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SPAG6基因沉默和地西他滨对SKM-1细胞凋亡和PTEN甲基化的影响
编辑人员丨2天前
目的:探讨SPAG6基因沉默和地西他滨在体内外对SKM-1细胞凋亡和PTEN启动子甲基化的作用。方法:慢病毒载体转染SKM-1细胞沉默SPAG6基因的表达,地西他滨处理细胞后CCK-8检测细胞存活率,流式细胞术检测细胞凋亡,Western blot和甲基化特异性PCR检测PTEN的蛋白表达和甲基化情况,并构建非肥胖糖尿病/重度联合免疫缺陷(NOD/SCID)小鼠异体移植瘤模型,TUNEL法观察肿瘤组织凋亡,免疫组化检测PTEN在组织中表达情况。结果:慢病毒转染后SPAG6干扰组SPAG6基因被成功沉默;CCK-8检测结果提示地西他滨处理能够降低SKM-1细胞的存活率,同时流式细胞术检测显示地西他滨处理组的细胞凋亡率[(17.35±3.37)%]高于未处理组[(5.09±2.06)%],且SPAG6基因沉默联合地西他滨处理组的凋亡率最高[(36.34±4.00)%];地西他滨处理后DNMT1的表达降低而PTEN表达升高,同时PTEN启动子甲基化程度降低,而经地西他滨处理后的SPAG6干扰组的PTEN去甲基化引起的蛋白表达升高效果最明显;NOD/SCID小鼠异体瘤移植模型中地西他滨组的肿瘤体积明显小于生理盐水组,而地西他滨处理SPAG6干扰组的小鼠肿瘤体积最小,且经TUNEL检测发现其凋亡程度最高(阳性比值为3.57±0.48)。结论:SPAG6基因沉默在SKM-1细胞中能增强地西他滨诱导的凋亡和PTEN去甲基化作用,并且在NOD/SCID异体瘤移植模型小鼠中能够增强地西他滨的抗肿瘤特性。
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编辑人员丨2天前
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基于机器学习鼻咽癌关键特征基因筛选及其与免疫细胞相关性分析
编辑人员丨2024/2/3
目的 利用机器学习法筛选鼻咽癌(NPC)关键特征基因并分析其与免疫细胞相关性.方法 从基因表达数据集(GEO)下载NPC训练集数据GSE12452与GSE13597以及验证训练集数据GSE53819.首先,对训练集数据进行合并,并筛选差异表达基因(DEG);其次,对DEG进行基因本体论(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)、基因集富集分析(GSEA)以及免疫细胞浸润分析;再次,采用最小绝对收缩选择(LASSO)算法和支持向量机(SVM)算法对训练集数据中NPC相关特征基因进行识别并在验证集中检验,同时利用受试者工作特征(ROC)曲线下面积(AUC)确定关键特征基因;最后,分析关键特征基因与免疫细胞的相关性.结果 共得到55个DEG,43个下调基因,12个上调基因;其GO功能主要富集在体液免疫反应、细胞分化、中性粒细胞激活以及趋化因子受体结合等方面;而KEGG主要富集在细胞介素17(IL-17)信号通路上;GSEA富集在细胞周期、细胞外基质受体相互作用、癌症通路以及DNA复制.免疫细胞浸润分析显示,初始B细胞、记忆B细胞以及CD4+静息记忆细胞在NPC显著降低,而CD8+T细胞、CD4+初始T细胞、活化CD4+记忆T细胞、滤泡辅助T细胞、M0和M1巨噬细胞在NPC显著增加.通过LASSO和SVM筛选的特征基因中,仅卷曲螺旋结构域19(CCDC19)、层连蛋白β1亚基(LAMB1)、精子相关抗原6(SPAG6)和RAD51相关蛋白1(RAD51AP1)四个关键特征基因ROC的AUC在训练集与验证集均大于0.9,且与免疫细胞浸润密切相关.结论 通过机器学习算法筛选出NPC发生过程中的关键特征基因CCDC19、LAMB1、SPAG6以及RAD51AP1,并与免疫细胞浸润密切相关.
