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恶性胸膜间皮瘤中差异表达基因的预后意义及免疫细胞浸润分析
编辑人员丨4天前
目的:基于生物信息学方法挖掘分析恶性胸膜间皮瘤(MPM)的差异表达基因,研究其在MPM中的预后价值及其在免疫治疗中的潜在作用。方法:于2022年1月,从GEO数据库下载数据集GSE51024,获得MPM(55例)和正常组织(41例)样本。利用R软件结合HMDD和miRNet数据库筛选MPM相关差异基因并确定共表达基因。对共表达基因进行富集和功能注释,使用STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络并确定关键基因。利用TRRUST、GEPIA数据库预测关键基因的转录因子及预后生存分析。使用TIMER分析关键基因和免疫细胞浸润程度的相关性。结果:共获得435个共表达基因,主要富集于细胞外基质组织、细胞黏附分子信号通路。结合PPI和TRRUST数据库,确定7个MPM预后相关的关键基因,其中细胞周期蛋白20(CDC20)、细胞周期检测点激酶1(CHEK1)、Zeste基因增强子同源物2(EZH2)、核糖核苷酸还原酶亚基M2(RRM2)、拓扑异构酶2A(TOP2A)、泛素样含植物同源结构域和环指域1(UHRF1)在MPM中的表达上调,周期调节蛋白A1(CCNA1)表达下调;CCNA1、CDC20、CHEK1、EZH2、RRM2、TOP2A、UHRF1基因表达与MPM总体生存率有明显关联( P<0.05)。CDC20、CHEK1、EZH2、RRM2、TOP2A基因表达与B细胞、树突状细胞均呈正相关( P<0.05),与中性粒细胞均呈负相关( P<0.05)。 结论:CCNA1、CDC20、CHEK1、EZH2、RRM2、TOP2A、UHRF1可能是MPM患者潜在的预后标志物,其表达可能与MPM肿瘤免疫相关。
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编辑人员丨4天前
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基于GEO数据库呼吸机相关性肺损伤小鼠基因芯片数据的生物信息学分析及关键基因验证
编辑人员丨4天前
目的:利用生物信息学方法挖掘呼吸机相关性肺损伤(VILI)小鼠的差异表达基因(DEG),并通过构建VILI小鼠模型对关键基因进行验证。方法:①实验1(生物信息学分析):从基因表达数据库(GEO)下载VILI与自主呼吸对照组小鼠的肺组织基因芯片数据GSE9368和GSE11662,通过统计分析获得DEG,运用韦恩图获得两个数据的共同DEG,然后使用DAVID在线数据库对共同DEG进行基因本体(GO)功能注释和京都基因与基因组百科(KEGG)通路富集分析,最后利用基因与蛋白质相互作用检索在线数据库(STRING)对共同DEG进行基因编码蛋白相互作用(PPI)分析,并运用CytoScape软件、分子复合物检测分析插件(MCODE),以及CytoHubba插件中最大团中心性(MCC)、最大邻居连通度(MNC)与度(degree)算法进行拓扑分析,筛选出关键基因。②实验2(相关基因编码蛋白验证):构建C57BL/6小鼠大潮气量(20 mL/kg)VILI模型,并设自主呼吸对照组。取小鼠肺组织进行苏木素-伊红(HE)染色,观察肺组织病理学改变;并对实验1中筛选出的关键基因编码蛋白进行免疫组化验证。结果:①实验1结果:GSE9368数据中筛选出114个DEG,其中上调99个,下调15个;GSE11662数据中筛选出258个DEG,其中上调188个,下调70个;获得共同DEG 66个,其中上调61个,下调5个。GO功能注释结果表明,共同DEG参与炎症反应、免疫应答、白细胞及中性粒细胞趋化浸润等过程;KEGG通路富集分析提示共同DEG主要富集于细胞黏附、细胞因子-细胞因子受体相互作用及肿瘤坏死因子(TNF)信号通路等。