目的:了解烟台地区非O1/O139群霍乱弧菌致病性现状。方法:分别于2020年7月和11月、2021年的1月和4月对烟台市某两条河入海口采集样本32份，获得22株非O1/O139群霍乱弧菌分离菌株，采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)对分离菌株进行分子分型，采用聚合酶链式反应（PCR）方法对该22株分离菌株的毒力基因 ctxA、 ctxB、 ace、 cep、 zot、 rtxA、 hlyA、 toxR、 tcpA和 cri进行检测分析。 结果:22株非O1/O139群霍乱弧菌菌株间的条带相似度为23.0%~100.0%，分为17个PFGE型，呈高度的多态性带型分布。22株非O1/O139群霍乱弧菌分离株主要携带3种毒力基因（ rtxA、 tcpA和 zot），其中携带 rtxA和 tcpA最多，均为17株，其次是 zot，共14株。14株菌株同时携带 rtxA、 tcpA和 zot，5株不携带上述毒力基因。 结论:烟台地区入海口流行的非O1/O139群霍乱弧菌株污染情况多样化，主要携带具有黏附、毒素以及损伤小肠表皮细胞等方面的致病基因。

目的:对北京市一起冷链相关新型冠状病毒（新冠病毒）Delta变异株聚集性疫情进行溯源调查，分析其感染来源和传播链。方法:应用流行病学调查方法核查病例的活动轨迹，对活动轨迹涉及的风险点位进行密切接触者追踪、人员和环境采样核酸检测，对核酸阳性标本进行基因测序分析。结果:2022年1月18日至2月6日，共报告112例新冠病毒感染者，除1例待查外，其余111例存在明确的流行病学关联。感染来源为进口冷冻货品外包装，2021年1月进口冷冻货品捕捞后储存于东南亚地区某国冷库，2021年6月包装后发送到我国北京市A区A冷库存储，随后分批次于2022年1月起在B区B冷库贴标销售，首发病例在搬运阳性冷冻货品期间发生感染，继而造成共同工作、就餐和居住在B冷库及其毗邻的C冷库和D餐厅（两库一店）所在区域的人员感染，涉及77例两库一店直接相关病例。在两库一店区域外还造成16个传播支链，涉及35例病例。结论:本起疫情提示进口冷链货品外包装污染输入疫情的风险，应继续加强冷链行业管理。

目的:研究1种基于液相色谱串联质谱（LC-MS/MS）技术的血清17α-羟孕酮（17α-OHP）候选参考测量程序并对其进行评价。方法:2019年12月，取上海市临床检验中心员工体检留存的血清标本，采用正己烷乙酸乙酯混合液（体积比3∶2）提取加入同位素内标的血清样本，C18反向色谱柱分离，正离子电喷雾质谱仪检测，参照美国临床实验室标准化协会（CLSI）C62-A文件对建立的候选参考方法进行校准曲线、检测限与定量限、基质效应、不精密度、正确度、特异性、携带污染、线性范围等基本分析性能验证。结果:17α-OHP的线性范围为0.21~119.67 μg/L。检测限和定量限分别为5.218 ng/L、0.116 μg/L。3种不同比例50∶50、80∶20、20∶80）的血清与溶液混合物的相对基质效应分别为-0.02%、-0.40%、-0.90%。批内变异系数（ CV）在0.164、14.81、81.63 μg/L浓度处分别为1.73%~2.11%、0.98%~1.71%、0.47%~0.87%，批间 CV在上述3个浓度点处分别为1.82%、1.03%、0.80%。加标样本平均回收率在0.5、20、100 μg/L处分别为100.4%、101.7%、102.8%；检测中国计量科学研究院标准参考物质GBW09829，结果均在规定的不确定度范围内。无携带污染和特异性干扰。 结论:成功建立了基于同位素稀释LC-MS/MS技术的血清17α-OHP候选参考测量程序。该候选参考测量程序有着良好的精密度和准确度，能用于常规临床检验方法的量值溯源。

