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中国汉族人群 D13S317基因座的多态性及新的三带型等位基因序列的遗传学研究
编辑人员丨4天前
目的:分析中国汉族人群短串联重复序列(STR) D13S317基因座等位基因多态性,发现及鉴定中国人群中 D13S317基因座新的STR三带型等位基因,排除非特异性扩增及侧翼序列基因变异产生的三带型等位基因,研究新的三带型等位基因序列特征及遗传方式。 方法:选取2017年10月17日至2018年12月28日于广东深光法医物证司法鉴定所进行鉴定的378例样本为研究对象。常规采用GlobalFiler? Express试剂盒作STR基因分型初检,对疑似三带型等位基因的家系采用PowerPlex ? 21试剂盒作STR基因分型复检,复检后采用分子克隆测序技术排除引物结合区及侧翼序列基因变异产生的三带型等位基因的可能。 结果:初检共计检出6个 D13S317等位基因,基因频率分布特征分别是8(29.1%)、9(13.1%)、10(15.21%)、11(24.21%)、12(13.89%)和13(3.44%);其中有1个家系中先证者的 D13S317基因座疑似为三带型等位基因(8、9、10)。复检与初检结果一致。先证者及其女儿 D13S317基因座分子克隆测序分析未发现引物结合区及侧翼序列有基因变异,确认先证者 D13S317基因座为三带型等位基因。 结论:在中国人群中确认了1例 D13S317基因座2型三带型等位基因(8、9、10),该三带型等位基因未遗传给女性子一代,并首次被国际STRBase数据库收录。
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编辑人员丨4天前
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ABO基因第7外显子c.940A>G变异致A W37B亚型及其家系的调查分析
编辑人员丨4天前
目的:分析1例A w37B亚型患者及其家系的血清学和分子特征,探讨其分子生物学机制及在疑难血型鉴定和临床输血中的意义。 方法:应用序列特异性引物聚合酶链反应(PCR-sequence specific primer,PCR-SSP)进行 ABO基因分型,并对 ABO基因的全部外显子进行扩增产物直接测序。进一步对第6、7外显子进行克隆测序。 结果:先证者红细胞为A弱B表型,其血清样本中含有弱反应性抗-A抗体,依据血清学特征可定义为A wB血型。血型基因分型检测到 A和 B等位基因。基因克隆测序显示在 A等位基因第7外显子存在 ABO* AW.37的特征性变异c.940A>G,导致多肽链第314位的赖氨酸(Lys)被谷氨酸(Glu)替换。同时测序发现先证者的女儿遗传了 ABO* AW.37等位基因。 结论:ABO血型基因第7外显子c.940A>G变异导致α-1,3-N-乙酰半乳糖基转移酶活性降低,产生A w37表型。
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编辑人员丨4天前
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cDNA分子克隆法鉴定 KIR3DL3*064新等位基因
编辑人员丨4天前
目的:应用cDNA分子克隆测序方法,鉴定中国南方汉族1个 KIR3DL3新等位基因。 方法:采集1例 KIR3DL3基因测序结果异常的无偿志愿捐血者的外周血样,提取mRNA并逆转录为cDNA。设计1对具有 KIR3DL3基因特异性的PCR引物对cDNA进行扩增,扩增产物纯化后进行分子克隆测序。 结果:经分子克隆测序,检出1个正常的 KIR3DL3*00802等位基因和1个 KIR3DL3*064新变异等位基因。 KIR3DL3*064与 KIR3DL3*00601等位基因的序列最为接近,仅有编码区存在nt1184 C>T错义变异,导致第9外显子中的第374密码子由ACT变为ATT,所编码的苏氨酸(Thr)变为异亮氨酸(Ile)。该等位基因被世界卫生组织HLA因子命名委员会KIR分委会正式命名为 KIR3DL3*064。 结论:cDNA分子克隆测序法能够鉴别常规测序分型中的异常结果,可用于鉴定 KIR3DL3新等位基因。
