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南洋鼠线粒体基因组结构特征及其属级分类关系的分子证据
编辑人员丨1天前
南洋鼠(Chiromyscus langbianis)是亚洲特有的一种树栖鼠类,其属级分类一直存在争议,不同的分类系统将其归入白腹鼠属(Niviventer)或费氏树鼠属(Chiromyscus),影响了对其生物学特性的认识.本研究旨在通过测定和分析南洋鼠的线粒体基因组,探讨其线粒体基因组结构特征,并利用近邻相接法(neighbor-joining method,NJ)和最大似然法(maximum likeli-hood method,ML)构建22个近缘物种线粒体基因组的系统发育树,厘清南洋鼠的属级分类关系.结果表明,南洋鼠线粒体基因组总长度为16 288 bp,包含22个tRNA基因、13个蛋白编码基因、2个rRNA基因和一段非编码区(non-coding region,NCR),线粒体基因组碱基组成为 A 36.6%、T 28.9%、G 15.0%和 C 19.5%,AT 偏斜(AT-skew)为 0.092,GC 偏斜(GC-skew)为-0.337.在22个tRNA基因中,除tRNASer(AGY)缺少D环外,其余的21个tRNA基因均能够折叠成典型的三叶草结构.同时,部分tRNA基因,如tRNAPhe出现了A-A,tRNAVa1、tRNALeu、tRNAI1e出现了C-U等非经典配对,以维持tRNA二级结构的稳定性.基于近邻相接法和最大似然法构建的系统发育树表明,南洋鼠与费氏树鼠属的亲缘关系更近.进一步基于线粒体Cytb和Cox1构建的系统发育树及遗传距离分析结果,均支持南洋鼠划入费氏树鼠属.本研究为南洋鼠的分类地位和系统发育关系提供了分子证据,也为其种群遗传学的研究提供了数据参考.
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编辑人员丨1天前
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预后营养指数对新疆喀什地区糖尿病足患者全因死亡的预测价值
编辑人员丨1天前
目的 评估预后营养指数(prognostic nutritional index,PNI)对新疆喀什地区糖尿病足患者全因死亡的预测价值.方法 采用回顾性队列研究方法,收集2018年1月-2019年12月新疆喀什地区第二人民医院内分泌科收治的132例糖尿病足患者临床资料,以患者出院之日作为起点进行电话随访(每年1次),以死亡或满3年为随访终点.根据3年随访时的生存情况分为生存组78例和死亡组54例.根据PNI最佳截断值分为高PNI组86例(PNI≥41.62)和低PNI组46例(PNI<41.62),采用Kaplan-Meier法进行生存分析比较两组生存率,采用Cox比例风险模型探索PNI和糖尿病足患者全因死亡的关系.结果 本研究最终纳入132例糖尿病足患者,平均年龄(60.5±10.02)岁,其中男性89例(67.4%),随访期间共54例(40.9%)患者死亡.ROC曲线分析显示,PNI预测糖尿病足患者全因死亡的曲线下面积为0.798(95%CI:0.721~0.875,P<0.000 1),最佳截断值41.62,灵敏度为61.1%,特异度为83.3%.Log-rank检验表明,低PNI组总生存率较低(P<0.001).多因素Cox回归分析显示,PNI、冠心病、重型溃疡与糖尿病足患者全因死亡独立相关(P<0.05).结论 在新疆喀什地区,PNI高的糖尿病足患者死亡率较低,PNI对糖尿病足患者的全因死亡具有一定的预测价值.
