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基于生物信息学分析糖尿病心肌病潜在生物标志物
编辑人员丨1周前
目的:基于生物信息学分析糖尿病心肌病的潜在生物标志物.方法:糖尿病组及对照组小鼠心肌组织表达谱从基因表达数据库(gene expression omnibus,GEO)下载.应用基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)分析差异表达基因的功能和通路.通过基因/蛋白质相互作用检索工具(search tool for the retrieval of interacting genes/proteins,STRING)和Cytoscape软件用于构建蛋白质-蛋白质相互作用网络并筛选关键差异表达基因,通过人类蛋白质谱(human protein atlas,HPA)数据库筛选差异表达且在血液中可通过免疫法检测的细胞外蛋白基因.结果:共筛选出857个差异表达基因,主要富集的细胞过程为小鸟苷三磷酸(guanosine triphosphate,GTP)酶介导的信号调节、大鼠肉瘤蛋白(Rat Sarcoma,Ras)信号调节、蛋白质乙酰化.最终筛选出7个差异表达基因:CXC趋化因子配体10(CXC chemokine ligand 10,Cxcl10)、间质表皮转化因子(mesenchymal to epithelial transition factor,Met)、巨噬细胞集落刺激因子受体(feline mcDonough sarcoma receptor,Fms)样酪氨酸激酶 1(FMS-like tyrosine kinase 1,Flt1)、促红细胞生成素(erythropoietin,Epo)、白细胞介素 15(interleukin-15,Il15)、转铁蛋白受体(transferrin receptor,Tfrc)、β2 微球蛋白(beta-2 Microglobulin,B2m),编码可在血液中通过免疫法检测的细胞外蛋白.结论:Cxcl10、Met、Flt1、Epo、Il15、Tfrc、B2m或许可作为糖尿病心肌病筛查的潜在的生物标志物.
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编辑人员丨1周前
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云贵高原地区非小细胞肺癌患者靶向治疗驱动基因的表达情况和突变特征
编辑人员丨1周前
目的:探讨云贵高原地区非小细胞肺癌(NSCLC)患者驱动基因的表达情况及其突变分布特征,为高发区肺癌的个体化分子靶向治疗提供依据。方法:收集云南省肿瘤医院2016年1月至2019年8月收治的行肺癌8基因[表皮生长因子受体(EGFR)、间变性淋巴瘤激酶(ALK)、鼠类肉瘤病毒癌基因(RAS)、RET原癌基因(RET)、鼠肉瘤病毒v-Raft同源致癌基因(BRAF)、肉瘤致癌因子(ROS1)、人表皮生长因子受体2(HER-2)、细胞间质上皮转化因子(MET)]联合检测的2 249例NSCLC患者的临床病理资料,分析云贵高原地区NSCLC驱动基因的表达情况及其突变分布特征。结果:云贵高原地区NSCLC驱动基因表达的阳性率为67.05%(1 508/2 249),其中西双版纳、玉溪、宣威、红河和曲靖地区的阳性率较高,分别为76.92%、72.38%、71.88%、71.79%和71.24%;回族、哈尼族、壮族、布依族、满族、土家族和阿昌族患者的阳性率较高,分别为84.38%、85.00%、75.00%、100%、100%、100%和100%。NSCLC患者驱动基因的阳性率与性别( P<0.001)、吸烟史( P<0.001)、年龄( P<0.001)、病理类型( P<0.001)及是否宣威地区( P=0.027)有关,与民族( P=0.748)和肺癌家族史( P=0.676)无关。EGFR、RAS、BRAF、HER-2和MET基因突变率分别为44.46%、10.98%、1.24%、0.89%和0.76%,ALK、RET、ROS1基因重排率分别为4.67%、1.29%和0.89%。女性患者EGFR突变率为56.67%,高于男性患者(33.19%, P<0.001);男性患者RAS突变率为12.66%,高于女性患者(9.17%, P=0.010)。