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晚期乳腺癌基因检测热点问题中国专家共识(2021版)
编辑人员丨4天前
晚期乳腺癌预后较差,疾病特征复杂,后线解救治疗较为困难,但是通过选择有效的治疗方案,部分患者可以实现长期带瘤生存,获得较好的生存质量。近年来,随着分子生物学和基因检测技术的飞速发展,晚期乳腺癌相关研究不断深入,治疗手段不断丰富,基因靶向治疗使晚期乳腺癌患者生存期显著延长。基因检测是分子分型诊断、遗传风险预测、疗效监测、耐药提示以及治疗方案选择的重要手段,对晚期乳腺癌患者的分子病理诊断、靶向药物选择以及治疗模式优化具有重要意义。共识专家委员会基于循证医学证据,归纳晚期乳腺癌基因检测的热点问题,深入探讨晚期乳腺癌基因检测的适用人群和临床意义、不同分子分型患者的检测基因和分子标志物、循环肿瘤DNA、全外显子基因检测的应用,总结规范二代测序技术在临床中使用的注意事项,指导临床医师合理应用基因检测,为晚期乳腺癌患者提供更全面的基因检测信息,从而制定更精准的治疗策略。
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编辑人员丨4天前
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GATA3基因变异导致甲状旁腺功能减退症患者的临床特征和分子机制
编辑人员丨4天前
目的:分析GATA3基因变异导致甲状旁腺功能减退症(hypoparathyroidism,HP)患者的临床特点及分子机制。方法:在1975年至2020年间于北京协和医院内分泌科随诊并行靶向基因捕获联合二代测序的198例未成年人(≤18岁)起病的非手术性HP患者中筛查到5例GATA3基因致病/可疑致病性变异,回顾性收集分析其临床资料,并对基因检测结果进行生物信息学分析。结果:5例患者HP的起病年龄为0.5(0.1,1.3)岁,发病至诊断为HP和甲状旁腺功能减退-耳聋-肾发育不良(hypoparathyroidism-deafness-renal dysplasia,HDR)综合征的时间分别为(7.0±5.2)年和(15.0±5.4)年。临床表现为手足搐搦伴癫痫样发作、颅内钙化各5例,白内障1例,听力减退4例,肾脏畸形或缺如2例。治疗前血钙和血甲状旁腺激素(PTH)分别为(1.65±0.31)mmol/L和(4.64±2.63)ng/L。5例患者GATA3基因的杂合变异,分别引起无义突变、移码突变和剪接位点突变,经Clin Var数据库预测及美国医学遗传学和基因组学学会(ACMG)分级为致病性或可能致病性变异。结论:对于儿童期起病的HP,应注意遗传性疾病的筛查,其中对于合并听力下降或肾脏发育异常的患者要考虑到HDR综合征的可能,有条件时应筛查GATA3基因以明确诊断。
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编辑人员丨4天前
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前列腺孤立性导管内癌的临床病理学和分子特征分析
编辑人员丨4天前
目的:探讨前列腺孤立性导管内癌(isolated intraductal carcinoma of the prostate,iIDC-P)的临床病理特征、分子改变、鉴别诊断及预后。方法:回顾性收集宁波市临床病理诊断中心2016—2022年间的3例iIDC-P的临床病理学资料,进行光镜观察、免疫组织化学染色、高通量DNA靶向测序及随访,并复习相关文献。结果:例1~3患者年龄分别为61、67、77岁,术前总前列腺特异性抗原(TPSA)水平分别为7.99、7.99、4.86 μg/L。例1和例2包含前列腺穿刺和根治标本,例3为经尿道前列腺电切标本。镜下:例1穿刺标本仅1条组织见导管内癌(累及2个导管)、根治标本其中6张切片见导管内癌(病灶直径0.3~1.1 cm),其中1张切片见小灶低级别腺泡腺癌(病灶直径0.05 cm)。例2穿刺标本6条组织见导管内癌,根治标本其中13张切片见导管内癌(病灶直径0.5~1.6 cm),另外3张切片可见低级别腺泡腺癌(最大病灶直径0.6 cm)。例3电切标本其中5条组织见导管内癌。例1和例2导管内癌呈实性生长,导管-腺泡显著膨胀,核显著异型;例3呈致密筛状或疏松筛状结构,核显著异型,核仁明显。例2伴有粉刺样坏死,3例核分裂象均易见。导管内癌免疫表型:双标34βE12+P504s显示基底细胞表达34βE12/异型肿瘤细胞表达P540s,p63和CK5/6显示腺泡/导管周围基底细胞,肿瘤细胞表达NKX3.1、雄激素受体、前列腺特异性抗原、前列腺特异性酸性磷酸酶,不表达GATA3,导管内癌和腺泡腺癌均弱表达PTEN、不表达ERG。高通量DNA靶向测序:例2和例3伴有MAPK/PI3K通路基因改变(KRAS、MTOR和PTEN),例2伴有p53突变、例3伴有FOXA1突变。3例均未发现TMPRSS2::ERG融合,3例均显示微卫星稳定,肿瘤突变负荷低(2.1~3.1 muts/Mb)。随访16~91个月,均无生化复发及远处转移。结论:iIDC-P是一种特殊的前列腺导管内癌,不同于伴有高级别前列腺癌的前列腺导管内癌,具有独特的分子改变,可能代表一种特殊类型前列腺癌的原位病变。
