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基于加权基因共表达网络分析筛选儿童神经母细胞瘤中MYCN扩增相关基因
编辑人员丨6天前
目的:通过生物信息学分析探究儿童神经母细胞瘤中与MYCN(N-myc)基因相关的共表达基因。方法:下载TARGET数据库神经母细胞瘤表达数据共179例,WGCNA分析筛选MYCN扩增共表达基因模块;针对目标基因模块个基因行GO、KEGG富集分析筛选MYCN扩增相关基因可能参与生物过程及信号通路;以MYCN扩增状态将神经母细胞瘤表达数据分为扩增组65例、非扩增组114例,行差异表达基因分析;筛选的差异表达基因同MYCN扩增相关基因取交集后运用K-M法行生存分析(log-rank检验),筛选预后相关基因,Logistics回归探究MYCN扩增状态同预后基因的关系。结果:WGCNA分析提示MEgreenyellow模块同MYCN基因扩增状态相关性最强( R=0.46, P<0.05),为共表达基因,包含基因1 216个,富集分析提示MYCN扩增共表达基因多参与RNA相关通路(RNA的转运、剪切、修饰,RNA相关酶的活性等过程);差异表达基因分析显示,MYCN扩增组相较于非扩增组,基因表达上调47个,表达下调123个;WGCNA分析同差异表达基因取交集筛选出22个关键基因,行生存分析显示同预后相关的基因( P<0.05)有12个,其中DDX1与其他关键基因相关性相对较弱,或为神经母细胞瘤独立预后因素。 结论:LINC00839、ATP结合盒亚家族C4(ABCC4)、亚甲基四氢叶酸脱氢酶(NADP +依赖)2(MTHFD2)、磷酸甘油酸脱氢酶(PHGDH)、序列相似性家族13 A(FAM11A)、磷酸丝氨酸转氨酶1 (PSAT1)、假尿苷酸合酶7(PUS7)、DEAD-box解旋酶1(DDX1)、溶质载体有机阴离子转运蛋白家族5A1(SLCO5A1)、Junctophilin 1(JPH1)、溶质载体家族16 1(SLC16A1)、MYCN Opposite Strand(MYCNOS)为神经母细胞瘤中MYCN扩增的共表达基因,与较差的预后相关,是神经母细胞瘤潜在的治疗靶点及预后指标。
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编辑人员丨6天前
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75例肝型肝豆状核变性患儿的临床表型及 ATP7B基因变异分析
编辑人员丨6天前
目的:分析西北地区肝型肝豆状核变性(Wilson’s disease,WD)患儿的临床特征与 ATP7B基因变异情况。 方法:回顾分析75例肝型WD患儿的临床及 ATP7B基因变异的特点。 结果:75例患儿中,症状前患儿4例,表现为单纯转氨酶升高者59例,急慢性肝病者12例; ATP7B基因纯合变异9例,复合杂合变异64例,杂合变异2例;共检测出49个变异,高发变异位点为c.2333G>T(p.Arg778Leu)、c.2621C>T(p.Ala874Val)及c.2975C>T(Pro992Leu),等位基因频率分别为28.7%、12.7%及9.3%;检出了c.1908dupC(p.Asn637Glnfs*118)、c.4179_4180insC(p.Pro1394Profs*15)、c.1604A>G(p.Glu535Gly)、c.2278C>T(p.Pro760Ser)、c.3008C>A(p.Ala1003Glu)及c.3532A>C(p.Thr1178Pro)6个新变异,除c.1604A>G(p.Glu535Gly)为临床意义不明确变异外,余均为可能致病性变异。儿童肝型WD的基因型-表型间无明显相关性。 结论:西北地区肝型WD患儿常见 ATP7B变异类型为c.2333G>T(p.Arg778Leu)、c.2621C>T(p.Ala874Val)及c.2975C>T(p.Pro992Leu),基因型-表型间无明显相关性。
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编辑人员丨6天前
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115例肝豆状核变性患者的基因型-表型关系和遗传学研究
编辑人员丨6天前