通过STRING及CytoScape构建差异基因PPI网络图和重要子模块,并获得拓扑分析MCC、MNC及degree算法得出的交集基因,分别为细胞因子信号转导抑制因子3(SOCS3)、白细胞介素-1β(IL-1β)、基质金属蛋白酶-9(MMP-9)、整合素Itgam、CXC型趋化因子配体2(CXCL2)、CXC型趋化因子受体2(CXCR2)、L-选择素Sell及CC型趋化因子受体1(CCR1)。②实验2结果:构建大潮气量VILI小鼠模型结果显示,与自主呼吸对照组相比,机械通气结束后0 h小鼠肺组织有所损伤;通气结束后6 h肺组织结构受损明显,肺泡腔可见不同程度出血和塌陷,肺泡壁明显增厚,肺泡腔及间质还可见炎症细胞浸润。对拓扑分析交集前3位基因IL-1β、SOCS3、MMP-9的编码蛋白进行免疫组化染色,结果显示,随通气时间延长,小鼠肺组织中IL-1β、SOCS3、MMP-9蛋白表达逐渐上调,6 h时与自主呼吸对照组比较差异均有统计学意义〔IL-1β(积分 A值):8.40±2.67比5.10±0.94,SOCS3(积分 A值):9.74±1.80比5.95±1.31,MMP-9(积分 A值):11.45±6.20比5.36±1.28,均 P<0.05〕。 结论:基于GSE9368和GSE11662数据的生物信息学分析发现,VILI与炎症损伤、细胞因子及免疫细胞浸润相关;IL-1β、SOCS3、MMP-9蛋白可能为VILI生物标志物。
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编辑人员丨4天前
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西维来司钠抑制中性粒细胞弹性蛋白酶调控肝内胆管MUC5AC表达
编辑人员丨4天前
目的:探讨西维来司钠是否能够通过抑制中性粒细胞弹性蛋白酶(NE)进而减少黏蛋白5AC(MUC5AC)在肝内胆管上皮细胞中的表达,为治疗肝内胆管结石(IBDS)提供新的潜在治疗思路。方法:①生信分析:基于基因表达数据库(GEO)对胆结石及胆囊炎的测序数据进行差异基因分析,筛选中性粒细胞及黏蛋白相关的显著差异基因,使用基因与蛋白质相互作用检索数据库(STRING)进行蛋白互作分析,以预测NE基因与MUC5AC是否存在互作关系。②动物实验:将18只雄性SD大鼠按随机数字表法分为假手术组、胆管炎模型组和西维来司钠治疗组,每组6只。结合预实验于大鼠右前叶肝脏一次性注射1.25 mg/kg脂多糖(LPS)建立胆管炎大鼠模型;假手术组肝脏注射等体积生理盐水。建模后,西维来司钠治疗组尾静脉注射西维来司钠100 mg/kg;假手术组和胆管炎模型组尾静脉注射等体积生理盐水;每日1次,连续给药5 d。2周后处死大鼠取肝胆管组织,光镜下观察肝胆管组织病理学改变;免疫组织化学染色检测肝胆管组织NE和MUC5AC表达;蛋白质免疫印迹试验(Western blotting)检测肝胆管组织NE、MUC5AC、Toll样受体4(TLR4)的蛋白表达。③细胞实验:将原代人肝内胆管上皮细胞株(HiBEpiC)传代后分为空白对照组、NE组(10 nmol/L NE)、NE+西维来司钠低剂量组(10 nmol/L NE+1×10 -8 g/L西维来司钠1 mL)、NE+西维来司钠中剂量组(10 nmol/L NE+1×10 -7 g/L西维来司钠1 mL)、NE+西维来司钠高剂量组(10 nmol/L NE+1×10 -6 g/L西维来司钠1 mL)。培养48 h后收集细胞,行5-乙炔基-2'-脱氧尿嘧啶核苷(EdU)检测细胞增殖活性;酶联免疫吸附试验(ELISA)和Western blotting检测细胞MUC5AC的表达。 结果:①生信分析:NE基因(ELANE)与MUC5AC存在互作关系。②动物实验:光镜下显示,胆管炎模型组肝细胞水肿,肝细胞呈弥漫性点、灶状坏死,汇管区纤维组织及肝内胆管增生与炎症细胞浸润;西维来司钠治疗组肝小叶结构清晰,周围炎症细胞浸润程度较胆管炎模型组减轻。