目的 调查广东省深圳市海滨旅游区大鹏新区海水及市售海产品中溶藻弧菌污染状况,对溶藻弧菌环境分离株的毒力基因分布特征及耐药性进行分析,为溶藻弧菌感染防控提供数据支持.方法 2021年1月至2022年12月,每季度采集1次大鹏新区近岸海水及市售海产品样本,分离鉴定出溶藻弧菌,用肉汤稀释法测定其对17种抗生素的耐药性;采用聚合酶链式反应方法扩增溶藻弧菌毒力相关基因tdh、trh、tlh、toxR、fur、collagenase、toxS、ureR、flaA、ompW、aspA,产物用1％的琼脂糖凝胶电泳分析.结果 采集海水样本304份,有103份检出溶藻弧菌,检出率为33.88％,不同季节海水中溶藻弧菌的检出率差异有统计学意义(x2=10.090,P＜0.05),第一、第四季度检出率比第二、第三季度要高.采集海产品139份,有108份检出溶藻弧菌,检出率为77.70％.从海水及海产品中共分离鉴定出334株溶藻弧菌,分离的溶藻弧菌对氨苄西林、黏菌素表现出较高的耐药水平,耐药率分别为85.63％、45.94％.11种毒力相关基因均有不同比例的分布.结论 深圳市大鹏新区海水及海产品中溶藻弧菌污染严重,菌株携带的毒力相关基因复杂多样,存在多重耐药,需对环境中溶藻弧菌进行长期监测,包括基因分型、毒力基因分布、耐药性、进化分析等,可为进一步研究溶藻弧菌进化规律及制定防控策略提供数据支持.

美国白蛾Hyphantria cunea Drury是我国重要林业害虫,寄主植物众多且分布范围广泛.本试验基于重组酶聚合酶扩增(RPA)和CRISPR检测技术,构建美国白蛾RPA-CRISPR/Cas12a分子检测体系.根据NCBI数据库中的美国白蛾及近缘种、近似种线粒体CO Ⅰ基因片段信息以及昆虫样本CO I基因测序比对结果为模板,设计美国白蛾特异性RPA引物和CrRNA,通过RPA扩增目标序列,结合CRISPR检测技术并对反应条件进行优化,最终该体系灵敏度可检测的最低限度1.0×10-1 ng/μL,较RPA结合普通凝胶电泳提高了100倍,检测体系在30 min内即可实现对害虫的现场快速、可视化、精准鉴定.为美国白蛾现场检测提供理论和实践依据,有助于保护森林资源和生态环境的安全.

目的:评价我国血站血液检测引入核酸扩增检测(nucleic amplification test, NAT)后输血传播HIV(transfusion transmitted HIV, TT-HIV)的残余风险度(residual risk，RR)。方法:收集中国采供血机构执业比对工作平台28家血站2017—2020年献血者数据和HIV感染标志物检测数据，利用新感染率/窗口期数学模型对2遍ELISA加1遍NAT单检或混检(2ELISA+ID-NAT/MP-NAT)和2遍ELISA加1遍NAT混检(2ELISA+MP-NAT)2种血液筛查(血筛)策略，估算在不同献血年份的初次献血者(first donor，FD)和重复献血者(repeated donor，RD)血液HIV检测的RR，经t检验统计学分析，比较2种血筛策略不同献血年份的FD和RD的TT-HIV RR的差异，同时观察2种血筛策略中各年间不同献血者HIV检测RR变化趋势。结果:2017—2020年间，2ELISA+ID-NAT/MP-NAT血筛策略中FD的RR分别为2.869/百万人/年(10 6py)、3.795/10 6py 、3.879/10 6py和2.890/10 6py，RD的RR分别为1.797/10 6py 、1.502/10 6py 、1.857/10 6py和1.483/10 6py，FD与RD的RR比较F＝9.898，p<0.05，差异有统计学意义。2ELISA+MP-NAT血筛策略中FD的RR分别为3.508/10 6py 、1.868/10 6py 、2.204/10 6py和1.765/10 6py，RD的RR分别为0.948/10 6py 、0.926/10 6py 、0.748/10 6py和0.682/10 6py，FD与RD的RR比较F＝17.126， P<0.05，有统计学差异；2种血筛策略中FD之间RR比较F＝3.493， P>0.05，无差异；RD之间RR比较F＝24.516， P<0.05，有差异；全部献血者(total donor，TD)之间RR比较F＝20.216， P<0.05，有差异。趋势图表明无论哪种血筛策略FD的RR均大于RD。 结论:我国血站血液检测引入NAT后血液传播HIV的RR显著下降。不同血筛策略对HIV检测的RR存在一定差异。不同献血人群的HIV检测RR有明显差别，RD相对于FD是HIV低风险献血人群。