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编辑人员丨4天前
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二氧化硅诱导小鼠肺上皮细胞中miR-204靶向调控DVL3基因的作用
编辑人员丨4天前
目的:构建小鼠miR-204过表达重组慢病毒载体,并在二氧化硅(SiO 2)诱导的小鼠肺上皮细胞(MLE-12细胞)中验证miR-204与DVL3的靶向调控作用。 方法:于2019年10月,从小鼠基因组中应用聚合酶链式反应(PCR)法扩增出pre-miR-204基因,测序后将扩增产物克隆到pLenti-CMV-EGFP慢病毒载体,通过PCR筛选及测序对阳性克隆进行鉴定。将miR-204过表达慢病毒载体转染至293T细胞,进行慢病毒的包装和滴度测定,研究分为SiO 2对照组、病毒对照组及miR-204病毒组,实时荧光PCR检测miR-204和DVL3基因的表达。 结果:构建miR-204慢病毒表达载体Lv-miR-204-5p经PCR和测序鉴定正确,并获得滴度为9.57×10 8 IU/ml的病毒稀释液;实时荧光PCR检测结果显示,miR-204病毒组MLE-12细胞中miR-204基因的表达高于SiO 2对照组和病毒对照组,DVL3基因的表达低于SiO 2对照组和病毒对照组,差异均有统计学意义( P<0.05)。 结论:miR-204过表达慢病毒载体可能在SiO 2诱导的MLE-12细胞中抑制DVL3基因的表达。
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编辑人员丨4天前
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染色质靶向酶切测序技术(CUT&RUN,CUT&Tag)的发展和应用
编辑人员丨4天前
传统的免疫共沉淀测序(ChIP-seq)是研究蛋白-染色质相互作用的主流方法,由于ChIP-seq难以在低起始细胞量和单细胞样本上实施限制了其应用范围。近年来新发展起来的染色质酶切测序技术CUT&RUN和CUT&Tag展现出操作简单,背景低,可重复性高和要求的细胞起始量低等优点,有替代ChIP-seq进行蛋白-染色质相互作用研究的潜力,并有效提高了单细胞ChIP-seq的可行性。本文将就这类靶向染色质进行酶切测序的主要技术的发展和应用现状做简要综述。
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编辑人员丨4天前
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12家系视网膜母细胞瘤基因诊断的回顾性分析
编辑人员丨4天前
目的::检测并分析视网膜母细胞瘤患者的遗传学病因,为患者及其家系基因诊断、遗传咨询、产前诊断提供理论依据。方法::实验研究。收集12个家系视网膜母细胞瘤患者的临床检查资料,采集患者及家系受检者外周血提取基因组DNA,已故患者由家属提供石蜡切片组织提取基因组DNA,抽取相关孕妇羊水细胞提取基因组DNA。应用二代测序筛查、Sanger测序法验证 RB1基因候选变异。通过相关数据库和PubMed文献检索相关变异的致病性,依据遗传变异分类标准指南判断并分级候选变异的致病性。依据家系先证者致病突变,相关孕妇行 RB1基因产前诊断。 结果::纳入的12个视网膜母细胞瘤家系,其中8个家系检测到致病基因变异,检测阳性率67%。检测到的8个不同 RB1基因突变中,6个为已报道致病性变异; RB1基因c.2404dupG(p.N803Efs*12)和c.1380_1381insCTTA(p.K462Tfs*2)为本研究发现的新突变。变异致病性综合分析本研究检测到的8个不同 RB1基因变异均为致病性。 结论::本研究纳入的12个视网膜母细胞瘤家系中有8个家系患者检测到致病突变而获得基因诊断;本研究同时发现了导致视网膜母细胞瘤的新突变。相关家系依据基因诊断结果进行了有效的遗传咨询和产前诊断。
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编辑人员丨4天前
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嗜酸性空泡状肾肿瘤的临床病理和分子学特征
编辑人员丨4天前
