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基于种特异性COI引物(SS-COI)的桉树枝瘿姬小蜂A、B隐种快速鉴定技术
编辑人员丨1个月前
隐种A和隐种B是桉树枝瘿姬小蜂Leptocybe invasa两种重要的全球入侵隐种,对多国林业生产造成了严重危害.由于桉树枝瘿姬小蜂体型微小,且无法从形态上区分隐种类型,给该害虫的防治造成困难.本研究基于线粒体DNA细胞色素C氧化酶亚基1(mtDNA COI)基因序列的种特异性(species-specific COI,SS-COI)PCR方法,研究桉树枝瘿姬小蜂隐种快速分子检测技术.基于隐种A、B的COI序列分别设计特异性SS-COI引物各1对(AF/AR和BF/BR).使用这两对引物扩增同一桉树枝瘿姬小蜂样品DNA,即可有效进行隐种鉴定,同时两对引物也能互相验证鉴定结果.引物鉴定灵敏性检测结果显示,AF/AR与BF/BR均具有较高的鉴定灵敏性,其对DNA的有效鉴定浓度阈值分别为11.42 pg/μL和28.32 pg/μL.本研究开发的桉树枝瘿姬小蜂隐种A、B的快速鉴定方法解决了桉树枝瘿姬小蜂入侵地区隐种鉴别的难题,极大缩短鉴定时间、降低鉴定费用,为进一步探究桉树枝瘿姬小蜂隐种A、B的生物学差异以及它们对不同抗性品种桉树的适应能力提供技术参考.
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编辑人员丨1个月前
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羚羊角塞特异性PCR鉴别方法研究
编辑人员丨2023/8/6
目的:为解决中药羚羊角塞与羚羊角相比因失去"通天眼"等传统鉴别特征而鉴别困难的问题,建立准确鉴别鉴定羚羊角塞的方法.方法:通过比对羚羊角塞基原动物赛加羚羊与其7种常见混伪品的细胞色素C氧化酶亚基I(Cyto-chrome coxidase I,COI)序列,根据差异位点设计出仅扩增赛加羚羊DNA的特异性鉴别引物.结果:进行PCR时,当退火温度为64 ℃,循环数为33个时,仅羚羊角塞正品扩增获得约300 bp大小的条带,混伪品无条带.结论:该方法可作为准确有效检测待检样品是否来源于赛加羚羊的方法,用于羚羊角类样品的DNA鉴别.
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编辑人员丨2023/8/6
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外来入侵物种细足捷蚁的SS-PCR快速检测技术研究
编辑人员丨2023/8/6
细足捷蚁Anoplolepis gracilipes为我国南部地区新发现的外来入侵物种,对入侵地区生物多样性已造成严重威胁.本研究针对其个体小、表型特征较难鉴定等问题,建立基于SS-PCR技术的细足捷蚁快速分子检测鉴定技术体系.以细足捷蚁为阳性对照,以其他7种形态相似种和常见种为阴性对照,采用基于线粒体DNA细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ (mtDNA COI)基因序列的种特异性PCR方法(species-specific PCR,SS-PCR),研究其快速分子检测鉴定技术的关键指标和反应条件.利用昆虫mtDNA COI基因通用型引物LCO-1490/HCO-2198获得细足捷蚁及其他7种形态相似种和常见蚂蚁种的COI序列,根据测序比对及筛选得到1对高灵敏度引物APGPF/APGPR,其扩增片段大小为374 bp.种特异性检验结果表明,该引物只对细足捷蚁的COI基因具有扩增能力,对其他7种形态相似种和常见种包括拟光腹弓背蚁Camponotus irritans(Smith,1857)、费氏弓背蚁Camponotus edtschenkoi(Mayr,1877)、尼科巴弓背蚁Camponotus nicobarensis(Mayr,1865)、黄猄蚁Oecophylla smaragdina (Fabricius,1775)、大阪举腹蚁Crematogaster osakensis(Forel,1900)、宽结大头蚁Pheidole noda(Smith,1874)、大头蚁Pheidole sp.不具有特异性扩增效果.灵敏性检验的结果表示,该对引物不仅对成年工蚁具有良好的扩增能力,对不同品级与龄期的蚂蚁卵、蛹、幼虫也具有同样的扩增能力,其检测阈值为22.00 pg/μL(相当于1/51 200头成虫).建立的细足捷蚁对其他7种形态相似种和常见种的物种特异性检测鉴定技术,可用于细足捷蚁的快速识别、监测预警和控制清除等相关研究与应用.