目的:探讨肝豆状核变性(WD)的基因型-表型关系,研究 ATP7B基因突变谱。 方法:回顾性分析2015年至2022年在郑州大学第一附属医院确诊的115例WD患者的临床资料和基因检测结果。计量资料比较采用秩和检验,计数资料比较采用 χ2检验;采用多因素logisitc回归法分析患者基因型和表型的相关性。 结果:以肝脏表现起病的(肝型)占60.9%,神经系统症状起病的(脑型)占13.0%,肝脑混合型占26.1%。症状前个体占肝型的62.9%。二代测序诊断WD的占87.8%,联合多重连接探针扩增技术诊断WD的占89.6%,仅检测到1个致病位点的占10.4%。基因检测结合临床资料对WD的诊断率为100%。共检出 ATP7B变异76种,突变频率最高前3位的为c.2333G>T(p.Arg778Leu,30.7%)、c.2975C>T(p.Pro992Leu,7.3%)和c.2621C>T(p.Ala874Val,6.4%)。变异主要分布在第8、11~13和15~18号外显子,占变异总数的90%以上。发现新变异8个,分别为c.3724G > A(p.Glu1242Lys)、c.3703G > C(p.Gly1235Arg)、c.3593T > C(p.Val1198Ala)、c.2494A > C(p.Lys832Gln)、c.1517T > A(p.Ile506Lys)、c.484G > T(p.Glu162Ter)、c.1870-49A > G和第10~21号外显子缺失。肝组织病理学示细胞水肿变性、炎性和坏死,铜染色阳性率仅为42.8%。基因型-表型分析显示,携带p.Arg778Leu变异者比携带其他变异者的丙氨酸转氨酶(ALT)水平更高( P = 0.024),p.Arg778Leu纯合变异和脑型患者相关( P = 0.027)。 结论:基因检测在WD确诊中发挥重要作用。p.Arg778Leu为中国人群第1高频变异,携带该变异的患者ALT水平较高;p.Arg778Leu纯合变异易导致脑型WD。该研究扩展了 ATP7B基因变异谱。
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编辑人员丨6天前
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基于单细胞转录组测序探讨小鼠脉络膜新生血管内皮细胞的病理特征
编辑人员丨6天前
目的:基于单细胞转录组测序(scRNA-seq)探讨小鼠脉络膜新生血管(CNV)中内皮细胞(EC)的分子表达与病理特征。方法:取6只6~8周龄C57BL/6小鼠按照随机数字表法随机分为2个组,每组3只,处死后摘取双眼眼球,分别采用剪碎脉络膜巩膜复合体法和刮取脉络膜法分离脉络膜组织,采用胰蛋白酶/Ⅰ型胶原酶37 ℃连续消化制得单细胞悬液,流式细胞术检测细胞活率及EC比例,确定单细胞悬液制备方法。选取6只小鼠随机分为正常对照组和CNV组,每组3只,其中CNV组小鼠建立激光诱导的CNV模型;于造模后7 d制备单细胞悬液,采用10xGenomics进行单细胞分离并构建测序文库,Illumina Novaseq6000进行高通量测序,获得基因表达矩阵;根据文献报道并参考Cellmarker数据库定义细胞亚群;选取EC亚群进行拟时序分析,生成各个细胞分化状态(State)的基因表达矩阵,筛选CNV-EC并初步分析表达特征。另选取6只小鼠建立CNV模型,于造模后7 d取小鼠眼球制备冰冻切片,免疫荧光染色检测EC标志物Pecam1与线粒体外膜蛋白Tomm20、mt-Co1和毛细血管标志物Kdr、Plvap的共定位及面积占比情况,并统计血管直径。结果:剪碎复合体和刮取脉络膜所制备单细胞悬液的细胞活率分别为99.4%和99.1%,符合测序要求;流式细胞术检测EC占比约为1.58%。scRNA-seq结果显示,正常对照组和CNV组小鼠脉络膜均包含13个细胞亚群,与正常对照组比较,CNV组视锥/视杆细胞、EC和造血系细胞比例增加,视网膜色素上皮(RPE)细胞和施万细胞比例相应减少。在所有细胞亚群中,EC比例为18.40%。EC拟时序分析显示,脉络膜EC可分为4个State,CNV组中位于State 2状态的EC比例为29.1%,较正常对照组的9.5%明显升高;差异基因分析显示,State 2 EC中线粒体相关基因 mt-Nd4和 mt-Atp6等表达上调而毛细血管基因 Kdr和 Esm1等表达显著下调。免疫荧光染色结果显示,CNV区域内Tomm20和mt-Co1在Pecam1阳性EC内表达分布面积比例分别为(19.50±4.68)%和(4.64±2.82)%,明显高于正常区域的(3.00±2.09)%和(0.18±0.34)%,差异均有统计学意义( t=7.88、3.84,均 P<0.01)。CNV区域内Kdr和Plvap在Pecam1阳性EC内表达面积比例分别为(1.50±0.29)%和(0.79±0.97)%,明显低于正常区域的(31.30±5.44)%和(10.43±2.28)%,差异均有统计学意义( t=13.40、9.48,均 P<0.01)。CNV区域血管直径为(5.52±1.85)μm,明显大于正常区域的(4.21±1.84)μm,差异有统计学意义( t=9.57, P<0.001)。 结论:CNV发生时,脉络膜组织中EC比例增加,CNV-EC呈现线粒体代谢活化和毛细血管特性丢失的病理特征,提示EC线粒体活化可能在CNV生成中具有一定的作用。
