目的:用单基因组测序技术分析HIV-1感染者体内基因型耐药动态变化，了解耐药相关突变发生特征。方法:对4例抗逆转录病毒治疗失败病例及其基线冻存血浆样本进行标准基因型耐药检测和共享测序。采用倍比稀释法进行 pol基因片段单基因组扩增和测序(SGS)，分析准种变异和耐药动态变化特征。获得的基因序列用斯坦福大学HIV耐药数据库判断基因型耐药及耐药程度解析。 结果:NA2302-00病例存在传播性耐药突变(TDR，M184//G190A突变型)，在治疗5个月后突变位点增多并导致治疗失败。3例未检测到TDR，但是CD4细胞计数均低于200个/μl，在治疗4～6个月后出现获得性耐药和治疗失败。所有病例均对所服用的拉米夫定和依非韦伦药物存在高度耐受，2例对替诺福韦高度耐受。从4个病例的治疗基线和失败两个采样时间点血浆样本中共获得291条 pol基因SGS序列。2个无TDR的病例基线样本SGS序列存在劣势耐药相关突变(2.4%～2.9%)，但这些突变在随访样本中未检测到。NA2302-00的27条SGS序列均检测到该TDR突变型。治疗失败样本SGS序列表现出复杂的准种变异，进化为不同耐药突变型。2个病例的治疗失败样本SGS序列突变型为1～2个，另2个病例分别有4和13个突变型，>20%优势毒株突变型各2个。4个病例在更换蛋白酶抑制剂为主的二线药物后，维持较好的病毒抑制效果。 结论:单基因组测序可以揭示感染者体内毒株准种变异和耐药发生特征。在药物选择压力下，感染者体内病毒发生适应性进化，产生复杂的耐药相关突变模式，尤其需要加强艾滋病期感染者治疗第一年的随访和监测。

目的:探讨远隔缺血预处理（RIPC）联合褪黑素（MT）对脑缺血再灌注保护作用的可能机制及多模态MRI的评估价值。方法:2021年12月至2022年12月选取SPF级SD雄性大鼠50只，按不同处理方式分为假手术组、大脑中动脉阻塞模型组、褪黑素（MT）组、远隔缺血预处理（RIPC）组以及MT+RIPC组，每组10只。对手术后大鼠进行神经功能评分及多模态MR检查，包括T 2液体衰减反转恢复序列（FLAIR）成像、扩散加权成像（DWI）、动脉自旋标记序列（ASL）成像。扫描结束后处死大鼠，每组随机选取3只大鼠提取脑组织行HE染色观察神经元形态，采用免疫组化法检测核因子-E2相关因子2（Nrf2）和核血红素氧化酶1（HO-1）表达情况；剩余6只大鼠采用酶联免疫法检测脑组织梗死灶白细胞介素1β（IL-1β）、白细胞介素6（IL-6）和肿瘤坏死因子α（TNF-α）水平。多组间比较采用ANOVA单因素方差分析或Kruskal-Wallis H检验。 结果:5组大鼠神经功能评分及脑梗死体积百分比总体差异有统计学意义（ P<0.001），其中模型组、RIPC组、MT组、MT+RIPC组均高于假手术组（ P<0.05）；RIPC组、MT组、MT+RIPC组均低于模型组（ P<0.05）。MRI显示，除假手术组外，其余4组大鼠患侧大脑半球均可见大小不等的异常信号。T 2 FLAIR、DWI上病灶呈较高信号，表观扩散系数图呈低信号、脑血流量图呈低灌注。病理示模型组大鼠脑组织坏死区域神经元核固缩，梗死灶周围神经元水肿变性，RIPC组和MT组梗死灶周围区域神经细胞水肿及变性减轻，MT+RIPC组梗死灶主要表现为神经元水肿，结构大体保存。MT+RIPC组Nrf2和HO-1蛋白阳性范围较模型组显著增加。5组IL-1β、TNF-α及IL-6水平总体差异具有统计学意义（ P<0.05），其中模型组、RIPC组、MT组、MT+RIPC组的IL-1β、TNF-α及IL-6水平较假手术组增多（ P<0.05），RIPC组、MT组、MT+RIPC组的IL-1β、TNF-α及IL-6水平较模型组减少（ P<0.05）。 结论:RIPC+MT通过Nrf2/HO-1途径发挥抗氧化应激作用，降低IL-1β、IL-6及TNF-α水平发挥抗炎作用，从而减轻大脑中动脉阻塞大鼠脑水肿及神经元破坏、减少梗死体积、改善神经功能缺损。多模态MR评估RIPC+MT对脑缺血再灌注的保护作用具有价值。

