鼠疫是由鼠疫耶尔森菌（以下简称鼠疫菌）引起的一种烈性传染病，发病急、传播快且病死率极高。历史上发生过3次鼠疫大流行，导致上亿人口死亡。近20年来全球鼠疫疫情呈上升趋势，2000 - 2018年，世界卫生组织（WHO）共收到来自美洲、非洲和亚洲21个国家报告的2万多起鼠疫病例 [1]。我国动物间鼠疫一直较为活跃，且除个别年份外，几乎每年都有人间鼠疫发生。2019年11月，北京市首先出现2例内蒙古自治区输入性肺鼠疫病例，随后内蒙古自治区又报道2例腺鼠疫病例，提示这一甲类传染病仍对人们的生命安全具有极大的潜在威胁 [2,3,4]。链霉素是WHO鼠疫手册 [5]和我国《鼠疫诊疗方案（试行）》（卫办应急发[2011]第18号） [6]中治疗鼠疫的首选药物。但值得注意的是，2021年Dai等 [7]发现国内1株鼠疫菌因编码核糖体蛋白S12的rpsL基因第128 bp位点的碱基发生了突变，从而产生了对链霉素的高度耐药性。为此，本研究应用基于TaqMan-MGB荧光探针的实时荧光PCR法（简称MGB荧光探针法），选取鼠疫流行较为严重的玉树藏族自治州（以下简称玉树州）鼠疫自然疫源地内分离的鼠疫菌，检测链霉素耐药位点rpsL基因第128 bp位点碱基的突变情况，判断当地菌株的耐药情况，为鼠疫疫情的防控提供参考。

目的:探讨多基因风险评分（PRS）和肠道真菌的交互作用对精神分裂症（SCH）发病的影响。方法:本研究为病例对照研究，回顾性选取2017年10月至2019年10月就诊于郑州大学第一附属医院精神科的首发未用药SCH患者作为病例组，选取经过广告招募及来医院体检的健康人群作为对照组。采用18S 核糖体RNA（rRNA）测序平台检测肠道真菌水平。通过logistic回归模型探讨肠道真菌失调（F_MD）指数、α多样性指数和PRS与SCH发病风险的关系。连续变量间的相关分析采用偏相关分析，相关（ P<0.05）的变量纳入回归模型，采用线性回归分析多个自变量和因变量之间的关系。 结果:本研究共纳入了137例首发未用药SCH患者（男62例，女75例）和76名健康对照者（男31名，女45名）。患者组年龄为（22.5±7.5）岁，对照组年龄为（22.8±2.3）岁。PRS评分升高是SCH发病的危险因素（ OR=1.111，95% CI：1.036~1.178， P=0.002）。F_MD指数升高是SCH发病的危险因素（ OR=1.200，95% CI：1.124~1.281， P<0.001）。真菌α多样性Shannon指数（ OR=0.813，95% CI：0.755~0.874， P<0.001）和Simpson指数（ OR=0.218，95% CI：0.091~0.523， P<0.001）升高是SCH发病的保护因素。关键菌曲霉菌属丰度升高是SCH发病的保护因素（ OR=0.928，95% CI：0.864~0.996， P=0.040）。曲霉菌属丰度和认知功能领域中的工作记忆（ r=0.280， P=0.001），词语学习（ r=0.253， P=0.003）、推理和问题解决（ r=0.191， P=0.028）呈正相关。 结论:PRS升高是SCH发病的风险因素，肠道真菌α多样性指数升高和曲霉菌属丰度升高可能是SCH的保护因素，PRS与肠道真菌（Shannon指数、Simpson指数和曲霉菌属）交互作用是SCH发病的相关因素。