目的:分析北京市献血人群筛查中发现的1例HIV-1独特型重组毒株的基因结构和重组特点。方法:基于2018年北京市血液筛查时发现的1例HIV核酸阳性抗体阴性的样本，提取病毒RNA并逆转录为cDNA，用近末端稀释法分两段扩增病毒近全长基因组并测定序列。运用RIP、jpHMM和SimPlot3.5软件进行重组分析，同时采用MEGA7软件构建Neighbor-joining系统进化树对该毒株的同源关系进行分析。结果:共获得长度为8 792 bp的HIV-1近全长基因序列，分析表明该序列由CRF01_AE和CRF07_BC重组片段组成。与Los Alamos HIV Database （www.hiv.lanl.gov/content/index）中收录的全长序列相比该毒株具有3个独特的重组断点，分4个重组片段，分别是ICRF01_AE（790~6035，HXB2），IICRF07_BC（6036~8586，HXB2），IIICRF01_AE（8587~8828，HXB2）和IVCRF07_BC（8829~9411，HXB2）。其中ICRF01_AE区域属于CRF01_AE的C4簇；IICRF07_BC区域属于CRF07_BC的CRF07BC_N簇。结论:1例参与献血的HIV核酸阳性而抗体阴性的感染者携带的毒株具有新型独特的重组模式，提示需要加强监测献血人群中HIV毒株的流行情况，为保障安全用血提供科学数据。

目的:分析中国汉族人群短串联重复序列(STR) D13S317基因座等位基因多态性，发现及鉴定中国人群中 D13S317基因座新的STR三带型等位基因，排除非特异性扩增及侧翼序列基因变异产生的三带型等位基因，研究新的三带型等位基因序列特征及遗传方式。 方法:选取2017年10月17日至2018年12月28日于广东深光法医物证司法鉴定所进行鉴定的378例样本为研究对象。常规采用GlobalFiler? Express试剂盒作STR基因分型初检，对疑似三带型等位基因的家系采用PowerPlex ? 21试剂盒作STR基因分型复检，复检后采用分子克隆测序技术排除引物结合区及侧翼序列基因变异产生的三带型等位基因的可能。 结果:初检共计检出6个 D13S317等位基因，基因频率分布特征分别是8(29.1%)、9(13.1%)、10(15.21%)、11(24.21%)、12(13.89%)和13(3.44%)；其中有1个家系中先证者的 D13S317基因座疑似为三带型等位基因(8、9、10)。复检与初检结果一致。先证者及其女儿 D13S317基因座分子克隆测序分析未发现引物结合区及侧翼序列有基因变异，确认先证者 D13S317基因座为三带型等位基因。 结论:在中国人群中确认了1例 D13S317基因座2型三带型等位基因(8、9、10)，该三带型等位基因未遗传给女性子一代，并首次被国际STRBase数据库收录。

