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中国HIV CRF01_AE亚型及其相关重组亚型包膜糖蛋白分子进化及共识序列研究(2015—2021年)
编辑人员丨4天前
目的:了解我国HIV CRF01_AE亚型及其相关重组亚型的包膜糖蛋白(envelope glycoprotein,ENV)分子流行情况,建立ENV共识序列以了解氨基酸突变及蛋白质三级结构。方法:收集Los Alamos数据库中2015—2021年我国HIV-1 CRF01_AE亚型及其相关重组亚型的完整ENV基因序列,构建系统发育进化树并建立ENV共识序列,使用Protscale及PROVEAN对ENV共识序列广谱中和抗体表位中的氨基酸亲疏水性变化及有害性突变进行预测,同时分析氨基酸突变对ENV三级结构的影响。结果:系统发育分析结果显示,有70.0%(14/20)的CRF01_AE亚型序列属于进化簇4,在ENV共识序列的广谱中和抗体表位V1/V2及Loop D中分别存在4个和1个的氨基酸突变使亲疏水性发生变化,PROVEAN预测结果显示V1/V2位点的G152D及β23/V5/β24表位的M476I为有害突变。ENV共识序列的蛋白质三级结构pLDDT值为86.2,在V1/V2表位存在由于有害突变所产生的新α螺旋。结论:我国HIV-1 CRF01_AE亚型基因谱系众多,加剧了重组病毒的形成。在ENV共识序列V1/V2结构域中由于氨基酸突变使其蛋白空间结构发生改变,这种改变可能会对后续广谱中和抗体的诱导产生影响。
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编辑人员丨4天前
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线粒体DNA控制区变异与瘢痕疙瘩的相关性研究
编辑人员丨4天前
目的:探讨线粒体DNA(mtDNA)控制区D环(D-loop)的突变与瘢痕疙瘩的相关性。方法:收集2016—2019年昆明医科大学第一附属医院皮肤科门诊瘢痕疙瘩患者216例,提取患者外周血总DNA及25例患者的瘢痕疙瘩组织、瘢痕疙瘩旁正常组织的总DNA。以云南大学附属医院体检中心无瘢痕疙瘩的健康体检者299例外周血样本数据作为对照。对mtDNA D-loop区进行PCR扩增及Sanger测序,并与修正后的剑桥参考序列(rCRS)比对,获得每个样本的突变位点。根据Phylotree-mtDNA tree Build 17,对2组人群进行单倍型类群划分。比较瘢痕疙瘩组织、瘢痕疙瘩旁正常组织及自身外周血mtDNA的D-loop区突变。使用network 5.0软件制作中介网络图,采用二元logistic回归分析单倍型类群频率与瘢痕疙瘩发病的相关性, χ2、 t及 t′检验分析临床数据。 结果:216例瘢痕疙瘩患者mtDNA可划分为10个单倍型类群:A、B、D、R9、G、M*、M7、M8、M9、N9,其中R9分布频率最高(21.3%,46/216),M9分布频率最低(0.9%,2/216)。瘢痕疙瘩患者的单倍型类群M7和N9的分布频率均显著低于对照人群( P=0.040, OR=0.248,95% CI:0.066~0.937; P=0.048, OR=0.191,95% CI:0.037~0.986)。中介网络图显示,瘢痕疙瘩患者和对照人群的单倍型类群M7具有不同的分布模式。单倍型类群M7患者的发病部位数比非M7患者少( P=0.000 1),且发病年龄比非M7患者小( P=0.045)。 结论:单倍型类群M7与瘢痕疙瘩的发生具有相关性,可能是瘢痕疙瘩发生的潜在保护性因素。
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编辑人员丨4天前
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全球柯萨奇病毒A组6型VP1区进化与正向选择位点分析
编辑人员丨4天前
