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基于网络药理学和分子对接技术整合策略探讨芬氟拉明治疗癫痫的潜在作用机制
编辑人员丨1秒前
目的 基于网络药理学和分子对接技术探讨芬氟拉明治疗癫痫的潜在作用机制.方法 从GeneCards、DisGeNET和OMIM数据库中对癫痫的相应疾病靶点进行筛查,利用drug-bank、pharmmapper、swisstarget等数据库筛选芬氟拉明的药物靶点.取癫痫和芬氟拉明的交集靶点,利用STRING数据库构建蛋白相互作用网络,将其导入Cytoscape 3.9.1软件作网络拓扑分析筛选核心靶点并处理可视化.通过DAVID数据库对交集靶点进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析.利用分子对接技术验证芬氟拉明与关键靶点的相互作用.结果 获得139个癫痫与芬氟拉明的交集靶点基因,并根据网络拓扑分析筛选出33个核心靶点.GO分析结果显示,核心靶点主要涉及化学突触传递及信号转导等生物过程(BP);离子体膜、细胞质及质膜等细胞成分(CC);蛋白结合、神经递质受体活性等分子功能(MF).KEGG富集分析结果显示,芬氟拉明可能通过调控多巴胺能神经突触、神经活性配体-受体相互作用及PI3K-Akt等多个信号通路治疗癫痫.分子对接结果显示,芬氟拉明与DRD2、EGFR、HSP90AA1、SLC6A4、GSK3β及GRIN2B等关键靶点稳定结合.结论 本文利用网络药理学和分子对接技术分析得到芬氟拉明可能通过作用于DRD2,从而调控多巴胺能突触信号通路抑制癫痫发作,为进一步研究其治疗癫痫的具体机制提供了新的线索,亦为后续临床和实验研究提供理论基础,从而有助于开发治疗癫痫的有效新药.
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编辑人员丨1秒前
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2024 CSCO非小细胞肺癌指南(晚期部分)解读
编辑人员丨6天前
过去一年,晚期非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)多个临床研究报道更新了研究结果,晚期NSCLC治疗迎来了更多治疗选择、更优疗效及安全性.基于2023年3月-2024年2月的证据,中国临床肿瘤学会(Chinese Society of Clinical Oncology,CSCO)更新指南为《中国临床肿瘤学会(CSCO)非小细胞肺癌诊疗指南2024》.该版针对晚期部分的更新包括:EGFR敏感突变、EGFR20号外显子插入、ALK融合、ROS1融合、BRAF V600突变、MET 14外显子跳跃突变、RET融合、HER2突变的治疗部分,以及无驱动基因晚期NSCLC免疫单药治疗及抗体偶联药物(antibody-drug conjugate,ADC)部分.本文将对2024年CSCO NSCLC诊疗指南中有关晚期治疗的这些更新进行详细解读.
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编辑人员丨6天前
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原发性肺腺癌伴肠母细胞分化2例临床病理及预后分析
编辑人员丨6天前
目的:探讨原发性肺腺癌伴肠母细胞分化(lung adenocarcinoma with enteroblastic differentiation,LAED)的临床病理特征及鉴别诊断要点.方法:回顾性分析2018年至2022年搜集的2例LAED患者的临床及影像学资料、病理形态学、免疫表型特征及基因检测结果等,并复习相关文献.结果:2例患者均为中老年男性,且长期吸烟,血清甲胎蛋白(alpha-fetoprotein,AFP)水平分别为>20 000 ng/mL、914.17 ng/mL;病灶分别位于右肺上叶及左肺下叶,最大径为12.5 cm及4.0 cm.患者的手术切除标本可见,肿瘤切面呈灰白、灰红,为实性,质软,局部易碎.镜下见大部分肿瘤组织呈实性,少部分呈腺管状、乳头状或呈囊腺样生长;肿瘤细胞学的细胞质透亮,富含糖原.免疫组化检测可见,肿瘤组织同时具有胚胎性分化和肠型分化的表型,不表达肝细胞分化标志.分子检测显示,EGFR、ALK/ROS1、RET、KRAS,BRAF、NTRK及MET均未见突变,HER-2未见扩增,EBER阴性.2例患者均诊断为LAED,因形态学及免疫表型有交叉,且均可有AFP水平升高,易被误诊为肺肝样腺癌及其他具有透明胞质的低分化腺癌.1例患者放弃治疗,于诊断2个月后去世;另1例患者接受根治性肺叶切除,术后行辅助化疗及免疫、靶向治疗,治疗后AFP水平降至正常,随访40个月时,患者因发生肿瘤骨、脑转移去世.结论:LAED目前国际上尚未见报道,其诊断及鉴别诊断主要依赖特征性的组织结构及细胞形态,并结合免疫组化标志物及血清AFP水平.本报道拓宽了产AFP的原发肺腺癌的疾病谱,LAED总体上临床进展快,患者预后差.
