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宏基因组高通量测序协助诊断异基因造血干细胞移植术后患者感染病原体的价值分析
编辑人员丨5天前
目的:探讨宏基因组高通量测序技术(mNGS)在异基因造血干细胞移植术后感染患者中的应用价值。方法:回顾性分析2019年4月至2020年11月于北京大学血液病研究所进行异基因造血干细胞移植术后出现局部或全身感染症状的83例患者,并进行mNGS检测。标本包括外周血、脑脊液、肺泡灌洗液、脓腔穿刺液等,同时分析同期细菌/真菌培养、病毒PCR检测结果,将mNGS结果和常规检测结果进行比对。结果:83例患者112份样本进行了mNGS检测,共确定病原微生物34种。其中细菌11种,共17例次,最常见为大肠埃希菌(4/17)。真菌7种,共10例次,白色念珠菌(2/10)。病毒16种,共129例次,细环病毒30.2%(39/129)、CMV 25.6%(33/129)、EBV 14.0%(18/129)。以常规检测手段为金标准,mNGS敏感性为86.5%,特异性为45.0%。单一病原体感染的样本,mNGS与常规检测手段结果一致的共82.9%(29/35);共感染样本中,mNGS与常规检测结果一致的占16/17。结论:mNGS有助于确定感染病原体,可作为常见手段的补充诊断方式。
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编辑人员丨5天前
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基于宏基因组二代测序技术检测肾移植术后肺部感染的病原学研究
编辑人员丨5天前
目的:探讨肾移植术后肺部感染病原学特点和宏基因组二代测序技术(mNGS)的诊断价值。方法:选取2018年1月至2021年1月在西安交通大学第一附属医院肾移植科确诊的40例肺部感染受者,并通过常规病原体检测方法和mNGS明确病原体。常规病原体检测方法包括:血培养、支气管肺泡灌洗液(BALF)和痰培养及涂片染色、肺部组织病理、抗原检测和PCR等,mNGS则进行BALF检测寻找病原体。通过比较两种检测方法的结果,给予精准抗感染治疗,并对其临床资料进行回顾性分析。结果:最终36例受者治愈出院,4例死亡。40例肺部感染受者,BALF的mNGS病原体检测呈阳性者37例,阴性3例,其检测敏感性92.5%,其中单一型肺部感染15例,混合型肺部感染22例,包括8例以细菌感染为主,9例病毒感染为主和20例真菌感染为主,耶氏肺孢子菌(20/40,50%)和人巨细胞病毒(10/40,25%)是最为常见的病原体。相比之下,通过常规病原体检测方法阳性者12例,检出率仅为30%,两种检测方法差异有统计学意义( χ2=32.92, P<0.05);对于混合型肺部感染两种检测方法诊断率分别为55%和10%,两者差异具有统计学意义( χ2=18.46, P<0.05),而单一型肺部感染诊断率分别为30%和20%,两者差异无统计学意义( χ2=2.99, P>0.05)。 结论:与常规病原体检测方法相比,mNGS在病原体种类和分布、检测时效、敏感性、混合型感染诊断率及受益等方面更具优势,利用mNGS可更加高效寻找肾移植术后肺部感染的病原体,采取精准化治疗,减少费用,提高治愈率,值得广泛推广应用。
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编辑人员丨5天前
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宏基因组学第二代测序技术在烧伤患者和急慢性创面患者病原体检测中的应用
编辑人员丨5天前
目的:探讨采用宏基因组学第二代测序(mNGS)技术检测烧伤患者和急慢性创面患者病原体的价值。方法:采用回顾性观察性研究方法。选择2019年3月—2020年6月解放军总医院第四医学中心的11例符合入选标准的烧伤患者和急慢性创面患者(男10例、女1例,年龄23~85岁),共采集标本23份,其中全血标本6份、皮肤组织块标本1份、引流的脓液标本1份、创面分泌物拭子标本15份。每份标本均分为2份,分别采用微生物培养法、mNGS法检测病原体。统计2种方法检测出的病原体数量和种类以及mNGS法检测的相对丰度,并比较2种检测方法的一致性。对数据行配对Wilcoxon秩和检验。结果:经微生物培养法检测,在23份标本中,5份标本未检出病原体;其余18份标本共检出35株病原体,属于9种细菌和2种真菌。5份标本均各检出单一病原菌,9份标本均各检出2种病原菌,4份标本均各检出3种病原菌。经mNGS法检测,在23份标本中,1份标本未检出病原体;其余22份标本共检出75株病原体,分属于28种细菌、3种真菌和3种病毒。