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基于网络药理学和动物实验探讨桔梗白散治疗肺腺癌作用机制
编辑人员丨1周前
目的 基于网络药理学方法和动物实验探讨桔梗白散治疗肺腺癌的作用靶点及机制.方法 借助TCMSP数据库及GeneCards、PharmGKB、DrugBank、TTD、OMIM数据库检索桔梗白散有效成分相关靶点及肺腺癌相关靶点,获取二者交集靶点,运用Cytoscape3.8.0软件构建交集靶点蛋白相互作用(PPI)网络和中药活性成分-靶点网络,筛选关键成分及核心靶点.对交集靶点进行GO和KEGG富集分析.运用PyMOL、AutoDockTools1.5.6软件对关键成分与核心靶点进行分子对接.建立肺癌小鼠模型,将小鼠随机分为空白组、模型组、顺铂组、桔梗白散联合顺铂组及桔梗白散低、中、高剂量组,给药组分别予相应药物干预14 d,计算抑瘤率,HE染色观察肿瘤组织形态,RT-qPCR及Western blot检测肿瘤组织PI3K、PTEN、Akt、mTOR基因及蛋白表达.结果 网络药理学方法筛选出桔梗白散治疗肺腺癌的TP53、CASP3、BCL2L1、AKT1等核心靶点,富集的关键通路有PI3K-Akt信号通路等.桔梗白散能有效抑制模型小鼠肿瘤生长;与模型组比较,桔梗白散中、高剂量组PI3K、Akt、mTOR mRNA表达降低,PTEN mRNA表达升高,p-PI3K/PI3K、p-Akt/Akt、p-mTOR/mTOR比值降低,PTEN蛋白表达升高(P<0.05,P<0.01).结论 桔梗白散治疗肺腺癌具有多层次、多靶点的特点,可能通过调控PI3K/Akt/mTOR信号通路促进肿瘤细胞凋亡与自噬,从而发挥抑制肿瘤细胞生长的作用.
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编辑人员丨1周前
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射干麻黄汤与定喘汤治疗支气管哮喘寒热证候的药理学分析
编辑人员丨1周前
目的 分析射干麻黄汤与定喘汤治疗支气管哮喘寒热证候的机制差异.方法 用中药系统药理学数据库与分析平台分别筛选射干麻黄汤与定喘汤中各组成药物的有效成分及作用靶点.通过基因与疾病关联数据库和人类基因信息数据库获取支气管哮喘对应的基因靶点,分别筛选射干麻黄汤与冷哮、定喘汤与热哮的核心作用靶点及成分,并用网络分析在线平台进行网络拓扑分析,通过在R软件中用"org.Hs.eg.db"软件包进行基因本体(GO)与京都基因组百科全书(KEGG)功能富集分析,预测其不同作用机制,并用Autodock Vina软件对核心活性成分和核心靶点进行分子对接技术分析验证.结果 射干麻黄汤药物活性成分130个,定喘汤药物活性成分236个,相同活性成分54个.在与支气管哮喘相关靶点中,射干麻黄汤有52个潜在治疗靶点,定喘汤有45个潜在靶点.GO与KEGG分析显示:射干麻黄汤与定喘汤在血小板活化、脂肪细胞因子信号通路、酒精性肝病、瞬时受体电位通道的炎症介质调节、炎症性肠病、心肌细胞中的肾上腺素能信号、磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B等信号通路等存在差异.射干麻黄汤中核心化合物鸢尾甲黄素9CI、鸢尾甲黄素A与定喘汤中核心化合物花生四烯酸、甘草查尔酮A等存在差异;定喘汤治疗热哮与射干麻黄汤治疗冷哮药物作用机制在信号转导与转录活化因子3(STAT3)、辣椒素受体(TRPV1)与Ras同源基因(RHO)靶点存在差异.结论 2种中药方剂调节哮喘寒热证候引起的不同分子和生物过程反映了冷哮和热哮2种中医证候之间的生物学差异.