目的:了解2014年湖南省C亚属人腺病毒(HAdV-C)分离株的基因特征。方法:2014年从湖南省长沙市严重急性呼吸道感染儿童病例咽拭子标本中分离到一株HAdV-C病毒株(Hunan2014-s024)，分段扩增目的基因片段，拼接后获得全基因组序列，同时下载GenBank数据库中国内外流行的HAdV-C代表株全基因组序列构建HAdV-C数据库，使用生物信息学软件进行全基因组序列特征分析。结果:Hunan2014-s024株与2006年山西省健康儿童粪便标本中分离到的HAdV-C病毒株(MK041244-CHN-2006)的同源性最高，并以该病毒基因组元件为主要骨架，在penton base基因上交换了2012年湖南省急性下呼吸道感染患儿分离株(MK041246-CHN-2012)的基因片段。结论:2014湖南株(Hunan2014-s024)为2006年山西省病毒株(MK041244-CHN-2006)与2012年湖南株(MK041246-CHN-2012)的重组病毒，由于其致病性可能发生了改变，因此有必要加强HAdV-C的分子流行病学监测，以了解其潜在疾病负担和公共卫生意义。

目的 评估亚洲璃眼蜱在普氏野马分布区域传播疾病的潜在风险,研究雌、雄蜱在宏基因组水平的特征并进行病原体分析.方法 2022年4月,在新疆卡拉麦里山有蹄类自然保护区使用"守株待蜱"法采集硬蜱,利用体视镜进行形态学鉴定,提取48只蜱(雌、雄各24只)DNA,PCR扩增线粒体细胞色素C氧化酶第1亚基(COⅠ)序列进行分子生物学鉴定.将雌、雄亚洲璃眼蜱分组进行宏基因组测序,非冗余基因集与非冗余蛋白(NR)数据库进行比对,分析蜱携带的微生物群落组成;与京都基因与基因组百科全书(KEGG)数据库和抗生素抗性基因数据库(ARDB)进行比对,获取蜱及蜱传病原体的基因功能注释结果以及抗生素抗性功能注释结果.数据的比较采用t检验分析.结果 共采集硬蜱124只,经形态学鉴定亚洲璃眼蜱成虫119只.硬蜱DNA扩增出约700 bp的阳性条带,经测序与亚洲璃眼蜱(GenBank:MH459386.1)的序列一致性为99％～100％.宏基因组测序经质控过滤共获得469 327 812条序列读长,开放阅读框预测得到836 843～1 094 994条序列.NR数据库比对结果显示,亚洲璃眼蜱携带的细菌菌落丰度占注释到的总群落丰度的99.13％,共注释到细菌32门2 040种,变形菌门和放线菌门为优势菌门,分别占细菌群落丰度的51.52％和44.35％;嗜吞噬细胞无形体为优势菌种,占细菌群落丰度的16.35％.病毒菌落丰度占注释到的总群落丰度的0.004％,共注释到病毒5 门 21种.雌蜱和雄蜱携带的细菌群落和病毒群落的丰富度及多样性差异均无统计学意义(t=-1.180、-1.729,均P＞0.05).KEGG基因功能注释到亚洲璃眼蜱新陈代谢基因占比最高(54.38％),主要的功能条目为氨基酸代谢、碳水化合物代谢、膜转运等;共识别出11 352种蛋白通路,其中154种蛋白通路在雌蜱和雄蜱间的差异有统计学意义(t=-2.348,P＜0.05).ARDB注释到亚洲璃眼蜱携带154种抗生素抗性基因,包括49种抗性基因类型,主要抗性基因类型为Baca(占62.53％),抗生素类型为肝菌肽.大部分注释到的抗性基因与多重耐药相关,如Mexf、Mexb、Emrd、Mexw等.雌蜱和雄蜱在抗生素抗性基因类型的差异性对比结果显示,仅雌蜱的Emrd基因抗性高于雄蜱(t=-7.558,P＜0.05).结论 本研究在宏基因组水平上揭示了亚洲璃眼蜱携带的主要细菌、病毒群落及多重耐药相关的抗生素抗性基因,雌蜱及其携带的病原体具有较高的物种丰度和基因丰度.