汉族患者RAS突变率为11.49%,高于少数民族患者(7.17%, P=0.032)。宣威地区患者RAS突变率为24.74%,高于非宣威地区患者(8.15%, P<0.001);而EGFR突变率为40.63%,低于非宣威地区患者(45.25%, P=0.045);ALK重排率为1.56%,低于非宣威地区患者(5.31%, P<0.001);宣威地区未检出HER-2突变患者。无吸烟史患者EGFR突变率为51.10%,高于有吸烟史患者(29.70%, P<0.001);无吸烟史患者ALK重排率为5.35%,也高于有吸烟史患者(3.16%, P<0.001);无吸烟史患者RAS突变率为9.34%,低于有吸烟史患者(14.63%, P=0.008)。 结论:云贵高原地区NSCLC驱动基因表达的阳性率略低于全国平均水平,其中EGFR、RAS突变率与国内平均水平相近,ROS1、ALK和RET基因重排率以及BRAF、HER-2和MET基因突变率略低于全国平均水平。EGFR、RAS、ALK基因在云贵高原地区NSCLC患者中阳性率较高,且具有不同的人口学特征和临床特征,在选择靶向治疗人群中具有重要意义。
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编辑人员丨1周前
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载阿霉素新型改性壳聚糖纳米微粒控释载体对骨肉瘤细胞的影响
编辑人员丨1周前
目的:构建一种新型阿霉素-壳聚糖乳酸盐纳米缓释载体用于骨肉瘤治疗研究。方法:2%乳酸水溶液制备水溶性的壳聚糖乳酸盐,pH 5.0的反应体系中,壳聚糖乳酸盐与TPP以10:1的投料比制备载阿霉素的壳聚糖乳酸盐纳米微粒(ChLa-Dox NPs),动态光散射(DLS)分析其粒径、多分散系数、Zeta电位,扫描电镜进行微观形貌学表征,ChLa-Dox NPs的生物学效应检测则通过缓释载体体外缓释动力学、MG63骨肉瘤细胞系细胞毒性实验、细胞迁徙能力及流式细胞术检测。结果:在pH 5.0及壳聚糖乳酸盐:TPP的投料比为10:1的反应条件下制备的ChLa-DoxNPs平均粒径为142.4±1.21 μm,多分散系数(PDI)为0.14±0.01,Zeta电位为+29.2 mV。ChLa-DoxNPs在体外10h时阿霉素达到缓释平台期,缓释12 h内阿霉素累积释放率为(69.4±2.6)%;MG63细胞系骨肉瘤细胞模型实验中,空载纳米微粒组细胞存活率为92.36±3.17%,而不同载药量的ChLa-Dox NPs组具备显著的骨肉瘤细胞杀伤作用。相比空载体组,ChLa-Dox NPs对骨肉瘤细胞迁徙能力有显著的抑制作用,明显促进骨肉瘤凋亡的发生[(凋亡率为(54.08±2.53%)]。结论:经改良制备的载阿霉素壳聚糖乳酸盐纳米微粒符合抗肿瘤纳米载体的理化特性要求,生物相容性好,体外缓释动力学及抗骨肉瘤相关分子-细胞生物学检测表明其具备较好的阿霉素缓释特性,体外能有效的抑制骨肉瘤细胞增殖、迁徙并促进其凋亡,具有较明确的临床转化前景。
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编辑人员丨1周前
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Rab蛋白22A在骨肉瘤组织中表达及其对肿瘤细胞增殖和转移的影响
编辑人员丨1周前
目的:探讨Rab蛋白22A(Rab22A)在骨肉瘤组织中得表达及对肿瘤细胞增殖、迁移、侵袭和上皮-间充质转化的影响。方法:选取2019年1月至2021年1月河南省人民医院收治的77例骨肉瘤组织和癌旁组织作为研究对象,采用蛋白质免疫印迹分析肿瘤组织和癌旁组织中Rab22A蛋白表达水平。采用对照慢病毒和Rab22A短发卡RNA(shRNA)慢病毒感染人骨肉瘤细胞U2OS,分别为对照组和Rab22A KD组,采用细胞计数试剂盒(CCK-8)分析两组细胞增殖能力;采用划痕实验、Transwell和蛋白质免疫印迹(Western blot)分析对照组和Rab22A KD组细胞迁移、侵袭和上皮-间充质转化能力。组间数据比较采用 t检验。 结果:骨肉瘤组织中Rab22A表达水平(2.09±0.22)明显高于癌旁组织(1.01±0.18),差异有统计学意义( t=32.910, P<0.05)。