肠道菌群是由许多细菌及其代谢产物组成的复杂生态系统,对人体消化、营养吸收、能量供应、脂肪代谢、免疫调节等诸多方面发挥着不可替代的作用.探索肠道菌群的结构与功能、关键基因与代谢产物,将有助于实现疾病的早期诊断与辅助诊断,发现新的治疗靶点与药物治疗效果评价,更好地指导抗生素的使用.肠道菌群的鉴定在临床诊疗及药物研发等领域都具有重要作用,因此,有必要对这一迅速发展的领域进行全面回顾.传统的鉴定方法无法全面捕捉肠道微生物多样性.随着分子生物学的快速发展,肠道菌群的分类鉴定也从最初的表型鉴定和化学鉴定演变到了分子水平鉴定.本综述整合了肠道菌群的主要鉴定方法及其应用评价,特别关注于分子生物学方法的研究进展,并重点介绍了高通量测序技术在肠道菌群鉴定中的应用,这种革命性的肠道菌群鉴定方法预示着人类对微生物世界认识的全新篇章.

目的 建立一种快速、准确、灵敏的多重PCR检测方法,用于同时鉴别6种常见食用肉类(牛、羊、鸡、猪、鹅、鸭),并评估其在肉类食品掺假鉴定中的应用价值.方法 基于GenBank数据库中6个物种的线粒体全基因组序列,筛选具有种内保守性、种间特异性的DNA序列(牛16S rRNA、羊COX-1、鸡Cytb、猪COX-1、鹅NADH2、鸭16S rRNA),并设计物种特异性引物,以此构建一个可同时鉴别6种常见食用肉类的多重PCR检测体系.对该体系进行种属特异性、灵敏度和重复性研究,并进行模拟混合样品检测.结果 成功构建了一个可同时鉴别6种常见食用肉类的多重PCR检测体系,该体系在非目标物种的DNA中均未有效扩增;在DNA模板量为0.0625～2 ng/μL时,6个物种的扩增产物均能检见.在鸭肉和牛肉混合比例低至0.5%时,仍能检测到鸭肉成分.结论 本研究构建了一个特异性强、灵敏度高、重复性好的多重PCR检测体系,可准确鉴别6种常见食用肉类食品中的动物源性成分,为我国常见食用肉类及肉制品的掺假鉴定提供了一种简单、实用的检测技术.

新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)是禽类最重要的疫病病原之一,其中基因Ⅵ型NDV在鸽群广泛流行,给养鸽业造成了严重的经济损失.为深入了解基因Ⅵ型NDV在世界不同地理区域和宿主间的传播动态,本研究通过病毒分离鉴定、高通量测序、完整F基因系统发育树构建和贝叶斯系统动力学等方法进行综合分析,结果获得4株广西NDV分离株,均为基因Ⅵ型.进一步的时空分析显示,基因Ⅵ型NDV最近的共同祖先时间为1972年(95％置信区间:1965～1978),估计进化速率为1.43×10-3 substitution/site/year(95％置信区间:1.27×10-3～1.59×10-3);意大利是欧洲基因Ⅵ型NDV早期的外溢传播中心,该病毒从欧洲传播至我国,随后华东和华南成为我国的主要传播中心;病毒存在从鸽(Columba livia)到野鸟和鸡(Gallus gallus)、从野鸟到鹌鹑(Coturnix coturnix)等的跨物种传播,但病毒传播最重要的宿主是鸽.分析结果表明基因Ⅵ型NDV正快速进化,有作为突变库的潜在威胁.基于"One Health"理念,应在全球范围内加强主动监测,改善家禽管理策略,避免不同家禽之间及不同家禽与野鸟之间的直接和间接接触.这些信息有助于了解基因Ⅵ型NDV的起源、传播与进化,为制定相应防控策略提供科学依据.