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编辑人员丨4天前
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一例ABO血型重组等位基因的分子特性
编辑人员丨4天前
目的:分析一例ABO血型重组等位基因的分子特性。方法:ABO表型鉴定采用试管法。 ABO基因和 FUT1基因编码区序列检测采用PCR测序法。利用等位基因特异性引物扩增测序技术鉴别先证者 ABO等位基因。先证者及其母亲 ABO基因全长序列测定采用二代测序方法。 结果:先证者红细胞与抗H不凝集, FUT1基因为c.551_552del AG纯合,判定先证者为类孟买型。先证者 ABO基因双链测序结果为c.261G/del、467C>T、c.526C>G、c.657C>T、c.703G>A、c.796C>A、c.803G>C、c.930G>A杂合。单链测序结果显示先证者有一个 ABO* A1.02等位基因,另一个为 ABO* O.01.01和 ABO* B.01重组形成的等位基因。二代测序数据显示可能重组的位置在核苷酸c.375-269到c.526之间,家系分析显示先证者重组等位基因遗传自母亲。 结论:ABO血型等位基因存在重组现象。发现了1例 ABO* O.01.01和 ABO* B.01重组形成的新等位基因。
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编辑人员丨4天前
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Junior血型基因检测技术的建立与1例部分DVI.3型且Jr(a-)稀有血型的鉴定
编辑人员丨4天前
目的:建立Junior血型基因分型技术,用于Jr(a-)稀有血型的鉴定和筛查。方法:选取2021年1月至2021年5月于深圳市血液中心无偿献血的O型RhD+健康受试者( n=1 568)和1个疑难交叉配血家系( n=3),共1 571例,为研究对象。用血清学检测技术进行先证者血型鉴定、意外抗体鉴定以及抗体效价测定。用聚合酶链反应-序列特异性引物(PCR-SSP)技术进行先证者 RHD基因分型。建立 ABCG2基因编码区测序和PCR-SSP基因分型技术,对先证者及其家系成员进行基因型检测,并在深圳地区无偿献血者人群( n=1 568)中开展Jra抗原阴性的稀有血型献血者筛查。 结果:先证者ABO血型为B型,RhD血型为部分D( RHD*DVI.3/RHD*01N.01),Junior血型Jra抗原为阴性,血浆存在抗-D合并抗-Jra。 ABCG2基因测序发现先证者等位基因型为 ABGG2*01N.01/ABGG2*01N.01[c.376C>T(p.Gln126X)纯合变异],为亚洲人群中最常见的Jr(a-)血型等位基因。在深圳地区无偿献血者人群中进行筛查,无Jr(a-)稀有血型献血者检出。通过杂合子的统计分析,发现 ABCG2*01N.01(c.376T)的等位基因型频率约为0.45%,这一分子背景的Jr(a-)稀有血型在深圳地区的出现频率约为0.2‰。 结论:本研究发现国内首例部分DVI.3型且Jr(a-)稀有血型,并成功建立Junior血型 ABCG2基因编码区测序以及PCR-SSP基因分型技术。
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编辑人员丨4天前
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IL-10RA外显子区域rs2228055位点基因多态性与儿童食物过敏易感性的关系
编辑人员丨5天前