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编辑人员丨2024/2/3
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DnaJ热休克蛋白家族成员C9在肺腺癌中的表达及预后价值
编辑人员丨2023/10/21
目的 探讨DnaJ热休克蛋白家族成员C9(DNAJC9)在肺腺癌(LUAD)组织中的表达、预后、甲基化情况及与肿瘤免疫浸润的关系.方法 利用肿瘤基因组计划(TCGA)中LUAD的表达及临床数据分析DNAJC9的差异表达及预后价值.采用免疫组化法检测40例LUAD患者的癌组织及配对正常组织DNAJC9的蛋白表达;利用UALCAN数据库及TCGA Wanderer数据库对DNAJC9启动子区域甲基化位点进行分析;利用TIMER数据库和单样本基因集富集分析(ssGSEA)对DNAJC9表达与LUAD免疫浸润水平的关系进行分析;根据String数据库分析与DNAJC9相互作用的蛋白,利用FUNRICH富集分析工具对这些基因进行功能富集分析.结果 DNAJC9在LUAD组织中的表达水平高于正常组织,差异有统计学意义(P<0.01).免疫组化法显示,DNAJC9蛋白在LUAD组织中的表达率为80.0%(32/40),高于癌旁组织的45.0%(18/40),差异有统计学意义(P<0.05).高表达患者的总生存率、无疾病生存率和无进展生存率均低于低表达者,差异有统计学意义(P<0.05).DNAJC9的表达与是否存在TP53突变显著相关(P<0.05).DNAJC9基因启动子区域甲基化水平在肿瘤组织中低于正常组织,且和该基因序列表达相关的甲基化位点与其表达水平呈负相关(P<0.05).DNAJC9表达与LUAD免疫细胞浸润水平相关.蛋白相互作用网络分析发现,微小染色体维持复合物成分6(MCM6)、核糖核苷酸还原酶催化亚基M1(RRM1)、核自身抗原精子蛋白(NASP)、皮瓣结构特异性内切酶(FEN1)、脱氧尿苷三磷酸酶(DUT)、复制因子C亚基4(RFC4)、序列相似的家族149成员B1(FAM149B1)、MutS同源2(MSH2)、染色体的结构维持2(SMC2)、小染色体维持复合体成分2(MCM2)等蛋白与DNAJC9密切相关.富集分析显示,这些基因参与DNA合成、G2/M检查点等信号通路及多种致癌过程.结论 DNAJC9的低甲基化水平使DNAJC9在LUAD组织中呈高表达,其高表达提示预后不良,与免疫细胞的浸润相关.
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编辑人员丨2023/10/21
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精子相关抗原6基因以非P53依赖方式促进TRAIL诱导的骨髓增生异常综合征细胞凋亡
编辑人员丨2023/8/6
目的 研究精子相关抗原6(sperm-associated antigen 6,SPAG6)基因是否以P53依赖方式促进TRAIL诱导的骨髓增生异常综合征(myelodysplastic syndrome,MDS)细胞凋亡.方法 通过P53kdRNA慢病毒转染人结肠癌细胞株HCT116筛选P53基因沉默的最佳靶点,利用筛选出来的最佳靶点序列转染SKM-1细胞;加入嘌呤霉素提高转染效率,RT-PCR及Western blot检验P53基因的干扰效果,构建SKM-1 P53kd细胞模型.用SPAG6kd RNA慢病毒载体转染SKM-1和SKM-1 P53kd细胞,RT-PCR及Western blot验证.用CCK-8法检测重组人可溶性TRAIL蛋白(rTRAIL)对SKM-1细胞的适宜作用浓度.Western blot检测rTRAIL处理后SKM-1和SKM-1 P53kd细胞株中Caspase-8、cleaved-PARP、PARP的表达水平.结果 构建了SKM-1 P53kd细胞模型,转染率在90%以上,P53基因在mRNA和蛋白表达水平较对照组均显著降低(P<0.01).SPAG6kd RNA慢病毒载体成功感染SKM-1细胞和SKM-1 P53kd细胞,转染率均在80%以上,SPAG6基因表达较对照组明显降低(P<0.01).随着rTRAIL浓度的增加,细胞生长逐渐被抑制,30 ng/mL TRAIL诱导的细胞凋亡与对照组差异没有统计学意义,100 ng/mL和300 ng/mL TRAIL显著诱导SPAG6kd细胞凋亡(P<0.05),而P53基因沉默与否并没有影响该结果,rTRAIL处理后细胞凋亡标志分子明显激活或水平升高,细胞中Caspase-8、cleaved-PARP、PARP的表达水平在SKM-1和SKM-1 P53kd细胞中差异无统计学意义(P>0.05).结论 SPAG6基因以非P53依赖方式促进TRAIL诱导的MDS细胞凋亡.