目的:探讨先天性巨结肠(HSCR)组织中Zeste基因增强子人类同源物2(EZH2)、微小核糖核酸(miR)-145-5p、胶质细胞源性神经营养因子受体alpha1(GFRα1)之间的调控关系。方法:选取湖南省儿童医院2016年3月至2018年6月收治的24例HSCR患儿痉挛段结肠组织为HSCR组，同期18例因新生儿坏死性小肠结肠炎(NEC)手术治疗患儿的坏死结肠组织为NEC组作为对照。实时定量聚合酶链反应检测HSCR组和NEC组结肠组织内miR-145-5p及GFRα1的表达水平，荧光素酶活性实验检测GFRα1与miR-145-5p的关系。之前研究检测的EZH2蛋白水平与miR-145-5p表达水平做相关性分析。采用实时定量聚合酶链反应检测神经母细胞瘤细胞SH-SY5Y转染EZH2过表达质粒后miR-145-5p的表达水平。两组比较采用独立样本 t检验，使用Pearson进行相关性分析，多组数据使用One-way ANOVA进行单因素方差分析，并使用LSD检验进行两两比较。 结果:HSCR组miR-145-5p水平明显高于NEC组[5.62±2.04比1.11±0.48， t＝9.169， P<0.01]，GFRα1 mRNA水平明显降低(0.39±0.18比1.00±0.37， t＝－7.001， P<0.01)，且miR-145-5p表达水平与GFRα1表达水平呈明显负相关( r＝－0.676， P<0.01)。荧光素酶活性实验证实GFRα1为miR-145-5p的靶基因。EZH2蛋白水平与miR-145-5p表达水平呈明显负相关( r＝－0.56， P<0.01)。EZH2过表达组miR-145-5p的表达显著低于质粒对照组(0.33±0.07比1.02±0.13， t＝7.264， P<0.01)。 结论:HSCR患儿病变结肠组织中EZH2-miR-145-5p-GFRα1调节轴失衡是HSCR发生的重要原因。

目的:比较甲真菌病患者病甲与健康甲细菌和真菌微生物菌群差异。方法:收集2020年8月至2021年6月于大连市皮肤病医院门诊就诊的31例甲真菌病患者的病甲及健康甲的甲屑样本，提取甲屑菌群总DNA，以细菌16S rDNA的V3-V4区序列及真菌内转录间隔区（ITS）作为目标序列进行基因扩增及Illumina测序，对所测序列采用USEARCH和mothur软件进行OTU聚类分析，采用Wilcoxon rank sum test方法进行α多样性分析，采用相似性分析（Anosim）进行β多样性分析，采用LEFSe方法进行物种差异分析。结果:入组甲真菌病患者31例，男16例，女15例，按年龄分青年组（18 ~ 35岁）10例，中年组（36 ~ 60岁）11例，老年组（大于60岁）10例。α多样性分析显示，病甲组标本Shannon指数明显低于健康甲组（ W = 290， P = 0.007），而Simpson指数明显高于健康甲组（ W = 663， P = 0.010），病甲组细菌菌群的多样性及均匀度低于健康甲组，病甲在真菌菌群的多样性与健康甲无明显区别。β多样性分析显示，基于unweighted-unifrac距离矩阵分析结果，病甲组与健康甲组细菌和真菌微生物的组成差异无统计学意义（细菌菌群： R = 0.0052， P = 0.331；真菌菌群： R = 0.0036， P = 0.337）；基于weighted-unifrac距离矩阵分析结果，病甲组与健康甲组在细菌菌群及真菌菌群的丰度方面差异均有统计学意义（均 P = 0.001）。在物种组成上，病甲组较健康甲组丰度显著降低的细菌菌群有拟杆菌门及变形菌门、β-变形菌纲、伯克氏菌目、罗尔斯顿菌属、鞘氨醇单胞菌属、链球菌属，而芽孢杆菌纲、芽孢杆菌目、葡萄球菌属明显高于健康甲组。病甲组显著升高的真菌菌群有散囊菌纲、爪甲团囊菌目、未分类锤舌菌目、关节皮肤真菌科、黑团孢属、白粉菌属、铁艾酵母属、毛癣菌属、十字花科白粉菌、红色毛癣菌、合轴马拉色菌，而酵母菌纲-酵母菌目-酵母菌科、隐囊菌科、念珠菌、链格孢菌较健康甲组显著降低。 结论:甲真菌病患者病甲与健康甲细菌菌群的多样性及丰度均有明显的差异，真菌菌群仅丰度存在一定的差异，其中某些真菌和细菌菌属可能具有相关性。