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编辑人员丨6天前
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表皮生长因子受体非热点突变型非小细胞肺癌一线应用表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂及化疗的疗效对比研究
编辑人员丨6天前
背景 表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂(EGFR-TKIs)是晚期表皮生长因子受体(EGFR)突变型非小细胞肺癌(NSCLC)患者个体化靶向治疗方案之一,可显著改善患者的预后.然而不同类型EGFR的突变对EGFR-TKIs治疗的反应不同.目的 比较EGFR非热点突变型NSCLC一线应用EGFR-TKIs及化疗的疗效.方法 选取 2012 年 4 月—2019 年 6 月在河北医科大学第四医院接受治疗的术后复发或晚期NSCLC患者,并确认为EGFR非热点突变型患者共 90 例.以患者一线治疗方案将患者分为一线EGFR-TKIs治疗组和一线化疗组.收集患者的一般资料及EGFR基因突变情况.所有患者通过电话进行随访或复查住院及门诊病例获得患者预后情况,随访截止时间为2024-03-31.观察并比较患者疗效及无进展生存期(PFS)和总生存期(OS).结果 90 例患者中一线EGFR-TKIs治疗组 52 例,一线化疗组 38 例.术后复发转移患者 16 例,初诊分期为ⅢB~Ⅳ期患者 74 例.EGFR非热点突变患者中,单基因突变 51 例,复合突变 39 例.一线EGFR-TKIs治疗进展后二线EGFR-TKIs治疗患者 8 例,二线化疗患者 9 例.一线化疗进展后二线EGFR-TKIs治疗患者 8 例,二线化疗患者 16 例,免疫治疗患者 1 例.EGFR非热点突变不同亚型接受一线EGFR-TKIs治疗的患者PFS比较,差异有统计学意义(χ2=24.26,P<0.001).一线EGFR-TKIs治疗组与一线化疗组的PFS、OS比较,差异有统计学意义(P<0.05).在单突变亚型患者中,一线EGFR-TKIs治疗组与一线化疗组的PFS、OS比较,差异有统计学意义(P<0.05).在复合位点突变患者中,一线EGFR-TKIs治疗组与一线化疗组的PFS比较,差异有统计学意义(P<0.05);一线EGFR-TKIs治疗组与一线化疗组的OS比较,差异无统计学意义(P>0.05).在一线化疗进展后的患者中,二线EGFR-TKIs治疗(8 例)与化疗(16 例)的中位PFS分别为 11.3 个月和 5.6 个月,二线EGFR-TKIs治疗与化疗患者PFS比较,差异有统计学意义(χ2=7.487,P=0.006).结论 在EGFR非热点突变型术后复发或晚期NSCLC中,EGFR ex20ins和E20 S768I突变患者与其他突变类型患者接受一线EGFR-TKIs治疗后的生存期存在差异.而在各突变亚型中,与一线化疗相比,一线EGFR-TKIs治疗均明显延长了患者的生存时间.
