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基于加权基因共表达网络分析筛选儿童神经母细胞瘤中MYCN扩增相关基因
编辑人员丨6天前
目的:通过生物信息学分析探究儿童神经母细胞瘤中与MYCN(N-myc)基因相关的共表达基因。方法:下载TARGET数据库神经母细胞瘤表达数据共179例,WGCNA分析筛选MYCN扩增共表达基因模块;针对目标基因模块个基因行GO、KEGG富集分析筛选MYCN扩增相关基因可能参与生物过程及信号通路;以MYCN扩增状态将神经母细胞瘤表达数据分为扩增组65例、非扩增组114例,行差异表达基因分析;筛选的差异表达基因同MYCN扩增相关基因取交集后运用K-M法行生存分析(log-rank检验),筛选预后相关基因,Logistics回归探究MYCN扩增状态同预后基因的关系。结果:WGCNA分析提示MEgreenyellow模块同MYCN基因扩增状态相关性最强( R=0.46, P<0.05),为共表达基因,包含基因1 216个,富集分析提示MYCN扩增共表达基因多参与RNA相关通路(RNA的转运、剪切、修饰,RNA相关酶的活性等过程);差异表达基因分析显示,MYCN扩增组相较于非扩增组,基因表达上调47个,表达下调123个;WGCNA分析同差异表达基因取交集筛选出22个关键基因,行生存分析显示同预后相关的基因( P<0.05)有12个,其中DDX1与其他关键基因相关性相对较弱,或为神经母细胞瘤独立预后因素。 结论:LINC00839、ATP结合盒亚家族C4(ABCC4)、亚甲基四氢叶酸脱氢酶(NADP +依赖)2(MTHFD2)、磷酸甘油酸脱氢酶(PHGDH)、序列相似性家族13 A(FAM11A)、磷酸丝氨酸转氨酶1 (PSAT1)、假尿苷酸合酶7(PUS7)、DEAD-box解旋酶1(DDX1)、溶质载体有机阴离子转运蛋白家族5A1(SLCO5A1)、Junctophilin 1(JPH1)、溶质载体家族16 1(SLC16A1)、MYCN Opposite Strand(MYCNOS)为神经母细胞瘤中MYCN扩增的共表达基因,与较差的预后相关,是神经母细胞瘤潜在的治疗靶点及预后指标。
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编辑人员丨6天前
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分子影像技术在多药耐药监测中的研究进展
编辑人员丨6天前
肿瘤的多药耐药(MDR)是导致癌症复发和转移的重要因素。ATP结合盒转运蛋白(ABC转运蛋白)在人体广泛存在,并且ABC转运蛋白的过度表达是导致肿瘤细胞产生MDR的主要原因之一。利用分子影像技术对MDR肿瘤进行早期监测,有利于临床医师制定有效的治疗方案,并在一定程度上能改善肿瘤患者的预后。笔者就分子影像技术在监测MDR方面的研究进展进行简要综述。
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编辑人员丨6天前
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微小RNA-203对食管癌化疗敏感性的影响及其机制
编辑人员丨6天前
目的:探讨微小RNA(miR)-203对食管癌化疗敏感性的影响及其机制。方法:采用荧光定量聚合酶链反应(PCR)分析顺铂(DDP)耐药食管癌细胞株TE-8/DDP和亲本细胞株TE-8细胞中miR-203表达水平。将TE-8/DDP细胞株分为对照组和miR-203组,采用慢病毒感染建立对照和miR-203过表达细胞系。细胞计数试剂盒(CCK-8)分析对照组和miR-203组细胞对DDP的敏感性;流式细胞术分析两组细胞凋亡水平;生物信息学和双荧光素酶实验分析miR-203靶基因。蛋白质免疫印迹分析miR-203靶蛋白表达水平。计量资料比较采用 t检验。 结果:亲本细胞株TE-8细胞miR-203表达水平(1.31±0.15)明显高于DDP耐药食管癌细胞株TE-8/DDP中miR-203表达水平(0.53±0.18),差异有统计学意义( t=4.801, P<0.05)。对照组细胞经50 μg/ml和100 μg/ml DDP处理36 h后细胞吸光度值(1.98±0.13、1.43±0.12)明显高于miR-203组细胞吸光度值(1.58±0.11、1.11±0.12),差异有统计学意义( t=3.781、3.017, P<0.05)。