目的:探讨湿疹儿童肠道微生态的变化及苡仁祛湿汤的调节作用.方法:选取30例湿疹患儿作观察组,予苡仁祛湿汤口服治疗2周,另随机选择同期健康体检儿童30例为对照组.通过16S rRNA高通量测序技术检两组患者干预前后粪便菌群的物种构成及相对丰度.结果:湿疹患儿与健康儿童β多样性存在差异,LEfSe分析显示,湿疹患儿与健康儿童瘤胃球菌、梭菌科、埃希-志贺菌、乳杆菌等10个显著差异物种(均P＜0.05).干预前后菌群多样性无差异性,拟杆菌门及拟杆菌属有所增高(均P＞0.05),Butyricicoccus及Trichococcus相对丰度高于干预前(均P＜0.05).结论:湿疹儿童与健康儿童的肠道菌群构成存在差异,苡仁祛湿汤可上调肠道拟杆菌门、拟杆菌属、Butyricicoccus及Trichococcus的相对丰度,减轻肠道炎症.

眼表直接暴露在外部环境中，容易受到各种抗原和病原体的影响，眼表微生物群参与免疫耐受、代谢和上皮屏障功能的调节。微生物组成在维持健康和疾病发生中都起着重要作用，微生物分布失衡可能导致某些疾病的发生。体内微生物的组成主要是细菌。在微生物组学研究中，最初主要集中在胃肠道、口腔、鼻腔、皮肤和泌尿生殖道5个部位。随着16S核糖体核糖核酸基因(16SrRNA)高通量测序及宏基因测序分子生物学检测技术的发展，眼表细菌群落与疾病的关系成为研究热点。眼表不同部位细菌群落的分布有一定差异，菌群存在也具有垂直分布的特点。年龄、性别、地理环境等因素对眼表菌群的组成和功能有一定影响，眼局部重复使用抗生素可增加眼表的耐药菌群。不同类型的干眼、角膜炎、睑缘炎等眼表疾病与眼表菌群的改变有一定关系。本文主要就正常眼表菌群的组成、分布、影响因素及眼表菌群与干眼、角膜炎、睑缘炎等眼表疾病的关系进行综述，以期为眼表疾病发生机制的研究提供新的认识，同时为眼表疾病的治疗提供指导依据。

目的:探索尘肺病患者及接尘者下呼吸道菌群组成，进一步比较分析两者菌群差异及菌群间的关联。方法:于2020年5月至2021年1月，通过前瞻性多中心横断面研究，选取同期就诊于联勤保障部队第九二〇医院呼吸与危重症医学科和昆明市同仁医院呼吸内科，行支气管肺泡灌洗治疗的尘肺病患者及接尘者人群。共纳入24例尘肺病患者（尘肺病组），以16例接尘者（接尘组）为对照，收集2组患者肺泡灌洗液，利用16SrRNA基因V3-V4测序技术及生物信息分析平台，测定并分析其微生物结构组成差异及菌群间的关联。结果:与接尘组比较，尘肺病组患者肺泡灌洗液门水平菌群丰度排名前5的菌门相同，依次为：变形菌门、厚壁菌门、拟杆菌门、梭杆菌门、放线菌门。与接尘组比较，尘肺病组患者属水平菌群丰度排名前5的菌属不同，接尘组分别为：假单胞菌属、普氏菌属、链球菌属、无色杆菌属、奈瑟氏菌属，尘肺病组分别为：假单胞菌属、无色杆菌属、链球菌属、罗尔斯通菌属、普氏菌属。Alpha多样性分析结果显示，与接尘组比较，尘肺病组患者菌群多样性有差异（ P<0.05），菌群均匀度差异无统计学意义（ P>0.05）；β多样性显示，两组间菌群结构差异有统计学意义（ P<0.05）。单因素菌群关联网络分析示，在尘肺病组及接尘组厚壁菌门和拟杆菌门与其他物种之间相关性较高，呈正相关；变形菌门与其他物种之间相关性较高，呈负相关。 结论:尘肺病患者及接尘者下呼吸道菌群结构及相对丰度不同，尘肺病患者下呼吸道菌群多样性增加，差异可能与疾病状态有关。

