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磷脂酰肌醇-3激酶调节亚基3对人肺腺癌细胞增殖及细胞周期的影响
编辑人员丨1天前
目的:观察磷脂酰肌醇-3激酶调节亚基3(PIK3R3)对人肺腺癌细胞增殖及细胞周期的影响。方法:通过分别转染质粒或短发卡RNA(shRNA),将细胞分为以下6组:A549细胞,转染PIK3R3基因重组质粒组(PIK3R3组)、阴性转染对照组(Vector组)、空白对照组(Blank组);PC-9细胞,转染shRNA组(si-PIK3R3组)、阴性转染对照组(si-scramble组)、空白对照组(Blank组)。以蛋白质印迹法(Western blot)检测PIK3R3对细胞周期蛋白激酶p21、p27及细胞周期蛋白D1(Cyclin D1)的作用,以细胞计数试剂盒(CCK-8)法及溴脱氧核苷尿嘧啶/碘化丙锭(BrdU/PI)法检测细胞增殖活性,以流式细胞术分析PIK3R3对细胞周期的影响。组间比较采用单因素方差分析,两两比较采用 t检验。 结果:与空白对照组和阴性对照组比较,转染PIK3R3基因重组质粒组PIK3R3的蛋白表达量明显增加( t=17.780, P<0.05)、细胞生长加速,细胞增殖活性明显增强( t=13.880, P<0.05)、S期细胞比例增多为(50.23±2.12)%,细胞周期调控蛋白p21、p27表达升高,Cyclin D1表达降低,差异均有统计学意义( t=38.590, P<0.05)。而转染PIK3R3的shRNA组可明显出现与上述相反结果,S期细胞比例减少至(19.32±2.16)%。 结论:PIK3R3可促进人肺癌细胞的增殖,并可能是通过调节细胞周期发挥作用。
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编辑人员丨1天前
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基于生物信息学及实验探究八珍汤对食管鳞癌的作用及其机制
编辑人员丨1天前
目的:探究八珍汤治疗食管癌的活性成分及作用机制。方法:利用传统中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)、OMIM和GeneCards数据库筛选八珍汤治疗食管鳞癌的活性成分和潜在靶点。GO和KEGG分析上述靶点寻找活性通路及生物学过程。利用活性成分-靶点-草药网络、蛋白质互作网络、分子对接技术筛选出核心靶点和成分。从普诺赛生物科技有限公司购买食管鳞癌细胞系KYSE30和KYSE150细胞系。用浓度为0、10、20、40、60、80 μmol/L甘草二黄酮乙处理KYSE30和KYSE150细胞,计算半数抑制浓度(IC 50)。将两种细胞分为空白组(正常培养基)、con组[0.1%二甲基亚砜(DMSO)]、LICO5组(5 μmol/L甘草二黄酮乙)、LICO15组(15 μmol/L甘草二黄酮乙)。划痕实验检测迁移作用,流式细胞技术检测凋亡作用。免疫印迹实验检测其对磷脂酰肌醇3激酶(PI3K)/蛋白激酶B(Akt)/雷帕霉素靶蛋白(mTOR)通路的影响。组间两两比较采用SNK- q检验。 结果:甘草二黄酮乙是核心药效成分,可能通过影响PI3K-Akt信号通路、蛋白磷酸化正向调节,促进细胞凋亡参与治疗。CCK-8结果显示作用48 h于KYSE30的IC 50为15.55 μmol/L,KYSE150的IC 50为7.84 μmol/L。空白组和con组细胞迁移率、凋亡率、PAKT、PI3K、MTOR表达均高于LICO5组和LICO15组[KYSE30:迁移率(19.50±2.30)%、(19.26±1.69)%、(14.34±1.97)%和(1.35±0.30)%;凋亡率(11.50±0.38)%、(13.70±0.86)%、(23.10±0.80)%和(48.50±1.50)%;PAKT(1.00±0.08、0.99±0.08、0.74±0.04、0.20±0.02);PI3K(1.00±0.04、1.00±0.03、0.76±0.02、0.67±0.43);MTOR(1.00±0.13、1.01±0.08、0.70±0.05、0.52±0.05),差异有统计学意义( F=71.713、904.942、116.300、62.301、24.600, P<0.05)。