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编辑人员丨1周前
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基于网络药理学及实验验证探讨新型肠愈灌肠方治疗溃疡性结肠炎的机制
编辑人员丨1周前
目的 预测和探究新型肠愈灌肠方对溃疡性结肠炎(ulcerative colitis,UC)的治疗机制.方法 利用数据平台筛选新型肠愈灌肠方的有效成分,在GeneCards中搜索UC相关靶点,制作"中药—有效成分—靶点"网络图,通过String数据库构建蛋白质—蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,在Metascape数据库中进行GO和KEGG富集分析,并在微生信平台制作柱状图和气泡图进行可视化分析,利用分子对接验证有效成分与靶点亲和力,动物实验验证新型肠愈灌肠方对UC的治疗效果及相关靶点调控情况.结果 筛选出方中有效成分96个,其中以槲皮素、山柰酚、木犀草素、β-谷甾醇、异紫堇杷明碱、芒柄花黄素为关键有效成分;筛选出UC靶点1214个,其中核心靶点为IL-6、TP53、VEGFA、JUN、IL-1β、PTGS2、ESR1.KEGG富集分析结果表明,NCEP治疗UC涉及流体剪切应力与动脉粥样硬化、糖尿病并发症中高级糖基化终末产物—受体信号通路等重要信号通路.分子对接结果显示,关键有效成分与核心靶点亲和性好.动物实验结果验证了新型肠愈灌肠方能够调控相关靶点以及有效改善肠道炎症.结论 新型肠愈灌肠方能够通过靶向调控流体剪切应力与动脉粥样硬化等信号通路而发挥治疗UC的作用.
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编辑人员丨1周前
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基于分子对接技术探讨巴戟天改善子宫内膜容受性的机制
编辑人员丨1周前
目的 运用分子对接技术分析巴戟天改善子宫内膜容受性的作用机制.方法 将60只Wistar雌性大鼠随机分为正常组、模型组、枸橼酸氯米芬组、巴戟天组,每组15只.模型组、枸橼酸氯米芬组和巴戟天组构建不孕症大鼠模型;正常组、模型组给予生理盐水2 mL灌胃,1次/d;枸橼酸氯米芬组给予0.83 mg/mL枸橼酸氯米芬溶液2 mL灌胃,1次/d;巴戟天组给予0.5 g/mL巴戟天溶液2 mL灌胃,2次/d.给药15 d后取大鼠子宫检测,比较子宫内膜厚度、子宫内膜下血流参数[子宫动脉搏动指数(PI)、阻力指数(RI)、收缩期/舒张期流速比值(S/D)]和内皮型一氧化氮合酶(eNOS)、血管内皮生长因子(VEGF)蛋白表达水平.结合实验结果,通过网络药理学分析巴戟天可能的作用机制,并通过分子对接预测活性成分的结合部位.结果 与正常组比较,模型组大鼠子宫内膜厚度、PI、RI、eNOS、VEGF降低,S/D升高(P<0.05).与模型组比较,枸橼酸氯米芬组大鼠子宫内膜厚度、PI、RI、eNOS、VEGF升高,枸橼酸氯米芬组大鼠S/D降低(P<0.05).与枸橼酸氯米芬组比较,巴戟天组大鼠子宫内膜厚度、PI、RI、eNOS、VEGF升高,巴戟天组大鼠S/D降低(P<0.05).网络药理学共筛选出巴戟天有效成分199种,子宫内膜容受性相关靶点792个,其交集靶点99个.PPI网络分析巴戟天主要作用于ESR1、NCOA1、NCOA2、MAPK14、PGR和AR等关键靶点.分子对接结果表明筛选得到的主要活性成分与靶点有较强的结合.结论 巴戟天对改善子宫内膜容受性或许具有积极作用,其作用机制可能与调节ESR1、NCOA1、NCOA2、MAPK14、PGR 和 AR 等信号通路有关.
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编辑人员丨1周前
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基于网络药理学和实验验证研究丹参饮治疗心衰的作用机制
编辑人员丨1周前
目的 用网络药理学方法及体外实验验证,研究丹参饮(Danshenyin,DSY)治疗心衰的药理作用并探讨治疗机制.方法 使用中药系统药理学分析平台(TCMSP),UniProt等数据库筛选丹参饮的有效成分及作用靶点,以"heart fail-ure"为关键词检索Gene Cards等数据库得到疾病靶点,二者交集得到核心靶点.用STRING数据库构建核心靶点蛋白质-蛋白质相互作用网络,利用DAVID数据库进行生物功能和信号通路富集分析.构建"药材-成分-靶点-疾病"网络,将活性成分与靶点分子对接验证.手术结扎小鼠心脏冠状动脉左前降支建立心衰模型,丹参饮干预,超声检测、蛋白免疫印记对预测结果进行实验验证.结果 网络药理学分析显示,丹参饮通过丹参醛、丹参酮ⅡA、miltionone Ⅱ等成分发挥对心衰的治疗作用,其作用机制可能与参与MAPK信号级联的生物调控过程以及调控MAPK等信号通路相关;动物实验对这一发现进行了初步验证:实验发现丹参饮治疗后小鼠左心室心功能、流出道血流等超声指标得到改善;心肌组织中MAPK信号通路蛋白ERK、JNK、p38磷酸化水平降低(P<0.05).结论 丹参饮能够保护心肌,影响MAPK通路从而发挥对慢性心衰的治疗作用.