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编辑人员丨2023/8/6
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基于重组酶介导扩增技术的水牛角快速现场鉴别方法
编辑人员丨2023/8/6
目的:以水牛角鉴别为例建立中药重组酶介导扩增(Recombination-aid amplification,RAA)快速鉴别方法,用于水牛角及其混伪品牦牛角的鉴别.方法:通过比较水牛角及其混伪品牦牛角基原物种的线粒体基因组序列差异,寻找高变异区域,根据变异位点设计水牛角正品水牛的特异性RAA鉴别引物SNJ-1.F和SNJ-1.R及荧光探针SNJ-1.probe,使用碱裂解法提取DNA,优化RAA反应体系,在37℃下恒温孵育15 ~20 min,通过凝胶电泳及实时荧光监测反应结果,使用DNA测序方法验证RAA鉴别结果的准确性.结果:在37℃恒温孵育20 min后,水牛角RAA产物凝胶电泳图谱出现约140 bp特异性鉴别条带,使用实时荧光RAA鉴别时,水牛角正品均在6.21~8.37 min出现特异性扩增,牦牛角样品均在10.08 min后才出现扩增,COI片段DNA测序鉴别结果与荧光RAA鉴别结果相吻合.结论:特异性RAA技术可在20 min内快速鉴别水牛角,可用于水牛角药材、饮片及其制品的快速现场鉴定.该方法具有简单、快速、无需大型仪器等特点,在中药现场鉴定、药检抽查等方面有着广阔的应用前景.
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编辑人员丨2023/8/6
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鹿茸、鹿角的位点特异性PCR鉴别
编辑人员丨2023/8/6
目的:建立一种快速、高效、简便的鹿茸、鹿角位点特异性聚合酶链式反应(PCR)鉴别方法.方法:通过比较梅花鹿、马鹿及其混伪品的COI,Cytb基因序列差异,根据Cytb片段上的3个SNP (single nucleotide polymorphism)变异位点设计出一对鹿茸的特异性鉴别引物LR-238上游和LR-238下游,并对影响PCR结果的主要因素退火温度,PCR循环次数,模板DNA浓度,Taq酶用量和及影响重复性的Taq酶种类和PCR仪型号等进行方法学考察和优化.结果:进行方法学考察确定最优鉴别条件的基础上,当PCR退火温度为56℃,循环次数为35次的条件下,鹿茸、鹿角正品均能扩增出约250 bp片段,其他9种混伪品麋鹿、白唇鹿、水鹿、坡鹿、黇鹿、骡鹿、驯鹿、驼鹿、狍及阴性对照无条带.不同来源的药用的马鹿亚种东北马鹿、塔河马鹿、天山马鹿、阿拉善马鹿、阿勒泰马鹿、新西兰马鹿,梅花鹿亚种东北梅花鹿、华南梅花鹿样品使用建立的位点特异性PCR鉴别方法均产生约250 bp特异性鉴别条带.结论:该文设计的鉴别引物具有高度的专属性,所建立的位点特异性PCR鉴别方法可用于鹿茸、鹿角的准确鉴别.
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编辑人员丨2023/8/6
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特异性PCR鉴别蜈蚣及其混伪品
编辑人员丨2023/8/6
目的:蜈蚣是我国传统的中药材,具有良好的药用价值.目前市场上蜈蚣的混伪品日益增多,临床用药的安全性和有效性难以保证.该研究建立了一种蜈蚣基原物种的特异性聚合酶链式反应(PCR)方法,以准确、简便的鉴别蜈蚣及其常见混伪品.方法:通过比较蜈蚣及其混昆伪品基原物种的COI基因序列差异,根据变异位点设计蜈蚣正品少棘巨蜈蚣的特异性鉴别引物WG-500.F和WG-500.R,采集蜈蚣原动物样本及药材样本,优化反应体系并对此方法进行耐受性和适用性的考察和验证.结果:少棘巨蜈蚣原动物样本及蜈蚣正品药材使用设计的蜈蚣鉴别引物经PCR扩增和凝胶电泳后出约500 bp的单一明亮条带,其他混伪品如多棘蜈蚣、模棘蜈蚣、哈氏蜈蚣、海南蜈蚣等均无条带出现.结论:PCR鉴别方法可准确鉴别蜈蚣原动物和药材的真伪,具有高度特异性,为中药材蜈蚣的真伪鉴别提供了良好的科学依据.该方法具有简单、直观等特点,有利于广泛的普及与应用,在中药材鉴定方面有着广阔的应用前景.
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编辑人员丨2023/8/6
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地龙的多重位点特异性PCR鉴别
编辑人员丨2023/8/6
目的:近年来,中药材地龙的商品价格不断上涨,市场的混伪品随之增加.其主要鉴别特征在药材中大部分丢失,难以区分.因此,急需建立一种准确、稳定的中药材地龙基原鉴别方法.方法:根据地龙及其混伪品的COI基因序列差异找到变异位点,从而设计参环毛蚓、通俗环毛蚓、威廉环毛蚓及栉盲环毛蚓的特异性鉴别引物,优化反应体系并进行耐受性和适用性的考察和验证.在此基础上将特异性引物组合,构建多重聚合酶链式反应(PCR)体系,从而建立了一种高效准确、操作简便、专属性强、重复性好的中药材地龙及其常见混伪品的多重位点PCR鉴别方法.结果:在该方法下广地龙基原参环毛蚓可得到366 bp片段,沪地龙基原通俗环毛蚓和威廉环毛蚓可得到487 bp片段,栉盲环毛蚓可得到475 bp片段,其他混伪品均无条带.将之组合形成的多重PCR可在一次鉴定操作中根据条带位置同时鉴别沪地龙和广地龙.结论:该文所建立的多重位点特异性PCR鉴别方法可准确鉴别中药材地龙真伪.