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编辑人员丨6天前
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应用腺相关病毒-规律间隔成簇短回文重复序列及其相关核酸酶9系统基因治疗威尔森氏症的实验研究
编辑人员丨6天前
目的:应用腺相关病毒(AAV)-规律间隔成簇短回文重复序列及其相关核酸酶9(CRISPR/Cas9)系统体外实验研究基因治疗威尔森氏症(WD)。方法:选用2月龄雄性Toxic milk (TX)小鼠作WD模型,设计小向导RNA(sgRNA)并构建含有CRISPR元件的AAV载体质粒命名为pAAV-sgRNA1、2、3,制备AAV,病毒滴度达1~4×10 13 GC/ml;感染WD肝细胞,72 h后提取基因组DNA,聚合酶链反应(PCR)后测序检测基因编辑效率,筛选出其中活性最高者sgRNA1,构建相应的同源修复模板(HT)质粒命名为pAAV-HT,应用AAV-sgRNA1和AAV-HT共感染WD肝细胞,测序和T7E1酶切检测模板修复效率;用HT特异性引物行PCR,验证HT掺入。组间比较采用Student’s t检验。 结果:Sanger测序结果显示,sgRNA1在体外有最高的编辑效率[(20.2±2.3)%],与sgRNA2、3比较[(3.1±1.3)%、(14.6±2.0)%],差异有统计学意义( P<0.05)。进一步用HT进行基因修正,能检出特异性修正后的ATP7B基因;二代测序测序显示修复率为(7.9±2.7)%。 结论:AAV-CRISPR系统在体外可以达到较高编辑效率和修复效率。
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编辑人员丨6天前
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一例Menkes病患儿的基因变异分析
编辑人员丨6天前
目的:对一例疑诊Menkes病患儿进行临床和遗传学分析。方法:提取患儿及其父母基因组DNA,行家系全外显子测序及多重连接探针扩增技术检测ATP7A基因微重复、缺失,对疑似致病变异行生物信息学分析,并对患儿及其父母行一代测序验证变异位点。结果:在受检者ATP7A基因发现c.1870-13T>G的核苷酸变异,为新发剪切变异。结论:该患儿为ATP7A基因c.1870-13T>G变异而导致Menkes病,家系全外显子测序为表型异质性强的遗传性疾病提供了有力工具。
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编辑人员丨6天前
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孕前扩展性携带者筛查在中国汉族育龄人群中的应用价值
编辑人员丨6天前
目的:探讨孕前扩展性携带者筛查(preconception expanded carrier screening,PECS)在中国汉族育龄人群中的临床应用价值。方法:回顾性研究2019年9月至2022年5月期间于郑州大学第二附属医院生殖医学中心采用序贯筛查模式进行PECS的不孕不育夫妇的基因检测结果,对单基因病致病基因携带率、高危夫妇携带率及高危夫妇的临床结局进行统计和分析。结果:共有1 565例患者接受PECS,均为汉族人群,其中接受扩展型108种单基因病检测的女性患者420例,男性患者84例,目标基因总体携带率为30.75%(129/420)。检出1对高危夫妇,携带率为1.19 %(1/84),检测基因中携带率较高的分别是 MMACHC[2.58%(13/504)]、 ATP7B[(2.38%(12/504)]、 SLC22A5[2.18%(11/504)]、 GALC[1.79%(9/504)]、 PAH[1.79%(9/504)]、 MLC1[1.19%(6/504)],余下均不足1%。接受脆性X综合征 FMR1基因检测的患者共555例, FMR1基因突变5例,占0.90%,对全突变患者直系亲属进行检测,其母亲为前突变携带者(CGG重复数为105)。接受脊髓型肌萎缩症 SMN1基因携带者筛查的患者共502例,女性阳性携带者14例,男性阳性携带者2例,总体携带率为3.19%。 结论:单基因隐性遗传病在人群中携带率较高,孕前进行筛查可以为患者提供优生优育指导,选择胚胎植入前单基因遗传学检测(preimplantation genetic testing for monogenic/single gene disorders,PGT-M)和产前诊断,可避免患儿的出生。