目的:探讨白细胞介素10受体A(IL-10RA)外显子区域rs2228055位点基因多态性与儿童食物过敏易感性的关系。方法:病例对照研究。选择2017年8月1日至2018年11月30日在北京大学第三医院儿科食物过敏门诊被诊断为食物过敏的150例患儿作为食物过敏组,选择同期在北京大学第三医院儿童健康发展中心健康体检的150名儿童作为对照组。用PCR重测序的方法检测两组儿童rs2228055位点基因型,比较两组儿童该位点基因型及等位基因频率,同时比较该位点基因型及等位基因频率在过敏原特异性IgE阳性与IgE阴性的食物过敏患儿、在食物过敏患儿不同器官系统表现中的分布。采用计算机虚拟突变rs2228055位点等位基因改变后引起的氨基酸改变,分析氨基酸改变后对IL-10RA结构的影响。组间比较采用χ 2检验。 结果:(1)食物过敏组男92例、女58例,对照组男86名、女64名,组间比较差异无统计学意义(χ 2=0.497, P=0.481),食物过敏组和对照组年龄分别为4.2(0.1~15.0)岁、8.0(0.1~14.0)岁,组间比较差异有统计学意义( Z=-6.109, P<0.01)。(2) rs2228055位点基因型在食物过敏组与对照组分别为AA 73例(48.7%)、98例(65.3%);AG 62例(41.3%)、42例(28.0%);GG 15例(10.0%)、10例(6.7%);等位基因频率在两组分别为A 208(69.3%)、238(79.3%);G 92(30.7%)、62(20.7%),食物过敏组患儿AG及GG基因型及等位基因G频率高于对照组儿童(χ 2=8.501、7.862, P=0.014、0.005)。(3)rs2228055位点基因型及等位基因频率在过敏原特异性IgE阳性和阴性组食物过敏患儿中分布差异无统计学意义( P均>0.05)。(4)rs2228055位点基因型及等位基因频率在有皮肤表现和无皮肤表现、有消化系统表现和无消化系统表现、有呼吸系统表现和无呼吸系统表现的食物过敏患儿中分布差异无统计学意义( P均>0.05)。(5)计算机虚拟突变发现,当rs2228055位点所编码的氨基酸由异亮氨酸转变为缬氨酸后,其突变能为-0.08,IL-10RA的稳定性没有增加。 结论:食物过敏患儿IL-10RA外显子区域rs2228055位点基因型AG、GG及等位基因G频率高于对照组儿童,携带等位基因G的儿童更容易发生食物过敏。
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编辑人员丨5天前
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KIR2DS4基因分型方法建立及新等位基因KIR2DS4 *016的鉴定
编辑人员丨5天前
目的:建立稳定的KIR2DS4基因测序分型法并研究KIR2DS4在中国汉族人群中等位基因多态性。方法:采用PCR序列特异性引物(sequence specific primer,SSP)分析法对222名随机中国汉族个体基因组中的KIR2DS4基因进行阴阳性初筛鉴定,对KIR2DS4阳性的标本采用高保真、长片段PCR测序分型技术(PCR-sequence based typing, PCR,PCR-SBT)对KIR2DS4基因的第4、5外显子的片段进行扩增、测序及分型。结果:建立的PCR-SBT方法成功扩增出KIR2DS4基因的第4、5外显子序列,长度达3.2 kb。探究中国汉族人群中KIR2DS4等位基因型及频率。检出KIR2DS4阳性个体为209个,阳性率为94.1%。测序分型共发现12种基因型和7种等位基因,6种已知的等位基因及其检出频率为:KIR2DS4 *00101/011(180次,81.1%), KIR2DS4 *010(53次,23.9%),KIR2DS4 *004(34次,15.3%), KIR2DS4 *003(15次和6.8%), KIR2DS4 *006(2次,0.9%)以及KIR2DS4 *015(1次,0.5%)。发现并鉴定一个新等位基因KIR2DS4 *016,与其最相近的等位基因KIR2DS4 *010区别在第5外显子,KIR2DS4 *010的第5外显子是22 bp缺失型,而KIR2DS4 *016的第5外显子为完整型。该新等位基因在受检人群中被发现3次,频率为1.4%,并非罕见等位基因,该等位基因序列已向GenBank(登录号:KC414890)及IPD-KIR数据库(提交号:IWS40001804)提交,并获得世界卫生组织HLA系统命名因子委员会的命名。 结论:本文中我们成功建立了KIR2DS4基因4、5外显子测序分型方法,并对其等位基因多态性进行了探究,发现了新的KIR2DS4等位基因型,丰富了中国汉族人群KIR2DS4基因多态性数据。
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编辑人员丨5天前