目的 分析不同来源栝楼Trichosanthes资源群体的遗传结构和自然亚群间基因漂移分析以及资源的遗传多样性,为栝楼育种奠定基础.方法 从100对相关序列扩增多态性(sequence-related amplified polymorphism,SRAP)引物中筛选出扩增效果好、稳定性高的43对引物对13个来源于3个自然亚群的栝楼资源进行扩增,进行不同亚群间和品种之间的遗传结构和多样性分析.结果 共扩增出691个位点,其中多态性位点百分率达到79.16％,整个群体的多态性信息含量(polymorphic information content,PIC)、观察等位基因数(observing the number of alleles,Na)、有效等位基因数(effective number of alleles,Ne)、香农信息指数(Shannon information index,I)和遗传距离(genetic distance,H)依次为 0.495 5、1.791 6、1.374 6、0.359 4和0.2316,3个自然亚群中其他野生类群的遗传丰富度最高,潜山和合肥自然亚群之间的遗传相似度高,达到0.922 9.亲缘关系类群体间的群间分化系数(intergroup differentiation coefficient,Fst)平均为0.265 6,类群间基因流(gene flow,Nm)平均为1.382 6,遗传分化系数较大,不同自然亚群间具有一定的基因交流,但不同位点基因交换的差异很大.13个品种资源被分成2个亚群,2个长萼栝楼地方品种单独组成一个亚群,其他11个双边栝楼资源被聚为另一个亚类,2个亚群遗传相似性系数仅为60.94％,福建野生型与安徽育成品种相似性较低,四川野生型相似性较高,说明四川野生型已被大量应用于安徽栝楼育种.结论 栝楼种质资源之间有较大的遗传相似性,不同自然亚群的栝楼种质资源之间有一定的基因交流.

目的 研究妊娠中期牙龈炎女性患者唾液菌群结构的多样性,为该类患者的治疗提供参考.方法 选取35例妊娠中期牙龈炎患者为研究组,15例妊娠中期健康女性为对照组.2组对象均取唾液样本,提取细菌DNA,进行PCR扩增与京都基因和基因组百科全书(KEGG)分析,采用Quantity One软件对指纹图谱进行数据分析.结果 研究组患者唾液菌群可操作分类单元(OTUs)数量多于对照组.研究组与对照组对象唾液菌群Alpha多样性、Beta多样性,物种相似性(门、纲、目、科、属、种水平),KEGG基因通路距离及相对丰度比较差异均无统计学意义(均P＞0.05).研究组患者唾液菌群扩增序列变异数(ASV)分类单元水平(界、门、纲、目、科、属、种水平)和 Proteobacteria、Campliobacterota、Pasteurellales、Pasteurellaceae、Porphyromonadaceae、Fusobacteriaceae、Haemophius、Porphyromonas、Fusobacterium,Prevo-tella melaninogenica相对丰度均高于对照组(均P＜0.05);Patescibacteria、Saccharimonadia、Saccharimonadales、Lactobacillales、Saccharimonadaceae、Leptotrochiaceae、Streptococcaceae、Streptococcus相对丰度和探诊深度(PD)、牙龈出血指数(BI)均低于对照组(均P＜0.05).PD、BI与上述细菌(门、纲、目、科、属、种水平)的相对丰度均有显著相关性(均P＜0.05).结论 妊娠中期牙龈炎女性唾液菌群OTUs增多,变化显著的细菌(门、纲、目、科、属、种水平)其相对丰度与PD、BI均具有显著相关性.

目的:选育优良广金钱草品种(系).方法:采用迭氮钠(NaN3),甲基磺酸乙酯(EMS)和秋水仙素最佳剂量对广金钱草种子进行诱变处理,初步筛选出13株表型变异的广金钱草植株,对广金钱草变异植株及对照基因组DNA进行相关序列扩增多态性(SRAP)分析.结果:广金钱草在株高、地茎、分枝状况等方面发生大量变异;10对SRAP引物扩增出多态性条带3 285个,平均每对引物扩增出328.5条带,多态性比例平均为96.45％,广金钱草化学诱变植株遗传相似系数范围0.326～0.476,遗传相似系数较低,表明经化学诱变剂处理后广金钱草在基因组水平上存在真实的遗传差异;相似性差异程度大小顺序为V-13＞V-7＞ V-6＞ V-1 1＞V-10＞ V-12＞ V-9＞ V-8＞ V-4＞ V-5＞ V-3＞V-2＞ V-1,表明NaN3在分子水平上对广金钱草的影响比EMS和秋水仙素小;化学诱变处理后广金钱草变异程度高于不同种源地的变异,进一步表明人工诱变育种可以缩短育种年限,提高突变率.结论:该研究揭示了广金钱草化学诱变株表型特异性和遗传多样性,筛选了一些特异资源,为高产优质广金钱草新品种(系)的选育提供重要的科学依据.