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编辑人员丨1天前
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胃癌组织miR-23a-3p、miR-361-5p表达与PI3K/AKT/mTOR信号通路和预后的关系研究
编辑人员丨1天前
目的 探讨胃癌组织微小核糖核酸(miR)-23a-3p、miR-361-5p表达与磷脂酰肌醇3激酶(PI3K)/蛋白激酶B(AKT)/哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mTOR)信号通路和预后的关系.方法 采用实时荧光定量聚合酶链反应检测120例胃癌患者胃癌组织与癌旁组织中miR-23a-3p、miR-361-5p、PI3K mRNA、AKT mRNA、mTOR mRNA 表达.Pearson 相关分析胃癌组织中 miR-23a-3p、miR-361-5p 表达与 PI3K mRNA、AKT mR-NA、mTOR mRNA表达的相关性,以及分析miR-23a-3p、miR-361-5p表达与胃癌患者临床病理特征的关系.Kaplan-Meier生存分析胃癌组织中不同miR-23a-3p、miR-361-5p表达与胃癌患者生存预后的关系.单因素及多因素COX回归分析影响胃癌患者生存预后因素.结果 相比于癌旁组织,胃癌组织中miR-23a-3p、miR-361-5p表达明显较低,而PI3K mRNA、AKT mRNA、mTOR mRNA表达明显较高,差异有统计学意义(均P<0.05).Pearson 相关分析结果显示,胃癌组织中 miR-23a-3p、miR-361-5p 表达与 PI3K mRNA、AKT mR-NA、mTOR mRNA表达呈负相关(均P<0.05).不同肿瘤TNM分期、肿瘤分化程度、术后辅助化疗及淋巴结转移的胃癌患者胃癌组织中miR-23a-3p、miR-361-5p表达比较,差异有统计学意义(均P<0.05).miR-23a-3p低表达胃癌患者3年总体生存率为46.77%(29/62),低于miR-23a-3p高表达胃癌患者3年总体生存率[81.03%(47/58)],差异有统计学意义(Log-Rank x2=30.243,P<0.001).miR-361-5p 低表达胃癌患者 3 年总体生存率为50.79%(32/63),低于miR-361-5p高表达胃癌患者3年总体生存率[77.19%(44/57)],差异有统计学意义(Log-Rank x2=24.932,P<0.001).单因素及多因素Cox回归分析结果显示,TNM分期Ⅲ期、有淋巴结转移、无术后辅助化疗、miR-23a-3p低表达、miR-361-5p低表达是影响胃癌患者不良预后的独立危险因素(P<0.05).结论 胃癌患者胃癌组织中miR-23a-3p、miR-361-5p表达降低,二者表达与PI3K/AKT/mTOR信号通路有关,是潜在的胃癌预后相关的肿瘤标志物.
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编辑人员丨1天前
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美托洛尔对脓毒症心肌损伤预后的影响:基于MIMIC-Ⅳ数据库的回顾性研究
编辑人员丨1天前
目的 β受体阻滞剂在治疗脓毒症心肌损伤(sepsis included myocardial injury,SIMI)方面展现出潜在的治疗价值.本研究的目标的是探索美托洛尔治疗对与SIM1患者预后的影响之间的关联.方法 本研究中的SIMI患者主要来源于重症监护医学信息数据库(MIMIC)-Ⅳ.将筛选后的SIMI患者分为使用美托洛尔组和未使用美托洛尔组,随后进行倾向性匹配分析(PSM)以减少组间基线偏差.主要结局为28 d全因病死率,次要结局为90 d和1年全因病死率.采用Kaplan-Meier(K-M)曲线和Cox回归分析评价美托洛尔对SIMI患者预后的影响.此外,我们收集了首都医科大学附属北京朝阳医院的数据进行外部验证.结果 PSM前后的队列分别包括2550例和1912例患者.在PSM队列中,K-M曲线显示,使用美托洛尔组患者的28 d、90 d、1年累积病死率显著低于未使用美托洛尔组;多因素Cox回归显示,美托洛尔的使用与较低的28 d病死率[风险比(HR)=0.56,95%可信区间(CI):0.47~0.66,P<0.001]、90 d 病死率(HR=0.65,95%CI:0.56~0.75,P<0.001)和 1 年病死率(HR=0.69,95%CI:(0.61~0.78),P<0.001)均相关.外部验证进一步证明了这一结果.结论 美托洛尔的使用与SIMI患者全因病死率降低相关.