目的:基于柯萨奇病毒A组6型(coxsackievirus group A type 6,CV-A6)VP1编码区寻找与其流行强度增加有关的关键氨基酸位点。方法:对GenBank数据库中全部CV-A6 VP1编码区核苷酸序列进行筛选,获得其中的1 533条序列进行比对。使用RAxML软件构建最大似然树。使用Shannon Entropy在线分析工具计算序列的氨基酸置换熵值,并用Datamonkey在线分析平台通过MEME,SLAC和FUBAR三种方法来分析正向选择位点。结果:目前全球流行的CV-A6以D3基因亚型为主。在VP1编码区存在三个高度可变的氨基酸位点,分别是VP1-5、VP1-30、VP1-137。三种方法均发现VP1-5、VP1-90、VP1-137三个位点在流行中受到过正向选择的作用。结论:应继续加强对D3基因亚型CV-A6的监测,D3基因亚型的CV-A6在位于DE环中的VP1-137高度可变且受到了正向选择的作用,需要加以重视,并通过进一步研究来确定它与D3亚型广泛流行的关系。
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编辑人员丨4天前
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我国OBI献血者中乙型肝炎病毒BCP/前C区及C区的分子特征
编辑人员丨4天前
目的:获得我国隐匿性乙型肝炎病毒感染(occult HBV infection,OBI)人群中乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)基本核心启动子区(basic core promoter,BCP)、前C区和C区序列特征,为进一步阐明该区域与OBI的关系奠定基础。方法:收集2016—2018年全国18个省、自治区和直辖市的43家血站实验室,经日常检测后HBV DNA阳性的血浆样本。经实验室确认后HBsAg阳性样本和OBI样本各入组不少于200例,针对HBV BCP/前C区、C区和S区进行半巢式或巢式PCR和Sanger测序及序列分析。结果:完成测序417例样本,其中HBsAg阳性样本216例和OBI阳性201例,均为基因型B和C。HBsAg阳性组该区域的突变频率明显高于OBI组。在B基因型中仅发现1个OBI高频突变A1896G,在C基因型中发现T1762A/A1764G、T1803A/G、A1986G、T1866A(D22E)等OBI高频突变。在C基因型中发现的前C区ε-反式作用元件区域(1 847-1 907 nt)突变G1888T可能会改变前基因组RNA的茎环结构,从而影响其的转录。此外,还在OBI组首次发现了BCP区1 756-1 775 nt缺失突变,可能会直接影响HBsAg和HBeAg的表达,从而导致OBI的发生。结论:本研究深入分析了我国OBI献血者中BCP区、前C区、C区的序列基本特征,发现HBsAg阳性组该区域突变频率显著高于OBI组,TA缺失突变和G1888T可能会导致OBI的发生。
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编辑人员丨4天前
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面听神经血管压迫综合征患者小脑下前动脉血管袢与患者典型面听神经症状的MRI研究
编辑人员丨4天前
目的:探讨小脑下前动脉前(AICA)血管袢的位置对面听神经血管压迫综合征患者典型面、听神经症状的影响。方法:回顾性研究。纳入兰州大学第二医院核磁共振科311例患者(622侧耳)内耳MR可变翻转角三维快速自旋回波(3D-SPACE)序列影像资料,其中男113例、女198例,年龄22~77(48±10.8)岁。统计AICA血管袢发生率及其Chavda分型占比。311例中,单侧面肌痉挛患者107例,比较其患侧(107侧)与健侧(107侧)AICA血管袢发生率、Chavda分型占比,以及AICA走行全程与神经有无接触。自血管袢阳性患者中选择90例(148侧)为血管袢组,比较不同Chavda分型AICA血管袢患者临床表现的差异;将ChavdaⅡ型及Ⅲ型的63侧耳纳入内耳道内血管袢组,将内耳道中的神经分布分为4个象限,观察AICA血管袢与面、听神经接触的位置象限不同的患者间典型面、听神经症状的差异。