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芪白平肺胶囊调控特发性肺纤维化相关免疫细胞分子机制的生物信息分析
编辑人员丨4天前
目的:通过分析特发性肺纤维化(IPF)患者肺组织的单细胞转录组测序(scRNA-seq)数据,联合芪白平肺胶囊的网络药理学,探索IPF患者中与芪白平肺胶囊调控相关的免疫细胞、靶基因及其潜在机制。方法:从基因表达综合数据库(GEO)下载IPF患者(IPF组)和正常者(对照组)的scRNA-seq数据,采用随机数字表法在2组中各选取20个样本用于分析IPF的免疫细胞群及其比例变化。对各免疫细胞群进行差异基因分析,将 P<0.05和|logFC|>0.6的基因鉴定为差异基因。对差异基因进行基因本体论(GO)-生物过程富集分析,探索参与IPF疾病进程的潜在分子功能及机制。基于中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获取芪白平肺胶囊主要活性成分和靶基因,并对靶基因进行GO和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。通过将芪白平肺胶囊靶基因映射到IPF免疫细胞差异基因,构建"活性成分-靶基因-免疫细胞"网络。通过GO和KEGG富集分析探索芪白平肺胶囊用于治疗IPF患者的潜在作用机制。通过STRING数据库和Cytoscape软件对"活性成分-靶基因-免疫细胞"网络中靶基因进行蛋白质互作分析并寻找关键靶基因。 结果:在IPF组和对照组的肺组织中共发现B细胞、T细胞和先天淋巴细胞等18个免疫细胞群。与对照组比较,IPF组中经典2型树突状细胞、肥大细胞、浆细胞样树突细胞和调节性T细胞比例均增加,差异均有统计学意义(均 P<0.05)。18个免疫细胞群共包含534个差异基因,参与了淋巴细胞的活化、抗原的加工和呈递、白细胞的迁移和趋化作用等免疫相关生物过程。芪白平肺胶囊包含18个有效活性成分和239个靶基因,其中联苯双酯、槲皮素、毛异黄酮等9个活性成分靶向IPF中除浆细胞样树突细胞外的17个免疫细胞群与IL-1B、VEGFA、FOS等42个差异基因。这些靶向差异基因主要富集于活性氧或氧化应激相关通路与多个免疫信号通路,包括IL-17、MAPK、TNF通路等。 结论:芪白平肺胶囊可能靶向多种免疫细胞,并通过活性氧或氧化应激相关通路与IL-17、MAPK、TNF等免疫信号通路,调控IPF患者的免疫炎症反应。
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编辑人员丨4天前
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原癌基因FOS样抗原1基因多态性与胃癌易感性关系
编辑人员丨4天前
目的:探讨FOS样抗原1(FOSL1)基因多态性与胃癌易感性的相关性。方法:收集2014年1月至2019年1月于厦门大学附属第一医院胃肠外Ⅲ科292例(观察组)新诊断胃癌患者和215例(对照组)健康体检者的资料,外周血提取DNA,采用聚合酶链反应(PCR)和限制性片段长度多态性(RFLP)检测FOSL1不同位点的基因型,并分析FOSL1多态性与胃癌易感性的关系。组间比较采用 t检验;定性资料使用 χ2检验;多态位点与胃癌发生风险之间的关联采用Logistic回归分析。 结果:与对照组比较,观察组FOSL1 rs1892901位点基因型GG频率降低(154/215比178/292, χ2=6.240, P<0.05),AA频率增高(7/215比28/292, χ2=8.300, P<0.05),差异有统计学意义;与对照组比较,观察组rs637571位点基因型GG频率增高(119/215比187/292, χ2=3.910, P<0.05),AA频率降低(21/215比14/292, χ2=4.770, P<0.05),差异有统计学意义。rs1892901位点AA基因型患胃癌风险增加[比值比( OR)=0.32,95%可信区间( CI):0.14~0.74, P<0.05],GG基因型减少( OR=1.62,95% CI:1.11~2.36, P<0.05),差异有统计学意义;rs637571位点GG基因型患者胃癌易感性增加( OR=0.70,95% CI:0.49~1.00, P<0.05),AA基因型患者患癌风险降低( OR=2.15,95% CI:1.07~4.33, P<0.05),差异有统计学意义。调整相关因素后,rs1892901位点AA基因型仍是胃癌的易感基因( OR=0.42,95% CI:0.11~0.83, P<0.05),差异有统计学意义。 结论:FOSL1基因多态性与胃癌易感性明显相关。FOSL1 rs1892901位点AA基因型患胃癌风险增加。