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编辑人员丨2023/8/6
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龟甲的特异性PCR及高分辨率熔解曲线技术鉴别方法研究
编辑人员丨2023/8/6
目的:建立高效、稳定的龟甲Testudinis Carapax et Plastrum DNA鉴别方法.方法:利用龟甲的特异性聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction,PCR)鉴别方法和高分辨率熔解曲线(HRM)鉴别方法,根据龟甲及其混伪品COI序列差异,寻找特异性单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点设计鉴别引物,并对PCR反应条件进行优化;并使用通用引物扩增CO1区域,产物直接进行HRM分析.结果:当退火温度为60℃,循环次数为35,使用设计的龟甲特异性鉴别引物GJ-360.F/R进行PCR扩增,经扩增均获得约360 bp特异性鉴别条带,混伪品皆无条带;使用通用引物RonM-tl和Vl-tl进行PCR扩增,产物使用HRM分析,龟甲药材在模板DNA质量浓度为3.5~87.9 ng·μL-、引物浓度为0.2 μmol· L-、镁离子浓度为2.0 mmol· L-的条件下,龟甲药材标准熔解曲线为双峰,其Tm均值分别为(83.15 ±0.76)、(87.53 ±0.69)℃.结论:特异性PCR和HRM均可作为一种快速准确鉴别龟甲正伪品的鉴定方法.
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编辑人员丨2023/8/6
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斑衣蜡蝉若虫寄生蜂地理种群遗传差异及早期快速检测
编辑人员丨2023/8/5
[目的]明确不同地理种群斑衣蜡蝉Lycorma delicatula若虫寄生蜂种群遗传差异,实现若虫被寄生早期的快速准确检测,以评估其对斑衣蜡蝉种群的控制作用.[方法]利用DNA条形码技术获得不同地理种群斑衣蜡蝉若虫寄生蜂COI和28S rDNA序列,利用K2P模型计算不同地理种群间的遗传距离,以邻接(neighbor-joining,NJ)法构建系统发育树;基于COI序列设计种特异性PCR(SS-PCR)引物,利用SS-PCR对斑衣蜡蝉若虫DNA进行扩增,测定其体内是否有中华螯蜂Dryinus sinicus寄生;利用目测法观察和PCR扩增测定寄生蜂对不同采样点斑衣蜡蝉若虫的寄生率.[结果]经鉴定,不同地理种群斑衣蜡蝉若虫寄生蜂为中华螯蜂,该寄生蜂COI序列共检测到16个单倍型,28S rDNA序列共检测到4个单倍型.不同地理种群间中华螯蜂遗传距离在0.00691~0.01310之间.邻接法构建的系统发育树显示不同地理种群中华螯蜂均聚于一枝.基于C0I序列设计的SS-PCR引物对中华螯蜂成虫、幼虫均具有良好的扩增效果,最低检测阈值为0.000005 ng/μL DNA.利用SS-PCR测定中华螯蜂对各采样点斑衣蜡蝉若虫的寄生率为22.54%~60.00%,显著高于目测统计的结果(5.63%~36.98%).[结论]不同中华螯蜂地理种群间遗传差异较小;SS-PCR引物可用于不同地区中华螯蜂对斑衣蜡蝉早期寄生率的快速检测.
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编辑人员丨2023/8/5
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一种荧光RPA方法鉴定伊蚊的研究
编辑人员丨2023/8/5
本研究旨在建立一种基于荧光RPA技术的伊蚊鉴定方法.以白纹伊蚊和埃及伊蚊为例,分别根据其rDNA-ITS2序列设计了特异性RPA引物和探针,通过基础RPA方法进行引物筛选,扩增产物测序后在NCBI数据库中进行Blast比对分析,并与COI基因序列分析结果比较,以验证该方法的准确性.然后,进行特异性、灵敏度、重复性实验.结果显示,本研究建立的荧光RPA方法的鉴定结果与基于COⅠ基因序列的分析鉴定结果一致.该方法在39℃条件下20 min即可完成检测,与刺扰伊蚊、背点伊蚊、三带喙库蚊、中华按蚊、常型曼蚊DNA均无交叉反应,对目的DNA的检测下限为0.01 ng/μL,3个平行的变异系数值均<5%.结果表明,本研究建立的伊蚊荧光RPA鉴定方法,特异性强、灵敏度高、重复性好,操作简便、快速,适合于蚊虫DNA的分子分类鉴别检测.
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编辑人员丨2023/8/5