结果:本组311例622侧患者AICA血管袢的发生率为65.43%(407/622),其中双侧AICA血管袢形成144例、单侧119例,ChavdaⅠ型170侧(41.77%)、Ⅱ型189侧(46.44%)、Ⅲ型48侧(11.79%)。107例单侧面肌痉挛患者健侧AICA血管袢发生率为71.96%(77/107)、患侧70.09%(75/107),两侧比较差异无统计学意义( P>0.05);健侧和患侧神经血管接触率分别为57.9%(62/107)、43.9%(47/107),差异有统计学意义(χ 2=4.207, P<0.05)。血管袢组90例(148侧)中,不同Chavda分型患者面肌痉挛、听力下降、耳鸣症状的发生率比较,差异均无统计学意义( P值均>0.05);内耳道内血管袢组共63侧,内耳道内AICA血管袢所处象限不同患者的典型面、听神经症状比较,差异均无统计学意义( P值均>0.05)。 结论:内耳MR 3D-T 2-SPACE成像可清晰显示AICA血管袢及其与内耳道的位置关系,血管袢深度、位置对面听神经压迫综合征典型面、听神经症状无明显影响。
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编辑人员丨4天前
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孕期尼古丁暴露对子代小鼠牙釉质形成的影响
编辑人员丨4天前
目的:研究孕期尼古丁暴露对子代小鼠牙釉质形成的影响及其可能的表观遗传学机制。方法:通过随机数字表法将10只C57BL/6孕鼠分为对照组(皮下注射生理盐水)及孕期尼古丁暴露(prenatal nicotine exposure,PNE)组(皮下注射尼古丁溶液),每组5只,孕鼠生产后分别收集出生后0 d(postnatal day 0,P0;P14、P25含义依此类推)、P14、P25新生小鼠,根据母代分组分为子代对照组及子代PNE组,并记录P0、P25子代小鼠体质量。采用显微CT(micro-CT)扫描分析、扫描电镜和维氏显微硬度检测对子代小鼠牙槽骨和下颌切牙进行硬组织相关参数分析。提取P25子代小鼠下颌骨组织及第3代牙上皮干细胞(dental epithelial stem cell,DESC)中的总RNA,通过实时荧光定量PCR检测成骨向及成釉向分化相关基因、增殖相关标志物和干细胞标志物的表达水平。采用石蜡切片免疫组织化学染色观察增殖细胞核抗原(proliferating cell nuclear antigen,Pcna)、釉原蛋白(amelogenin,Amelx)、甲基转移酶ZESTE增强子同源物2(enhancer of zeste homolog 2,Ezh2)、组蛋白H3第27位赖氨酸的三甲基化修饰(histone H3 trimethylated at lysine 27,H3K27me3)阳性染色分布及水平。使用细胞增殖(cell counting kit-8,CCK-8)试剂盒对外源性添加不同浓度(0.01、0.1、1 mmol/L)尼古丁以及Ezh2抑制剂GSK126的DESC进行细胞活力检测。结果:PNE组孕鼠较对照组更容易出现不良妊娠结局,P0时子代PNE组小鼠体质量[(0.99±0.02)g]显著低于子代对照组[(1.20±0.04)g]( P<0.001);P25时,子代PNE组小鼠体质量[(9.65±1.32)g]显著低于子代对照组[(15.26±1.70)g]( P<0.001),死产率[(46.40±9.30)%]显著高于对照组(0)( P<0.001)。P14和P25时,子代PNE组小鼠下颌切牙釉质矿化沉积点与第一磨牙近中面的距离数值[分别为(-1 349±45)、(-506±380)μm]均较子代对照组[分别为(-1 192±147)、(504±198)μm]显著减小( P<0.05, P<0.001),提示矿化沉积点延迟。子代PNE组小鼠切牙釉柱及釉柱间质较对照组排列松散无序,显微硬度[(245.7±18.4)MPa]较子代对照组[(371.9±28.7)MPa]显著降低( P<0.001)。HE染色显示子代PNE组小鼠前成釉细胞(pre-ameloblast,Pre-Am)区域排列较对照组紊乱,矿化沉积点推迟,暂时性扩增细胞(transit-amplifying cell,TA)及Pre-Am区域延长。