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突变体p53的翻译后修饰与"功能获得"
编辑人员丨6天前
p53是细胞内最重要的抑癌基因之一,超过50%的人类肿瘤存在以错义突变为主的p53基因变异,导致肿瘤细胞中突变体p53蛋白的产生和积累.除了丧失正常的生物学功能、并通过显性负效应抑制野生型p53的转录活性和肿瘤抑制能力,越来越多的研究表明,突变体p53的"功能获得(gain-of-function)"是其促进肿瘤进展和转移的重要途径.翻译后修饰是调节p53分子功能的关键方式,对野生型p53及不同类型突变体p53的调控表现出普遍性和特异性的双重特征,是靶向突变体p53进而逆转肿瘤的新兴潜在靶点.本文以突变体p53的翻译后修饰为切入点,对突变体p53通过"功能获得"参与肿瘤发生发展的过程、翻译后修饰对突变体p53的调控机制,以及靶向突变体p53及其翻译后修饰在肿瘤治疗中的应用做一综述.此外,我们还讨论了突变体p53在肿瘤生物学研究中尚未解决的问题,并对未来的研究方向进行了展望.本综述旨在系统概括翻译后修饰对突变体p53"功能获得"的调控和在肿瘤发生发展中的意义,为开发基于靶向突变体p53翻译后修饰的肿瘤干预策略提供依据.
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编辑人员丨6天前
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紫苏AP2基因家族PfWRI1促进植物种子油脂积累
编辑人员丨6天前
AP2转录因子属于AP2/ERF超家族,参与调节植物生长发育的各种生物学过程,以及对生物和非生物胁迫的响应.然而,关于紫苏(Perilla frutescens)AP2转录因子家族的研究未见报道.在本研究中,从紫苏基因组中鉴定到18个AP2家族成员,使用生物信息学方法分析了基因结构、保守基序和顺式作用元件.WRINKLED 1(WRI1)是许多植物物种中脂质生物合成的关键调节因子,在油脂合成过程中发挥重要调控作用.通过序列比对发现其中1个成员与AtWRI1序列高度同源,含有2个保守的AP2结构域,命名为PfWRI1.结合转录物组数据分析了 PfAP2家族基因在紫苏不同组织和种子发育不同阶段的表达水平,结果表明,PfWRI1仅在紫苏种子中高表达,暗示Pf-WRI1 可能与种子的发育过程有关.进而构建植物过表达载体pCAMBIA1303-PfWRI1,通过农杆菌侵染技术转化野生型(Col)以及突变体(wri1-1)拟南芥,分别获得过表达和回补株系.结果表明,相比于Col,PfWRI1的表达导致拟南芥种子含油率提高了 8.90%~13.57%,并促进转基因拟南芥种子中油酸(C18:1)和亚油酸(18:2)的积累,减少棕榈酸(C16:0)、花生酸(C20:0)和花生一烯酸(C20:1)的积累.此外,外源PfWRI1基因的表达增加了糖酵解和脂肪酸生物合成相关基因At-PKP-α、AtPKP-β1、AtBCCP2、AtSUS2和AtLIP1的表达.综上所述,PfWRI1可能通过与上述基因互作,增加不饱和脂肪酸含量来促进油脂积累.
