目的:利用生物信息学分析方法挖掘反复胚胎种植失败患者相关关键基因及通路，探讨其对子宫内膜容受性的影响。方法:从GEO数据库中下载GSE26787数据集及GSE111974数据集为研究样本，以重复植入失败的患者及既往正常妊娠的女性的子宫内膜组织数据为研究对象，使用R语言将原始数据经过质量分析、归一化、探针和基因名转换，构建表达矩阵后，利用limma包进行差异基因的筛选，进而利用DAVID数据库进行GO及KEGG分析，再使用String数据库及Cytoscape软件筛选关键基因。结果:得到两数据集共同关键基因 PTGS2、 PLCB1、 MGP、 CYP3A5、 LPAR3、 VCAM1、 ALPL、 SLC1A1、 SLC4A7、 SULT1E1及关键通路hsa01100。 结论:本研究所得的关键基因及通路可通过调控子宫内膜氧化还原及代谢状态进而影响子宫内膜容受性，可作为研究其相关作用的靶点。

目的:基于TCGA数据库挖掘出肾上腺皮质腺癌(ACC)发病相关的关键基因，为以后ACC相关的基础以及临床研究提供重要参考依据。方法:从TCGA数据库获取150例ACC样本和3例癌旁正常组织样本，利用R语言软件进行差异表达分析，利用DAVID在线工具进行GO和KEGG PATHWAY功能富集分析，最后应用STRING在线检索工具及Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络并筛选出前10位的hub基因。结果:从TCGA数据库共挖掘出1 744个差异表达基因，包括1 199个表达上调基因和545个表达下调基因，对其进行GO和KEGG PATHWAY功能富集分析以及功能注释，获取关键通路信息：差异表达基因(DEGs)主要富集于细胞黏附、膜的组成成分、网格蛋白结合及神经活性配体-受体相互作用，最后构建PPI网络并筛选得到GNG2、GNG3、GNG4、GNG8、GNB3、BDKRB1、MCHR1、SAA1、ADCY2、LPAR3这10个关键基因。结论:本研究发现10个与ACC发生发展相关的关键基因，这10个关键基因与多种肿瘤的增殖与转移密切相关，有望成为ACC早期诊断、靶向治疗及预测预后的新型生物标志物。

目的:探讨皮肤T细胞淋巴瘤（CTCL）蕈样肉芽肿（MF）患者中溶血磷脂酸受体6（LPAR6）的表达水平及其对CTCL疾病发展及预后的影响与可能机制。方法:收集北京大学第一医院皮肤性病科2011—2020年间确诊的110例MF患者，包括49例发现队列的24例大细胞转变（LCT）及25例非大细胞转变（NLCT），61例验证队列的24例LCT及37例NLCT。提取患者组织总RNA分别采用RNA测序及RT-PCR检测LPAR6的表达，比较LPAR6在LCT与NLCT患者间的表达差异及对生存预后的影响。构建2种CTCL细胞系MyLa、Sz4过表达LPAR6细胞模型，以正常表达细胞为对照，检测过表达LPAR6对MyLa、Sz4细胞增殖活力的影响；通过加入LPAR6相关配体溶血磷脂酸（LPA）、2S-OMPT、三磷酸腺苷（ATP）、腺苷（ADO），采用细胞增殖实验检测试剂盒及流式细胞仪检测激活LPAR6对过表达LPAR6 MyLa、Sz4细胞增殖活力与凋亡的影响。采用log-rank检验进行预后分析，两组间数据的比较采用 t检验或Mann-Whitney U检验。 结果:RNA测序结果显示，发现队列中LPAR6是LCT中显著性低表达的基因之一；验证队列中，LCT组的LPAR6表达水平[ M（ Q1， Q3）为204.90（81.90，512.70）]低于NLCT组[809.40（417.50，1 829.20）， U = 242.00， P = 0.002]；两队列中，低表达LPAR6均与不良预后的发生风险显著相关（ P < 0.01）。细胞增殖实验结果显示，在实验的0、24、48、72 h，过表达组MyLa、Sz4细胞与对照组细胞的细胞增殖活力差异均无统计学意义（均 P > 0.05）；分别采用LPA、2S-OMPT、ATP、ADO激活MyLa细胞LPAR6后48 h，过表达组MyLa细胞的增殖活力（1.38 ± 0.01、1.04 ± 0.01、1.09 ± 0.03、1.23 ± 0.01）均低于对照组（1.73 ± 0.04、1.23 ± 0.01、1.24 ± 0.01、1.42 ± 0.03， t值分别为30.33、18.38、4.78、5.75，均 P < 0.05），细胞凋亡率（17.93% ± 0.88%、17.75% ± 0.35%、23.97% ± 0.57%、31.44% ± 0.34%）均高于对照组（3.98% ± 0.03%、7.81% ± 0.59%、11.95% ± 0.85%、12.02% ± 0.48%， t值分别为15.93、14.49、11.74、33.01，均 P < 0.05）；分别采用2S-OMPT、ADO激活Sz4细胞LPAR6后48 h，Sz4细胞增殖活力2S-OMPT对照组为1.48 ± 0.01、过表达组为1.29 ± 0.04；ADO对照组为1.51 ± 0.02、过表达组为1.27 ± 0.01，过表达组均低于对照组（ P < 0.05），细胞凋亡率均高于对照组（2S-OMPT对照组29.35% ± 0.55%、过表达组41.70% ± 0.70%；ADO对照组24.60% ± 1.00%、过表达组37.05% ± 0.15%，均 P < 0.05）。 结论:LPAR6在LCT患者中低表达并与不良预后的发生风险显著相关，体外激活LPAR6能够抑制CTCL细胞的增殖，促进细胞凋亡，LCT患者LPAR6表达水平降低可能是疾病进展的重要机制之一。