KYSE150:迁移率(69.00±6.47)%、(66.21±2.51)%、(54.21±1.41)%和(40.79±4.58)%;凋亡率(9.52±0.45)%、(9.59±0.50)%、(23.30±0.80)%和(37.27±0.70)%;PAKT(1.00±0.07、0.99±0.06、0.57±0.02、0.42±0.02);PI3K(1.00±0.06、0.99±0.06、0.48±0.05、0.45±0.04);MTOR(0.99±0.05、0.99±0.05、0.73±0.01、0.49±0.02)差异有统计学意义( F=27.979、1 188.308、104.400、90.993、132.200, P<0.05]。当剂量达到15 μmol/L时,PMOTR的表达下降开始有统计学意义(KYSE30:0.74±0.05;KYSE150: 0.69±0.01, F=10.766、13.157, P<0.05)。 结论:八珍汤治疗食管鳞癌核心成分为甘草二黄酮乙,可以抑制癌细胞增殖、迁移,促进凋亡,抑制Akt/PI3K/mTOR通路活化。
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编辑人员丨1天前
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砷致HaCaT细胞恶性转化过程中NRF2对自噬的调控作用
编辑人员丨1天前
目的:探讨亚砷酸钠(NaAsO 2)致永生化人皮肤角质形成(HaCaT)细胞恶性转化过程中核转录因子红细胞系-2p45(NF-E2)相关因子-2(NRF2)对自噬的调控作用。 方法:采用细胞培养方法,以含0.0(对照组)和1.0 μmol/L NaAsO 2(染砷组)的DMEM高糖培养基长期培养HaCaT细胞至第35代,构建细胞恶性转化模型,收集细胞恶性转化模型建立过程中对照组和染砷组的第0、1、7、14、21、28、35代细胞;分别采用NRF2干扰RNA(siRNA)、磷脂酰肌醇-3-激酶(PI3K)抑制剂LY294002及哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mTOR)抑制剂Rapamycin处理染砷组的第35代恶性转化HaCaT细胞(T-HaCaT细胞)。采用蛋白免疫印迹(Western blot)法检测对照组、染砷组不同代次HaCaT细胞及各处理组T-HaCaT细胞内NRF2,PI3K-蛋白激酶B(Akt)-mTOR信号通路相关指标PI3K、Akt、mTOR、磷酸化(p)-PI3K、p-Akt、p-mTOR,自噬相关蛋白p62、Beclin1、微管相关蛋白1轻链(LC)3Ⅰ、LC3Ⅱ的蛋白表达情况。 结果:染砷组不同代次HaCaT细胞中NRF2蛋白表达和p-PI3K/PI3K、p-Akt/Akt、p-mTOR/mTOR比值比较,差异均有统计学意义( F = 9.371、16.035、15.932、27.739, P均< 0.05);且NRF2蛋白表达、p-mTOR/mTOR比值均高于对照组同代细胞( P均< 0.05)。与同代HaCaT细胞比较,T-HaCaT细胞中NRF2、p-PI3K、p-Akt、p-mTOR、p62蛋白表达均明显较高,Beclin1蛋白表达和LC3Ⅱ/ LC3Ⅰ比值均明显较低( P均< 0.05);NRF2沉默的T-HaCaT细胞较其对照siRNA(Con siRNA)组Beclin1蛋白表达和LC3Ⅱ/LC3Ⅰ比值均较高,NRF2、p-mTOR、p62蛋白表达均较低( P均< 0.05);LY294002处理组T-HaCaT细胞较其非处理组Beclin1蛋白表达和LC3Ⅱ/LC3Ⅰ比值均较高,NRF2、p-PI3K、p-Akt、p-mTOR蛋白表达均较低( P均< 0.05);Rapamycin处理组T-HaCaT细胞较其非处理组Beclin1蛋白表达和LC3Ⅱ/LC3Ⅰ比值均较高,p-mTOR蛋白表达较低( P均< 0.05)。 结论:在砷致HaCaT细胞恶性转化过程中,NRF2可以作为自噬重要调节机制PI3K-Akt-mTOR中PI3K-Akt下游、mTOR上游因子,通过激活mTOR来调控自噬,而自噬的这一异常表现,最终可能引起细胞的恶性转化。
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编辑人员丨1天前