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编辑人员丨6天前
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妊娠期肝豆状核变性的管理
编辑人员丨6天前
肝豆状核变性(Wilson病,WD)是一种以铜代谢障碍为特征的常染色体隐性遗传病。它是由ATP7B基因突变引起,导致铜从胆汁排泄障碍,进而在肝脏和脑等部位病理性沉积。早期诊断、早期治疗可以显著改善患者预后。但目前关于妊娠期WD的治疗和管理仍未达成明确共识。现对妊娠期WD的临床管理进行总结,以供临床医生参考。
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编辑人员丨6天前
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神经生长因子基因转染在小鼠治疗性血管生成中诱导缺血肢体骨骼肌纤维重塑的机制
编辑人员丨6天前
目的:探索神经生长因子(NGF)在小鼠治疗性血管生成中诱导缺血肢体骨骼肌纤维重塑的机制。方法:雌性ICR小鼠18只,无特定病原体级,6周龄,体重25~30 g。按随机数字表法分为假手术组( n=6)、空白对照组( n=6)和NGF基因治疗组( n=6)。对空白对照组和NGF基因治疗组小鼠进行后肢缺血造模,在术后第7天对假手术组注射生理盐水,空白对照组小鼠进行空质粒转染,NGF基因治疗组小鼠进行NGF基因转染。在术后第21天对患肢血流灌注评估后进行腓肠肌取材。对3组腓肠肌标本进行苏木精-伊红(HE)染色,CD31和增殖细胞核抗原(PCNA)免疫组织化学染色,实时荧光定量PCR检测肌球蛋白重链(MHC)-Ⅰ、MHC-Ⅱa及MHC-Ⅱb的mRNA表达,Western blot检测NGF和过氧化物酶体增殖物激活受体-β/δ(PPAR β/δ)的表达,酶联免疫吸附试验(ELISA)法检测细胞色素C氧化酶(COX)、异柠檬酸脱氢酶(IDH)和三磷酸腺苷(ATP)表达量。 结果:术后第21天,NGF基因转染组小鼠患肢血流灌注量为(195.70±9.99)PU,低于假手术组(312.15±17.32)PU( P=0.001),但高于空白对照组(82.11±8.55)PU( P=0.001)。NGF组的肌肉萎缩程度低于空白对照组,NGF基因转染组的毛细血管密度为(0.34±0.05),高于假手术组(0.11±0.03)和空白对照组(0.27±0.04)(均 P<0.05)。NGF基因转染组的内皮细胞增殖指数为(0.39±0.19),高于假手术组(0.18±0.01)和空白对照组(0.25±0.14)(均 P<0.05)。NGF基因转染组的NGF、PPAR β/δ、COX、IDH、ATP的表达水平,以及MHC-ⅠmRNA表达水平较假手术组和空白对照组均明显升高(均 P<0.05)。 结论:NGF基因转染后能够促进小鼠缺血肢体毛细血管生成,增加其血流灌注,进而诱导骨骼肌肌纤维向Ⅰ型重塑,该过程可能与NGF诱导PPAR β/δ表达,促进骨骼肌细胞有氧代谢有关。
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编辑人员丨6天前
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4号环状染色体嵌合体综合征的临床特征及遗传学分析
编辑人员丨6天前
目的:对1例以"自幼身材矮小"为主要临床特征的患儿进行分子细胞遗传学分析。方法:对患儿进行外周血常规染色体G显带核型检测、染色体微阵列检测和高通量测序,并进行生物信息学分析。结果:染色体G显带核型分析结果为45,XY,-4[3]/46,XY,r(4)(p16q35)[84]/47,XY,-4,r(4)(p16q25)*2[7]/ 48,XY,-4,r(4)(p16q35)*3[1]/46,XY,dic r(4;4)(p16q35;p16q35)[2]/46,XY,add(4)(p16)[3],染色体微阵列分析结果显示患儿染色体4p16.3区域发生647 kb的缺失,生物信息学分析发现该区域包含 ZNF141、PIGG、PDE6B、ATP5I、PCGF3和 MYL5等6个功能基因。高通量测序未检测到与患儿临床症状相符的致病性/疑似致病性变异。 结论:综合传统的染色体核型分析技术、染色体微阵列技术和高通量测序技术发现1例罕见的4号环状染色体嵌合体综合征。传统的细胞遗传学检测和现代分子遗传学检测各有优缺点,环状染色体的检测需要联合传统的细胞遗传学检查技术和分子遗传学检测技术进行综合分析。
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编辑人员丨6天前