目的:探讨微小RNA(miRNA)-1303通过靶向调控溶血磷脂酸受体3(LPAR3)的表达抑制肾癌786-O细胞增殖和迁移的机制。方法:采用实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)检测肾癌细胞株(A498、ACHN、786-O、OS-RC-2)及正常肾小管上皮细胞HK-2中miR-1303的相对表达量。将miR-1303模拟物和阴性对照序列分别转染至miR-1303表达最低的肾癌细胞，分别作为miR-1303组和阴性对照组。qRT-PCR检测两组细胞miR-1303的相对表达量。MTT法和Transwell迁移实验分别检测细胞增殖能力和迁移能力。生物信息学软件RegRNA 2.0预测miR-1303的靶基因。双荧光素酶报告基因检测miR-1303与靶基因的结合。qRT-PCR和Western blotting法检测LPAR3的相对表达量。计量资料以均数±标准差( ± s)表示，两组间比较采用t检验，多组间比较采用单因素方差分析。 结果:肾癌细胞株A498、ACHN、786-O、OS-RC-2和正常肾小管上皮细胞HK-2中miR-1303表达分别为0.51±0.04、0.79±0.02、0.21±0.04、0.55±0.07和1.00±0.05，肾癌细胞株中miR-1303表达均低于HK-2( P<0.05)，786-O细胞中的相对表达量最低( F＝29.50， P<0.01)。与阴性对照组相比，miR-1303组细胞miR-1303的表达明显增加[(1.00±0.01)比(7.98±0.88)， t＝7.95， P<0.01]。miR-1303组细胞吸光度值明显低于阴性对照组( P<0.05)。miR-1303组细胞迁移数明显低于阴性对照组( P<0.05)。miR-1303可与LPAR3 mRNA互补配对结合( P<0.01)。与阴性对照组相比，miR-1303组786-O细胞中 LPAR3基因表达显著下降[(1.00±0.01)比(0.23±0.03)， t＝23.56， P<0.01]。 结论:miR-1303可能通过靶向抑制LPAR3的表达，抑制肾癌786-O细胞的增殖能力和迁移能力。

目的 探讨食管鳞状细胞癌(ESCC)中hsa_circ_0013058的作用及其促进ESCC细胞侵袭和迁移的机制.方法 收集75例患者的ESCC组织及癌旁正常组织.采用实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)和RNA原位杂交技术(RISH)检测hsa_circ_0013058表达情况,并分析其与ESCC患者临床病理资料的关系.采用划痕实验和Transwell实验检测ESCC细胞侵袭和迁移能力.采用生物信息学方法预测hsa_circ_0013058的靶基因.采用Rescue实验检测hsa_circ_0013058对下游基因的调控及对ESCC细胞侵袭、迁移的影响.结果 qRT-PCR结果显示,ESCC组织中hsa_circ_0013058表达量高于癌旁正常组织,差异有统计学意义(t=5.078,P＜0.05).ESCC细胞株KYSE70中hsa_circ_0013058表达量高于人正常食管上皮细胞Het-1 A,差异有统计学意义(P＜0.05).在 RNA 水平上,hsa_circ_0013058 与 miR-548p 呈负相关(r=-0.254 2,P＜0.05).ESCC组织中,hsa_circ_0013058 RNA阳性表达率为72.00％,高于癌旁正常组织的17.33％,差异有统计学意义(x2=6.862,P＜0.05).hsa_circ_0013058阳性表达与肿瘤浸润深度、分化程度和淋巴结转移均密切相关(P＜0.05).划痕实验结果表明,过表达hsa_circ_0013058增强KYSE70细胞的迁移能力(P＜0.05);敲低hsa_circ_0013058表达减弱KYSE70细胞的迁移能力(P＜0.05).过表达hsa_circ_0013058后,ESCC细胞侵袭和迁移细胞数目增加,敲低hsa_circ-0013058表达后,侵袭和迁移细胞数目下降(P＜0.05).qRT-PCR实验证实,hsa_circ_0013058可调控微小RNA-548p(miR-548p)表达.双荧光素酶报告基因实验表明,miR-548p与LPAR3为特异性结合,LPAR3是miR-548p的直接靶基因.Rescue实验结果表明,hsa_circ-0013058通过miR-548p/LPAR3信号轴调控ESCC细胞的侵袭、转移.结论 ESCC中,hsa_circ_0013058抑制miR-548p表达,进而激活LPAR3信号通路,促进ESCC细胞的侵袭、迁移..