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临床ⅠA期肺腺癌的基因突变特征及其与患者长期预后的关系
编辑人员丨1天前
目的:探讨临床ⅠA期肺腺癌的基因突变特征及其与患者预后的关系,为早期肺腺癌患者的个体化治疗提供依据。方法:收集2007年1月至2012年10月在中国医学科学院肿瘤医院接受手术切除且随访达10年以上或随访期间出现复发或转移的临床ⅠA期肺腺癌患者63例,采用全外显子组测序(WES)技术分析肺癌组织的基因突变谱,采用单因素和多因素Cox回归分析明确患者预后影响因素。结果:在随访期间,63例患者中13例(20.6%)出现复发或转移。WES技术分析显示,肺癌组织中表皮生长因子受体突变频率最高,达65.1%(41/63),其次为肿瘤蛋白p53、异常类脂肪酸1、低密度脂蛋白受体相关蛋白1B、雷帕霉素机械靶点、磷脂酰肌醇4,5-双磷酸3-激酶催化亚单位γ(PIK3CG)及与SWI/SNF相关基质相关的依赖于肌动蛋白的染色质调节因子亚家族A成员4,突变频率分别为30.2%(19/63)、20.6%(13/63)、15.9%(10/63)、15.9%(10/63)、15.9%(10/63)和15.9%(10/63)。多因素Cox回归分析显示,PIK3CG突变( HR=21.52,95% CI:3.19~145.01)、平滑蛋白(SMO)突变( HR=35.28,95% CI:3.12~398.39)、β-连环蛋白1(CTNNB1)突变( HR=332.86,95% CI:15.76~7 029.05)、集落刺激因子1受体(CSF1R)突变( HR=8 109.60,95% CI:114.19~575 955.17)、v-Raf小鼠肉瘤病毒癌基因同源B(BRAF)突变( HR=23.65,95% CI:1.86~300.43)为临床ⅠA期肺腺癌患者预后的独立危险因素。 结论:PIK3CG、SMO、CTNNB1、CSF1R、BRAF基因突变与临床ⅠA期肺腺癌的远期复发和转移密切相关,应给予具有这些基因突变的肺腺癌患者更为密切的临床关注。
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编辑人员丨1天前
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燃煤污染型地方性氟中毒患者外周血DNA甲基化分析
编辑人员丨1天前
目的:探讨燃煤污染型地方性氟中毒(简称燃煤型氟中毒)患者外周血DNA甲基化模式及甲基化差异基因,为氟化物诱导机体损伤的发病机制研究提供依据。方法:采用病例-对照研究方法,在贵州省六盘水水城县辖内常年敞灶燃用高氟煤的陡箐乡选择10例重度氟中毒患者为病例组,并在同地区以木柴为主要燃料的花嘎乡选择10例无氟中毒症状者为对照组。采集两组人群外周血,采用简并代表性亚硫酸氢盐测序(RRBS)技术,分析外周血全基因组DNA甲基化模式( n = 4)、DNA差异甲基化区域(differentially methylated region,DMR),结合DMR差异程度(log 2Ratio值)和KEGG通路富集分析筛选甲基化差异基因;采用实时荧光定量PCR,验证候选甲基化差异基因的mRNA表达水平( n = 10)。 结果:甲基化模式分析结果显示,病例组与对照组基因DNA的所有C碱基甲基化水平分别为(61.53 ± 0.59)%、(62.48 ± 1.53)%;其中,CG位点甲基化水平分别为(63.75 ± 0.65)%、(64.36 ± 1.01)%,CHG位点分别为(13.79 ± 0.72)%、(16.69 ± 4.06)%,CHH位点分别为(25.12 ± 1.72)%、(29.77 ± 3.97)%。与对照组比较,病例组患者分布在不同常染色体上的DMR共有1 000段;其中19号染色体最多,为104段。DMR相关基因978个,其中高甲基化基因265个、低甲基化基因713个;KEGG通路富集分析结果显示,甲基化差异基因主要参与细胞新陈代谢、癌症发生、磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B(PI3K-AKT)等信号通路;结合DMR差异程度,以高甲基化的琥珀酸脱氢酶复合物黄素蛋白亚基A假基因3(SDHAP3,log 2Ratio = 3.487)和低甲基化的核因子κB抑制剂激酶调节亚基γ(IKBKG,log 2Ratio =-4.436)为候选基因。病例组与对照组人群SDHAP3(0.54 ± 0.08、1.00 ± 0.00)、IKBKG mRNA表达水平(1.32 ± 0.39、1.00 ± 0.00)比较,差异均有统计学意义( F = 22.94、15.09, P < 0.01或< 0.05)。 结论:燃煤型氟中毒患者与对照人群基因组中存在大量的甲基化差异基因,其中髙甲基化的SDHAP3及低甲基化的IKBKG可能参与了燃煤污染型氟化物诱导的机体损伤。