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编辑人员丨6天前
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基于网络药理学与体外实验探讨淫羊藿素抗非小细胞肺癌EGFR-TKIs耐药的分子机制
编辑人员丨6天前
目的 基于网络药理学与体外实验探讨淫羊藿素抗非小细胞肺癌(NSCLC)表皮生长因子受体-酪氨酸酶抑制剂(EGFR-TKIs)耐药的分子机制.方法 利用PubChem和化合物靶点预测(Swiss Target Prediction)数据库下载淫羊藿素的简化分子线性输入规范(SMILES)号及作用靶点,通过人类基因(GeneCards)和在线人类孟德尔遗传(OMIM)数据库收集NSCLC耐药疾病靶点,将药物与疾病交集靶点导入STRING数据库分析蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)情况,运用Cytoscape 3.9.1软件内置插件计算节点拓扑参数值并筛选核心靶点,采用生物信息学分析平台(DAVID)数据库进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)和基因本体(GO)富集分析,构建"淫羊藿素-关键靶点-疾病-通路"图.使用Pymol和Autodock Tools 1.5.7软件进行分子对接.体外实验选用NSCLC耐药株PC9OR研究淫羊藿素对细胞增殖、集落形成、迁移、侵袭和凋亡能力的影响,并对富集得到的核心靶点及关键通路进行验证.结果 共筛选到淫羊藿素治疗NSCLC耐药的潜在作用靶点1 952个.通过PPI网络节点拓扑参数值筛选得到13个核心靶点,涉及蛋白激酶B(AKT1)、雌激素受体α(ESR1)、B淋巴细胞瘤2(BCL2)、表皮生长因子受体(EGFR)等基因.KEGG通路富集分析显示,癌症相关通路、磷脂酰肌醇-3-激酶-蛋白激酶 B(PI3K-AKT)信号通路、EGFR-TKIs耐药通路等可能在淫羊藿素治疗NSCLC EGFR-TKIs耐药的过程中起关键作用.GO富集分析显示,细胞功能涉及信号传导、凋亡过程的负调控、DNA转录的正调控等.分子对接显示淫羊藿素与各核心靶点均具有较强的结合能力.细胞实验表明,淫羊藿素抑制耐药细胞的增殖、集落形成、迁移、侵袭及促进细胞凋亡,并下调ESR1、AKT1、EGFR等mRNA表达水平以及PI3K-AKT通路磷酸化磷脂酰肌醇-3-激酶(p-PI3K)、磷酸化蛋白激酶B(p-AKT)的关键蛋白水平.结论 淫羊藿素可能通过多靶点调控PI3K-AKT通路抑制EGFR-TKIs耐药细胞的增殖、集落形成、迁移、侵袭及促进细胞凋亡,从而发挥抗NSCLC EGFR-TKIs耐药的作用.
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编辑人员丨6天前
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基于网络药理学初探EGFR突变非小细胞肺癌与TKI相关皮疹的关联机制及潜在中药预测
编辑人员丨6天前
目的 基于网络药理学初探表皮生长因子受体(EGFR)突变非小细胞肺癌(NSCLC)与酪氨酸激酶抑制剂(TKI)相关皮疹间的关联机制并预测潜在中药.方法 利用基因表达汇编数据库收集使用TKI厄洛替尼处理前后EGFR突变NSCLC细胞、正常成纤维细胞的基因芯片数据,用R 4.3.2软件limma包筛选差异表达基因,用venn包筛选交集靶基因,用ClusterProfiler包对差异表达基因及交集靶基因进行功能富集分析.通过CoreMine Medical数据库对交集靶基因进行潜在中药预测,统计性味归经,并利用分子对接方法进行验证.结果 筛选出 126个交集靶基因,基因本体、京都基因与基因组百科全书富集分析提示差异表达基因及交集靶基因均富集在染色体、纺锤体等区域,参与有丝分裂、DNA复制等生物学过程及DNA复制、溶酶体、细胞循环等相关信号通路.基因集富集分析显示厄洛替尼处理后,NSCLC细胞的趋化因子通路、核苷酸结合寡聚域样受体信号通路等被激活,成纤维细胞哺乳动物雷帕霉素靶蛋白信号通路、氨基酸代谢通路出现扰动.通过CoreMine Medical数据库预测了354种主要性属寒、温、平,味属苦、辛、甘,归胃、肺、肝经的中药.以黄芩为例筛选有实验支持的靶基因及对应活性成分并进行分子对接分析,发现靶基因与活性成分结合性能好.结论 EGFR突变NSCLC、TKI相关皮疹在发病机制上具有同源性,均涉及DNA复制、细胞循环等,可为EGFR突变NSCLC伴TKI相关皮疹患者的临证用药提供指导.