目的:探讨老年与中青年食管鳞癌（esophageal squamous cell carcinoma， ESCC）患者食管组织的菌群特征及差异，以助于研究老年ESCC患者潜在的生物标志物。方法:采用回顾性研究，选取2018年7月至2019年7月在湖北省十堰市太和医院确诊的72例ESCC患者，其中老年组49例（≥60岁，男性40例，女性9例），中青年组23例（<60岁，男性21例，女性2例），以同期消化内镜中心20名胃镜检查无异常的健康体检者作为对照组（年龄范围35~78岁，中位年龄57岁，男性16名，女性4名）。收集ESCC患者病变食管组织和健康对照组中段食管组织、提取基因组DNA，对细菌16SrRNA基因序列V4高变区扩增，采用Illumina HiSeq测序技术，对比分析老年和中青年ESCC患者菌群特点。采用QIIME和Rstudio软件分析序列数据，统计学方法采用非参数Kruskal-Wallis检验或Wilcoxon秩和检验。结果:两组患者菌群Shannon指数［5.17（4.53，5.95）比4.79（3.74，5.97）］、Simpson指数［0.94（0.91，0.96）比0.92（0.83，0.96）］和Chao1 ［343.55（259.76，570.59）比329.16（268.88，648.00）］指数相似，差异无统计学意义（ Z=-0.791、-1.057、-0.380，均 P>0.05）；Beta多样性老年组与中青年组亦无明显差异（PC1=19.14%、PC2=6.95%， PPC1=0.67、 PPC2=0.42）。在门水平，中青年组丰度前五的菌门依次为厚壁菌门（ Firmicutes）、拟杆菌门（ Bacteroidetes）、变形菌门（ Proteobacteria）、放线菌门（ Actinobacteria）和梭杆菌门（ Fusobacteria），老年组患者丰度最高的五个门分别是厚壁菌门（ Firmicutes）、拟杆菌门（ Bacteroidetes）、变形菌门（ Proteobacteria）、梭杆菌门（ Fusobacteria）和放线菌门（ Actinobacteria）；两组差异显著的是梭杆菌门（ Fusobacteria）（ Q=0.596， P<0.05）。在属水平，中青年组丰度前五的菌属依次为：普雷沃菌属（ Prevotella）、拟杆菌属（ Bacteroides）、链球菌属（ Streptococcus）、月形单胞菌属（ Selenomonas）和韦荣球菌属（ Veillonella）；而老年组丰度前五的分别是普雷沃菌属（ Prevotella）、拟杆菌属（ Bacteroides）、链球菌属（ Streptococcus）、月形单胞菌属（ Selenomonas）和嗜血杆菌属（ Haemophilus），两组有显著差异的为梭杆菌属（ Fusobacterium）（ Q=0.938， P<0.05）。基于未观测状态重建的群落系统发育研究（PICRUSt）功能预测，老年组患者氨酰tRNA生物合成（ Aminoacyl.tRNA.biosynthesis）、核苷酸切除修复（ Nucleotide.excision.repair）、核糖核酸聚合酶（ RNA.polymerase）、核糖体（ Ribosome）、克拉维酸生物合成（ Clavulanic.acid.biosynthesis）、光合作用（ Photosynthesis）和光合作用蛋白（ Photosynthesis.proteins）丰度较中青年组降低（均 Q=0.734， P<0.05）。 结论:老年ESCC患者食管菌群与中青年患者的Alpha多样性和Beta多样性无明显差异，但老年患者梭菌属菌群丰度增高。

宫颈癌是女性常见的恶性肿瘤,高危型人乳头瘤病毒的持续性感染是导致宫颈癌前病变发生并进展为宫颈癌的必要不充分条件.女性生殖道表面定植着众多微生物,以乳酸杆菌主导的健康阴道菌群对人体起着关键性的保护作用.随着高通量测序技术的发展,通过16SrRNA测序、宏基因组学测序等新的分子技术实现了对阴道菌群的准确分析.乳酸杆菌缺乏伴随多种厌氧菌增加的阴道菌群失调与HPV感染、宫颈病变发生发展密切相关.本文对阴道菌群与HPV感染及宫颈病变的相关性研究进行综述,并总结了种族、激素水平等因素对阴道菌群的影响,归纳了阴道菌群的相关检测手段,为HPV感染和癌前病变的研究提供新的思路,为进一步研究女性生殖道疾病的病因及发病机制提供科学依据,为预防以及治疗相关疾病奠定基础.