分析新疆巴音郭楞蒙古自治州一起肉毒梭菌食物中毒事件，探究中毒事件发生原因，明确诊断，为临床治疗提供技术支持。应用食品安全事故流行病学方法调查食物中毒事件中病例的基本信息、临床表现，采集自制腐乳和粪便灌洗液，经增菌培养后应用实时荧光定量PCR法检测样本中肉毒毒素编码基因，并进行菌株分离、纯化。对分离到的5株肉毒梭菌经肉毒毒素检测和基因检测验证后，进一步进行PFGE分型。此次中毒事件中2份自制腐乳和3例患者的粪便灌洗液标本均分离到A型肉毒梭菌，并得到了毒素检测和基因检测验证，5株肉毒梭菌的PFGE图谱DNA同源性为100%，可判定是一起因食用被A型肉毒梭菌污染的自制腐乳而引起的肉毒中毒事件。

虫媒传播疾病是危及生命的严重传染性疾病，快速且精准病原学诊断是临床及时有效治疗并降低病死率、减少后遗症的前提。虫媒病实验室诊断以靶向性的血清学检测和聚合酶链反应为主，对少见虫媒病原体检出困难。目前，宏基因组二代测序技术（mNGS）已从科研走向临床应用。mNGS检测感染标本中全部生物的核酸序列并进行生物信息学分析，在少见病原体诊断和溯源方面具有显著优势。但同时mNGS也面临着整个操作流程中可能引入的背景微生物污染、数据库限制造成的错误结果、临床治疗亟需的病原体耐药性和宿主免疫状态等信息的挑战。该文主要就mNGS技术、其在虫媒病原体诊断应用及其所面临的挑战与难题等方面进行系统论述。随着mNGS在检测流程、检测结果分析和解读等方面不断优化，将为临床感染病病原学诊断带来新的发展与革新。

目的:通过分析一起因食用被污染田螺引起的霍乱疫情进行流调病学调查和应急处置，为霍乱疫情防控提供科学依据。方法:2023年1月1日至6月30日，广州市白云区医疗机构采用现场流行病学方法开展辖区内腹泻病例搜索，对霍乱疫情涉及病例及密切接触者开展流行病学调查，采集可疑食物和可能污染环境样本并开展溯源排查。结果:本次疫情病原体为非产毒O1群小川型霍乱弧菌，涉及确诊病例1例，病例表现为腹泻、稀水样便。现场流调推测可疑饮食史为外带田螺，应急监测采样102份（密接人群肛拭子13份，水产品29份，外环境46份，污水3份，江河水样本11份），其中阳性11份（污水3份，田螺3份，田螺售卖档口外环境涂抹5份），结果均为非产毒O1群小川型霍乱弧菌。结论:本起疫情为霍乱弧菌O1群引起的散发疫情，经流调溯源确定传染源为被污染田螺，传播途径为田螺未加工熟透，经食用后引起发病。本次处置提示对霍乱的高效监测能及时发现并有效阻断霍乱疫情的传播。

目的:对2016年新疆发生的一起食源性疾病的暴发进行流行病学调查及分子溯源分析。方法:2016年4月3日，新疆某地发生一起食源性疾病暴发事件。依据《食品安全事故流行病学调查指南（2012版）》，共发现142例病例，其中疑似病例138例、确诊病例4例。通过入户调查、面对面访谈的方式进行问卷调查，收集人口学信息、发病和诊疗情况、发病前3 d的饮食史和饮水史、食品的污染源等信息，并采集病例呕吐物及粪便、剩余冰激凌、加工冰激凌剩余牛奶及其他原料、牛奶供应站的牛奶等27份样本，采用脉冲场凝胶电泳（PFGE）和全基因组测序（WGS）进行分子分型、毒力基因以及单核苷酸多态性分析。结果:142例病例年龄 M为9岁，范围为1~66岁；以散居儿童和学生为主，占比为76%（107/142）。男性罹患率［5.5‰（65/11 717）］与女性罹患率［5.8‰（77/13 262）］的差异无统计学意义（ P>0.05）。主要临床表现包括恶心（94%，133/142）、呕吐（92%，131/142）和腹痛（67%，95/142）等。27份样本共计分离获得22株金黄色葡萄球菌，未分离到其他病原菌。PFGE结果显示，产A+C+E混合型毒素的16株菌（包含病例呕吐物及粪便分离株和冰激凌加工点食品分离株）带型相似度为100%。根据WGS分子分型结果显示，9株菌（包括4株患者分离株、4株冰激凌加工点食品分离株、1株牛奶供应站分离株）为ST1（Sequence Type）、1株菌为ST5405。ST1型菌株聚集在一个大簇中，其中7株菌聚集成一个小簇（74 SNPs），其余2株菌聚集成1个小簇（127 SNPs）。 结论:该起食源性疾病暴发可判定是一起由金黄色葡萄球菌引起的食物中毒暴发事件。