对照组细胞经50 μg/ml和100 μg/ml DDP处理36 h后细胞凋亡率[(30.54±5.81)%、(51.45±6.29)%]明显低于miR-203组细胞吸光度值[(49.29±5.00)%、(78.27±8.81)%],差异有统计学意义( t=3.781、3.017, P<0.05)。100 mg/kg DDP治疗20 d后,对照组细胞形成肿瘤体积[(498.35±43.10) mm 3]明显大于miR-203组细胞体内肿瘤体积[(309.44±27.87) mm 3],差异有统计学意义( t=5.091, P<0.05)。对照组细胞形成肿瘤质量[(8.91±1.29) g]明显高于miR-203组细胞体内肿瘤质量[(4.73±1.01) g],差异有统计学意义( t=3.182, P<0.05)。生物信息学和双荧光素酶结果显示三磷酸腺苷结合盒转运子E1(ABCE1)是miR-203的靶基因。对照组细胞ABCE1表达水平(0.89±0.09)明显高于miR-203组细胞ABCE1表达水平(0.25±0.07),差异有统计学意义( t=4.761, P<0.05)。对照组细胞半胱氨酰天冬氨酸特异性蛋白酶(Caspase)-3表达水平(0.38±0.09)明显高于miR-203组细胞Caspase-3表达水平(1.21±0.13),差异有统计学意义( t=6.281, P<0.05)。 结论:miR-203通过靶向ABCE1蛋白调控食管癌对顺铂的耐药性。
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编辑人员丨6天前
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20个X连锁肾上腺脑白质营养不良家系的产前诊断
编辑人员丨6天前
目的:总结X连锁肾上腺脑白质营养不良(X-linked adrenoleukodystrophy, X-ALD)家系的基因变异及产前诊断特点,探讨产前诊断在预防X-ALD患儿出生中的应用价值。方法:回顾性纳入2012年11月至2019年3月在北京大学第一医院就诊的20个X-ALD家系。取先证者、家系成员的外周血标本及母亲再孕胎儿的羊水或绒毛标本,提取基因组DNA,应用聚合酶链反应-Sanger测序检测致病基因 ABCD1(ATP-binding cassette subfamily D member 1)的变异情况。同时选取 ABCD1基因附近的5个短串联重复序列位点进行连锁分析,以排除母源DNA污染。采用描述性统计分析总结X-ALD家系的基因变异及产前诊断特点。 结果:在20个X-ALD家系中,发现了20种 ABCD1基因变异。3例二代测序未检出 ABCD1基因变异的先证者均通过聚合酶链反应-Sanger测序检出变异。20例先证者的母亲中3例未发现携带变异,17例携带变异。20例母亲的24例次产前诊断(胎儿24例)中8例胎儿检出 ABCD1基因变异(引产终止妊娠),16例胎儿未检测到变异,均活产分娩。引产或者生后子代验证结果与产前诊断一致。 结论:致病基因 ABCD1无热点变异,变异大部分遗传自母亲,聚合酶链反应-Sanger测序是检测该基因变异的有效手段;对生育过X-ALD患者的母亲再孕时进行产前诊断,可以有效地预防患儿出生。
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编辑人员丨6天前
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ATP结合盒转运子E1在胶质瘤组织的表达及其与细胞增殖、凋亡和转移关系
编辑人员丨6天前
目的:探讨ATP结合盒转运子E1(ABCE1)在胶质瘤组织的表达及其与细胞增殖、周期和转移的关系。方法:选取安阳市人民医院和河南省肿瘤医院2018年12月到2020年12月手术收集的71例神经胶质瘤和癌旁组织作为研究对象,采用蛋白质免疫印迹(Western blot)分析ABCE1蛋白表达水平。将神经胶质瘤细胞U251分为对照组和ABCE1 KD组,分别采用对照短发卡RNA(shRNA)和ABCE1 shRNA慢病毒感染建立稳定细胞系,采用细胞计数试剂盒(CCK-8)和克隆形成实验分析两组细胞增殖;采用流式细胞术分析两组细胞凋亡变化;采用划痕实验和Transwell分析两组细胞迁移能力;采用Western blot分析两组细胞凋亡和迁移相关蛋白表达水平。计量数据比较采用 t检验。 结果:癌旁组织ABCE1蛋白表达水平(0.87±0.12)明显低于神经胶质瘤组织(2.09±0.22),差异有统计学意义( t=3.109, P<0.05)。