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编辑人员丨6天前
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基于网络毒理学及实验验证探讨槟榔对口腔黏膜下纤维化的影响
编辑人员丨6天前
目的 基于网络毒理学方法和体内实验验证探讨槟榔对口腔黏膜下纤维化的影响及作用机制.方法 通过TCSMP和Swiss数据库筛选槟榔潜在活性成分对应靶点,利用GeneCards、Disgenet数据库得到口腔黏膜下纤维化(oral submucosal fibrosis,OSF)疾病相关靶点.将交集靶点上传至STRING数据平台构建蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,再采用Metascape数据平台进行基因本体(gene ontology,GO)功能和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析.采用槟榔水提取液低、中、高浓度干预大鼠口腔黏膜,大鼠开口度、病理形态学、免疫组织化学等检测对网络毒理学结果进行验证.结果 网络毒理学结果表明槟榔 52个成分中含有 587个相关靶点,OSF相关靶点 761个,二者交集靶点 72个.PPI网络分析结果显示,白细胞介素-6(interleukin-6,IL-6)、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)、基质金属蛋白酶-9(matrix metalloproteinase-9,MMP-9)、细胞凋亡调节因子Bcl-2(apoptosis regulator Bcl-2,BCL2)、表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)、细胞肿瘤抗原p53(cellular tumor antigen p53,TP53)可能是槟榔影响OSF的关键靶点.KEGG通路富集分析获得PI3K-Akt信号通路、AGE-RAGE信号通路、松弛素信号通路、EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药等信号通路.动物实验结果显示,中、高剂量组开口度值较对照组、低剂量组差异有统计学意义(P<0.05),HE染色、Masson染色表明中、高剂量组出现不同程度的纤维化病变,免疫组织化学结果提示槟榔水提取液上调IL-6、TNF-α等炎性因子,且呈一定的剂量相关性.结论 槟榔可能通过上调IL-6、TNF-α等关键炎性因子以介导炎症反应诱导口腔黏膜下纤维化的发生.
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编辑人员丨6天前
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SMARCA4缺失性肺腺癌42例临床病理学分析
编辑人员丨6天前
目的:探讨SMARCA4缺失性肺腺癌临床病理学特征及基因突变情况。方法:收集郑州大学第一附属医院病理科2021年1月至2023年4月诊断为肺腺癌且伴有SMARCA4缺失病例42例,回顾性分析HE切片、免疫组织化学染色,总结临床病理特征,并随访患者生存情况。对部分病例进行二代测序。结果:42例SMARCA4缺失性肺腺癌,穿刺标本35例,手术标本7例。男性38例,女性4例,男女比例为9.5∶1.0。年龄42~78岁,平均年龄62岁。吸烟者33例,平均吸烟时长37年。有呼吸系统症状25例(59.5%)。TNM分期Ⅰ期4例(9.5%),Ⅱ期2例(4.7%),Ⅲ期18例(42.9%),Ⅳ期18例(42.9%)。肿瘤组织均为非黏液腺癌,无贴壁模式,大部分为低分化腺癌,组织形态多样,可见横纹肌样形态细胞、瘤巨细胞及坏死。肿瘤细胞胞质大部分嗜酸性,胞质内有嗜酸性小球,间质可见炎性细胞浸润及胆固醇结晶。免疫组织化学:29例(69.0%,29/42)表达甲状腺转录因子1(TTF1),10例(40.0%,10/25)表达Napsin A,20例(100.0%,20/20)INI1未缺失;40例(95.2%,40/42)肿瘤细胞BRG1完全缺失,2例(4.8%,2/42)为BRG1部分缺失;PD-L1(22C3)59.2%(16/27)阳性。二代测序检测发现表皮生长因子受体、ROS1、MET、RET及KRAS突变,6例(6/8)SMARCA4突变,7例(7/15)p53、4例(4/8)STK11及1例(1/8)KEAP1突变。驱动基因改变多见于女性患者( P<0.05)。随访1~25个月,4例死亡,20例进展。 结论:SMARCA4缺失性肺腺癌缺乏特征性的组织形态,大部分表达TTF1,少数病例有驱动基因的改变,有必要对肺腺癌常规进行BRG1免疫组织化学检测,筛选出此类病例,以便采用更精准的治疗。
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编辑人员丨6天前