目的 建立超高效液相色谱串联—四极杆—静电场轨道阱质谱技术(ultra-performance liquid chromatogra-phy-linear ion trap quadrupole-Orbitrap-mass spectrometry,UPLC-Q-Orbitrap-MS)对铁皮石斛(Dendrobiumoffi-cinale Kimura&Migo)水提物石油醚、乙酸乙酯、正丁醇3种萃取组分进行定性表征的方法.方法 提取铁皮石斛水提物并依次用石油醚、乙酸乙酯、正丁醇萃取,旋蒸浓缩后,得到石油醚、乙酸乙酯、正丁醇萃取组分.样品经UPLC-Q-Orbitrap-MS分析,根据元素组成、分子量、质荷比、离子碎片等确定化合物信息并推导裂解规律,通过与文献、MzCloud、MzVault、PudChem、本地数据库比对确定鉴定结果.结果 在正负离子模式下共鉴定出化合物62种,包括黄酮类成分20种,联苄类成分6种,羧酸及其衍生物6种,脂肪酸及其衍生物6种,酚类成分4种,氨基酸及其衍生物3种,糖类成分2种,生物碱类、苯丙素、蒽醌、萜类化合物各1种,其他类成分3种,还检测到8种含量较高、质谱信号较强的未知成分.其中水提石油醚萃取物中鉴定出化合物7种,乙酸乙酯萃取物中鉴定出化合物36种,正丁醇萃取物中鉴定出化合物48种.通过与文献比对,62种化合物中有7种化合物为首次从铁皮石斛中提取得到.结论 该方法可快速有效分析铁皮石斛中多种化学成分,可为铁皮石斛质量控制及药效物质基础研究提供参考.

目的 采用近红外高光谱成像技术(HSI)鉴别四裂红景天和长鞭红景天.方法 采集935～1720 nm长鞭红景天和四裂红景天的高光谱图像信息.采用主成分分析法(PCA)和正交-偏最小二乘判别分析法(OPLS-DA)进行分类判别.结果 OPLS-DA比PCA分析具有更好的分类性能,HSI和OPLS-DA分析结合可准确识别两种红景天.结论 所用方法可快速、无损地鉴别长鞭红景天和四裂红景天,为红景天的品种鉴定、质量控制和评估提供了参考.

目的 通过超高效液相色谱—质谱联用(ultra-performance liquid chromatography-orbitrap-mass spectrome-try/mass spectrometry,UPLC-Orbitrap-MS/MS)对通络益晴方的化学成分进行快速分析及初步鉴定.方法 使用ZORBAX Eclipse Plus C18色谱柱,以乙腈-0.1％甲酸水梯度洗脱,流速0.4 mL/min,柱温35℃;采用电喷雾离子源,正、负离子模式扫描,通过保留时间、精确相对分子质量和二级质谱裂解碎片,结合参考文献,对所得成分进行分析与初步鉴定.结果 根据建立的色谱条件,从通络益晴方中初步鉴定出94个化学成分,其中有黄酮类化合物31个、酚酸类化合物14个、脂肪酸类化合物9个、皂苷类化合物6个、异黄酮类化合物5个、氨基酸类化合物4个、三萜类化合物4个、醛类化合物4个、多肽类化合物3个、苯丙素类化合物3个、醇类化合物3个,以及其他类化合物8个;正、负离子扫描模式下得到8个重复的成分.结论 UPLC-Orbitrap-MS/MS技术能快速、初步鉴定出通络益晴方中化学成分,可为通络益晴方物质基础研究和新药研发提供依据.

[目的]赖草属植物是麦类作物遗传改良和育种的重要基因资源,但作为异源多倍体植物,其基因组来源仍存在较大争议.通过比较赖草、大赖草及新麦草基因组中重复序列分布,探索赖草属物种基因组来源以及种间基因组多样性的形成特性.[方法]通过构建赖草属物种赖草的Cot-1 DNA文库获得大量重复序列,利用荧光原位杂交技术和重复序列对赖草以及近缘物种大赖草和祖先供体物种新麦草进行染色体荧光原位杂交涂染.[结果](1)根据序列及基因组分布特性,赖草Cot-1 DNA可归为串联重复序列、散布重复序列、散布加串联混合重复序列以及未能鉴定类型,4种类型占比分别为32.4％、45.7％、12.4％和9.5％.(2)串联重复序列TaiI-family、Lt1-6、pTa-535和pSc250在不同物种及同一物种不同材料间信号数量存在较大变异,分别为7～20,1～14,17～26,0～24个.(3)10个反转座子序列在所有物种染色体的分布呈现3种方式:在所有染色体上杂交信号集中分布在着丝粒、近着丝粒及间质区;在所有染色体的所有区域都有分布;在大部分染色体上的分布方式与第1种相同,但是部分染色体端部也有分布.2个LTR/Copia序列仅在赖草染色体上有分布,其他序列在不同物种以及不同材料间均有分布,但在信号强度以及部分染色体上的分布方式存在多态性.[结论]赖草属物种中的一些重复序列具有快速进化的特性,支持赖草属物种多倍化过程,并存在散在重复序列向整个核基因组的快速同质化扩散.