免疫组织化学染色显示,胆管炎模型组NE和MUC5AC较假手术组明显高表达,西维来司钠治疗组NE和MUC5AC表达较胆管炎模型组有所下降〔NE( A值):5.23±2.02比116.67±23.06,MUC5AC( A值):5.40±3.09比23.81±7.09,均 P<0.05〕。Western blotting检测结果显示,胆管炎模型组肝胆管组织NE、MUC5AC和TLR4的蛋白表达均较假手术组显著升高;西维来司钠治疗组肝胆管组织NE、MUC5AC和TLR4的蛋白表达较胆管炎模型组显著下降(NE/β-actin:0.38±0.04比0.70±0.10,MUC5AC/β-actin:0.37±0.03比0.61±0.05,TLR4/β-actin:0.39±0.10比0.93±0.15,均 P<0.05)。③细胞实验:荧光显微镜下显示,各组HiBEpiC细胞的增殖状态良好,阳性细胞比例无明显差异。ELISA法和Western blotting检测结果显示,NE组细胞MUC5AC表达较空白对照组显著升高;NE+西维来司钠各剂量组细胞MUC5AC表达较NE组显著下降,且随西维来司钠浓度升高呈下降趋势,以高剂量组变化最明显〔MUC5AC(μg/L):3.46±0.20比6.33±0.52,MUC5AC/β-actin:0.45±0.07比1.75±0.10,均 P<0.05〕。 结论:LPS作用后可致胆管炎大鼠NE、MUC5AC表达上调,西维来司钠可通过抑制NE减少肝内胆管上皮细胞MUC5AC的表达,为IBDS的治疗提供新的方向。
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编辑人员丨4天前
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复合杂合变异所致遗传性凝血因子Ⅶ缺陷症三个家系的遗传学分析
编辑人员丨4天前
目的:分析3个复合杂合变异所致的遗传性凝血因子Ⅶ(FⅦ)缺陷症家系的基因变异类型及其临床特征。方法:选取2021年12月至2022年10月就诊于温州医科大学附属第一医院的3个家系为研究对象。检测3例先证者及其家系成员的凝血酶原时间(PT)、活化部分凝血活酶时间(APTT)和FⅦ活性(FⅦ:C)。用PCR法扩增先证者 F7基因所有的外显子及其侧翼序列,通过直接测序进行变异分析,并用反向测序进行验证,同时分析家系成员相应的变异位点。用ClustalX-2.1-win软件分析变异位点的保守性;用Varcards和Spcards在线软件预测变异位点的致病性;用Pymol软件分析变异前后蛋白质空间结构及分子作用力的变化。 结果:3例先证者的PT均明显延长,APTT在正常范围,FⅦ:C显著下降。基因分析共发现4种 F7基因变异,3例先证者均携带复合杂合变异。先证者1携带p.Cys389Gly和p.His408Gln复合杂合变异;先证者2携带p.Cys389Gly和IVS6+1G>T复合杂合变异;先证者3携带IVS6+1G>T和IVS1a+5G>A复合杂合变异。保守性分析显示p.Cys389和p.His408位点在同源物种间均呈高度保守;Varcards和Spcards软件分析显示上述变异位点均为致病性;蛋白模型分析显示p.Cys389Gly和p.His408Gln变异会分别导致蛋白质空间结构改变和氢键发生变化。 结论:3个FⅦ缺陷症先证者的FⅦ水平降低可能分别与p.Cys389Gly和p.His408Gln复合杂合变异、p.Cys389Gly和IVS6+1G>T复合杂合变异及IVS6+1G>T和IVS1a+5G>A复合杂合变异有关,这3种复合杂合变异的组合既往均未见报道。
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编辑人员丨4天前
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子宫内膜异位症患者异位内膜组织中差异表达microRNA的筛选
编辑人员丨4天前