对照组细胞吸光度( A)值(2.09±0.11)明显高于Rab22A KD组(1.53±0.11),差异有统计学意义( t=8.795, P<0.05)。对照组细胞细胞核增殖抗原(Ki-67)表达水平(1.18±0.12)明显高于Rab22A KD组(0.89±0.77),差异有统计学意义( t=5.195, P<0.05)。对照组细胞划痕愈合率[(85.98±3.82)%]明显高于Rab22A KD组[(68.03±5.64)%],差异有统计学意义( t=6.454, P<0.05)。对照组细胞侵袭数量[(117.67±12.23)个]明显高于Rab22A KD组[(87.83±5.88)个],差异有统计学意义( t=5.387, P<0.05)。对照组细胞黏着斑激酶(FAK)表达水平(0.98±0.12)明显高于Rab22A KD组(0.70±0.07),差异有统计学意义( t=5.039, P<0.05)。Rab22A对骨肉瘤细胞上皮-间充质转化的影响,Western blot结果显示,对照组细胞上皮细胞标志物E-钙黏蛋白(E-cadherin)表达水平(0.71±0.10)明显低于Rab22A KD组(1.11±0.09),差异有统计学意义( t=6.214, P<0.05)。对照组细胞间皮细胞标志物Snail、N-钙黏蛋白(N-cadherin)、波形蛋白(Vimentin)表达水平(0.98±0.10、1.16±0.09、1.09±0.11)明显低于Rab22A KD组(0.82±0.05、0.80±0.09、0.80±0.09),差异有统计学意义( t=3.595、6.849、4.931, P<0.05)。 结论:Rab22A在骨肉瘤组织中呈高表达,促进骨肉瘤细胞得迁移、侵袭和上皮-间充质转化等恶性转移特性。
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编辑人员丨1周前
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海藻糖A抑制骨肉瘤细胞增殖信号通路的研究
编辑人员丨1周前
目的:探讨海藻糖A对骨肉瘤细胞增殖转移能力抑制作用及其机制。方法:将骨肉瘤细胞(上海传秋生物科技有限公司提供)分别分为4组。空白组细胞不使用药物干预,低、中、高剂量组细胞分别采用含0.25、0.50、1.00 μmol/L海藻糖A的培养基培养干预不同时间,检测细胞增殖、转移以及相关蛋白表达。然后分别在4组细胞中5.00 μmol/L转化生子因子-β(TGF-β)培养24 h再次检测细胞存活率、转移以及相关蛋白表达。采用方差检验及 t检验。 结果:空白组细胞增殖抑制率(0%)、转移抑制率(0%)显著低于药物干预组[(62.45±23.54)%、(84.15±20.10)%, t=14.111、7.959, P<0.05],差异有统计学意义,N-钙黏蛋白(N-cadherin)、编码锌指蛋白转录因子(Snail)、锌指转录因子(Slug)、波形蛋白(Vimentin)(100%、100%、100%、100%)表达量显著高于治疗组[低剂量组:(72.56±12.25)%、(65.34±10.56)%、(70.41±16.96)%、(71.45±18.96)%;中剂量组:(62.36±10.58)%、(53.47±9.85)%、(51.89±18.47)%、(42.47±9.56)%;高剂量组:(21.17±8.56)%、(19.19±5.56)%、(17.49±6.25)%、(10.77±3.25)%, t=8.246、9.163、8.035、7.441, P<0.05],差异均有统计学意义;各干预组细胞随着药物浓度升高存活率(15.25%、28.22%、39.45%)、转移抑制率显著升高(10.36%、18.45%、45.25%, t=8.644、8.603, P<0.05),差异有统计学意义,N-cadherin、Snail、Slug、Vimentin表达量显著下降。各组细胞在接受TGF-β干预后增殖抑制率和转移抑制率均显著下降,上述蛋白表达量显著升高。 结论:海藻糖A可以有效抑制骨肉瘤细胞增殖转移,其作用与抑制TGF-β/Smad2/3信号通路相关。
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编辑人员丨1周前
