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加权基因共表达网络分析和差异基因表达分析鉴定氯离子通道附件1基因对结肠癌预后保护作用
编辑人员丨6天前
目的:结合应用加权基因共表达网络分析(WGCNA)和差异基因表达分析2种方法筛选结肠癌mRNA表达谱中的差异共表达基因,并分析差异共表达基因与预后的关系。方法:基于生物信息学方法从癌症基因组图谱(TCGA)和基因表达综合(GEO)数据库分别下载TCGA结肠腺癌数据集的转录组学数据和GSE68468数据集的芯片表达谱数据,筛选出两者在正常组织与结肠癌组织之间的差异表达基因(DEG)和最显著相关的加权基因模块,通过差异基因和加权基因取交集筛选出结肠癌相关差异共表达基因。构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI )网络,利用最大派系中心度(MCC)计算方法筛选出MCC评分排名前10位的核心差异共表达基因,使用TCGA结肠腺癌数据集验证核心基因在正常组织和结肠癌组织中的表达,采用Kaplan-Meier生存分析探索核心基因与患者总生存期和无病生存期之间的关系。使用人类蛋白质图谱(HPA)数据库,对生存相关的差异共表达基因进行免疫组织化学染色验证。结果:TCGA结肠腺癌数据集中DEG共3 481个,GSE68468数据集中DEG共7 275个,共获得237个差异共表达基因。使用PPI网络的MCC计算方法得到10个核心的差异共表达基因,分别为氯离子通道附件1( CLCA1)、 MAPK3、胰高血糖素( GCG)、溶质载体家族26成员3( SLC26 A3)、核受体亚家族1组H成员4( NR1 H4)、脂肪酸结合蛋白1( FABP1)、鸟苷酸环化酶激活因子2A( GUCA2 A)、二磷酸尿苷葡糖醛酸糖基转移酶家族2成员A3( UGT2 A3)、肉碱棕榈酰转移酶2( CPT2)和跨膜4域A12( MS4 A12)。与正常组织相比,TCGA结肠腺癌数据集结肠癌组织的 CLCA1、 GCG、 SLC26 A3、 NR1 H4、 FABP1、 GUCA2 A、 UGT2 A3、 CPT2和 MS4 A12 9个核心基因均下调( P均<0.05),其中 CLCA1高表达结肠癌患者的总生存期和无病生存期均长于低表达组( P均<0.05),免疫组织化学染色结果在蛋白质水平也验证了结果的准确性。 结论:CLCA1可能在结肠癌的发展中起关键作用,可作为进一步诊断和治疗的潜在生物标志物。
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编辑人员丨6天前
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儿童肺动脉高压靶向药物应用的研究进展
编辑人员丨6天前
肺动脉高压(PH)是一组由多种原因引起的肺血管增厚、重构,进而导致肺循环血流动力学紊乱的临床综合征,其临床特点是肺循环阻力增大和肺动脉压力升高,可导致右心衰竭而死亡。儿童PH因特有的发育或产妇相关因素的病因或诱因,以及因儿童自身药物代谢能力的差异,其PH靶向药物的用量和对药物治疗的反应与成人不尽相同,而近年越来越多临床循证研究开始关注儿童PH的靶向药物治疗,本文从前列环素类似物和前列环素受体激动剂、内皮素受体拮抗剂、磷酸二酯酶5型抑制剂、可溶性鸟苷酸环化酶激动剂4种主要的靶向药物类别对其最新研究进展进行了综述。
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编辑人员丨6天前
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卡格列净通过抑制活性氧/NOD样受体热蛋白结构域相关蛋白3信号通路减缓足细胞损伤
编辑人员丨6天前
目的:观察卡格列净(canagliflozin,Cana)干预治疗高糖诱导人足细胞(human podocyte,HPC)损伤的疗效,并探讨其相关机制。方法:将HPC设为5组:正常组(normal glucose group,NG组)、甘露醇组(mannitol group,MA组)、高糖组(high glucose,HG组)、Cana低剂量(0.3 μmol/L)组、Cana高剂量(1.0 μmol/L)组。Western印迹法检测膜相关反向鸟苷酸激酶2(membrane-associated guanylate kinase inverted-2,MAGI2)、足细胞相关蛋白nephrin、钠-葡萄糖转运蛋白2(sodium-glucose transporter 2,SGLT2)及NOD样受体热蛋白结构域相关蛋白3(NOD-like receptor thermal protein domain associated protein 3,NLRP3)、凋亡相关斑点样蛋白(apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD,ASC)、裂解半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶1(cleaved-caspase1)表达。鬼笔环肽(phalloidin)染色观察HPC骨架变化。