8份标本均各检出单一病原体,5份标本均各检出2种病原体,2份标本均各检出3种病原体,3份标本均各检出4种病原体,2份标本均各检出6种病原体,各1份标本检出7、20种病原体。微生物培养法在每份标本中检出的病原体为2(1,2)种,明显少于mNGS法的2(1,4)种( Z=3.359, P<0.01)。在微生物培养法未检出病原体的5份标本中,mNGS法在其中2份标本中检出细菌、另2份标本中检出病毒。mNGS法检出的存在2种及2种以上细菌的标本13份,每份标本中相对丰度占第1位的细菌其相对丰度范围为28.8%~95.9%。在23份标本中,有7份(30.4%)标本采用2种方法检测的结果完全一致,5份(21.7%)结果完全不一致,11份(47.8%)结果不完全一致。 结论:与传统的微生物培养法相比,mNGS法检测敏感性更高、对病原体的检出能力更强,并且可判断混合感染的病原体的相对丰度,作为培养法的补充,可对烧伤和急慢性创面感染病原体的诊断产生重要作用。
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编辑人员丨5天前
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5岁以下婴幼儿接种5价轮状病毒疫苗的卫生经济学评价(基于决策树-马尔可夫模型)
编辑人员丨5天前
目的:从全社会角度评价5岁以下婴幼儿人群接种5价轮状病毒疫苗相比不接种疫苗的成本收益。方法:构建决策树-马尔可夫模型,以接种5价轮状病毒疫苗为研究策略,不接种为对照策略,模拟1 000 000名5岁以下婴幼儿人群队列,评估接种5价轮状病毒疫苗相较于不接种的成本-效果、成本-效益、成本-效用,使用伤残调整寿命年(disability adjusted life year,DALY)作为效用指标,并通过敏感性分析评价模型拟合结果的稳定性。结果:模型拟合结果显示,与不接种5价轮状病毒疫苗相比,接种疫苗5年减少22 826例轮状病毒感染病例、14 618例门诊病例、5 243例住院以及1 066例死亡病例,成本-效果比为17 329.36;成本-效益比为1∶3.59;接种疫苗的成本-效用比为799.54元/DALY,不接种疫苗的成本-效用比为1 018.73元/DALY,增量成本-效用比为23 201.05元/DALY。单因素敏感性分析显示,5岁以下婴幼儿轮状病毒感染率、5价疫苗保护率和疫苗价格对模型拟合结果影响较大。概率敏感性分析结果显示,接种疫苗是绝对优势策略。结论:在5岁以下婴幼儿人群中开展5价轮状病毒疫苗接种具有较好的成本收益,值得推广。
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编辑人员丨5天前
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18F-FDG PETCT在抗NMDA受体脑炎及病毒性脑炎诊断中的价值
编辑人员丨5天前
抗 N-甲基- D-天冬氨酸(NMDA)受体脑炎及病毒性脑炎的临床表现相似但治疗方法及预后不同,故早期鉴别至关重要。抗体检测及病原学检测存在延时、假阴性等不足,常规辅助检查缺乏特异性,鉴别价值有限。 18F脱氧葡萄糖(FDG)标记的正电子发射计算机断层显像(PETCT)检查对于抗NMDA受体脑炎早期代谢异常敏感性高,存在特征性的枕叶低代谢和额颞叶高代谢。病毒性脑炎行 18F-FDG PETCT检查研究病例数较少,不同病毒性脑炎的脑代谢表现不同,但均无特征性的枕叶代谢减退。本文现围绕NMDA受体脑炎及病毒性脑炎行 18F-FDG PETCT检查时的脑代谢特点综述如下。
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编辑人员丨5天前
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基于重组酶聚合酶扩增结合侧向流试纸条快速检测H7亚型禽流感病毒的方法研究
编辑人员丨5天前
目的:建立一种快速、灵敏、可视化的H7亚型禽流感病毒等温核酸扩增检测方法。方法:针对H7N9禽流感病毒的HA片段保守区序列设计引物、探针,优化反应温度,建立H7亚型禽流感病毒的重组酶聚合酶扩增结合侧流层析试纸条检测技术,评价其特异性和敏感性,并与Real time PCR方法进行比较。结果:该方法检测H7亚型禽流感病毒的最低检出限为20拷贝/μL,与其他流感/禽流感病毒无交叉反应,反应可在20~50℃温度范围内进行,临床样本检测结果与Real time PCR法一致性为100.0%。结论:该检测方法具有快速、特异及灵敏的特点,为在基层和现场快速检测H7亚型禽流感病毒提供了新的方法。