目的:对淮南市发生的一起宋内志贺菌暴发疫情进行病原学溯源分析，并对菌株毒力基因和耐药谱进行检测。方法:采集2020年8月淮南市一起感染性腹泻暴发疫情相关水样、粪便，进行多重病原体核酸检测和分离培养，对分离的宋内志贺菌进行毒力基因PCR检测、微量肉汤法药敏检测、脉冲场电泳和全基因组测序溯源分析。结果:56份黏稀样粪便分离出38株宋内志贺菌（阳性率67.86%），血清型均为宋内志贺菌Ⅰ相；3份末梢水和井水革兰阴性菌（GN）增菌液荧光PCR检测志贺菌阳性；菌株毒力基因携带情况为侵袭性质粒抗原H（ ipaH）阳性（38份），侵袭性质粒抗原H（ ipaH）/侵袭相关基因（ ial）阳性（31份），侵袭性质粒抗原H（ ipaH）/侵袭相关基因（ ial）/肠毒素2基因（ sen）阳性（1份）；耐药谱显示14种抗生素中9种100.00%耐药，仅亚胺培南、氯霉素、头孢他啶、环丙沙星为有效药物；36株菌 XbaⅠ限制性酶切图谱带型完全一致，其中3株菌株基因组ST型分析均为ST152型；全基因组测序和分析验证了此次暴发由单一克隆群菌株引起，且揭示此次暴发分离株与数据库中3株中国菌株、1株韩国菌株聚集成一个大簇，而与其他国家的菌株距离较远。 结论:本起由水源污染单一宋内志贺菌克隆引起，分离株为低毒力株，呈多重耐药表型。

目的:了解2013—2021年深圳市急性腹泻人群副溶血性弧菌的感染状况及基因组流行病学特征。方法:对深圳市感染性腹泻监测系统主动监测的急性腹泻病例进行流行病学数据收集和统计，对分离到的副溶血性弧菌菌株进行全基因组测序，划分克隆群并分析血清型，毒力基因及多位点序列型别，采用单核苷酸多态性变异位点差异分析2019—2021年腹泻监测人群的暴发簇。结果:2013—2021年深圳市15家哨点医院共监测急性腹泻病例48 623例，分离到副溶血性弧菌1 135株，阳性分离率为2.3%。全基因组测序共获得852株菌的基因组数据，序列分析获得29种血清型、21种已知ST型和5种新ST型， tdh+trh-菌株占比达93.2%；种群结构包含8个全基因组克隆群（CG），以CG3占绝对优势，其次为CG189。CG3以O3：K6血清型和ST3序列型为主；CG189以O4：KUT、O4：K8血清型和ST189a、ST189序列型为主。2019—2021年共发现13个基因簇，包含154个病例，以及发现30个暴发簇，其中29个暴发簇均由CG3菌株引起。 结论:副溶血性弧菌是深圳市急性感染性腹泻的主要病原菌，CG3和CG189长期流行并占主导地位，存在被忽略的散在暴发及持续的共同污染来源；针对流行克隆群进行溯源和采取精准防控措施，有望大幅减轻副溶血性弧菌感染引起的腹泻疾病负担。

目的 对重庆市某高校一起鼠伤寒沙门菌引起的食源性疾病暴发事件进行实验室病原学分析.方法 按照食品安全国家标准(GB 4789.4-2016)对11株沙门菌分离株进行生化和血清型鉴定;使用微量肉汤稀释法进行药敏测试;采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)和全基因测序(WGS)进行分子分型、毒力和耐药基因分析.结果 11株沙门菌全部为鼠伤寒沙门菌;在测试的15种抗生素中,所有菌株仅对四环素耐药;所有菌株的PFGE带型一致;WGS鉴定与血清学表型实验结果一致,所有菌株均携带2个四环素类耐药基因和10个毒力岛;溯源分析结果显示所有菌株的ST型相同,wgSNP进化树显示所有菌株可聚为一簇.结论 11株鼠伤寒沙门菌序列高度同源,说明患者、环境和食品分离株来源相同,结合流行病学调查结果判定此次食源性疾病暴发事件是由食品加工人员使用器皿生熟不分引起食品污染所致.