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组蛋白去甲基化酶含有Jumonji结构域的蛋白质2D在胃癌组织的表达及其临床意义
编辑人员丨1天前
目的:观察含有Jumonji结构域的蛋白质2D(JMJD2D)在胃癌组织的表达并探讨其临床意义。方法:收集2013年1月至2014年12月期间来自中国科学院大学附属肿瘤医院(浙江省肿瘤医院)手术治疗并经病理诊断证实的133例胃腺癌标本。采用免疫组织化学法检测133例胃癌组织及其配对的癌旁正常组织中JMJD2D的表达,应用SPSS-22统计软件分析其临床意义及与预后的关系,采用比例风险回归模型(proportional hazards model,Cox模型)多因素回归分析JMJD2D蛋白表达及其他病理参数对胃癌患者预后的预测价值。结果:胃癌组织中JMJD2D的高表达率为75.9%(101/133),显著高于癌旁正常胃组织(高表达率2.3%,3/133, χ2=64.821, P<0.01),差异有统计学意义。肿瘤组织中JMJD2D高表达与患者幽门螺杆菌感染状态( χ2=22.163, P<0.01)、肿瘤分化程度( χ2=7.022, P<0.05)、浸润深度( χ2=5.061, P<0.05)、淋巴结转移状态( χ2=14.123, P<0.01)、临床TNM分期( χ2=23.194, P<0.01)显著相关,而与患者性别、肿瘤诊断时年龄、肿瘤部位和大小无相关( χ2=0.072、1.451、2.562、1.383, P值均>0.05)。普兰-迈耶(Kaplan-Meier)生存分析显示,JMJD2D高表达的胃癌患者与正常/低表达患者中位生存时间分别为34个月和65个月,两者差异有统计学意义( P<0.05)。比例风险回归模型(proportional hazards model,Cox模型)多因素回归分析表明JMJD2D高表达是胃癌患者独立预后因素[危险比( HR)=2.38, P<0.01]。 结论:JMJD2D在胃癌组织中高表达,且与胃癌进展及患者预后显著相关。
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编辑人员丨1天前
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一例晚期婴儿型异染性脑白质营养不良病患儿的 ARSA基因变异分析
编辑人员丨1天前
目的:分析1例晚期婴儿型异染性脑白质营养不良病(metachromatic leukodystrophy,MLD)患儿芳基硫酸酯酶A(arylsulfatase A,ARSA)编码基因的变异情况。方法:应用Sanger测序方法检测 ARSA基因第1~8共8个外显子序列。用PubMed Protein BLAST分析ARSA的跨种属保守性;应用Ucsf chimera软件对正常结构及变异结构的ARSA进行蛋白质3D结构建模及比对来分析变异所致的蛋白二级结构的丧失及蛋白空间结构的改变;应用PolyPhen-2、Mutation Taster及SIFT软件对新变异进行功能预测。 结果:患儿携带 ARSA基因第3外显子c.467G>A(p. Gly156Asp)和第5外显子c.960G>A(p. Trp320*)复合杂合变异。c.467G>A(p. Gly156Asp)变异经PolyPhen-2、Mutation Taster、SIFT及PROVEAN预测软件预测为可能有害变异,同时经PubMed Protein BLAST分析ARSA第156位Gly在各种属间均高度保守,该氨基酸改变可导致编码的ARSA功能发生障碍;c.960G>A(p. Trp320*)变异经Ucsf chimera软件进行蛋白3D结构建模分析发现,该变异可导致编码蛋白空间结构严重变形,原有功能丧失。 结论:ARSA基因c.467G>A(p. Gly156Asp)和c.960G>A(p. Trp320*)复合杂合变异可能为该患儿罹患MLD的致病原因,基因变异检测结果可以为家系的遗传咨询和产前诊断提供依据。
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编辑人员丨1天前