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编辑人员丨5天前
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BMI-1基因对人胰腺癌SW1990细胞放射敏感性影响及机制研究
编辑人员丨5天前
目的:研究BMI-1对胰腺癌SW1990细胞放射敏感性影响及可能机制。方法:选取4 Gy X线及慢病毒下调BMI-1表达作为干预条件,用克隆形成实验观察对SW1990细胞增殖能力的影响,流式细胞仪检测对细胞凋亡及细胞周期的影响,Western blot检测对上皮间充质转化(EMT)的影响。结果:克隆形成实验和流式细胞仪发现,与其他组比较,下调BMI-1表达并经4 Gy X线照射后细胞增殖能力最低,凋亡率最高( P<0.05)。流式细胞仪检测细胞周期发现,与对照组相比,4 Gy X线照射后细胞G 0/G 1期比例下降,G 2/M期比例上升( P<0.05);而下调BMI-1后细胞G 0/G 1期比例上升,G 2/M期比例下降( P<0.05)。Western blot发现4 Gy X线照射后E-cadherin表达上调,而Vimentin表达下调( P<0.05)。 结论:下调BMI-1可增强胰腺癌SW1990细胞放射敏感性,其机制可能与细胞周期及EMT进程相关。
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编辑人员丨5天前
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HBV感染相关肝癌肝移植术后复发的预测模型
编辑人员丨5天前
目的:探讨乙型肝炎病毒(HBV)感染相关肝细胞癌(HCC)患者行肝移植术后复发的危险因素,并进一步构建预测模型。方法:回顾性分析2015年1月至2020年5月河北北方学院附属第一医院诊治的106例行肝移植HCC患者的临床资料。采用 χ2检验进行HCC复发影响因素的单因素分析,logistic回归分析进行HCC复发影响因素的多因素分析,根据筛选的危险因素构建HCC复发的预测模型,并采用受试者工作特征(ROC)曲线对预测模型进行评价。 结果:106例肝移植HCC患者复发23例,复发率为21.70%;死亡20例。肿瘤分化程度( χ2=6.066, P=0.014)、肿瘤最大径( χ2=4.916, P=0.027)、有无包膜侵犯( χ2=5.543, P=0.019)、术前甲胎蛋白(AFP)( χ2=5.458, P=0.019)、HBV-DNA( χ2=5.446, P=0.020)、中性粒细胞淋巴细胞比值(NLR)( χ2=12.161, P<0.001)、miR-424( χ2=4.400, P=0.036)、染色质域解旋酶DNA结合蛋白8(CHD8)( χ2=10.561, P=0.001)、T-钙黏蛋白(T-cad)( χ2=48.723, P<0.001)、层粘连蛋白(LN)( χ2=18.506, P<0.001)、肝细胞生长因子(HGF)表达( χ2=11.178, P=0.001)与HCC复发有关。多因素logistic回归分析显示,肿瘤最大径≥6.5 cm( OR=1.69,95% CI为1.25~3.17, P=0.002)、术前AFP>400 ng/ml( OR=1.38,95% CI为1.09~1.92, P=0.038)、CHD8阳性( OR=0.77,95% CI为0.52~0.89, P=0.021)、T-cad阳性( OR=0.84,95% CI为0.68~0.92, P=0.006)、LN阳性( OR=1.22,95% CI为1.03~1.50, P=0.013)是HCC复发的危险因素。根据logistic回归分析结果构建函数模型logit( P)=0.262+0.523 X1+0.326 X2-0.259 X3-0.286 X4+0.203 X5,其中 X1、 X2、 X3、 X4、 X5分别为肿瘤最大径、AFP、CHD8、T-cad、LN。ROC曲线分析显示,其预测HCC复发的曲线下面积为0.849(95% CI为0.763~0.894, P<0.001),准确率为83.02%,敏感性为86.96%,特异性为81.93%,临界值为0.736。由logit( P)函数模型可知, P=1/(1+e - Y),其中 Y=0.262+0.523 X1+0.326 X2-0.259 X3-0.286 X4+0.203 X5。随机抽取1例患者,根据其临床资料,经计算 P=0.564,小于临界值0.736,可认为在准确率为83.02%的情况下,该患者不会出现HCC复发。 结论:肿瘤最大径、术前AFP、CHD8、T-cad、LN表达状况与肝移植后HCC复发有关,据此构建的预测模型可有效预测HCC复发的风险。