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编辑人员丨4天前
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酸枣仁汤治疗失眠的有效成分预测与靶点通路分析
编辑人员丨2023/8/6
目的:本研究通过系统药理学方法探讨酸枣仁汤治疗失眠的有效成分、靶点及通路.方法:借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)数据库筛选出酸枣仁汤中有效成分和相关靶标蛋白后,运用网络可视化软件Cytoscape 3.5.1构建酸枣仁汤有效成分-靶标相互作用网络进行拓扑学分析,同时利用STRING在线数据库进行蛋白质与蛋白质相互作用(PPI)网络的构建与分析.从Uniprot数据库中获取靶标蛋白的基因名称后,借助David数据库进行KEGG通路功能富集分析.基于上述方法研究酸枣仁汤治疗失眠的作用机制.结果:酸枣仁汤的关键化合物有槲皮素(quercetin)、山奈酚(kaempferol)、7-甲氧基-2-甲基异黄酮(7-methoxy-2-methyl)等,其中黄酮类化合物占主要部分,预测其为酸枣仁汤的核心成分.关键靶标有前列腺素G/H合酶2(prostaglandin G/H synthase 2)、雌激素受体(estrogen receptor)、钙调素(calmodulin)等;PPI网络图显示转录因子AP-1(JUN)、原癌基因c-fos(FOS)、细胞肿瘤抗原p53(TP53)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、转录因子p65(RELA)、Myc原癌基因蛋白(MYC)、丝裂原活化蛋白激酶14 (MAPK14)、丝裂原活化蛋白激酶3(MAPK3)、白细胞介素8 (IL-8)、表皮生长因子(EGF)、白细胞介素-6(IL-6)、丝裂原活化蛋白激酶8(MAPK8)、肿瘤坏死因子(TNF)、表皮生长因子受体(EGFR)等是酸枣仁汤的关键蛋白;KEGG结果表明酸枣仁汤主要作用与乙型肝炎(hepatitis B)、癌症通路(pathways in cancer)、胰腺癌(pancreatic cancer)、前列腺癌(prostate cancer)等信号通路有关.结论:酸枣仁汤是通过多种途径,多种信号通路作用于多种靶点发挥其药物功效.利用系统药理学通过多种数据库与统计分析软件可以有效预测与分析药物的潜在作用与起效机制.
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编辑人员丨2023/8/6
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胰高血糖素样肽-1受体激动剂抑制大鼠进食效应的比较研究
编辑人员丨2023/8/6
胰高血糖素样肽-1 (glucagon-like peptide-1,GLP-1)在小肠细胞和脑干神经元中都有表达,起着抑制进食的作用.然而,目前对生理状态下影响进食的GLP-1的来源或是GLP-1受体激动剂(GLP-1 receptor agonists,GLP-1RA)的相关作用机制尚不明确.本研究选择即刻早期基因产物c-Fos作为特异抗原进行免疫组化染色以显示被GLP-1RA激活的中枢神经系统特定区域.将30只正常SD大鼠随机分为3组,分别一次性腹腔注射利拉鲁肽(200μg/kg)、艾塞那肽(10 μ.g/kg)和生理盐水,检测给药后早期大鼠的摄食总量和血糖.结果 显示,急性腹腔注射药理浓度的GLP-1RA能显著地影响摄食.然而,血糖的比较研究显示,在正常大鼠,GLP-1RA抑制进食的作用可能与血糖的变化相分离.与对照组相比,GLP-1RA组c-Fos表达主要在与摄食相关的核团中显著升高,并且在脊髓中发现了c-Fos的表达.以上结果果提示,急性注射药理浓度的GLP-1可以通过循环和迷走神经的途径影响中枢神经系统,尤其是作用于弓状核(arcuate nucleus,ARC)和孤束核(nucleus of solitary tract,NTS),GLP-1能同时调节自主神经的活动.