肾移植患者需要服用多种免疫抑制剂抗排斥治疗，是各类感染的高危人群。罕见病原体感染、混合感染是诊断及治疗的难点，抗生素覆盖病原微生物不准确和血药浓度不足均会影响疗效，增加病死率，及时且精准的鉴定病原微生物至关重要 [1]。现阶段病原微生物检测最常见的方法是体液涂片和培养，组织病理学检查是侵袭性真菌感染确诊的金标准，聚合酶链式反应（PCR）能够快速、准确、高灵敏度的找到特定感染病原体，抗原抗体检测可区分急性和既往感染。但体液培养耗时长、灵敏度差、抗生素治疗后送检标本的阳性率更低。怀疑侵袭性真菌感染时，并非所有患者都能获取感染组织标本送检组织病理学检查。PCR难以发现未知病原微生物。免疫抑制患者的病原微生物抗体检测，诊断效率亦欠佳 [2]。宏基因组二代测序技术（mNGS）可直接提取送检样本中全部微生物的核酸进行高通量测序，快速且客观的检测样本中的病原微生物，广覆盖、无偏倚、无需假设。近年来已广泛应用于急危重症和免疫缺陷患者感染的鉴别诊断中 [3,4]。本文报道1例肾移植患者，间断发热1个月，右侧鼻翼及鼻腔丘疹样溃疡形成，双侧眼睑粘膜红肿，CT见两肺大片状及结节样实性密度影，通过mNGS鉴定出马尔尼菲蓝状菌、烟曲霉、哥伦比亚分枝杆菌混合感染，调整抗生素后病情好转，现进行分析总结。

目的:建立简便快捷的差示扫描量热法(differential scanning calorimetry, DSC)用于鉴别不同胶类中药饮片及配方颗粒。方法:采用DSC法，样品粒度100目，以铝坩埚为参照物，氮气为气氛，流速100 ml/min，考察最佳升温范围和升温速率。以优化后的DSC试验条件，鉴别42批次的阿胶、鹿角胶、龟甲胶饮片及配方颗粒。结果:DSC试验最佳升温范围30～500 ℃，升温速率30 ℃/min。DSC谱图显示，阿胶饮片、鹿角胶饮片、龟甲胶饮片分别有4、3、2个特征峰，且三者特征峰峰形、位置均有明显不同；鹿角胶配方颗粒与龟甲胶配方颗粒均有2个放热峰数，但两者特征峰位置不同，阿胶配方颗粒只有1个放热峰。鹿角胶的中药饮片及配方颗粒在325 ℃左右共同出现一放热峰，可作为鹿角胶的特征峰。结论:DSC法具有操作简便、用量少、无需试剂、测量快速、重现性好、谱图易解析等优点，可通过DSC谱图中特征峰数量、位置、峰形和焓值大小等快速鉴别区分各种胶类饮片及配方颗粒。

目的:探讨应用化学生物学邻近标记技术（Interaction-dependent fucosyl-biotinylation, FucoID），捕获血液恶性肿瘤慢性髓性白血病（CML）中肿瘤抗原特异反应性T细胞及其临床价值。方法:通过流式细胞术及荧光显微镜成像确定FucoID适用于血液肿瘤CML的实验条件。选取14例CML慢性期患者初诊样本，利用流式细胞术及FucoID对其外周血样本进行肿瘤细胞与T细胞的分离、共孵育与邻近标记，实现肿瘤抗原特异反应性T细胞的表型鉴定，并探讨FucoID在CML中的诊治价值。结果:研究首先确定了FucoID适用于血液肿瘤CML的实验条件。患者CD3 + T细胞比例为（8.96±6.47）%，远低于正常供者的（38.89±22.62）%。患者间肿瘤抗原特异反应性T细胞占比存在差异[（3.34±4.49）%]。CD4 + T细胞中肿瘤抗原特异反应性T细胞比例为（3.95±1.72）%，普遍低于CD8 + T细胞中肿瘤抗原特异反应性T细胞比例[（5.68±2.18）%]。相比肿瘤抗原非反应性T细胞，肿瘤抗原特异反应性T细胞中高度富集CCR7 － CD45RA －效应记忆性T细胞以及CCR7 － CD45RA +效应性T细胞。患者肿瘤免疫反应性强度与其外周血中WBC及HGB水平显著相关（ P值均<0.05），与其他临床基线特征无相关性。 结论:FucoID结合流式细胞术可快速鉴定及分离CML中肿瘤抗原特异反应性T细胞，该方法在CML中的成功应用提示其在血液肿瘤领域具有潜在的临床应用价值。