目的:研究慢性自发性荨麻疹（CSU）患者和健康人的肠道菌群差异。方法:收集2019年1-12月在天津市第一中心医院皮肤科就诊的18例CSU患者（CSU组）及年龄、性别相匹配的18例健康对照（HC组）的粪便标本，提取总DNA，利用16S rRNA测序技术鉴定微生物种类，用生物信息学方法分析菌群差异。采用SPSS 23.0软件对试验数据进行统计学分析。结果:在α多样性方面，CSU组Observed OTU指数161.28 ± 35.47，Chao1指数161.31 ± 35.51，Shannon指数5.15 ± 0.47，Simpson指数0.94 ± 0.03，HC组分别为154.89 ± 54.46、154.92 ± 54.43、4.92 ± 0.88、0.91 ± 0.08，两组差异均无统计学意义（ t = 0.417、0.417、0.952、1.116，均 P > 0.05）。在β多样性方面，主成分分析显示，两组的第一主成分解释度为6.66%，第二主成分解释度为4.93%，两组菌群结构差异无统计学意义（ P = 0.672）。CSU组、HC组肠道菌群 Holdemania菌属相对丰度分别为0.04%、0.01%，两组间差异有统计学意义（ P = 0.025）。 结论:CSU患者与健康人肠道菌群存在一定差异。

目的:探讨M?bius综合征(MBS)患者的临床特征及可能的遗传发病机制。方法:收集2013年3月至2024年4月首都医科大学附属北京同仁医院眼科中心的14例(28只眼)散发MBS患者的病例资料。其中，男性5例(10只眼)，女性9例(18只眼)；年龄1 ～ 9岁，平均年龄(4.0±0.7)岁。询问或检查并记录患者的性别、年龄、最佳矫正视力、眼球运动、眼前节和眼底、体格发育及颅神经眼眶磁共振成像(MRI)的情况。采集患者及核心家系成员外周静脉血、提取基因组脱氧核糖核酸(DNA)并在illumina平台行全外显子组测序。使用SAMtools和ANNOVAR软件对变异进行识别和注释，对频率数据库中频率低于1%的变异进行过滤。在此基础上，筛选新生突变基因以及≥2个以上患者共有的突变基因。使用R包的maftools和GenVisR软件包分别行共有基因突变特征分析并绘制景观图。年龄、最小分辨角对数(logMAR)视力以及每个样本携带的共有基因突变数量经Shapiro－Wilk检验符合正态分布，以±s表示。性别、单侧或双侧受累、全身发育异常、突变分类、突变类型、突变频谱及共有基因突变频率采用频数和百分比描述。使用R语言ClusterProfiler中的超几何检验进行基因本体(GO)富集分析，使用Benjamini－Hochberg方法进行多重假设检验校正并筛选显著富集的条目。结果:本研究9例(18只眼)患者的logMAR视力为0.56±0.12。双眼外转受限者有10例(20只眼)，占71.43%(10/14)；单眼外转受限者有4例(4只眼)，占28.57%(4/14)。