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编辑人员丨1周前
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基于指纹图谱和网络药理学预测丹楂通脉丸药效物质基础
编辑人员丨1周前
目的 建立丹楂通脉丸的指纹图谱,利用化学计量学分析色谱峰贡献率,结合网络药理学方法预测其药效物质基础.方法 采用Agilent C18 色谱柱(250 mm×4.6 mm,5 μm),检测波长 280 nm,流动相 0.1%磷酸水-乙腈,流速 1.0 mL·min-1,梯度洗脱,建立丹楂通脉丸甲醇提取物指纹图谱.利用网络药理学筛选相关成分的靶点和通路,构建"成分-靶点-通路"网络,对丹楂通脉丸潜在的药效物质与关键靶点进行分子对接验证.通过体外实验验证潜在的药效物质的抗炎活性.结果 10批样品指纹图谱中有 15个共有峰,2个特征峰被指认,分别为丹酚酸B和丹酚酸A.网络药理学分析表明,丹酚酸B和丹酚酸A是丹楂通脉丸发挥活性作用的有效成分,预测其可作为丹楂通脉丸的主要药效物质.体外细胞实验证明,与模型组比较,丹酚酸B高、中、低剂量组NO释放量均明显降低(P<0.01),丹酚酸A高剂量组NO释放量显著下降(P<0.01),具有一定的抗炎活性.结论 通过指纹图谱和网络药理学预测丹楂通脉丸药效物质,为丹楂通脉丸质量的全面控制和评价提供了科学依据.
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编辑人员丨1周前
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基于网络药理学和分子对接技术探讨复元醒脑汤治疗脑梗死作用机制
编辑人员丨1周前
目的:基于网络药理学及分子对接技术探讨复元醒脑汤治疗脑梗死的作用机制。方法:利用TCMSP、中医药综合数据库(TCMID)、有机小分子生物活性数据库(PubChem)、Uniprot及Swiss Target Prediction数据库对复元醒脑汤的药物活性成分及作用靶点进行筛选,应用GeneCards、OMIM、TTD、DrugBank和PharmGKB数据库筛选脑梗死疾病靶点,将复元醒脑汤中药物靶基因与脑梗死疾病靶基因相交集,将交集靶点导入Cytoscape 3.8.2软件构建成分-靶点网络,使用STRING数据库及Cytoscape 3.8.2软件构建PPI网络,筛选核心靶点。对复元醒脑汤-脑梗死疾病共同靶点基因进行GO功能富集及KEGG通路富集分析,得出相关信号通路,运用AutoDock与Pymol软件对预测靶标与其对应的成分进行分子对接。结果:得到复元醒脑汤治疗脑梗死的有效成分80个,复元醒脑汤-脑梗死共同靶点214个,核心靶点MAPK1、RELA、TP53、JUN、AKT1、HSP90AA1等与脑梗死疾病的关键靶点相互关联,参与调控对药物的反应、对脂多糖的反应、对含氧量的反应等生物过程,细胞组成涉及膜筏、膜微区、神经元胞体等;分子功能主要集中于核受体活性、配体激活转录因子活性、DNA-结合转录因子结合等;并涉及脂质和动脉粥样硬化、化学致癌-受体激活、流体剪切应力和动脉粥样硬化等信号通路;分子对接显示,槲皮素与HSP90AA1(-9.4 kJ/mol)、山柰酚与HSP90AA1(-9.4 kJ/mol)、异鼠李素与HSP90AA1(-9.1 kJ/mol)、槲皮素与JUN(-8.6 kJ/mol)具有较好的结合活性。结论:复元醒脑汤通过调控血管内皮功能、促进血液循环、修复及改善神经功能、保护血脑屏障、减少细胞凋亡及调节免疫和炎症反应等机制防治脑梗死。
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编辑人员丨1周前
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基于网络药理学探讨四君子汤干预大肠癌的作用机制
编辑人员丨1周前