目的:探讨嗜酸性空泡状肾肿瘤(eosinophilic vacuolated tumor of the kidney,EVT)的临床病理特征、免疫表型、分子改变、鉴别诊断及预后。方法:回顾性收集宁波市临床病理诊断中心2014至2020年间的4例EVT的临床病理学资料,进行光镜观察、免疫组织化学染色、高通量DNA靶向测序及随访,并复习相关文献。结果:4例患者,其中女性2例,男性2例。患者年龄44~63岁,平均年龄51岁。肿块最大径1.5~4.2 cm(平均肿块最大径2.3 cm)。镜下肿瘤境界清楚、无包膜,肿瘤内及周围可见厚壁血管,肿瘤细胞主要呈巢状结构、少量管状结构,肿瘤细胞胞质丰富嗜酸、颗粒状,一个显著的特征是存在明显的、大小不一的胞质空泡(通常为大的细胞质空泡)、核仁明显,局部间质疏松水肿或透明变。免疫表型:4例EVT均弥漫表达CD117,细胞角蛋白(CK)7均阴性,CD10和P504s均阳性,4例MTOR、S6和Cathepsin K均阳性,TFE3、碳酸酐酶9、Melan A和HMB45均阴性,SDHB阳性表达。高通量DNA靶向测序证实4例病例均存在MTOR基因突变,其中2例同时存在TSC2基因突变。平均随访46个月,均无病生存。结论:EVT是一种罕见的嗜酸细胞性肾肿瘤,具有独特的形态、免疫组织化学和分子特征,生物学行为惰性,识别这种新的罕见的具有独特特征的实体将更好的分类肾肿瘤。
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编辑人员丨4天前
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2022年12月—2023年1月四川省境外输入病例新型冠状病毒全基因组特征分析
编辑人员丨4天前
目的:分析2022年12月—2023年1月四川省境外输入新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, SARS-CoV-2)变异株分布情况和全基因组特征。方法:选取2022年12月—2023年1月核酸检测荧光阈值(Ct)≤32的四川省境外输入SARS-CoV-2阳性病例鼻、咽拭子样本108份。采用全基因组靶向扩增结合Illumina NextSeq? 2000测序系统进行病毒全基因组测序;Nextclade和Pangolin平台判定病毒谱系及型别,分析病毒基因组变异特征;应用最大似然法构建系统进化树。结果:本研究共获得55株覆盖度>95%的SARS-CoV-2全基因组序列,均为Omicron变异株,与Wuhan-Hu-1参考株基因组序列相比较,21L、22B、22D、22E和22F基因型的核苷酸突变和氨基酸突变中位数分别为93、75、92、78、92个和68、53、68、69、65个。2022年12月—2023年1月,四川省境外输入SARS-CoV-2的主要流行株为BA.5.2(10.91%,6/55)、XBB.1.1(9.09%,5/55)、BF.7.14(7.27%,4/55)和BQ.1.1(7.27%,4/55)。结论:变异株分布情况在一定程度上能够反映全球流行趋势,但跟国内本土流行变异株分布存在较大差异,具有流行优势的XBB变异株在成为全国范围内(不包括中国港澳台地区)主要流行株之前,即在入境旅客中大量检出。
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编辑人员丨4天前
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衰老皮肤中ⅩⅦ型胶原蛋白α1对表皮干细胞的影响及微小RNA干预机制
编辑人员丨4天前
目的:探讨ⅩⅦ型胶原蛋白α1(COL17α1)在小鼠衰老皮肤中的表达与作用及其对人表皮干细胞(ESC)干性和增殖能力的影响,并且探讨相关微小RNA(miR)干预人ESC中COL17α1表达的机制。方法:采用实验研究方法。取2个月龄(青年)和24个月龄(老年)雄性C57BL/6J小鼠各12只,取其胸背部全层皮肤标本进行后续检测。对青年小鼠和老年小鼠全层皮肤标本,行苏木精-伊红染色后观察表皮层结构并测量表皮厚度,用透射电子显微镜观察表皮基底膜形态和半桥粒并行半桥粒计数,分别采用实时荧光定量反转录PCR(RT-PCR)法与蛋白质印迹法检测COL17α1的mRNA与蛋白表达,采用免疫荧光法观测COL17α1的蛋白表达与分布。取于解放军总医院第四医学中心行包皮切除手术的3名20~30岁健康男性术后弃用的新鲜包皮组织,提取ESC,取生长良好的细胞进行后续实验。按随机数字表法(分组方法下同)将ESC分为进行相应处理的空白对照组、转染试剂对照组、空载体质粒组、敲低COL17α1质粒组,培养48 h后,采用实时荧光定量RT-PCR法检测COL17α1的mRNA表达,采用蛋白质印迹法检测COL17α1和细胞角蛋白14(CK14)的蛋白表达,采用细胞计数试剂盒8法检测细胞增殖水平。通过DIANA、miRTarBase、miRNAMap、TargetScan、microRNA数据库筛选可能作用于 COL17α1 mRNA 3'非编码区的miR。