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编辑人员丨1天前
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结直肠癌组织中CHIP、FAT4表达及临床意义
编辑人员丨1天前
目的 探讨结直肠癌(CRC)组织中热休克蛋白70羧基末端相互作用蛋白(CHIP)、脂肪非典型钙黏蛋白4(FAT4)表达及临床意义.方法 选取2018年5月至2020年5月在该院诊治的92例CRC患者作为研究对象.免疫组化检测CRC组织和癌旁组织中CHIP、FAT4表达.Spearman秩相关分析CRC组织中CHIP与FAT4表达的相关性.Kaplan-Meier曲线分析CHIP、FAT4表达与CRC患者生存预后的关系.Cox比例风险模型分析CRC患者预后影响因素.结果 相比于癌旁组织,CRC组织中CHIP阳性率较高[65.22%(60/92)vs.10.87%(8/92)],FAT4 阳性率较低[28.26%(26/92)vs.89.13%(82/92)],差异有统计学意义(x2=63.075、70.300,P<0.001).CRC 组织中 CHIP 与 FAT4 表达呈负相关(r=-0.781,P<0.001).与TNM分期Ⅰ~Ⅱ期、高中分化、无淋巴结转移的CRC组织中CHIP、FAT4阳性率比较,TNM分期Ⅲ期、低分化程度及有淋巴结转移的CRC组织中CHIP阳性率较高,FAT4阳性率较低,差异有统计学意义(P<0.05).CHIP阳性和CHIP阴性患者3年生存率分别为48.33%(29/60),78.13%(25/32),差异有统计学意义(Log-rank x2=6.709,P=0.010).FAT4 阳性和 FAT4 阴性患者 3 年生存率分别为 81.25%(13/16),53.95%(41/76),差异有统计学意义(Log-rank x2=5.124,P=0.032).TNM分期Ⅲ期、低分化程度、有淋巴结转移、CHIP阳性是影响CRC患者预后的危险因素,FAT4阳性是预后的保护因素.结论 CRC组织中CHIP表达升高,FAT4表达降低,两者表达与CRC不良临床病理特征有关,有助于评估CRC患者的生存预后.
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编辑人员丨1天前
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热休克相关蛋白HSPH1在宫颈癌组织中的表达及其与预后的相关性分析
编辑人员丨1天前
目的:分析热休克蛋白家族 H(Hsp110)成员 1[heat shock protein family H(Hsp110)member 1,HSPH1]在宫颈癌组织中的表达及其与预后的相关性.方法:收集2018年2月至2021年1月首次确诊的60例宫颈癌患者的癌组织和相邻非癌组织.通过qRT-PCR检测HSPH1表达,分析其与肿瘤标志物、宫颈癌病理特征之间的关系,并通过Cox回归模型确定3年生存的独立预后因子.利用时间依赖性受试者工作特征(ROC)曲线评估HSPH1预测1年、2年和3年生存的临床价值,并通过外部数据库和细胞实验验证结果.结果:HSPH1在临床样本和GSE29570数据库宫颈癌组织中均呈高表达(P<0.05),且与CA125、CA19-9、CEA和SCCA呈正相关(均r>0,P<0.05).高表达组(≥1.57)肿瘤大小≥4 cm、FIGOⅢ~Ⅳ期、淋巴结转移及淋巴血管空间侵犯比例均高于低表达组(P<0.05).TCGA数据库和临床样本分析显示,高表达组患者生存率显著低于低表达组(P<0.01).多因素Cox回归分析显示,HSPH1<1.57(HR=0.299,P=0.039)和无淋巴结转移(HR=0.245,P=0.003)是独立预后因子.HSPH1预测1年、2年和3年生存的曲线下面积分别为0.82、0.85和0.88.结论:HSPH1在宫颈癌组织中的高表达与患者较差的预后之间存在显著相关,HSPH1可作为宫颈癌预后评估和治疗靶点的潜在生物标志物.