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山东汉族人群中发现一例罕见的血小板特异性抗原HPA-10bw等位基因
编辑人员丨5天前
目的:探讨山东汉族人群血小板抗原系统10(HPA-10w)的基因多态性,补充本地区血小板供者库数据。方法:应用PCR特异性引物分析法(PCR sequence specific primer)和直接测序方法对山东地区汉族血小板捐献者样本进行HPA-10等位基因分型。结果:在1401例山东汉族机采血小板捐献者中,发现一例罕见的HPA-10w(a+b+)杂合子携带者。HPA-10bw等位基因频率在山东汉族人群中约为0.035%。结论:山东汉族人群中HPA-10bw低频抗原的检出,对诊断和预防新生儿同种免疫血小板减少症(neonatal alloimmune thrombocytopenic purpura,NAIT)以及输血后紫癜(post-transfusion purpura,PTP)具有临床意义。
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编辑人员丨5天前
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同步扩增和鉴定中国人群 KIR基因有无的PCR-SSP方法的建立
编辑人员丨5天前
目的:探讨建立同步扩增中国人群全部 KIR基因和鉴定 KIR基因有无的序列特异性引物-聚合酶链反应(PCR-SSP)方法。 方法:选取2015年1月至2015年11月在深圳市血液中心无偿献血的132份健康受试者的血样为研究对象。基于中国人群精细水平 KIR等位基因的多态性和单核苷酸多态性(SNP)信息,参考IPD-KIR数据库,设计 KIR基因特异性引物用于扩增16种 KIR基因及 2DS4-Normal、 2DS4-Deleted 2种亚型;并采用 KIR基因型已知样本,对每对PCR引物的特异性进行验证。在 KIR基因的PCR扩增反应中,复合扩增人体生长激素( HGH)基因片段作为内对照,以防止PCR扩增出现假阴性结果。随机选取132份 KIR基因型已知的健康受试者DNA样本进行盲检,验证该方法的可靠性。 结果:本研究设计和筛选出的 KIR特异性引物,可鉴定相应的 KIR基因,而且内对照条带和特异性扩增条带均清晰、明亮;采用本研究建立的鉴定 KIR基因有无的PCR-SSP方法检测纳入研究的132份样本的盲检结果,与已知 KIR基因型完全一致。 结论:本实验建立的 KIR PCR-SSP方法,鉴定中国人群 KIR基因的有无可获得准确、可靠的结果。
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编辑人员丨5天前
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Bel亚型新等位基因c.620T>C 1例的分子研究
编辑人员丨5天前
目的:对1例ABO血型Bel亚型新等位基因(c.620T>C)先证者进行分子生物学研究,以揭示该突变对α-1,3-半乳糖苷转移酶(GTB)结构的影响。方法:选取2023年2月11日于郑州大学第一附属医院输血科就诊的1例先证者为研究对象。首先采用血清学方法进行ABO表型的鉴定,接着对 ABO基因的7个外显子进行直接测序,进一步采用单倍体特异性引物进行单链测序,最后用Modeller软件对突变的GTB进行同源建模,并用PyMOL软件分析突变对GTB空间结构的影响。 结果:先证者血清学表型为Bel亚型,直接测序发现了1个新的突变位点c.620T>C,导致多肽链发生p.Leu207Pro氨基酸替换。结合单链测序,最终确定基因型为 ABO* BELnew/ ABO* O.01.02。蛋白质三维结构建模显示,与野生型相比,脯氨酸与p.Gly272之间的1条氢键距离变大,另1条氢键消失。 结论:上述研究鉴定出1例新的B等位基因突变c.620T>C(p.Leu207Pro),该突变影响了GTB空间结构的稳定性,酶的活性减弱导致了B抗原表达减弱,血清学表现Bel亚型。
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编辑人员丨5天前