双侧面瘫者有5例，占35.7%(5/14)；单侧面瘫者有9例，占64.3%(9/14)。伴其他全身发育异常的患者有9例，占64.29%(9/14)。双侧外展神经(CN6)发育不良者有11例，占78.57%(11/14)；单侧CN6发育不良者有3例，占21.43%(3/14)。双侧面神经(CN7)发育不良者有9例，占64.3%(9/14)，单侧CN7发育不良者有5例，占35.71%(5/14)。2例MBS患者发现致病候选基因丛状蛋白D1(PLXND1)新变异2个，分别为杂合错义变异c.C4207T、p.R1403W和剪切位点变异c.2937＋6 G>T。14例患者共筛选出新生突变基因8个，分别为肌联蛋白(TTN)、碳酸酐酶9(CA9)、中间丝相关蛋白(RPTN)、SET结合因子2(SBF2)、丝状肌动蛋白结合蛋白(AFDN)、突触囊泡糖蛋白2C(SV2C)、神经丝蛋白重链(NEFH)和膜金属内肽酶样蛋白1(MMEL1)。≥2个以上患者共有的突变基因总计796个，突变数量为1987个。最常见的突变分类是错义突变，数量为1382个，占69.55%；最多见的突变类型是单碱基替换变异，数量为1534个，占77.20%；最常见的突变频谱是胞嘧啶被替换为胸腺嘧啶，数量为804个，占52.41%。每个样本所携带共有基因突变数量为126～161个，平均(141.93±11.35)个。按照突变频率排名，前10位的共有基因分别为B黑色素瘤抗原家族成员2/3/4/5(BAGE2/3/4/5)、与内体分选复合物Ⅲ相关的钠耐受增加1(IST1)、TTN、高尔基体蛋白A6家族样蛋白2(GOLGA6L2)、NEFH、UBX结构域蛋白11(UBXN11)、二氢硫辛胺支链转酰基酶E2 (DBT)、羰基还原酶4(CBR4)、肌动蛋白相关蛋白3C(ACTR3C)和含V－Set免疫球蛋白域蛋白2(VSIG2)，频率分别为100%、93%、64%、64%、57%、50%、50%、50%、50%和43%。经GO数据库中的生物学过程数据库注释，在本研究全部MBS患者14例(28只眼)中发现的共有突变基因集的基因数量为701个，查询GO数据库获得背景基因集的基因数量为18 722个。比较不同通路的注释基因在此两个基因集中分布的差异，将其概率值按照升序排列，显著富集的通路依次为调控小谷氨酰胺转肽酶介导的信号转导、基于微管的运动、轴突发生、眼形态发生、通过质－膜粘附分子的细胞间粘附、肌动球蛋白结构组装、肌原纤维的组装及微管束的合成，其概率值依次为0.0002、0.004、0.004、0.004、0.004、0.004、0.011及0.011。结论:MBS患者的临床表型异质性较强，多数患者伴随有除面瘫和眼球外转受限以外的多发先天畸形。基于全外显子组测序的生物信息学分析结果提示参与神经发育和轴突生长过程的多个基因和生物学过程可能与MBS发病相关，进一步揭示了遗传因素在MBS发病中的作用。