目的:探讨微小 RNA(microRNA,miRNA)在子宫内膜异位症(endometriosis,EMS)患者异位内膜组织中的表达特征。方法:收集2018年4月至2019年10月期间于厦门大学附属第一医院妇产科就诊EMS 患者异位内膜组织和对照组在位内膜组织开展实验。利用Illumina平台的miRNA测序检测内膜组织中 miRNA的表达情况。通过生物信息学分析差异表达的miRNAs及其潜在靶基因在EMS发生、发展中的作用。结合文献挑选6个具有显著差异的miRNAs(miR-98-5p、let-7c-5p、miR-495-3p、miR-200b-3p、miR-200c-3p、miR-148b-3p),应用实时荧光定量逆转录聚合酶链反应(quantitative real-time polymerase chain reaction,qRT-PCR)进行验证,并在构建miRNA-基因调控网络后初步验证其潜在靶基因。结果:测序结果显示,相比对照组,EMS患者异位内膜组织中有69个miRNAs出现差异表达(差异倍数>1.5, P<0.05),其中表达上调22个,表达下调47个。基因本体分析显示,差异表达的miRNAs所调控的靶基因在生物学过程中集中在与蛋白质修饰、发育调控、细胞代谢和形态结构等相关。KEGG pathway分析显示,靶基因富集于蛋白质功能、自噬、AGE-RAGE及MAPK信号通路中。qRT-PCR结果显示miR-98-5p、let-7c-5p、miR-200b-3p、miR-200c-3p的表达情况与测序结果一致。miRNA-基因共表达网络显示 miRNAs与所预测的靶基因间的相互关系。miRNAs潜在靶基因的qRT-PCR验证结果显示,miR-200b-3p、miR-200c-3p与 ZEB2呈负相关,miR-98-5p与 PGRMC1呈负相关,miR-98-5p、let-7c-5p与 ADIPOR2呈正相关。 结论:miR-98-5p、let-7c-5p、miR-200b-3p和miR-200c-3p在EMS患者异位内膜组织中存在显著差异表达,可能参与EMS的发生、发展。
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编辑人员丨4天前
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衰老皮肤中ⅩⅦ型胶原蛋白α1对表皮干细胞的影响及微小RNA干预机制
编辑人员丨4天前
目的:探讨ⅩⅦ型胶原蛋白α1(COL17α1)在小鼠衰老皮肤中的表达与作用及其对人表皮干细胞(ESC)干性和增殖能力的影响,并且探讨相关微小RNA(miR)干预人ESC中COL17α1表达的机制。方法:采用实验研究方法。取2个月龄(青年)和24个月龄(老年)雄性C57BL/6J小鼠各12只,取其胸背部全层皮肤标本进行后续检测。对青年小鼠和老年小鼠全层皮肤标本,行苏木精-伊红染色后观察表皮层结构并测量表皮厚度,用透射电子显微镜观察表皮基底膜形态和半桥粒并行半桥粒计数,分别采用实时荧光定量反转录PCR(RT-PCR)法与蛋白质印迹法检测COL17α1的mRNA与蛋白表达,采用免疫荧光法观测COL17α1的蛋白表达与分布。取于解放军总医院第四医学中心行包皮切除手术的3名20~30岁健康男性术后弃用的新鲜包皮组织,提取ESC,取生长良好的细胞进行后续实验。按随机数字表法(分组方法下同)将ESC分为进行相应处理的空白对照组、转染试剂对照组、空载体质粒组、敲低COL17α1质粒组,培养48 h后,采用实时荧光定量RT-PCR法检测COL17α1的mRNA表达,采用蛋白质印迹法检测COL17α1和细胞角蛋白14(CK14)的蛋白表达,采用细胞计数试剂盒8法检测细胞增殖水平。通过DIANA、miRTarBase、miRNAMap、TargetScan、microRNA数据库筛选可能作用于 COL17α1 mRNA 3'非编码区的miR。将ESC分为转染miR模拟物阴性对照物的阴性对照组和转染前述筛选出的各miR的模拟物的各miR模拟物组,转染后48 h,通过蛋白质印迹法检测COL17α1的蛋白表达。