将ESC分为转染miR模拟物阴性对照物的阴性对照组和转染前述筛选出的各miR的模拟物的各miR模拟物组,转染后48 h,通过蛋白质印迹法检测COL17α1的蛋白表达。基于基因表达综合数据库(GEO)的miR测序数据集GSE114006,使用GEO2R工具统计分析前述筛选出的可造成COL17α1蛋白表达下降的miR在30名青年(18~25岁)人和30名老年(>70岁)人皮肤中的表达。取青年小鼠和老年小鼠全层皮肤标本,采用实时荧光定量RT-PCR法检测前述老年人皮肤中表达增多的miR的表达。取2批ESC,第1批分为COL17α1野生型+miR-203b-3p阴性对照组与COL17α1野生型+miR-203b-3p模拟物组,第2批分为COL17α1突变型+miR-203b-3p阴性对照组与COL17α1突变型+miR-203b-3p模拟物组,分别转染对应序列,48 h后,采用荧光素酶报告基因检测试剂盒检测COL17α1的基因表达水平。组织实验中样本数均为6,细胞实验中样本数均为3。对数据行独立样本 t检验、单因素方差分析、LSD检验或Dunnett检验、Mann-Whitney U检验或Kruskal-Wallis H检验。 结果:与青年小鼠比较,老年小鼠皮肤表皮层与真皮层分界模糊且细胞层次较少,表皮层厚度明显变薄( Z=-2.88, P<0.01),基底膜形态不连续,表皮-真皮连接处半桥粒较少且分布不均,半桥粒数量明显减少( Z=-2.91, P<0.01),COL17α1的mRNA和蛋白表达水平均明显降低( t值分别为10.61、6.85, P<0.01)。与青年小鼠比较,老年小鼠皮肤表皮基底层和毛囊球部的COL17α1蛋白表达均明显减少( Z=-2.24, P<0.05)。培养48 h后,空白对照组、转染试剂对照组、空载体质粒组、敲低COL17α1质粒组ESC中COL17α1的蛋白表达水平分别为1.00±0.27、1.12±0.21、1.13±0.23、0.42±0.18。相较于空白对照组,转染试剂对照组和空载体质粒组ESC中COL17α1的mRNA和蛋白表达水平、CK14的蛋白表达水平及ESC增殖水平均未发生明显变化( P>0.05),敲低COL17α1质粒组ESC中这些指标均明显降低( P<0.05或 P<0.01)。miR-203a-3p、miR-203b-3p、miR-512-5p、miR-124-3p、miR-28-5p、miR-590-3p、miR-329-5p可能结合 COL17α1 mRNA的3'非编码区。转染48 h后,与阴性对照组的1.000±0.224比较,miR-329-5p模拟物组、miR-203b-3p模拟物组和miR-203a-3p模拟物组ESC中COL17α1的蛋白表达水平明显降低(0.516±0.188、0.170±0.025、0.235±0.025, t值分别为3.17、5.43、5.07, P<0.05或 P<0.01)。老年人皮肤中仅miR-203b-3p表达水平明显高于青年人( t=3.27, P<0.01)。老年小鼠皮肤中miR-203b-3p表达水平明显高于青年小鼠( Z=-2.88, P<0.01)。转染后48 h,COL17α1野生型+miR-203b-3p模拟物组ESC中COL17α1的基因表达水平明显低于COL17α1野生型+miR-203b-3p阴性对照组( t=7.66, P<0.01),COL17α1突变型+miR-203b-3p模拟物组ESC中COL17α1的基因表达水平与COL17α1突变型+miR-203b-3p阴性对照组相近( P>0.05)。 结论:COL17α1的mRNA和蛋白表达水平随小鼠年龄增长而减少,可能导致小鼠ESC脱离表皮基底膜。COL17α1的表达减少可抑制CK14的表达与ESC增殖,这可能是老年人皮肤中表皮层变薄和创面愈合减慢的原因。小鼠衰老皮肤中表达增多的miR-203b-3p可以靶向结合 COL17α1 mRNA的3'非编码区,阻碍转录后翻译过程,造成COL17α1蛋白表达减少。
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编辑人员丨4天前
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MYC"阴性"伯基特淋巴瘤2例的遗传学分析
编辑人员丨4天前
目的:对临床高度怀疑为伯基特淋巴瘤的2例患者进行多种遗传学分析,为诊断及治疗提供依据。方法:应用G显带技术对患者进行染色体核型分析,采用分离探针及融合探针对患者染色体的特定位点进行间期细胞荧光原位杂交检测。结果:分离探针检测未发现患者存在 MYC基因异常,但通过三色双融合探针证实二者均包含 IGH::MYC基因重排,结合患者的临床病理特征及靶向测序结果,2例患者均被确诊为伯基特淋巴瘤。 结论:MYC基因分离探针具有一定的局限性,需与融合探针联合进行检测,以提高诊断的准确性。
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编辑人员丨4天前