患者,男,40岁,上海市居民.2018年7月因"急性腹泻"就诊于同济大学附属杨浦医院急诊内科.患者自述水样便腹泻1d.患者发病前1个月有巴拿马旅行史,无饮生水和食生肉史.血常规检查结果C反应蛋白升高(16.17 mg/L),其余指标正常,提示感染.患者粪样涂片镜检查见蓝氏贾第鞭毛虫包囊和滋养体.间接免疫荧光试验检测结果显示,蓝氏贾第鞭毛虫滋养体被患者血清(1:50)识别,虫体表面有较强的荧光染色.提取患者粪样DNA,PCR扩增出147 bp的蓝氏贾第鞭毛虫特异性18S核糖体基因片段,该片段序列与蓝氏贾第鞭毛虫集聚体A(GenBank登录号:KY706490)的序列一致性为100％,在邻接法构建的系统进化树上与蓝氏贾第鞭毛虫集聚体A聚在同一分支上.结合患者临床表现和相关检查结果,诊断患者为蓝氏贾第鞭毛虫感染.临床给予患者甲硝唑(每日20mg/kg,分3次口服,连服7d)治疗.2周后复查血常规和粪便常规,均恢复正常,患者病情好转.

目的 建立症状性颈动脉狭窄及无症状性颈动脉狭窄患者(Exo)微小核糖核酸(miRNA)差异表达谱,并对其进行生物学功能分析.方法 收集2022年12月-2023年1月于河北省人民医院神经内科就诊的4例症状性颈动脉狭窄患者血浆(实验组)和3例无症状性颈动脉狭窄患者血浆(对照组),使用QIAGEN法提取血浆中的Exo,采用透射电子显微镜(TEM)、纳米微粒追踪检测技术(NTA)和蛋白印迹进行鉴定Exo形态、粒径大小以及表面标志蛋白.采用高通量测序技术评估实验组和对照组血浆中Exo miRNAs表达,基于生物信息学进行GO和KEGG通路富集分析.结果 Exo颗粒呈典型圆盘状的囊泡结构,检测到Exo阳性蛋白CD63.症状性颈动脉狭窄患者与无症状性颈动脉狭窄患者相比外泌体中有22个miRNA上调,18个miRNA下调,差异表达的Exo miRNA的靶基因主要在PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、FoxO信号通路等显著富集.结论 本研究发现较对照组相比,症状性颈动脉狭窄患者存在40个差异表达的Exo miRNAs.血浆Exo miRNAs可能通过PI3K-Akt、MAPK、FoxO等信号通路参与颈动脉狭窄的发生发展过程.

目的:探讨二氧化硅所致急性肺损伤大鼠模型的潜在生物学机制.方法:采用随机数字表法,将SD雄性大鼠划分为正常组和二氧化硅模型组.正常组经气管灌注1 mL生理盐水,模型组经气管灌注等体积50 g/L二氧化硅混悬液.7 d后收集大鼠肺组织和血清,HE染色观察肺组织病理学特征,免疫组化检测肺组织核苷酸结合寡聚化结构域样受体蛋白3(NLRP3)和消皮素D(GSDMD)蛋白表达,ELISA法检测血清炎症因子白细胞介素1β(IL-1β)、IL-18和肿瘤坏死因子α(TNF-α)水平;从肺组织中提取细菌DNA,经16S核糖体RNA基因测序描述肺部菌群组成变化,通过生物信息学分析比较正常组与模型组菌群结构差异.结果:与正常组相比,模型组大鼠体重增长率和肺指数有显著差异;模型组大鼠肺组织HE染色可见肺泡结构破坏,炎性细胞增多;模型组大鼠肺组织NL-RP3和GSDMD蛋白表达水平均显著升高,血清IL-1β、IL-18和TNF-α水平均显著升高.与正常组相比,模型组丰度增加的肺部菌群为双歧杆菌(Bifidobacterium)、Clostridium sensu stricto 1和副萨特氏菌(Parasutterella).Spearman相关性分析显示,肺组织NLRP3/GSDMD和血清IL-1β/TNF-α水平与Parasutterella丰度呈正相关.结论:二氧化硅所致急性肺损伤的病理机制可能与肺部菌群结构差异和炎症水平升高有关.因此,调节肺部菌群可能为防治二氧化硅引起的急性肺损伤提供新的思路.

目的 筛选血痕中与其形成时间(time since deposition,TSD)具有相关性的RNA生物标志物并构建血痕形成时间推断模型.方法 从文献筛选 12 个候选RNA生物标志物(ALAS2、B2M、HBA、HBB、PPIA、ACTB、GAPDH、SPTB、SNORD24、SNORD38B、5S rRNA、18S rRNA),以let-7g-5p为内参基因,利用实时荧光定量PCR(Quantitative Real-time PCR,RT-qRCR)技术检测 10 名健康无关个体在 7 个时间节点的 70 份血痕样本,候选RNA生物标志物在 0～180 d范围内的相对表达丰度,筛选与形成时间相关性高的RNA生物标志物,以此构建用于血痕形成时间推断的多元线性回归模型并验证.结果 通过GraphPad Prism和SPSS Statistic 22 软件对候选RNA生物标志物的?Cq值(?Cq = Cq 生物标志物-Cq let-7g-5p)进行正态分布分析和相关性分析,确认PPIA、ACTB、GAPDH、ALAS2、B2M、HBA、18S rRNA和HBB这 8 个RNA生物标志物与血痕形成时间具有相关性.根据模型构建需要,选择向后回归法分别基于8个、4 个、2个RNA生物标志物构建血痕形成时间推断多元线性回归模型,通过留一法对模型进行验证,选取实验样本和案件样本对模型推断效果进行测试,确定模型平均绝对偏差(Mean absolute deviation,MAD).结论 本研究构建和验证了用于血痕形成时间推断的基于多个RNA生物标志物的多元线性回归模型,并使用案件样本进行了测试,评估了模型的实战应用潜力.