目的 探究一贯煎多糖(YGJP-W)的基本结构特征以及其改善四氯化碳(CC14)诱导小鼠肝纤维化的活性,分析YGJP-W抗肝纤维化活性与其调节肠道菌群结构变化关系.方法 采用水提醇沉和弱阴离子交换色谱制备一贯煎多糖组分YGJP-W,依次采用苯酚-硫酸法、间羟基联苯法、BCA蛋白定量分析试剂盒、高效凝胶渗透色谱法(high performance gel permeation chromatography,HPGPC)、FT-IR、离子色谱仪及扫描电镜法(scanning electron microscope,SEM)对一贯煎多糖的总糖含量、糖醛酸含量、蛋白含量、相对分子质量分布、官能团、单糖组成及形貌特征进行表征,采用CCl4诱导的小鼠模型,检测YGJP-W(50、100 mg/kg)干预3周后的小鼠血清谷丙转氨酶、谷草转氨酶及肝组织羟脯氨酸水平,并通过HE染色和天狼猩红染色观察肝脏组织学变化,评价YGJP-W改善肝纤维化活性;采用16SrDNA测序技术评价YGJP-W对小鼠肠道菌群的影响;采用抗生素联合YGJP-W干预,评价YGJP-W是否通过调节肠道菌群发挥药效作用.结果YGJP-W总得率为11.60％,总糖质量分数为92.48％,至少由相对分子质量为1.74×105和5.6×103的2种多糖组成,单糖组成包含半乳糖、葡萄糖、甘露糖和果糖,其物质的量比为1.0∶2.8∶1.4∶1.6.YGJP-W干预3周后,能够显著改善CC14引起的肝功能异常、肝组织病理损伤、胶原沉积和纤维化.YGJP-W在改善肝纤维化的同时能够引起小鼠肠道菌群结构变化,在门水平上,YGJP-W显著性降低拟杆菌门丰度[(57.4±14.6)％vs(79.3±8.1)％,P＜0.01],增加变形菌门[(10.4±4.7)％vs(2.1±1.9)％,P＜0.01]和放线菌门[(3.7±2.4％)％vs(0.3±0.1)％,P＜0.01)]丰度,在属水平上,YGJP-W增加狄氏副拟杆菌属Parabacteroides、埃希氏菌-志贺氏菌属Escherichia-Shigella、活泼瘤胃球菌属Ruminococcus_gnavus_group、萨特氏菌属Sutterella、毛螺菌属NK4A136组Lachnospiraceae_NK4A136_group和梭杆菌属Fusobacterium共6个菌属的丰度(LDA score＞3,P＜0.01),降低拟普雷沃氏菌属Alloprevotella),肠鼠杆菌属Muribaculum,普雷沃氏菌属UCG-001 Prevotellaceae_UCG-001和另枝杆菌Alistipes共4个菌属的丰度(LDA score＞3,P＜0.01).抗生素联合YJGP-W干预,YJGP-W抗肝纤维化的活性显著减弱.结论 多糖类成分YJGP-W是一贯煎抗肝纤维化的重要物质基础,YJGP-W发挥抗肝纤维化的作用可能与其调控肠道菌群相关.

海黍子(Sargassum muticum,SM)、鼠尾藻(Sargassum thunbergii,ST)、铜藻(Sargassum horneri,SH)和海蒿子(Sargassum pallidum,SP)是我国黄渤海常见的大型马尾藻属海藻,研究以靖子湾潮间带4种马尾藻为研究对象,自然海水(W)作为对照,利用16SrRNA基因扩增子高通量测序技术比较4种马尾藻类附生菌群的结构.研究结果表明,ST附生菌群多样性和物种丰富度最高,SH最低.NMDS(无度量多维标定法)和PERMANOVA分析表明4种马尾藻附生菌的群落结构与海水中微生物群落结构存在显著性差异(P＜005),而不同马尾藻之间差异却不显著.LEfse分析共识别出18个Biomarkers,其中W、SH、SM和ST样本分别有9、4、3和2个.变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidota)为4种马尾藻附生菌群的主要优势菌门,相对丰度为80.39％-94.54％;基于属水平和相对丰度前10 AS Vs的群落结构组成特征表明,4种马尾藻附生菌群结构组成存在明显差异,呈现出宿主特异性.利用Tax4Fun软件对4种马尾藻类附生菌群生态功能进行预测,在一级功能水平上,新陈代谢(Metabolism)、遗传信息处理(Genetic Information Processing)为主要功能;在二级功能水平上,共注释到44个二级代谢通路,其中碳水化合物代谢(Carbohydrate metabolism)相对丰度最高.研究通过比较4种马尾藻附生菌群结构多样性,为进一步深入了解马尾藻属的生态作用提供理论依据.

目的 依据《病原微生物菌(毒)种国家标准株评价技术标准》(WS/T 812-2022),建立Leptospira interrogans、L.borgpetersenii,L.alexanderi和L.weilii 4种中国常见致病性基因种钩端螺旋体标准菌株.方法 以56601、56604、56615、566554株致病性代表菌株为研究对象,利用暗视野显微镜开展形态学观察.以16SrRNA基因为靶基因进行聚合酶链式反应扩增、测序确定所属基因种.通过多位点序列分型(MLST)方法,对4株代表株进行分子分型分析,确定每株菌株7个位点等位基因号和序列型别(ST).综合暗视野显微镜形态学观察、16SrRNA基因测序和MLST分型结果系统评价4株代表菌株经不同传代次数后的分子遗传学稳定性.同时通过Illumina NovaSeq测序平台对56604、56615和56655开展全基因组测序分析,了解菌株基因组特征.结果 暗视野显微镜下,4株代表菌株均具有典型的钩端螺旋体形态.16SrRNA基因序列分析显示,56601、56604、56615 和 56655 分别隶属于 L.interrogans、L.borgpetersenii、L.alexanderi 和 L.weilii 4 种不同致病性基因种.MLST 分型结果显示4株代表株隶属于4种不同ST型.4株代表株在亲代株及在体外连续传代一定代次后,暗视野显微镜下形态不变,所属基因种和MLST基因型结果一致,证明该4株代表株具有良好的分子遗传学稳定性.基因组测序分析显示,4株代表株基因组大小为3.93～4.69 Mb之间,G+C含量为36.00％～40.87％.结论 初步建立并评价了 4种中国常见致病性基因种钩端螺旋体标准菌株,为钩端螺旋体病的疾病控制、临床诊断、教学科研、疫苗研发提供菌株资源.