目的 探讨G蛋白γ亚基 11(G-protein subunit gamma 11,GNG11)的表达在宫颈癌(Cervical cancer,CC)诊断和预后中的意义.方法 借助基因表达数据库(Gene expression om-nibus,GEO)获取CC中的差异表达基因.将北京市西城区广外医院于 2010 年 3 月-2012 年 2月收治的 68 例CC患者纳入研究,采用免疫组织化学法测定 GNG11、溶血磷脂酸受体 1(Lyso-phosphatidic Acid Receptor1,LPAR1)、Ⅰ型血管紧张素Ⅱ受体(Angiotensin Ⅱtype Ⅰ receptor,AGTR1)在CC患者癌组织和癌旁组织中的表达水平.分析GNG11、LPAR1 或AGTR1 的阳性表达与CC患者临床病理参数的关系.Kaplan-Meier 法分析不同 GNG11、LPAR1、AGTR1 表达水平患者的总生存期和无复发生存期.采用Cox风险比例回归模型分析早期CC患者总生存期的独立预后因素.结果 分析GEO 数据库中GSE7410 和GSE9750 数据集获得 12 个在CC中的上调基因和 19 个在CC中的下调基因.与癌旁组织比较,癌组织中GNG11、LPAR1 和AGTR1 的表达均降低(P 均<0.05).与GNG11 低表达患者比较,GNG11 高表达患者的总生存期和无复发生存期增加.LPAR1、AGTR1 的表达与 CC 患者总生存期和无复发生存期无相关性.多因素Cox分析结果显示,FIGO分期、淋巴结转移和GNG11 阳性表达是影响CC患者总生存期的独立因素.结论 GNG11 的阳性表达水平与CC的早期诊断和预后相关,可作为CC的早期诊断和预测预后指标.

目的 通过生信分析结合体内外实验验证Hsa-miR-148a-3p调控双特异性磷酸酶1(DUSP1)对乳腺癌细胞生物学行为的影响.方法 TCGA数据库下载数据并鉴定差异微小RNA(miRNA)和信使RNA(mRNA);数据库筛选差异miRNA靶基因;String和Cytoscape构建蛋白质互作网络及筛选TOP10 hub基因;TCGA数据库验证TOP10hub基因的表达;Cytoscape构建miRNA-TOP10hub基因网络.定量逆转录PCR(RT-qPCR)实验检测Hsa-miR-148a-3p和DUSP1在人乳腺癌组织和细胞中的表达.采用Hsa-miR-148a-3p mimic、Hsa-miR-148a-3p inhibitor及对照NC转染MCF-7细胞.分为NC组,NC mimics组,Hsa-miR-148a-3p mimics组,NC inhibitor组,Hsa-miR-148a-3p inhibitor组;荧光素酶报告基因实验验证Hsa-miR-148a-3p和DUSP1的结合;CCK-8,划痕实验,Transwell和细胞凋亡实验验证Hsa-miR-148a-3p对乳腺癌细胞增殖,迁移,侵袭和凋亡的影响.建立裸鼠成瘤模型,测量小鼠肿瘤质量和体积;Kaplan-Meier生存曲线分析小鼠生存情况;免疫组化检测DUSP1的表达水平.结果 获得乳腺癌差异miRNA 54个(8个下调,46个上调),差异mRNA 799个(509个下调,290个上调);54个差异miRNA预测靶基因3716个,与差异mRNA取交集,得到150个交集基因;蛋白-蛋白互作网络图中的TOP10hub基因为MET,LPAR1,LAMC1,FOS,EGFR,PIK3R1,DUSP1,GNAI1,LAMA4,NR3C1,这些基因在乳腺癌组织中均显著下调;双荧光素酶报告基因实验证实Hsa-miR-148a-3p能与DUSP1结合;RT-qPCR结果表明,Hsa-miR-148a-3p在乳腺癌组织和细胞中显著上调(P<0.01),而DUSP1则显著下调(P<0.01).细胞实验结果表明,Hsa-miR-148a-3p促进乳腺癌细胞增殖,迁移和侵袭,抑制细胞的凋亡(P<0.01).动物实验结果表明,Hsa-miR-148a-3p促进小鼠体内肿瘤质量和体积的增长(P<0.01),缩短小鼠的存活时间(P<0.01),免疫组化结果显示,Hsa-miR-148a-3p抑制DUSP1的表达水平(P<0.01).结论 Hsa-miR-148a-3p通过抑制DUSP1的表达而作为癌基因发挥作用,这有助于开发针对乳腺癌的新型治疗靶点.