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编辑人员丨1天前
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基于数据挖掘及网络药理学探讨运脾法治疗儿童便秘的用药规律及机制
编辑人员丨1周前
[目的]结合数据挖掘及网络药理学,探讨运脾法治疗儿童功能性便秘的用药规律及作用机制.[方法]收集562例功能性便秘患儿病案,采用SPSS Statistic 24.0软件进行聚类分析,SPSS Modeler 18.0软件进行关联规则分析,Liquorice软件进行复杂网络分析,得出核心方药.运用中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)、中药分子机制 生物信息学分析工具(Bioinformatics Analysis Tool for Molecular Mechanism of Traditional Chinese Medicine,BATMAN-TCM)数据库筛选核心方活性成分及靶点,通过基因组注释数据平台(Genome Annotation Database Platform,GeneCards)数据库筛选功能性便秘相关靶点,取交集后获得预测靶标.基于蛋白质基因相互作用分析(Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes/Proteins,STRING)数据库构建靶基因蛋白互作网络(protein-protein interaction,PPI),利用Cytoscape 3.8.0软件建立核心方成分-便秘-靶点网络图,借助Network Analyzer工具进行拓扑分析,确定核心靶点.基于STRING数据库,使用R语言4.2.2进行基因本体(gene ontology,GO)功能富集与京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析.[结果]所纳病案包含1 121诊次方药记录,各疗程的症状改善率在86%~97%,便秘三大主症的改善率均在90%左右.涉及中药119味,药性以寒、平为主,药味以苦、甘居多,归经多属胃、脾.通过药物关联、聚类和复杂网络分析得到9味药物构成的核心组方.核心组方调治便秘的主要活性成分为槲皮素、甲基庚烯酮、胆汁三烯、烟酸、木犀草素、山柰酚、汉黄芩素.关键靶点包括前列腺素内过氧化物合酶2(prostaglandin-endoperoxide synthase 2,PTGS2)、V-Jun肉瘤病毒17癌基因同源物(V-Jun sarcoma virus 17 oncogene homolog,JUN)、蛋白激酶B1(protein kinase B1,AKT1)、磷酸肌醇-3-激酶调节亚基 1(phosphoinositide-3-kinase regulatory subunit 1,PIK3R1)、磷脂酰肌醇-3-激酶 α 催化亚基(phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate-3-kinase catalytic subunit alpha isoform,PIK3CA).对炎症相关通路如磷脂酰肌醇-3-激酶/蛋白激酶 B(phosphatidylinositol-3-kinase/protein kinase B,PI3K/AKT)的调节可能是核心组方改善便秘的作用机制.[结论]运脾法治疗小儿便秘核心方包括麸炒枳实、厚朴、生白术、鸡内金、焦山楂、连翘、决明子、火麻仁、胡黄连,其主要成分可能通过影响炎症因子水平、修复肠道黏膜以恢复肠道平滑肌功能,改善便秘症状,对运脾法的临床应用及儿童功能性便秘的中医药治疗有一定借鉴意义.