目的 观察缺血性卒中后不同中医证候类型患者肠道菌群的组成与结构,寻找不同证候类型与肠道菌群之间的关系,并初步探索各中医证候类型可能存在的特征菌属.方法 本研究共纳入首发急性缺血性卒中患者17名,并基于缺血性中风证候要素诊断量表与中风病中医诊断标准对患者进行中医证候类型分类,依次分为痰热腑实风痰上扰组、风痰瘀血痹阻脉络组、肝阳暴亢风火上扰组、气虚血瘀组、阴虚风动组.同时选择同期的健康体检者5名作为对照组.分别记录研究对象基本信息,采集粪便样本运用16S rRNA基因高通量测序技术对患者粪便样本中肠道菌群进行OTUs(operational taxonomic units)聚类,并根据结果 进行多样性分析和差异性分析.结果 急性缺血性卒中不同中医证候类型患者与健康体检者在年龄和BMI上差异均无统计学意义(均P＞0.05).各组对象肠道菌群Chao指数和Shannon指数差异均无统计学意义(均P＞0.05).痰热腑实风痰上扰组患者独有菌属高达133种;对照组次之,达127种;而阴虚风动组、风痰瘀血痹阻脉络组、肝阳暴亢风火上扰组、气虚血瘀组的独有菌属数量依次为94种、32种、18种、8种.痰热腑实风痰上扰组患者的特征菌属为Anaerotruncus,气虚血瘀组的特征菌属为Megasphaera(巨球菌属),阴虚风动组的特征菌属为Pyrumidobacter.结论 本研究初步显示不同中医证候类型的急性缺血性卒中患者与健康人群有着不同的肠道菌群构成,各证型患者肠道菌群丰度与多样性无显著差异.急性缺血性卒中患者中医证候类型与肠道菌群的组成存在相关性,其中痰热腑实风痰上扰证患者与其他各证患者之间菌群组成差异最大,其特征菌属为Anaerotruncus.

目的 比较微阵列芯片法和多同源基因序列测序在非结核分枝杆菌(NTM)菌种鉴定中的差异,为NTM感染提供精准诊断依据.方法 采用罗氏固体培养法复苏天津市海河医院2016-2019年保存的170株NTM菌株,分别采用微阵列芯片法和同源基因序列[16SrRNA、RNA聚合酶亚基B(rpoB)、热休克蛋白65(hsp65)]测序进行鉴定.以多同源序列测序分析结果为参考,分析微阵列芯片法菌种鉴定的准确性.比较2种方法样本周转时间(TAT)的差异.结果 微阵列芯片法鉴定出8个NTM菌种,同源序列测序鉴定出14个.微阵列芯片法无法鉴定出缓慢生长群的猿分枝杆菌、慢生黄分枝杆菌、副瘰疬分枝杆菌和快速生长群的龟分枝杆菌、马德里分枝杆菌、母牛分枝杆菌等10个菌种,多同源序列测序可鉴定出全部的菌种.以多同源序列测序分析结果为参考,微阵列芯片法鉴定错误7株,鉴定到复合群的正确率为90.0％(153/170);16S rRNA、rpoB、hsp65单独和3个同源序列联合分析鉴定到复合群的正确率分别为93.5％、98.8％、99.4％和100.0％.对于微阵列芯片法无法区分的53株龟/脓肿分枝杆菌复合群(MABC),3个同源序列联合测序鉴定出6株龟分枝杆菌、25株MABC脓肿亚种、20株MABC马赛亚种和2株MABC bolletii亚种.微阵列芯片法单个样本鉴定TAT为8 h,170株NTM菌株全部鉴定需要2 d;多同源序列测序单个样本鉴定TAT为3 d,170株NTM菌株全部鉴定约需要5 d.结论 微阵列芯片技术可快速鉴定临床常见分枝杆菌.多同源基因序列测序不仅可鉴定临床常见分枝杆菌,还可鉴定微阵列芯片法无法鉴定出的菌种和可能鉴定错误的菌种及其亚种,但所需时间较微阵列芯片法长.