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应用PCR-HRM技术快速筛查 MMACHC基因热点致病变异c.609G>A
编辑人员丨1周前
目的:对2个钴胺素代谢障碍C型(Cobalamin C,cblC)家系进行基因变异分析,在明确变异的基础上建立针对 MMACHC基因热点致病变异c.609G>A的聚合酶链反应-高分辨熔解曲线(high-resolution melting, HRM)快速筛查方法。 方法:提取先证者及父母外周血基因组DNA;采用PCR-Sanger测序技术对cblC家系的 MMACHC基因进行变异分析;通过PCR-HRM技术筛查100名健康儿童 MMACHC基因变异c.609G>A。 结果:经Sanger测序确认先证者1 MMACHC基因存在c.394C>T和c.609G>A复合杂合变异,先证者2 MMACHC基因存在c.482G>A和c.609G>A复合杂合变异。先证者及100名健康儿童PCR-HRM分析结果与Sanger测序结果一致。 结论:c.609G>A是 MMACHC基因的热点致病变异,利用PCR-HRM技术对其进行筛查是cblC获得快速基因诊断有效方法。
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编辑人员丨1周前
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APTR基因DNA甲基化及mRNA表达水平与HBV感染的相关性研究
编辑人员丨1周前
目的:探讨Alu介导的p21转录调节子(Alu-mediated p21 transcriptional regulator,APTR)基因的DNA甲基化及mRNA表达水平与HBV感染的相关性。方法:选择2019年1月至12月云南大学附属医院收治的100例HBV感染者为研究对象,其中慢性乙型肝炎(Chronic hepatitis B,CHB)组50例,乙型肝炎病毒无症状携带者(Asymptomatic carries of hepatitis B virus,ASC)组50例。另选同期体检者50名作为健康对照组。采用甲基化敏感的高分辨率熔解曲线(Methylation-sensitive high-resolution melting,MS-HRM)检测APTR基因的DNA甲基化程度;采用实时荧光定量聚合酶链反应(Real-time quantitative polymerase chain reaction, qRT-PCR)检测所有研究对象外周血白细胞内APTR基因的mRNA表达水平。相关性分析采用Pearson相关或Spearman秩相关。结果:CHB组、ASC组以及健康对照组的APTR基因甲基化水平分别为[12.02(9.30,23.32)]%、[10.02(8.46,17.44)]%和8.86[(7.82,11.57)]%,差异具有统计学意义( χ2=13.360, P<0.01),CHB组的APTR基因甲基化水平高于健康对照组( Z=31.480, P<0.01)。CHB组、ASC组以及健康对照组的APTR基因mRNA表达水平分别为(2.38±1.41)、(5.78±2.78)和(5.70±2.66),差异存在统计学意义( F=33.720, P<0.01),CHB组的APTR基因mRNA表达水平低于健康对照组和ASC组,差异有统计学意义( t=7.808和7.724, P值均<0.01)。相关性分析结果显示,所有研究对象中APTR基因的甲基化水平与mRNA表达量呈负相关( r=-0.305, P<0.01);HBV感染者中APTR基因的甲基化水平与HBsAg水平呈正相关( r=0.231, P<0.05),APTR基因mRNA表达量与HBsAg水平呈负相关( r=-0.245, P<0.05)。 结论:APTR基因DNA甲基化及mRNA表达水平在不同时期HBV感染者中存在差异,提示其可能参与了HBV感染的免疫调控。
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编辑人员丨1周前
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PCR-高分辨熔解曲线法在Kidd血型基因分型中的应用
编辑人员丨1周前