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编辑人员丨2023/8/6
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利用CRISPR/Cas9系统建立斑马鱼Spag6基因敲除模型
编辑人员丨2023/8/6
目的 采用高效基因编辑系统CRISPR/Cas9对斑马鱼的精子相关抗原6(Spag6)基因进行编辑,建立Spag6基因敲除斑马鱼模型.方法 针对斑马鱼Spag6基因,利用生物信息学选取靶位点,构建向导RNA(gRNA)表达载体并体外转录,将gRNA和Cas9 mRNA混合物显微注射到斑马鱼单细胞期的受精卵中,24~48 h提取基因组DNA,PCR扩增出目的片段,限制性酶切法初步检测基因打靶情况,最后进行测序分析确定编辑效果.结果 取3个靶位点(S1、S2、S3)进行实验,选择gRNA浓度较高的S1和S3进行注射.限制性酶切及测序的结果显示S3已产生编辑效应.结论 通过CRISPR/Cas9系统成功地获得Spag6基因编辑的突变体,为进一步探讨斑马鱼Spag6基因的体内功能奠定了基础.
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编辑人员丨2023/8/6
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梗阻性和非梗阻性无精子症患者睾丸组织来源iPSCs系的建立
编辑人员丨2023/8/6
目的 利用梗阻性无精子症(OA)和非梗阻性无精子症(NOA)患者的睾丸组织建立诱导性多能干细胞(iPSCs)系,比较两者建系过程有无差别.方法 分别取3例OA患者和特发性NOA患者5~6 mm3的睾丸组织,组织块培养方法进行原代培养,传至3~4代转染仙台病毒,待细胞增殖满后转移至饲养层细胞上继续培养,第21~22天挑取克隆,建立iPSCs系并进行多能性和分化能力的鉴定.结果 两株iPSCs系均成功建立,建系过程无明显差异,碱性磷酸酶(AP)染色均为阳性;八聚体结合转录因子4(OCT4)、性别决定基因相关蛋白2(SOX2)、阶段特异性胚胎抗原-4(SSEA-4)、肿瘤排斥抗原-1-60(TRA-1-60)的免疫荧光染色均为阳性;小鼠体内的畸胎瘤实验也表明获得的两株iPSCs系具有向3个胚层分化的潜能.结论 利用仙台病毒非基因整合方法,OA患者和特发性NOA患者的睾丸组织均能建立iPSCs系.
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编辑人员丨2023/8/6
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mSpag9肾脏特异性基因敲除小鼠模型的构建与鉴定
编辑人员丨2023/8/6
目的:为研究支架蛋白JLP在肾脏中的生理功能,建立小鼠精子相关抗原(mSpag9)肾脏特异性基因敲除小鼠模型,为研究该基因所发挥的重要生理功能提供材料和思路.方法:构建mSpag9基因重组载体,通过电转打靶转染胚胎干细胞(ES细胞),将筛选出的阳性ES细胞克隆,经显微注射至超排小鼠的囊胚腔后移植于受体小鼠,从子代筛选嵌合体小鼠,与携带flp位点C57/BL6N小鼠杂交后得到mSpag9flox/+基因敲除小鼠,自交筛选出mSpag9flox/flox小鼠,再与KSP-CreERT2小鼠杂交得到mSpag9flox/flox-Cre肾脏特异性基因敲除小鼠并进行鉴定,待小鼠成长至5周,使用Tamoxifen(10 mg/mL葵花籽油溶解)腹腔注射(0.04 mg/g)诱导Cre重组酶特异性表达于肾小管上皮细胞.结果:经PCR扫描后得到10株阳性ES细胞克隆,其中6株使用Southern Blot鉴定;经显微注射后得到4只雄性、5只雌性嵌合体小鼠,与flp小鼠杂交后得到9只mSpag9flox/+基因敲除小鼠,将自交得到的mSpag9flox/flox小鼠与KSP-CreERT2小鼠交配筛选出mSpag9flox/+-Cre+3只小鼠,将其与mSpag9flox/flox小鼠回交得到基因型为mSpag9flox/flox-Cre+小鼠,即为mSpag9肾脏特异性基因敲除小鼠.结论:该模型利用Cre-Loxp系统实现基因mSpag9的基因打靶,Tamxifen诱导基因mSpag9实现该基因在肾小管上皮细胞上敲除,为进一步研究mSpag9基因及支架蛋白在肾脏生理病理进展中所发挥的作用提供工具.