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编辑人员丨2023/8/6
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miR-485-5p通过下调FOSL2表达影响鼻咽癌细胞增殖和凋亡
编辑人员丨2023/8/5
目的 探讨微小RNA-485-5p(miR-485-5p)对鼻咽癌细胞增殖和凋亡的影响及作用机制.方法 选取2016年5月~2018年4月本院行手术治疗的36例鼻咽癌患者癌组织为研究对象,对应癌旁组织距离肿瘤边缘>3cm作为对照组.RT-qPCR检测鼻咽癌组织和对应的癌旁组织中miR-485-5p和FOS样抗原2(FOSL2) mRNA水平,Pearson相关性分析鼻咽癌组织中miR-485-5p和FOSL2 mRNA表达相关性.以人永生化鼻咽上皮细胞系NP69为对照,RT-qPCR检测鼻咽癌细胞系6-10B和5-8F中miR-485-5p和FOSL2 mRNA表达水平,Western Blot检测FOSL2蛋白水平.将5-8F细胞分为miR-NC组、miR-485-5p组、si-NC组、si-FOSL2组、miR-485-5p+ pcDNA3.0组和miR-485-5p+ pcDNA3.0-FOSL2组,MTT实验、流式细胞术、Western Blot分别检测各组5-8F细胞增殖、凋亡及Cyclin D1、p21、Bcl-2和Bax表达.双荧光素酶报告基因实验验证miR-485-5p与FOSL2调控关系.结果 与癌旁组织比较,鼻咽癌组织中miR-485-5p水平降低(P<0.05),FOSL2 mRNA表达水平升高(P<0.05),且鼻咽癌组织中miR-485-5p与FOSL2mRNA表达水平呈负相关(P<0.05).与NP69细胞比,鼻咽癌细胞系6-10B和5-8F中miR-485-5p表达水平显著降低(P<0.05),FOSL2 mRNA和蛋白表达水平显著升高(P<0.05).与miR-NC组比较,miR-485-5p组5-8F细胞存活率、CyclinD1和Bcl-2蛋白水平降低(P<0.05),细胞凋亡率、p21和Bax蛋白水平升高(P<0.05).与si-NC组比较,si-FOSL2组5-8F细胞存活率及CyclinD1和Bcl-2蛋白水平降低(P<0.05),细胞凋亡率、p21和Bax蛋白水平升高(P<0.05).miR-485-5p在5-8F细胞中负调控FOSL2表达.与miR-485-5p+pcDNA3.0组比较,miR-485-5p+pcDNA3.0-FOSL2组5-8F细胞存活率及CyclinD1和Bcl-2蛋白水平升高(P<0.05),细胞凋亡率、p21和Bax蛋白水平降低(P<0.05).结论 miR-485-5p在鼻咽癌组织和细胞中表达降低,FOSL2表达升高;过表达miR-485-5p通过靶向负调控FOSL2抑制鼻咽癌细胞增殖,并促进其凋亡.
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编辑人员丨2023/8/5
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滋养层干细胞分化调节相关因子的研究进展
编辑人员丨2023/8/5
人类滋养层干细胞(TSC)来源于胚胎滋养外胚层,对胚胎命运起决定作用,已逐渐成为人类胎盘研究的热点.通过对小鼠胚胎的体外实验,已发现一些转录因子和蛋白调节因子在TSC状态的调节中发挥作用,比如转录调节相关因子FOS相关抗原1(FOSL1)、胎盘表达转录因子1(PLET-1)等,可促进TSC分化相关基因的表达,从而使TSC分化为不同滋养层细胞谱系;而蛋白调节因子如丝裂原活化蛋白激酶激酶4(MKK4)也可通过调节组蛋白去乙酰化酶6(HDAC6)进而介导上皮间质转化,促进TSC分化.综述近年发现的可调节TSC状态的相关转录因子、激酶与基因修饰酶类及蛋白调节因子的研究进展,为人类胎盘滋养层细胞分化相关妊娠疾病的防治提供必要的理论基础.