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基于网络药理学研究左金丸治疗胃食管反流病分子机制
编辑人员丨6天前
目的:基于网络药理学分析左金丸治疗胃食管反流病的作用机制。方法:通过TCMSP检索左金丸的有效成分及蛋白靶点,在Uniprot数据库中将蛋白靶点名称转化为基因名,运用Cytoscape 3.7.1绘制左金丸有效成分-靶点-药物网络并进行拓扑参数分析,通过在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、GeneCards、DRUGBANK数据库查找胃食管反流病靶点,找到药物与疾病的交集靶点,在STRING 11.0中对交集靶点进行蛋白相互作用(PPI)网络分析,运用Metascape数据库对交集靶点进行富集分析,运用Cytoscape 3.7.1绘制药物有效成分-靶点-通路网络,并进行网络拓扑参数分析。结果:左金丸治疗胃食管反流病的主要有效成分为槲皮素、吴茱萸次碱、R-四氢小檗碱、1-methyl-2-nonyl-4-quinolone、小檗碱等,主要作用靶点有PTGS2、NOS3、MAPK1、EGFR、TNF、IL6、ERBB2、VEGFA、EGF、IL1B等,通过调控炎症反应、癌症、细胞增殖与凋亡、细胞连接等途径发挥作用。结论:左金丸治疗胃食管反流病是一个多成分、多靶点、多通路的复杂过程,可为今后相关作用机制研究提供参考。
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编辑人员丨6天前
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云贵高原地区非小细胞肺癌患者靶向治疗驱动基因的表达情况和突变特征
编辑人员丨6天前
目的:探讨云贵高原地区非小细胞肺癌(NSCLC)患者驱动基因的表达情况及其突变分布特征,为高发区肺癌的个体化分子靶向治疗提供依据。方法:收集云南省肿瘤医院2016年1月至2019年8月收治的行肺癌8基因[表皮生长因子受体(EGFR)、间变性淋巴瘤激酶(ALK)、鼠类肉瘤病毒癌基因(RAS)、RET原癌基因(RET)、鼠肉瘤病毒v-Raft同源致癌基因(BRAF)、肉瘤致癌因子(ROS1)、人表皮生长因子受体2(HER-2)、细胞间质上皮转化因子(MET)]联合检测的2 249例NSCLC患者的临床病理资料,分析云贵高原地区NSCLC驱动基因的表达情况及其突变分布特征。结果:云贵高原地区NSCLC驱动基因表达的阳性率为67.05%(1 508/2 249),其中西双版纳、玉溪、宣威、红河和曲靖地区的阳性率较高,分别为76.92%、72.38%、71.88%、71.79%和71.24%;回族、哈尼族、壮族、布依族、满族、土家族和阿昌族患者的阳性率较高,分别为84.38%、85.00%、75.00%、100%、100%、100%和100%。NSCLC患者驱动基因的阳性率与性别( P<0.001)、吸烟史( P<0.001)、年龄( P<0.001)、病理类型( P<0.001)及是否宣威地区( P=0.027)有关,与民族( P=0.748)和肺癌家族史( P=0.676)无关。EGFR、RAS、BRAF、HER-2和MET基因突变率分别为44.46%、10.98%、1.24%、0.89%和0.76%,ALK、RET、ROS1基因重排率分别为4.67%、1.29%和0.89%。女性患者EGFR突变率为56.67%,高于男性患者(33.19%, P<0.001);男性患者RAS突变率为12.66%,高于女性患者(9.17%, P=0.010)。汉族患者RAS突变率为11.49%,高于少数民族患者(7.17%, P=0.032)。宣威地区患者RAS突变率为24.74%,高于非宣威地区患者(8.15%, P<0.001);而EGFR突变率为40.63%,低于非宣威地区患者(45.25%, P=0.045);ALK重排率为1.56%,低于非宣威地区患者(5.31%, P<0.001);宣威地区未检出HER-2突变患者。无吸烟史患者EGFR突变率为51.10%,高于有吸烟史患者(29.70%, P<0.001);无吸烟史患者ALK重排率为5.35%,也高于有吸烟史患者(3.16%, P<0.001);无吸烟史患者RAS突变率为9.34%,低于有吸烟史患者(14.63%, P=0.008)。 结论:云贵高原地区NSCLC驱动基因表达的阳性率略低于全国平均水平,其中EGFR、RAS突变率与国内平均水平相近,ROS1、ALK和RET基因重排率以及BRAF、HER-2和MET基因突变率略低于全国平均水平。EGFR、RAS、ALK基因在云贵高原地区NSCLC患者中阳性率较高,且具有不同的人口学特征和临床特征,在选择靶向治疗人群中具有重要意义。
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编辑人员丨6天前