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编辑人员丨6天前
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卵巢癌结构域蛋白酶-1基因拮抗IFN-α抗病毒效应研究
编辑人员丨6天前
目的:研究卵巢癌结构域蛋白酶-1(ovarian tumor domain-containing protease-1, OTUD1)基因对Ⅰ型干扰素信号通路的影响以及对IFN-α抗病毒效应的影响。方法:双荧光素酶报告试验检测OTUD1基因对IFN-α诱导的干扰素刺激应答元件(interferon-stimulated response elements,ISRE)启动子转录活性的影响;实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qPCR)检测OTUD1对IFN-α诱导的干扰素刺激基因(interferon-stimulated genes, ISGs)表达水平的影响;Western blot检测OTUD1对干扰素信号通路关键分子表达的调控作用,qPCR和ELISA检测其对IFN-α抑制乙型肝炎病毒复制的影响。结果:在HEK293T和Huh7.0细胞中,OTUD1下调了干扰素信号通路下游的ISRE启动子转录活性以及ISG15和ISG56等抗病毒基因的表达。在HEK293T细胞中,OTUD1降低了磷酸化蛋白质酪氨酸激酶(phospho-Jak1,p-JAK1)的蛋白质表达水平,但是OTUD1酶活突变体C320S不能调控ISGs和p-JAK1的表达。在Huh7.0细胞中,OTUD1降低了IFN-α抑制乙型肝炎病毒复制的效应。结论:OTUD1通过其泛素化酶活性下调p-JAK1的蛋白质表达水平,抑制干扰素JAK-STAT信号通路及ISGs表达。OTUD1拮抗IFN-α抑制病毒复制的效应可能与干扰素诱导的JAK-STAT信号通路有关。
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编辑人员丨6天前
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RNA结合基序蛋白10突变体(N392S)的鉴定及其功能研究
编辑人员丨6天前
目的:RNA结合基序蛋白10(RBM10)突变体(N392S)的鉴定及探究其对肺腺癌细胞功能的影响。方法:收集天津医科大学肿瘤医院生物样本库108例肺腺癌(LUAD)组织样本,进行RBM10外显子的sanger测序。将野生型RBM10及RBM10突变体(N392S)通过慢病毒感染的方法分别转入肺癌细胞,转入空载体的细胞作为对照。采用细胞增殖实验(MTT)、平板克隆实验、划痕实验和侵袭实验分析RBM10突变体对肺癌细胞增殖和迁移能力的影响,通过实时荧光定量聚合酶链反应(qPCR)检测含有和不含第9外显子的NUMB转录本核糖核酸(RNA)水平的变化分析RBM10突变体对NUMB第9外显子的剪切调控作用。组间数据比较采用 t检验。 结果:在LUAD组织样本中检测到一种新的RBM10错义突变(N392S);与空载体对照细胞比较,表达野生型RBM10的A549-RBM10-Wild和H358-RBM10-Wild细胞增殖明显变慢(1.28±0.01比1.43±0.03, t=7.866, P<0.01;1.27±0.03比1.70±0.05, t=11.840, P<0.01),而表达突变体RBM10(N392S)的A549-RBM10-Mut和H358-RBM10-Mut细胞增殖能力高于表达野生型RBM10细胞系(1.49±0.13比1.28±0.01, t=2.851, P<0.05;1.62±0.10比1.27±0.03, t=5.823, P<0.01);在平板克隆实验中,表达RBM10突变体的A549和H358细胞克隆形成率高于表达野生型RBM10的A549和H358细胞克隆形成率(53.00±3.61比28.60±4.34, t=9.675, P<0.01;42.40±3.98比18.60±4.34, t=9.047, P<0.01);细胞划痕实验显示,野生型RBM10较对照组抑制肺腺癌细胞的迁移(56.28±13.49比100.00±10.27, t=4.465, P<0.01),而突变体较野生型则失去抑制细胞迁移的能力(138.94±20.18比56.28±13.49, t=5.898, P<0.01);Transwell实验证实,野生型RBM10较对照组抑制肺腺癌细胞的迁移(158.00±36.81比497.25±38.20, t=15.093, P<0.01),突变体较野生型RBM10失去抑制肺腺癌细胞迁移的能力(474.00±48.63比158.00±36.81, t=12.424, P<0.01);分析RBM10对NUMB第9外显子的剪切调控作用,随着野生型RBM10质粒浓度的递增,野生型RBM10促进NUMB第9外显子(NUMB-EXON 9)的跳读使得NUMB短剪接转录本水平的增加,而随着RBM10(N392S)质粒浓度的递增,NUMB短剪接转录本水平没有变化。 结论:RBM10突变体(N392S)丧失了野生型RBM10抑制LUAD细胞增殖与迁移的功能,并可能通过调控NUMB蛋白剪切影响LUAD细胞功能。