基于基因表达综合数据库(GEO)的miR测序数据集GSE114006,使用GEO2R工具统计分析前述筛选出的可造成COL17α1蛋白表达下降的miR在30名青年(18~25岁)人和30名老年(>70岁)人皮肤中的表达。取青年小鼠和老年小鼠全层皮肤标本,采用实时荧光定量RT-PCR法检测前述老年人皮肤中表达增多的miR的表达。取2批ESC,第1批分为COL17α1野生型+miR-203b-3p阴性对照组与COL17α1野生型+miR-203b-3p模拟物组,第2批分为COL17α1突变型+miR-203b-3p阴性对照组与COL17α1突变型+miR-203b-3p模拟物组,分别转染对应序列,48 h后,采用荧光素酶报告基因检测试剂盒检测COL17α1的基因表达水平。组织实验中样本数均为6,细胞实验中样本数均为3。对数据行独立样本 t检验、单因素方差分析、LSD检验或Dunnett检验、Mann-Whitney U检验或Kruskal-Wallis H检验。 结果:与青年小鼠比较,老年小鼠皮肤表皮层与真皮层分界模糊且细胞层次较少,表皮层厚度明显变薄( Z=-2.88, P<0.01),基底膜形态不连续,表皮-真皮连接处半桥粒较少且分布不均,半桥粒数量明显减少( Z=-2.91, P<0.01),COL17α1的mRNA和蛋白表达水平均明显降低( t值分别为10.61、6.85, P<0.01)。与青年小鼠比较,老年小鼠皮肤表皮基底层和毛囊球部的COL17α1蛋白表达均明显减少( Z=-2.24, P<0.05)。培养48 h后,空白对照组、转染试剂对照组、空载体质粒组、敲低COL17α1质粒组ESC中COL17α1的蛋白表达水平分别为1.00±0.27、1.12±0.21、1.13±0.23、0.42±0.18。相较于空白对照组,转染试剂对照组和空载体质粒组ESC中COL17α1的mRNA和蛋白表达水平、CK14的蛋白表达水平及ESC增殖水平均未发生明显变化( P>0.05),敲低COL17α1质粒组ESC中这些指标均明显降低( P<0.05或 P<0.01)。miR-203a-3p、miR-203b-3p、miR-512-5p、miR-124-3p、miR-28-5p、miR-590-3p、miR-329-5p可能结合 COL17α1 mRNA的3'非编码区。转染48 h后,与阴性对照组的1.000±0.224比较,miR-329-5p模拟物组、miR-203b-3p模拟物组和miR-203a-3p模拟物组ESC中COL17α1的蛋白表达水平明显降低(0.516±0.188、0.170±0.025、0.235±0.025, t值分别为3.17、5.43、5.07, P<0.05或 P<0.01)。老年人皮肤中仅miR-203b-3p表达水平明显高于青年人( t=3.27, P<0.01)。老年小鼠皮肤中miR-203b-3p表达水平明显高于青年小鼠( Z=-2.88, P<0.01)。转染后48 h,COL17α1野生型+miR-203b-3p模拟物组ESC中COL17α1的基因表达水平明显低于COL17α1野生型+miR-203b-3p阴性对照组( t=7.66, P<0.01),COL17α1突变型+miR-203b-3p模拟物组ESC中COL17α1的基因表达水平与COL17α1突变型+miR-203b-3p阴性对照组相近( P>0.05)。 结论:COL17α1的mRNA和蛋白表达水平随小鼠年龄增长而减少,可能导致小鼠ESC脱离表皮基底膜。COL17α1的表达减少可抑制CK14的表达与ESC增殖,这可能是老年人皮肤中表皮层变薄和创面愈合减慢的原因。小鼠衰老皮肤中表达增多的miR-203b-3p可以靶向结合 COL17α1 mRNA的3'非编码区,阻碍转录后翻译过程,造成COL17α1蛋白表达减少。
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编辑人员丨4天前
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两个Alport综合征家系的 COL4A5基因变异分析