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NOTCH3基因c.697T>A突变所致CADASIL:一个中国家系报道
编辑人员丨1天前
目的:报道1个伴皮质下梗死和白质脑病的常染色体显性遗传性脑动脉病(cerebral autosomal dominant arteriopathy with subcortical infarcts and leukoencephalopathy, CADASIL)中国家系患者的临床特征、影像学表现及基因突变特点。方法:总结1个经基因测序证实的CADASIL家系的临床表现及影像学特征;对先证者进行 NOTCH3基因测序,并对该位点进行突变基因编码蛋白结构预测。 结果:该家系患者主要表现为反复腔隙性梗死和高血压,而不伴有头痛和焦虑或抑郁等情感障碍。先证者颅脑MRI显示多发腔隙性梗死及广泛脑白质变性。磁敏感加权成像示颅内多发性小出血灶。 NOTCH3基因分析显示先证者存在c.697T>A突变,对该突变位点编码蛋白进行3D结构预测显示,该位点可导致蛋白结构中第233位半胱氨酸变为丝氨酸。 结论:该CADASIL家系患者存在 NOTCH3基因c.697T>A突变,该突变可导致野生型Notch3蛋白结构中氨基酸改变,可能因破坏二硫键导致其周围区域β折叠结构形成增加,从而改变蛋白质的结构和功能而致病。
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编辑人员丨1天前
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遗传性球形红细胞增多症患儿16例的 SPTB基因变异特征分析
编辑人员丨1天前
目的:分析16例 SPTB基因变异所致遗传性球形红细胞增多症(HS)患儿的临床特征和变异谱,探讨变异类型与HS临床表型的相关性。 方法:选择2018年11月至2022年7月就诊于首都儿科研究所附属儿童医院血液科门诊的HS患儿为研究对象。收集患儿的临床资料,采用全外显子组测序对患儿进行检测,对候选变异进行Sanger测序家系验证,同时进行生物信息学分析和蛋白三维结构预测。采用 χ2检验比较具有不同蛋白质功能结构域的 SPTB基因变异位点的患儿的临床表型差异。 结果:16例HS患儿的男、女比例为6:10,中位发病年龄为7岁10个月,主要临床表现为贫血、黄疸、网状红细胞增多,其中轻、中、重度贫血占比分别为56.25%(9/16)、31.25%(5/16)、12.50%(2/16)。基因检测结果显示,16例HS患儿均携带 SPTB基因变异,其中10种变异既往未见报道,7例患儿的变异为新发。生物信息学分析显示,16例HS患儿中 SPTB基因功能丧失型变异(LOF)占93.75%(15/16),错义变异占6.25%(1/16);变异位点分别位于收缩蛋白部分重复结构域(68.75%,11/16)、肌动蛋白结合域CH1(25.00%,4/16)和二聚化结构域(6.25%,1/16)。 χ2检验显示,变异位点位于不同功能结构域的患儿的贫血程度差异无统计学意义( χ2 = 3.345, P>0.05)。蛋白三维结构预测结果显示,c.253G>A(p.G85R)错义变异可能影响蛋白质的正确折叠和二聚化的氢键网络,导致蛋白结构的异常;其余15种LOF变异可产生相应的截短蛋白,影响收缩蛋白的功能。根据美国医学遗传学与基因组学学会相关指南,上述变异均被评判为致病或可能致病。 结论:16例携带 SPTB基因变异的HS患儿中轻中度贫血占比较高,变异类型以LOF为主,不同功能结构域的变异并不影响HS患儿的临床表现。本研究丰富了 SPTB基因的致病变异谱和临床表型谱。
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编辑人员丨1天前
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ABCA4基因新突变导致的Stargardt病一家系的临床特征与遗传学分析
编辑人员丨1天前