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成人肝脏间叶性错构瘤的临床病理学分析
编辑人员丨1周前
目的:探讨成人肝脏间叶性错构瘤(MHL)的临床病理及分子遗传学特征。方法:收集2009-2022年解放军总医院第一医学中心病理科明确诊断的成人MHL病例共5例,对其进行组织形态学观察及免疫组织化学染色,并运用二代测序方法进行基因检测。结果:5例中男性4例,女性1例,年龄46~67岁,平均年龄56.2岁。最大直径5.3~13.5 cm,平均直径9.2 cm。肿瘤大体可以为囊性、实性或囊实性混合。病理组织学上5例MHL中有4例发生恶性转化,其中3例恶变为未分化胚胎性肉瘤,1例恶变为恶性孤立性纤维性肿瘤并检测到NAB2-STAT6基因重排。结论:成人MHL是一种罕见的、具有恶性潜能的肿瘤,术前影像学检查诊断难度大。细针活检很少用于诊断,建议手术切除有症状或增大的病变以排除恶性肿瘤的可能性并进一步诊断。基因检测结果显示了MHL复杂的基因学改变,并发现成人MHL可以恶变为恶性孤立性纤维性肿瘤,推测全基因组分析对于确定MHL独特的分子特征以及寻找治疗干预的潜在靶点是必要的。
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编辑人员丨1周前
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8种人胰腺癌细胞株常见肿瘤相关基因突变特征分析
编辑人员丨1周前
目的:分析8种人胰腺癌细胞株中常见肿瘤相关基因突变,为胰腺癌基础研究中选择合适的细胞株提供依据。方法:体外培养8种人胰腺癌细胞株(AsPC-1、BxPC-3、Capan-1、Capan-2、MIA PaCa-2、PANC-1、Patu8988和T3M4,均购自美国模式培养物集存库),采用二代测序技术检测113个肿瘤相关基因突变情况,结合京都基因与基因组百科全书(KEGG)数据库对突变基因进行功能分析。结果:二代测序结果显示,8种人胰腺癌细胞株中共确定36个基因、79个位点发生突变。鼠类肉瘤病毒癌基因(KRAS)、肿瘤蛋白P53(TP53)、细胞周期依赖性激酶抑制基因(CDKN2A)和胰腺癌缺失基因(DPC4/SMAD4)在8种胰腺癌细胞株中的突变率分别为87.5%(7/8)、100.0%(8/8)、50.0%(4/8)和37.5%(3/8)。AsPC-1和Capan-1细胞中同时存在上述4个基因的突变,BxPC-3细胞株是KRAS野生型胰腺癌,CDKN2A基因在AsPC-1、Capan-1、Capan-2和Patu8988细胞中检测到突变,而DPC4/SMAD4在AsPC-1、Capan-1和T3M4细胞中发生突变。其他发生率较高的突变基因包括AT丰富结合域1A(ARID1A)基因(AsPC-1、Capan-1、Capan-2、MIA PaCa-2和T3M4发生突变)、环磷腺苷效应元件结合蛋白(CREBBP)基因(Capan-1、Capan-2、MIA PaCa-2和T3M4发生突变)、NOTCH1(BxPC-3、Capan-2、MIA PaCa-2和T3M4发生突变)、腺瘤性息肉病(APC)基因(AsPC-1、Capan-1和Patu8988发生突变)和E1A结合蛋白P300(EP300)基因(BxPC-3、MIA PaCa-2和T3M4发生突变)。突变基因功能主要涉及Ras/丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、细胞周期调控、Wnt/β-连环蛋白(β-catenin)通路、NOTCH信号通路、染色质重塑复合物家族、转化生长因子β(TGF-β)信号通路、DNA损伤修复、Hedgehog和磷脂酰肌醇3激酶丝氨酸/苏氨酸激酶(PI3K-Akt)信号通路等。结论:8种胰腺癌细胞株具备人胰腺癌组织的基因学特征,不同细胞株具有不同的基因突变特点,实验研究中应根据不同细胞的基因突变情况合理选择细胞株并分析研究结果。
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编辑人员丨1周前
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长非编码RNA调控骨肉瘤耐药机制的研究进展
编辑人员丨1周前