编辑人员丨4天前
目的:分析两例X连锁显性遗传Alport综合征家系的 COL4A5基因变异谱,为该病的基因诊断和遗传咨询提供依据。 方法:应用二代测序技术并结合PCR-Sanger测序法进行基因检测,确定基因疑似致病变异后,对家系中的其他人员进行相应位点的验证,并以100名健康人样本作为对照。采用ClustalX-2.1-win软件分析氨基酸变异位点的保守性,应用SWISS-MODEL评估位点变异对蛋白质结构的影响。结果:二代测序和Sanger测序显示家系1先证者及其母亲均存在 COL4A5第28外显子c.2210G>A(p.Gly737Asp)杂合变异。家系2先证者及其母亲均存在 COL4A5基因第44外显子c.3799G>A(p.Gly1267Ser)纯合变异。检索文献发现,两种变异均为未见报道的新变异,且100名健康对照中未发生相应变异。 COL4A5基因编码的第737位和第1267位氨基酸在同源物种间高度保守。Swiss-Model预测两种变异均明显影响COL4A5蛋白的三级结构。 结论:COL4A5基因c.2210G>A (p.Gly737Asp)和c.3799G>A(p.Gly1267Ser)变异可能为Alport家系的遗传学病因。该结果丰富了 COL4A5基因变异谱,对于Alport综合征基因型与临床表型之间的相关性和产前筛查的进一步研究具有较大意义。
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编辑人员丨4天前
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放疗诱导ZBTB7A基因过表达在胶质母细胞瘤放疗抵抗中的作用
编辑人员丨4天前
目的:应用大样本临床测序数据联合体外细胞筛选放疗抵抗相关基因,探讨放疗诱导含锌指和BTB结构域蛋白质7A(ZBTB7A)过表达在胶质母细胞瘤(GBM)放疗抵抗中的作用。方法:纳入中国脑胶质瘤基因组图谱计划数据库中966例脑胶质瘤标本的测序和临床数据筛选及验证GBM放疗抵抗候选基因:(1)纳入226例原发GBM(pGBM)与134例手术+放疗后复发的GBM(rGBM)非配对肿瘤标本,以及15例首次诊断为pGBM、手术+放疗后复发再次行手术切除的配对肿瘤标本的测序数据筛选GBM放疗抵抗候选基因,并验证ZBTB7A是否为放疗抵抗相关基因;(2)比较异柠檬酸脱氢酶(IDH)野生型与突变型胶质瘤标本ZBTB7A mRNA表达量的差异(数据集1样本量分别为286、356例,数据集2分别为149、175例);(3)比较ZBTB7A高表达组(148例)与低表达组(148例)GBM患者生存期的差异。纳入2019年4月至2022年12月于首都医科大学附属北京天坛医院手术并经病理学诊断的pGBM与rGBM肿瘤标本(各12例),采用免疫组织化学染色法检测两组肿瘤组织中ZBTB7A蛋白表达水平的差异。采用高能X线照射人脑GBM细胞株U87、LN229和U251(单次13 Gy,照射6.5 min),4、8 h后采用定量PCR方法检测细胞ZBTB7A mRNA的表达量;照射U87和LN229细胞(单次5 Gy,照射2.5 min),1、2、4、8、12 h后采用蛋白质免疫印迹法检测ZBTB7A蛋白及DNA损伤标志物H2AX蛋白的表达量。采用小干扰RNA慢病毒(shRNA)感染法敲低U87细胞ZBTB7A的表达后,采用高能X线照射(单次照射剂量为5 Gy,照射2.5 min),1 h后行彗星实验检测细胞的DNA损伤情况;采用平板克隆实验检测细胞的增殖情况。结果:非配对和配对肿瘤标本测序数据交叉筛选显示,rGBM组ZBTB7A mRNA的表达量均高于pGBM组(均 P<0.05)。IDH野生型ZBTB7A mRNA表达量高于IDH突变型;ZBTB7A高表达GBM患者的生存期短于低表达者;免疫组织化学染色证实ZBTB7A蛋白在rGBM肿瘤标本中的表达量高于pGBM,上述数据差异均有统计学意义(均 P<0.05)。与未照射组比较,照射组细胞的ZBTB7A mRNA和蛋白的表达量均升高(均 P<0.05);H2AX蛋白表达量在照射1 h后开始增加,4 h后逐渐降低。X线照射后,慧星实验结果显示,与阴性对照组比较,ZBTB7A敲低组的DNA损伤显著增加;平板克隆实验结果显示,ZBTB7A敲低组细胞增殖活性显著降低(均 P<0.05)。 结论:ZBTB7A在rGBM中高表达,表达量高与患者的生存期短有关;放疗可诱导GBM细胞ZBTB7A过表达;ZBTB7A可能参与GBM的放疗抵抗。