免疫组织化学染色显示,子代PNE组小鼠唇侧颈环(labial cervical loop,LaCL)整体Pcna表达较子代对照组显著增多( P<0.05),H3K27me3较对照组显著富集( P<0.01),对应区域可见Ezh2表达显著增加( P<0.01),同时成釉细胞胞质中Amelx阳性信号减弱。体外实验添加1 mmol/L 尼古丁能显著上调子代PNE组DESC的Pcna基因表达水平( P<0.01),同时显著下调DESC标志物B淋巴瘤Mo-MLV插入蛋白1、富亮氨酸重复序列免疫球蛋白样结构域1和成釉细胞向分化的相关基因Amelx等的基因表达水平( P<0.05, P<0.05, P<0.01)。此外,与0 h时相比,干预24 h后1 mmol/L尼古丁可显著增强DESC的增殖活性( P<0.001),添加10 μmol/L Ezh2抑制剂GSK126可挽救1 mmol/L尼古丁对DESC带来的增殖促进作用。 结论:孕期尼古丁暴露可能导致成釉向谱系定向分化过程延迟,致子代小鼠DESC增殖及分化异常,并且影响H3K27me3表观遗传修饰水平,造成子代牙釉质发育障碍,提示孕期尼古丁暴露是牙发育的危险环境因素。
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编辑人员丨4天前
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单次静脉注射阿芬太尼或芬太尼辅助丙泊酚TCI对老年患者无痛肠镜检查认知功能的影响
编辑人员丨4天前
目的:评估阿芬太尼或芬太尼联合丙泊酚对老年患者无痛肠镜检查认知功能的影响。方法:选择2019年3月至2020年10月于淮北市人民医院行无痛肠镜检查的老年住院患者106例,通过计算机生成随机序列将患者分为阿芬太尼组(AP组,52例)和芬太尼组(FP组,54例)。AP组和FP组患者分别缓慢静脉注射阿芬太尼5 μg/kg或芬太尼0.5 μg/kg,继之予以BIS监测下丙泊酚靶控输注(target controlled infusion, TCI)(BIS值设定55)。检查退镜至直肠时即停止丙泊酚TCI。记录患者一般情况、检查前30 min阿姆斯特丹术前焦虑和信息需求评分(Amsterdam Preoperative Anxiety and Information Scale, APAIS)、检查时间、清醒时间、离院时间、丙泊酚用量及有无低血压、呼吸暂停等不良事件发生情况,评估并记录检查前、离院时、出院后1 d和出院后3 d蒙特利尔认知评估量表(Montreal Cognitive Assessment, MoCA)评分,数字分级评分法(Numerical Rating Scale, NRS)评估出院时患者腹痛情况,李克特量表评估医师满意度和患者满意度。结果:两组患者一般情况、检查前30 min APAIS、丙泊酚用量、检查时间、NRS疼痛评分、医师及患者满意度比较差异均无统计学意义( P>0.05)。AP组清醒时间、离院时间较FP组降低( P<0.05)。两组患者离院时MoCA评分较检查前降低( P<0.05),AP组MoCA评分高于FP组( P<0.05);其他时点两组MoCA评分比较差异无统计学意义( P>0.05)。AP组患者术后恶心呕吐、呼吸暂停发生率低于FP组( P<0.05),其他并发症两组差异无统计学意义( P>0.05)。 结论:单次静脉注射阿芬太尼较单次静脉注射芬太尼联合丙泊酚TCI更有优势,对老年患者无痛肠镜检查术后认知功能的影响更小,麻醉后恢复质量更好。
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编辑人员丨4天前
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2007—2019年北京市朝阳区甲型H3N2流感病毒HA基因特征分析
编辑人员丨4天前