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编辑人员丨6天前
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H3 G34突变型弥漫性半球胶质瘤临床和病理学特征分析
编辑人员丨6天前
目的:探讨H3 G34突变型弥漫性半球胶质瘤(DHG-G34)的临床和病理学特征。方法:回顾性分析2016年1月至2020年1月首都医科大学附属北京天坛医院神经外科收治的6例DHG-G34患者的临床资料。6例患者术前均行头颅MRI增强扫描,其中4例行肿瘤切除术,另2例行立体定向活组织检查术。行肿瘤切除术的4例患者术后复查头颅MRI,判断肿瘤的切除程度。对所有患者行电话随访,询问患者术后治疗情况和生存状态。对肿瘤组织标本行HE染色、免疫组织化学染色及基因检测。结果:6例患者中位年龄为18岁(14~34岁),男性占优势(5/6);病变均位于大脑半球,呈单灶性(3/6)或多灶性(3/6);增强扫描显示无明显强化(2/6)或轻度不均匀强化(4/6)。行肿瘤切除术的4例患者术后复查头颅MRI,均为次全切除。5例(5/6)患者获得随访,中位随访时间为21个月(16~30个月);术后均同步行放、化疗。至末次随访,3例死亡,2例存活。HE染色的组织学诊断结果为,间变性星形细胞瘤3例(3/6),胶质母细胞瘤3例(3/6);其中表现单一高级别胶质瘤形态的4例(4/6),混有原始神经元成分的2例(2/6)。免疫组织化学染色结果显示,6例患者的肿瘤细胞均弥漫表达突变型H3 G34R、胶质纤维酸性蛋白(GFAP)、H3K27me3,过表达p53,均不表达少突胶质细胞转录因子2(Olig2)和α地中海贫血伴智力低下综合征X连锁(ATRX),而突触素(Syn)局灶性中等强度表达(2/6)。4例行肿瘤切除术的患者基因检查结果显示,均无异柠檬酸脱氢酶(IDH)1/2、端粒酶反转录酶启动子(TERT)C228T/C250T及BRAF-V600E基因突变,其中2例(2/4)存在O 6-甲基鸟嘌呤-DNA-甲基转移酶启动子(MGMT)甲基化。 结论:DHG-G34多见于大脑半球,可呈多灶性生长,MRI强化不明显;组织病理学具有异质性,但分子病理学改变一致;患者预后差。
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编辑人员丨6天前
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血小板衍生生长因子A不同转录变体对膀胱癌细胞增殖和侵袭的影响
编辑人员丨6天前
目的:探讨血小板衍生生长因子A(PDGFA)的不同转录变体PDGFA-L和PDGFA-S对膀胱癌细胞增殖和侵袭的影响。方法:通过生物信息学方法对肿瘤基因组图谱(TCGA)中的外显子测序数据进行分析,筛选出膀胱癌中PDGFA发生的异常选择性剪接事件。在膀胱癌细胞株(EJ和T24)中分别过表达PDGFA-L和PDGFA-S。设置组别为EJ和T24细胞株对照组和稳定过表达PDGFA实验组的EJ(EJ-PDGFA-L组和EJ-PDGFA-S组)和T24胞株(T24-PDGFA-L组和T24-PDGFA-S组)。通过细胞计数试剂盒(CCK-8)实验、平板克隆形成实验、Transwell实验观察PDGFA对膀胱癌增殖与迁移的影响。采用独立样本 t检验进行组间比较。 结果:通过生物信息学方法分析各肿瘤中PDGFA基因的外显子测序数据,可见PDGFA在多种癌症中发生异常选择性剪接,其中包括膀胱癌;与正常组织比较,肿瘤组织中PDGFA-L的表达高于PDGFA-S( P<0.05)。CCK-8结果显示,过表达PDGFA组细胞增殖能力明显高于对照组[EJ细胞株中PDGFA-L和PDGFA-S组吸光度值明显高于对照组(1.958±0.081比0.982±0.357, t=12.765, P<0.05)和(1.324±0.476比0.982±0.357, t=17.977, P<0.05);T24细胞株中PDGFA-L和PDGFA-S组吸光度值明显高于对照组(1.619±0.053比0.821±0.029, t=17.61, P<0.05)和(1.219±0.073比0.821±0.029, t=16.32, P<0.05)];集落形成实验结果显示,过表达PDGFA组细胞增殖能力明显高于对照组[EJ细胞株中PDGFA-L和PDGFA-S组集落数明显高于对照组(235.50±10.50比160.10±2.11, t=5.12, P<0.05)和(181.30±6.32比160.10±2.11, t=3.15, P<0.05);T24细胞株中PDGFA-L和PDGFA-S组集落数明显高于对照组(590.0±27.0比351.0±16.0, t=6.713, P<0.05)和(527.0±23.3比351.0±16.0, t=6.907, P<0.05)];Transwell实验结果显示,过表达PDGFA组细胞迁移能力明显高于对照组[EJ细胞株中PDGFA-L和PDGFA-S组迁移数明显高于对照组(635.0±15.0比125.0±7.5, t=17.32, P<0.05)和(611.0±19.0比125.0±7.5, t=18.55, P<0.05);T24细胞株中PDGFA-L和PDGFA-S组迁移数明显高于对照组(733±13比117±9, t=21.18, P<0.05)和(607±12比117±9, t=22.37, P<0.05)]。 结论:PDGFA能够促进膀胱癌细胞的增殖和侵袭,且全长转录本PDGFA-L有更强的促癌作用。