目的:对1个Stargardt病家系进行临床特征与遗传学分析,并探讨三磷酸腺苷结合盒家族亚科A成员4(ABCA4)基因突变在Stargardt病中的致病性。方法:先证者因视力下降于2021年5月就诊于济南市第二人民医院,对先证者及家系成员进行详细的眼科检查,根据Stargardt病临床诊断标准评估确诊先证者为Stargardt病。提取先证者及家系其他成员基因组DNA,对先证者DNA进行全外显子测序寻找致病的突变基因。通过PolyPhen-2、SIFT、MutationTaster等网站分析突变位点危害性,利用Sanger测序验证并确认致病突变,进行同源物种保守性分析及三维蛋白结构功能预测以分析其致病性。结果:眼科检查表明先证者双眼视力下降、黄斑萎缩并伴有“牛眼征”,其他家系成员均正常。通过先证者的全外显子测序分析和家系成员及正常对照的Sanger测序验证,ABCA4基因的复合杂合突变(c.215G>A和c.6563T>C)与该家系患者表型共分离。SIFT、PolyPhen-2和MutationTaster网站预测这2个突变均有害,保守性分析和三维蛋白结构模型预测表明该突变导致蛋白的结构发生改变,影响蛋白质功能。结论:ABCA4基因的复合杂合突变(c.215G>A和c.6563T>C)为该Stargardt病家系携带的致病突变。
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编辑人员丨1天前
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A307亚型的血清学特征和分子机制研究
编辑人员丨1天前
目的:探讨A307亚型的血清学特征和分子机制。方法:采用标准血型血清学方法鉴定先证者及其家系成员ABO血型,应用聚合酶链反应-序列特异性引物检测ABO血型、 ABO基因第1到第7外显子直接测序分析及构建3D分子模型,就变异对α-1,3-N-乙酰半乳糖胺基转移酶(α-1,3-N-Acetylgalactosaminyltransferase,GTA)稳定性改变ΔΔG的影响进行预测。 结果:先证者及其弟弟、女儿血清学表现为Aend表型, ABO基因型均为A307/O02。 ABO基因第7外显子c.467C>T和c.745C>T变异,导致GTA的氨基酸发生p.P156L和p.R249W氨基酸替换。分子建模与分析提示p.R249W变异改变了蛋白局部氨基酸间的氢键数目,从而改变氨基酸间的作用力,而热动力学改变ΔΔG值降低表明蛋白质稳定性下降。 结论:该例A307亚型表现出Aend亚型的血清学特征,p.R249W变异可能降低GTA结构稳定性导致A307亚型的形成。
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编辑人员丨1天前
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Ⅲ型纤维连接蛋白结构域蛋白3B在胰腺癌组织的表达及其临床意义
编辑人员丨1天前
目的:探讨Ⅲ型纤维连接蛋白结构域蛋白3B(FNDC3B)在胰腺癌中的表达差异与临床病理特征和预后的关系,并探讨其可能发生相互作用的蛋白网络及其在胰腺癌发生发展中调控的可能信号通路。方法:采用蛋白质印迹法(Western blot)检测FNDC3B在胰腺癌组织及癌旁组织中的蛋白表达差异,用GEPIA分析FNDC3B在胰腺癌组织及正常胰腺组织中的mRNA表达差异。在癌症基因组图谱(TCGA)数据库获取胰腺癌病例资料,利用SPSS 25.0分析FNDC3B表达差异与胰腺癌患者临床病理特征和预后的关系。采用Kaplan-Meier法绘制胰腺癌患者生存曲线。STRING数据库分析与FNDC3B相互作用的蛋白网络。基因集富集分析(GSEA)预测FNDC3B在胰腺癌中调控的可能信号通路。计数资料比较采用 χ2检验,单因素及多因素分析采用COX回归分析,组间比较采用 t检验。 结果:Western blot检测结果显示FNDC3B在胰腺癌组织中的蛋白表达量高于癌旁组织(1.038±0.103比0.341±0.027, t=22.807, P<0.01)。GEPIA数据库分析结果显示FNDC3B在胰腺癌组织中的mRNA表达量高于正常胰腺组织( P均<0.05)。