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编辑人员丨1周前
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基于蒲公英-桑叶治疗急性髓系白血病潜在机制的网络药理学分析
编辑人员丨3周前
目的:应用网络药理学分析蒲公英-桑叶在急性髓系白血病(AML)发生发展过程的作用,阐明其治疗AML的活性成分和作用机制.方法:通过中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)筛选蒲公英-桑叶的活性成分,采用SwissTargetPrediction数据库预测其作用靶点,在症状映射(SymMap)数据库、人类基因数据库(GeneCards)、DisGeNET数据库和在线人类孟德尔遗传(OMIM)数据库中检索AML相关基因和蛋白靶点.对AML相关基因和蒲公英-桑叶靶基因进行比较,确定富集基因,并进行基因本体论(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析.采用Cytoscape 3.8.0软件根据靶点信息构建药物-有效成分-靶点网络和蛋白-蛋白互作(PPI)网络,采用CytoNCA插件筛选出核心基因,通过AutoDock软件进行分子对接验证.结果:对数据库检索结果进行筛选后得到39种有效成分,收集蒲公英-桑叶与AML的共同靶点148个.GO功能富集分析主要涉及细胞因子介导的信号传导途径、激酶活性正向调节和氧化应激反应等.KEGG信号通路富集分析主要涉及磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/AKT)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路和Janus激酶/信号转导和转录激活因子(JAK/STAT)信号通路等.拓扑分析得到信号转导和转录激活因子3(STAT3)、表皮生长因子受体(EGFR)、蛋白激酶B1(AKT1)、重组人表皮生长因子(EGF)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、原癌基因MYC、肿瘤蛋白P53(TP53)、丝裂原活化蛋白激酶3(MAPK3)、含半胱氨酸的天冬氨酸蛋白水解酶3(CASP3)、肉瘤基因SRC、热休克蛋白90α家族A类成员1(HSP90AA1)、连环蛋白B1(CTNNB1)、磷酸肌醇3-激酶催化亚基α(PIK3CA)、白细胞介素6(IL-6)、TNF、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)和磷酸肌醇3-激酶调节亚基1(PIK3R1)等核心靶点.分子对接,结合亲和力最高的配对结果为蒲公英萜醇(taraxerol)与MYC(-8.74 kcal·mol-1),槲皮素(quercetin)、kaemfprol、木犀草素(luteolin)和 artemetin 与各个靶点均有很好的结合亲和力.结论:蒲公英-桑叶主要活性成分quercetin、taraxerol、kaemfprol、luteolin和 artemetin可能通过调控 AKT1、STAT3、HSP90AA1、IL-6 和 MAPK1 发挥抗 AML 的作用,对PI3K-AKT信号通路的调节是蒲公英-桑叶发挥抗AML作用的重要机制.
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编辑人员丨3周前
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基于UPLC-Q-Exactive Orbitrap MS和网络药理学研究银甲片治疗盆腔炎的有效成分及作用机制
编辑人员丨1个月前
目的:研究银甲片治疗盆腔炎的有效成分及作用机制.方法:利用超高效液相色谱-四极杆-静电场轨道阱高分辨质谱法(UPLC-Q-Exactive Orbitrap MS),结合文献与对照品比对鉴定银甲片的化学成分.将化学成分和盆腔炎疾病的交集靶点导入String数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;通过DAVID数据库进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;采用Cytoscape 3.9.1 软件构建药材-成分-靶点-通路可视化图;利用Maestro 11.9 软件进行分子对接.结果:从银甲片中共鉴定 58 个化学成分,包含黄酮类、有机酸类、萜类、生物碱类.PPI分析得到类固醇受体辅激活因子(SRC)、热休克蛋白 90α家族A类成员 1(HSP90AA1)、磷脂酰肌醇 3-激酶调节亚基 1(PIK3R1)、信号转导和转录激活因子 3(STAT3)、丝裂原活化蛋白激酶 3(MAPK3)5 个核心靶点;KEGG 结果显示银甲片主要通过磷脂酰肌醇 3-激酶-蛋白激酶 B(PI3K-Akt)、MAPK 等通路发挥作用.分子对接结果表明,木犀草苷、山柰酚、木犀草素、香叶木素等成分与 SRC、HSP90AA1、PIK3R1 等 5 个核心靶点的对接构象稳定.结论:银甲片可能通过木犀草苷、山柰酚、木犀草素、香叶木素、芹菜素等活性成分调控PI3K-Akt、MAPK等通路发挥治疗盆腔炎作用.