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编辑人员丨2023/8/5
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致癌转录因子FOS样抗原1在非小细胞肺癌中的表达及临床意义
编辑人员丨2023/8/5
目的 探讨非小细胞肺癌(NSCLC)患者癌组织中致癌转录因子FOS样抗原1(FOSL1)的表达及其临床意义.方法 收集2013年1月到2015年1月于茂名市人民医院行肺癌切除术的110例患者癌组织标本和临床病理资料,采用免疫组化法检测NSCLC组织标本中FOSL1表达,并根据免疫组化结果将患者分为FOSL1高、低表达两组,采用Kaplan-Meier曲线法和Log-rank检验比较FOSL1高、低表达组患者无瘤生存率和总生存率的差异,采用Cox比例风险模型分析影响NSCLC患者无瘤生存率和总生存率的独立危险因素.结果 61.8%(68/110)的患者FOSL1呈高表达,38.2%(42/110)患者FOSL1呈低表达.NSCLC癌组织中FOSL1表达水平与TNM分期(P=0.002)和淋巴结转移(P<0.01)显著相关,与患者性别、年龄、肿瘤大小、吸烟状态、组织学类型、远处转移、新辅助化疗及术后化疗无相关性.FOSL1高表达组患者无瘤生存率和总生存率低于FOSL1低表达组患者(均P<0.01).多因素Cox回归分析显示,FOSL1表达、TNM分期及淋巴结转移是影响NSCLC患者无瘤生存率的独立危险因子,FOSL1表达、TNM分期、淋巴结转移及远处转移是影响NSCLC患者总生存率的独立危险因素.结论 FOSL1高表达可作为预测NSCLC患者不良预后的新分子标志物.
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编辑人员丨2023/8/5
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miR-597在肝细胞性肝癌中表达及其对癌细胞增殖、迁移和侵袭的影响与机制
编辑人员丨2023/8/5
目的 观察肝细胞性肝癌(HCC)组织及细胞系中miR-597的表达情况,以及上调miR-597表达对HCC癌细胞增殖、迁移和侵袭能力的影响,并探讨其作用机制.方法 选择20例HCC患者,其中男性12例,女性8例;年龄21~69岁,中位年龄46岁;临床分期T1N0M0期10例,T2N0M0期3例,T3N0M0期3例,T4N0M0期4例;14例有乙型肝炎病史,1例有乙型肝炎、丙型肝炎重叠感染史,5例无肝炎病史.取癌组织及对应的癌旁组织,采用实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)检测其miR-597 mRNA表达水平.采用RT-qPCR检测不同肝癌细胞系及正常肝上皮细胞中miR-597mRNA表达水平.将体外传代培养人HCC细胞系Hep3B,分为对照组和miR-597过表达组,分别转染对照(miR-NC)及miR-597模拟物(miR-597 mimics),用RT-qPCR检测细胞中miR-597 mRNA表达水平;用MTT实验检测Hep3B细胞的增殖能力;划痕实验和Transwell实验检测Hep3B细胞的迁移和侵袭能力;荧光素酶报告实验确定FOSL2是否是miR-597的靶基因;通过Western blot实验检测Hep3B细胞FOSL2蛋白的表达水平.采用RT-qPCR检测癌组织及对应的癌旁组织中FOSL2 mRNA表达水平,分析miR-597与FOSL2表达的相关性.结果 HCC组织中miR-597 mRNA表达水平明显低于癌旁组织(P<0.01).HCC细胞系中miR-597 mRNA表达水平明显低于肝正常上皮细胞(P<0.05).miR-597过表达组miR-597 mRNA表达水平显著高于对照组(P<0.05),且细胞增殖、迁移和侵袭能力均显著低于对照组(P<0.05).miR-597直接靶定FOSL2的3'非翻译区(3'-UTR),同时miR-597过表达组FOSL2蛋白的表达水平相对于对照组明显降低(P<0.05),HCC组织中FOSL2 mRNA表达水平明显高于癌旁组织(P<0.01),且FOSL2与miR-597的表达呈显著负相关(r=-0.784,P<0.001).结论 miR-597在HCC组织中低表达而FOSL2高表达,上调miR-597的表达能够抑制HCC细胞的增殖、迁移和侵袭,其机制可能与下调FOSL2蛋白的表达有关.
