KEGG）信号通路分析。并通过分子对接技术评估苦参碱和核心靶点之间的相互作用。结果:确定了63个苦参碱靶点，获取14 198个结直肠癌疾病靶点。PPI网络的拓扑分析揭示了5个核心靶点分别为髓细胞增生蛋白（MYC）、白细胞介素-6（IL-6）、胱天蛋白酶3（CASP3）、哺乳动物雷帕霉素靶蛋白（mTOR）和双调蛋白（AR）。GO富集分析显示，生物过程（BP）主要包括过氧化氢的反应、细胞对过氧化氢的反应和细胞对化学应激的反应等；细胞组分（CC）主要包括脂筏、膜微区和突触膜等；分子功能（MF）主要包括转录协同调节因子结合、突触后神经递质受体活性和核心启动子序列特异度DNA结合等。KEGG通路富集分析表明，苦参碱的作用是由化学致癌-受体激活、肿瘤坏死因子（TNF）信号通路和Toll样受体信号通路介导的。分子对接显示苦参碱与筛选的核心靶点之间具有良好的结合能力。结论:苦参碱作用MYC、IL-6、CASP3、mTOR和AR等靶点，通过调节化学致癌-受体激活、TNF信号通路和Toll样受体等信号通路发挥抗结直肠作用。