目的:探讨PCR-高分辨熔解曲线(HRM)法在Kidd血型基因分型中的应用。方法:采用简单随机抽样法,选择2019年10月至11月,于深圳市血液中心参加无偿献血的256例献血者为研究对象。本组献血者年龄为18~60岁;男性献血者为142例,女性为114例。采用血型血清学试验方法对本组献血者全血标本的红细胞抗原表型进行检测。采用PCR-SSP和PCR-HRM法对本组献血者的DNA标本进行Kidd血型基因分型。对于基因分型与血型血清学检测结果不一致的标本,则通过 JK基因第9外显子直接测序法进行确认。本研究遵循的程序符合2013年修订版《世界医学协会赫尔辛基宣言》要求,并且于献血前与所有献血者签署《献血者知情同意书》。 结果:①本组256例无偿献血者全血标本的血型血清学检测结果显示,Jk(a-b+)、Jk(a+b+)和Jk(a+b-)表型献血者分别为86、109和61例。②本组256例献血者基因组DNA标本的PCR-SSP和PCR-HRM法的Kidd血型基因分型结果一致, JKB/ JKB、 JKA/ JKB和 JKA/ JKA基因型献血者分别为82、115和59例。③ 22例(8.6%,22/256)献血者的血型血清学表型与基因分型结果不一致。其基因组DNA标本经 JK基因第9外显子直接测序结果显示, JK基因第9外显子存在c.838 G>A突变,与 JKA/ JKB基因分型结果相符。 结论:本研究建立的PCR-HRM法可准确进行Kidd血型基因分型,该方法可以有效地辅助Kidd血型精准鉴定。在进行Kidd血型鉴定的实际工作中,可联合血型血清学和PCR-HRM法,以提高Kidd血型鉴定准确度。
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编辑人员丨1周前
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高分辨率熔解曲线用于RhCE血型基因分型的研究
编辑人员丨1周前
目的:探讨高分辨率熔解曲线(HRM)用于RhCE血型基因分型的可行性。方法:随机选取无输血史患者300例,进行RhCE血型血清学表型分型,从中选出表型为CCee,CcEe,ccEE的患者标本各10例,共30例;表型CCee的为1组,表型CcEe的为2组,表型ccEE的为3组,互为对照组,提取基因组DNA,设计引物3对,利用HRM基因分型方法对RhCE血型进行基因分型实验。结果:30例标本的HRM基因分型结果与血清学表型一致,引物对1的HRM可将各组标本中基因型为CC的检出;引物对2的HRM可将各组标本中CC,Cc,cc基因型全部检出;引物对3的HRM可将各组标本中基因型为Ee的检出;在检测过HRM的引物对3实验产物中加入1组单纯PCR扩增产物后再次行HRM检测,可将各组标本中EE,Ee,ee基因型全部检出。结论:高分辨率溶解曲线可用于RhCE血型基因分型。
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编辑人员丨1周前
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相似序列高分辨熔解曲线技术在常见染色体三体产前诊断中的应用
编辑人员丨1周前
目的:为探讨相似序列高分辨熔解曲线(SD-HRM)技术在21三体、18三体和13三体产前诊断中的临床应用价值。方法:于2014年9月至2016年8月从南京市妇幼保健院、浙江大学附属妇产科医院、四川大学华西第二医院/华西妇产儿童医院和厦门市妇幼保健院共采集1 152例进行产前诊断孕妇的羊水细胞,同时采用SD-HRM技术和染色体核型分析技术进行平行检测,计算SD-HRM技术的敏感度、特异度,并分析两项技术检测结果的一致性,计算 Kappa值。 结果:1 152例孕妇经SD-HRM技术检测出21三体161例,18三体60例,13三体5例,敏感度和特异度均为100%,与染色体核型分析结果一致( Kappa=1)。 结论:在常见染色体三体的产前诊断中,SD-HRM技术与染色体核型分析的准确率相当,作为快速产前诊断的一种新方法具有较好的应用前景。
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编辑人员丨1周前
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我国结核病定点医疗机构实验室检测能力调查分析
编辑人员丨2周前