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编辑人员丨1个月前
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大黄素干预PI3K/Akt/mTOR信号通路影响肝癌前病变大鼠铁死亡的作用机制
编辑人员丨1个月前
目的 探究大黄素对二乙基亚硝胺(diethylnitrosamine,DEN)诱导的肝癌前病变大鼠磷脂酰肌醇3-激酶(phosphoinositide 3-kinase,PI3K)/蛋白激酶 B(protein kinase B,Akt)/哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mammalian target of rapa-mycin,mTOR)信号转导通路的调控作用及对铁死亡的影响.方法 采用DEN诱发大鼠肝癌前病变进行肝癌前病变造模.随机将50只雄性SD大鼠分为对照组[未造模+10 ml/(kg·d)生理盐水灌胃)]、DEN模型组[肝癌前病变造模+10 ml/(kg·d)生理盐水灌胃]、DEN+大黄素组[肝癌前病变造模+80 mg/(kg·d)大黄素浓缩液灌胃]、DEN+护肝片组[肝癌前病变造模+900 mg/kg护肝片灌服]和DEN+大黄素+护肝片组[肝癌前病变造模+80 mg/(kg·d)大黄素浓缩液灌胃+900 mg/kg护肝片灌服],每组各10只大鼠.各组大鼠连续干预治疗12周.生化分析法检测各组大鼠血清丙氨酸氨基转移酶(alanine aminotransferase,ALT)、天门冬氨酸氨基转移酶(aspartate aminotransferase,AST)、白蛋白(albumin,ALB)水平;比较各组大鼠的肝脏指数.酶联免疫吸附试验(enzyme-linked immunosorbent assay,ELISA)法检测各组大鼠血清白细胞介素 1β(interleukin 1 beta,IL-1β)、肿瘤坏死因子 α(tumor necrosis factor alpha,TNF-α)、IL-10含量.苏木精-伊红(hematoxylin-eosin,HE)染色法观察各组大鼠肝组织病理形态学改变;脱氧核糖核苷酸末端转移酶介导的缺口末端标记法(terminal de-oxynucleotidyl transferase mediated dUTP nick-end labeling,TUNEL)分析各组大鼠肝组织细胞凋亡情况.免疫组织化学法检测各组大鼠肝组织中铁死亡中心调节因子谷胱甘肽过氧化物酶4(glutathione peroxidase 4,GPX4)蛋白表达.马松三色染色(Masson's trichrome staining,MASSON)法分析各组大鼠肝组织病理改变.逆转录聚合酶链反应(reverse transcription polymerase chain reaction,RT-PCR)法检测各组大鼠肝组织中PIK3、Akt、mTOR的mRNA水平.结果 与对照组比较,DEN模型组大鼠ALT水平、AST水平、肝脏指数显著升高,ALB水平显著降低(P均<0.05),血清IL-1β、TNF-α、IL-10含量明显升高(P均<0.05);肝细胞明显炎性浸润,细胞免疫应答增加,肝细胞形态畸变并出现变性死亡;肝组织中GPX4蛋白表达量明显下降(P<0.05),PI3K、Akt、mTOR的mRNA表达量明显上升(P均<0.05).与DEN模型组比较,DEN+大黄素组、DEN+护肝片组、DEN+大黄素+护肝片组大鼠ALT水平、AST水平、肝脏指数显著降低,ALB显著升高(P均<0.05),血清IL-1β、TNF-α、IL-10含量明显降低(P均<0.05);肝细胞排列趋向正常,炎性浸润减轻,肝细胞弥漫性纤维化病变减弱,血管及胆管周围肝细胞形态逐渐好转,蓝色胶原纤维组织减少;肝组织中GPX4蛋白表达量明显上升(P均<0.05),PI3K、Akt、mTOR的mRNA表达量明显下降(P均<0.05),且上述变化DEN+大黄素+护肝片组改善效果明显优于DEN+大黄素组和DEN+护肝片组(P均<0.05).结论 大黄素可通过促进组织中铁死亡相关蛋白 GPX4表达来改善大鼠肝癌前病变,其作用机制可能与大黄素调控PI3K/Akt/mTOR信号通路有关.