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编辑人员丨5天前
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宏基因二代测序技术对感染性疾病患者的诊断价值及其临床应用
编辑人员丨5天前
目的:利用宏基因二代测序(mNGS)技术,检测其和传统培养法的区别,探讨病原微生物及检出序列数与感染患者病情程度和预后的相关性。方法:选取2018年5月至2019年9月在上海市第十人民医院就诊的94例患者样本。分别进行传统培养和mNGS检测,对2种技术的诊断效果、假阳性率、假阴性率进行了分析。然后收集感染组75例患者的血液标本和临床信息,根据mNGS是否检出病原体将患者分为检出组(51例)和未检出组(24例)。测定外周血白细胞、C反应蛋白、降钙素原和中性粒细胞计数,用酶联免疫吸附试验法测定血清中细胞因子的浓度。分析患者病原体检出率与病情严重程度、住院时间等相关性分析。结果:纳入的94例样本中,感染组75例(79.79%),非感染组16例(17.02%),未知组3例(3.19%)。样本类型中血液占比最多(34/94),其次为肺泡灌洗液(28/94)、组织、痰液、胸水、脓液等。下呼吸道感染所占比例最高(60/94),其次是血流感染、胸水、中枢系统感染、心血管系统感染等。mNGS的敏感度显著高于培养法( χ2=-223.107, P<0.05)。mNGS的特异度与培养法差异无统计学意义( χ2=3.840, P=0.05)。感染未检出组患者住院时间也明显高于检出组( t=4.724, P<0.05)。单因素分析发现检出组患者外周血白细胞计数、中性粒细胞计数、C反应蛋白、降钙素原显著高于未检出组( t值分别为-8.848、-4.724、-4.335、-4.335, P值均<0.05);检出组中肿瘤坏死因子α、白细胞介素2R、白细胞介素8水平均高于未检出组( t值分别为-5.585、-7.258、-4.678, P值均<0.05)。logistic多因素回归分析去除混杂因素后,显示性别、年龄、白细胞介素2R与病原体检出阳性有关。 结论:mNGS在结核、真菌、病毒和厌氧菌诊断方面优势更明显,其阳性率高于传统方法3倍以上。感染患者的病原体检出率较高,其检出病原体核酸序列是患者预后不良的高危因素,有显著的临床价值。
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编辑人员丨5天前
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不同亚型禽流感病毒红细胞凝集特性分析
编辑人员丨5天前
目的:了解不同亚型禽流感病毒与不同动物来源红细胞的凝集特性,为流感环境样本监测工作选择更适宜的检测用红细胞。方法:选取2009-2016年我国禽流感环境监测中分离到的不同亚型的禽流感毒株,采用红细胞凝集试验,选用5种动物红细胞(鸡、火鸡、豚鼠、马和绵羊)进行检测;应用流式细胞仪检测不同动物红细胞表面唾液酸受体的表达及类型,通过氨基酸序列分析病毒血凝素蛋白受体结合区(receptor binding domain, RBD)的特征。结果:本研究共检测了14种亚型的28株禽流感病毒。结果显示所有毒株均能与火鸡和豚鼠红细胞发生凝集,其余红细胞均出现不能与某些毒株产生凝集的现象;其中1株H9N2(A/环境/安徽/43762/2015)毒株与鸡红细胞不产生凝集反应;1株H1N1(A/环境/山东/76972/2014)和2株H9N2(A/环境/重庆/79449/2014和A/环境/安徽/43762/2015)毒株与马红细胞不产生凝集反应;2株H9N2(A/环境/重庆/79449/2014和A/环境/安徽/43762/2015)和2株H13N8(A/环境/青海湖/166/2012和A/环境/青海湖/13/2012)毒株与绵羊红细胞不产生凝集反应。流式检测结果显示在火鸡、鸡和豚鼠红细胞表面可检测到两种类型唾液酸受体α2,3和α2,6,但两种受体表达比例不同;马和绵羊红细胞表面唾液酸受体只检测到表达α2,3。序列分析提示病毒RBD关键区域的氨基酸替换可能是影响病毒红细胞结合特性的重要因素。结论:在禽流感病毒检测中,火鸡和豚鼠红细胞在红细胞凝集试验中敏感性最好。不同来源的红细胞其受体表达及类型会显著影响不同亚型禽流感病毒的凝集反应,同时RBD关键区域的氨基酸变化也会影响病毒与不同红细胞的结合。
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编辑人员丨5天前