目的:研究缺血性脑卒中(IS)缺氧免疫机制的相关差异表达基因和调控信号通路,以识别IS潜在诊断生物标志物.方法:从GEO数据库下载IS表达谱数据集GSE58294,采用单样本GSEA(ssGSEA)和t分布随机邻域嵌入算法(t-SNE)评估受试者的缺氧和免疫状态,使用"limma"软件包筛选差异基因(DEGs),通过DAVID在线数据库对DEGs进行基因本体(GO)富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路分析,LASSO筛选与IS关键(hub)基因,然后运用实时荧光定量聚合酶链式反应(RT-qPCR)验证hub基因的差异性表达.结果:筛选出60个IS缺氧免疫DEGs,KEGG结果显示IS缺氧免疫DEGs富集在PI3K-Akt通路,LASSO筛出6个关键基因:CHPF2、MBOAT2、IL18RAP、TIMM8A、ALDOAP2、LPAR4.CHPF2、MBOAT2和IL18RAP为上调基因(均P＜0.001),而TIMM8A、ALDOAP2和LPAR4为下调基因(均P＜0.001),ROC曲线显示该6个关键基因的AUC为0.894 1～0.994 3.RT-qPCR结果显示,短暂性大脑中动脉闭塞(tMCAO)小鼠中MBOAT2和IL18RAP的表达显著高于假手术小鼠(均P＜0.001).结论IL18RAP和MBOAT2可能为IS缺氧免疫相关的DEGs,并可作为IS的潜在诊断生物标志物.

背景:结肠癌是最常见的恶性肿瘤之一,生物信息学方法能有效挖掘基因芯片数据,筛选结肠癌相关的候选生物标记物.目的:使用生物信息学方法并结合肿瘤公共数据库的分析来筛选结肠癌可能的生物标记物.方法:从GEO数据库中下载GSE44861基因表达谱,以R软件"limma"包筛选差异表达基因,行GO和KEGG分析,并构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,选择核心模块并验证核心基因.结果:芯片GSE44861包含来自肿瘤和癌旁正常组织的111个结肠组织.在结肠癌组织中筛选出367个差异表达基因,包括123个上调基因和244个下调基因.GO和KEGG分析显示,差异表达基因分别在生物过程和15条KEGG通路中富集.PPI网络模块鉴定出6个核心基因,结肠癌组织中CXCL1、CXCL3表达升高,CXCL12、LPAR1、PYY、SST表达降低,与验证集GSE44076、Oncomine数据库、GEPIA数据库的验证结果一致.结论:本研究所鉴定的差异表达基因和核心基因可促进对结肠癌分子机制的理解,并且可能成为结肠癌诊断和治疗的分子生物标记物.

目的:分析1例羊毛状发患儿及其父母的基因突变.方法:收集羊毛状发患儿及其父母外周静脉血,提取DNA,同时收集100例非家系健康汉族人DNA作为对照.采用聚合酶链式反应(PCR)法扩增LPAR6、LIPH、KR T25、KRT7及KRT7基因所有外显子,并对其产物进行测序分析.结果:该例患儿未发现LPA R6、KR T25、KR T7及KRT基因突变,LIPH基因存在3处杂合突变.突变1为错义突变c.973C＞T,突变2为错义突变c.614A＞G,突变3为错义突变c.454G＞A.对患儿父母的基因分析表明突变1及突变2均来自其父亲,而突变3来自其母亲.健康对照组中均未发现该杂合突变.结论:LIPH基因的复合杂合突变c.614A＞G及c.454G＞A导致该常染色体隐性遗传羊毛状发家系的临床表型,c973C＞T可能为LIPH基因编码区一新的单核苷酸多态性(SNP).