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编辑人员丨4天前
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基于生物信息学分析识别老年骨质疏松症核心致病基因及通路
编辑人员丨4天前
目的:采用生物信息学方法分析老年骨质疏松症相关的核心致病基因及相关通路。方法:于2020年11月至2021年8月,以在北京积水潭医院就诊的8例骨质疏松症病例和5名健康体检者为研究对象。采集8例老年骨质疏松症患者与5名健康体检者的外周血,开展高通量转录组测序,并对表达谱进行分析。对差异表达基因进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。通过 STRING、Cytoscape 工具构建 PPI 调控网络、筛选核心基因。结果:8例骨质疏松症病例中,男性1例,女性7例,年龄为(72.4±4.2)岁;5名健康体检者中,男性1名,女性4名,年龄为(68.2±5.7)岁。分析筛选出差异表达基因1 635个,其中847个基因高表达,788个基因低表达。GO富集分析结果显示,差异基因在分子功能方面主要富集于核糖体结构成分、蛋白质二聚化活性等;细胞组分方面主要富集于核小体、DNA组装复合物、胞质部分、蛋白-核酸复合物、游离核糖体等。KEGG信号通路分析结果显示,差异表达基因主要富集于系统性红斑狼疮、核糖体等。筛选出的10个核心基因分别为 UBA52 、UBB、RPS27 A、RPS15 、RPS12 、RPL13 A、RPL23 A、RPL10 A、RPS25和 RPS6,且其中7个基因均可编码核糖体蛋白。 结论:老年骨质疏松症的发病可能与核糖体相关基因和通路有关联。
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编辑人员丨4天前
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Krüppel样因子4对脓毒症小鼠炎症反应与脏器损伤的作用
编辑人员丨4天前
目的:探讨Krüppel样因子4(KLF4)在巨噬细胞炎症反应中的表达特点与作用及其对脓毒症小鼠炎症反应与脏器损伤的作用,为烧创伤脓毒症的靶向治疗奠定理论基础。方法:采用实验研究方法。取小鼠RAW264.7巨噬细胞与从10只6~8周龄雄性C57BL/6J小鼠中提取的原代腹腔巨噬细胞(PM)进行实验。采用内毒素/脂多糖(LPS)分别处理RAW264.7巨噬细胞与PM 0(未处理)、1、2、4、6、8、12、24 h构建巨噬细胞炎症反应模型,采用实时荧光定量反转录PCR(RT-PCR)法检测白细胞介素1β(IL-1β)、IL-6、CC趋化因子配体2(CCL2)与肿瘤坏死因子α(TNF-α)mRNA表达,据此确定后续部分实验LPS处理时间。用LPS处理RAW264.7巨噬细胞0、8 h,采用免疫荧光法检测KLF4的定位与蛋白表达;利用高通量测序技术平台对细胞进行转录组测序,采用DESeq2软件筛选2种处理时间细胞间的差异表达基因(DEG)。采用LPS分别处理RAW264.7巨噬细胞与PM 0、1、2、4、6、8、12、24 h,分别用实时荧光定量RT-PCR法与蛋白质印迹法检测KLF4的mRNA与蛋白表达。将RAW264.7巨噬细胞按随机数字表法分为阴性对照组与KLF4过表达组,分别转染对应质粒后用LPS处理0、8 h,采用实时荧光定量RT-PCR法检测KLF4、IL-1β、IL-6、CCL2与TNF-α的mRNA表达,采用蛋白质印迹法检测KLF4蛋白表达。