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编辑人员丨2023/8/6
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SPAG6/SPINK2蛋白复合物在小鼠精子顶体形成中的作用初探
编辑人员丨2023/8/5
目的:初步探讨精子相关抗原6(SPAG6)在小鼠精子发生过程中顶体形成阶段的表达及其调控作用. 方法:采用Western印迹检测出生后小鼠睾丸发育不同阶段(第8、12、16、20、24、28、30、35天)中SPAG6的表达;免疫荧光观察SPAG6在生精细胞中的定位;分别构建SPAG6和SPINK2蛋白表达质粒,以AH109和CHO细胞为对象,采用酵母双杂交及细胞内共定位实验检测SPAG6与SPINK2蛋白间相互作用;免疫荧光检测SPINK2在SPAG6基因敲除(KO)小鼠的睾丸生精细胞中的表达与定位. 结果:小鼠出生后第16~28天,SPAG6表达显著升高,且定位于圆形精子细胞的顶体;酵母双杂交实验显示SPAG6/SPINK2组能在选择性培养基(SD/-Leu/-Trp/-His)中生长;CHO细胞共转染SPAG6和SPINK2表达质粒时,SPAG6与SPINK2共定位在细胞核周围;SPAG6 KO小鼠睾丸生精细胞中未检测到SPINK2表达及定位于精子顶体. 结论:SPAG6与SPINK2形成蛋白复合体,并可能通过调控SPINK2的稳定表达参与精子顶体形成.
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编辑人员丨2023/8/5
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SPAG6促进卵巢癌细胞的增殖、迁移和侵袭
编辑人员丨2023/8/5
目的:探讨抑制精子相关抗原6(sperm-associated antigen 6,SPAG6)对卵巢癌细胞增殖、侵袭和迁移的影响.方法:体外培养正常卵巢上皮细胞(NOE-71)和卵巢癌细胞(SKOV-3、OVCAR-3),采用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)实验检测细胞中SPAG6基因的表达.将4种潜在抑制SPAG6基因表达的"SPAG6-shRNA"质粒分别转染到SKOV-3细胞,RT-qPCR和Western blot实验筛选有效抑制SPAG6基因表达的细胞株;采用细胞计数法和平板克隆实验检测抑制SPAG6基因表达对卵巢癌细胞增殖的影响;运用细胞划痕实验和Transwell实验检测抑制SPAG6基因表达对细胞迁移和侵袭能力的影响;流式细胞实验检测抑制SPAG6基因表达对细胞周期的影响;免疫荧光实验和Western blot检测在SKOV-3细胞中抑制SPAG6表达对p27 kip1分布的影响.结果:SPAG6基因在卵巢癌细胞SKOV-3和OVCAR-3中的表达均显著高于正常卵巢上皮细胞NOE-71,且在SKOV-3细胞中表达最强.RT-qPCR和Western blot实验显示2种"SPAG6-shRNA"质粒能够有效抑制SKOV-3细胞中SPAG6基因的表达;与对照组细胞相比,抑制SPAG6基因表达能够降低SKOV-3细胞的增殖,差异有统计学意义(P<0.01);平板克隆实验显示抑制SPAG6基因表达能降低SKOV-3细胞的克隆形成率,差异有统计学意义(P<0.01);细胞划痕实验和Transwell实验显示抑制SPAG6基因表达能够降低卵巢癌细胞的迁移和侵袭能力(P<0.01);流式细胞实验显示抑制SPAG6基因表达能使细胞G0/G1期显著上调,S期显著下调(P<0.01).SKOV-3细胞中抑制SPAG6表达可降低细胞质中p27kip1的水平而增加细胞核中p27 kip1的水平.结论:SPAG6促进卵巢癌细胞的增殖、迁移和侵袭.
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编辑人员丨2023/8/5