目的:了解我国结核病定点医疗机构实验室检测技术的开展能力和质量.方法:本研究基于中国疾病预防控制中心结核病防治临床中心2023年开展的"全国结核病医疗机构防治体系和运行机制研究"收集的结核病医疗机构相关数据,通过与2015年结核病定点医疗机构调查数据进行比较,以分析结核病实验室检测技术开展的情况和趋势.两次调查同时覆盖单位共46家,包括综合性医院、传染病院、院所合一的结核病防治机构、公共卫生中心和结核病专科医院.结果:纳入的46家结核病定点医疗机构中包括省级机构19家(41.3%)和地市级机构27家(58.7%).调查机构2022年平均门诊人次为16 424例次,其中耐多药/利福平耐药结核病门诊185例次;平均收治结核病患者1460例,其中收治耐多药/利福平耐药结核病患者131例.在实验室检测开展方面,调查机构2022年实验室检测主要以涂片、培养和药物敏感性试验三大常规检测技术为主.从不同机构类型来看,三级甲等医疗机构在PCR检测(70.8%,17/24)、基因芯片检测(37.5%,9/24)、分子菌种鉴定(58.3%,14/24)的开展率方面明显高于其他等级医疗机构[分别为 27.3%(6/22)、4.5%(1/22)和 22.7%(5/22);x2=8.712、5.518 和 6.002,P=0.003、0.019和0.014],且在传统结核病实验室检测技术(痰涂片、痰培养、传统药物敏感性试验)开展的总体工作量[分别为19 825(11 253,38 363)、13 266(4164,24 213)和1264(534,2523)例次]均明显高于其他等级医疗机构[分别为 8072(2132,17 239)、2292(1076,10 075)和 323(101,1572)例次;Z=-2.452、2.702 和-2.225,P=0.014、0.007和0.026].从地区分布来看,仅高分辨率熔解曲线开展率检测东部地区(35.3%,6/17)略低于中部地区(76.5%,13/17),差异有统计学意义(x2=6.494,P=0.039).从历年变化来看,2022年GeneXpert MTB/RIF检测(93.5%,43/46)、基因芯片检测(21.7%,10/46)等简便、快速的诊断技术较2014年[开展比例分别为41.3%(19/46)和 8.7%(4/46)]应用更为广泛,且 GeneXpert MTB/RIF 检测[2014 年诊断 38(11,150)例次;2022 年诊断2485(856,8349)例次;Z=-3.724,P<0.001]、抗体检测[2014 年诊断 500(200,1010)例次;2022 年诊断 3401(1066,7275)例次;Z=-4.235,P<0.001]等技术的诊断工作量呈上升趋势.在实验室质控方面,培养技术的质量控制仍然是需要重点关注的领域,2022年仅有76.1%(35/46)的医疗机构被室间质控,且参与最多的为第三方机构质控[74.3%(26/35)].结论:2014年以来,我国结核病定点医疗机构的实验室检测能力有了不同程度的提升,特别是分子生物学检测能力有了显著的发展,在关注结核病实验室检测能力建设的基础上,实验室工作质量是未来重点关注领域.
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编辑人员丨2周前
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基于高分辨率熔解曲线的GSTM1基因分型方法的建立与评价
编辑人员丨2024/6/1
目的:采用高分辨率熔解曲线(High Resolution Melting,HRM)法检测GSTM1基因多态性,并评价其准确性,以期为临床抗肿瘤药物与抗结核药物的临床个体化应用提供参考.方法:2019年3月-2019年10月就诊于四川省人民医院等3家医疗机构的94例患者的外周静脉血样本,纳入标准为:年龄为16-88周岁;签署知情同意书;留存血液样本的体检患者.采用离心柱法提取其全血基因组DNA,对提取后的DNA进行浓度及纯度检测,并采用HRM法对产物进行分析;同时使用Stata17软件采取随机种子从GSTM1 null和GSTM1 non-null共2种基因型样本中随机选取33例样本使用焦磷酸测序法进行准确性验证.结果:94例样本DNA浓度范围为10~60 ng·μL-1,纯度OD260/280位于1.6~2.0之间.所有样本扩增反应均正常,其中37例患者(39.36%)检测到GSTM1 non-null基因型,57例患者(60.64%)检测到GSTM1 null基因型.随机选取的33例样本使用焦磷酸测序进行验证,17例患者(51.52%)检测到GSTM1 non-null基因型,16例患者(48.48%)GSTM1 null基因型.与焦磷酸测序法结果进行比对,HRM法的结果与之完全相符.结论:该研究建立了 HRM方法检测GSTM1的实验体系和方法,用于检测GSTM1基因位点的2种不同基因型,准确性高,为临床肿瘤和结核等患者用药方案的优化提供了一种快速、准确的药物基因检测方法,对于抗肿瘤药物与抗结核药物的临床应用具有重要的指导意义.