目的:了解北京市朝阳区甲型H3N2亚型流感病毒HA基因变异情况,为评估疫苗有效性提供基础数据。方法:从全球流感共享数据库(GISAID)下载2007—2019年世界卫生组织推荐流感疫苗株及各分支代表株序列,与本研究H3N2亚型分离株的HA基因序列进行系统进化、氨基酸变异分析和疫苗效力评估。结果:2015年及之前的H3N2亚型流感多数属于3C.3a分支,2016年开始以3C.2a分支为主,2017年以3C.2a2为主,并进化至3C.2a3,2019年又转换为3C.3a1亚分支;2009年、2013年和2015年存在3C.2和3C.3分支共流行的现象。抗原决定簇A~D区共计存在54个氨基酸变异位点;受体结合部位的130环、190螺旋和220环区域均有氨基酸位点发生变异;各年均有发生糖基化位点的缺失/增加/转换,多数发生在HA1区域。预测流感疫苗效力(VE)为5.00%~47.00%(Pepitope Max值:0~0.2105)。 结论:北京市朝阳区2007—2019年H3N2流感病毒HA基因进化具有多样性和复杂性,且有可能发生了抗原漂移,部分年份流行株与推荐疫苗株匹配性较差,提示持续监测H3N2亚型流感病毒HA基因变异的必要性。
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编辑人员丨4天前
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仅具有CDR3的单域抗体NBL42作为纳米抗体亲和力转移的移植框架研究
编辑人员丨4天前
目的:评价前期获得的1株仅具有互补决定区3(CDR3)的单域抗体(sdAbs)NBL42作为纳米抗体亲和力移植通用框架的潜力。方法:采用亲和力转移的方法将分别结合蒜氨酸酶、程序性死亡受体-1(PD-1)、溶菌酶和CD47的4种抗体VHH-A4、VHH-H5、cAb-Lys3和B6H12的CDR3序列移植到NBL42对应的CDR3区。DNA合成获得4种仅具有CDR3的重组sdAbs,镍柱纯化并获得目的蛋白,间接ELISA法检测4种重组纳米抗体与抗原的结合及其热稳定性。用Swiss Model三维建模分析移植前后sdAbs的空间结构。结果:纯化后的4种重组蛋白在十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)中呈现单一条带,相对分子质量与预期相符。移植后的重组sdAbs NBL42-A4CDR3和NBL42-H5CDR3获得了与蒜氨酸酶和PD-1的特异结合能力,但结合活性降低了约50%,并转变为可溶性表达形式。移植后的重组sdAbs NBL42-L3CDR3和NBL42-B6H12CDR3完全丧失了对原抗原溶菌酶和CD47的结合能力。在热稳定性分析中,移植后的重组sdAbs NBL42-A4CDR3和NBL42-H5/CDR3保留了约50%的剩余结合活性。根据C88Y突变实验和Swiss Model三维建模分析,提示NBL42-FR3中88位半胱氨酸对于亲和力转移可能具有重要作用。结论:NBL42具有作为CDR3移植和亲和力转移框架的潜力。
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编辑人员丨4天前
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线粒体DNA D-Loop区突变与弱精症的相关性
编辑人员丨2024/1/13
目的:探讨精子线粒体DNA D-Loop区基因突变和弱精症的相关性.方法:收集2019年7月至2021年3月温州市中医院诊治的134例弱精症患者(弱精症组)和129例同期健康男性(对照组)的精液,提取精子细胞DNA,采用聚合酶链反应(PCR)对线粒体DNA D-Loop区进行扩增并测序,测序结果与剑桥标准序列(rCRS)进行比对,分析弱精症患者精子细胞线粒体DNA D-Loop区的基因突变情况.结果:两组中发生率>5%的突变有62种,大部分位于HV-1区和HV-2区(87.78%),突变类型以替换突变为主(87.03%).分析显示,有11种突变在弱精症组和对照组之间的差异有统计学意义(P<0.05),这些突变可能增加或降低弱精症风险.结论:精子线粒体DNA D-Loop区具有较高突变率,可能在弱精症发生发展中发挥重要作用.
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编辑人员丨2024/1/13