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编辑人员丨2023/8/5
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基于网络药理学的复方鱼腥草合剂清热解毒药效物质基础及作用机制研究
编辑人员丨2023/8/5
探索复方鱼腥草合剂清热解毒功效的药效物质基础及网络调控机制.首先利用网络药理学的方法,选取复方鱼腥草合剂中25个化合物为研究对象,依据反向药效团匹配方法和TCMSP、UniProt等数据库预测化合物作用靶点,借助Omicsbean软件及KEGG数据库对获得靶点进行基因本体(gene ontology,GO)功能富集分析、信号通路分析,利用Cytoscape软件构建"化合物-靶点-通路-药理作用-功效"网络药理图.最后采用脂多糖(lipopolysaccharide,LPS)诱导的RAW264.7细胞炎症模型,验证复方鱼腥草合剂及方中10个重要单体成分的抗炎作用.网络药理预测实验发现,25个化合物可通过211个靶点干预97条信号通路,其中RAC-α丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(RAC-alpha serine/threonine-protein kinase,AKT1)、胰岛素(insulin,INS)、血管内皮生长因子α(vascular endothelial growth factor A,VEGFA)、白介素-6(interleukin-6,IL-6)、细胞肿瘤抗原p53 (cellular tumor antigen p53,TP53)、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)、转录因子AP-1 (transcription factor AP-1,JUN)、半胱氨酸蛋白酶-3 (caspase-3,CASP3)、基质金属蛋白酶-9(matrix metalloproteinase-9,MMP9)、白介素-8(interleukin-8,IL-8)、前列腺素G/H合酶2(prostaglandin G/H synthase 2,PTGS2)、原癌基因c-fos (proto-oncogene c-Fos,FOS)、酪氨酸蛋白激酶SRC (tyrosine-protein kinase SRC,SRC)、丝裂原活化蛋白激酶-8(mitogen-activated protein kinase 8,MAPK8)和雌激素受体1 (estrogen receptor 1,ESR1)等15个核心靶点和核转录因子κB信号通路(NF-kappa B signaling pathway)、Toll样受体信号通路(Toll-like receptor signaling pathway)、丝裂原活化蛋白激酶信号通路(MAPK signaling pathway)、白介素-17信号通路(IL-17 signaling pathway)、花生四烯酸代谢(arachidonic acid metabolism)、环磷酸腺苷信号通路(cAMP signaling pathway)、T细胞受体信号通路(T cell receptor signaling pathway)、钙离子信号通路(calcium signaling pathway)、TRP通道炎性介质调节(inflammatory mediator regulation of TRP channels)、趋化因子信号通路(chemokine signaling pathway)、Th1和Th2细胞分化(Th1 and Th2 cell differentiation)、自然杀伤细胞介导的细胞毒性(natural killer cell mediated cytotoxicity)等46条信号通路与抗炎、解热、免疫调节、镇痛等过程相关,推测复方鱼腥草合剂通过干预以上过程发挥清热解毒功效,体现了其多成分、多靶点、多途径的治疗作用.体外细胞实验表明,复方鱼腥草合剂及10个单体成分(异槲皮苷、木犀草苷、黄芩素、汉黄芩素、黄芩苷、连翘苷、连翘酯苷A、绿原酸、异绿原酸A、獐牙菜苷)均能显著降低LPS诱导的RAW264.7炎性细胞上清中一氧化氮(nitric oxide,NO)、TNF-α和IL-6的表达(P<0.05),推测以上10个成分可能为复方鱼腥草合剂的关键药效物质基础.
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编辑人员丨2023/8/5
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FOS样抗原1在恶性肿瘤中的研究进展
编辑人员丨2023/8/5
FOS样抗原1(FOSL1)是一种可以在人体内编码FOSL1蛋白的基因,又称为FOS相关抗原1(Fos-related antigen1,FRA1),是活性蛋白1复合物(AP-1)的组成部分,其编码的蛋白受多种信号通路调控,影响肿瘤的增殖、分化、侵袭和转移等多种生物学功能.已有研究证实,FOSL1参与了乳腺癌、结直肠癌、脑胶质瘤、宫颈癌等多种恶性肿瘤的恶性进展.
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编辑人员丨2023/8/5