前述实验样本数均为3。将40只6~8周龄雄性C57BL/6J小鼠按随机数字表法分为KLF4过表达组和阴性对照组(每组20只),分别注射相应转染注射液后构建盲肠结扎穿孔脓毒症模型。采用随机数字表法从2组小鼠中各选取12只,观察建模后72 h内生存情况。于建模后8 h取2组分别剩余的8只小鼠,先行眼球取血,采用酶联免疫吸附测定法检测血清中IL-1β、IL-6水平,采用干化学法检测血清中丙氨酸转氨酶(ALT)、天冬氨酸转氨酶(AST)水平;后取心脏、肺脏、肝脏组织,行苏木精-伊红染色后观察损伤情况。对数据行独立样本 t检验、Cochran&Cox近似 t检验、单因素方差分析、Dunnett检验、Brown-Forsythe和Welch单因素方差分析、Dunnett T3检验、log-rank(Mantel-Cox)检验。 结果:与LPS处理0 h比较,LPS处理6 h与8 h RAW264.7巨噬细胞中IL-1β mRNA表达、LPS处理4~12 h RAW264.7巨噬细胞中IL-6 mRNA表达、LPS处理8 h和12 h RAW264.7巨噬细胞中CCL2 mRNA表达以及LPS处理4~8 h RAW264.7巨噬细胞中TNF-α mRNA表达均显著上调( P<0.05或 P<0.01),LPS处理4~8 h PM中IL-1β与CCL2 mRNA表达、LPS处理2~24 h PM中IL-6 mRNA表达以及LPS处理2~12 h PM中TNF-α mRNA表达均显著上调( P<0.05或 P<0.01)。选取8 h作为后续部分实验的LPS处理时间。KLF4主要定位在RAW264.7巨噬细胞的细胞核中。与LPS处理0 h比较,LPS处理8 h RAW264.7巨噬细胞中KLF4蛋白表达明显减少;LPS处理8 h RAW264.7巨噬细胞中有1 470个差异表达显著的DEG,包括转录表达显著下调的 KLF4[错误发现率<0.05,log 2(差异倍数)=-2.47]。与LPS处理0 h比较,LPS处理6~24 h RAW264.7巨噬细胞中KLF4 mRNA表达、LPS处理1~24 h RAW264.7巨噬细胞与PM中KLF4蛋白表达以及LPS处理4~24 h PM中KLF4的mRNA表达均明显降低( P<0.05或 P<0.01)。与阴性对照组比较,KLF4过表达组LPS处理0、8 h RAW264.7巨噬细胞中KLF4的mRNA( t'值分别为17.03、8.61, P<0.05或 P<0.01)与蛋白表达均明显升高,LPS处理0 h RAW264.7巨噬细胞中IL-6、CCL2的mRNA表达均明显升高( t值分别为6.29、3.40, P<0.05或 P<0.01),LPS处理8 h RAW264.7巨噬细胞中IL-1β、IL-6、CCL2、TNF-α的mRNA表达均显著下降( t值分别为10.52、9.60、4.58、8.58, P<0.01)。KLF4过表达组小鼠建模后72 h内生存比例明显高于阴性对照组( χ2=4.01, P<0.05)。建模后8 h,KLF4过表达组小鼠血清中IL-1β、IL-6与ALT、AST水平分别为(161±63)、(476±161)pg/mL与(144±24)、(264±93)U/L,明显低于阴性对照组的(257±58)、(654±129)pg/mL与(196±27)、(407±84)U/L( t值分别为3.16、2.44与4.04、3.24, P<0.05或 P<0.01)。建模后8 h,与阴性对照组比较,KLF4过表达组小鼠心脏、肺脏、肝脏的组织结构紊乱减轻,炎性渗出明显减少,脏器实质细胞病理样改变明显减轻。 结论:KLF4在LPS诱导的巨噬细胞炎症反应中表达显著下降,显著抑制巨噬细胞炎症反应;KLF4显著提高脓毒症小鼠生存率并缓解炎症反应与脓毒症相关脏器损伤。
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编辑人员丨4天前