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编辑人员丨1个月前
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胃癌组蛋白H3第4位赖氨酸的三甲基化修饰相关长链非编码RNA预后模型的构建与验证
编辑人员丨2024/7/20
目的 探索胃癌组蛋白 H3 第 4 位赖氨酸的三甲基化(trimethylation of lysine 4 on histone H3,H3K4me3)修饰相关长链非编码RNA(long non-coding RNA,LncRNA)特征,构建相关预后模型并预测胃癌免疫治疗疗效.方法 从癌症基因组图谱数据库下载胃癌相关转录组测序数据和对应的患者临床资料,通过构建 H3K4me3 相关调节因子基因与 LncRNA 的共表达网络识别H3K4me3 修饰相关LncRNA,并将癌症基因组图谱数据库中 370 例符合筛选标准的胃癌患者样本(整体组)按 1∶1 随机抽样划分为训练组(n=185)和验证组(n=185).随后基于单因素Cox回归、Lasoo回归分析构建H3K4me3 相关LncRNA预后风险评分模型并进行内部验证.Kaplan-Meier生存分析和受试者操作特征曲线(receiver operating characteristic curve,ROC 曲线)被用于验证模型的预测性能.通过单因素和多因素Cox回归分析评估风险评分等临床指标的预后预测价值.结合风险评分、年龄和肿瘤TNM分期构建预测胃癌患者总生存率的列线图模型,ROC曲线与校准图被用于评估列线图的预测准确性.借助共识聚类识别异质性聚类亚群并进行免疫治疗疗效预测.结果 基于共表达网络关系识别了 14 个具有预后价值的H3K4me3 相关LncRNA并构建了相关风险模型及评价体系.根据训练组预后风险评分模型获得的中位风险评分将训练组、验证组和整体组胃癌患者划分为高、低风险,Kaplan-Meier生存曲线显示低风险患者的总体生存情况要优于高风险患者(P<0.05).此外,该模型在训练组中预测胃癌患者 1、3、5 年总生存率的曲线下面积(area under curve,AUC)分别为0.708、0.730、0.770,在验证组中分别为 0.690、0.648、0.713,而在整体组中分别为 0.697、0.670、0.724.多因素Cox回归分析显示基于H3K4me3 相关LncRNA构建的风险评分模型是预测胃癌患者预后的独立因素(P<0.001).构建的列线图预测胃癌患者 1、2、3 年总生存率的AUC分别为 0.727、0.780、0.717,且其校准曲线与理想曲线相接近.基于共识聚类算法进一步识别了 2 种具有异质性免疫特征的H3K4me3-LncRNA亚群,其中亚组Ⅱ具有更高的免疫细胞浸润水平和更强的免疫应答潜力,并对5-氟尿嘧啶、奥沙利铂等显示出更高的药物敏感性,而亚组Ⅰ则可能对磷脂酰肌醇 3-激酶特异性抑制剂具有更高的敏感性.结论 本研究构建了一个H3K4me3-LncRNA风险评分模型以预测胃癌患者的预后,并揭示了其异质性微观特征及在预测免疫治疗疗效方面的潜在价值.
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编辑人员丨2024/7/20