2',7'-二氯二氢荧光素二乙酸酯(2',7'-dichlorodihydrofluorescein diacetate,DCFH-DA)检测细胞活性氧(reactive oxygen species,ROS)水平。酶联免疫吸附测定法(enzyme-linked immunosorbent assay,ELISA)检测细胞上清中炎性因子白细胞介素(interleukin,IL)-18、IL-1β含量。结果:(1)与NG组比较,HG组MAGI2、nephrin表达水平较低(均 P<0.01),SGLT2表达较高( P<0.01);足细胞形态变化及细胞骨架重构显著;细胞ROS水平较高( P<0.01);NLRP3、ASC、cleaved-caspase1表达较高(均 P<0.01);细胞上清中IL-18、IL-1β浓度较高(均 P<0.05)。(2)与HG组比较,Cana组MAGI2、nephrin表达升高(均 P<0.01);细胞形态变化及细胞骨架重构减轻;SGLT2表达下调( P<0.05);细胞ROS水平下调;NLRP3、ASC、cleaved-caspase1表达下调( P<0.01);上清中IL-18、IL-1β浓度下调(均 P<0.05)。 结论:卡格列净能有效减轻高糖诱导的HPC损伤及炎性反应,其机制可能与抑制ROS/NLRP3信号通路相关。
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编辑人员丨6天前
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子痫前期胎盘中第10号染色体缺失性磷酸酶和张力蛋白同源物基因、Syncytin-1与母体内皮损伤、滋养细胞损伤的相关性
编辑人员丨6天前
目的:研究子痫前期胎盘中第10号染色体缺失性磷酸酶和张力蛋白同源物基因(phosphatase and tensin homologue-deleted chromosome ten gene,PTEN)、Syncytin-1与母体内皮损伤、滋养细胞损伤的相关性。方法:选择2015年2月至2017年12月在南方医科大学附属小榄医院诊断为子痫前期并分娩的46例患者及同期正常分娩的的80名孕妇,分娩前留取母体外周血并测定内皮损伤标志物的含量,分娩后留取胎盘并测定PTEN、Syncytin-1、细胞凋亡基因的表达量以及氧化应激标志物的含量。结果:子痫前期胎盘组织中PTEN的mRNA表达量显著高于正常胎盘组织( t=32.797、 P<0.000),Syncytin-1的mRNA表达量显著低于正常胎盘组织( t=28.506、 P<0.000);子痫前期患者母体血液循环中内皮素-1(endothelin-1,ET-1)、可溶性血管内皮生长因子受体-1(soluble fms-like tyrosine kinase receptor 1,sFlt-1)的含量显著高于正常妊娠孕妇( t值分别为39.884、40.243、 P均<0.001),且与胎盘组织中PTEN的mRNA表达量呈正相关(相关系数分别为0.674、0.596, P分别为0.004、0.007),与Syncytin-1的mRNA表达量呈负相关(相关系数分别为-0.615、-0.637, P分别为0.009、0.008),一氧化氮(nitric oxide ,NO)、前列腺素I 2(prostaglandin I2,PGI2)、血管内皮生长因子(vascular endothelial growth factor ,VEGF)、胎盘生长因子(Placental growth factor ,PLGF)的含量显著低于正常妊娠孕妇( t值分别为30.944、27.404、32.827、26.644、 P均<0.001),且与胎盘组织中PTEN的mRNA表达量呈负相关(相关系数分别为-0.648、-0.592、-0.537、-0.613, P分别为0.006、0.009、0.013、0.007),与Syncytin-1的mRNA表达量呈正相关(相关系数分别为0.632、0.572、0.537、0.654, P值分别为0.010、0.013、0.015、0.009);子痫前期胎盘组织中还原型烟酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸氧化酶4(nicotinamide adenine dinucleotide phosphate-reduced oxidase 4,NOX4)、丙二醛(malondialdehyde,MDA)、8-羟基脱氧鸟苷酸(8-hydroxydeoxyguanosine,8-OHdG)的含量以及自杀相关因子(factors associated suicide ,Fas)、Fas配体(fas ligand,FasL)、Bcl-2相关X蛋白(Bcl-2 associated X protein,Bax)、葡萄糖调节蛋白78(glucose regulated protein 78 ,GRP78)、C/EBP同源蛋白(C/EBP homologous protein ,CHOP)、含半胱氨酸的天冬氨酸蛋白水解酶(cysteine-containing aspartic acid proteolytic