目的:基于网络药理学方法探讨四君子汤干预大肠癌的作用机制。方法:运用TCMSP获取四君子汤的有效成分及对应靶点,借助Uniprot数据库对靶点进行规范化,通过GeneCards数据库和Disgenet数据库获取大肠癌的相关靶点,并利用R语言筛选药物与疾病的交集靶点;通过Cytoscape软件构建四君子汤"有效成分-疾病靶点"可视化调控网络,利用STRING数据库构建蛋白互相作用网络,并借助Bioconductor平台进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。结果:共获得四君子汤135种有效成分,68个交集靶点,核心靶点蛋白包括IL6、VEGFA、CASP3、EGFR等;GO功能富集分析涉及91个条目,主要影响转录因子活性、酶活性、受体活性及生物化学过程调控等过程,KEGG通路富集分析得到126条,涉及到感染、癌症、细胞凋亡、炎症等通路。结论:四君子汤有效成分主要通过癌症信号通路、炎症信号通路调控大肠癌细胞转录因子活性、酶活性等多个生物过程,从而发挥干预大肠癌的作用。
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编辑人员丨1周前
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基于UPLC-Q/TOF-MS整合网络药理学的刺五加注射液治疗缺血性脑卒中作用机制研究
编辑人员丨1周前
目的:运用超高效液相色谱-飞行时间质谱联用技术(UPLC-Q/TOF-MS)整合网络药理学研究刺五加注射液治疗缺血性脑卒中的物质基础及潜在作用机制。方法:利用UPLC-Q/TOF-MS鉴定刺五加注射液的化学成分,通过Swiss Target Prediction、GeneCards和OMIM数据库预测刺五加注射液治疗缺血性脑卒中的潜在作用靶点,利用String数据库和Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,通过Omicshare平台对治疗靶点进行GO和KEGG富集分析,运用Autodock软件进行分子对接。结果:分析鉴定了刺五加注射液中53种成分,并以此为基础得到刺五加注射液治疗缺血性脑卒中的相关靶点189个及10个核心靶点,反向筛选发现刺五加注射液中的25个成分可能是治疗缺血性脑卒中的主要有效成分;KEGG富集结果显示,刺五加注射液可能主要通过调节PI3K-Akt信号通路来治疗缺血性脑卒中。结论:刺五加注射液治疗缺血性脑卒中的作用机制可能与抑制炎症反应、抗氧化应激、促进血管新生和保护神经细胞等作用有关。
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编辑人员丨1周前
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基于网络药理学的黄连治疗胃炎作用机制研究
编辑人员丨1周前
目的:采用网络药理学分析黄连治疗胃炎的作用机制。方法:通过TCMSP、网络药理学在线数据库筛选黄连的主要有效成分及靶点,采用基因组注释(GeneCards)数据库筛选与胃炎相关的基因靶点,通过人类孟德尔遗传(OMIM)数据库筛选与胃炎相关的靶点基因,采用R语言VennDiagram包对药物和疾病基因靶点取交集,筛选出黄连主要有效成分治疗胃炎的作用靶点,通过Cytoscape 3.7.2软件绘制黄连治疗胃炎的基因调控网络,采用String数据库构建黄连的基因-蛋白相互作用可视化网络图,筛选核心基因,并采用R语言中的Bioconductor对筛选基因靶点进行GO及KEGG通路分析。结果:筛选得到黄连14个主要活性成分,可能参与治疗胃炎的基因靶点有71个。GO及KEGG通路分析结果表明,黄连治疗胃炎主要涉及细胞因子受体结合、细胞因子活性调控、结合血红素等生物过程,调节流体剪切应力与动脉粥样硬化信号通路、晚期糖基化终末产物及其受体、IL-17、TNF、NF-κB和低氧诱导因子-1等信号通路发挥作用。结论:通过网络药理学构建了黄连治疗胃炎多活性成分?多靶点?多通路的作用特点,较为全面的预测了黄连治疗胃炎的基因靶点和信号通路,为研究黄连治疗胃炎的作用机制提供参考。
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编辑人员丨1周前