为了解加勒比松(Pinus caribaea)种源的遗传多样性,利用甲基化敏感扩增多态性技术对加勒比松3个变种17个种源的DNA甲基化多样性进行了研究.结果表明,56对引物组合共扩增出425条谱带,其中多态性谱带422条,多态性百分率为99.25%.加勒比松种源幼苗半甲基化比率比全甲基化比率稍高,洪都拉斯加勒比松、古巴加勒比松和巴哈马加勒比松的DNA甲基化率分别为22.39%、22.29%和22.35%,差异不显著.加勒比松的DNA序列遗传多样性(H=0.4376)高于DNA甲基化多样性(H=0.3274),Mantel检验表明,基因组遗传变异与表观遗传变异不存在相关性(r=-0.171, P=0.16).表观聚类与遗传聚类间存在较大差异,两种聚类分析结果均未将3个加勒比松变种分开.这表明加勒比松变种间的表观遗传变异极为丰富,能为加勒比松遗传改良提供优良种质资源.

目的 基于内转录间隔区(ITS)、β-微管蛋白(β-tubulin)部分基因和相关序列扩增多态性(SRAP)分子标记技术结合形态学鉴定方法,推断不同种红曲霉的系统发育关系,寻找快速、准确鉴定红曲霉的方法.方法 以红曲霉基因组为模板,聚合酶链式反应(PCR)扩增红曲霉ITS、β-tubulin部分基因,利用Mega 7.0软件中最大似然树法构建进化树,扩增SRAP分子标记技术的特征结合序列,利用R软件phangorn包中的FigTree软件进行建树,使用除权配对(UPGMA)法进行聚类分析,通过分析不同种红曲霉系统发育关系,找寻快速、准确的鉴定方法.结果 利用ITS和β-tubulin部分基因可将31株供试菌株分为两大类,而SRAP分子标记技术可将供试菌株分为四大类,结合袁型分析和3种分子鉴定方法,参照15株红曲霉参考菌株将16株未鉴定到种的红曲霉分别鉴定为安卡红曲霉、橙色红曲霉和紫色红曲霉.结论 SRAP分子标记技术具有更多的分类依据,结合表型分析能够帮助更快、更精确的将红曲霉鉴定到种.

以转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)和几丁质合成酶1(chitinase synthase 1,CHS1)为鉴定靶位,结合种系进化分析将2007年至2016年分离自头癣或面癣患儿的12株石膏样小孢子菌复合体成员(现被归入Nannizzia菌属)鉴定到种水平,其中5株为Nannizzia gypsea(Microsporum gypseum),另7株为Nannizzia incurvata(Microsporum incurvatum).在此基础上,通过序列相关扩增多态性(SRAP)分子标记进一步证实二者在DNA多位点存在扩增多态性.本研究证实在我国湖北地区存在Nannizzia incurvata,为我国开展Nannizzia菌属的分子流行病学研究提供了实验室依据和支持.

目的 建立一种快速鉴别长梗黄精种的分子技术手段.方法 基于简单序列重复区间扩增多态性(ISSR)和相关序列扩增多态性(SRAP)分子标记对多花黄精与长梗黄精的基因组DNA进行种间的多态性分析,获得ISSR和SRAP-PCR差异片段,经测序设计种特异性的特征性片段扩增区域(SCAR)引物,用于二种黄精属植物的准确快速鉴别.结果 3对SCAR引物在各自最适退火温度下,分别只从长梗黄精中扩增出了150、354和518 bp的特异性片段,而多花黄精不扩增任何片段,实验操作便捷,结果重复性好.通过对市场上8份黄精块茎材料的鉴定,SCAR分子鉴别技术的可靠性进一步得以验证.结论 本实验开发的SCAR分子技术可用于长梗黄精种的辅助鉴别.

分子标记技术以其操作简单、灵敏度高、分析结果准确可靠等优点,已被广泛用于药用植物种质资源的相关研究中.本文主要介绍了限制性片段长度多态性(RFLP)、随机扩增多态性(RAPD)、简单重复序列(SSR)、单核苷酸多态性(SNP)、DNA条形码等分子标记的技术原理及其在药用植物种质资源鉴定、道地性研究、遗传多样性研究、资源保护、遗传图谱构建及品质和抗性育种等方面的相关应用,以促进药用植物资源的开发利用、保护及可持续发展研究.