enzymes-3,Caspase-3)的mRNA表达量显著高于正常胎盘组织( t值分别为27.714、27.704、26.786、22.622、27.964、25.496、25.893、30.837、28.975、 P均<0.001),且与胎盘组织中PTEN的mRNA表达量呈正相关(相关系数分别为0.703、0.651、0.593、0.628、0.449、0.552、0.612、0.569、0.502, P值分别为0.003、0.007、0.004、0.006、0.016、0.010、0.006、0.012、0.018),gn Syncytin-1的mRNA表达量呈负相关(相关系数分别为-0.615、-0.714、-0.577、-0.548、-0.512、-0.585、-0.619、-0.495、-0.662, P值分别为0.009、0.001、0.013、0.015、0.018、0.011、0.009、0.023、0.003),Peroxiredoxin-Ⅱ蛋白(PrxⅡ)、PrxⅢ、超氧化物歧化酶(superoxide dismutase ,SOD)的含量以及B淋巴细胞瘤-2基因(B-cell lymphoma-2,Bcl-2)的mRNA表达量显著低于正常胎盘组织( t值分别为26.115、23.502、21.439、17.194、 P均<0.001),且与胎盘组织中PTEN的mRNA表达量呈负相关(相关系数分别为-0.713、-0.657、-0.591、-0.642, P值分别为<0.001、0.006、0.009、0.007),与Syncytin-1的mRNA表达量呈正相关(相关系数分别为0.562、0.711、0.682、0.608, P值分别为0.013、<0.001、0.002、0.008)。 结论:子痫前期胎盘中PTEN的高表达以及Syncytin-1的低表达能够加重母体内皮损伤以及胎盘滋养细胞损伤。
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编辑人员丨6天前
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细菌群集运动特性的研究进展
编辑人员丨2024/3/30
群集运动(swarming motility)是细菌以群体方式协调性地依靠鞭毛和Ⅳ型菌毛(type Ⅳ pili,TFP)在半固体表面共同运动,是一种典型的协同运动.群集运动因其与生物被膜、子实体的形成、病原体的侵入和微生物的扩散及共生等过程都有着密切的关系而备受人们的关注,是当前微生物领域的一个研究热点.人们对细菌群集运动开展了大量的研究,包括群集运动中关键蛋白表达的变化、细胞间化学交流的变化以及机械性变化等.鞭毛蛋白的表达以及胞内环二鸟苷酸(cyclic diguanosine monophosphate,c-di-GMP)的水平等会对群集运动产生一定的影响,在菌落中复杂地调控着细菌集体行为;群集运动细胞独特的物理性质表现有益于菌落整体的扩张;细菌周围生长环境中的营养和水分含量等因素也在不同程度上影响细菌群集运动的能力.未来,在解析群集运动分子机制的基础上,如何构建一个统一的群集运动模型成为该领域研究面临的一个挑战.
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编辑人员丨2024/3/30
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肺动脉高压的非药物治疗
编辑人员丨2024/3/30
肺动脉高压(PH)是以肺动脉血流动力学异常为特征的一组临床综合征.其发病机制涉及多学科、系统和通路,治疗亦是多方面、多角度的.目前PH的治疗以药物治疗和非药物治疗为主.PH药物治疗的重点是动脉型PH和慢性血栓栓塞性PH,随着靶向药物(如内皮素受体抑制剂、前列环素类、磷酸二酯酶V型抑制剂和可溶性鸟苷酸环化酶激动剂)的进展,患者预后有所改善,但5年生存率仍不超过70%.因此,可将非药物治疗方式作为PH治疗的另一选择.现就PH的非药物治疗做一综述.
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编辑人员丨2024/3/30
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一氧化氮与肺动脉高压及基于一氧化氮信号通路的肺动脉高压治疗药物研究进展
编辑人员丨2023/11/25
一氧化氮(NO)是一种重要的血管舒张因子,具有调节血管平滑肌舒张、抑制血管平滑肌细胞增殖及减少血小板聚集和血栓形成的功能,参与调节肺动脉高压的发生发展,改善肺动脉高压.为实现NO持续、受控释放和靶点特异性,大量研究致力于开发纳米载体系统递送NO供体,用于肺动脉高压的日常给药治疗.本文概述了体内NO来源及其舒血管作用机制,总结了目前针对NO信号通路的3种肺动脉高压靶向治疗药物(磷酸二酯酶5抑制剂、鸟苷酸环化酶激动剂和吸入性NO),介绍了代表性的NO供体(如有机硝酸盐、金属亚硝基化合物、亚硝酸盐和N-重氮鎓二酸盐)以及治疗肺动脉高压的纳米载体制剂(直接递送NO气体的纳米粒子、基于亚硝酸盐的NO递送系统和基于N-重氮鎓二酸盐的NO递送系统)的研究进展.