对照组细胞吸光度值(1.88±0.22)明显高于ABCE1 KD组(1.30±0.18),差异有统计学意义( t=2.019, P<0.05)。克隆形成实验结果显示,对照组细胞克隆形成率[(59.32±6.09)%]明显高于ABCE1 KD组[(30.12±4.99)%],差异有统计学意义( t=5.891, P<0.05)。对照组细胞凋亡率[(3.01±0.34)%]明显低于ABCE1 KD组[(19.43±3.09)%],差异有统计学意义( t=3.011, P<0.05)。对照组细胞迁移数量[(97.43±5.89)个]明显高于ABCE1 KD组[(57.91±4.32)个],差异有统计学意义( t=4.009, P<0.05)。对照组细胞半胱氨酰天冬氨酸特异性蛋白酶(Caspase)-3蛋白表达水平(1.38±0.31)明显低于ABCE1 KD组(2.01±0.23),差异有统计学意义( t=3.118, P<0.05)。对照组细胞黏着斑激酶(FAK)蛋白表达水平(1.19±0.15)明显高于ABCE1 KD组(0.55±0.19),差异有统计学意义( t=2.791, P<0.05)。 结论:ABCE1蛋白神经胶质瘤组织中表达水平显著增加,并参与胶质瘤细胞的增殖、凋亡和迁移等恶性细胞生物学过程。
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编辑人员丨6天前
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新型ABCB4基因突变所致的进行性家族性肝内胆汁淤积症3型的临床表型及基因型分析
编辑人员丨6天前
目的:探讨ATP结合盒转运蛋白B4(ABCB4)新型剪接变异的分子致病机制及临床特点。方法:回顾性总结首都医科大学附属北京儿童医院收治的1例胆汁淤积性肝病患儿的临床资料,采用全外显子组测序检测致病突变并进行Sanger测序验证,通过生物信息学预测突变位点的致病性,通过mRNA异常剪接的Minigene体外验证实验对可能致病突变进行体外功能验证,并随访患儿出院后的临床转归。结果:患儿 男,5岁,11月龄出现胆汁淤积,体格检查显示肝脾明显肿大,肝功能、腹部超声及肝脏病理等检查提示胆汁淤积性肝硬化。基因分析结果显示患儿为ABCB4基因致病性突变c.2860G>A和新发突变c.2065-8T>G的复合杂合子,突变分别来源于其父母,对c.2065-8T>G位点进行保守性预测,显示该区域高度保守并可能影响剪接。Minigene实验结果证实c.2065-8T>G突变导致内含子16滞留7 bp序列在成熟的mRNA中,在未发生无义介导的mRNA降解的情况下,氨基酸移码形成截短蛋白(p.Glu689ValfsTer19),最终确诊为进行性家族性肝内胆汁淤积症3型(PFIC3),予熊去氧胆酸(UDCA)等药物治疗,在18个月的随访期内,患儿的临床症状有所改善。结论:ABCB4基因c.2065-8T>G位点被证实影响剪接过程,与c.2860G>A构成复合杂合子,确定为PFIC3的致病原因,携带此突变的PFIC3患儿以胆汁淤积性肝病为主要表现,疾病进展相对缓慢,对UDCA治疗敏感。
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编辑人员丨6天前
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肿瘤干细胞治疗抵抗机制及治疗策略的研究进展
编辑人员丨6天前
肿瘤干细胞是肿瘤内具有自我更新、分化和成瘤潜能的一类细胞,目前认为肿瘤干细胞对化疗和放疗抵抗是导致肿瘤复发和转移的重要原因之一。研究发现一些信号通路中相关因子使肿瘤干细胞适应微环境的变化,包括炎症因子、缺氧、低pH值、营养物质匮乏等。近年来对肿瘤干细胞治疗抵抗相关的机制研究主要包括ATP结合盒转运蛋白介导的药物外排、乙醛脱氢酶1(ALDH1)活性对肿瘤干细胞的影响、DNA损伤修复的增强及活性氧的降解、自噬作用、激活发育相关通路、微环境的刺激和上皮-间质转化(EMT)等。靶向肿瘤干细胞的治疗策略包括针对肿瘤干细胞信号通路抑制剂,靶向多药耐药、DNA损伤修复和ALDH,靶向肿瘤微环境,免疫疗法等。主要对肿瘤干细胞治疗抵抗机制及治疗策略的研究进展进行综述。
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编辑人员丨6天前
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ABCA4基因新突变导致的Stargardt病一家系的临床特征与遗传学分析
编辑人员丨6天前