骨肉瘤是最常见的原发性实体骨恶性肿瘤,化疗药物的耐药是导致骨肉瘤复发和转移的重要因素。长非编码RNA可通过调节上皮间质转化、细胞自噬、凋亡、药物外排、细胞周期等途径影响骨肉瘤耐药,提示长非编码RNA可能成为治疗骨肉瘤耐药的新靶点。
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编辑人员丨1周前
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克唑替尼相关肝损伤研究进展
编辑人员丨1周前
克唑替尼是一种作用于间变性淋巴瘤激酶(ALK)、细胞间质表皮转化因子及c-ros肉瘤致癌因子1(ROS1)的多靶点小分子酪氨酸激酶抑制剂,临床主要用于治疗ALK阳性和/或ROS1阳性的晚期非小细胞肺癌。肝损伤是克唑替尼十分常见的不良反应之一,多数患者表现为无临床症状的转氨酶水平升高,极少数患者可出现致命性肝衰竭;发生机制与线粒体介导的细胞凋亡和过度自噬、氧化应激、过敏反应等有关。克唑替尼相关肝损伤的危险因素包括既往肝病史,乙型肝炎病毒感染,联合使用免疫检查点抑制剂或H 2受体拮抗剂/质子泵抑制剂,以及信号转导与转录激活因子1和细胞色素P450基因多态性等。应用克唑替尼前,须对患者肝功能进行综合评估,治疗过程中加强监测,必要时采取暂时(再次使用时减量)或永久停药等措施。
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编辑人员丨1周前
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LAMA3 DNA甲基化对卵巢上皮性癌铂耐药及预后影响的生物信息学和临床分析
编辑人员丨1周前
目的:探讨层粘连蛋白α3(LAMA3)DNA甲基化对卵巢上皮性癌(卵巢癌)铂耐药及预后的影响及可能的机制。方法:(1)通过数据库中生物信息学数据分析LAMA3 DNA甲基化水平与卵巢癌铂耐药的关系。(2)选取2000年1月至2012年12月在广西医科大学附属肿瘤医院诊治的卵巢癌患者共67例(包括铂耐药组35例和铂敏感组32例),采用焦磷酸测序技术检测两组卵巢癌组织中LAMA3 DNA甲基化水平,探讨其对卵巢癌患者铂耐药及预后的诊断效能,并进一步分析其对卵巢癌铂耐药患者化疗效果及预后的影响。结果:(1)从基因互作检索平台(STRING)数据库中筛选出与LAMA3高度互作的10个蛋白,包括层粘连蛋白β(LAMB)3、层粘连蛋白γ(LAMC)3、整合素α(ITGA)6、整联蛋白β4(ITGB4)、ITGA3、LAMC1、LAMB2、肌营养不良蛋白关联糖蛋白1(DAG1)、LAMB1、17型胶原蛋白α1链(COL17A1)蛋白;京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析显示,LAMA3及其相关互作蛋白通过细胞凋亡、细胞周期、DNA损伤反应、上皮间质转化(EMT)、雄激素受体(AR)、雌激素受体(ER)、磷脂酰肌醇3激酶(PI3K)/蛋白激酶B(Akt)、大鼠肉瘤癌基因(RAS)/有丝分裂原活化蛋白激酶(MAPK)、受体酪氨酸激酶(RTK)、结节性硬化症蛋白复合体(TSC)/雷帕霉素靶蛋白(mTOR)等信号通路,参与恶性肿瘤发生、发展过程的调控,其表达水平与卵巢癌顺铂等化疗药物的敏感性相关。(2)本院临床数据分析发现,铂耐药组、铂敏感组卵巢癌组织中LAMA3 DNA甲基化水平分别为71%(25/35)、69%(22/32),两组比较,差异无统计学意义( χ2=0.057, P=0.811);LAMA3 DNA甲基化水平判断卵巢癌铂耐药的曲线下面积(AUC)为0.601,预测患者预后的AUC值为0.686。LAMA3 DNA高甲基化铂耐药卵巢癌患者(24例)的化疗效果较低甲基化铂敏感患者(15例)更差[有效率分别为50%(12/24)和15/15; χ2=10.833, P=0.001],且LAMA3 DNA甲基化水平对卵巢癌患者的无进展生存时间和总生存时间均有显著影响( P均<0.05)。 结论:LAMA3 DNA甲基化水平对卵巢癌患者的铂耐药及预后具有一定的诊断和预测价值,可能与卵巢癌的调控机制、铂耐药及预后存在密切联系。
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编辑人员丨1周前