目的:了解临沂市手足口病病原情况，并对柯萨奇病毒A10型(Coxsackievirus A10，CV-A10)完整VP1区基因进行基因特征分析。方法:对临沂市2023年手足口病例样本进行检测分型及毒株分离，扩增CV-A10分离株VP1区基因并进行测序，将获得的序列与NCBI数据库中的序列进行比对，构建系统进化树，进行基因特征及分子流行病学分析。结果:2023年全年共采集手足口病样本861例，核酸检测阳性594例(68.99%)，阳性病例中男女比例1.56∶1。5岁以内儿童占81.65%，高发季节为6～8月份(83.84%)。病原体以CV-A6为主(84.51%)，其次为CV-A10(9.93%)。13株CV-A10分离株株间VP1区基因序列核苷酸和氨基酸同源性分别为93.29%～100.00%、97.65%～100.00%，与A型原型株AF081300-Kowalik/USA/1950的核苷酸和氨基酸同源性较低(75.95%～76.62%、91.72%～92.41%)。与C2c代表株的氨基酸和核苷酸同源性最高(94.28%～96.76%、98.28%～100.00%)，遗传距离最近(0.04～0.06)。氨基酸位点变异分析显示，分离株与原型株AF081300-Kowalik/USA/1950相比存在较多位点变异，与C2c代表株相比仅部分分离株发生I80V、E141K、P147S、T219I、E240K、V261I位点突变。遗传进化树显示分离株均与C2c代表株在同一分支，均属C2c基因型，且分离株进一步分为2个较小分支。结论:2023年临沂市手足口病病原以CV-A6为主，其次为CV-A10。CV-A10分离株均为C2c基因型，并可分为2个进化分支，应加强对CV-A10的持续监测和基因特征分析。

目的:对从云南重症手足口病患者的粪便样品中分离出的1株柯萨奇病毒A组4型(coxsackievirus A4，CV-A4)毒株的全基因组特征和部分区段重组情况进行分析，为深入认识CV-A4的流行和分子进化提供基础数据。方法:分别使用人类横纹肌肉瘤(human rhabdomyosarcoma，RD)细胞、人胚肺二倍体(human embryonic lung diploid，KMB17)细胞和人非小细胞肺癌(human lung cancer，A549)细胞进行病毒分离。提取病毒RNA，通过逆转录-聚合酶链反应(reverse transcription-polymerase chain reaction，RT-PCR)分段扩增CV-A4全长基因，利用MEGA7.0和SimPlot 3.5.1等软件对全基因组及各区段进行分析。结果:从RD细胞上分离到一株CV-A4分离株R11-20/YN/CHN/2011，系统进化分析显示该分离株属于C2基因亚型。在VP1和全基因组核苷酸序列上与其同源性最高的分别是CV-A4毒株09214/SD/CHN/2009和CVA4/SZ/CHN/09。重组分析显示该分离株与肠道病毒A71(enterovirus A71，EV-A71)云南分离株R993/YN/CHN/2010在3D区发生过重组。结论:CV-A4分离株R11-20/YN/CHN/2011为C2基因亚型且与EV-A71在3D区发生重组。

目的:提升心电图心律失常分类算法的性能，为临床心电诊断提供辅助依据。方法:将一维心电图数据按照R点进行切分，将切分后的数据生成2D图像。利用数据增强技术将样本进行扩增，再利用二维卷积神经网络（2D-CNN）中的2D卷积层、2D最大池化层、Flatten层和全连接层，对图像特征进行提取，并通过Softmax分类器进行分类。利用带有权重系数的损失函数来增强模型对于S类和V类的学习。采用MIT-BIH数据集进行模型训练并评估算法性能。结果:样本扩增和使用带有权重系数的损失函数能够提升模型的召回率和特异性指标，同时保持模型对室性异位搏动（VEB）和室上性异位搏动（SVEB）分类的精确率的指标。结论:所提出模型的准确率为99.02%，SVEB的召回率为96.4%，表明该分类方法可以辅助医护人员诊断心脏疾病。