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编辑人员丨2023/11/25
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嗜酸乳杆菌GGDEF和EAL结构域相关蛋白的表达、纯化及活性分析
编辑人员丨2023/8/6
目的 鉴定嗜酸乳杆菌(Lactobacillus acidophilus)中含GGDEF和EAL结构域相关蛋白的功能.为进一步研究环二鸟苷酸(c-di-GMP)在该菌株中的调控机制奠定基础.方法 从嗜酸乳杆菌ATCC4356基因组中PCR扩增出NH 13_07045-GGDEF、NH13_07050和NH13 07055这3个基因片段,分别构建其重组表达质粒.经鉴定后,转入大肠杆菌表达宿主中,用异丙基-β-D-硫代吡喃半乳糖苷(IPTG)诱导表达重组蛋白,经直链淀粉树脂纯化后进行体外酶活性实验,再通过高效液相色谱检测反应产物.结果 通过PCR扩增的目的基因片段经重组质粒双酶切后其大小与预期相符,测序结果与GenBank中嗜酸乳杆菌ATCC4356基因序列一致,表明重组质粒构建成功.SDS-PAGE和Western Blot检测表达的重组蛋白相对分子质量分别约为59000(含GGDEF结构域)、67000(含EAL结构域)和72000(含EAL结构域),与预期大小吻合.经树脂亲和柱纯化及浓缩获得目的蛋白.高效液相色谱分析结果显示,NH13_07045-GGDEF的表达产物体外无明显双鸟苷酸环化酶(DGC)活性,NH1307050的表达产物体外具有磷酸二酯酶(PDE)活性,而NH13 07055的表达产物在体外无明显PDE活性.结论 在本研究的3种基因中,NH13_07050的表达产物在体外具有磷酸二酯酶(PDE)的活性.为研究环二鸟苷酸在嗜酸乳杆菌中的调控机制提供了实验依据.
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编辑人员丨2023/8/6
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肺动脉高压的药物治疗
编辑人员丨2023/8/6
肺动脉高压(pulmonary hypertension,PH)是临床上常见的一种致残率和致死率较高的疾病,WHO根据病因将PH分为5类.PH治疗从病情严重程度的基线评估开始,进行基础治疗.基础治疗针对PH的基础病因.部分PH患者会进展至需要针对PH本身而并非基础病因的高等级治疗.对于治疗PH的基础病因后仍持续存在PH且WHO分级为Ⅱ、Ⅲ或Ⅳ级的患者,应转诊至专科医学中心进行高等级治疗的评估.高等治疗包括类前列腺素(prostaglandin,PG)、内皮素受俸拮抗剂(endothelin receptor antagonist,ERA)、5型磷酸二酯酶(phosphodiesterase 5,PDE5)抑制剂、可溶性鸟苷酸环化酶(soluble guanylate cyclase,sGC)激动剂和钙通道阻滞剂(calcium channel blocker,CCB).
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编辑人员丨2023/8/6
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实时定量PCR检测新生儿全血中肺炎克雷伯菌方法的建立和应用
编辑人员丨2023/8/6
目的:建立实时定量PCR(RQ-PCR)快速检测新生儿血液标本中肺炎克雷伯菌基因组DNA的方法,并进行初步临床应用.方法:选择肺炎克雷伯菌高度保守的二鸟苷酸环化酶基因作为靶基因,设计特异性引物和TaqMan探针,建立RQ-PCR反应体系;采用含靶基因扩增片段的重组质粒建立标准曲线,提取血液中的基因组DNA,对500份新生儿血液标本进行RQ-PCR检测.结果:设计的引物和探针特异性高,检测限为1个拷贝数;500份新生儿血液标本中,RQ-PCR检测为阳性的有18个病例,阳性率为3.6%,明显高于血培养的阳性率2.4%(12个病例),差异具有统计学意义(P<0.01).结论:RQ-PCR可用于检测新生儿血液标本中的肺炎克雷伯菌,此方法快速、灵敏、特异性强.
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编辑人员丨2023/8/6