FNDC3B基因表达水平与胰腺癌患者的年龄( χ2=12.115, P<0.01)、病理分级( χ2=11.490, P<0.01)和N分期( χ2=3.962, P<0.05)密切相关,与性别、病理分期、T分期、M分期无明显相关( P均>0.05)。单因素Cox分析结果显示N分期[风险比( HR)=2.001,95%可信区间( CI)=1.193~3.354, P<0.01]和FNDC3B mRNA表达水平( HR=1.595,95% CI=1.051~2.421, P<0.05)对胰腺癌患者的预后存在显著影响。多因素Cox分析结果显示FNDC3B mRNA表达水平( HR=1.565,95% CI=1.011~2.423, P<0.05)是胰腺癌患者预后的独立危险因素。FNDC3B高表达组胰腺癌患者的生存时间显著低于FNDC3B低表达组患者( χ2=4.898, P<0.05,中位生存时间为592 d比634 d)。STRING数据库分析结果表明,与FNDC3B相互作用蛋白有FAM46A(分值=0.687)、ZNF469(分值=0.672)、B3GNT7(分值=0.647)等。GSEA研究结果显示,FNDC3B mRNA高表达样本富集到TGF-β、WNT、NOTCH、JAK-STAT、mTOR等信号通路相关基因集( P均<0.05)。当FNDC3B基因表达上调时,上述通路被激活。 结论:FNDC3B在胰腺癌中高表达,且与胰腺癌不良预后密切相关,可能通过调节FAM46A等相互作用蛋白及激活TGF-β等信号通路在胰腺癌发生发展中发挥促癌作用。
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编辑人员丨1天前
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儿童Leigh综合征的临床分析及 PDHA1基因变异功能初步研究
编辑人员丨1天前
目的:回顾性分析儿童Leigh综合征(Leigh syndrome,LS)的临床及分子遗传学特点。方法:收集2012年9月至2021年5月于福建省立医院儿科确诊为LS的9例患儿的临床资料及基因检测等结果进行分析和总结;同时利用计算机软件预测基因 PDHA1(c.124G>A)变异型蛋白的三维结构,对比野生型和变异型结构,评估 PDHA1基因变异对蛋白质结构的影响。 结果:9例LS患儿男5例,女4例,中位起病年龄10个月;主要表现为精神运动发育迟缓或倒退、癫痫发作、喂养困难、营养不良、呼吸异常、听力异常等;颅脑MRI提示病变仅累及脑干4例,其中2例病变进展并累及基底节或丘脑;基底节和小脑同时受累2例,1例同时累及脑干、大脑皮层及乳头体;脑萎缩和脑积水各1例。核基因变异2例,线粒体基因变异7例;与野生型PDHA1蛋白结构对比,变异型PDHA1蛋白侧链结构发生变化。结论:LS具有显著的临床和遗传异质性;本文报道了LS可导致乳头体病变;报道2例核DNA(nDNA)变异,分别是 SDHA基因复合杂合变异(c. 393C>G;c. 448G>A)和 PDHA1基因变异(c. 124G>A);对 PDHA1基因变异进行蛋白结构功能预测,发现此变异导致蛋白质侧链发生变化。
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编辑人员丨1天前
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一个家族性高胆固醇血症样表型相关LIPC突变位点的鉴定与三维结构分析
编辑人员丨1天前
目的:对一个家族性高胆固醇血症样表型(FHLP)家系的易感基因突变位点进行鉴定,并分析蛋白三维结构。方法:该研究为病例系列研究。病例来源于北京安贞医院2019年4月4日门诊收治的一疑似家族性高胆固醇血症家系。通过全外显子测序,对先证者进行易感基因突变位点筛查,采用聚合酶链式反应对先证者亲属进行突变位点验证。通过Discovery Studio 4.0和PyMoL 2.0软件对突变前后蛋白的结构与功能进行分析和预测。结果:该家系患者表现为以总胆固醇(TC)升高为主要特征的血脂异常。易感基因筛查结果显示先证者及其父亲和弟弟在突变脂肪酶C(LIPC)基因的第8外显子存在一个杂合单核苷酸多态性位点LIPC:c.1330C>T,导致LIPC蛋白序列第444位的精氨酸(Arg)被半胱氨酸(Cys)替代(Arg444Cys)。该家系中携带该突变的成员表现为TC升高,而未携带该突变的先证者母亲血脂正常,提示LIPC:c.1330C>T可能是易感基因突变位点。蛋白质功能预测提示该突变主要影响其配体结合功能,对催化功能影响有限。结论:LIPC:c.1330C>T是新的FHLP易感基因突变位点。