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编辑人员丨1天前
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成纤维细胞激活蛋白-α表达水平预测局部晚期食管鳞状细胞癌患者疗效分析
编辑人员丨1天前
目的 分析治疗前成纤维细胞激活蛋白-α(FAP-α)在不可手术局部晚期食管鳞状细胞癌(LA-ESCC)患者中的预后意义.方法 回顾性分析2018-06-01-2020-05-01在山东省肿瘤医院接受同步放化疗(CCRT)的65例LA-ESCC患者临床资料.通过免疫组织化学法检测患者接受CCRT治疗前病理穿刺活检标本中FAP-α表达(高表达组27例,低表达组38例),并对其表达进行评分.x2检验分析FAP-α表达与临床因素的关系;Cox比例风险回归模型进行单因素和多因素分析;Kaplan-Meier法绘制生存曲线,Log-rank检验比较组间生存率.结果 FAP-α高表达组中位无进展生存期(PFS)为17.1个月(95%CI:13.98~20.29),低表达组为19.8个月(95%CI:18.01~21.53);FAP-α高表达组中位总生存期(OS)为 21.7 个月(95%CI:19.09~24.25),低表达组为 24.3 个月(95%CI:23.60~25.00).FAP-α 高表达组1年和3年PFS率分别为80.9%和18.5%,OS率分别为96.3%和18.7%;低表达组1和3年PFS率分别为100.0%和15.6%,OS 率分别为 100.0%和 33.6%.2 组 PFS(x2=4.041,P=0.044)和 OS(x2=4.330,P=0.037)差异均有统计学意义.多因素 Cox 分析显示,FAP-α 高表达[PFS:HR(95%CI)为 1.91(1.09~3.34),P=0.023;OS:HR(95%CI)为2.13(1.12~4.08),P=0.022]和较高的肿瘤位置[PFS:HR(95%CI)为 2.13(1.21~3.73),P=0.009;OS:HR(95%CI)为2.20(1.14~4.27),P=0.020]是影响LA-ESCC患者PFS和OS的独立预后危险因素.结论 FAP-α可能是不可手术LA-ESCC患者的重要调节因子,可能为LA-ESCC患者提供新的治疗靶点.
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编辑人员丨1天前
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铁死亡相关基因影响肝细胞癌肿瘤微环境及预后风险研究
编辑人员丨1天前
目的:通过生物信息学方法,揭示肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)的异质性,探讨铁死亡相关基因与HCC肿瘤微环境(tumor microenvironment,TME)的关系,并构建基于铁死亡相关基因的预后模型,为预防HCC患者复发提供新的思路.方法:基于TCGA数据库和NODE数据库,利用非负矩阵分解聚类分析鉴定分子亚型,通过ESTIMATE算法和CIBERSORT算法用于构建免疫评分,利用Cox回归进行拟合风险评估模型并计算风险得分,并基于风险得分及临床信息构建列线图,利用体外实验验证mRNA的表达水平.结果:HCC的异质性体现为两种不同铁死亡相关的免疫分子亚型,其免疫评分差异显著(P<0.001).筛选出G6PD、KIF20A、RRM2和TXN四个最佳候选铁死亡相关基因,并进行拟合构建风险评估模型,列线图对HCC患者的复发具有良好的预测能力.体外实验提示四个最佳候选基因均在人肝癌细胞表达水平增高(P<0.05).结论:HCC可分为两种分子亚型,分子亚型与HCC的复发有关,铁死亡在TME中可能起着关键作用.四个铁死亡相关基因可能是预防HCC复发的潜在因素,预后模型对HCC复发有一定的预测价值.