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编辑人员丨6天前
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应激性噬红细胞作用通过血红素介导的信号转导及转录激活因子1失调诱导脓毒症时的免疫抑制
编辑人员丨6天前
巨噬细胞是代谢血红素的主要效应细胞,当受损或衰老红细胞的处理需求增加时,肝脏中巨噬细胞数量会一过性地增加。巨噬细胞在抵御微生物威胁方面也很重要,但血红素过量的病理状态很可能导致免疫抑制的发生。在此,作者揭示了在感染肺炎克雷伯菌后,巨噬细胞需清除的衰老红细胞急剧增多,并最终转变为免疫抑制表型的机制,而免疫抑制表型巨噬细胞的存在,使得肺炎克雷伯菌感染特征呈现为肺外细菌增殖增加,小鼠患脓毒症后的存活率降低。该研究观察到感染缺乏铁载体功能的肺炎克雷伯菌突变体的小鼠与感染野生型菌株的小鼠对过量衰老红细胞的清理结果相似,主要表现为肺细菌负荷没有差异,因此认为肺炎克雷伯菌相关的免疫受损和细菌铁载体获取铁无关。然而,在肺炎克雷伯菌相关脓毒症中,对衰老红细胞的处理导致肝脏转录组组谱呈现出显著的信号转导及转录激活因子1(STAT1)抑制和干扰素相关反应。在感染时,巨噬细胞过度处理血红素致STAT1抑制,这一过程需要核因子E2相关因子1和2的协同激活,但无须血红素加氧酶1诱导。尽管该免疫受损与铁的获取无关,但血红素的卟啉部分足以介导抑制人和小鼠巨噬细胞中STAT1依赖的反应,并促进肺炎克雷伯菌在体内肝脏传播。因此,细胞血红素代谢障碍负向调节STAT1通路与严重感染有关。
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编辑人员丨6天前
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TRPV3基因突变导致表皮功能障碍和角质细胞异常分化的作用机制研究
编辑人员丨6天前
目的:运用生物信息学方法筛选与瞬时感受器电位香草素受体亚家族3(transient receptor potential vanillin 3, TRPV3)突变密切相关的一组基因和信号通路,探讨 TRPV3突变对局灶型掌跖角化症和Olmsted综合征表皮功能和角质细胞增殖分化的影响。 方法:对转染 TRPV3突变体的HEK293T细胞进行Sanger DNA测序。筛选与 TRPV3突变相关的差异基因,利用加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)筛选与样本特征相关性最大的模块,两者取交集后得到差异共表达基因,并进行富集和功能注释。基于STRING数据库构建蛋白质相互作用网络,利用多算法筛选出与 TRPV3突变相关的关键基因。 结果:用野生型或 TRPV3突变体转染HEK293T细胞24 h后,发现各细胞系的活细胞数减少,尤其是Gly573Cys、Gly573Ser和Trp692Gly。综合WGCNA和差异分析筛选得到共30个与 TRPV3突变相关的差异共表达基因,其中GO显示其主要富集在RNA聚合酶Ⅱ对转录的正调控和核酸模板转录的正调控等功能;京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路分析发现主要富集在丝裂原活化蛋白激酶信号通路、TRP通道的炎症介质调节、细胞衰老和鞘脂代谢等途径。将CytoHubba 4种算法的结果进行交叉,共鉴定出4个关键靶基因,包括 FOS、 EGR1、 ATF3、 EGR2。 结论:本研究发现 TRPV3突变抑制细胞活性,与Olmsted综合征和局灶型掌跖角化病等皮肤角化性疾病密切相关,并通过生物信息学方法筛选得到与 TRPV3突变相关的差异共表达基因,可为后续研究 TRPV3突变引起相关疾病的发病机制和治疗提供参考依据。
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编辑人员丨6天前
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人干扰素基因刺激因子(STING)基因沉默子的克隆鉴定及功能初探
编辑人员丨6天前