目的:对1个Stargardt病家系进行临床特征与遗传学分析,并探讨三磷酸腺苷结合盒家族亚科A成员4(ABCA4)基因突变在Stargardt病中的致病性。方法:先证者因视力下降于2021年5月就诊于济南市第二人民医院,对先证者及家系成员进行详细的眼科检查,根据Stargardt病临床诊断标准评估确诊先证者为Stargardt病。提取先证者及家系其他成员基因组DNA,对先证者DNA进行全外显子测序寻找致病的突变基因。通过PolyPhen-2、SIFT、MutationTaster等网站分析突变位点危害性,利用Sanger测序验证并确认致病突变,进行同源物种保守性分析及三维蛋白结构功能预测以分析其致病性。结果:眼科检查表明先证者双眼视力下降、黄斑萎缩并伴有“牛眼征”,其他家系成员均正常。通过先证者的全外显子测序分析和家系成员及正常对照的Sanger测序验证,ABCA4基因的复合杂合突变(c.215G>A和c.6563T>C)与该家系患者表型共分离。SIFT、PolyPhen-2和MutationTaster网站预测这2个突变均有害,保守性分析和三维蛋白结构模型预测表明该突变导致蛋白的结构发生改变,影响蛋白质功能。结论:ABCA4基因的复合杂合突变(c.215G>A和c.6563T>C)为该Stargardt病家系携带的致病突变。
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编辑人员丨6天前
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老年人间质性肺疾病三磷酸腺苷结合盒转运子A3基因变异筛查
编辑人员丨6天前
目的:筛查老年间质性肺疾病(ILDs)患者中三磷酸腺苷结合盒转运子A3(ABCA3)基因突变情况,分析老年ILDs患者的临床特征。方法:回顾性研究,对2015年9月至2018年12月在中南大学湘雅二医院呼吸与危重症医学科诊断为ILDs的老年患者(≥60岁)进行影像学分析筛选后,对其中愿意提供外周血标本且签署知情同意书的103例患者进行外周血DNA提取,进行全外显子测序,筛查ABCA3基因的突变情况,并对患者的临床资料进行总结归纳。结果:在6例患者中鉴定到ABCA3基因的7个罕见变异,这6例患者平均年龄为67岁(60~72岁),性别分布相当,吸烟者占33.3%(2/6),其肺功能主要表现为弥散功能受损,最终诊断包括特发性肺纤维化(3/6)、非特异性间质性肺炎(1/6)和IgG4相关肺病(2/6)。同时,在其中1例患者中首次鉴定到导致特发性肺纤维化的ABCA3基因的复合杂合突变:p.Asp1465Asn、p.Leu39Val和p.Val93Ile3。结论:ABCA3变异相关老年人ILDs具有可变性,即发病年龄、临床表现、诊断、预后在不同患者表现不同。引发早发型ILDs的ABCA3突变多为纯合子或复合杂合子,且多为致病性更强的无义突变,而引起老年人ILDs的ABCA3突变多为杂合子错义突变,这可能是引起ABCA3变异相关的老年人ILDs可变性的原因。由于目前已知治疗方案对ABCA3变异导致的ILDs患者反应欠佳,早期遗传学诊断可能通过加强疾病认知等方面使患者获益。
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编辑人员丨6天前
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一个X-连锁肾上腺脑白质营养不良家系的临床特征及致病基因分析
编辑人员丨6天前
目的:对1例以肾上腺皮质功能减低症起病的X-连锁肾上腺脑白质营养不良(X-ALD)患儿及其家系的临床特征、ATP结合盒转运子超家族成员D1(ABCD1)基因突变进行分析。方法:纳入1个2代中有2例发病的汉族X-ALD家系,收集该患者家系成员的临床资料,并运用二代测序技术对先证者及其父母、弟弟行ABCD1基因测序分析。结果:2例发病患儿均为男性,先证者表现为原发性肾上腺皮质功能减退和神经系统功能异常,大脑白质广泛脱髓鞘改变,血极长链脂肪酸浓度明显升高。先证者弟弟2岁10个月时出现原发性肾上腺皮质功能减低症状,目前无神经系统症状。先证者及其弟弟基因测序结果均显示:ABCD1基因第7号外显子区域(Exon7)存在c.1666C>T杂合突变,经家系验证,该突变遗传自其母亲。结论:ABCDl基因c.1666C>T突变可导致肾上腺脑白质营养不良,原发性肾上腺皮质功能减退和神经系统异常为X-ALD典型临床表现。
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编辑人员丨6天前