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编辑人员丨1天前
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卵巢癌患者血清Romo-1、sFRP-4、MRPL15水平及与淋巴结转移及预后生存关系
编辑人员丨1天前
目的:探讨卵巢癌(OC)患者血清活性氧调节剂-1(Romo-1)、分泌型卷曲蛋白4(sFRP-4)、线粒体核糖体蛋白L15(MRPL15)水平及与淋巴结转移及预后生存关系.方法:回顾性收集本院2019年7月—2021年3月住院治疗的132例OC患者为OC组,良性病变患者为病变组,体检健康者132例对照组.对OC患者随访3年分为死亡组(n=82)和生存组(n=50).检测各组血清Romo-1、sFRP-4、MRPL15水平;Cox回归分析影响OC患者预后的相关因素;运用受试者工作特征(ROC)曲线分析血清Romo-1、sFRP-4、MRPL15对OC患者预后生存的预测价值.结果:对照组、病变组、OC组血清Romo-1、MRPL15水平依次升高,血清sFRP-4水平依次降低;OC组淋巴结转移患者血清Ro-mo-1、MRPL15水平高于未转移患者,血清sFRP-4水平低于未转移患者(均P<0.05).死亡组FIGO分期Ⅲ期~Ⅳ期占比(86.6%)、淋巴结转移占比(74.4%)、低分化程度占比(58.5%)、血清Romo-1(3.81±0.67 ng/ml)、MRPL15(13.26±2.28 ng/ml)水平均高于生存组(48.0%、48.0%、28.0%、2.92±0.58 ng/ml、10.52±1.73 ng/ml),而血清 sFRP-4 水平(1.75±0.42 ng/ml)低于生存组(2.36±0.49 ng/ml)(均 P<0.05).血清 Romo-1、sFRP-4、MRPL15、淋巴结转移、FIGO分期高、分化程度低为影响OC患者预后生存的相关因素(均P<0.05).血清Romo-1、sFRP-4、MRPL15联合预测OC患者预后生存的曲线下面积为0.957,优于各自单独指标预测(P<0.05).结论:OC患者血清Romo-1、MRPL15水平异常升高,血清sFRP-4水平异常降低,且与患者淋巴结转移及预后有关,3者联合检测对患者预后生存有较高的预测价值.
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编辑人员丨1天前
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构建预测模型分析AFP、CEA、Hsp90a对原发性肝癌的诊断价值
编辑人员丨1天前
目的 构建预测模型分析血清甲胎蛋白(AFP)、癌胚抗原(CEA)、热休克蛋白90a(Hsp90a)等指标对原发性肝癌(PHC)的诊断价值.方法 回顾性选取保定市第二医院2020年3月至2021年12月收治的72例PHC患者(PHC组),68例慢性肝病患者(慢性肝病组),及同期50例健康受试者(健康对照组)为研究对象,采用化学发光法检测血清AFP、CEA水平,采用酶联免疫吸附法检测血清Hsp90a水平,受试者工作特征(ROC)曲线及曲线下面积(AUC)分析各指标对PHC的诊断效能,多因素Cox风险回归分析发生PHC的独立因素,R软件"rms"包构建预测模型并进行验证.结果 三组AFP、CEA及Hsp90a水平差异有统计学意义,PHC组最高,对照组最低,且两两比较差异有统计学意义(P<0.05).AFP(OR=1.770,95%CI:1.137~2.756)、CEA(OR=2.651,95%CI:1.168~6.015)、Hsp90a(OR=1.402,95%CI:1.141~1.723)是 PHC 的独立危险因素(P<0.05).AFP、CEA 及HSP90单独预测PHC的AUC分别为0.929、0.947、0.899.构建的联合预测模型的C-index为0.669(0.647~0.831).结论 基于AFP、CEA及Hsp90a指标构建的模型对PHC具有较高的诊断价值,可在临床用于早期的PHC筛查.
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编辑人员丨1天前