目的:构建人干扰素基因刺激因子(stimulator of interferon genes, STING)沉默子的荧光素酶报告质粒,在人胚肾细胞(HEK293T)和人类宫颈癌细胞(HeLa)中检测荧光素酶活性,生物信息学预测其可能结合的转录因子并通过实验验证。方法:通过PCR扩增人STING-5-1a(-124~+267,相对于转录起始位点,TSS: 0)和STING-5-2a(-124~+168)区域,亚克隆至pGL3-Basic质粒;将人STING沉默子区域STING-5-1b(+169~+267)正向反向亚克隆至pGL3-Control质粒(pGL3-C-5-1b-positive/negative),并把STING-5-1b分为两段互补片段,亚克隆至pGL3-Control载体上,命名为pGL3-C-STING-5-1b-α(+169~+209)/pGL3-C-STING-5-1b-β(+210~+267),双荧光素酶报告活性分析检测上述重组质粒在HEK293T和HeLa中的活性。应用生物信息学方法预测人STING沉默子的转录因子结合位点,将预测结合位点进行多点突变,检测荧光素酶活性。敲低转录因子,免疫印迹试验检测STING的表达水平。染色体免疫共沉淀反应进一步验证转录因子与人STING沉默子的结合。结果:核酸测序证实,上述重组质粒构建成功。截短STING-5-1b(+169~+267)片段后相对荧光素酶活性上升。同时,与pGL3-Control质粒相比,pGL3-C-5-1b-positive重组质粒的相对荧光素酶活性下降( P<0.05),其中,STING-5-1b-β(+210~+267)序列起主要抑制作用。应用生物信息学软件预测发现转录因子PR结构域锌指蛋白4(PRDM4)、Thanatos相关蛋白1(THAP1)、TEA域转录因子1(TEAD1)、核受体亚家族4 A组成员1(NR4A1)、类Krueppel因子4(KLF4)和叉头转录蛋白O3(FOXO3)可能与人STING沉默子区域(+210~+267)结合。对上述转录因子的结合位点进行多点突变构建突变体并转染至HEK293T和HeLa,发现THAP1-Mut和TEAD1-Mut的相对荧光素酶活性显著上升,提示STING沉默子可能含有THAP1和TEAD1的结合位点。将转录因子THAP1和TEAD1敲低后,STING的表达水平有显著上升。染色体免疫共沉淀试验表明,转录因子TEAD1和THAP1在细胞内与人STING沉默子区域结合。 结论:本实验成功构建了人STING沉默子荧光素酶报告质粒,通过活性比较,推测人STING的核心沉默子区位于+210~+267区域,通过生物信息学分析及点突变实验初步确定人STING沉默子可能含有的潜在转录因子结合位点。并使用免疫印迹试验和染色体免疫共沉淀进一步证实转录因子TEAD1和THAP1与人STING沉默子的结合,为后续研究提供实验资料。
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编辑人员丨6天前
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SF3B1、UBE2V2和SETD2的表达与老年骨质疏松性椎体骨折的相关性研究
编辑人员丨6天前
目的:探究剪切因子3B亚基1(subunit 1 of splicing factor 3b,SF3B1)、泛素结合酶E2变体2(ubiquitin conjugating enzyme E2 V2,UBE2V2)和组蛋白甲基转移酶(SET domain-containing protein 2,SETD2)的表达与老年骨质疏松性椎体骨折(osteoporotic vertebral fracture,OVF)的相关性。方法:收集2020年8月至2021年8月烟台市烟台山医院31例骨质疏松性椎体骨折(vertebral fracture,VF)(VF组)和16例骨质疏松非椎体骨折(non vertebral fracture,NVF)(NVF组)的老年患者(年龄>60岁)的外周血样本,提取RNA进行转录组测序筛选差异表达基因。通过基因本体论(gene ontology,GO)分析、蛋白相互作用(protein protein interaction,PPI)网络分析、ROC曲线分析筛选VF相关基因。采用qRT-PCR检测基因的表达水平。结果:相对于NVF组,VF中有822个差异表达基因,691个上调,131个下调。qRT-PCR结果显示,相对于NVF患者(1.55±0.33)(1.70±0.33)(1.64±0.33),VF患者外周血中SF3B1(1.83±0.23)( t=2.84, P=0.008)、UBE2V2(2.24±0.43)( t=3.91, P<0.001)的表达增强,SETD2(1.18±0.46)( t=3.25, P=0.003)表达降低。ROC曲线分析显示,SF3B1、UBE2V2和SETD2在VF中的AUC分别为0.803 4( P=0.007)、0.814 5( P=0.005)和0.786 3( P=0.001 4)。 结论:SF3B1、UBE2V2和SETD2与老年OVF高度相关,对OVF的诊断和预测具有重要价值。
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编辑人员丨6天前