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编辑人员丨1天前
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MiR-155在砷致肝损伤大鼠Th17/Treg稳态失衡中的作用及机制研究
编辑人员丨1天前
目的:探讨微小RNA(miRNA,miR)-155在砷致肝损伤大鼠辅助性T细胞17(Th17)/调节性T细胞(Treg)稳态失衡中的作用。方法:选取32只健康清洁级Wistar大鼠(体质量为80 ~ 100 g),采用随机数字表法分为对照和低、中、高砷剂量组,每组8只,雌雄各半。对照组给予去离子水灌胃,低、中、高砷剂量组按体质量分别给予2.5、5.0、10.0 mg/kg亚砷酸钠溶液灌胃,每周灌胃6 d,持续饲养4个月。实验终期采集大鼠外周血及肝组织样本,采用流式细胞术检测大鼠外周血淋巴细胞中Th17及Treg亚群比例,酶联免疫吸附测定法(ELISA)检测血浆中Th17、Treg主要效应因子白细胞介素(IL)-17、IL-10含量;实时荧光定量PCR检测血浆miR-155水平及肝组织细胞因子信号转导抑制蛋白1(SOCS1)、Janus激酶3(JAK3)、信号转导和转录激活因子5(STAT5)mRNA表达水平;蛋白质印迹法检测肝组织SOCS1、JAK3、STAT5、磷酸化(p)-JAK3、p-STAT5蛋白表达水平;并采用Pearson相关性分析进行各指标间的关联性分析。同时,利用miRNA靶基因在线预测数据库(TargetScan、miRanda及miRBase)分析miR-155与SOCS1 mRNA靶向结合情况,并进一步利用STRING数据库进行通路蛋白互作网络分析。结果:(1)对照,低、中、高砷剂量组大鼠外周血Th17/Treg比值(中位数:0.12、0.15、0.18、0.24),IL-17/IL-10比值(中位数:0.20、0.28、0.35、0.37)及miR-155水平(中位数:1.03、1.60、2.07、3.34)比较,差异均有统计学意义( H = 9.65、17.15、17.30, P = 0.022、0.001、0.001);且中、高砷剂量组各指标水平均高于对照组,高砷剂量组各指标水平均高于低砷剂量组(均 P < 0.05)。(2)与对照组比较,中、高砷剂量组大鼠肝组织SOCS1 mRNA及蛋白表达水平均较低,而中、高砷剂量组JAK3、STAT5 mRNA表达水平及高砷剂量组JAK3、p-JAK3、STAT5、p-STAT5蛋白表达水平均较高(均 P < 0.05)。(3)关联性分析发现,大鼠外周血miR-155水平与外周血Th17/Treg、IL-17/IL-10比值均呈正相关( r = 0.42、0.56, P = 0.016、0.001);与肝组织SOCS1 mRNA、蛋白表达水平均呈负相关( r = - 0.38、- 0.41, P = 0.032、0.018),而与肝组织JAK3、p-JAK3、STAT5、p-STAT5蛋白表达水平均呈正相关( r = 0.39、0.37、0.50、0.47, P = 0.028、0.039、0.004、0.007)。(4)miRNA靶基因在线预测数据库分析结果显示,miR-155与SOCS1 mRNA的3′非编码区存在碱基互补配对序列。STRING数据库分析结果显示,SOCS1可通过JAK3-STAT5通路作用于Treg特异转录因子FOXP3,其主要作用部位为Src同源2结构域。 结论:异常表达的miR-155通过靶向SOCS1调控JAK3-STAT5通路,进而参与砷暴露致肝损伤大鼠Th17/Treg稳态失衡。
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编辑人员丨1天前