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编辑人员丨2024/6/1
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微卫星不稳定性(MSI)检测技术专家共识
编辑人员丨2024/4/27
微卫星不稳定性(microsatellite instability,MSI)是 DNA复制过程中形成大量移码突变、引起的核苷酸重复单元数量改变的现象,多种肿瘤中均可见MSI,常见于结直肠癌、子宫内膜癌和胃癌.MSI检测对多种实体瘤患者有重要意义,包括林奇综合征筛查、指导5-FU类化疗药物的选择、预后分层和筛选免疫检查点抑制剂获益人群等.目前,MSI检测主要包括PCR+毛细管电泳法、PCR+高分辨率熔解曲线法和NGS法,其中以PCR+毛细管电泳法为金标准.本文基于3种常用的技术平台并结合临床工作经验,对MSI相关机制、检测方法和质量控制等进行阐述,以进一步指导与规范我国MSI的检测工作.
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编辑人员丨2024/4/27
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FSHR基因多态性、BMI及性激素与多囊卵巢综合征发病风险的相关性分析
编辑人员丨2024/3/16
目的 探讨体重指数(BMI)、性激素及卵泡刺激素受体(FSHR)基因rs2268361和rs2349415位点的单核苷酸多态性(SNP)与多囊卵巢综合征(PCOS)发病风险的相关性.方法 收集2021年3-8月山西医科大学第一医院生殖医学科门诊就诊的213例PCOS患者(PCOS组)与207名健康对照者(对照组)的外周血,随机收集PCOS组与对照组各32例卵泡液.计算PCOS组与对照组的BMI;采用免疫化学发光法检测两组外周血卵泡刺激素(FSH)、黄体生成素(LH)、雌二醇(E2)、睾酮(T)、孕酮(P)和泌乳素(PRL)水平;采用聚合酶链式反应(PCR)和高分辨熔解曲线(HRM)分析两组FSHR基因rs2268361和rs2349415位点多态性;采用实时定量PCR检测两组外周血及卵巢颗粒细胞FSHR mRNA表达水平.结果 LH与LH/FSH呈明显正相关(r=0.88,P<0.05);PCOS组BMI、E2、LH、LH/FSH、T水平明显高于对照组(P<0.05),FSH水平明显低于对照组(P<0.001);HRM分析显示,PCOS组rs2349415位点CC、CT、TT基因型频率分别为55.9%、34.3%和9.8%,对照组分别为68.6%、23.2%和8.2%,PCOS组C、T等位基因频率分别为73.0%、27.0%,对照组分别为80.2%、19.8%,两组基因型频率及等位基因频率比较差异均有统计学意义(P<0.05);PCOS组卵巢颗粒细胞中FSHR mRNA表达水平明显高于对照组(P=0.004),其中rs2349415 TT基因型FSHR mRNA表达水平高于CC(P=0.002)和CT基因型(P=0.035).结论 高水平的BMI、LH、E2及rs2349415位点T等位基因可增加PCOS的发病风险.
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编辑人员丨2024/3/16
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Toll样受体和白细胞介素-17单核苷酸多态性与口腔扁平苔藓易感性的相关性研究
编辑人员丨2024/2/3
目的 探讨Toll样受体(TLR)和白细胞介素-17(IL-17)基因的遗传多态性及与口腔扁平苔藓(OLP)的相关性.方法 选取病例组(OLP组)患者与对照组(未患OLP人群)外周血提取的DNA为研究对象,选取TLR与IL-17上的7个单核苷酸多态性(SNP)位点,分别是TLR3中的rs5743312、TLR2中的rs121917864和IL-17A中的5个SNP位点(rs4711998、rs3819024、rs8193036、rs3748067和rs17878530).采用高分辨率熔解曲线分析法进行外周血细胞PCR产物基因多态性检测,并与DNA测序结果比对.统计分析SNP位点与OLP发生的相关性.结果 rs5743312(TLR3)、rs3819024(IL-17A)与OLP的发生相关,并有统计学意义(P<0.05).其余5个SNP位点未检测出与OLP相关.结论 rs5743312(TLR3)和rs3819024(IL-17A)可能与OLP的易感性相关.
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编辑人员丨2024/2/3
